Method Article
* Эти авторы внесли равный вклад
Этот протокол описывает шаги по созданию 3D-модели распределения метаболитов во время трипаносоматидной инфекции, включая сбор образцов, извлечение метаболитов, обзор сбора данных жидкостной хроматографии-тандемной масс-спектрометрии, генерацию 3D-моделей и, наконец, визуализацию данных.
Патогенный тропизм и тропизм болезни относятся к местам ткани, избирательно колонизированным или поврежденным патогенами, что приводит к локализованным симптомам заболевания. К заразным человеком трипаносоматидным паразитам относятся Trypanosoma cruzi, возбудитель болезни Шагаса; Trypanosoma brucei, возбудитель сонной болезни; и виды Лейшмании , возбудители лейшманиоза. В совокупности они затрагивают 20 миллионов человек по всему миру. Эти паразиты проявляют специфический тропизм: сердце, пищевод, толстая кишка для T. cruzi, жировая ткань, поджелудочная железа, кожа, кровеносная система и центральная нервная система для T. brucei, кожа для дермотропных штаммов leishmania и печень, селезенка и костный мозг для висцеротропных штаммов Leishmania . Поэтому пространственная перспектива имеет важное значение для понимания патогенеза трипаносоматидной болезни. Химическая картография генерирует 3D-визуализации плотности малых молекул, генерируемых с помощью жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии, по сравнению с микробиологическими и иммунологическими параметрами. Данный протокол демонстрирует, как химическая картография может быть применена для изучения патогенных процессов при трипаносоматидной инфекции, начиная с систематического забора тканей и экстракции метаболитов с последующим сбором данных жидкостной хроматографии-тандемной масс-спектрометрии и заканчивая генерацией 3D-карт распределения метаболитов. Этот метод может быть использован для нескольких исследовательских вопросов, таких как потребности в питательных веществах для колонизации тканей T. cruzi, T. brucei или Leishmania, иммунометаболизм в местах инфекции и взаимосвязь между местным метаболическим возмущением тканей и клиническими симптомами заболевания, что приводит к всестороннему пониманию патогенеза трипаносоматидной болезни.
Паразиты Trypanosomatid состоят из видов Leishmania, африканских трипаносом (Trypanosoma brucei) и американских трипаносом (Trypanosoma cruzi). Простейшие лейшмании вызывают лейшманиоз, который включает в себя самозаживление и самоограничение локализованный кожный лейшманиоз, слизисто-кожный лейшманиоз, при котором повреждаются слизистые ткани рта, носа и горла, и висцеральный лейшманиоз с паразитарным тропизмом к висцеральным органам, вызывающим лихорадку и гепатоспленомегалию1,2. T. brucei вызывает африканский трипаносомоз человека (HAT), также известный как сонная болезнь, в основном зарегистрированный в африканских странах3. Клинические признаки и симптомы включают гепатоспленомегалию, лихорадку, головную боль, скелетно-мышечные боли, лимфаденопатии и анемию в гемо-лимфатической стадии, когда паразиты локализуются в кровотоке и лимфатической системе. За этим следует менингоэнцефалитная стадия, когда паразиты локализуются в центральной нервной системе и вызывают нарушение сна, изменение поведения и, в конечном итоге, смертельную кому4. T. cruzi вызывает болезнь Шагаса, эндемичную в Северной и Южной Америке. Инфицированные особи испытывают начальную острую стадию, обычно бессимптомную, с широким паразитарным тропизмом. Около 10-30% инфицированных людей испытывают симптомы хронической стадии после десятилетий инфекции, характеризующиеся мегаэзофагами, мегаколонами и сердечно-сосудистыми осложнениями5,6.
Метаболомика изучает малые молекулярные виды (50-1 500 Да), включая биологические соединения первичного или вторичного метаболизма и соединения внешнего происхождения, такие как лекарства или молекулы пищевого происхождения. В контексте взаимодействия хозяин-патоген метаболомика может исследовать влияние инфекции на среду метаболитов хозяина, что имеет решающее значение для доступа к воздействию патогена на хозяина. Он также может оценивать адаптацию патогенов к пищевой и иммунологической среде хозяина7,8,9. Масс-спектрометрия (МС) и спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР) являются распространенными метаболомическими инструментами, используемыми для идентификации, количественной оценки и характеристики метаболитов. Этот «омический» подход также может быть применен к открытию биомаркеров и разработке лекарств10,11.
Учитывая специфический тканевый тропизм трипаносоматидных паразитов, пространственный метаболомический анализ может позволить значительно понять патогенез заболеваний, которые они вызывают. Картирование пространственного распределения метаболитов выявило метаболиты, локально пораженные хронической инфекцией Trypanosoma cruzi в сердечной ткани мыши и острой и долгосрочной инфекцией Trypanosoma cruzi в желудочно-кишечном тракте мыши6,12,13. В частности, 3D-химическая картография продемонстрировала разрыв между персистенцией паразитов и метаболическими изменениями в сердечной ткани мышей, инфицированных хронически Trypanosoma cruzi. Метаболизм был наиболее нарушен в нижних и апикальных сегментах сердца, что соответствовало местам симптомов болезни Шагаса (аневризмы сердечной апикальной аневризмы). Семейства метаболитов, возмущенные инфекцией в определенных сердечных участках и коррелирующие с тяжестью заболевания, включают ацилкарнитины и глицерофосфохолины12,13,14. В желудочно-кишечном тракте стойкие метаболические изменения совпадали с симптомами болезни Шагаса: пищеводом и толстой кишкой. Напротив, метаболизм повторно нормализуется в местах, не связанных с симптомами болезни Шагаса, таких как тонкая кишка. Метаболиты, локально нарушенные инфекцией в желудочно-кишечном тракте, включают ацилкарнитины, глицерофосфохолины, кинуренин, триптофан и холевую кислоту. Кроме того, эти анализы позволили выявить новый метаболический механизм толерантности к болезни Шагаса6. Применение этих методов для изучения кожного лейшманиоза выявило значительные метаболические возмущения в месте поражения, а также специфические метаболические изменения в пораженно-смежных, макроскопически здоровых тканях. Например, глютамин был истощен в месте поражения, тогда как глицерофосфохолины в m/z (отношение массы к заряду) 200-299, 400-499, 500-599 и 600-699 были значительно увеличены в месте поражения. ПК (О-34:1) был увеличен только на участках, прилегающих к поражению15.
Целью данной рукописи является демонстрация шагов, необходимых для создания 3D-моделей распределения метаболитов («химическая картография») применительно к моделям заражения трипаносоматидами паразитов (рисунок 1). Этот подход основывается на нескольких критических достижениях в контексте метаболомики и обработки метаболомических данных, в частности на разработке программного обеспечения 'ili для легкого отображения данных метаболомики на 3D-моделях16.
Все описанные эксперименты на животных были одобрены Университетом Оклахомы или Комитетом по институциональным уходу и использованию животных Калифорнийского университета в Сан-Диего. Все этапы обращения с инфекционным материалом выполнялись внутри шкафа биобезопасности (класс II, тип А2) и в соответствии с местными правилами.
1. Сбор тканей
2. Извлечение метаболитов
ПРИМЕЧАНИЕ: Во всем должны использоваться только жидкости и реагенты класса LC-MS. Этот метод был адаптирован из Reference20.
3. Сбор данных LC-MS
4. Обработка данных LC-MS
5.3D генерация моделей
6. Генерация или участка
Количество полученных признаков метаболита зависит от типа анализируемой ткани и параметров обработки данных. Например, этот протокол был использован для анализа пространственного влияния инфекции T. cruzi на метаболом желудочно-кишечного тракта в мышиной модели инфекции T. cruzi. В предыдущей работе самцам C3H/HeJ вводили внутрибрюшинно 1000 CL + luc T. cruzi паразитов32,6. Животные были усыплены через 12 или 89 дней после заражения, и химический картографический анализ 13 смежных сегментов желудочно-кишечного тракта был выполнен, как описано в этом протоколе. Этот анализ привел к созданию таблицы характеристик из 5 502 объектов, которые затем были визуализированы в 3D с использованием шагов, описанных в этом протоколе. Этот подход позволяет визуализировать признаки метаболитов у отдельных животных, которые находятся в месте высокой паразитарной нагрузки (кинуренин, рисунок 2B против нагрузки паразитов, рисунок 2A), метаболитов с дифференциальным распределением по областям ткани (глутамин, рисунок 2C) и метаболитные признаки, которые обнаруживаются на сопоставимых уровнях в тонком и толстом кишечнике (LPE 16: 0, рисунок 2D ). Кинуренин был выбран для визуализации из-за его известной связи с воспалением и предыдущих публикаций о способности метаболитов, полученных из кинуренина, регулировать T. cruzi load33. Случайные модели машинного обучения на основе лесов ранее выявили связь между уровнями кинуренина и инфекционным статусом6. Глютамин был выбран для визуализации на основе предыдущих публикаций, демонстрирующих связь между доступностью глутамина in vitro и лекарственной чувствительностью T. cruzi34. Дифференциальное распределение было подтверждено с помощью логистической регрессии, p < 0,05. LPE 16:0 был выбран после визуального осмотра данных для обнаружения метаболитных признаков, обнаруженных на сопоставимых уровнях по участкам тканей.
Рисунок 1: Обзор протокола. Иллюстрация создана с помощью BioRender.com. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Рисунок 2: Химический картографический анализ. Самцам мышей C3H/HeJ вводили внутрибрюшинно 1000 паразитов CL+luc T. cruzi32. Животных усыпляли через 12 или 89 дней после заражения, а желудочно-кишечный тракт систематически собирали и разделяли (шаг 1)6. Метаболиты извлекали, как на шаге 2, и анализировали с помощью LC-MS/MS.3D генерацию модели выполняли с помощью программного обеспечения SketchUp (шаг 5), а данные строили в 3D, как на шаге 6. (A) Распространение паразитов у конкретной мыши через 12 дней после заражения. (B) Распределение метаболитов кинуренина у той же мыши через 12 дней после заражения. (C) Среднее распределение глутамина среди инфицированных мышей через 89 дней после заражения. (D) Сопоставимые уровни времени удержания m/z 454,292 мин 2,929 мин, аннотированные как 2-гексадеканоил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (LPE 16:0), у той же мыши, что и у A и B в тонкой кишке и толстой кишке. Образцы и данные были сгенерированы в6. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Понимание трипаносоматидных инфекций имеет важное значение для руководства новыми подходами к разработке лекарств и лечению. Этот метод химической картографии уникально способен обеспечить действенное понимание взаимосвязи между метаболизмом и патогенезом трипаносоматидной болезни, тем самым удовлетворяя эту трансляционную потребность.
Только растворители класса LC-MS рекомендуются во время экстракции метаболитов и анализа MS, чтобы уменьшить фоновое загрязнение. Полимерное загрязнение35, обычно получаемое из парафиновой пленки и/или других пластмасс36,37,38, следует избегать, где это возможно. Парафильм, в частности, никогда не должен использоваться. Эти аспекты имеют решающее значение, поскольку качество данных LC-MS зависит от материалов, используемых при подготовке образцов и извлечении метаболитов. Качество данных должно быть обеспечено до создания графиков 'ili. Кроме того, создание этих всеобъемлющих пространственных метаболомических карт требует сбора всех соседних образцов тканей и извлечения метаболитов из всех собранных образцов, чтобы избежать пробелов в этих картах. Таким образом, процедуры сбора, логистика экстракции метаболитов и анализ LC-MS, а также затраты должны рассматриваться и планироваться соответствующим образом.
Этот протокол может быть изменен для удовлетворения потребностей пользователя несколькими способами. Например, полярность и растворимость растворителей, используемых при экстракции метаболитов, будут влиять на то, какие метаболиты будут обнаружены39. Чтобы максимизировать разнообразие обнаруженных признаков метаболитов для нецелевого химического картографического анализа, рекомендуется сочетание нескольких стадий экстракции и растворителей. Например, этот метод использует дихлорметан, метанол и воду в качестве экстракционных растворителей, поскольку они позволяют точно обнаруживать неполярные и полярные молекулы20,40. Однако эти растворители не являются универсально подходящими для каждого эксперимента с рассеянным склерозом, и исследователи должны выбирать экстракционные растворители на основе целей своего проекта. Аналогичным образом, могут быть использованы различные условия LC-MS / MS, такие как замена обратнофазной хроматографии нормальной фазовой хроматографией. Альтернативные столбцы также могут использоваться для сбора данных об обратной фазе вместо хроматографии C8, хотя эмпирически хроматография C8 более устойчива к липидам тканей и имеет более низкую частоту засорения. Концептуально эти протоколы могут быть применены и к другим методам масс-спектрометрии, таким как газовая хроматография-масс-спектрометрия и т.д.
Альтернативным подходом является масс-спектрометрическая визуализация. Действительно, в отличие от методов масс-спектрометрии, жидкостная хроматография-масс-спектрометрия по своей сути не сохраняет пространственную информацию10. Подходы к химической картографии восполняют этот пробел, включая местоположение выборки во время концептуализации проекта, в метаданные образца и на этапах обработки данных. Сильной стороной этого подхода к химической картографии, в отличие от масс-спектрометрической визуализации, является способность предоставлять уверенные аннотации (Metabolomics Standards Initiative level 1 или level 2 annotation confidence41), в отличие от масс-спектрометрической визуализации, где основная часть приложений полагается на точную массу только для аннотаций. Масс-спектрометрическая визуализация позволит осуществлять мелкозернистое пространственное отображение, иногда вплоть до уровня одной клетки, например, 42,43. Напротив, подходы химической картографии позволяют крупномасштабное межорганное картирование распределения метаболитов, не требуя узкоспециализированных навыков криосекции целых животных. Химическая картография предоставляет дополнительные доказательства для многих разрабатываемых пространственных транскриптомных подходов, например, 44, с преимуществом сосредоточения внимания на «слое омики, ближайшем к фенотипу»45. Альтернативные методы количественной оценки нагрузки паразитов включают измерение биолюминесценции во время отбора проб6. Тонкие сегменты также могут быть собраны, чтобы позволить конфокальную или электронную микроскопию оценить локализованную нагрузку паразитов и повреждение тканей. Гомогенат воды, который используется для количественной оценки цитокинов в этом протоколе и предыдущих публикациях13, также может быть использован для количественной оценки белковых маркеров повреждения тканей.
Существует также несколько способов получения 3D-моделей, подходящих для построения результирующих данных LC-MS. В дополнение к методу, предложенному здесь, модели можно приобрести предварительно изготовленными у различных онлайн-поставщиков. Убедитесь, что условия использования соответствуют предполагаемому использованию, особенно в отношении публикации. Модели для больших органов могут быть сгенерированы de novo с помощью 3D-сканеров в соответствии с инструкциями сканера. Альтернативы, такие как MATLAB, существуют для создания и визуализации 3D-моделей для химической картографии46, но они были в основном реализованы до разработки 'ili16. MATLAB - это набор инструментов для анализа и программирования данных, предлагающий широкий спектр приложений во многих областях. Однако MATLAB не является ни бесплатным, ни открытым исходным кодом, и он требует знакомства с интерфейсами MATLAB, особенно учитывая, что MATLAB не был разработан для обработки данных масс-спектрометрии. Альтернативы этого предлагаемого метода, а именно SketchUp, Meshlab и 'ili, являются свободно доступными, удобными для пользователя и предлагают функции, аналогичные MATLAB для целей химической картографии.
Этот метод является надежным в отношении пробоподготовки и экстракции метаболитов. Устранение неполадок чаще всего необходимо на этапе сбора данных LC-MS. Это выходит за рамки данной статьи. Читатели направляются к отличным публикациям по устранению неполадок при сборе данных LC-MS, в том числе 20,47. Аналогичным образом, сложности аннотации метаболитов выходят за рамки фокуса этого метода на генерации 3D-моделей. Полезные ссылки по этой теме включают 24,25,48,49.
Хотя этот метод эффективно исследует патогенез заболевания, у этого подхода существуют ограничения, некоторые из которых являются общими для любого эксперимента по метаболомике. Одним из таких ограничений является низкая скорость аннотаций LC-MS features50, которая зависит от доступности и качества эталонных спектральных библиотек. Еще одним ограничением является то, что этот протокол не сохраняет мРНК из-за несовместимости реагентов сохранения РНК, таких как RNAlater, с анализом LC-MS / MS. Тем не менее, качество белка является достаточным для последующего анализа и, таким образом, может заменить анализ на основе мРНК.
Химический картографический подход к патогенезу инфекций напрямую отражает то, как бактериальные, вирусные или паразитарные инфекции развиваются в системах органов и вызывают локализованное заболевание. Анализ этих региональных подвыборок и создание 3D-моделей в конечном итоге передает, как метаболиты функционируют в трехмерном пространстве, проливая свет на эти ранее непризнанные пространственные измерения молекулярной биологии. Используя этот протокол, например, локализацию метаболитов сравнивали с нагрузкой паразита Trypanosoma cruzi. Результаты прояснили взаимосвязь между патогеном и тканью хозяина, а также продемонстрировали метаболическую динамику прогрессирования симптомов болезни Шагаса6. Методы химической картографии также были применены к различным темам, таким как взаимодействие с окружающей средой человека51,52,53, химический состав систем органов, таких как кожа человека46 и легкие54, а также метаболизм растений и взаимодействие с окружающей средой55. Будущие приложения могут включать оценку локализованной толерантности и устойчивости к болезням или взаимосвязи между локальными уровнями метаболитов, тропизмом патогена и тропизмом заболевания в моделях за пределами трипаносоматидной инфекции. Этот подход также должен иметь широкую применимость для расширения современных протоколов фармакокинетики, для оценки взаимосвязи между уровнями местных тканевых препаратов и метаболизмом лекарств по сравнению с общим метаболическим контекстом, повреждением тканей и клиренсом патогена. В целом, химическая картография позволяет проводить уникальные исследования распределения метаболитов в различных типах образцов, включая патогенез заболеваний, здоровье человека, взаимодействие человека и окружающей среды и микробную динамику.
Отсутствие конфликта интересов, о котором можно сообщить.
Лора-Изобель Макколл, доктор философии, имеет награду «Исследователи в патогенезе инфекционных заболеваний» от Фонда Берроуза Уэллкома. Авторы также хотели бы отметить поддержку со стороны премии NIH No R21AI148886, пилотного гранта От Центра респираторных и инфекционных заболеваний Оклахомы (OCRID) под номером награды NIH P20GM103648 и стартовых фондов от Университета Оклахомы (до LIM). Содержание является исключительной ответственностью авторов и не обязательно отражает официальную точку зрения спонсоров. Авторы также хотели бы поблагодарить разработчиков инструментов, используемых в этом протоколе. Все соответствующие публикации были процитированы, где это применимо.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1.5 mL Eppendorf tubes | NA | NA | any brand, as available |
1 L bottle, pyrex | NA | NA | any brand, as available |
1 L graduated cylinder, pyrex | NA | NA | any brand, as available |
2 mL SafeLock Eppendorf tubes | VWR | 20901-540 | use the appropriate tube model for the available tissue homogenizer |
3D model (de-novo generated according to protocol steps, or purchased) | NA | NA | as appropriate for system under investigation |
5 mm stainless steel bead | Qiagen | 69989 | |
96 well plate | Fisher | 3252449 | |
AATTCCTCCAAGCAGCGGATA primer | NA | NA | any brand, as available; published in Piron, M. et al. Development of a real-time PCR assay for Trypanosoma cruzi detection in blood samples. Acta tropica. 103 (3), 195–200 (2007). |
analytical balance | NA | NA | any brand, as available |
ASTCGGCTGATCGTTTTCGA primer | NA | NA | any brand, as available; published in Piron, M. et al. Development of a real-time PCR assay for Trypanosoma cruzi detection in blood samples. Acta tropica. 103 (3), 195–200 (2007). |
benchtop centrifuge with microcentrifuge, falcon tube and 96-well-plate capacity | NA | NA | any brand, as available |
biosafety cabinet | NA | NA | class II, type A2; any brand, as available |
CAGCAAGCATCTATGCACTTAG ACCCC primer | NA | NA | any brand, as available; published in Cummings, K.L., Tarleton, R.L. Rapid quantitation of Trypanosoma cruzi in host tissue by real-time PCR. Molecular and biochemical parasitology. 129 (1), 53–59 (2003). |
camera | NA | NA | any brand, as available. A cellphone camera is adequate for this protocol |
chemiluminescent-capable imaging system | NA | NA | any system, as available |
cotton balls | NA | NA | any brand, as available |
cryogloves | VWR | 97008-208 | replace with any brand, as available |
dissection scissors | NA | NA | any brand, as available |
dry ice | NA | NA | any brand, as available |
extra-length forceps | NA | NA | any brand, as available |
flammable-grade refrigerator | NA | NA | any brand, as available |
freezer storage boxes for microcentrifuge tubes | NA | NA | any brand, as available |
fume hood | NA | NA | any brand, as available |
high-resolution mass spectrometer | NA | NA | any brand, as available, such as ThermoFisher Q-Exactive Plus (catalog number 0726030) |
ice bucket | NA | NA | any brand, as available |
ili software | ili.embl.de | NA | |
isoflurane | Covetrus | 29405 | |
large tupperware | NA | NA | any brand, as available; large enough to comfortably contain mouse, cotton ball |
LC-MS grade acetonitrile | Fisher Optima | A955-4 | |
LC-MS grade dicholoromethane | Fisher Optima | D151-4 | |
LC-MS grade formic acid | Fisher Optima | A11750 | |
LC-MS grade methanol | Fisher Optima | A456-4 | |
LC-MS grade water | Fisher Optima | W64 | |
liquid chromatography column | Phenomenex | 00B-4499-AN | may be changed to other brands and models as appropriate for the metabolites of interest |
liquid chromatography column guard cartridge | Phenomenex | AJ0-8784 | may be changed to other brands and models as appropriate for the metabolites of interest |
liquid chromatography column guard cartridge holder | Phenomenex | AJ0-9000 | may be changed to other brands and models as appropriate for the metabolites of interest |
liquid nitrogen | NA | NA | any brand, as available |
luciferin | Goldbio | LUCK-1G | |
MeshLab software | https://www.meshlab.net/ | NA | |
Meshmixer software | https://www.meshmixer.com/ | NA | |
MS calibrant | NA | NA | appropriate one for available instrument |
MS data processing software | NA | NA | multiple options available; authors recommend MZmine |
MSConvert software | http://proteowizard.sourceforge.net/ | NA | |
Nanodrop | ThermoFisher | ND-ONE-W | other nanodrop models are also suitable |
p1000 pipet tips | NA | NA | use the appropriate brand to fit available pipettors |
p1000 pipettor | NA | NA | any brand, as available |
p20 pipette tips | NA | NA | use the appropriate brand to fit available pipettors |
p20 pipettor | NA | NA | any brand, as available |
p200 pipette tips | NA | NA | use the appropriate brand to fit available pipettors |
p200 pipettor | NA | NA | any brand, as available |
personal protective equipment (gloves, lab coat, safety glasses/goggles; faceshield) | NA | NA | any brand, as available |
Q-Plex Mouse Cytokine - Screen (16-Plex) | Quansys biosciences | 110949MS | can replace with other protein-based cytokine assays such as other commercial cytokine ELISA kits |
Quick-DNA Miniprep Plus Kit (200 preps) | Zymo | D4069 | replace with any brand of mammalian DNA extraction kit, as available |
real-time thermocycler | NA | NA | any brand, as available |
salt shaker or tea infuser | NA | NA | any brand; to contain isoflurane-soaked cotton ball and prevent contact with mouse skin |
SketchUp software | https://www.sketchup.com/ | NA | |
specimen forceps | NA | NA | any brand, as available |
speedvac with microcentrifuge tube and 96-well-plate capacity | NA | NA | any brand, as available |
spreadsheet software | https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/excel | NA | can replace with other spreadsheet management software, as applicable |
sulfachloropyridazine | Sigma | S9882-100G | |
sulfadimethoxine | Sigma | S7007-10G | |
Sybr green qPCR reaction mix | Fisher | A25780 | can replace with other Sybr green qPCR reaction mixes, as desired |
TCCCTCTCATCAGTTCTAT GGCCCA primer | NA | NA | any brand, as available; published in Cummings, K.L., Tarleton, R.L. Rapid quantitation of Trypanosoma cruzi in host tissue by real-time PCR. Molecular and biochemical parasitology. 129 (1), 53–59 (2003). |
tissue homogenizer | NA | NA | any brand, as available; for example, Qiagen TissueLyser II, catalog number 85300, with TissueLyser Adapter Set (2 x 24), catalog number 69982 |
tissue samples | NA | NA | from appropriate infection model |
TissueLyser single-bead dispenser | Qiagen | 69965 | |
UHPLC | NA | NA | any brand, as available, such as ThermoFisher Vanquish (catalog number IQLAAAGABHFAPUMBHV) |
ultra-low temperature freezer (-80) | NA | NA | any brand, as available |
ultrasonic bath | NA | NA | any system, as available |
wet ice | NA | NA | any brand, as available |
zone-free sealing film | VWR | 490007-390 |
Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи
Запросить разрешениеThis article has been published
Video Coming Soon
Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены