Questo protocollo copre l'installazione e le fasi pratiche per l'uso di una pipeline computazionale progettata per analizzare i dati di sequenziamento ad alto rendimento da interazioni chimeriche tra RNA non codificante e RNA bersaglio. La strategia molecolare per formare RNA chimerici è uno sviluppo relativamente recente che presenta vantaggi rispetto ai precedenti strumenti di previsione biocromatica nel comprendere in modo inequivocabile il panorama di interazione RNA non codificante a livello di genoma-RNA bersaglio. I dati di sequenziamento generati dal sequenziamento ad alto rendimento degli RNA chimerici possono rappresentare una sfida di analisi per i nuovi utenti di questa strategia.
Abbiamo stabilito una pipeline computazionale multipiattaforma open source altamente annotata per consentire agli utenti entry-level di analizzare i dati dei loro esperimenti chimerici di sequenziamento dell'RNA bersaglio dell'RNA non codificante. Negli esperimenti futuri, il laboratorio di Mefford prevede di utilizzare l'analisi computazionale mediante scrap su set di dati generati dalle nostre indagini in corso sulla regolazione post-trascrizionale nel sistema nervoso dei mammiferi, nonché di mantenere uno scrap di aggiornamento sul nostro GitHub.
