Wir möchten uns bei Xiaolan Ye bedanken, da dieses Protokoll als Ergebnis einer Beobachtung entwickelt wurde, die sie ursprünglich gemacht hat. Wir danken allen ehemaligen und aktuellen Mitgliedern des Petrascheck-Labors für ihre Hilfe bei der Entwicklung und Optimierung dieses Protokolls. Diese Arbeit wurde gefördert durch R21 AG080376 (an M.P.). Einige Stämme wurden vom CGC zur Verfügung gestellt, das vom NIH Office of Research Infrastructure Programs (P40 OD010440) finanziert wird.

<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66422/66422fig01.jpg"> Abbildung 1: Schematische Darstellung des bakteriellen Clearance-Assays. Grafische Gliederung der Hauptabschnitte des Protokolls (von oben nach unten): Vorbereitung von Bakterien, Synchronisierung der Wurmpopulation, Aussaat in 96-Well-Platten, Sterilisation von Würmern, Hinzufügen von Medikamenten, Messung von OD600 an Tag 1 und Tag 4. Eine detaillierte Beschreibung dieser einzelnen Schritte finden Sie links neben jeder Abbildung. Abkürzungen: OD = optische Dichte; FUdR = Fluordeoxyuridin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66422/66422fig01large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
1. Vorbereitung der Bakterien
HINWEIS: In diesem Abschnitt wird die Vorbereitung der in diesem Assay verwendeten Fütterungsbakterien beschrieben. Der spezifische E. coli-Stamm , der im Assay verwendet wird, wird als OP50 bezeichnet. OP50 ist der am weitesten verbreitete Stamm zur Fütterung von C. elegans. Der verwendete OP50-Stamm ist Carbenicillin/Ampicillin-resistent, was eine Kreuzkontamination der Wurmkultur mit anderen Bakterien verhindert9.
<ol><li>Bereiten Sie den OP50 4-5 Tage im Voraus vor und bestrahlen Sie ihn einen Tag vor der Anwendung. Stellen Sie sicher, dass alle Materialien, die auf OP50 treffen, steril sind29,30.</li>
	<li>Tag -8: Mittwoch (Woche 1):<ol><li>Bereiten Sie das Präinokulum vor, indem Sie 5 ml LB mit 100 μg/ml Ampicillin und 0,1 μg/ml Amphotericin B und eine einzelne OP50-Kolonie beimpfen und ca. 6 h bei 37 °C in einem Bakterienschüttler inkubieren. Impfen Sie frühzeitig, damit die Kultur ausreichend wachsen kann, damit sie trüb wird.</li>
		<li>Sobald die Kultur trüb ist, verdünnen Sie die Präinokulumkultur von OP50 um 1:2.000 in 250 ml TB mit 100 μg/ml Ampicillin. Inkubieren Sie die Kultur über Nacht in einem Bakterienschüttler für 17-19 Stunden bei 37 °C. HINWEIS: Die Kultur sollte nicht länger als 19 h wachsen dürfen.</li>
	</ol></li>
	<li>Tag -7: Donnerstag (Woche 1)<ol><li>Nach der 17-19-stündigen Inkubation wird die OP50-Flüssigkultur in ein steriles Zentrifugationsröhrchen überführt und 15 Minuten lang bei 3.100 × g in einer Tischzentrifuge bei 4 °C zentrifugiert.</li>
		<li>Entsorgen Sie den Überstand, resuspendieren Sie das OP50-Pellet mit sterilem Wasser und zentrifugieren Sie es erneut. Wiederholen Sie diese Wäsche 2x.</li>
		<li>Nach dem zweiten Waschen den Überstand entsorgen, das OP50-Pellet in sterilem Wasser auf ein Volumen von 50 mL resuspendieren und in ein vorgewogenes konisches 50-ml-Röhrchen umfüllen. Pelletieren Sie den OP50 durch Zentrifugation für 20 min bei 3.100 × g in einer Tischzentrifuge bei 4 °C.</li>
		<li>Entfernen Sie nach dem dritten Waschen vorsichtig alle restlichen Überstände und stellen Sie sicher, dass kein Wasser in der Tube verbleibt. Berechnen Sie das Gewicht des Pellets, indem Sie das Gewicht des leeren Zentrifugationsrohrs vom Gewicht des Zentrifugationsrohrs mit dem Pellet abziehen. HINWEIS: Die Pelletgewichte liegen in der Regel zwischen 3 und 3,5 g.</li>
		<li>Resuspendieren Sie das OP50-Pellet gründlich im S-vollständigen Puffer auf eine Konzentration von 100 mg/ml und stellen Sie sicher, dass keine Klumpen vorhanden sind.</li>
		<li>Es ist darauf zu achten, dass die Konzentration von OP50 bei 100 mg/ml 2 ×10 10 Bakterien/ml entspricht. Wenn der Zusammenhang zwischen der optischen Dichte und der Anzahl der Bakterien pro mL bekannt ist, ist die Bakterienkonzentration pro mL spektrophotometrisch zu bestimmen. Falls erforderlich, verwenden Sie den S-Complete-Puffer, um die Konzentration der OP50-Fütterungslösung auf 2 × 1010 Bakterien/ml einzustellen.</li>
		<li>Testen Sie das OP50 auf einer Agarplatte, um festzustellen, ob es kontaminiert ist.</li>
		<li>Lagern Sie den OP50 in einem S-vollständigen Puffer bei 4 °C.</li>
	</ol></li>
</ol>
<ol start="4"><li>Tag -3: Montag (Woche 2)<ol><li>Töten Sie die Bakterien durch Röntgenbestrahlung ab, um das Bakterienwachstum während des Assays zu verhindern.</li>
	</ol></li>
</ol>2. Synchrone Vorbereitung der Wurmkultur
HINWEIS: In diesem Abschnitt wird die Vorbereitung einer synchronen Wurmpopulation erläutert. Alle Materialien, die mit den Wurmpopulationen in Berührung kommen, sind steril. Alle Platten werden, sofern nicht anders angegeben, bei 20 °C aufbewahrt.
<ol><li>Tag -6: Freitag (Woche 1), 16:00 Uhr<ol><li>Übertragen Sie die Tiere auf einen frischen Teller.<ol><li>Nehmen Sie eine NGM-Platte, auf der der größte Teil der Wurmpopulation aus ausgehungerten L1-Larven besteht. HINWEIS: Eine gemischte Grundgesamtheit führt ebenfalls zu Ergebnissen. Die Verwendung von L1-Würmern, die lange Zeit ausgehungert wurden, kann das Fressverhalten in den aktuellen oder zukünftigen Generationen beeinflussen, da Hunger epigenetische Spuren für mindestens drei Generationen hinterlassen kann.</li>
			<li>Waschen Sie die Würmer mit nicht mehr als 1 ml sterilem Wasser ab. Aliquotieren Sie ~300 μL der abgewaschenen Wurmpopulation auf NGM-Platten, die mit konzentriertem OP50 (~300 mg/ml) besiedelt sind. Lassen Sie die Platten entweder unter einem Plattentrockner oder einem Bunsenbrenner trocknen. Inkubieren Sie die Platten bei 20 °C, bis ein Großteil der Population trächtige adulte Tiere enthält (Montag). HINWEIS: Dieser Zeitrahmen ist für eine Wildtyp-N2-Wurmpopulation optimiert und kann von Stamm zu Stamm variieren. Würmer mit Entwicklungsverzögerungen sollten berücksichtigt und früher in Stücke geschnitten und/oder früher ausgesät werden, damit alle getesteten Stämme gleichzeitig das Erwachsenenalter erreichen.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
	<li>Tag -3: Montag (Woche 2) 10:00 Uhr<ol><li>Einrichten einer synchronen Population VORSICHT! Bleichmittel sind ätzend für Haut und Augen. Für die Handhabung sind Handschuhe und eine Schutzbrille erforderlich.<ol><li>Sammeln Sie Würmer, indem Sie sie mit bis zu 10 ml sterilem Wasser von der Platte waschen. Übertragen Sie diese Wurm-Wasser-Lösung in ein konisches 15-ml-Röhrchen.</li>
			<li>Waschen Sie die Würmer durch die Schwerkraft ca. 4 min lang auf der Tischplatte (umgekehrt 2 min durch Zentrifugation in einer Tischzentrifuge bei 310 × g waschen.</li>
			<li>Entsorgen Sie den Überstand durch Aspiration mit einer kleinen Spitze und fügen Sie bis zu 15 ml steriles Wasser hinzu. 3x wiederholen.</li>
			<li>Entfernen Sie den Überstand und fügen Sie 5 mL einer frisch zubereiteten Bleich-/NaOH-Lösung hinzu (1,8 mL Haushaltsbleichmittel, 0,5 mL 10 N NaOH, 7,7 mL dH2O).</li>
			<li>5 Minuten bei Raumtemperatur inkubieren oder bis die Würmer aufbrechen. Wirbeln Sie mindestens 10 s lang jede Minute sanft ein. Überwachen Sie den Fortschritt unter dem Präpariermikroskop. HINWEIS: Die Zeit, die benötigt wird, um die Würmer aufzubrechen, kann von Stamm zu Stamm variieren. Wenn Sie die Würmer zu lange in der Bleichlösung lassen, kann dies zu nicht lebensfähigen Eiern führen.</li>
			<li>Fügen Sie M9-Puffer hinzu, um die Reaktion zu neutralisieren, sobald alle Erwachsenen aufbrechen oder sich auflösen (das Endvolumen beträgt 15 ml) und zentrifugieren Sie 2 Minuten lang bei 1.300 × g.</li>
			<li>Wasche die Eier 3x mit 13 mL M9 Puffer.</li>
			<li>Waschen Sie die Eier einmal mit 10 mL S-complete-Puffer, indem Sie sie 2 Minuten lang bei 1.300 × g zentrifugieren.</li>
			<li>Aspirieren Sie den Überstand, fügen Sie 10 ml S-vollständig hinzu und übertragen Sie die Suspension in ein frisches konisches 15-ml-Röhrchen. Drehen Sie das Röhrchen vorsichtig bei Raumtemperatur über Nacht auf einem Nähgerät oder einem ähnlichen Gerät.</li>
			<li>Optional: Wenn nach der abschließenden Zentrifugation in S-vollständigem Puffer adulte Schlachtkörper vorhanden sind, filtrieren Sie die Wurmlösung durch ein 40-μm-Zellsieb.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
	<li>Tag -2: Dienstag (Woche 2), 13:00 Uhr<ol><li>Aussaat der Tiere in Teller<ol><li>Prüfen Sie mit einem Präpariergerät, ob die Würmer geschlüpft sind. Bestimmung der Konzentration von Würmern im S-vollständigen Puffer durch Zählung der Wurmpopulation in 10 μl Tropfen mit einem Präparierfernrohr; Zählen Sie 5-10 Tropfen für jede Probe. Wenn die Konzentration der Würmer in jedem 10-μl-Tropfen 30 Würmer pro Tropfen übersteigt, verdünnen Sie den Gesamtbestand mit S-vollständig auf eine niedrigere Wurmdichte pro Tropfen, um die Zählung zu erleichtern.</li>
			<li>Die flüssige Wurmmischung wird in jede Vertiefung einer 96-Well-Platte mit einem Volumen von 120 μl wie folgt ausgesät (Endkonzentrationen): 60 Würmer/ml in S-vollständig, 50 μg/ml Carbenicillin, 0,1 μg/ml Amphotericin und 6 mg/ml OP50, hergestellt in Abschnitt 1. HINWEIS: Das zu präparierende Gesamtvolumen hängt von der Anzahl der Platten ab (~12 mL pro 96-Well-Platte). In jeder Vertiefung sollten sich 6-12 Würmer befinden. Alternativ kann eine große Partikeldurchflusszytometrie, wie z. B. die COPAS FP von Union Biometrica, verwendet werden, um 10 Würmer präzise in jede Vertiefung zu sortieren (siehe Abschnitt Crowding-Effekt).</li>
			<li>Fügen Sie auch eine flüssige Mischung ohne Würmer hinzu: 50 μg/ml Carbenicillin, 0,1 μg/ml Amphotericin und 6 mg/ml OP50, die in Abschnitt 1 hergestellt wurden.</li>
			<li>Geben Sie 120 μl der No-Worms-Mischung in Reihe H der 96-Well-Platte, die zur Bestimmung der Selbstlysewerte verwendet wird, wie bereits erwähnt. 120 μl pro Vertiefung der Mischung mit den Würmern in den Reihen A-G geben. HINWEIS: Stellen Sie sicher, dass die Würmer während des Pipettierens in Schwebe gehalten werden (siehe Abbildung 2A, B). Wir verwenden durchsichtige 96-Well-Platten mit flachem Boden. Unser Plattenlayout unterteilt die Platte, um 4 oder 6 Bedingungen zu erzeugen, bei denen jedes Spaltenpaar eine andere medikamentöse Behandlung oder einen anderen Wurmstamm darstellt und die untere Reihe als "No Worm"-Kontrolle dient (Abbildung 2A, B).</li>
			<li>Um Kontamination und Verdunstung zu vermeiden, versiegeln Sie die Platte mit einem Klebebandversiegeler. Die Platten werden ca. 65 h bei 20 °C inkubiert, bis die Tiere zu L4-Würmern werden.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
	<li>Tag 0: Donnerstag (Woche 2) vor Mittag.<ol><li>Sterilisation der Wurmpopulation durch Zugabe von Fluordesoxyuridin (FUdR).<ol><li>Geben Sie 30 μl einer 0,6 mM FUdR-Stammlösung hinzu, um die Tiere in jeder Vertiefung zu sterilisieren. Verschließen Sie die Platte wieder mit Klebebandversiegelern und schütteln Sie die Platten 20 Minuten lang auf einem Mikrotiterplattenschüttler bei 800 U/min. Platten wieder in den 20 °C Inkubator zurückführen. HINWEIS: In diesem Schritt wird die endgültige OP50-Konzentration von 6 mg/ml auf 5 mg/ml (1 × 109 Bakterien/ml) reduziert, und jede Vertiefung hat ein Endvolumen von 150 μl. Es ist wichtig, FUdR zum L4-Stadium hinzuzufügen, bevor die Tiere das Erwachsenenalter erreichen.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
	<li>Tag 1: Freitag (Woche 2)<ol><li>Fügen Sie der Kultur Drogen hinzu.<ol><li>Vergewissern Sie sich um 9:00 Uhr, dass die meisten Tiere trächtig sind und jede Vertiefung mehrere Eier enthält. Geben Sie bei Bedarf Medikamente in der gewünschten Konzentration hinzu (siehe Diskussion).</li>
			<li>Verschließen Sie die Platten nach der Zugabe des Arzneimittels mit einem Klebeband und schütteln Sie die Platten 20 Minuten lang bei 800 U/min auf einem Plattenschüttler. HINWEIS: Das Schütteln stellt sicher, dass alle Bakterienklumpen aufgelöst werden, ohne die Versiegelung zu berühren. Sowohl bakterielle Klumpen als auch Flüssigkeit auf der Versiegelung verfälschen den OD600-Messwert . Wenn sich Flüssigkeitstropfen auf dem Versiegelungsmittel befinden, schleudern Sie es kurz für 10-20 s bei 310 × g. Nochmals auf dem Shaker 5 min schütteln und abmessen.</li>
			<li>Entfernen Sie nach 20 Minuten Schütteln auf dem Mikrotiterplattenschüttler den Deckel und die Versiegelung und messen Sie den OD600 in einem Plattenlesegerät. Dies ist die Messung des OD600 an Tag 1. Versiegeln Sie die Platten und führen Sie sie in einen 20 °C Inkubator zurück. HINWEIS: Da sich Bakterien schnell ansiedeln, sollte die Messung innerhalb von 10 Minuten nach dem Schütteln der Platten erfolgen.</li>
			<li>Verwenden Sie ein inverses Mikroskop, um die Population der Würmer auf Anzeichen von Kontamination oder Toxizität zu untersuchen, wenn ein Medikament hinzugefügt wurde. Stellen Sie die Platten wieder in den 20 °C heißen Inkubator.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
	<li>Tag 4: Montag (Woche 3)<ol><li>Nehmen Sie die Messung von Tag 4 OD600 .<ol><li>Wiederholen Sie den Lesevorgang ab Tag 1 (Schritt 2.5.1.3), um den Wert für Tag 4 OD600 zu erhalten. Schütteln Sie die Platten vor der OD600-Messung 20 min lang bei 800 U/min auf dem Mikrotiterplattenschüttler.</li>
			<li>Zählen Sie an einem inversen Mikroskop, idealerweise mit einem 2-fach-Objektiv, die Population der Würmer in jeder Vertiefung und notieren Sie sie in einer Tabelle. Stellen Sie die Platten nach dem Zählen wieder in den 20 °C heißen Inkubator. HINWEIS: Ein Beispiel unseres Bewertungsbogens finden Sie in den Zusatzmaterialien.</li>
			<li>Nach der Messung an Tag 4 sind die Messungen der Nahrungsaufnahme abgeschlossen. Bewahren Sie diese Platten bei Bedarf für die Lebensdaueranalyse auf. HINWEIS: Dieses Protokoll ist kompatibel mit Solis und Petrascheck31.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>
3. Analyse der Daten zur Nahrungsaufnahme
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66422/66422fig2_v1.jpg"> Abbildung 2: Design und Analyse. (A, B) Mögliche Plattendesigns für 4 und 6 Bedingungen mit den Kontrollwellen "ohne Wurm" in Reihe H. Diese Vertiefungen sind notwendig, um die Selbstlyserate zu bestimmen. Geben Sie in jeder Platte immer eine unbehandelte N2-Kontrollpopulation als Referenz an. (C) Beispieldaten, die in der bereitgestellten Tabelle gesammelt wurden, mit der Anzahl der Würmer (grüner Kasten), den beiden OD600-Messungen an den Tagen 1 und 4 (orangefarbene Kästchen), den Selbstlysewerten (blauer Kasten) und der Auswertung anhand der Formel (2) ((OD600 -Selbstlyse)/X0) im roten Kasten. Das hier gezeigte konkrete Beispiel verwendet das in (B) gezeigte Plattendesign. Abkürzungen: OD = optische Dichte; X0 = Anzahl der Würmer pro Vertiefung. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66422/66422fig2large_v1.jpg" style="font-size: 14px;" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
HINWEIS: In diesem Abschnitt wird beschrieben, wie die Daten zur Nahrungsaufnahme aus Abschnitt 2 dieses Protokolls analysiert werden. Die ersten Werte, die berechnet werden, sind die Selbstlysekontrollwerte . Bakterien lysieren mit der Zeit in Flüssigkeit, auch wenn keine Würmer vorhanden sind. Dieser Selbstlysewert kann auch durch viele Chemikalien beeinflusst werden und muss kontrolliert werden, da er im Vergleich zur Nahrungsaufnahme eines Wurms relativ groß ist. Wie in Schritt 2.3.1.4 beschrieben und in der Plattenanordnung in Abbildung 2A, B, gezeigt, enthält Reihe H die gleiche Lösung, ohne die Würmer. In unserem in Abbildung 2B gezeigten Plattenaufbau gibt es 14 Wells pro Bedingung mit jeweils zwei Selbstlysekontroll-Wells (Reihe H, "keine Würmer").
<ol><li>Berechnen Sie die Selbstlysekontrollwerte für die Kontrollwells ohne Würmer in jeder Bedingung mit Hilfe von Gleichung ( 1). Stellen Sie sicher, dass für jede Replikatgruppe von Vertiefungen mindestens zwei Vertiefungen ohne Wurmbekämpfung vorhanden sind, wie in Schritt 2.3.1.4 beschrieben. Verwenden Sie den Mittelwert aus allen Kontrollvertiefungen ohne Würmer für den Selbstlysewert für eine Replikatgruppe. Selfysis = Mittelwert(OD600 Tag 1 - OD600 Tag 4) (1) HINWEIS: Für den in Abbildung 2B gezeigten Plattenaufbau würden wir sechs Selbstlysewerte berechnen, einen für jede der sechs Gruppen, indem wir den Mittelwert der beiden Selbstlysekontrollvertiefungen in Reihe H berechnen.</li>
	<li>Berechnen Sie die Nahrungsaufnahme pro Wurm mit Hilfe der Gleichung <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/66422/66422equation2v2.jpg">     (2). HINWEIS: Die in der Tabelle verwendete Formel (rotes Feld, Abbildung 2C), wobei X0 die Anzahl der Würmer pro Vertiefung ist.</li>
	<li>Nachdem die Nahrungsaufnahme pro Wurm für jede Vertiefung bestimmt wurde, berechnen Sie die Durchschnittswerte und die Standardabweichung für die gesamte Erkrankung. HINWEIS: Für den in Abbildung 2B gezeigten Plattenaufbau sind 14 Replikat-Wells pro Bedingung für statistische Vergleiche ausreichend.</li>
	<li>Normalisieren Sie jede Bedingung auf die jeweilige unbehandelte N2-Kontrollpopulation. Geben Sie die Änderung der Fütterung als Faltenänderung oder Prozentsatz der N2-Fütterung an. HINWEIS: Die Normalisierung erfolgt, da die absoluten Werte von OD600/X0 aus Gleichung (2) zwischen Experimenten, die an verschiedenen Tagen durchgeführt werden, variieren können.</li>
</ol>

Hochdurchsatz-Assay zur Messung der Nahrungsaufnahme und Lebensdauer von Caenorhabditis elegans

<ol>
	<li>Taormina, G., Mirisola, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calorie+restriction+in+mammals+and+simple+model+organisms.">Calorie restriction in mammals and simple model organisms.</a> Biomed Res Int. 2014, 308690 (2014).</li><li>Cunningham, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amp-activated+kinase+links+serotonergic+signaling+to+glutamate+release+for+regulation+of+feeding+behavior+in+C.">Amp-activated kinase links serotonergic signaling to glutamate release for regulation of feeding behavior in C.</a> elegans. Cell Metab. 16 (1), 113-121 (2012).</li><li>You, Y. J., Kim, J., Raizen, D. M., Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insulin,+cgmp,+and+tgf-beta+signals+regulate+food+intake+and+quiescence+in+C.">Insulin, cgmp, and tgf-beta signals regulate food intake and quiescence in C.</a> elegans: A model for satiety. Cell Metab. 7 (3), 249-257 (2008).</li><li>Dorman, J. B., Albinder, B., Shroyer, T., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+age-1+and+daf-2+genes+function+in+a+common+pathway+to+control+the+lifespan+of+Caenorhabditis+elegans.">The age-1 and daf-2 genes function in a common pathway to control the lifespan of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 141 (4), 1399-1406 (1995).</li><li>Apfeld, J., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+nonautonomy+of+C.+elegans+daf-2+function+in+the+regulation+of+diapause+and+life+span.">Cell nonautonomy of C. elegans daf-2 function in the regulation of diapause and life span.</a> Cell. 95 (2), 199-210 (1998).</li><li>Srinivasan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuroendocrine+control+of+lipid+metabolism:+Lessons+from+C.">Neuroendocrine control of lipid metabolism: Lessons from C.</a> elegans. J Neurogenet. 34 (3-4), 482-488 (2020).</li><li>Calculli, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systemic+regulation+of+mitochondria+by+germline+proteostasis+prevents+protein+aggregation+in+the+soma+of.">Systemic regulation of mitochondria by germline proteostasis prevents protein aggregation in the soma of.</a> elegans. Sci Adv. 7 (26), eabg3012 (2021).</li><li>Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+feeding+in+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of feeding in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 133 (4), 897-917 (1993).</li><li>Wu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dietary+restriction+extends+lifespan+through+metabolic+regulation+of+innate+immunity.">Dietary restriction extends lifespan through metabolic regulation of innate immunity.</a> Cell Metab. 29 (5), 1192-1205.e8 (2019).</li><li>Chen, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pharmacological+convergence+reveals+a+lipid+pathway+that+regulates+C.+elegans+lifespan.">Pharmacological convergence reveals a lipid pathway that regulates C. elegans lifespan.</a> Nat Chem Biol. 15 (5), 453-462 (2019).</li><li>Gomez-Amaro, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+food+intake+and+nutrient+absorption+in+Caenorhabditis+elegans.">Measuring food intake and nutrient absorption in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 200 (2), 443-454 (2015).</li><li>Mckay, J. P., Raizen, D. M., Gottschalk, A., Schafer, W. R., Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Eat-2+and+eat-18+are+required+for+nicotinic+neurotransmission+in+the+Caenorhabditis+elegans+pharynx.">Eat-2 and eat-18 are required for nicotinic neurotransmission in the Caenorhabditis elegans pharynx.</a> Genetics. 166 (1), 161-169 (2004).</li><li>Hobson, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ser-7,+a+Caenorhabditis+elegans+5-ht7-like+receptor,+is+essential+for+the+5-ht+stimulation+of+pharyngeal+pumping+and+egg+laying.">Ser-7, a Caenorhabditis elegans 5-ht7-like receptor, is essential for the 5-ht stimulation of pharyngeal pumping and egg laying.</a> Genetics. 172 (1), 159-169 (2006).</li><li>Deshpande, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantifying+Drosophila+food+intake:+Comparative+analysis+of+current+methodology.">Quantifying Drosophila food intake: Comparative analysis of current methodology.</a> Nat Methods. 11 (5), 535-540 (2014).</li><li>Webster, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+rnai+screen+for+fat+regulatory+genes+in+C.+elegans+identifies+a+proteostasis-ampk+axis+critical+for+starvation+survival.">Genome-wide rnai screen for fat regulatory genes in C. elegans identifies a proteostasis-ampk axis critical for starvation survival.</a> Cell Rep. 20 (3), 627-640 (2017).</li><li>Reis Rodrigues, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+ligands+of+cannabinoid+receptors+affect+dauer+formation+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Synthetic ligands of cannabinoid receptors affect dauer formation in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> G3 (Bethesda). 6 (6), 1695-1705 (2016).</li><li>Levichev, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+conserved+endocannabinoid+anandamide+modulates+olfactory+sensitivity+to+induce+hedonic+feeding+in+C.">The conserved endocannabinoid anandamide modulates olfactory sensitivity to induce hedonic feeding in C.</a> elegans. Curr Biol. 33 (9), 1625-1639.e4 (2023).</li><li>Wang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+behavioral+screen+identifies+an+orphan+anti-opioid+system.">Genetic behavioral screen identifies an orphan anti-opioid system.</a> Science. 365 (6459), 1267-1273 (2019).</li><li>Cheong, M. C., Artyukhin, A. B., You, Y. J., Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+opioid-like+system+regulating+feeding+behavior+in+C.">An opioid-like system regulating feeding behavior in C.</a> elegans. Elife. 4, e06683 (2015).</li><li>Lakowski, B., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+caloric+restriction+in+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of caloric restriction in Caenorhabditis elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (22), 13091-13096 (1998).</li><li>Huang, C., Xiong, C., Kornfeld, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurements+of+age-related+changes+of+physiological+processes+that+predict+lifespan+of+Caenorhabditis+elegans.">Measurements of age-related changes of physiological processes that predict lifespan of Caenorhabditis elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (21), 8084-8089 (2004).</li><li>Witham, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+body+cavity+neurons+are+homeostatic+sensors+that+integrate+fluctuations+in+oxygen+availability+and+internal+nutrient+reserves.">C. elegans body cavity neurons are homeostatic sensors that integrate fluctuations in oxygen availability and internal nutrient reserves.</a> Cell Rep. 14 (7), 1641-1654 (2016).</li><li>Hussey, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxygen-sensing+neurons+reciprocally+regulate+peripheral+lipid+metabolism+via+neuropeptide+signaling+in+Caenorhabditis+elegans.">Oxygen-sensing neurons reciprocally regulate peripheral lipid metabolism via neuropeptide signaling in Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Genet. 14 (3), e1007305 (2018).</li><li>Zapata, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adipocytes+control+food+intake+and+weight+regain+via+vacuolar-type+h(+)+atpase.">Adipocytes control food intake and weight regain via vacuolar-type h(+) atpase.</a> Nat Commun. 13 (1), 5092 (2022).</li><li>Clay, K. J., Yang, Y., Clark, C., Petrascheck, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteostasis+is+differentially+modulated+by+inhibition+of+translation+initiation+or+elongation.">Proteostasis is differentially modulated by inhibition of translation initiation or elongation.</a> Elife. 12, e76465 (2023).</li><li>Perez-Gomez, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+phenotypic+caenorhabditis+elegans+screen+identifies+a+selective+suppressor+of+antipsychotic-induced+hyperphagia.">A phenotypic caenorhabditis elegans screen identifies a selective suppressor of antipsychotic-induced hyperphagia.</a> Nat Commun. 9 (1), 5272 (2018).</li><li>Zapata, R. C., Zhang, D., Chaudry, B., Osborn, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Self-administration+of+drugs+in+mouse+models+of+feeding+and+obesity.">Self-administration of drugs in mouse models of feeding and obesity.</a> J Vis Exp. (172), 62775 (2021).</li><li>Zapata, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+clic1+for+the+treatment+of+obesity:+A+novel+therapeutic+strategy+to+reduce+food+intake+and+body+weight.">Targeting clic1 for the treatment of obesity: A novel therapeutic strategy to reduce food intake and body weight.</a> Mol Metab. 76, 101794 (2023).</li><li>Stuhr, N. L., Curran, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+diets+differentially+alter+lifespan+and+healthspan+trajectories+in+C.">Bacterial diets differentially alter lifespan and healthspan trajectories in C.</a> elegans. Commun Biol. 3 (1), 653 (2020).</li><li>Stuhr, N. L., Curran, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Different+methods+of+killing+bacteria+diets+differentially+influence+Caenorhabditis+elegans+physiology.">Different methods of killing bacteria diets differentially influence Caenorhabditis elegans physiology.</a> MicroPubl Biol. 2023, (2023).</li><li>Solis, G. M., Petrascheck, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+caenorhabditis+elegans+life+span+in+96+well+microtiter+plates.">Measuring caenorhabditis elegans life span in 96 well microtiter plates.</a> J Vis Exp. (49), (2011).</li><li>Wofford, M. R., King, D. S., Harrell, T. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drug-induced+metabolic+syndrome.">Drug-induced metabolic syndrome.</a> J Clin Hypertens (Greenwich). 8 (2), 114-119 (2006).</li></ol>

Die Autoren haben keine Interessenkonflikte anzugeben.

Das vorgestellte Protokoll misst die bakterielle Clearance als Messwert für die Nahrungsaufnahme von C. elegans in 96-Well-Mikrotiterplatten. Die Dosis-Wirkungs-Kurven im Abschnitt "Repräsentative Ergebnisse" zeigen, dass der Assay die Nahrungsaufnahme quantitativ misst, eine Vorstellung, die unabhängig von isotopenmarkierten Bakterien bestätigt wurde11. Mit diesem Assay haben wir erfolgreich von der FDA zugelassene Medikamente wie Antipsychotika mit bekannten metabolischen Nebenwirkungen beim Menschen getestet und gezeigt, dass diese Medikamente die Fütterung von C. elegans erhöhen 10,26. Der Assay ist nützlich, um die Genetik oder Pharmakologie der Fütterung zu untersuchen und stellt ein neues Werkzeug für die C. elegans-Forschung zur Untersuchung des Stoffwechsels dar. Dieser Assay bietet eine kostengünstige Methode, um die Fütterung auf skalierbare und zeitsparende Weise zu untersuchen, was bei den meisten anderen Organismen nicht möglich ist. Unsere Arbeit an von der FDA zugelassenen Medikamenten zeigt, dass viele Nebenwirkungen, die bei menschlichen Patienten beobachtet werden, auch bei C. elegans beobachtet werden, was die evolutionäre Konservierung aufzeigt 24,26,32.
Der Assay ist durch die Bakterienkonzentration begrenzt, die innerhalb des linearen Bereichs der OD600-Messung gemessen werden kann. Infolgedessen sind die Anzahl der Würmer und der Bereich der Bakterienkonzentrationen, die untersucht werden können, begrenzt. Zu viele Würmer beeinflussen OD600 , indem sie die Bakterien zu schnell verzehren und somit die Bakterienkonzentration aus dem linearen OD600 "fressen". Unserer Erfahrung nach ist die Variabilität in der bakteriellen Vorbereitung der entscheidende Parameter, der dazu führt, dass die Ergebnisse von Experiment zu Experiment variieren. Wir haben erfolglos versucht, große Mengen von Bakterien einzufrieren oder lyophilisierte Bakterien zu verwenden. In diesen Fällen wurde entweder die Selbstlyserate zu hoch, oder die Bakterien waren von einer Qualität, die die Entwicklung von C. elegans verlangsamte. Unsere Tests waren jedoch nicht erschöpfend, und dieses Problem könnte lösbar sein.
Im Allgemeinen ist die Selbstlyserate der Bakterien am schwierigsten zu kontrollieren und kann zu erheblichen Schwankungen führen. Wir fanden heraus, dass einige Medikamente die Selbstlyserate auf ein Niveau erhöhen können, bei dem der Assay die Nahrungsaufnahme nicht zuverlässig bestimmen konnte. Da die Selbstlyserate im Laufe der Zeit im Assay zunimmt, haben wir die Nahrungsaufnahme über den 5. Tag des Erwachsenenalters hinaus nicht gemessen. In diesem Alter sind die Bakterien ~10 Tage in Kultur. Um die Nahrungsaufnahme nach dem 5. Tag des Erwachsenenalters zu messen, müssen die alten Bakterien abgewaschen und durch frische ersetzt werden.
Der vorgestellte Assay ist eine Erweiterung unseres auf 96-Well-Mikrotiterplatten basierenden Lebensdauer-Assays31. Diese Kombination ermöglicht die Messung der Lebensdauer und der Nahrungsaufnahme in derselben Population. Während der hier vorgestellte Bakterien-Clearance-Assay aufgrund der bakteriellen Selbstlyse keine Bestimmung der Nahrungsaufnahme über das gesamte Leben von C. elegans ermöglicht, liefert er solide Daten für die ersten vier Tage des Erwachsenenalters, die Zeit mit der höchsten Nahrungsaufnahme. Insbesondere für die Entdeckung kleiner molekularer Wirkstoffe ist die Kontrolle der Nahrungsaufnahme unerlässlich. Zusammenfassend gehen wir davon aus, dass der vorgestellte Assay für die C. elegans-Gemeinschaft nützlich sein wird und das Instrumentarium zur Untersuchung des Stoffwechsels oder zur Steuerung des Stoffwechsels im Rahmen von Alterungs- und Lebensdauerstudien erweitert.
Planung: 
Bevor Sie planen, die Nahrungsaufnahme zu messen, müssen einige Überlegungen angestellt werden.
Abtötung der Bakterien:
Wir töten Bakterien durch Bestrahlung mit Röntgenstrahlen in einer konischen 50-ml-Röhre (900 Gray für 4 h eingestellt auf 160,0 kV und 25,0 mA). Für die Bestrahlung verwenden wir den RS2000 von Rad Source. Je nach Ausstattung können die spezifische Zeit und die Strahlendosis von Einrichtung zu Einrichtung variieren. Die vollständige Abtötung der Bakterien muss durch Plattieren der Bakterien nach der Bestrahlung bestimmt werden, um Überlebende durch Wachstum zu erkennen. Es ist wichtig, alle Bakterien abzutöten, um ein Wachstum während des Assays zu verhindern, da dies zu einer Unterschätzung der Fütterung oder sogar zu negativen Fütterungswerten führt. Wichtig ist, dass die Bakterien abgetötet werden, damit C. elegans sie immer noch frisst. Nach unserer Erfahrung gibt es drei Möglichkeiten, große Mengen an Bakterien zuverlässig abzutöten: (i) Bestrahlung durch Röntgenstrahlen, (ii) durch γ-Strahlen und (iii) die Zugabe von Formaldehyd29,30. Die Selbstlyseraten zwischen diesen drei Methoden sind vergleichbar, mit einem Variationskoeffizienten von 8 % zwischen den Selbstlyseraten für die in Abbildung 3B gezeigten Experimente. Methoden, die in unseren Händen nicht zuverlässig funktionierten, waren UV-Bestrahlung, Antibiotika-Cocktails, Hitzeinaktivierung und Natriumazid. Diese Methoden töten die Bakterien entweder nicht vollständig ab (UV-Strahlung und Antibiotika), produzieren Bakterien, die C. elegans nicht frisst (Hitze), oder verändern die Nahrungsaufnahme (Natriumazid).
Anzahl der Replikate: 
Nach unserer Erfahrung sind die Faltenveränderungen in der Fütterung im Vergleich zu den beobachteten Schwankungen in der Regel gering. Daher erfordert die Messung von Veränderungen in der Nahrungsaufnahme mehrere Replikationsvertiefungen. Abbildung 2A,B zeigt 96-Well-Platten, die für vier oder sechs verschiedene Bedingungen ausgelegt sind, mit 21 oder 14 Replikat-Wells und zwei Selbstlyse-Kontrollwells ohne Würmer. Angesichts der großen Variabilität und der relativ geringen zu erwartenden Veränderungen sind 0,5-2,5-fache Veränderungen in der Fütterung tendenziell die untere und obere Grenze. Wir empfehlen 14 bis 21 Replikationsvertiefungen für jede Bedingung und mindestens zwei Selbstlysekontrollvertiefungen, die im Folgenden beschrieben werden. Diese Replikate reichen aus, um quantitative Dosis-Wirkungs-Kurven für Arzneimittel zu erstellen, die die Fütterung verändern11,26.
Selbstlyse-Kontrollen: 
Der OD600 misst die Anzahl der Partikel in einer Lösung, meist unabhängig von der Partikelgröße. Abgestorbene Bakterien werden jedoch lysiert und verlieren ihre Partikelnatur. Wir nennen dies Selbstlyse, die unabhängig von Würmern abläuft und die OD600-Messungen senkt, ohne dass die Würmer fressen. Die Selbstlyse findet während des Assays statt und muss unabhängig voneinander in mindestens zwei Vertiefungen pro Bedingung gemessen werden. Diese Vertiefungen erhalten die gleiche Behandlung wie die anderen unter dem gleichen Zustand, nur dass sie keine Würmer enthalten. Wir fanden heraus, dass viele Medikamente auch die Selbstlyserate verändern können. Daher benötigt jeder Zustand unabhängige Selbstlysekontrollwells mit ihrer jeweiligen Konzentration. Abbildung 2 zeigt einen Plattenaufbau für vier oder sechs Bedingungen, wobei sich alle Selbstlysekontrollwells am unteren Rand der Platte in Reihe H befinden.
N2-Referenzpopulation: 
Wir stellten auch fest, dass die absolute Menge der verzehrten Bakterien zwischen den Experimenten schwanken kann, was höchstwahrscheinlich mit der Qualität der Bakterien zusammenhängt. Trotz aller Bemühungen, sie jedes Mal genau gleich zuzubereiten, gibt es Schwankungen. Zum Beispiel können Bakterien geerntet werden, während sie sich während der logarithmischen Wachstumsphase in einem sich teilenden Zustand befinden, und daher viel größer sein als Bakterien, die in der stationären Phase geerntet werden. Daher können diese einfachen Unterschiede in der Bakteriengröße zu Veränderungen in der Anzahl der verzehrten Bakterien und zu unterschiedlichen OD600-Werten führen, da bei den OD600-Messungen nicht zwischen den Größen unterschieden wird. Aus diesem Grund beziehen wir immer eine Population von unbehandelten N2-Kontrolltieren mit ein, die als Referenzwert dienen, entweder auf 1 oder 100% gesetzt, um festzustellen, ob die Versuchsgruppen mehr oder weniger fressen als die N2-Kontrolle. Diese Praxis ermöglicht Vergleiche zwischen Experimenten, auch wenn die OD600-Werte variieren.
Zeitintervalle: 
Die Verwendung von OD600-Werten zur Messung der Nahrungsaufnahme erfordert eine messbare Abnahme der Bakterienkonzentration. Da das Kulturvolumen viel größer ist als das der Würmer, müssen sie eine erhebliche Menge an Bakterien fressen, um einen nachweisbaren Unterschied zu machen. Um bei OD600-Werten im linearen Bereich zu bleiben, muss die Bakterienkonzentration zwischen ~1 mg/ml und 10 mg/ml liegen, so dass eine beträchtliche Menge an Bakterien verschwinden muss, um sie zu erkennen. Würmer fressen vom späten L4. bis zum 4. Tag des Erwachsenenalters aufgrund der Eiproduktion am meisten. Somit ist dieses Intervall ideal. Kürzere Intervalle wie 24 h können gemessen werden11, aber das ist erheblich schwieriger und erfordert ~40 Wells pro Zustand. Eine weitere Möglichkeit, die Nahrungsaufnahme der Larven zu messen, besteht darin, die Anzahl der Tiere pro Vertiefung zu verdoppeln. Das Problem bei diesem Ansatz ist jedoch, dass zu viele Würmer beginnen, die OD600-Messwerte zu beeinflussen, wenn sie erwachsen werden.
Stammlösungen für zu testende Medikamente: 
Wenn Medikamente wie Serotonin auf ihre Fähigkeit getestet werden, die Fütterung zu modulieren, sollten Sie bei der Zubereitung von Stammlösungen Folgendes beachten. Wir bereiten in der Regel eine 50-fache Brühe für wasserlösliche Arzneimittel vor und fügen 3 μl zu jeder Vertiefung hinzu (1:50), aber auch andere Stammkonzentrationen (100x, 300x) funktionieren. Wenn die Arzneimittel jedoch in anderen Lösungsmitteln als Wasser (z. B. DMSO) verdünnt werden, sollte die Endkonzentration 0,5 % nicht überschreiten. Lösungsmittel werden schnell schädlich für C. elegans. Daher müssen Stammlösungen von Arzneimitteln, die in organischen Lösungsmitteln wie DMSO gelöst sind, 300x oder höher sein.
Bewertung von lebenden und toten Würmern: 
Die Bestimmung von lebenden und toten Tieren basiert auf der Bewegung des Wurms. Es wird starkes Licht, vor allem blaues Licht, verwendet, weil es die Tiere in Bewegung versetzt. Darüber hinaus zeigt die Bewertung der Anzahl der Tiere pro Vertiefung, ob es zu Übersterblichkeit kommt. Übermäßige Todesfälle können bei giftigen Substanzen oder hohen Konzentrationen (>0,5 %) verschiedener Lösungsmittel, einschließlich DMSO, auftreten. In der Regel sollte es weniger als 1:100 (1%) tote Tiere geben. Die Platten können auf dem Mikrotiter-Plattenschüttler 30 s bei 800 U/min geschüttelt werden, wenn sich die Nahrung abgesetzt hat und die Population schwer zu zählen ist. Brunnen mit Männchen oder mehr als 16 Würmern ignorieren (siehe Probleme).
Mögliche Probleme:
Unzureichendes Schütteln: 
In einem flüssigen Medium können sich Bakterien leicht verklumpen und sich am Boden der Vertiefungen absetzen. Unserer Erfahrung nach kann ein Schütteln von weniger als 20 Minuten dazu führen, dass bakterielle Klumpen nicht aufgebrochen und wieder suspendiert werden, was zu ungenauen OD600-Messungen führt. OD600-Messungen in Gegenwart von Bakterienklumpen unterschätzen die Bakterienkonzentration. Zu hohe Einstellungen des Schüttlers können dazu führen, dass die Flüssigkeit an der Versiegelung kleben bleibt. Sobald die Versiegelung für den OD600-Messwert entfernt wird, führt die an der Versiegelung haftende Flüssigkeit zu einem niedrigeren OD600-Messwert . Wenn sich Flüssigkeit auf dem Versiegelungsmittel befindet, drehen Sie die Platte schnell bei niedriger Geschwindigkeit (500-1.000 U/min) und schütteln Sie sie erneut 5 Minuten lang. Stellen Sie außerdem sicher, dass Sie, wie für die Messungen an Tag 1 und Tag 4 angegeben, innerhalb von 10 Minuten nach dem Schütteln der Platten ablesen, um zu verhindern, dass sich die Bakterien absetzen.
Unterschiedliche absolute Werte für die Nahrungsaufnahme zwischen den Experimenten: 
Trotz unserer Bemühungen, die bakteriellen Präparate zu standardisieren, unterscheiden sie sich oft in einer Weise, die sich auf die Nahrungsaufnahme bei Würmern auswirkt. Zum Beispiel unterscheiden sich Bakterien aufgrund ihres sich teilenden Zustands in der Größe, je nachdem, ob sie in der logarithmischen Wachstumsphase oder in der stationären Phase geerntet wurden, wobei die logarithmischen Bakterien größer sind. Da bei OD600-Messungen nicht zwischen den Größen unterschieden wird, können die Unterschiede in der Bakteriengröße aufgrund der Phase, in der die Bakterien geerntet wurden, zu den offensichtlichen Unterschieden in der basalen Nahrungsaufnahme zwischen bakteriellen Präparaten führen. Der beste Weg, zwischen Experimenten zu vergleichen, besteht darin, immer eine unbehandelte N2-Kontrollpopulation einzubeziehen und die Ergebnisse auf diese N2-Population zu normalisieren.
Crowding-Effekte: 
Die Bakterienkonzentration in diesem Protokoll reicht aus, um den OD600 für 2-16 Würmer pro Vertiefung für ~72 h im linearen Bereich zu halten. Abhängig vom interessierenden Medikament kann eine Vertiefung mit mehr als 16 Würmern die Bakterienkonzentration vor der zweiten Messung verringern. Wir haben auch festgestellt, dass Brunnen mit einem Tier tendenziell unzuverlässig sind. Der Lysefaktor überwiegt das, was ein einzelner Wurm frisst. Kleinere Fehler bei der Bestimmung des Lysefaktors betreffen daher überproportional Vertiefungen mit weniger Würmern.
Wir empfehlen, Bohrlöcher von statistischen Analysen auszunehmen, wenn eine der folgenden Bedingungen erfüllt ist. Es gibt Männchen im Brunnen (wir haben keine Daten, die die Nahrungsaufnahme zwischen Männchen und Hermaphroditen vergleichen); Es befinden sich weniger als 2 Würmer im Brunnen oder mehr als 16 Würmer im Brunnen; Die Würmer sind bei der zweiten Lesung tot; oder ob es Nachkommen in den Vertiefungen gibt, weil die FUdR versagt hat. FUdR ist wärmeempfindlich und wird bereits bei Temperaturen von 37 °C inaktiviert. FUdR immer in Wasser mit Raumtemperatur auftauen.
Negative Werte für die Nahrungsaufnahme:
Die Werte für die Nahrungsaufnahme sind gelegentlich negativ, was darauf hindeutet, dass an Tag 4 mehr Nahrung zu sich genommen wird als an Tag 1. Negative Werte für die Nahrungsaufnahme können auf einen der folgenden Faktoren hinweisen: eine hohe Selbstlyserate , die möglicherweise durch ein zugesetztes Medikament verursacht wird, das auf die Bakterien wirkt, oder negative Werte für die Nahrungsaufnahme, die darauf hindeuten können, dass der Brunnen kontaminiert ist und etwas anderes als Würmer wächst. Auch die Selbstlyseraten steigen mit zunehmendem Alter der Bakterien; Daher empfehlen wir, Bakterien zu verwenden, die nicht älter als eine Woche sind. Es wurde ein Medikament hinzugefügt, das im Laufe der Zeit ausfällt und den OD600-Wert beeinflusst. Unzureichendes Schütteln an Tag 1 kann aufgrund von Bakterienklumpen zu einem niedrigeren OD600-Wert führen. Die Würmer wurden hypoxischem Stress ausgesetzt. Dies tritt auf, wenn das Boden-Luft-Verhältnis nicht ausreicht, um einen Sauerstoffaustausch zu ermöglichen. Verwenden Sie die spezielle 96-Well-Platte in Materialien und überschreiten Sie nicht 150 μl (120 μl + 30 μl FUdR) pro Well. Der Abstand zwischen der Oberfläche des Brunnens und dem Boden, wo die Würmer leben, bestimmt die Sauerstoffkonzentration.
Begrenzungen:
Dieser Assay ist auf Flüssigkulturen beschränkt. Das an festen Platten beobachtete Fressverhalten, wie z. B. das Auf- und Verlassen von Rasenflächen, kann mit dem Assay nicht beurteilt werden.

Caenorhabditis elegans wurde in der Alternsforschung ausgiebig eingesetzt.  Es war ein leistungsfähiges Modell, um die Genetik zu untersuchen, die der stoffwechselvermittelten Langlebigkeit zugrunde liegt, die durch Ernährungseinschränkungen, verminderte mitochondriale Aktivität oder verminderte Insulinsignalisierung induziert wird. 1,2,3,4,5,6,7. Die Messung der Fütterung im Kontext der Langlebigkeit hat sich für C. elegans jedoch aufgrund der geringen Größe des Tieres als schwierig erwiesen 3,8,9,10,11,12,13,14,15.
Die Fütterung ist ein grundlegendes biologisches Verhalten, das für das Überleben erforderlich ist, und seine strenge Regulierung ist der Kern der Aufrechterhaltung der Stoffwechselgesundheit, der Fortpflanzung und des Alterns. Das Fressverhalten wird durch mehrere Signalwege sowohl im Nervensystem als auch in der Peripherie gesteuert und kann daher nur in vivo untersucht werden 16,17,18,19. Die Ernährung stellt die erste von drei Säulen dar: (i) die Energieaufnahme, (ii) die Energiespeicherung und (iii) der Energieverbrauch, der die Energiehomöostase eines Organismus steuert. Die Fütterung bei C. elegans wurde hauptsächlich durch Messung des Pharynxpumpens untersucht, der durch die Kontraktionsrate des Pharynx definiert wird. Dieser Ansatz hat entscheidende Einblicke in das Fressverhalten von C. elegans geliefert 3,4,8,12,13,20,21; Das Pumpen des Rachens, insbesondere gemessen über kurze Zeiträume von Minuten, korreliert jedoch nicht unbedingt mit der Nahrungsaufnahme.
Die Nahrungsaufnahme wird nicht nur durch die pharyngeale Pumprate bestimmt, sondern auch durch Parameter wie Dauer und Häufigkeit der Fressvorgänge und die Dichte der Nahrungsbakterien. Ein Tier kann einen sehr hohen Rachenpump haben, aber die Länge seiner Fressanfälle kann kürzer sein, was die erhöhte Frequenz ausgleicht. Ein weiterer Störfaktor ist die Effizienz, mit der beim Pumpen Bakterien aufgenommen und zerkleinert werden können oder auch nicht. Ein extremes Beispiel für die Entkopplung der Nahrungsaufnahme vom Rachenpumpen ist die Zugabe von Serotonin ohne Nahrung (Bakterien). In Gegenwart von exogenem Serotonin pumpen die Tiere mit einer hohen Geschwindigkeit, aber ohne Bakterien führt die hohe Pumprate nicht zur Nahrungsaufnahme 2,6,13,22,23.
Die hier vorgestellte Methode zur bakteriellen Clearance misst die Nahrungsaufnahme von Wurmpopulationen in einzelnen Vertiefungen ebenso wie den Rückgang der Bakterienkonzentrationen im Laufe der Zeit (Abbildung 1). Dieser Ansatz ähnelt denen, die bei anderen Arten verwendet werden, bei denen das Verschwinden von Nahrung ein Maß für die Nahrungsaufnahme darstellt 10,11,24,25,26,27,28. In der ursprünglichen Veröffentlichung haben wir diese Methode zur Messung der Nahrungsaufnahme validiert, indem wir C. elegans mit 15N-Isotopen-markierten Bakterien gefütterthaben 11. Nachfolgende Messungen mittels Massenspektrometrie zeigten, dass die Messung des Verschwindens von Bakterien stark mit dem Auftreten der Isotopenmarkierung korrelierte, was die tatsächliche Aufnahme der Bakterien in das Tier aufzeigte11. Daher sind wir zuversichtlich, dass der bakterielle Clearance-Assay in den meisten Fällen die Nahrungsaufnahme darstellt. Der Zweck des Assays besteht nicht darin, den pharyngealen Pump-Assay zu ersetzen, sondern den Werkzeugkasten der Assays zu erweitern, um die Fütterung und den Stoffwechsel bei C. elegans und deren Zusammenhang mit dem Altern und der Langlebigkeit zu untersuchen.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amphotericin B</td>
			<td>RPI</td>
			<td>A40030-0.1</td>
			<td>solvent: EtOH</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP176025</td>
			<td>solvent: water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto Peptone</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>211677</td>
			<td>use to make NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carbenicillin</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>46-100-RG</td>
			<td>solvent: water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell strainer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>22363547</td>
			<td>40 &#181;m to remove adults</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cholesterol&#160;</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>02101380-CF</td>
			<td>5 mg/mL stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Difco, Agar, Bacteriological</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>214510</td>
			<td>use to make NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluorodeoxyuridine</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>F0503</td>
			<td>to sterilize worms on L4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Broth</td>
			<td>RPI</td>
			<td>L24045-1000.0</td>
			<td>open capsule, mix with 1 L of water, autoclave</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>M9 Buffer&#160;</td>
			<td>Laboratory Prepared</td>
			<td></td>
			<td>Store in sterile conditions at room temperature 
			To prepare 1 L: 
			&#160;15 g Na2HPO4*12H2O (FW: 358) 
			3 g KH2PO4 (FW: 136) 
			&#160;5 g NaCl (FW: 58), 0.25 g MgSO4*7H2O (FW: 246) 
			&#160;autoclave</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microplate Sealer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>236707</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OP50</td>
			<td colspan="2">Caenorhabditis Genetics Center</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate 96-well&#160;</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>351172</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate reader</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>30016056</td>
			<td>use 600 nm filter lens</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Citrate, 1 M , pH 6</td>
			<td>Laboratory Prepared</td>
			<td></td>
			<td>Store in sterile conditions at room temperature 
			To prepare 1 L: 
			268.8 g Potassium citrate tribasic monohydrate (FW: 324) 
			26.3 g citric acid monohydrate (FW: 210) 
			900 mL of dH2O 
			pH to 6 using 5 M KOH 
			autoclave&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Phosphate, 1 M , pH 6&#160;</td>
			<td>Laboratory Prepared</td>
			<td></td>
			<td>Store in sterile conditions at room temperature 
			To prepare 1 L: 
			136 g KH2PO4 (FW: 136) 
			900 mL dH2O 
			&#160;pH to 6 using 5 M KOH 
			autoclave</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>S-Basal</td>
			<td>Laboratory Prepared</td>
			<td></td>
			<td>Store in sterile conditions at room temperature 
			To prepare 1 L: 
			5.9 g NaCl (FW: 58) 
			&#160;50 mL 1 M potassium phosphate (pH 6) 
			add 900 mL dH2O 
			autoclave, cool to 55 &#176;C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>S-Complete</td>
			<td>Laboratory Prepared</td>
			<td></td>
			<td>Store in sterile conditions at room temperature 
			To prepare 1 L: 
			Add to 1 L of S-basal (cooled to 55 &#176;C or RT) 
			&#160;10 mL of 1 M potassium citrate 
			&#160;pH 6, 10 mL of trace metal solutions 
			&#160;3 mL of 1 M CaCl2 
			3 mL of 1 M MgSO4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serotonin hydrochloride</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>AAB2126309</td>
			<td>used at 5 mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S7653-5KG</td>
			<td>to make buffers and NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Terrific Broth</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>J75856-A1</td>
			<td>12.5 g in 250 mL of water, autoclave</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Titer plate Shaker</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>88880023</td>
			<td>shaken at 800 rpm, depends on shaker</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trace Metals Solution&#160;</td>
			<td>Laboratory Prepared</td>
			<td></td>
			<td>Store in sterile conditions at room temperature 
			To prepare 1 L: 
			1.86 g Na2EDTA (FW: 372.24) 
			0.69 g FeSO4*7H2O (FW: 278) 
			&#160;0.20 g MnCl2*4H2O (FW: 198) 
			0.29 g ZnSO4*7H2O (FW: 287) 
			&#160;0.016 g CuSO4 (FW: 158) 
			autoclave 
			wrap in aluminum foil to keep in the dark</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantifying food intake in caenorhabditis elegans by measuring bacterial clearance

Die Nahrungsaufnahme ist ein wesentlicher biologischer Prozess für das Wachstum, die Fortpflanzung und das Überleben eines Organismus. Dieser Assay zielt darauf ab, die Nahrungsaufnahme von Caenorhabditis elegans (C. elegans) zu messen, ein wichtiger Parameter bei der Untersuchung der Genetik des Alterns oder des Stoffwechsels. Bei den meisten Arten wird die Fütterung durch Messung der Differenz zwischen der bereitgestellten Futtermenge und der nach einem bestimmten Zeitintervall verbleibenden Menge bestimmt. Die hier vorgestellte Methode verwendet die gleiche Strategie, um die Fütterung von C. elegans zu bestimmen. Er misst die Menge an Bakterien, der Nahrungsquelle von C. elegans, die innerhalb von 72 h beseitigt wurden. Diese Methode verwendet 96-Well-Mikrotiterplatten und ermöglichte das Screening von Hunderten von Medikamenten auf ihre Fähigkeit, die Nahrungsaufnahme in einer Geschwindigkeit und Tiefe zu modulieren, die in anderen Tiermodellen nicht möglich ist. Die Stärke dieses Assays besteht darin, dass er es ermöglicht, die Fütterung und die Lebensdauer gleichzeitig zu messen und das Verschwinden von Lebensmitteln direkt zu messen, und somit auf den gleichen Prinzipien basiert, die auch für andere Organismen verwendet werden, was den Vergleich von Art zu Art erleichtert.

Caenorhabditis elegans has been extensively used in aging research. &#160;It has been a powerful model to study the genetics underlying metabolism-mediated longevity induced by dietary restriction, reduced mitochondrial activity, or reduced insulin signaling.1,2,3,4,5,6,7. However, measuring feeding in the context of longevity has been proven difficult for C. elegans due to the small size of the animal3,8,9,10,11,12,13,14,15.
Feeding is a fundamental biological behavior required for survival, and its tight regulation lies at the core of maintaining metabolic health, reproduction, and aging. Feeding behavior is controlled by multiple signaling pathways in both the nervous system and periphery and, thus, can only be studied in vivo16,17,18,19. Feeding represents the first of three pillars: (i) energy intake, (ii) energy storage, and (iii) energy expenditure that govern an organism&#39;s energy homeostasis. Feeding in C. elegans has been chiefly investigated by measuring the pharyngeal pumping, as defined by the rate of contractions of the pharynx. This approach has provided crucial insights into C. elegans&#39; feeding behavior3,4,8,12,13,20,21; however, pharyngeal pumping, especially measured over short intervals of minutes, is not necessarily correlated with food intake.
Food intake is not only determined by the pharyngeal pumping rate but also by parameters such as duration and frequency of feeding bouts and the density of food bacteria. An animal may have a very high pharyngeal pumping, but the length of its feeding bouts may be shorter, offsetting the increased rate. Another confounding factor is the efficiency by which pumping may or may not ingest and grind up bacteria. An extreme example of uncoupling food intake from pharyngeal pumping is the addition of serotonin without any food (bacteria) present. In the presence of exogenous serotonin, animals pump at a high rate, but without bacteria present, the high pumping rate does not lead to food intake2,6,13,22,23.
The bacterial clearance method presented here measures the food intake of worm populations in individual wells as the decline of bacterial concentrations over time (Figure&#160;1). This approach is similar to those used in other species where the disappearance of food represents a measure of food intake10,11,24,25,26,27,28. In the original publication, we validated this method of measuring food intake by feeding C. elegans with 15N isotope-labeled bacteria11. Subsequent measures by mass spectrometry showed that measuring the disappearance of bacteria correlated strongly with the occurrence of isotope labeling, revealing the actual uptake of the bacteria into the animal11. Thus, we are confident that the bacterial clearance assay represents food intake in most circumstances. The assay&#39;s purpose is not to replace the pharyngeal pumping assay but to add to the toolbox of assays to study feeding and metabolism in C. elegans and how it relates to aging and longevity.

Autor im Rampenlicht: Erforschung des Zusammenhangs zwischen Lipotoxizität und HFpEF 

Quantifizierung der Nahrungsaufnahme bei Caenorhabditis elegans durch Messung der bakteriellen Clearance

My research focuses on understanding the transcriptional and metabolic pathways underlying drug-induced changes in feeding behavior. I am working to identify drugs that lower food intake and extend lifespan indicative of activating healthy fasting pathways. Using our bacterial clearance assay, we identified two distinct pathways that modulate serotonin-induced food intake and antipsychotic-induced food intake.I am now studying how these pathways relate to feeding in long-lived mutants. This protocol allows researchers to study the relationship between feeding and longevity. The feeding rate is usually characterized by pharyngeal pumping.However, the pumping rate in C.elegans is not necessarily proportional to the amount of food being eaten. When added to those previous assays, this protocol gives a quantifiable amount of food intake per worm population. Our assay allows us to quantitatively modulate feeding using small molecules, and to determine how the induced change alter lifespan simultaneously.

<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66422/66422fig3_v1.jpg"> Abbildung 3: Repräsentative Daten. (A) Das Diagramm zeigt Dosis-Wirkungs-Kurven der faltigen Veränderung der Nahrungsaufnahme in Abhängigkeit von der Serotoninkonzentration. Alle Daten zeigen, dass die unstimulierte basale Nahrungsaufnahme auf die N2-Grundnahrung normalisiert ist. Es ist zu beachten, dass die daf-16(mu86)- Tiere mehr fressen als der Wildtyp N2, wenn kein Serotonin zugesetzt wurde, aber eine abgestumpfte Bandbreite in ihrer Fähigkeit zeigen, die Fütterung zu kontrollieren. (B) Das Diagramm zeigt ein Violindiagramm der Faltenveränderung der Nahrungsaufnahme von Würmern, die mit 50 μM des Antipsychotikums Loxapin behandelt wurden, aber mit Bakterien gefüttert wurden, die entweder durch Röntgenstrahlen, γ-Strahlen oder Paraformaldehyd abgetötet wurden. (C) Das Diagramm zeigt ein Violindiagramm der Faltenveränderung in der Nahrungsaufnahme verschiedener Mutanten, wobei ihre Genotypen auf der x-Achse angegeben sind. Diese Daten deuten darauf hin, dass Exc-4 - und cgr-1-Mutanten weniger fressen, während srp-6-Mutanten mehr essen. Sternchen stehen für ** p < 0,001, ****p < 0,0001, wie von ANOVA und Brown-Forsythe-Welch bestimmt, post-hoc korrigiert, um mehrere Hypothesentests zu berücksichtigen. Fehlerbalken zeigen ±S.E.M. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66422/66422fig3large_v1.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
Abbildung 1 zeigt den allgemeinen Arbeitsablauf dieses Protokolls. Es veranschaulicht den gesamten Prozess, von der Herstellung der Bakterien bis zur Erfassung des OD600-Messwerts an Tag 1 und Tag 4. Darüber hinaus verweist die Infografik auf die spezifischen Schritte der verwendeten Methoden. Abbildung 2A, B zeigt zwei mögliche Versuchsplattenlayouts, einschließlich "No-Worms"-Kontrollwells in Reihe H, die für die Berechnung der im Diskussionsteil beschriebenen Selbstlyseraten erforderlich sind. Nach der Erfahrung unseres Labors ist es notwendig, dass eine der Bedingungen unbehandelte N2-Kontrolle ist, um die zwischen den Experimenten beobachtete Variabilität der bakteriellen Aufnahme von Würmern zu berücksichtigen (siehe Diskussion: Planung [N2-Referenzpopulation]).
Abbildung 2C ist ein Beispiel für die Tabelle, die zur Analyse der in diesem Protokoll generierten Daten verwendet wird. Es hebt die Wurmzahl in Grün, die Selbstlyse in Blau, Tag 1 OD600 und Tag 4 OD600 in Orange und die Nahrungsaufnahme pro Wurm in Rot hervor. Darüber hinaus wird jede Vertiefung auf den Stamm, das Medikament, die Konzentration, das Datum des Experiments und andere hinzugefügte Behandlungen verfolgt. Weitere Informationen zu den verwendeten Gleichungen finden Sie im Protokollabschnitt 3. Insgesamt bieten diese Tabellenkalkulationen (Vorlage als ergänzende Materialien) eine effiziente Datenerfassung und Analyse dieses Protokolls.
Abbildung 3A zeigt repräsentative Ergebnisse für eine Dosis-Wirkungs-Kurve, die zeigt, wie Serotonin die Fütterung in N2 - und daf-16-Mutanten unter Verwendung dieses Protokolls moduliert. In diesem Experiment wurde die Faltungsänderung der basalen Nahrungsaufnahme (erster Punkt in der Kurve) über fünf steigende Serotonindosen berechnet. Wie diese Ergebnisse zeigen, ist der N2-Stamm in der Lage, dosisabhängig zu viel zu essen. Bei der daf-16(mu86)- Mutante ist die Grundnahrung jedoch höher als bei N2, aber die Mutante kann nicht auf die gleiche dosisabhängige Weise auf Serotonin reagieren wie der N2-Stamm. Dieses Protokoll ermöglicht es uns, das Fressverhalten zwischen zwei Stämmen zu bestimmen, bei denen die Konzentration von Serotonin der variable Faktor zur Erstellung von Dosis-Wirkungs-Kurven war. Abbildung 3B zeigt die Nahrungsaufnahme von Würmern, die mit dem Antipsychotikum Loxapin behandelt wurden, aber mit Bakterien gefüttert wurden, die entweder durch Röntgenstrahlen, γ-Strahlen oder Paraformaldehyd abgetötet wurden. Es ist zu beachten, dass diese Experimente nicht parallel durchgeführt wurden und dass die Unterschiede nicht repräsentativ für die verschiedenen Methoden zur Abtötung der Bakterien sind, sondern auf die Variabilität zwischen den Experimenten zurückzuführen sind. Abbildung 3C zeigt die Nahrungsaufnahme einer Reihe von genetischen Stämmen, wobei zwei Stämme eine Abnahme und ein Stamm eine Zunahme des Fressverhaltens im Vergleich zu N2 zeigte. Diese Anwendung des Protokolls ermöglicht die Prüfung eines Medikaments in einer Konzentration über verschiedene genetische Hintergründe hinweg. Es eignet sich zur Identifizierung genetischer Hintergründe, die eine andere Reaktion auf die Nahrungsaufnahme zeigen als Wildtyp-N2-Kontrollen, wenn sie das gleiche Medikament erhalten. Es kann mit unserem Lebensdauerprotokoll kombiniert werden, um die Nahrungsaufnahme und die Lebensdauer in einem Platten-Setup schnell zu überprüfen31.
Ergänzendes Material: Tabellenkalkulationsvorlagen, die in Abbildung 2C dargestellt sind. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66422/66422.zip" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um diese Materialien herunterzuladen.</a>

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Dieses Protokoll beschreibt einen Assay zur Quantifizierung der Fütterungsrate von Caenorhabditis elegans , der auf der Messung der Clearance von Bakterien in Flüssigkulturen basiert.

Feeding is an essential biological process for an organism&#39;s growth, reproduction, and survival. This assay aims to measure the food intake of ...

Meine Forschung konzentriert sich auf das Verständnis der Transkriptions- und Stoffwechselwege, die medikamenteninduzierten Veränderungen im Fressverhalten zugrunde liegen. Ich arbeite daran, Medikamente zu identifizieren, die die Nahrungsaufnahme senken und die Lebensdauer verlängern, was auf die Aktivierung gesunder Fastenwege hinweist. Mit Hilfe unseres bakteriellen Clearance-Assays haben wir zwei unterschiedliche Signalwege identifiziert, die die Serotonin-induzierte Nahrungsaufnahme und die antipsychotika-induzierte Nahrungsaufnahme modulieren.Ich untersuche nun, wie diese Signalwege mit der Nahrungsaufnahme in langlebigen Mutanten zusammenhängen. Dieses Protokoll ermöglicht es den Forschern, den Zusammenhang zwischen Fütterung und Langlebigkeit zu untersuchen. Die Fütterungsgeschwindigkeit ist in der Regel durch das Pumpen des Rachens gekennzeichnet.Die Pumprate in C.elegans ist jedoch nicht unbedingt proportional zur Menge der verzehrten Nahrung. Wenn dieses Protokoll zu diesen vorherigen Assays hinzugefügt wird, ergibt es eine quantifizierbare Menge an Nahrungsaufnahme pro Wurmpopulation. Unser Assay ermöglicht es uns, die Fütterung mit kleinen Molekülen quantitativ zu modulieren und gleichzeitig zu bestimmen, wie die induzierte Veränderung die Lebensdauer verändert.

quantifying-food-intake-caenorhabditis-elegans-measuring-bacterial

Research

JoVE Journal

Behavior

Quantifying Food Intake in Caenorhabditis elegans by Measuring Bacterial Clearance

1.3K Aufrufe.  The Scripps Research Institute. Meine Forschung konzentriert sich auf das Verständnis der Transkriptions- und Stoffwechselwege, die medikamenteninduzierten Veränderungen im Fressverhalten zugrunde liegen. Ich arbeite daran, Medikamente zu identifizieren, die die Nahrungsaufnahme senken und die Lebensdauer verlängern, was auf die Aktivierung gesunder Fastenwege hinweist. Mit Hilfe unseres bakteriellen Clearance-Assays haben wir zwei unterschiedliche Signalwege identifiziert, die die Serotonin-induzierte Nahrungsaufnahme u...

Serie: Autor im Rampenlicht: Erforschung des Zusammenhangs zwischen Lipotoxizität und HFpEF 

Feeding is an essential biological process for an organism&#39;s growth, reproduction, and survival. This assay aims to measure the food intake of Caenorhabditis elegans&#160;(C. elegans), an important parameter when studying the genetics of aging or metabolism. In most species, feeding is determined by measuring the difference between the amount of food provided and the amount left after a given time interval. The method presented here uses the same strategy to determine the feeding of C. elegans. It measures the amount of bacteria, the food source of C. elegans, cleared within 72 h. This method uses 96-well microtiter plates and has allowed the screening of hundreds of drugs for their ability to modulate food intake at a speed and depth not possible in other animal models. The strength of this assay is that it allows to measure feeding and lifespan simultaneously and directly measures the disappearance of food and, thus, is based on the same principles used for other organisms, facilitating species-to-species comparison.

This protocol describes an assay to quantify Caenorhabditis elegans feeding rate based on measuring the clearance of bacteria in liquid culture.

Forschung

Verhalten

Preparation of OP50 for Caenorhabditis elegans Culture

To begin, inoculate a single OP50 colony in five milliliters of LB with ampicillin and amphotericin B and incubate for approximately six hours at 37 degrees Celsius in a bacterial shaker. Once the culture becomes cloudy, dilute the preinoculum culture of OP50 by 1 to 2, 000 in 250 milliliters of TB with ampicillin and glycerol. Then transfer the OP50 liquid culture into a sterile centrifugation tube.Centrifuge the tube for 15 minutes at 3, 100 G in a tabletop centrifuge at four degrees Celsius. Discard the supernatant and resuspend the OP50 pellet in sterile water before recentrifugation. After the second wash, discard the supernatant and resuspend the OP50 pellet in sterile water to a volume of 50 milliliters.Transfer it to a pre-weighed 50 milliliter conical tube. Centrifuge the tube for 20 minutes to pellet the OP50. At the end of the centrifugation, carefully remove all remaining supernatant, ensuring no water remains in the tube.Calculate the weight of the pellet by subtracting the weight of the empty centrifugation tube from the weight of the centrifugation tube with the pellet. Thoroughly resuspend the OP50 pellet in S-complete buffer to achieve a concentration of 100 milligrams per milliliter. Test the OP50 suspension on an agar plate to check for any contamination.Store the OP50 suspension in S-complete buffer at four degrees Celsius.

Aufbereitung von OP50 für Caenorhabditis elegans Kultur

Synchronous Caenorhabditis elegans Culture Preparation and Measurement of Bacterial Clearance for Food Intake Assay

To begin, select a nematode growth medium or NGM plate occupied by starved L1 stage Caenorhabditis elegans larvae. Using one milliliter of sterile water, wash the worms off the plate gently. Aliquot approximately 300 microliters of the worm population onto NGM plates seeded with concentrated OP50.Allow the plates to dry using a plate dryer or a Bunsen burner, and then incubate at 20 degree Celsius until a significant population becomes gravid adults. To collect the worms, wash them off the plate with up to 10 milliliters of sterile water and transfer a warm water mixture into a 15-milliliter conical tube. Allow the worms to settle by gravity at the bottom of the tube for approximately four minutes.Using a small pipette tip, carefully aspirate and discard the supernatant. Then add up to 15 milliliters of sterile water. After the final wash, remove the supernatant and add five milliliters of a freshly prepared solution of bleach and sodium hydroxide.Incubate the worms for five minutes at room temperature while vortexing every minute for at least 10 seconds. Monitor the progress using a dissecting microscope. Once all the adults break open or dissolve, add M9 buffer to neutralize the reaction, bringing the final volume to 15 milliliters.Then centrifuge the tube for two minutes at 1, 300 G.Wash the eggs two more times with 13 milliliters of M9 buffer via centrifugation followed by a single wash with 15 milliliters of S complete buffer. Then centrifuge the eggs for two minutes at 1, 300 G.After centrifugation, aspirate the supernatant and add 10 milliliters of S complete buffer. Rotate the tube gently at room temperature overnight using a mutator or a similar device.Using a dissecting microscope, assess if the worms have hatched. Count the worms in 10-microliter drops of S buffer under the microscope. Prepare a liquid worm mixture with 60 worms per milliliter in S complete medium containing carbenicillin, amphotericin B, and OP50.Add 120 microliters of medium with worms to rows A to G and no worms medium to row H.Then seal the plate with a tape sealer to prevent contamination and evaporation. Incubate the sealed plates for approximately 65 hours at 20 degrees Celsius until the animals become L4 worms. Add 30 microliters of a 0.6-millimolar fluorodeoxyuridine stock solution to each well to sterilize the animals at the L4 stage.Reseal the plate using tape sealers and agitate it for 20 minutes at 800 RPM on a microtiter plate shaker. Return the plates to the 20-degree-Celsius incubator. The following day, add the drug of interest to the day one culture.Reseal the plates with tape sealer and shake for 20 minutes at 800 RPM on a plate shaker. Then after removing the lid and seal, measure the OD600 in a plate reader for the day one measurement. Reseal and return the plates to a 20-degree-Celsius incubator.Using an inverted microscope, preferably with a two times objective, count the worm population in each well and record the numbers in a spreadsheet. After counting, return the plates to the 20-degree-Celsius incubator. The dose response curve's a full change in food intake as a function of serotonin concentration showed that the N2 strain can overeat in a dose-dependent manner.The daf-16 mu86 mutant exhibits higher basal feeding than N2.However, it cannot respond to serotonin in the same dose-dependent manner as the N2 strain. A significant difference was observed in the food intake of worms treated with loxapine but fed with bacteria killed by either x-rays, gamma rays, or paraformaldehyde. Comparison of the food intake of a series of genetic strains showed that exc-4 and cgr-1 mutants eat less while srp-6 mutants eat more.