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PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

Rockefeller University

&#x53EA;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5927;&#x81F4;&#x548C;&#x6297; hiv &#x6297;&#x4F53;&#xFF0C;2 12&#xFF0C;&#x8BA4;&#x8BC6;&#x5230;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x4FE1;&#x5C01;&#x7CD6;&#x5206;&#x3002;&#x5728;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A; 2 12 &#x4E5F;&#x627F;&#x8BA4;&#x767D;&#x8272;&#x5FF5;&#x73E0;&#x83CC;&#x548C;&#x9175;&#x6BCD;&#x9AD8;&#x4EB2;&#x548C;&#x529B; (11 nmol/l) &#x901A;&#x8FC7;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x78B3;&#x6C34;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8; &#xFF08;50%&#x6291;&#x5236;&#x6D53;&#x5EA6;&#x4E3A; D-&#x679C;&#x7CD6;&#xFF0C;12 &bull; / l&#xFF09;&#x3002;&#x8FD9;&#x662F;&#x663E;&#x793A;&#x4E0E;&#x53E6;&#x4E00;&#x4E2A;&#x75C5;&#x539F;&#xFF0C;&#x63ED;&#x793A;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#xFF0C;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7531; 2 12 &#x7684;&#x78B3;&#x6C34;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x4E2D;&#x548C;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x514D;&#x75AB;&#x3001; &#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x8868;&#x9762;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6BD4;&#x4EE5;&#x524D;&#x8BA4;&#x8BC6;&#x5230;&#x66F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x4EA4;&#x53C9;&#x6027;&#x548C;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6297;&#x4F53;&#x7684;&#x9996;&#x6B21;&#x62A5;&#x544A;&#x3002;

&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4FE1;&#x5C01;&#x7531;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x7684;&#x6297;&#x539F;&#x6027;&#x6A21;&#x4EFF;&#x3002;

Only one broadly neutralizing anti-HIV antibody, 2G12, recognises the envelope sugars of HIV. In the present study, we show that 2G12 also recognises Candida albicans and Candida tropicalis with high affinity (11 nmol/l) through a carbohydrate-dependent interaction (50% inhibitory concentration for D-fructose, 12 mmol/l). This is the first report of a neutralizing HIV antibody displaying cross-reactivity with another pathogen, revealing that the carbohydrate neutralization determinant of HIV, defined by 2G12, is more widespread amongst immunogenic, microbial surfaces than previously recognized.

Antigenic mimicry of the HIV envelope by AIDS-associated pathogens.

Seul les anticorps anti-VIH largement neutralisant, 12 2, reconna&icirc;t les sucres de l&#39;enveloppe du VIH. Dans la pr&eacute;sente &eacute;tude, nous montrons que 2 12 reconna&icirc;t aussi le Candida albicans et Candida tropicalis, avec une haute affinit&eacute; (11 nmol/l) par une interaction de glucides-d&eacute;pendante (concentration inhibitrice de 50 % pour le D-fructose, 12 mmol/l). Il s&#39;agit du premier rapport d&#39;un anticorps neutralisant de VIH affichant une r&eacute;activit&eacute; crois&eacute;e avec un autre agent pathog&egrave;ne, r&eacute;v&eacute;lant que le d&eacute;terminant de neutralisation des glucides du VIH, d&eacute;fini par 2 12, est plus r&eacute;pandu parmi les surfaces immunog&egrave;nes, microbiennes que pr&eacute;c&eacute;demment reconnu.

Mim&eacute;tisme antig&eacute;nique de l&#39;enveloppe du VIH par des agents pathog&egrave;nes associ&eacute;s au sida.

Nur eine weitgehend neutralisierende Anti-HIV-Antik&ouml;rper, erkennt 2 12, die Umschlag-Zucker von HIV. In der vorliegenden Studie zeigen wir, dass 2 12 auch Candida Albicans und Candida Tropicalis mit hoher Affinit&auml;t (11 Nmol/l anerkennt) durch ein Kohlenhydrat-abh&auml;ngige Interaktion (50 % inhibitorischen Konzentration f&uuml;r D-Fructose, 12 Mmol/l). Dies ist der erste Bericht &uuml;ber eine neutralisierende HIV-Antik&ouml;rper, die angezeigte Kreuzreaktivit&auml;t mit anderen Erreger, offenbart die Kohlenhydrat-Neutralisierung-Determinante von HIV, von 2-12, definiert unter immunogen, mikrobielle Oberfl&auml;chen weiter verbreitet, als bisher erkannt ist.

Antigene Mimikry des Umschlags HIV von AIDS-assoziierten Erreger.

Un solo anticorpo ampiamente neutralizzante anti-HIV, 2 12, riconosce gli zuccheri busta del HIV. Nel presente studio, ci mostra che il 2 12 riconosce anche la Candida albicans e Candida tropicalis con alta affinit&agrave; (11 nmol/l) attraverso un&#39;interazione di carboidrati-dipendente (50% concentrazione inibitoria per il D-fruttosio, 12 mmol/l). Questo &egrave; il primo rapporto di un anticorpo neutralizzante HIV visualizzazione di reattivit&agrave; crociata con un altro agente patogeno, rivelando che il determinante di neutralizzazione dei carboidrati di HIV, definito da 2 12, &egrave; pi&ugrave; diffuso tra le superfici immunogene, microbiche, che in precedenza riconosciuto.

Mimetismo antigenico della busta HIV da agenti patogeni associate all&#39;AIDS.

1 &#x3064;&#x3060;&#x3051;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x4E2D;&#x548C;&#x6297; hiv &#x6297;&#x4F53; 2 12 &#x306E; HIV &#x30A8;&#x30F3;&#x30D9;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x7CD6;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005; 2 12 &#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x30AB;&#x30F3;&#x30B8;&#x30C0;&#x3068;&#x30AB;&#x30F3;&#x30B8;&#x30C0;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x74B0;&#x5883;&#x9AD8;&#x3044;&#x89AA;&#x548C;&#x6027; &#xFF08;11 nmol &#x306E;/l&#xFF09; &#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x70AD;&#x6C34;&#x5316;&#x7269;&#x4F9D;&#x5B58;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528; &#xFF08;50% &#x963B;&#x5BB3;&#x6FC3;&#x5EA6; d-&#x30D5;&#x30EB;&#x30AF;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B9;&#x3001;12 &#x30DF;&#x30EA; &#x30E2;&#x30EB;/l &#x306E;&#xFF09; &#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F; 2 12 &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B; HIV &#x306E;&#x70AD;&#x6C34;&#x5316;&#x7269;&#x4E2D;&#x548C;&#x884C;&#x5217;&#x5F0F;&#x304C;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3088;&#x308A;&#x514D;&#x75AB;&#x539F;&#x6027;, &#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x8868;&#x9762;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x5E83;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x5225;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x3068;&#x306E;&#x4EA4;&#x5DEE;&#x53CD;&#x5FDC;&#x6027;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x4E2D;&#x548C; HIV &#x6297;&#x4F53;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x30A8;&#x30A4;&#x30BA;&#x95A2;&#x9023;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066; HIV &#x30A8;&#x30F3;&#x30D9;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x6297;&#x539F;&#x6A21;&#x5023;&#x3002;

&#xD55C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC911;&#xD654; anti-HIV &#xD56D; &#xCCB4;, 2G 12, HIV&#xC758; &#xBD09;&#xD22C; &#xC124;&#xD0D5;&#xC744; &#xC778;&#xC2DD; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC1FC; 2G 12 Candida albicans &#xBC0F; Candida tropicalis &#xB192;&#xC740; &#xC120;&#xD638;&#xB3C4; (11 nmol/l)&#xB3C4; &#xC778;&#xC2DD; &#xD0C4;&#xC218;&#xD654;&#xBB3C; &#xC885;&#xC18D; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; (12 m m o l/l&#xACFC; D &#xB2F9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC5B5;&#xC81C; &#xB18D;&#xB3C4; 50%). &#xC774;&#xAC83;&#xC740; &#xB2E4;&#xB978; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4;, &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;, 2G 12&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC815;&#xC758; &#xB41C; &#xD0C4;&#xC218;&#xD654;&#xBB3C; &#xC911;&#xB9BD;&#xD654; &#xACB0;&#xC815; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC778;&#xC2DD; &#xBCF4;&#xB2E4; immunogenic, &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xD45C;&#xBA74; &#xC0AC;&#xC774; &#xB354; &#xB110;&#xB9AC; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB41C; &#xBD84; &#xD45C;&#xC2DC; &#xC911;&#xD654; HIV &#xD56D; &#xCCB4;&#xC758; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;.

&#xC5D0;&#xC774;&#xC988; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; HIV &#xBD09;&#xD22C; antigenic &#xD749;&#xB0B4;.

Solamente un anticuerpo anti-VIH ampliamente neutralizantes 2 12, reconoce los az&uacute;cares de la envoltura del VIH. En el presente estudio, mostramos que 2 12 tambi&eacute;n reconoce la Candida albicans y Candida tropicalis con alta afinidad (11 nmol/l) a trav&eacute;s de una interacci&oacute;n dependiente de carbohidratos (50% de la concentraci&oacute;n inhibitoria de d-fructosa, 12 mmol/l). Este es el primer informe de un anticuerpo neutralizante de VIH muestra reactividad cruzada con otro pat&oacute;geno, revelando que el determinante de la neutralizaci&oacute;n de hidratos de carbono de VIH, definido por 2 12, est&aacute; m&aacute;s extendido entre superficies inmunog&eacute;nicas, microbianas que reconocidas previamente.

Mimetismo antig&eacute;nico de la envoltura del VIH por pat&oacute;genos asociado al SIDA.

&#x6211;&#x4EEC;&#x89E3;&#x51B3;&#x4E86;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; tRNA(Ser) &#x627F;&#x5151;&#x4EBA;&#x5E72; microhelices &#x7684; x &#x5C04;&#x7EBF;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x4E24;&#x4E2A; chin &#x5982;&#x662F;&#x7531;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E2; tRNA &#x5408;&#x6210;&#x9176; aminoacylated&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x884C;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x53CC;&#x5DE5;&#x8C03;&#x67E5;&#x87BA;&#x65CB;&#x6784;&#x8C61;&#x3001; &#x6C34;&#x5316;&#x6A21;&#x5F0F;&#x548C;&#x9541;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7ED3;&#x6784;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x5B83;&#x662F;&#x53EF;&#x63A5;&#x53D7;&#x7684;&#x6C34;&#x5316; RNA &#x7684; RNA &#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x7740;&#x91CD;&#x8981;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x6EB6;&#x5242;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x5C0F;&#x6C9F;&#x4E2D; RNA &#x5177;&#x6709;&#x7279;&#x6B8A;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A; tRNA(Ser) microhelices &#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x6D1E;&#x5BDF; isoacceptor &#x7684;&#x6392;&#x5217;&#x7ED3;&#x6784; tRNA &#x6C28;&#x57FA;&#x9170;&#x830E;&#x5BF9;&#x5468;&#x56F4;&#x7684;&#x6C34;&#x5206;&#x5B50;&#x548C;&#x6700;&#x7EC8;&#x53EF;&#x80FD;&#x5E2E;&#x52A9;&#x6211;&#x4EEC;&#x4E86;&#x89E3;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5728;&#x539F;&#x5B50;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;

&#x53E0;&#x52A0;&#x4E24;&#x4E2A; tRNASer &#x627F;&#x5151;&#x4EBA;&#x5E72;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF1A; &#x7ED3;&#x6784;&#x3001; &#x914D;&#x4F53;&#x4E0E;&#x6C34;&#x5316;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;

We solved the X-ray structures of two Escherichia coli tRNA(Ser) acceptor stem microhelices. As both tRNAs are aminoacylated by the same seryl-tRNA-synthetase, we performed a comparative structure analysis of both duplexes to investigate the helical conformation, the hydration patterns and magnesium binding sites. It is well accepted, that the hydration of RNA plays an important role in RNA-protein interactions and that the extensive solvent content of the minor groove has a special function in RNA. The detailed comparison of both tRNA(Ser) microhelices provides insights into the structural arrangement of the isoacceptor tRNA aminoacyl stems with respect to the surrounding water molecules and may eventually help us to understand their biological function at atomic resolution.

Superposition of two tRNASer acceptor stem crystal structures: comparison of structure, ligands and hydration.

Nous avons r&eacute;solu les structures des deux microhelices de souches Escherichia coli tRNA(Ser) accepteur. Comme les deux ARNt est tRNALeu par le m&ecirc;me s&eacute;ryl-ARNt-synth&eacute;tase, nous avons effectu&eacute; une analyse de la structure comparative de deux duplex d&#39;enqu&ecirc;ter sur la conformation h&eacute;lico&iuml;dale, les patrons de l&#39;hydratation et les sites de fixation de magn&eacute;sium. Il est bien reconnu, que l&#39;hydratation de l&#39;ARN joue un r&ocirc;le important dans les interactions ARN-prot&eacute;ine et que le contenu exhaustif de solvant de la rainure mineure a une fonction particuli&egrave;re dans l&#39;ARN. La comparaison d&eacute;taill&eacute;e des deux microhelices de tRNA(Ser) permet de mieux comprendre l&#39;agencement structurel de l&#39;isoacceptor tiges aminoacyl ARNt en ce qui concerne les mol&eacute;cules d&#39;eau environnantes et peut &eacute;ventuellement nous aider &agrave; comprendre leur fonction biologique &agrave; r&eacute;solution atomique.

Superposition de deux structures de cristal tRNASer accepteur tige : Comparaison de la structure, des ligands et hydratation.

Wir l&ouml;sen die R&ouml;ntgen-Strukturen der beiden Escherichia coli tRNA(Ser) Akzeptor Stamm Microhelices. Wie beide tRNAs Aminoacylated von der gleichen Seryl-tRNA-Synthetase, f&uuml;hrten wir eine vergleichende Strukturanalyse der beide Duplices, die spiralf&ouml;rmige Konformation, die Hydratation Muster und Magnesium-Bindungsstellen zu untersuchen. Es wird auch akzeptiert, dass die Hydratation von RNA spielt eine wichtige Rolle in RNA-Protein-Wechselwirkungen und die umfangreiche L&ouml;semittelgehalt der kleinen Nut hat eine spezielle Funktion in RNA. Der detaillierte Vergleich der beiden tRNA(Ser)-Microhelices bietet Einblicke in die strukturelle Anordnung der Isoacceptor tRNA Aminoacyl Stielen in Bezug auf die umgebenden Wassermolek&uuml;le und kann schlie&szlig;lich dazu beitragen, uns zu verstehen, ihre biologische Funktion mit atomarer Aufl&ouml;sung.

&Uuml;berlagerung von zwei tRNASer Akzeptor Stamm Kristallstrukturen: Vergleich von Struktur, Liganden und Hydratation.

Abbiamo risolto le strutture dei raggi x di due Escherichia coli tRNA(Ser) acceptor stem microhelices. Come entrambi tRNA &egrave; amminocilato dalla stessa seryl-tRNA-sintetasi, abbiamo eseguito un&#39;analisi comparativa della struttura di entrambi duplex per indagare la conformazione elicoidale, i modelli di idratazione e siti di legame di magnesio. &Egrave; ben accettato, che l&#39;idratazione del RNA gioca un ruolo importante nelle interazioni RNA-proteina e che il contenuto di solvente esteso del solco minore ha una funzione speciale in RNA. Il confronto dettagliato di entrambi microhelices tRNA(Ser) fornisce intuizioni la disposizione strutturale dell&#39;isoacceptor gambi amminoacil tRNA per quanto riguarda le molecole d&#39;acqua circostanti e alla fine possa aiutarci a capire la loro funzione biologica a risoluzione atomica.

Sovrapposizione di due tRNASer acceptor stem crystal structures: confronto della struttura, ligandi e idratazione.

&#x6211;&#x3005; &#x306F; 2 &#x3064;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5927;&#x8178;&#x83CC; tRNA(Ser) &#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x5E79; microhelices &#x306E; x &#x7DDA;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E; Trna aminoacylated &#x540C;&#x3058; seryl tRNA &#x5408;&#x6210;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x3089;&#x305B;&#x3093;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3001;&#x6C34;&#x548C;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30DE;&#x30B0;&#x30CD;&#x30B7;&#x30A6;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30C7;&#x30E5;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x69CB;&#x9020;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x884C;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x3088;&#x304F;&#x53D7;&#x3051;&#x5165;&#x308C;&#x3001;RNA &#x306E;&#x6C34;&#x548C;&#x304C; RNA &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3068;&#x526F;&#x6E9D;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x6EB6;&#x5A92;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x304C; RNA &#x306E;&#x7279;&#x5225;&#x306A;&#x95A2;&#x6570;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3002;&#x4E21;&#x65B9; tRNA(Ser) microhelices &#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;tRNA &#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x30A2;&#x30B7;&#x30EB;&#x830E;&#x306B;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x5468;&#x56F2;&#x306E;&#x6C34;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x914D;&#x7F6E;&#x3001;isoacceptor &#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3001;&#x6700;&#x7D42;&#x7684;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x539F;&#x5B50;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x52A9;&#x3051;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

2 &#x3064;&#x306E; tRNASer &#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x5E79;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x91CD;&#x306D;&#x5408;&#x308F;&#x305B;: &#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x6C34;&#x548C;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; tRNA(Ser) &#xC218;&#xB77D;&#xC790; &#xC904;&#xAE30; microhelices&#xC758; x-&#xC120; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB450; tRNAs &#xAC19;&#xC740; seryl-tRNA-&#xD569;&#xC131; &#xD558; &#xC5EC; aminoacylated&#xB85C; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD5EC;&#xB9AC;&#xCEEC; &#xB098; &#xB780;, &#xC218; &#xD654; &#xD328;&#xD134; &#xBC0F; &#xB9C8;&#xADF8;&#xB124;&#xC298; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC870;&#xC0AC;&#xB97C; &#xBAA8;&#xB450; duplexes&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xAD6C;&#xC870; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC798; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;, RNA&#xC758; &#xC218; &#xD654; RNA-&#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD55C;&#xB2E4; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC18C;&#xD55C; groove &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC6A9; &#xB9E4;&#xC758; &#xC99D;&#xAE30;&#xC555; RNA&#xC5D0; &#xD2B9;&#xBCC4; &#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB450; tRNA(Ser) microhelices&#xC758; &#xC790;&#xC138;&#xD55C; &#xBE44;&#xAD50; &#xC8FC;&#xBCC0;&#xC758; &#xBB3C; &#xBD84;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; tRNA aminoacyl &#xC904;&#xAE30;&#xB294; isoacceptor&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xBC30;&#xC5F4;&#xC5D0; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xACB0;&#xAD6D; &#xC6D0;&#xC790; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC774; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB450; &#xAC1C;&#xC758; tRNASer &#xC218;&#xB77D;&#xC790; &#xC904;&#xAE30; &#xD06C;&#xB9AC;&#xC2A4;&#xD0C8; &#xAD6C;&#xC870; &#xC911;&#xCCA9;: &#xAD6C;&#xC870;, ligands &#xBC0F; &#xC218; &#xBD84;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50;.

Solucionamos las estructuras de rayos x de dos Escherichia coli tRNA(Ser) aceptador de la madre microhelices. Como ambos tRNAs son aminoacylated por la misma seril-tRNA-sintetasa, realizamos un an&aacute;lisis comparativo de la estructura de dos d&uacute;plex para investigar la conformaci&oacute;n helicoidal, los patrones de la hidrataci&oacute;n y los sitios de uni&oacute;n de magnesio. Es bien aceptado, que la hidrataci&oacute;n del ARN juega un papel importante en las interacciones RNA-prote&iacute;na y que el extenso contenido de solvente de surco menor tiene una funci&oacute;n especial en el ARN. La comparaci&oacute;n detallada de ambos microhelices tRNA(Ser) proporciona informaci&oacute;n detallada sobre el arreglo estructural de la isoacceptor tallos de aminoacil ARNt con respecto a las mol&eacute;culas de agua circundantes y eventualmente puede ayudarnos a entender su funci&oacute;n biol&oacute;gica en la resoluci&oacute;n at&oacute;mica.

Superposici&oacute;n de dos estructuras de cristal tRNASer aceptador v&aacute;stago: comparaci&oacute;n de la estructura, ligandos e hidrataci&oacute;n.

RNA &#x8A8A;&#x672C;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x57FA;&#x56E0;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6D89;&#x53CA;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;) &#x548C;&#x542B;&#x6709; microRNA &#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269; (miRNPs) &#x8868;&#x793A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x4F9D;&#x8D56;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x4EA4;&#x8054;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs &#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x70B9;&#x3002;&#x4EA4;&#x8054;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E2D;&#x7F16;&#x5199;&#x4ECE; immunopurified RNPs 4 thiouridine &#x6CBB;&#x7597;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x589E;&#x80DE;&#x82F7;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x80F8;&#x82F7;&#x6240;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7684;&#x5BC6;&#x96C6;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; PUM2&#x3001; QKI&#x3001; IGF2BP1 3&#x3001; &#x6208;/EIF2C1-4 &#x548C; TNRC6A C.&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56E0;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x5305;&#x542B;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x4E3A; exonic &#x4E0E;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x559C;&#x597D;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8DE8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x7CBE;&#x786E;&#x6620;&#x5C04;&#x5C06;&#x8FC5;&#x901F;&#x65B0;&#x5174;&#x6570;&#x636E;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x5982;&#x4F55;&#x8D21;&#x732E;&#x590D;&#x6742;&#x9057;&#x4F20;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7531; PAR &#x526A;&#x8F91; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C; microRNA &#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.

Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.

Transcrits d&#x26;#39;ARN sont soumis &#xE0; la r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes post-transcriptionnelle impliquant des centaines de prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN (pratiques commerciales restrictives) et des complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques microARN contenant (miRNPs) exprim&#xE9;es de fa&#xE7;on d&#xE9;pendante du type cellulaire. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une approche de r&#xE9;ticulation &#xE0; base de cellules pour d&#xE9;terminer &#xE0; haute r&#xE9;solution et du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle des sites de liaison des pratiques commerciales restrictives cellulaires et miRNPs. Les sites r&#xE9;ticul&#xE9;s sont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9;es par la thymidine &#xE0; des transitions cytidine dans les ADNc pr&#xE9;par&#xE9;s &#xE0; partir de immunopurifi&#xE9; RNP de la 4-thiouridine cellules trait&#xE9;es. Nous avons d&#xE9;termin&#xE9; les sites de liaison et les cons&#xE9;quences r&#xE9;glementaires de plusieurs pratiques commerciales restrictives intens&#xE9;ment &#xE9;tudi&#xE9;es et miRNPs, y compris PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 et TNRC6A-C. Notre &#xE9;tude a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que ces facteurs se lient des milliers de sites contenant des motifs de s&#xE9;quence d&#xE9;finis et ont des pr&#xE9;f&#xE9;rences distinctes pour exonique contre intronique ou de codage par rapport &#xE0; des r&#xE9;gions non traduites transcription. La cartographie pr&#xE9;cise des sites de liaison &#xE0; travers le transcriptome sera cruciale pour l&#x26;#39;interpr&#xE9;tation des donn&#xE9;es se font jour rapidement sur la variation g&#xE9;n&#xE9;tique entre les individus et la fa&#xE7;on dont ces variations contribuent &#xE0; des maladies g&#xE9;n&#xE9;tiques complexes.

Transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle d&#x26;#39;identification de l&#x26;#39;ARN-binding protein et sites cibles microARN par PAR-CLIP

RNA-Transkripte unterliegen Posttranscriptionale Genregulation bei denen hunderte von RNA-bindende Proteine (RBPs) und MicroRNA-haltigen-Gebiets-komplexe (MiRNPs) in einer Art von Zelle abh&auml;ngigen Weise ausgedr&uuml;ckt. Wir entwickelten einen zellbasierte vernetzender Ansatz um die Bindungsstellen der zellul&auml;ren RBPs und MiRNPs bei hoher Aufl&ouml;sung und Transkriptom-weite zu bestimmen. Die vernetzte Standorte sind durch Thymidin zu Cytidin &Uuml;berg&auml;nge in die cDNAs aus Immunopurified RNPs 4-Thiouridine-behandelte Zellen vorbereitet offenbart. Wir entschlossen die Bindungsstellen und regulatorische Konsequenzen f&uuml;r mehrere intensiv studierte RBPs und MiRNPs, einschlie&szlig;lich PUM2, QKI, IGF2BP1-3, her/EIF2C1-4 und TNRC6A-C. Unsere Studie ergab, dass diese Faktoren binden Tausende von Seiten mit definierten Sequenz Motive und unterschiedliche Vorlieben haben f&uuml;r exonic versus verband intronic oder Codierung gegen&uuml;ber nicht &uuml;bersetzte Abschrift Regionen. Die genaue Zuordnung der Bindung von Websites &uuml;ber das Transkriptom ist entscheidend, um die Interpretation der sich schnell verbreitende Daten auf genetische Variation zwischen Individuen und wie diese Variationen zu komplexen genetischen Erkrankungen beitragen.

Transkriptom-weite Identifikation von RNS-bindene Protein und MicroRNA Ziel-Sites von PAR-CLIP.

Trascrizioni di RNA sono soggetti a regolazione genica posttranscriptional coinvolgendo centinaia di RNA-binding proteins (RBPs) e microRNA contenenti complessi ribonucleoproteina (miRNPs) espressi in modo dipendente dal tipo di cellula. Abbiamo sviluppato un approccio basato sulle celle reticolazione per determinare a livello transcriptome e ad alta risoluzione i siti di legame di RBPs cellulare e miRNPs. I siti di reticolati sono rivelati da timidina a transizioni citidina in cDNAs preparato da immunopurified RNPs di cellule 4-thiouridine-trattati. Abbiamo determinato i siti di legame e conseguenze normative per diversi RBPs intensamente studiato e miRNPs, tra cui PUM2, QKI, IGF2BP1-3, 4-fa/EIF2C1 e TNRC6A-C. Il nostro studio &egrave; emerso che questi fattori legano migliaia di siti che contengono motivi di sequenza definita e hanno preferenze distinte per untranslated esonico versus intronic o codifica versus regioni di trascrizione. La precisa mappatura dei siti di legame attraverso il trascrittoma sar&agrave; fondamentale per l&#39;interpretazione dei dati rapidamente emergenti sulla variazione genetica tra individui e come tali variazioni contribuiscono a malattie genetiche complesse.

Transcriptome identificazione dei siti di RNA-binding protein e microRNA bersaglio da PAR-CLIP.

RNA&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x3001;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;RBP&#xFF09;&#x3068;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7D30;&#x80DE;&#x578B;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x5F62;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;miRNPs&#xFF09;&#x6570;&#x767E;&#x4EBA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3084;&#x643A;&#x5E2F;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x67B6;&#x6A4B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;4  - &#x30C1;&#x30AA;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;RNP&#x306F;&#x3092;&#x514D;&#x75AB;&#x7CBE;&#x88FD;&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;cDNA&#x3067;&#x30B7;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x9077;&#x79FB;&#x306B;&#x30C1;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;PUM2&#x3001;QKI&#x3001;IGF2BP1-3&#x3001;AGO/EIF2C1-4&#x3068;TNRC6A-C&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x71B1;&#x5FC3;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x304C;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5BFE;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x8EE2;&#x5199;&#x9818;&#x57DF;&#x5BFE;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x55DC;&#x597D;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x9593;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x4EBA;&#x3068;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x306F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x3078;&#x306E;&#x8CA2;&#x732E;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x65B0;&#x8208;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x89E3;&#x91C8;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

PAR-CLIP&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;microRNA&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;

RNA &#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs)&#xC640; microRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC218;&#xBC31; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; posttranscriptional &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; ribonucleoprotein &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C; (miRNPs) &#xC140; &#xD0C0;&#xC785; &#xC885;&#xC18D; &#xD328;&#xC158;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; RBPs &#xBC0F; Mirnps&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB192;&#xC740; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; transcriptome &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xAC00;&#xAD50; &#xC140; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. Crosslinked &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD2F0; &#xBBF8; &#xB518; immunopurified 4 thiouridine &#xCE58;&#xB8CC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; Rnps&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44; &#xB41C; Cdnas&#xC5D0; cytidine &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80;&#xC640; miRNPs, PUM2, QKI, IGF2BP1 3, &#xC804;/EIF2C1-4&#xC640; TNRC6A C&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5EC;&#xB7EC; RBPs &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xACB0;&#xACFC; &#xACB0;&#xC815; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC1D;&#xD600; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB300;&#xB85C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0;, intronic &#xB610;&#xB294; &#xCF54;&#xB529; &#xB300; &#xB300; exonic untranslated&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xD2B9;&#xD61C;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4; &#xB300; &#xBCF8; &#xC601;&#xC5ED;. Transcriptome &#xAC78;&#xCCD0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xB9E4;&#xD551; &#xAC1C;&#xC778;&#xACFC;&#xC774; &#xBCC0;&#xC774; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC2E0;&#xD765; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xD574;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; microRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758;.

Las transcripciones de ARN est&#xE1;n sujetos a la regulaci&#xF3;n de genes postranscripcional que participaron cientos de ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n a las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas () y que contienen complejos de microARN-ribonucleoprote&#xED;na (miRNPs) expresados &#x200B;&#x200B;en forma de c&#xE9;lulas de tipo dependiente. Hemos desarrollado un enfoque reticulaci&#xF3;n a base de c&#xE9;lulas para determinar en alta resoluci&#xF3;n y en todo el transcriptoma de los sitios de uni&#xF3;n de las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas y miRNPs celulares. Los sitios reticuladas son reveladas por timidina a las transiciones de citidina en los ADNc preparadas a partir de immunopurified RNPs de 4-tiouridina c&#xE9;lulas tratadas. Se determinaron los sitios de uni&#xF3;n y las consecuencias reglamentarias para varias pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas intensamente estudiados y miRNPs, incluyendo PUM2, QKI, IGF2BP1 3, AGO/EIF2C1-4 y TNRC6A-C. Nuestro estudio revel&#xF3; que estos factores se unen miles de sitios que contengan la secuencia de motivos definidos y tienen distintas preferencias de exonic contra intr&#xF3;nica o codificaci&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con las regiones no traducidas de transcripci&#xF3;n. La asignaci&#xF3;n exacta de los sitios de uni&#xF3;n de todo el transcriptoma ser&#xE1; fundamental para la interpretaci&#xF3;n de los datos que emergen r&#xE1;pidamente sobre la variaci&#xF3;n gen&#xE9;tica entre los individuos y c&#xF3;mo estas variaciones contribuyen a enfermedades gen&#xE9;ticas complejas.

Alexander Ulrich

Howard Hughes Medical Institute,
Laboratory of RNA Molecular Biology,
Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology

Rockefeller University

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

Alexander Ulrich

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Howard Hughes Medical Institute,Laboratory of RNA Molecular Biology,Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology

Rockefeller University

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

Howard Hughes Medical Institute,
Laboratory of RNA Molecular Biology,
Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology