L'efficacia e i meccanismi del percorso sottostante del trattamento ShiDuGao per l'eczema dell'ano sulla base di set di dati GEO e farmacologia di rete

Riepilogo

Questo sforzo investigativo ha cercato di chiarire il meccanismo di somministrazione di farmaci topici utilizzando un'integrazione sinergica di farmacologia di rete e set di dati omnibus di espressione genica (GEO). Questo articolo ha valutato la fattibilità, l'obiettivo e il meccanismo di ShiDuGao (SDG) nel trattamento dell'eczema ano.

Abstract

L'eczema dell'ano è una malattia infiammatoria cronica e ricorrente della pelle che colpisce l'area intorno all'ano. Sebbene le lesioni si verifichino principalmente nella pelle anale e perianale, possono estendersi anche al perineo o ai genitali. È stato scoperto che ShiDuGao (SDG) possiede significative proprietà riparative contro il prurito anale, il controllo dell'essudazione, la riduzione dell'umidità e la riparazione della pelle. Tuttavia, i bersagli genetici e i meccanismi farmacologici dell'SDG sull'eczema anale devono ancora essere chiariti e discussi in modo completo. Di conseguenza, questo studio ha utilizzato un approccio farmacologico di rete e ha utilizzato set di dati omnibus di espressione genica (GEO) per studiare i bersagli genici. Inoltre, è stata stabilita una rete di interazione proteina-proteina (PPI), che ha portato all'identificazione di 149 bersagli, di cui 59 sono stati considerati geni hub, all'interno della rete di interazione "farmaco-bersaglio-malattia".

La funzione genica dell'SDG nel trattamento dell'eczema perianale è stata valutata attraverso l'utilizzo dell'enciclopedia di Kyoto dei geni e dei genomi (KEGG) e dell'analisi dell'ontologia genica (GO). Successivamente, la funzione anti-eczema perianale e la potenziale via dell'SDG, come identificato nell'analisi farmacologica di rete, sono state convalidate utilizzando la metodologia di docking molecolare. I processi biologici associati ai geni e alle proteine mirati agli SDG nel trattamento dell'eczema dell'ano comprendono principalmente risposte mediate da citochine, risposte infiammatorie e risposte al lipopolisaccaride, tra gli altri. I risultati dell'arricchimento del percorso e delle analisi di annotazione funzionale suggeriscono che l'SDG svolge un ruolo cruciale nella prevenzione e nella gestione dell'eczema anale regolando le vie di infezione del virus della shigellosi e dell'herpes simplex 1. La farmacologia di rete e l'analisi del database GEO confermano la natura multi-target di SDG nel trattamento dell'eczema anale, in particolare modulando TNF, MAPK14 e CASP3, che sono bersagli hub cruciali nelle vie di segnalazione TNF e MAPK. Questi risultati forniscono una chiara direzione per ulteriori indagini sul meccanismo terapeutico di SDG per l'eczema anale, evidenziando al contempo il suo potenziale come approccio terapeutico efficace per questa condizione debilitante.

Introduzione

L'eczema anale è una condizione allergica della pelle che colpisce la regione perianale e la mucosa, manifestando varie manifestazioni cliniche¹. I sintomi caratteristici includono eritema anale, papule, vesciche, erosione, essudati e formazione di croste. Questi sintomi insorgono principalmente a causa di graffi, ispessimenti e rugosità dell'area interessata².

L'eczema anale, caratterizzato da una durata prolungata della malattia, attacchi ricorrenti e trattamenti impegnativi, può avere effetti negativi sulla salute fisica e mentale dei pazienti³. La patogenesi dell'ec....

Protocollo

Questo studio non fa riferimento all'approvazione etica e al consenso a partecipare. I dati utilizzati in questo studio sono stati ottenuti da database genetici.

1. Predizione dei bersagli di malattia

1. Accedi al database GeneCards (https://www.genecards.org) e al database online Mendelian inheritance in man (OMIM, https://www.omim.org), utilizzando "anus eczema" come termine di ricerca per i bersagli della malattia.
2. Scarica i fogli di calcolo degli obiettivi della malattia. Eliminare i bersagli ripetuti per ottenere i bersagli dell'eczema dell'ano.

2. Selezione dei ....

Discussione

La dermatite atopica è una forma specifica di eczema che condivide i meccanismi sottostanti con l'eczema. I geni hub che si ritiene siano correlati a questa condizione sono TNF, MAPK14 e CASP3. Gli effetti terapeutici dell'SDG sull'eczema anale sono principalmente attribuiti alla sua azione sulle vie di segnalazione TNF e MAPK attraverso questi tre geni hub¹⁷.

L'SDG comprende cinque farmaci distinti: indaco naturalis, cipresso dorato, gesso calcinato, calamina e galla .......

Materiali

Name	Company	Catalog Number	Comments
AutoDockTools	AutoDock	https://autodocksuite.scripps.edu/adt/
Cytoscape 3.9.1	Cytoscape	https://cytoscape.org/
GeneCards database	GeneCards	https://www.genecards.org
GEO database	National Center for Biotechnology Information	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
GEO2R tool	National Center for Biotechnology Information	https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/
Metascape	Metascape	https://metascape.org/
Online Mendelian inheritance in man database	OMIM	https://www.omim.org
RCSB protein database	RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB)	http://www.pdb.org/
STRING database	STRING	https://string-db.org/
Swiss ADME database	Swiss Institute of Bioinformatics	http://www.swissadme.ch/index.php
Traditional Chinese Medicine system's pharmacology database (TCMSP)	Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform	http://tcmspw.com/tcmsp.php
Venny2.1	BioinfoGP	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html