Dieses Protokoll behandelt die Installation und die praktischen Schritte für die Verwendung einer computergestützten Pipeline, die entwickelt wurde, um Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten von chimären nicht-kodierenden RNA-Ziel-RNA-Interaktionen zu analysieren. Die molekulare Strategie zur Bildung chimärer RNAs ist eine relativ neue Entwicklung, die im Vergleich zu früheren biochromatischen Vorhersagewerkzeugen Vorteile beim eindeutigen Verständnis der genomweiten nicht-kodierenden RNA-Ziel-RNA-Interaktionslandschaft bietet. Sequenzierungsdaten, die aus der Hochdurchsatz-Sequenzierung der chimären RNAs generiert werden, können für neue Anwender dieser Strategie eine analytische Herausforderung darstellen.
Wir haben eine plattformübergreifende Open-Source-Rechenpipeline eingerichtet, die hochgradig annotiert ist, um es Einsteigern zu ermöglichen, Daten aus ihren chimären nicht-kodierenden RNA-Ziel-RNA-Sequenzierungsexperimenten zu analysieren. In zukünftigen Experimenten plant das Mefford-Labor, computergestützte Analysen von Datensätzen zu verwenden, die aus unseren laufenden Untersuchungen zur posttranskriptionellen Regulation im Nervensystem von Säugetieren generiert wurden, sowie einen Update-Scrap auf unserem GitHub zu pflegen.
