Pour commencer, téléchargez le référentiel d’alignement CLOCCS en entrant la commande dans le terminal. Créez un environnement conda à l’aide du fichier conda.rec. yml en entrant la commande dans le terminal dans le dossier où le référentiel d’alignement CLOCCS a été cloné.
Double-cliquez sur le cloccs_v2023. jar situé dans le dossier CLOCCS dans le référentiel d’alignement CLOCCS et attendez qu’une interface utilisateur graphique s’ouvre. L’écran autorise les options de saisie pour l’exécution de CLOCCS et affiche les résultats une fois exécutés.
Entrez les conditions expérimentales en spécifiant la température en degrés Celsius à l’aide de la zone de texte intitulée Température et spécifiez la méthode de synchronisation à l’aide du menu déroulant Synchro.method. Pour saisir les paramètres des données bourgeonnantes, choisissez l’option Bud for budding yeast dans le menu déroulant du type de modèle. Importez les données en chargeant un fichier à l’aide du bouton Sélectionner un fichier ou en le saisissant dans les zones de saisie de texte du panneau Importation de données.
La première colonne spécifie les points temporels et les deux autres colonnes spécifient les données bourgeonnantes. Pour entrer les paramètres des données cytométriques en flux, sélectionnez la section Flux dans le menu déroulant Type de modèle. Importez les données à l’aide du panneau Importation de données, puis cliquez sur Sélectionner un fichier.
Sélectionnez ensuite les points de temps dans la case Temps d’ajustement pour lesquels un ajustement CLOCCS cytométrique en flux doit être tracé. Une fois que toutes les entrées ont été sélectionnées pour la cytométrie bourgeonnante ou en flux, cliquez sur le bouton Appliquer, puis sur le bouton Échantillon en haut de l’écran. Affichez la courbe bourgeonnante ou les diagrammes de cytométrie en flux dans l’onglet Ajustements prévus.
Obtenez les paramètres CLOCCS à partir de l’ajustement en sélectionnant l’onglet Paramètres postérieurs. La table résultante a chaque ligne composée du paramètre, la dernière ligne étant la ligne postérieure. Les colonnes comprennent le paramètre prédit pour la moyenne, l’intervalle de confiance inférieur de 2,5 %, l’intervalle de confiance supérieur de 97,5 % et le taux d’acceptation.
Les courbes bourgeonnantes CLOCCS étaient correctement ajustées, comme le montrent les points de données superposant la courbe d’ajustement correspondante avec une petite bande de confiance à 95%. Avec les données de phase du cycle cellulaire de cytométrie en flux, CLOCCS produit un ajustement CLOCCS pour chaque point temporel sélectionné.
