L’efficacité et les mécanismes de voie sous-jacents du traitement ShiDuGao pour l’eczéma anus, basés sur des ensembles de données GEO et une pharmacologie en réseau

Résumé

Cet effort de recherche visait à élucider le mécanisme d’administration de médicaments topiques en utilisant une intégration synergique de la pharmacologie en réseau et des ensembles de données d’expression génique omnibus (GEO). Cet article a évalué la faisabilité, la cible et le mécanisme de ShiDuGao (SDG) dans le traitement de l’eczéma anus.

Résumé

L’eczéma anus est une maladie inflammatoire chronique et récurrente de la peau qui affecte la zone autour de l’anus. Bien que les lésions se produisent principalement dans la peau anale et périanale, elles peuvent également s’étendre au périnée ou aux organes génitaux. ShiDuGao (SDG) possède des propriétés réparatrices significatives contre le prurit anal, le contrôle de l’exsudation, la réduction de l’humidité et la réparation de la peau. Cependant, les cibles génétiques et les mécanismes pharmacologiques des ODD sur l’eczéma anal n’ont pas encore été élucidés et discutés de manière exhaustive. Par conséquent, cette étude a utilisé une approche pharmacologique en réseau et a utilisé des ensembles de données d’expression génique omnibus (GEO) pour étudier les cibles géniques. De plus, un réseau d’interaction protéine-protéine (IPP) a été établi, ce qui a permis d’identifier 149 cibles, dont 59 étaient considérées comme des gènes pivots, au sein du réseau d’interaction « médicament-cible-maladie ».

La fonction génétique du SDG dans le traitement de l’eczéma périanal a été évaluée à l’aide de l’Encyclopédie des gènes et des génomes de Kyoto (KEGG) et de l’analyse de l’ontologie génétique (GO). Par la suite, la fonction anti-eczéma périanale et la voie potentielle du SDG, telles qu’identifiées dans l’analyse pharmacologique du réseau, ont été validées à l’aide de la méthodologie d’amarrage moléculaire. Les processus biologiques associés aux gènes et protéines ciblés par les ODD dans le traitement de l’eczéma anus englobent principalement les réponses médiées par les cytokines, les réponses inflammatoires et les réponses au lipopolysaccharide, entre autres. Les résultats des analyses d’enrichissement des voies et d’annotation fonctionnelle suggèrent que les ODD jouent un rôle crucial dans la prévention et la gestion de l’eczéma anal en régulant les voies d’infection par la shigellose et le virus de l’herpès simplex 1. La pharmacologie en réseau et l’analyse de la base de données GEO confirment la nature multicible des ODD dans le traitement de l’eczéma anal, en particulier en modulant le TNF, MAPK14 et CASP3, qui sont des cibles centrales cruciales dans les voies de signalisation TNF et MAPK. Ces résultats fournissent une orientation claire pour une enquête plus approfondie sur le mécanisme thérapeutique de SDG pour l’eczéma anal tout en soulignant son potentiel en tant qu’approche thérapeutique efficace pour cette maladie débilitante.

Introduction

L’eczéma anal est une affection cutanée allergique qui affecte la région périanale et la muqueuse, présentant diverses manifestations cliniques¹. Les symptômes caractéristiques comprennent un érythème anal, des papules, des cloques, de l’érosion, des exsudats et des croûtes. Ces symptômes surviennent principalement en raison du grattage, de l’épaississement et de la rugosité de la zone touchée².

L’eczéma anal, caractérisé par une durée prolongée de la maladie, des crises récurrentes et un traitement difficile, peut avoir des effets néfastes sur la santé physique et mentale des patients

Protocole

Cette étude ne fait pas référence à l’approbation éthique et au consentement à participer. Les données utilisées dans cette étude ont été obtenues à partir de bases de données génétiques.

1. Prédiction des cibles de la maladie

1. Accédez à la base de données GeneCards (https://www.genecards.org) et à la base de données en ligne sur l’hérédité mendélienne chez l’homme (OMIM, https://www.omim.org), en utilisant « eczéma anus » comme terme de recherche pour les cibles de la maladie.
2. Téléchargez les feuilles de calcul des cibles de la maladie. Supprimez les cibles répétées pour obtenir les cibles de l’eczéma an....

Discussion

La dermatite atopique est une forme spécifique d’eczéma qui partage des mécanismes sous-jacents avec l’eczéma. Les gènes pivots que l’on pense être liés à cette maladie sont TNF, MAPK14 et CASP3. Les effets thérapeutiques du SDG sur l’eczéma anal sont principalement attribués à son action sur les voies de signalisation TNF et MAPK via ces trois gènes hub¹⁷.

SDG comprend cinq médicaments distincts : indigo naturalis, cyprès doré, gypse calciné, c.......

matériels

Name	Company	Catalog Number	Comments
AutoDockTools	AutoDock	https://autodocksuite.scripps.edu/adt/
Cytoscape 3.9.1	Cytoscape	https://cytoscape.org/
GeneCards database	GeneCards	https://www.genecards.org
GEO database	National Center for Biotechnology Information	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
GEO2R tool	National Center for Biotechnology Information	https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/
Metascape	Metascape	https://metascape.org/
Online Mendelian inheritance in man database	OMIM	https://www.omim.org
RCSB protein database	RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB)	http://www.pdb.org/
STRING database	STRING	https://string-db.org/
Swiss ADME database	Swiss Institute of Bioinformatics	http://www.swissadme.ch/index.php
Traditional Chinese Medicine system's pharmacology database (TCMSP)	Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform	http://tcmspw.com/tcmsp.php
Venny2.1	BioinfoGP	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html