著者スポットライト:ハイスループットシーケンシングデータにおけるキメラノンコーディングRNA-ターゲットRNA相互作用を解析するための計算パイプライン

このプロトコルは、キメラのノンコーディングRNAとターゲットRNA相互作用からのハイスループットシーケンシングデータを分析するために設計された計算パイプラインを使用するためのインストールと実践的な手順をカバーしています。キメラRNAを形成する分子戦略は比較的最近の開発であり、ゲノムワイドなノンコーディングRNAと標的RNA相互作用のランドスケープを明確に理解する上で、以前のバイオクロマティック予測ツールと比較すると有利です。キメラRNAのハイスループットシーケンシングから生成されたシーケンシングデータは、この戦略の新規採用者にとって解析上の課題となる可能性があります。

私たちは、エントリーレベルのユーザーがキメラノンコーディングRNA標的RNAシーケンシング実験からのデータを分析できるように、高度な注釈が付けられたオープンソースのクロスプラットフォーム計算パイプラインを確立しました。今後の実験では、哺乳類の神経系における転写後制御に関する継続的な調査から生成されたデータセットのスクラップによるコンピューター解析を使用し、GitHubで更新スクラップを維持する予定です。