Method Article
* Ces auteurs ont contribué à parts égales
Ce protocole décrit les étapes pour générer un modèle 3D de la distribution des métabolites pendant l’infection par trypanosomatide, y compris la collecte d’échantillons, l’extraction de métabolites, un aperçu de l’acquisition de données de chromatographie de masse en tandem et de chromatographie liquide, la génération de modèles 3D et, enfin, la visualisation de données.
Le tropisme des agents pathogènes et le tropisme des maladies désignent les emplacements tissulaires colonisés de manière sélective ou endommagés par des agents pathogènes, ce qui entraîne des symptômes localisés de la maladie. Les parasites trypanosomatidés infectieux par l’homme comprennent Trypanosoma cruzi, l’agent causal de la maladie de Chagas; Trypanosoma brucei, l’agent causal de la maladie du sommeil; et les espèces de Leishmania , agents responsables de la leishmaniose. Ensemble, ils touchent 20 millions de personnes à travers le monde. Ces parasites montrent un tropisme spécifique: cœur, œsophage, côlon pour T. cruzi, tissu adipeux, pancréas, peau, système circulatoire et système nerveux central pour T. brucei, peau pour les souches de Leishmania dermropiques et foie, rate et moelle osseuse pour les souches viscérotropes de Leishmania . Une perspective spatiale est donc essentielle pour comprendre la pathogenèse de la maladie trypanosomatide. La cartographie chimique génère des visualisations 3D de l’abondance de petites molécules générées par chromatographie liquide-spectrométrie de masse, par rapport aux paramètres microbiologiques et immunologiques. Ce protocole montre comment la cartographie chimique peut être appliquée pour étudier les processus pathogènes au cours de l’infection par trypanosomatide, en commençant par l’échantillonnage systématique des tissus et l’extraction des métabolites, suivis de l’acquisition de données par chromatographie liquide et spectrométrie de masse en tandem, et se terminant par la génération de cartes 3D de la distribution des métabolites. Cette méthode peut être utilisée pour de multiples questions de recherche, telles que les besoins en nutriments pour la colonisation tissulaire par T. cruzi, T. brucei ou Leishmania, l’immunométabolisme aux sites d’infection et la relation entre la perturbation métabolique tissulaire locale et les symptômes cliniques de la maladie, conduisant à un aperçu complet de la pathogenèse de la maladie trypanosomatide.
Les parasites trypanosomatidés sont constitués d’espèces de Leishmania, de trypanosomes africains (Trypanosoma brucei) et de trypanosomes américains (Trypanosoma cruzi). Les protozoaires leishmaniaques provoquent la leishmaniose, qui comprend l’auto-guérison et la leishmaniose cutanée localisée auto-limitée, la leishmaniose muco-cutanée dans laquelle les tissus muqueux de la bouche, du nez et de la gorge sont endommagés, et la leishmaniose viscérale avec tropisme parasitaire aux organes viscéraux provoquant de la fièvre et de l’hépatosplénomégalie1,2. T. brucei est à l’origine de la trypanosomiase humaine africaine (THA), également connue sous le nom de maladie du sommeil, principalement signalée dans les pays africains3. Les signes et symptômes cliniques comprennent l’hépatosplénomégalie, la fièvre, les maux de tête, les douleurs musculo-squelettiques, les lymphadénopathies et l’anémie au stade hémo-lymphatique lorsque les parasites se localisent dans la circulation sanguine et lymphatique. Ceci est suivi par le stade méningo-encéphalitique, où les parasites se localisent dans le système nerveux central et provoquent des troubles du sommeil, une altération du comportement et éventuellement un comas mortel4. T. cruzi provoque la maladie de Chagas, endémique dans les Amériques. Les personnes infectées connaissent un stade aigu initial, généralement asymptomatique, avec un tropisme parasitaire large. Environ 10 % à 30 % des personnes infectées présentent des symptômes au stade chronique après des décennies d’infection, caractérisés par un mégaœsophage, un mégacôlon et des complications cardiovasculaires5,6.
La métabolomique étudie les petites espèces moléculaires (50-1 500 Da), y compris les composés biologiques issus du métabolisme primaire ou secondaire et les composés dérivés de l’extérieur tels que les médicaments ou les molécules dérivées des aliments. Dans le contexte des interactions hôte-pathogène, la métabolomique peut explorer l’impact de l’infection sur les environnements de métabolites de l’hôte, ce qui est crucial pour accéder à l’effet de l’agent pathogène sur l’hôte. Il peut également évaluer les adaptations des agents pathogènes à l’environnement nutritionnel et immunologique de l’hôte7,8,9. La spectrométrie de masse (SEP) et la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (RMN) sont des outils métabolomiques courants utilisés pour identifier, quantifier et caractériser les métabolites. Cette approche « omique » peut également être appliquée à la découverte de biomarqueurs et au développement de médicaments10,11.
Compte tenu du tropisme tissulaire spécifique des parasites trypanosomatidés, les analyses métabolomiques spatiales peuvent permettre de mieux comprendre la pathogenèse des maladies qu’ils provoquent. La cartographie de la distribution spatiale des métabolites a révélé des métabolites localement affectés par une infection chronique à Trypanosoma cruzi dans le tissu cardiaque de la souris et une infection aiguë et à long terme à Trypanosoma cruzi dans le tractus gastro-intestinal de la souris6,12,13. Plus précisément, la cartographie chimique 3D a démontré une déconnexion entre la persistance du parasite et les altérations métaboliques dans le tissu cardiaque de souris chroniquement infectées par Trypanosoma cruzi. Le métabolisme était le plus perturbé dans les segments inférieurs et apicals du cœur, correspondant aux sites de symptômes de la maladie de Chagas (anévrismes apicals cardiaques). Les familles de métabolites perturbées par l’infection à des sites cardiaques spécifiques et corrélées à la gravité de la maladie comprennent les acylcarnitines et la glycérophosphocholines12,13,14. Dans le tractus gastro-intestinal, des altérations métaboliques persistantes concordaient avec les sites de symptômes de la maladie de Chagas: œsophage et côlon. En revanche, le métabolisme est renormalisé à des sites non associés aux symptômes de la maladie de Chagas, tels que l’intestin grêle. Les métabolites localement perturbés par une infection dans le tractus gastro-intestinal comprennent les acylcarnitines, la glycérophosphocholines, la kynurénine, le tryptophane et l’acide cholique. De plus, ces analyses ont permis d’identifier un nouveau mécanisme métabolique de tolérance à la maladie de Chagas6. L’application de ces méthodes à l’étude de la leishmaniose cutanée a révélé des perturbations métaboliques importantes sur le site de la lésion, mais aussi des changements métaboliques spécifiques dans les tissus sains macroscopiquement adjacents à la lésion. Par exemple, la glutamine a été épuisée au site de la lésion, tandis que la glycérophosphocholines dans le m/z (rapport masse/charge) 200-299, 400-499, 500-599 et 600-699 a été significativement augmentée au site de la lésion. La PC (O-34:1) n’a été augmentée qu’aux sites adjacents aux lésions15.
L’objectif de ce manuscrit est de démontrer les étapes nécessaires pour générer des modèles 3D de distribution des métabolites (« cartographie chimique ») appliqués aux modèles d’infection parasitaire trypanosomatide (Figure 1). Cette approche s’appuie sur plusieurs avancées critiques dans le contexte du traitement des données métabolomiques et métabolomiques, en particulier le développement d’un logiciel 'ili pour tracer facilement les données métabolomiques sur des modèles 3D16.
Toutes les expériences sur les animaux décrites ont été approuvées par l’Université de l’Oklahoma ou le Comité institutionnel de soins et d’utilisation des animaux de l’Université de Californie à San Diego. Toutes les étapes de manipulation des matières infectieuses ont été effectuées à l’intérieur d’une armoire de biosécurité (classe II, type A2) et conformément à la réglementation locale.
1. Prélèvement de tissus
2. Extraction des métabolites
REMARQUE: Seuls les liquides et réactifs de qualité LC-MS doivent être utilisés partout. Cette méthode a été adaptée de Reference20.
3. Acquisition de données LC-MS
4. Traitement des données LC-MS
5.3D génération de modèles
6. Génération de parcelles
Le nombre de caractéristiques métabolites obtenues dépend du type de tissu analysé et des paramètres de traitement des données. Par exemple, ce protocole a été utilisé pour analyser l’impact spatial de l’infection à T. cruzi sur le métabolome du tractus gastro-intestinal dans un modèle murin d’infection à T. cruzi. Dans des travaux antérieurs, des C3H/HeJ mâles ont été injectés par voie intrapéritonéale avec 1 000 parasites CL + luc T. cruzi32,6. Les animaux ont été euthanasiés 12 ou 89 jours après l’infection, et une analyse cartographique chimique de 13 segments contigus du tractus gastro-intestinal a été effectuée comme décrit dans ce protocole. Cette analyse a conduit à un tableau de 5 502 entités, qui ont ensuite été visualisées en 3D à l’aide des étapes décrites dans ce protocole. Cette approche permet de visualiser les caractéristiques des métabolites chez les animaux individuels qui sont élevés sur le site d’une charge parasitaire élevée (kynurénine, Figure 2B vs charge parasitaire, Figure 2A), de métabolites ayant une distribution différentielle entre les régions tissulaires (glutamine, Figure 2C) et de caractéristiques métabolites qui se trouvent à des niveaux comparables dans le petit et le gros intestin (LPE 16:0 Figure 2D ). La kynurénine a été sélectionnée pour la visualisation en raison de sa relation connue avec l’inflammation et des publications antérieures sur la capacité des métabolites dérivés de la kynurénine à réguler la charge de T. cruzi33. Des modèles aléatoires d’apprentissage automatique basés sur la forêt avaient précédemment révélé une association entre les niveaux de kynurénine et le statut d’infection6. La glutamine a été sélectionnée pour une visualisation basée sur des publications antérieures démontrant une relation entre la disponibilité de la glutamine in vitro et la sensibilité au médicament T. cruzi34. La distribution différentielle a été confirmée par régression logistique, p < 0,05. LPE 16:0 a été sélectionné après inspection visuelle des données pour découvrir les caractéristiques des métabolites trouvés à des niveaux comparables sur les sites tissulaires.
Figure 1 : Vue d’ensemble du protocole. L’illustration a été créée avec BioRender.com. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Figure 2 : Analyse cartographique chimique. Des souris mâles C3H/HeJ ont été injectées par voie intrapéritonéale avec 1 000 parasites CL+luc T. cruzi32. Les animaux ont été euthanasiés 12 ou 89 jours après l’infection, et le tractus gastro-intestinal a été prélevé et sectionné systématiquement (étape 1)6. Les métabolites ont été extraits comme à l’étape 2 et analysés par LC-MS/MS.3D génération du modèle a été effectuée à l’aide du logiciel SketchUp (étape 5), et les données ont été tracées en 3D comme à l’étape 6. (A) Distribution du parasite chez une souris spécifique, 12 jours après l’infection. (B) Distribution du métabolite de la kynurénine chez la même souris, 12 jours après l’infection. (C) Distribution moyenne de la glutamine chez les souris infectées, 89 jours après l’infection. (D) Niveaux comparables de temps de rétention m/z 454,292 2,929 min, annotés en 2-hexadécanoyl-sn-glycero-3-phosphoéthanolamine (LPE 16:0), chez la même souris que chez A et B dans l’intestin grêle et le côlon. Des échantillons et des données ont été générés en6. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Comprendre les infections à trypanosomatides est essentiel pour guider le développement de nouveaux médicaments et les approches thérapeutiques. Cette méthode de cartographie chimique est particulièrement bien placée pour fournir des informations exploitables sur la relation entre le métabolisme et la pathogenèse de la maladie trypanosomatide, répondant ainsi à ce besoin translationnel.
Seuls les solvants de qualité LC-MS sont recommandés lors de l’extraction des métabolites et des analyses MS, afin de réduire la contamination de fond. La contamination polymère35, généralement dérivée d’un film de paraffine et/ou d’autres plastiques36,37,38, doit être évitée dans la mesure du possible. Le parafilm, en particulier, ne doit jamais être utilisé. Ces aspects sont cruciaux car la qualité des données LC-MS dépend des matériaux utilisés lors de la préparation des échantillons et de l’extraction des métabolites. La qualité des données doit être assurée avant de générer des diagrammes. De plus, la génération de ces cartes métabolomiques spatiales complètes nécessite la collecte de tous les échantillons de tissus adjacents et l’extraction de métabolites à partir de tous les échantillons prélevés afin d’éviter les lacunes dans ces cartes. Les procédures de collecte, la logistique de l’extraction des métabolites et l’analyse LC-MS, ainsi que les coûts doivent donc être pris en compte et planifiés en conséquence.
Ce protocole peut être modifié pour répondre aux besoins des utilisateurs de plusieurs façons. Par exemple, la polarité et la solubilité des solvants utilisés lors de l’extraction des métabolites influenceront les métabolites détectés39. Pour maximiser la diversité des caractéristiques des métabolites détectés pour les analyses cartographiques chimiques non ciblées, il est recommandé de combiner plusieurs étapes d’extraction et solvants. Par exemple, cette méthode utilise le dichlorométhane, le méthanol et l’eau comme solvants d’extraction, car ils permettent une détection précise des molécules non polaires et polaires20,40. Cependant, ces solvants ne conviennent pas universellement à toutes les expériences sur la SEP, et les chercheurs devraient sélectionner les solvants d’extraction en fonction des objectifs de leur projet. De même, différentes conditions LC-MS/MS peuvent être utilisées, telles que le remplacement de la chromatographie en phase inversée par la chromatographie en phase normale. Des colonnes alternatives peuvent également être utilisées pour la collecte de données en phase inversée au lieu de la chromatographie en C8, bien que empiriquement, la chromatographie en C8 soit plus robuste pour les lipides tissulaires et ait une fréquence de colmatage plus faible. Conceptuellement, ces protocoles peuvent également être appliqués à d’autres méthodes de spectrométrie de masse telles que la chromatographie en phase gazeuse-spectrométrie de masse, etc.
Une autre approche est l’imagerie par spectrométrie de masse. En effet, contrairement aux approches d’imagerie par spectrométrie de masse, la chromatographie liquide-spectrométrie de masse ne préserve pas intrinsèquement l’information spatiale10. Les approches de cartographie chimique comblent cette lacune en incluant l’emplacement de l’échantillonnage au moment de la conceptualisation du projet, dans les métadonnées de l’échantillon et aux étapes de traitement des données. L’une des forces de cette approche de cartographie chimique, contrairement à l’imagerie par spectrométrie de masse, est la capacité de fournir des annotations fiables (confiance d’annotation de niveau 1 ou de niveau 2 de la Metabolomics Standards Initiative41), contrairement à l’imagerie par spectrométrie de masse où la majeure partie des applications reposent sur une masse précise uniquement pour l’annotation. L’imagerie par spectrométrie de masse permettra une cartographie spatiale à grain fin, parfois jusqu’au niveau d’une seule cellule, par exemple,42,43. En revanche, les approches de cartographie chimique permettent une cartographie inter-organes à grande échelle de la distribution des métabolites sans nécessiter de compétences hautement spécialisées en cryosection d’animaux entiers. La cartographie chimique fournit des preuves complémentaires aux nombreuses approches transcriptomiques spatiales en cours de développement, par exemple,44, avec l’avantage de se concentrer sur la « couche omique la plus proche du phénotype»45. D’autres méthodes de quantification de la charge parasitaire comprennent la mesure de la bioluminescence au moment du prélèvement de l’échantillon6. Des segments fins pourraient également être collectés pour permettre la microscopie confocale ou électronique afin d’évaluer la charge parasitaire localisée et les lésions tissulaires. L’homogénat d’eau, qui est utilisé pour la quantification des cytokines dans ce protocole et dans des publications antérieures13, pourrait également être utilisé pour quantifier les marqueurs à base de protéines des lésions tissulaires.
Il existe également plusieurs façons d’obtenir des modèles 3D adaptés pour tracer les données LC-MS résultantes. En plus de la méthode suggérée ici, les modèles peuvent être achetés pré-fabriqués auprès de divers fournisseurs en ligne. S’assurer que les conditions d’utilisation correspondent à l’utilisation prévue, en particulier en ce qui concerne la publication. Les modèles pour les grands organes peuvent être générés de novo à l’aide de scanners 3D selon les instructions du scanner. Des alternatives telles que MATLAB existent pour générer et visualiser des modèles 3D pour la cartographie chimique46, mais elles ont été principalement mises en œuvre avant le développement de 'ili16. MATLAB est une suite d’outils d’analyse et de programmation de données offrant une grande variété d’applications dans de nombreux domaines. Cependant, MATLAB n’est ni gratuit ni open-source, et il nécessite une familiarité avec les interfaces MATLAB, d’autant plus que MATLAB n’a pas été développé pour le traitement des données de spectrométrie de masse. Les alternatives de cette méthode proposée, à savoir SketchUp, Meshlab et 'ili, sont librement accessibles, conviviales et offrent des fonctions similaires à celles de MATLAB à des fins de cartographie chimique.
Cette méthode est robuste en ce qui concerne la préparation des échantillons et l’extraction des métabolites. Le dépannage est le plus souvent nécessaire à l’étape d’acquisition de données LC-MS. Cela dépasse le cadre de cet article. Les lecteurs sont dirigés vers d’excellentes publications sur le dépannage de l’acquisition de données LC-MS, y compris20,47. De même, les complexités de l’annotation des métabolites dépassent le cadre de l’accent mis par cette méthode sur la génération de modèles 3D. Les références utiles sur ce sujet incluent24,25,48,49.
Bien que cette méthode explore efficacement la pathogenèse de la maladie, il existe des limites à cette approche, dont certaines sont communes à toute expérience métabolomique. L’une de ces limitations est le faible taux d’annotation des fonctionnalités LC-MS50, qui dépend de la disponibilité et de la qualité des bibliothèques spectrales de référence. Une autre limitation est que ce protocole ne préserve pas l’ARNm en raison de l’incompatibilité des réactifs de préservation de l’ARN tels que l’ARNilatter avec l’analyse LC-MS/MS. Cependant, la qualité des protéines est adéquate pour les analyses en aval et peut donc remplacer les analyses à base d’ARNm.
Une approche cartographique chimique de la pathogenèse des infections reflète directement comment les infections bactériennes, virales ou parasitaires se développent dans les systèmes organiques et provoquent des maladies localisées. L’analyse de ces sous-échantillons régionaux et la génération de modèles 3D permettent en fin de compte de comprendre comment les métabolites fonctionnent dans l’espace tridimensionnel, mettant en lumière ces dimensions spatiales de la biologie moléculaire jusqu’alors méconnues. En utilisant ce protocole, par exemple, la localisation des métabolites a été comparée à la charge parasitaire de Trypanosoma cruzi. Les résultats ont clarifié la relation entre l’agent pathogène et le tissu hôte et ont également démontré la dynamique métabolique de la progression des symptômes de la maladie de Chagas6. Les méthodes de cartographie chimique ont également été appliquées à divers sujets, tels que l’interaction homme-environnement construit51,52,53, la composition chimique des systèmes organiques comme la peau humaine46 et les poumons54, et le métabolisme des plantes et les interactions environnementales55. Les applications futures peuvent impliquer l’évaluation de la tolérance et de la résilience localisées aux maladies, ou la relation entre les niveaux locaux de métabolites, le tropisme pathogène et le tropisme de la maladie dans des modèles au-delà de l’infection trypanosomatidée. Cette approche devrait également avoir une large applicabilité pour élargir les protocoles pharmacocinétiques actuels, pour évaluer la relation entre les niveaux locaux de médicaments tissulaires et le métabolisme des médicaments par rapport au contexte métabolique global, aux lésions tissulaires et à la clairance des agents pathogènes. Dans l’ensemble, la cartographie chimique permet d’explorer de manière unique les distributions de métabolites dans divers types d’échantillons, avec des applications telles que la pathogenèse des maladies, la santé humaine, les interactions homme-environnement et la dynamique microbienne.
Aucun conflit d’intérêts à signaler.
Laura-Isobel McCall, Ph.D., est titulaire d’un prix Investigators in the Pathogenesis of Infectious Disease du Burroughs Wellcome Fund. Les auteurs souhaitent en outre reconnaître le soutien du numéro de prix R21AI148886 des NIH, d’une subvention pilote de l’Oklahoma Center for Respiratory and Infectious Diseases (OCRID) sous le numéro de prix niH P20GM103648 et des fonds de démarrage de l’Université de l’Oklahoma (à LIM). Le contenu relève de la seule responsabilité des auteurs et ne représente pas nécessairement les points de vue officiels des bailleurs de fonds. Les auteurs tiennent également à remercier les développeurs des outils utilisés dans ce protocole. Toutes les publications pertinentes ont été citées, le cas échéant.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1.5 mL Eppendorf tubes | NA | NA | any brand, as available |
1 L bottle, pyrex | NA | NA | any brand, as available |
1 L graduated cylinder, pyrex | NA | NA | any brand, as available |
2 mL SafeLock Eppendorf tubes | VWR | 20901-540 | use the appropriate tube model for the available tissue homogenizer |
3D model (de-novo generated according to protocol steps, or purchased) | NA | NA | as appropriate for system under investigation |
5 mm stainless steel bead | Qiagen | 69989 | |
96 well plate | Fisher | 3252449 | |
AATTCCTCCAAGCAGCGGATA primer | NA | NA | any brand, as available; published in Piron, M. et al. Development of a real-time PCR assay for Trypanosoma cruzi detection in blood samples. Acta tropica. 103 (3), 195–200 (2007). |
analytical balance | NA | NA | any brand, as available |
ASTCGGCTGATCGTTTTCGA primer | NA | NA | any brand, as available; published in Piron, M. et al. Development of a real-time PCR assay for Trypanosoma cruzi detection in blood samples. Acta tropica. 103 (3), 195–200 (2007). |
benchtop centrifuge with microcentrifuge, falcon tube and 96-well-plate capacity | NA | NA | any brand, as available |
biosafety cabinet | NA | NA | class II, type A2; any brand, as available |
CAGCAAGCATCTATGCACTTAG ACCCC primer | NA | NA | any brand, as available; published in Cummings, K.L., Tarleton, R.L. Rapid quantitation of Trypanosoma cruzi in host tissue by real-time PCR. Molecular and biochemical parasitology. 129 (1), 53–59 (2003). |
camera | NA | NA | any brand, as available. A cellphone camera is adequate for this protocol |
chemiluminescent-capable imaging system | NA | NA | any system, as available |
cotton balls | NA | NA | any brand, as available |
cryogloves | VWR | 97008-208 | replace with any brand, as available |
dissection scissors | NA | NA | any brand, as available |
dry ice | NA | NA | any brand, as available |
extra-length forceps | NA | NA | any brand, as available |
flammable-grade refrigerator | NA | NA | any brand, as available |
freezer storage boxes for microcentrifuge tubes | NA | NA | any brand, as available |
fume hood | NA | NA | any brand, as available |
high-resolution mass spectrometer | NA | NA | any brand, as available, such as ThermoFisher Q-Exactive Plus (catalog number 0726030) |
ice bucket | NA | NA | any brand, as available |
ili software | ili.embl.de | NA | |
isoflurane | Covetrus | 29405 | |
large tupperware | NA | NA | any brand, as available; large enough to comfortably contain mouse, cotton ball |
LC-MS grade acetonitrile | Fisher Optima | A955-4 | |
LC-MS grade dicholoromethane | Fisher Optima | D151-4 | |
LC-MS grade formic acid | Fisher Optima | A11750 | |
LC-MS grade methanol | Fisher Optima | A456-4 | |
LC-MS grade water | Fisher Optima | W64 | |
liquid chromatography column | Phenomenex | 00B-4499-AN | may be changed to other brands and models as appropriate for the metabolites of interest |
liquid chromatography column guard cartridge | Phenomenex | AJ0-8784 | may be changed to other brands and models as appropriate for the metabolites of interest |
liquid chromatography column guard cartridge holder | Phenomenex | AJ0-9000 | may be changed to other brands and models as appropriate for the metabolites of interest |
liquid nitrogen | NA | NA | any brand, as available |
luciferin | Goldbio | LUCK-1G | |
MeshLab software | https://www.meshlab.net/ | NA | |
Meshmixer software | https://www.meshmixer.com/ | NA | |
MS calibrant | NA | NA | appropriate one for available instrument |
MS data processing software | NA | NA | multiple options available; authors recommend MZmine |
MSConvert software | http://proteowizard.sourceforge.net/ | NA | |
Nanodrop | ThermoFisher | ND-ONE-W | other nanodrop models are also suitable |
p1000 pipet tips | NA | NA | use the appropriate brand to fit available pipettors |
p1000 pipettor | NA | NA | any brand, as available |
p20 pipette tips | NA | NA | use the appropriate brand to fit available pipettors |
p20 pipettor | NA | NA | any brand, as available |
p200 pipette tips | NA | NA | use the appropriate brand to fit available pipettors |
p200 pipettor | NA | NA | any brand, as available |
personal protective equipment (gloves, lab coat, safety glasses/goggles; faceshield) | NA | NA | any brand, as available |
Q-Plex Mouse Cytokine - Screen (16-Plex) | Quansys biosciences | 110949MS | can replace with other protein-based cytokine assays such as other commercial cytokine ELISA kits |
Quick-DNA Miniprep Plus Kit (200 preps) | Zymo | D4069 | replace with any brand of mammalian DNA extraction kit, as available |
real-time thermocycler | NA | NA | any brand, as available |
salt shaker or tea infuser | NA | NA | any brand; to contain isoflurane-soaked cotton ball and prevent contact with mouse skin |
SketchUp software | https://www.sketchup.com/ | NA | |
specimen forceps | NA | NA | any brand, as available |
speedvac with microcentrifuge tube and 96-well-plate capacity | NA | NA | any brand, as available |
spreadsheet software | https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/excel | NA | can replace with other spreadsheet management software, as applicable |
sulfachloropyridazine | Sigma | S9882-100G | |
sulfadimethoxine | Sigma | S7007-10G | |
Sybr green qPCR reaction mix | Fisher | A25780 | can replace with other Sybr green qPCR reaction mixes, as desired |
TCCCTCTCATCAGTTCTAT GGCCCA primer | NA | NA | any brand, as available; published in Cummings, K.L., Tarleton, R.L. Rapid quantitation of Trypanosoma cruzi in host tissue by real-time PCR. Molecular and biochemical parasitology. 129 (1), 53–59 (2003). |
tissue homogenizer | NA | NA | any brand, as available; for example, Qiagen TissueLyser II, catalog number 85300, with TissueLyser Adapter Set (2 x 24), catalog number 69982 |
tissue samples | NA | NA | from appropriate infection model |
TissueLyser single-bead dispenser | Qiagen | 69965 | |
UHPLC | NA | NA | any brand, as available, such as ThermoFisher Vanquish (catalog number IQLAAAGABHFAPUMBHV) |
ultra-low temperature freezer (-80) | NA | NA | any brand, as available |
ultrasonic bath | NA | NA | any system, as available |
wet ice | NA | NA | any brand, as available |
zone-free sealing film | VWR | 490007-390 |
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