Sonication and Biotin Pull-Down of Scarce Cells DNA

Nachdem Sie die DNA gereinigt haben, beginnen Sie mit der Einnahme von ligiertem und devernetztem verdautem Chromatin der knappen Zellen. Stellen Sie den Wasserbad-Ultraschallgerät auf einen Tastverhältnis von 20 %, eine Spitzeneinfallsleistung von 50 bis 200 Zyklen pro Stoß für 65 Sekunden und einen Temperaturbereich von 6 bis 10 Grad Celsius ein und beschallen Sie das ligierte und devernetzte verdaute Chromatin. Nach der Endreparatur der Probe werden 150 Mikroliter C1-Streptavidin-Kügelchen pro Probe in ein 1,5-Milliliter-Röhrchen überführt.

Legen Sie sie auf einen 1,5-Milliliter-Röhrenmagneten und warten Sie, bis alle Perlen an der Wand kleben. Entfernen Sie dann den Überstand und lassen Sie die Perlen zurück. Waschen Sie als Nächstes die Perlen, indem Sie 400 Mikroliter Tween-Puffer hinzufügen und sie mit weichem Wirbeln wieder aufhalten.

Setzen Sie die Röhre wieder in den Magneten ein, bis alle Perlen an der Wand haften. Entfernen Sie dann den Überstand und lassen Sie die Perlen zurück. Nachdem Sie die Beads in 300 Mikrolitern 2X No-Tween-Puffer oder NTB resuspendiert haben, kombinieren Sie sie mit den 300 Mikrolitern der Probe.

Zum Schluss 15 Minuten lang bei Raumtemperatur inkubieren, um die informativen DNA-Fragmente mit Biotin nach unten zu ziehen.