Proteínas devidamente dobradas e montadas são empacotadas seletivamente em vesículas que saem do RE. As proteínas motoras transportam essas vesículas para o aparelho de Golgi para adicionar modificações que tornam essas proteínas funcionais em seu destino.

O aparelho de Golgi é uma organela eucariótica que tem uma aparência distinta em forma de fita. É uma estação primária de triagem e despacho para cargas que chegam do ER. As vesículas recém-chegadas entram na face cis do Golgi, mais próxima do ER, e são transportadas através de uma pilha de cisternas fechadas por membrana. Cada cisterna contém composições únicas de enzimas e realiza modificações proteicas específicas, como fosforilação e glicosilação. Após modificações na transcisterna, as proteínas recebem etiquetas que definem seu destino celular.

Dependendo das marcas moleculares, as proteínas são empacotadas em vesículas e traficadas para locais celulares específicos, como a membrana plasmática. Marcadores específicos nas membranas dessas vesículas permitem que elas se encaixem no local celular apropriado.