Правильно свернутые и собранные белки селективно упаковываются в везикулы, которые выходят из ER. Моторные белки транспортируют эти везикулы к аппарату Гольджи для добавления модификаций, которые делают эти белки функциональными в месте их назначения.

Аппарат Гольджи представляет собой эукариотическую органеллу, которая имеет характерный лентовидный вид. Это первичная сортировочная и диспетчерская станция для грузов, прибывающих из ER. Вновь прибывающие везикулы попадают в цис-поверхность Гольджи, ближайшую к ER, и транспортируются через стопку мембранных цистерн. Каждая цистерна содержит уникальные композиции ферментов и выполняет определенные модификации белка, такие как фосфорилирование и гликозилирование. После модификаций в трансцистерне белкам присваиваются метки, которые определяют их клеточное назначение.

В зависимости от молекулярных меток, белки упаковываются в везикулы и доставляются в определенные клеточные места, такие как плазматическая мембрана. Специфические маркеры на мембранах этих везикул позволяют им стыковаться в соответствующем клеточном месте.