Las proteínas correctamente plegadas y ensambladas se empaquetan selectivamente en vesículas que salen del RE. Las proteínas motoras transportan estas vesículas al aparato de Golgi para agregar modificaciones que hacen que estas proteínas funcionen en su destino.

El aparato de Golgi es un orgánulo eucariota que tiene una apariencia distintiva en forma de cinta. Es una estación primaria de clasificación y despacho para la carga que llega desde la sala de emergencias. Las vesículas recién llegadas ingresan a la cara cis del Golgi, la más cercana a la sala de emergencias, y se transportan a través de una pila de cisternas encerradas en membranas. Cada cisterna contiene composiciones únicas de enzimas y realiza modificaciones proteicas específicas, como la fosforilación y la glicosilación. Después de las modificaciones en la cisterna trans, las proteínas reciben etiquetas que definen su destino celular.

Dependiendo de las etiquetas moleculares, las proteínas se empaquetan en vesículas y se transportan a ubicaciones celulares particulares, como la membrana plasmática. Marcadores específicos en las membranas de estas vesículas les permiten acoplarse en la ubicación celular adecuada.