С момента вспышки новой пандемии коронавирусной болезни, простой и эффективный метод, полезный для получения надлежащей сегментации типичных патологических поражений этой инфекции в грудной клетке КТ изображения кажется фундаментальным. Таким образом, наша цель состоит в том, чтобы предложить стартовый пакет знаний для того, чтобы позволить людям выполнять простые и эффективные сегментации этих легких патологических выводов. Будем надеяться, что это поможет научному сообществу разработать специализированную радиомику и исследования искусственного интеллекта, которые могли бы улучшить диагностический подход этих пациентов.
Из браузера DICOM 3D Slicer, перейти к выбору исследования вы хотите сегмент, и нажмите нагрузки. Вы можете просмотреть выбранный случай в разделе просмотра. Как вы можете видеть, этот пациент представляет с землей стекла непрозрачности на двусторонней основе и консолидативных областях, так, что является типичным случаем COVID-19.
Затем перейдите в раздел Сегмент и добавьте три сегмента, один для общего объема легких, один для непрозрачности молотого стекла и один для консолидативных областей. Перейти к пороговый инструмент, и установить верхний порог до минус 250 Хаунсфилд единицы. Сортировать, чтобы выбрать только воздух и оставляя мягкие ткани, кости, и консолидативных областях, так, что система не может различить автоматически из мягких тканей, а затем нажмите, чтобы применить.
Затем, вы хотите, чтобы удалить воздух за пределами пациента, и сделать это, использовать инструмент острова и перейти к Держать только выбранный остров. Затем нажмите внутри пациента. Вы видите, что воздух снаружи был удален.
Теперь вы хотите добавить консолидативные области к общему объему легких. Для этого используйте инструмент Paint с настройками кисти Sphere, регулируя размер с вашими нуждами и будьте осторожны, чтобы избежать мягких тканей. С помощью кисти Sphere вы рисуете вверх и вниз по отношению к срезу, над которым вы работаете, что ускоряет процесс.
Теперь вы хотите сегментировать консолидативные области. Чтобы сделать это, не забудьте работать внутри общего объема легких без множества других сегментов. Используя пороговый инструмент, поднимите верхний порог, чтобы обязательно включить мягкие ткани и консолидации, и установите нижний порог до минус 250.
Обратите внимание, что вы выбираете как мягкие ткани, сосуды, так и консолидацию, но при нажатии Применить, только консолидативные области были выбраны. Теперь, чтобы сегментировать области наземного стекла, вы выбираете сегмент наземного стекла. Сохраняя настройки от предыдущей сегментации, установите порог от минус 750 до минус 250 единицы Хаунсфилда.
Обратите внимание, что это значение может варьироваться в зависимости от настроек КТ. Всегда отрегулируйте в соответствии с определением Fleischner общества молотого стекла. Выберите непрозрачность с этим видимым сосудом в поле зрения.
Затем нажмите Применить. Вы заметите, что также были выбраны интерстициальные пространства. Чтобы приспособиться, перейдите на гладкий инструмент.
Выберите, какое место лучше подходит для строительного алгоритма компьютерной томографии. И, как вы можете видеть, интерстициальные пространства были удалены. Вы можете проверить результаты сегментации в редакторе сегмента, а также просмотреть 3D-модель определенных сегментов.
Вы можете использовать ползунок на левой стороне, чтобы настроить прозрачность модели. 3D View может быть использован для подтверждения правильного процесса сегментации. Теперь у нас есть три различных сегмента, один для общего объема легких, а два других для типичных выводов консолидации COVID-19 и области наземного стекла.
Вы можете извлечь некоторые статистические данные из сегмента, который вы определили из-за модуля SegmentStatistics. Удалите опцию Scalar Volume, а затем у вас есть таблица, выражаюющая объем общего объема легких и консолидативных областей и области молотого стекла. Вы можете использовать это для расчета тяжести заболевания.
Вы также можете экспортировать определенный сегмент. Вы можете перейти в раздел Данные. Затем сделайте видимым только сегмент, который вы хотите экспортировать, нажав на значок глаз.
Затем нажмите правой кнопкой мыши и экспортировать двоичную карту этикетки только видимые. Вы можете оставаться labelmap, как вы предпочитаете. Вы должны повторить процесс для каждого сегмента вы определили.
Поступая таким образом, теперь у вас есть три метки, соответствующие сегменту, который вы определили. Это может быть экспортировано в зависимости от типа файла вы предпочитаете или подходит лучше для дальнейшего анализа. Кроме того. С помощью этих методов, исследователи могут быстро получить точную сегментацию для патологических выводов COVID-19, для которых конкретные особенности могут быть извлечены.
Предоставляя такие знания научному сообществу, можно разработать точные, полностью автоматизированные методы сегментации и определить точные прогнозные факторы.
