Aislamiento optimizado de núcleos a partir de muestras de tumores sólidos frescos y congelados para la secuenciación multioma

A medida que crece nuestro conocimiento de la biología tumoral y nuestro interés por comprender las complejidades de cómo las células interactúan dentro del tumor e influyen en los resultados de los pacientes, también ha aumentado la importancia de analizar células heterogéneas en todo el microambiente tumoral. La secuenciación multioma, que permite la adquisición de ARN de una sola célula y la secuenciación de ataque de la misma célula en forma de célula pareada, supone un avance significativo en este sentido. Sin embargo, la calidad de los datos obtenidos de estos experimentos depende en gran medida de la calidad de las condiciones experimentales y del material biológico introducido.

Este protocolo proporciona un enfoque fiable y optimizado para el aislamiento de núcleos de muestras de tumores sólidos para la secuenciación multioma utilizando la plataforma 10x Genomics. Este protocolo es fiable utilizando suspensiones unicelulares frescas o congeladas. Proporcionamos recomendaciones para las condiciones de disociación de tejidos, la criopreservación de suspensiones unicelulares y la evaluación de núcleos aislados.

En este protocolo, utilizamos muestras de adenocarcinoma ductal pancreático humano, que son un tipo de foco de tejido primario en nuestro laboratorio. El cáncer de páncreas representa un tipo de tumor altamente desmoplásico, que presagia tejido y células relativamente pegajosas. Además, dado que los especímenes de tumores pancreáticos disponibles para la investigación también tienden a ser relativamente pequeños, se realizan esfuerzos para maximizar la cantidad de células capturadas.