Öffnen Sie zunächst einen Webbrowser und navigieren Sie zu dem Link, um auf die Funktion "Joint Pathway Analysis" auf der MetaboAnalyst-Website zuzugreifen. Greifen Sie auf den Ordner zu, in dem die Ausgabedateien der Implementierung von DeepOmicsAE gespeichert sind, und öffnen Sie die Textdateien mit dem Namen module_n. txt für jedes generierte Signalisierungsmodul.
Suchen Sie in den Textdateien die Liste der Proteine und kopieren Sie sie. Fügen Sie auf der MetaboAnalyst-Webseite die kopierte Liste der Proteine in das Fenster Proteine mit optionalen Faltungsänderungen des Gens ein. Wiederholen Sie den Vorgang für Metaboliten und fügen Sie sie in die Verbindungsliste mit optionalem Faltenänderungsfenster auf derselben Webseite ein.
Wählen Sie den entsprechenden Organismus und den ID-Typ aus. Senden Sie dann die Informationen, indem Sie unten auf der Seite auf Senden klicken. Überprüfen Sie auf der folgenden Seite die ID-Zuordnung, um sicherzustellen, dass die Bezeichner korrekt erkannt werden, und klicken Sie dann auf Fortfahren.
Wählen Sie auf der Seite Parametereinstellung die Option Integrierte Stoffwechselwege oder Alle integrierten Signalwege aus, um den Beitrag der Eingabe zu metabolischen oder allen Signalwegen zu visualisieren. Wählen Sie im Bereich "Algorithmusauswahl" die Option "Anreicherungsanalyse", "Hypergeometrischer Test". Topologiemaß, Gradzentralität; und Integrationsmethode, Kombinieren Sie p-Werte auf Pfadebene. Klicken Sie unten auf der Seite auf Senden.
Auf der letzten Seite, Ergebnisansicht, werden die Ergebnisse der Anreicherungsanalyse angezeigt. Dazu gehören Diagramme angereicherter Pfade basierend auf ihrer Wirkung und Bedeutung sowie eine tabellarische Liste von Pfaden. Die MetaboAnalyst-Interpretation der Signalmodule, die mit DeepOmicsAE an einem Datensatz aus Gehirnproben von gesunden oder Alzheimer-Patienten erhalten wurden, zeigte, dass für jedes Signalmodul unterschiedliche Stoffwechsel- und Signalwege angereichert wurden.
Darüber hinaus zeigte die Charakterisierung der Wechselwirkungen zwischen klinischen Merkmalen und Signalmodulen, dass der veränderte Glycerolipidstoffwechsel bei den Alzheimer-Patienten mit ihrem Geschlecht und Alter zum Zeitpunkt des Todes zusammenhängt. Umgekehrt treten Veränderungen der Synapsen und der Axonfunktionalität bei Alzheimer-Patienten auf, unabhängig von Geschlecht, Bildungsniveau und Langlebigkeit.
