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We describe a method for depletion-rescue experiments that preserves cellular integrity and protein homeostasis. Adenofection enables functional analyses of proteins within biological processes that rely on finely tuned actin-based dynamics, such as mitotic cell division and myogenesis, at the single-cell level.
Los procesos celulares tales como la mitosis y la diferenciación celular se rigen por los cambios en la forma celular que en gran parte dependen de la remodelación correcta de las estructuras del citoesqueleto celular. Esto implica el ensamblaje de desmontaje de estructuras macromoleculares de orden superior en un momento y lugar determinado, un proceso que es particularmente sensible a las perturbaciones causadas por la sobreexpresión de proteínas. Métodos que pueden preservar la homeostasis de proteína y mantener la morfología celular-near-a la normalidad son altamente deseables para determinar la contribución funcional de una proteína de interés en una amplia gama de procesos celulares. agotamiento de los experimentos de rescate transitorios en base a la interferencia de ARN son poderosos enfoques para analizar funciones de las proteínas y los requisitos estructurales. Sin embargo, la reintroducción de la proteína diana con una desviación mínima respecto a su nivel fisiológico es un verdadero reto. Aquí se describe un método denominado adenofection que fue desarrollado para estudiar el papel de las chaperonas moleculares de unasocios d en el funcionamiento normal de las células en división y la relación con la remodelación de la actina. Las células HeLa se agotan de BAG3 con dúplex siRNA dirigidos a la región 3'UTR. proteínas BAG3 GFP-etiquetados se volvieron a introducir simultáneamente en> 75% de las células utilizando adenovirus recombinantes acoplados a los reactivos de transfección. Adenofection permitió expresar proteínas BAG3-GFP en niveles fisiológicos cerca en células HeLa agotado de BAG3, en ausencia de una respuesta de estrés. No se observó efecto sobre los niveles de proteína de choque térmico chaperones endógenos, los principales reguladores inducibles por estrés de la homeostasis de la proteína. Además, mediante la adición de baculovirus que determinan la expresión de los marcadores fluorescentes en el momento de la transducción de células de la transfección, se podría disecar la dinámica celular mitótico por microscópico de lapso de tiempo analiza con perturbación mínima de la progresión mitótica normal. Adenofection es aplicable también a las células de ratón difíciles de infectar, y adecuado para el análisis funcional de diff de mioblastoserentiation en miotubos. Por lo tanto adenofection proporciona un método versátil para llevar a cabo análisis de estructura-función de las proteínas implicadas en los procesos biológicos sensibles que dependen de la dinámica del citoesqueleto de orden superior.
inactivación funcional de la expresión génica en células de mamífero es el estándar de oro para diseccionar funciones de la proteína. Tecnologías de edición genoma basado en el uso de nucleasas específicas de sitio, tales como nucleasas de dedos de zinc recién desarrollados y agrupados espaciadas regularmente repeticiones palindrómicas cortas (de CRISPR) / CAS9 permiten ahora la generación de líneas celulares con deleción génica dirigida y la mutación 1,2. Estos nuevos enfoques deben revolucionar la forma en que estamos estudiando la función de proteínas y nuestra comprensión de la genética de las enfermedades humanas. En algunos casos, sin embargo, a largo plazo o completa eliminación de genes no es deseable y puede provocar mecanismos de compensación de células secundarias. La generación de líneas celulares modificadas genéticamente también puede ser limitante cuando se trata de cultivos de células primarias con capacidad de proliferación limitada, o cuando se solicita la proyección de un gran conjunto de mutaciones en diversos tipos de células. Esto a menudo se requiere para la determinación de la dependencia de una célula bproceso iológica en los requisitos estructurales de una proteína. A tal fin, desmontables reversible por la interferencia de ARN que permite experimentos de reducción de rescate transitorios de diversos orígenes celulares sigue siendo un enfoque sencillo y de gran alcance para realizar análisis de estructura-función de una proteína de interés 3. Sin embargo, un importante inconveniente de este enfoque es la dificultad para conseguir el silenciamiento eficiente y de volver a introducir la proteína de interés o sus variantes a niveles fisiológicos cerca en una mayoría de la población celular. Esto es crucial para permitir estudios exhaustivos que intento de correlacionar los efectos funcionales observados a nivel de células individuales (fenotipo hypomorphic) con los observados en los ensayos basados en la población de células, por ejemplo en las interacciones proteína-proteína.
El uso de métodos de transfección clásicos, difícilmente se puede lograr la expresión homogénea y baja de proteínas exógenas en una gran población de células. Transducción de células con virus recombinantescomo adenovirus menudo permite la expresión más normalizada de proteínas exógenas. Sin embargo, la absorción de adenovirus está limitada por el receptor CAR, que está ausente en células no humanas o sólo se expresa débilmente en algunos tipos de células humanas. Además, la entrada celular de adenovirus activa las vías que regulan la forma celular y la adhesión 4-6 señalización. Esto obviamente no es deseable cuando el estudio de los mecanismos de regulación de la morfodinámica de células. Estábamos frente a esta problemática cuando se realizó el análisis funcional de un complejo chaperona, BAG3-HSPB8, en la división celular y la dinámica de la actina. Los trabajos pioneros había descrito un papel de este complejo chaperona en el control de calidad de las proteínas y la autofagia durante el estrés 7,8. La mayoría de estos estudios, sin embargo, se basó en sobreexpresión de la proteína, en el supuesto de que las chaperonas normalmente están regulados por incremento durante el estrés. Esto ha dejado abierta la cuestión de si BAG3, en complejo con HSPB8, puede contribuir al funcionamiento normal de las células en división que expresan THchaperones ESE como muchos tipos de células cancerosas 9. En particular, si el complejo chaperona contribuye a la remodelación de las estructuras basadas en actina que controlan la progresión mitótico fue de gran interés, dadas las conexiones emergentes entre las chaperonas hspB y la dinámica del citoesqueleto 10. Para hacer frente a este problema, que estábamos buscando para desarrollar un método eficiente para los experimentos de depleción de rescate que no interfiera con la progresión mitótico o la morfología celular, y que preserve la homeostasis de proteínas para evitar la perturbación secundaria de la dinámica de complejos macromoleculares regular los cambios de células con forma de . Por lo tanto idealmente, el agotamiento-complemento posterior de el gen de interés se debe realizar de forma simultánea.
El uso de complejos de adenovirus con un polímero catiónico o lípidos se ha descrito para promover la transferencia de genes in vitro e in vivo 11,12. Por ejemplo, fosfato de calcio (CAPI) aparece para formar un precipitado conadenovirus que mejoran la unión del virus a entrar a través de una vía independiente CAR-13. De hecho, encontramos que la combinación de la transducción de células a base de adenovirus y la transfección con compuestos catiónicos podría mejorar la eficiencia de los experimentos de reducción de rescate. Esto nos permitió bajar las cantidades de virus por de 3 a 20 veces, dependiendo de la línea celular y el gen de interés, y se benefician de una ventana más amplia con el fin de ajustar la expresión de proteínas exógenas en los niveles endógenos en cerca de la mayoría de una población celular de interés con el mínimo impacto en la morfología celular. Bajo tales condiciones, también podríamos lograr una alta caída eficacia de la expresión endógena de proteínas (> 75%). Por la presente se describe el método paso a paso y aportar pruebas de que la homeostasis de proteínas no es perturbado significativamente según la evaluación de los niveles constantes de los chaperones inducidos por el estrés de la familia de proteínas de choque térmico, por lo que el método adecuado para el análisis funcional de la ro fisiológicol de chaperonas moleculares mediante microscopía de vídeo de lapso de tiempo. El protocolo es susceptible de procedimientos de sincronización celular y a la utilización de baculovirus disponibles en el mercado para la co-expresión de los bajos niveles de los marcadores fluorescentes, con un mínimo de interferencia con la dinámica basada en actina y normal del huso durante la progresión mitótica. Además, muestran la versatilidad del método, que es aplicable a "duro" para la transducción de células C2C12 de ratón, sin impacto significativo sobre la diferenciación de mioblastos en miotubos in vitro.
1. Preparación del medio y las soluciones (todo esterilizada por filtración)
2. Recubrimiento de las placas de cultivo celular con fibronectina y Chapado de células HeLa-RFP-H2B
NOTA: Antes del experimento, cada manipulador debe establecer las condiciones óptimas de chapado de células para conseguir una densidad adecuada de las células ya que las variaciones pueden OCcur entre cada manipulador y cada línea celular diferente.
3. Adenovirus Transducción y proteína endógena Knockdown de siRNA transfección en células HeLa-RFP-H2B Usando CAPI precipitados
¡Precaución! Trabajoción con los virus requiere precauciones especiales y una disposición adecuada de todo el material que ha estado en contacto con el virus.
¡Atención! En nuestras manos, CAPI precipita a menudo tienen efectos más indeseables, por ejemplo, en los procesos biológicos relacionados con el tráfico de vesículas (por ejemplo, la autofagia). Por consiguiente, se recomienda el uso de un reactivo de transfección de lípidos catiónicos (ver abajo) y esperar al menos 48 horas antes de los análisis.
NOTA: Un adenovirus de control que lleva un gen no relacionado (es decir, LacZ) o ningún gen se utiliza para llegar a un MOI mínimas en todos los Adenofections (10-20 pfu / célula), utilizando la menor cantidad de adenovirus recombinante que lleva el gen de interés.
NOTA: Este procedimiento se ha demostrado que ayuda a normalizar la expresión por célula en una población de células grandes.
4. La transducción de adenovirus y la proteína endógena Knockdown de siRNA transfección en células HeLa El uso de un reactivo de transfección lípido catiónico
NOTA: Aquí se presenta un protocolo que fue adaptado para experimentos que no implican la sincronización de células y / o cuando siRNA transfección no se puede realizar por el método CAPI, por ejemplo para evitar efectos tóxicos indeseables en algunas células linES. Este protocolo también incluye una etapa replating celular después de adenofection el fin de trabajar a una densidad celular adecuada. Sólo hemos probado el reactivo de transfección lípido catiónico.
¡Atención! El trabajo con los virus requiere precauciones especiales y una disposición adecuada de todo el material que ha estado en contacto con el virus.
5. Imágenes de células vivas de células mitóticas y Análisis de Datos
6. LifeAct-TagGFP2 Adenovirus Transducción en Differentiating ratón C2C12 mioblastos
NOTA: El protocolo adenofection es también aplicable a los mioblastos C2C12 de ratón difíciles de infectar sometidos a la diferenciación.
La transfección de BAG3-GFP ADN plásmido utilizando lípidos catiónicos se asoció con la expresión heterogénea en células HeLa, algunas células que muestran niveles apenas detectables de la proteína y otros que llevan niveles muy altos BAG3 (Figura 2A). En estas células, la pérdida de la homeostasis de proteínas se evidencia por la acumulación de BAG3-GFP en agregados perinuclear (Figura 2A, flechas). En contraste, la transducción de célul...
Aquí, describimos un método que permite experimentos de reducción de rescate a realizar, que es aplicable a los análisis funcionales de los procesos celulares biológicas que son particularmente sensibles a la sobreexpresión de proteínas que afectan a la estequiometría y la dinámica de los complejos de proteínas y estructuras macromoleculares. la división celular mitótico es un ejemplo extremo de la morfodinámica celulares finamente sintonizados que involucra los cambios más dramáticos y espectaculares en ...
The authors have nothing to disclose.
This work was supported by the Canadian Institutes of Health Research (Grant no 7077), and by the Bellini Foundation and Roby Fondazione.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
C2C12 Mouse Myoblasts | ATCC | CRL-1772 | |
Adenovirus custom design | Welgen | Custom design | |
Calcium Chloride | Fisher Scientific | C79-500 | |
CellLight® Actin-GFP, BacMam 2.0 | Thermo Fisher | C10582 | |
CellLight® Tubulin-RFP, BacMam 2.0 | Thermo Fisher | C10614 | |
Dulbecco’s modified Eagle’s medium (DMEM), High Glucose | Thermo Fisher | 11965-092 | |
EDTA | Sigma | E5134 | |
Fetal Bovine Serum (FBS) | Thermo Fisher | 12483-020 | |
Fibronectin | Sigma | F1141 | |
Glass bottom dishes, 35mm | MatTek Corperation | P35G-1.5-20-C Case | |
HeLa-RFP-H2B | Kind gift of Dr Sabine Elowe, Québec, Canada | Klebig C et al. 2009 | |
HEPES | Fisher Scientific | BP310-1 | |
Horse Serum, New Zealand | Thermo Fisher | 16050-122 | |
KCl | Fisher Scientific | BP366-500 | |
L-Glutamine | Thermo Fisher | 25030081 | |
Lipofectamine® RNAiMAX Transfection Reagent | Thermo Fisher | 13778-150 | |
Minimal Essential Medium (MEM) Alpha | Wisent | 310-101-CL | |
Minimal Essential Medium (MEM) Alpha without Desoxyribonuleosides/Ribonucleosides | Thermo Fisher | 12000-022 | |
Minimal Essential Medium (MEM) Alpha without Phenol Red | Thermo Fisher | 41061-029 | |
Na2HPO4 | Biobasic | S0404 | |
NaCl | Fisher Scientific | BP358-10 | |
OptiMEM | Thermo Fisher | 11058-021 | |
rAVCMV-LifeAct-TagGFP2 | IBIDI | 60121 | |
siRNA duplexes | Dharmacon | Custom design | |
Thymidine | Sigma | T9250 | |
Trypsine 2.5% | Thermo Fisher | 15090-046 |
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