מדריך לניתוח חישובי עבור Chimeric Small Noncoding RNA: Target RNA Sequencing Libraries

פרוטוקול זה מכסה את ההתקנה ואת השלבים המעשיים לשימוש בצנרת חישובית שנועדה לנתח נתוני ריצוף בתפוקה גבוהה מאינטראקציות כימריות שאינן מקודדות RNA-target RNA. האסטרטגיה המולקולרית ליצירת רנ"א כימרי היא פיתוח חדש יחסית שיש לו יתרונות בהשוואה לכלי חיזוי ביוכרומטיים קודמים בהבנה חד-משמעית של נוף האינטראקציה בין רנ"א ליעד RNA שאינו מקודד בגנום. נתוני ריצוף המופקים מריצוף התפוקה הגבוהה של הרנ"א הכימרי יכולים להוות אתגר ניתוח למאמצים חדשים של אסטרטגיה זו.

הקמנו צינור חישובי חוצה פלטפורמות בקוד פתוח עם הערות רבות כדי לאפשר למשתמשים ברמת הכניסה לנתח נתונים מניסויי ריצוף הרנ"א הכימריים שלהם שאינם מקודדים. בניסויים עתידיים, מעבדת Mefford מתכננת להשתמש בניתוח חישובי על ידי גרוטאות על מערך נתונים שנוצר מהחקירות המתמשכות שלנו על ויסות לאחר שעתוק במערכת העצבים של יונקים, כמו גם לשמור על גרוטאת עדכון ב- GitHub שלנו.