Depuis l’éclosion de la nouvelle pandémie de maladie coronavirus, une méthode simple et efficace utile pour obtenir une segmentation appropriée des lésions pathologiques typiques de cette infection dans les images de balayage de CT de coffre semble fondamentale. Ainsi, notre objectif est d’offrir un pack de démarrage de connaissances afin de permettre aux gens d’effectuer une segmentation facile et efficace de ces résultats pathologiques pulmonaires. Espérons que cela aidera la communauté scientifique à développer des études de radiomics et d’intelligence artificielle dédiées qui pourraient améliorer l’approche diagnostique de ces patients.
À partir du navigateur DICOM de 3D Slicer, sélectionnez l’étude que vous souhaitez segmenter et cliquez sur Charge. Vous pouvez consulter le cas sélectionné dans la section spectateur. Comme vous pouvez le voir, ce patient se présente avec des opacities de verre moulu bilatéralement et les zones consolidatives, qui est un cas typique de COVID-19.
Ensuite, allez à la section Segment, et ajoutez trois segments, un pour le volume total des poumons, un pour les opacities de verre moulu, et un pour les zones de consolidation. Allez à l’instrument Threshold et fixez le seuil supérieur à moins 250 unités Hounsfield. Trier pour sélectionner uniquement l’air et en laissant de côté les tissus mous, les os et les zones de consolidation de même, que le système ne peut pas discerner automatiquement à partir des tissus mous, puis cliquez pour appliquer.
Ensuite, vous voulez enlever l’air à l’extérieur du patient, et pour ce faire, utiliser l’outil île et aller à Garder seulement l’île sélectionnée. Puis cliquez à l’intérieur du patient. Vous voyez que l’air extérieur a été enlevé.
Maintenant, vous voulez ajouter les zones consolidatives au volume total des poumons. Pour ce faire, utilisez l’instrument Paint avec le réglage de la brosse Sphere, en ajustant la taille à vos besoins et en prenant soin d’éviter les tissus mous. Avec le pinceau Sphere, vous peignez de haut en bas par rapport à la tranche sur laquelle vous travaillez, ce qui accélère le processus.
Maintenant, vous voulez segmenter les zones de consolidation. Pour ce faire, assurez-vous de travailler à l’intérieur du volume total des poumons sans une variété d’autres segments. À l’aide de l’instrument Threshold, augmentez le seuil supérieur pour vous assurer d’inclure les tissus mous et les consolidations, et fixez le seuil inférieur à moins 250.
Notez que vous sélectionnez à la fois les tissus mous, les vaisseaux et la consolidation, mais lorsque vous cliquez sur Appliquer, seules les zones de consolidation ont été sélectionnées. Maintenant, pour segmenter les zones de verre moulu, vous sélectionnez le segment de verre moulu. En conservant les paramètres de la segmentation précédente, fixez le seuil de moins 750 à moins 250 unité Hounsfield.
Notez que ces valeurs peuvent varier en fonction des paramètres de tomodensitométrie. Toujours ajuster selon la définition fleischner société de verre moulu. Choisissez une opacité avec ce vaisseau visible en vue.
Ensuite, cliquez sur Appliquer. Vous remarquerez que des espaces interstitiels ont également été sélectionnés. Pour vous ajuster, rendez-vous à l’instrument Smooth.
Sélectionnez le siège qui convient le mieux à l’algorithme de construction de votre tomodensitométrie. Et comme vous pouvez le voir, les espaces interstitiels ont été supprimés. Vous pouvez vérifier les résultats de votre segmentation allant à Segment Editor, et vous pouvez afficher un modèle 3D des segments que vous avez définis.
Vous pouvez utiliser le curseur sur le côté gauche pour ajuster la transparence du modèle. La vue 3D peut être utilisée pour confirmer le processus de segmentation correct. Nous avons maintenant trois segments distincts, l’un pour le volume total des poumons, et les deux autres pour les résultats typiques des consolidations COVID-19 et des zones de verre moulu.
Vous pouvez extraire quelques statistiques du segment que vous avez défini en raison du module SegmentStatistics. Retirez l’option Scalar Volume, puis vous avez une table exprimant le volume du poumon total et les zones de consolidation et les zones de verre moulu. Vous pouvez l’utiliser pour calculer la gravité de la maladie.
Vous pouvez également exporter le segment que vous avez défini. Vous pouvez vous rendre à la section Données. Ensuite, ne rendre visible que le segment que vous souhaitez exporter, en cliquant sur l’icône de l’œil.
Ensuite, cliquez à droite et exportez labelmap binaire seulement visible. Vous pouvez rester le labelmap comme vous le préférez. Vous devez répéter le processus pour chaque segment que vous avez défini.
Ce faisant, vous avez maintenant trois cartes d’étiquettes correspondant au segment que vous avez défini. Cela peut être exporté dans n’importe quel type de fichier que vous préférez ou convient le mieux pour une analyse plus approfondie. Plus. Avec ces méthodes, les chercheurs peuvent rapidement obtenir une segmentation précise pour les résultats pathologiques de COVID-19 pour lesquels des caractéristiques spécifiques peuvent être extraites.
En fournissant ces connaissances à la communauté scientifique, des méthodes de segmentation précises et entièrement automatisées peuvent être développées et des facteurs pronostiques précis peuvent être déterminés.
