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Method Article
Nos genéticamente-codificar el aminoácido no natural, p-azido-L-fenilalanina en varias posiciones específicas en los GPCR y mostrar la versatilidad del grupo azido en diferentes aplicaciones. Estos incluyen una tecnología fotorreticulación dirigido a identificar los residuos en el bolsillo de unión a ligando de un GPCR, y la modificación bioorthogonal específica de sitio de los GPCR con una etiqueta de epítopo de péptido o de la sonda fluorescente.
Para facilitar los estudios estructurales y dinámicas de proteína G-receptor acoplado (GPCR) de señalización complejos, se necesitan nuevos enfoques para introducir sondas o etiquetas informativas en receptores expresados que no perturban la función del receptor. Se utilizó tecnología de supresión de ámbar codón para genéticamente a codificar el aminoácido no natural, p-azido-L-fenilalanina (azf) en varias posiciones específicas en los GPCRs heteróloga expresadas en células de mamífero. La versatilidad del grupo azido se ilustra aquí en diferentes aplicaciones para estudiar los GPCR en su ambiente celular nativo o bajo condiciones de detergente solubilizadas. En primer lugar, demostramos una tecnología fotorreticulación específica basada en células para identificar los residuos en el bolsillo de unión a ligando de GPCR en donde un ligando de molécula pequeña marcada con tritio se reticula a un aminoácido codificado genéticamente azido-. Se demuestra a continuación, la modificación específica de sitio de los GPCR por la bioorthogonal ligadura de reacción de Staudinger-Bertozzición que se dirige el grupo azido el uso de derivados de fosfina. Se discute una estrategia general para el objetivo marcado péptido epítopo de las proteínas de membrana expresadas en la cultura y su detección mediante un enfoque basado en ELISA de células enteras. Por último, se muestra que AZF-GPCR pueden ser etiquetados de forma selectiva con sondas fluorescentes. Las metodologías discutidos son generales, en que pueden, en principio, aplicarse a cualquier posición del aminoácido en cualquiera de GPCR expresado para interrogar a los complejos de señalización activo.
Receptores acoplados a proteínas G (GPCRs heptahelical) comprenden una superfamilia de proteínas de la membrana altamente dinámicos que median señales extracelulares importantes y diversos. En el paradigma clásico, la activación del receptor se acopla con los cambios conformacionales inducidos por ligando. 1, 2 avances recientes en biología estructural de los GPCR han proporcionado información significativa sobre los mecanismos moleculares de la señalización transmembrana. 3-5 Sin embargo, para entender con mayor precisión la química mecanismo funcional y dinámica estructural de señalización de GPCR, se requiere un conjunto de herramientas de enfoques para incorporar sondas moleculares y químicas informativas para interrogar a los complejos de señalización activo.
Para este fin, se adaptó un método para introducir específicamente en el sitio no o mínimamente sondas perturbadores en receptores expresados sobre la base de aminoácido no natural (SAU) mutagénesis usando codón ámbar tecnología de supresión previamente por primera vez por Schultz y C. oworkers 6 Hemos optimizado la metodología de mutagénesis SAU para lograr una expresión de alto rendimiento y sistema de mutagénesis para las proteínas tales como los GPCR, que son difíciles de expresar en sistemas más heterólogas distintas de las células de mamíferos. El uso de un supresor ARNt ortogonal diseñado y desarrollado aminoacil-ARNt-sintetasa par de UAA específica, hemos introducido específicamente en el sitio UAAs en GPCRs objetivo expresado. La incorporación con éxito de UAAs, p-acetil-L-fenilalanina (ACF), p-benzoil-L-fenilalanina (BZF), y p-azido-L-fenilalanina (AZF) se ha demostrado en nuestros GPCR modelo - rodopsina humana y receptor de quimiocinas CC, CCR5. 7, 8
En principio, un UAA puede ser codificada genéticamente en cualquier posición dentro de la secuencia de la proteína, y esta propiedad es una herramienta bioquímica invaluable, ya que permite el escaneo de un solo codón de un GPCR diana. Nos centramos aquí específicamente en la versatilidad de la UAA, AZF, que tiene un azi reactivahacer fracción. Además de servir como un (IR) de la sonda única de infrarrojos, 8, 9 azf también puede servir como un agente de reticulación fotoactivable por reacción con aminas primarias vecinas o hidrógenos alifáticos. Además, el grupo azido biológicamente inerte puede participar como un asa química selectiva en las reacciones de etiquetado bioorthogonal. Aquí se presentan ejemplos que ilustran las aplicaciones útiles de la incorporación específica de sitio de AZF en GPCRs, como fotorreticulación dirigida a atrapar a un complejo receptor-ligando, y la modificación de los GPCRs de etiquetado epítopo bioorthogonal y estrategias de marcaje fluorescente.
Reactivos fotoactivables se han utilizado para estudiar los sistemas biológicos desde la década de 1960. 10 En este período, se ha informado de una gran cantidad de experimentos de reticulación de receptor-ligando para estudiar complejos de GPCR, la mayoría de las cuales implicó el uso de ligandos de fotoafinidad. 11, 12 Sin embargo, estos las aplicaciones son técnicamente limitados, ya que requiere síntesis de ligandos que portan un grupo de reticulación. 13-15 Además, con el resto reticulante en el ligando, es un reto para identificar la ubicación de la reticulación en el GPCR. La introducción específica de sitio grupos fotorreticulación como UAAs en proteínas utilizando el codón ámbar tecnología de supresión es un avance valioso. 16, 17 Hemos desarrollado una técnica fotorreticulación para identificar la interfaz de unión sobre un receptor que está implicado en la formación de un complejo receptor-ligando en células vivas mediante la introducción de grupos fotolábiles en los GPCR. 18, 19 Aquí se describe el protocolo experimental y método de análisis de datos para la aplicación de esta tecnología fotorreticulación dirigido a identificar el sitio de unión de un ligando de molécula pequeña, maraviroc tritiada, en el CCR5. Este método aprovecha la cuantificación precisa de la manija radiactivo en el ligando, además de retener la estructura química nativa del ligando.
Las técnicas basadas en la fluorescencia apoyan la comprensión precisa de la base estructural de la activación del receptor mediante el sondeo directamente el estado conformacional del receptor. 20, 21 Sin embargo, las técnicas que poseen la flexibilidad para introducir etiquetas fluorescentes en los GPCR específica de sitio son limitados. Estamos interesados en el empleo de estrategias de modificación química bioorthogonal para facilitar la detección de moléculas individuales (SMD) de complejos de señalización de GPCR. 22 El grupo azido puede participar en las químicas bioorthogonal como la ligadura de Staudinger-Bertozzi, 23, 24 azida-deformación-promovido sin cobre cicloadición alquino (SpAAC) 25 y azida alquino cicloadición catalizada por cobre (CuAAC). 26 Nos centramos aquí en la reacción de ligación Staudinger-Bertozzi que implica la reacción específica entre una azida y una fosfina. Se demuestra el uso de dos derivados de fosfina diferentes, conjugados a un epítopo de péptido (péptido FLAG) o un marcador fluorescente(Fluoresceína) para lograr la modificación específica de sitio de los GPCR.
Previamente Hemos optimizado las condiciones para el etiquetado específico del sitio de la rodopsina AZF variantes utilizando la estructura cristalina de rayos X y simulaciones dinámicas para elegir los sitios de destino que estén expuestos al disolvente. 27, 28 también ilustra la factibilidad de lograr un etiquetado fondo libre por Staudinger- ligadura Bertozzi. 29 Se demuestra aquí el procedimiento general empleado para conseguir el marcaje fluorescente de un receptor solubilizada con detergente que está inmovilizado sobre una matriz de inmunoafinidad y posteriormente visualizada por fluorescencia en gel. Además, demostramos una útil extensión de esta estrategia de etiquetado para identificar posiciones susceptibles de etiquetado en un receptor de estructura desconocida, CCR5. Esto se lleva a cabo utilizando una estrategia de marcado epítopo de péptido dirigido que se basa en la modificación de bioorthogonal azf-GPCR variantes en un formato semi-alto rendimiento basado en células. 30 Estamétodo explota las propiedades de detección de varios pasos de un ELISA de la superficie celular para monitorear eventos de etiquetado.
Las metodologías que se discuten aquí son generales y, en principio, se pueden aplicar a cualquier GPCR incorporado con AZF utilizando el codón ámbar tecnología de supresión. En los protocolos presentados aquí detallamos los pasos involucrados en la expresión de células de mamíferos de los receptores incorporados con UAAs como AZF utilizando el método de mutagénesis de aminoácidos no naturales y sus aplicaciones posteriores para facilitar los estudios estructurales y dinámicas de los GPCRs.
1. Sitio específico de incorporación genética de Unnatural Aminoácidos en GPCRs
2. Asignación de un sitio de unión al ligando Usando Targeted fotorreticulación
3. Targeted Epitope Etiquetado y ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas Superficie Celular (ELISA)
4. Bioorthogonal Marcaje fluorescente de un GPCR
Se empleó la metodología de mutagénesis de aminoácidos no naturales a sitios específicos introducir sondas moleculares en un GPCR utilizando el codón ámbar tecnología de supresión. El esquema de la figura 1 resume los pasos más destacados de la metodología y de las diversas aplicaciones de la incorporación de la SAU versátil, p-azido-L-fenilalanina (AZF), en GPCRs. Expresión de AZF-GPCR en células de mamíferos permite dirigido fotorreticulación a ligandos, y dirigido etiquetado...
Se describe aquí una metodología sólida para la incorporación específica de sitio de una sonda reactiva, AZF, en GPCRs y demostrar tres aplicaciones útiles de esta herramienta para el estudio de la estructura y dinámica de los GPCRs. Nuestro método para sitios específicos incorporar UAAs elude un problema fundamental con una estrategia alternativa basada en el etiquetado químicamente 32, 33 o adjuntar photocrosslinkers 34 a un solo mutante cisteína accesible. Aunque, las químicas que se...
Los autores tienen nada que revelar.
Damos las gracias al generoso apoyo de varias fundaciones y donantes filantrópicos (ver SakmarLab.org).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Plasmid pSVB. Yam | (Ye et al., 2008) | ||
Plasmid pcDNA.RS for azF | (Ye et al., 2009) | ||
Plasmids pMT4.Rho and pcDNA 3.1.CCR5 | Optionally contain the amber stop codon (TAG) at a desired position | ||
HEK 293T cells | Adherent cells | ||
Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) | Gibco | 10566 | |
Phosphate Buffered Saline | Gibco | 14200 | |
Fetal Bovine Serum | Gemini Bio-products | 100-106 | |
Lipofectamine Plus | Invitrogen | Lipofectamine: 18324-012 Plus: 11514-015 | |
p-azido-L-phenylalanine | Chem-Impex International | 6162 | |
Table 1. Site-specific genetic incorporation of unnatural amino acids into GPCRs materials | |||
Maxima ML-3500S UV-A lamp | Spectronics Corporation | azF is activated by 365-nm light | |
Hank's Buffered Salt Solution (HBSS) | Gibco | 14065 | |
HEPES | Irvine Scientific | 9319 | |
Bovine serum albumin | Roche | 3117405001 | |
Tritium-labeled ligand | From collaborator (Grunbeck et al., 2012) | ||
1% (w/v) n-dodecyl-β-D-maltoside | Anatrace | D310LA | |
1D4-sepharose resin | 1D4 mAb immobilized on CNBr-activated sepharose 2B resin | ||
1% (w/v) sodium dodecyl sulfate (SDS) | Fisher Scientific | BP166 | |
NuPAGE Novex 4 - 12% SDS gels | Invitrogen | NP0322BOX | SDS-PAGE performed on NuPAGE apparatus |
Trans-Blot SD apparatus | Biorad | Apparatus for semi-dry transfer | |
Immobilon polyvinylidene difluoride (PVDF) membrane | Millipore | IPVH00010 | |
Non-fat powered milk | Fisher Scientific | NC9934262 | |
Tween-20 | Aldrich | 274348 | |
Ecoscint A | National Diagnostics | LS-273 | Scintillation fluid |
Scintillation vials | Fisher Scientific | 333726 | |
LKB Wallac 1209 Rackbeta Liquid Scintillation Counter | Perkin Elmer | Beta-Scintillation counter | |
Anti-rhodopsin 1D4 mAb | National Cell Culture Center | custom | |
Horseradish peroxidase (HRP)-conjugated anti-mouse IgG | KPL, Inc. | 474-1806 | |
SuperSignal West Pico Chemiluminescent Substrate | Thermo Scientific | 34080 | |
Hyblot CL AR film | Denville | E3018 | |
Table 2. Targeted photocrosslinking materials | |||
0.25% Trypsin | Invitrogen | 15050065 | |
FLAG-triarylphosphine | Sigma | GPHOS1 | |
M2 FLAG mAb | Sigma | F1804 | |
anti-CCR5 2D7 mAb | BD Biosciences | 555990 | |
Poly-D-lysine | Sigma | P6407 | |
96-well plate | Costar | 3601 | Clear bottom, high binding EIA/RIA |
Phosphate Buffered Saline (Calcium, Magnesium) | Gibco | 14040 | |
16% Paraformaldehyde | EMS | 28908 | |
HRP-conjugated | KPL, Inc. | 474-1516 | |
anti-rabbit IgG | KPL, Inc. | 474-1516 | |
Amplex Red | Invitrogen | A12222 | |
Hydrogen peroxide | DE Healthcare Products | 97-93399 | |
CytoFluor II fluorescence multi-well plate reader | Perseptive Biosystems | ||
Table 3. Targeted peptide-epitope tagging and cell surface ELISA materials | |||
Fluorescein-phosphine | (Huber et al., submitted 2012) | ||
Nonapeptide (C9 peptide) | AnaSpec | 62190 | Peptide mimicking the 1D4-epitope NH2-TETSQVAPA-COOH |
1% (w/v) n-dodecyl-β-D-maltoside | Anatrace | D310LA | |
1D4-sepharose resin | 1D4 mAb immobilized on CNBr-activated sepharose 2B resin | ||
NuPAGE Novex 4 - 12% SDS gels | Invitrogen | NP0322BOX | SDS-PAGE performed on NuPAGE apparatus |
Confocal Typhoon 9400 fluorescence scanner | GE Healthcare | discontinued | Scanner with 488-nm wavelength laser |
Table 4. Fluorescent labeling materials |
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