Method Article
* Questi autori hanno contribuito in egual misura
Presentato qui è un protocollo per arricchire gli spermatociti pachytene, gli spermatidi rotondi e gli spermatidi allunganti dei testicoli del topo adulti utilizzando un gradiente didiscontinuo di densità di albumina del siero bovino con attrezzature di laboratorio standard.
Per caratterizzare ogni fase della spermatogenesi, i ricercatori devono separare diverse sottopopolazioni di cellule germinali dai testicoli. Tuttavia, isolare le popolazioni discrete è difficile, perché il testicolo adulto contiene un complesso mix di cellule germinali da tutti i passaggi della spermatogenesi insieme ad alcune popolazioni di cellule somatiche. Nel corso degli ultimi decenni, diverse tecniche come l'eluriazione centrifuga, lo smistamento cellulare attivato dalla fluorescenza (FACS) e STA-PUT sono state applicate con successo all'isolamento delle cellule germinali. Uno svantaggio è che tutti richiedono dispositivi dedicati e formazione specializzata. Seguendo i principi alla base del metodo STA-PUT, è stato sviluppato un protocollo semplice per l'isolamento degli spermatociti del papacifone, degli spermatidi rotondi e degli spermatidi allunganti dai testicoli del topo. Dopo aver preparato una singola sospensione cellulare delle cellule testicolari, specifiche popolazioni cellulari vengono arricchite dalla sedimentazione gravitazionale attraverso un gradiente discontinuo di densità di albumina del siero bovino (BSA). Le frazioni cellulari vengono quindi raccolte manualmente e analizzate al microscopio. Questo gradiente di densità modificato per il protocollo di sedimentazione mando (MDR) può essere ampiamente applicato, perché richiede solo apparecchiature di laboratorio standard. Inoltre, il protocollo richiede materiali di partenza minimi, riducendone i costi e l'uso di animali da laboratorio.
Molto è ancora sconosciuto sugli eventi molecolari e biologici che si svolgono durante la spermatogenesi dei mammiferi, un processo complesso in cui le cellule staminali spermatogoniche si trasformano in spermatozoi altamente specializzati1,2. La spermatogenesi avviene all'interno dei tubuli seminiferi del teste. I tubuli contengono una miscela di cellule germinali da ogni fase della differenziazione, comprese le cellule staminali spermatogoniche, la divisione mitotica di spermatogonia, gli spermatociti meiotici e gli spermatidi postmeiotici (che subiscono la differenziazione aploidi aploidi dalla spermatidi a spermatidi allunganti, e infine a maturare spermatozoi). Le cellule somatiche del testicolo includono cellule Sertoli che sono mescolate con cellule germinali all'interno dei tubuli seminiferi, cellule mioidi peripolari che formano pareti dei tubuli e cellule di Leydig che producono testosterone nello spazio interstiziale tra i tubuli.
Lo studio dei processi molecolari e biochimici durante la spermatogenesi spesso richiede la separazione di distinte popolazioni di cellule germinali da una complessa miscela di cellule testicolari. Sono state sviluppate molte strategie diverse per l'arricchimento cellulare. I metodi di maggior successo sono la sedimentazione della velocità STA-PUT per unità di gravità3,4,5,6, eluizione centrifuga basata sulla centrifugazione del controflusso7,8, e lo smistamento delle cellule attivato dalla fluorescenza (FACS) che separa le cellule in base al contenuto di DNA e/o a marcatori specifici. Questi metodi sono comunemente utilizzati tra i ricercatori di spermatogenesi e consentono l'arricchimento efficiente di specifici tipi di cellule germinali. Tuttavia, una limitazione di queste tecniche è che richiedono hardware specializzato e costoso che richiedono competenze.
Presentato qui è un protocollo semplice e poco costoso per isolare le popolazioni arricchite delle tre popolazioni cellulari più abbondanti di testicoli murini: spermatidi rotondi, spermatociti pachytene e spermatidi allunganti. Questo protocollo è indicato come il gradiente di densità modificato per gli spermatidi rotondi (MDR), perché funziona particolarmente bene per arricchire gli spermatidi rotondi. Il metodo MDR si basa sugli stessi principi della sedimentazione della velocità STA-PUT, ma richiede solo apparecchiature di laboratorio standard. Le cellule viventi sono autorizzate a sedimentare attraverso un gradiente di secco bovino (BSA) preparato manualmente all'interno di un tubo standard da 50 mL sotto il campo gravitazionale terrestre. Le cellule più grandi si muovono più velocemente attraverso il gradiente, che separa diverse popolazioni di cellule germinali. Dopo la sedimentazione, le frazioni arricchite dei tre tipi di cellule vengono raccolte manualmente. La purezza di queste popolazioni cellulari arricchite è paragonabile a quelle ottenute da STA-PUT e dall'eluriazione centrifuga.
Oltre a coprire la costruzione e l'uso del gradiente BSA per la sedimentazione della velocità, il protocollo descrive anche un metodo di digestione per rilasciare le cellule testicolari dai tubuli seminiferi. Il protocollo è stato modificato rispetto a quello sviluppato da Romrell et al.9 e comprende digestione sequenziali con collagene IV e trypsin. Le digestione sequenziali combinate con l'uso di un tampone di bicarbonato (cioè la soluzione Krebs) hanno dimostrato di migliorare notevolmente la separazione e la vitalità delle cellule germinali9.
Durante l'arricchimento mDR, le cellule trascorrono circa 4 h insieme al di fuori dell'ambiente dei tubuli seminiferi e non sono soggette a forze meccaniche stressanti, che consentono la raccolta di frazioni cellulari altamente vitali per l'analisi a valle. Inoltre, simile all'eluiriazione centrifuga e allo STA-PUT, il protocollo MDR non richiede alcun trattamento chimico o etichettatura delle cellule, che aiuta anche a mantenere la loro vitalità. È importante sottolineare che solo due testicoli di topi adulti sono sufficienti per l'isolamento MDR e, quindi, un topo adulto fornisce abbastanza cellule arricchite per l'analisi dell'RNA e delle proteine. Il protocollo STA-PUT standard raccomanda l'uso di ben 12 topi adulti per l'isolamento cellulare6; anche se, sulla base di esperienze precedenti, è noto che l'isolamento di successo può essere fatto da tre a quattro topi adulti. La quantità più bassa di materiale di partenza riportata come sufficiente per l'eluiriazione centrifuga è sei testicoli murini (tre topi)8. Pertanto, oltre ad eliminare la necessità di costose attrezzature specializzate, il protocollo MDR riduce il numero di animali da laboratorio necessari.
La manutenzione dei topi da laboratorio e di tutti gli esperimenti è stata eseguita in conformità con le linee guida e le normative pertinenti per la cura e l'uso degli animali da laboratorio.
1. Configurazione dell'apparecchiatura e del reagente
2. Dissezione animale e preparazione della sospensione delle cellule germinali
NOT: Questo richiede circa 1 h per completare.
3. Separazione delle cellule germinali attraverso il gradiente BSA discontinuo
NOT: Questa sezione richiede circa 2 h per essere completata. Iniziare a preparare il gradiente DIscontinuo di BSA durante le fasi di lavaggio (passaggi 2.10-2.14) per caricare le cellule non appena il pretrattamento è pronto.
4. Collezione di frazioni di cellule germinali arricchite
NOT: Questa sezione richiede circa 30 minuti per essere completata.
5. Analisi delle frazioni cellulari
NOT: Il completamento dell'analisi richiede 2 h.
6. Elaborazione dei campioni rimanenti per l'archiviazione
NOT: La sezione 6 richiede circa 20 minuti per essere completata.
Un arricchimento sufficiente di un tipo di cellula germinale è di solito considerato superiore all'80%6. Il protocollo MDR funziona particolarmente bene per arricchire spermatidi rotondi. Un numero elevato di spermatidi rotondi puri >90% può essere ottenuto regolarmente utilizzando questa tecnica. Le frazioni ottimali di spermatotociti di pachytene e spermatidi allunganti sono arricchite rispettivamente al 75% e all'80%. Gli spermatidi allunganti tendono a rimanere in cima al gradiente e vengono raccolti con la prima frazione. Nell'esempio riportato, la frazione 1 conteneva l'80% degli spermatidi di allungamento (Figura 2B). La maggior parte degli spermatidi allunganti ottenuti con questa tecnica hanno nuclei condensati, mentre gli spermatidi allunganti non condensati sono scarsi (Figura 2A). Le seguenti frazioni contengono spermatidi rotondi arricchiti. Nell'esempio, l'arricchimento degli spermatidi rotondi era superiore al 90% in frazioni 2, 3 e 4 e l'arricchimento superiore all'80% è stato visto del tutto in sette frazioni (2-8) (Figura 2B). A causa delle loro grandi dimensioni, gli spermatociti di pachytene si sedimentano più velocemente e vengono raccolti per ultimi. Nell'esempio di purificazione, l'arricchimento era di circa il 75% in frazioni 14 e 15 (Figura 2B).
Mentre la morfologia nucleare, visualizzata dalla colorazione DAPI, di solito è sufficiente per il riconoscimento delle cellule, l'analisi dell'immunofluorescenza può essere eseguita per supportare l'analisi. PNA macchia gli acrosomi in via di sviluppo di spermatidi rotondi e allunganti, e l'aspetto acrosomico può essere sfruttato per classificare ulteriormente gli spermatidi rotondi in passi 1-8 di differenziazione10. La distinzione di spermatidi allungati e rotondi macchiati di PNA si basa sulle differenze nella loro forma nucleare (Figura 2C, pannello sinistro). Anticorpo anti-DDX4 è un marcatore utile per le frazioni di spermatide rotondo in quanto visualizza un singolo granulo perinucleare DDX4 positivo, il corpo cromatoide (CB), nel citoplasma di ogni spermatide rotonda. Questa colorazione specifica CB è facilmente distinguibili dalla colorazione citoplasmica più ampiamente distribuita negli spermatociti (Figura 2C, pannello centrale). Gli spermatociti di Pachytene possono essere riconosciuti dall'anticorpo anti-H2AX che etichetta il corpo sessuale nucleare che appare specificamente nella fase del pachytene della prima divisione meiotica (Figura 2C, pannello destro). In questa purificazione, la colorazione PNA ha rivelato che le frazioni di spermatide rotonde arricchite da MDR contenevano una miscela di spermatidi rotondi in varie fasi di differenziazione, tutti contenenti la loro struttura di firma, la DDX4-positiva CB (Figura 2D, RS). Anti-ZH2AX ha ulteriormente convalidato gli spermatociti pachytene di arricchimento nella frazione 16(Figura 2D, frazione PSpc).
Il conteggio delle cellule ha rivelato che il numero di cellule nelle frazioni di spermatociti spermatidi rotondi e pachytene è adeguato per varie analisi a valle. Frazioni spermatide rotonde (5-8) ciascuna contenuta di circa 2,5 x 106 celle. Pertanto, raggruppando queste frazioni, è possibile ottenere più di 10 milioni di cellule. Le frazioni di spermatotototemi di Pachytene (14 e 15) di solito contenevano un po 'meno cellule. In questo isolamento, sono state contate circa 1,5 x 2,0 x 106 celle per frazione. La prima frazione conteneva 0,75 x 106 spermatidi allunganti.
Come mostrato nella Figura 3A, la quantità totale di RNA ottenuta dalla maggior parte delle frazioni variava da 0,5,5 g, il che è sufficiente per le analisi dell'RNA a valle come la trascrizione inversa PCR, il sequenziamento dell'RNA o la visualizzazione dell'RNA su un gel. La quantità di proteine ottenute da ogni frazione varia tipicamente da 20-140 g (Figura 3B), che è sufficiente per diverse macchie occidentali. Listi interi cellulari sono stati preparati dalle frazioni raccolte, e l'analisi delle macchie occidentali è stata eseguita utilizzando anticorpi che rilevano DDX4, PIWIL1 e PIWIL2, che sono tutti altamente espressi in spermatociti di papalete e spermatidi rotondi, nonché onnipresenti espresso gliceralde 3 dehydrogenasi (GAPDH).
In questo protocollo, il 10% delle listi proteiche derivate da singole frazioni era sufficiente a rilevare chiaramente tutte queste proteine su un'impostazione standard delle macchie occidentali (Figura 3C). La quantità di proteine in una frazione è stata dimostrata anche sufficiente per l'immunoprecipitazioni utilizzando un anticorpo contro PIWIL1, così come per l'individuazione di PIWIL2 co-immunoprecipitato (Figura 3D). Inoltre, questo protocollo è stato utilizzato con successo per ottenere frazioni arricchite di spermatociti pachytene e spermatidi rotondi da topi di controllo e geneticamente modificati per applicazioni a valle come la trascrizione inversa quantitativa PCR11 e sequenziamento di RNA ad alta velocità effettiva12.
Figura 1: Preparazione di un gradiente BSA discontinuo. (A) Una punta di pipetta sierologica da 5 mL per la preparazione del gradiente. (B) Una punta pipetta da 1 mL per la preparazione del gradiente e la raccolta delle frazioni di cellule germinali dopo la sedimentazione. (C) L'attrezzatura necessaria per la preparazione del gradiente. (D) Vista laterale del gradiente di densità BSA discontinuo dal 5% (in basso) alla soluzione BSA dell'1% (in alto); le soluzioni BSA del 2% e del 4% sono di colore blu per una migliore visualizzazione. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 2: Immagini rappresentative delle frazioni cellulari raccolte e dell'analisi dell'arricchimento. (A) Cellule testicolari macchiate DAPI. La fila superiore mostra le cellule testicolari nell'epitelio seminifero intatto di una sezione testiri con polpa fissata a PFA (a sinistra) o in sospensione (a destra). La riga inferiore mostra frazioni di spermatidi allunganti arricchiti (ES), spermatidi rotondi (RS), o spermatociti di pachytene (PSpc). Barre di scala: 20 m per la fila superiore e 10 m per gli insetdellati della riga inferiore. (B) Quantificazione relativa dei diversi tipi di cellule germinali in ogni frazione. Le celle sono state conteggiate manualmente utilizzando il software ImageJ e classificate in CELLE RS, ES, PSpc, Sertoli e altre celle. I numeri di frazione e le rispettive percentuali di BSA nel gradiente sono indicati sull'asse x. (C) Analisi dell'immunofluorescenza delle cellule testicolari. Pannello sinistro: PNA etichettato come rhodamina macchia l'acromo sia in ES (freccia gialla) che in RS (freccia bianca). Pannello centrale: l'anticorpo DDX4 macchia un singolo granulo perinucleare in RS, che è facile da distinguere dal segnale citoplasmico più diffuso negli spermatociti (freccia blu). Nessun segnale DDX4 rilevato in ES (freccia arancione). Pannello destro : anticorpo hH2AX riconosce il caratteristico corpo sessuale nucleare presente solo negli spermatociti pachytene (cellule negative di z contrassegnate da un asterisco bianco). Le barre di scala (D) frazioni di cellule arricchite MDR sono state etichettate con PNA (frazione RS), anti-DDX4 (frazione RS) e anti-HX2AX (frazione PSpc) per convalidare ulteriormente l'arricchimento cellulare in ogni frazione. Barre di scala : 10 m. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 3: Analisi a valle dopo l'arricchimento delle cellule MDR. (A) l'RNA è stato estratto da ogni frazione dopo l'arricchimento e il quantificamento di una cellula MDR rappresentativa. I numeri di frazione e le rispettive percentuali di BSA nel gradiente sono indicati sull'asse x. (B) Le proteine sono state estratte da ogni frazione mediante il listo del pellet cellulare nel buffer di analisi radioimmunoprecipitazione (RIPA) poi quantificate. (C) Gli estratti di proteine a cellule intere sono stati preparati e analizzati dalla blotting occidentale utilizzando anticorpi contro DDX4, PIWIL1, PIWIL2 e GAPDH. Il 10% del lisato è stato caricato da ciascuna frazione indicata. (D) L'immunoprecipitazioni è stata eseguita da frazioni indicate con antiPIWIL1 seguita da gonfiore occidentale con anticorpi anti-PIWIL1 e anti-PIWIL2. Il campione di input include una miscela di listi proteici provenienti da diverse frazioni, e l'immunoprecipitazioni di controllo (IP) utilizzando il coniglio IgG è stato eseguito anche da un lisato misto. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 4: Rappresentazione schematica del protocollo MDR e tempo necessario per completare ogni passaggio. Il materiale di partenza è composto da due testicoli di un topo adulto. Viene indicato il numero medio di cellule e la quantità di RNA e proteine ottenuta da una frazione. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
buffer m inv | Reagenti | preparazione | deposito |
Buffer Krebs (10x) | 3,26 g KH2PO4 | Portare a 2 L con H2O, filtrare 0,22 m e autoclave. | Può essere conservato a 4 gradi centigradi per diversi mesi |
139,5 g NaCl | |||
5,89 g MgSO4o7H2O | |||
50 g di destrosio | |||
3,78 g CaCl2-2H2O | |||
7.12 g KCl | |||
Buffer Krebs (1x) | 4,24 g NaHCO3 | Sciogliere NaHCO3 a 100 mL di H2O, aggiungere 200 mL di 10x Krebs buffer e portare a 2 L con H2O. | Da preparare fresco |
Buffer Krebs da 200 mL 10x |
Tabella 1: Preparazione del buffer Krebs.
Concentrazione di BSA (w/v) | 10% soluzione BSA | 1x tampone Krebs |
0.50% | 0,5 mL | 9,5 mL |
1% | 1 mL | 9 mL |
2% | 2 mL | 8 mL |
3% | 3 mL | 7 mL |
4% | 4 mL | 6 mL |
5% | 5 mL | 5 mL |
Tabella 2: Preparazione delle soluzioni BSA.
Soluzione di digestione | Concentrazione di lavoro | Reagenti | preparazione |
Collagenae | 1 mg/mL | Collagenae IV | Pesare 2 mg di collagenasi IV a un tubo conico 50 mL, e aggiungere 2 mL di caldo 1x Krebs tampone proprio prima della digestione (passaggio 2.3). |
tripsina | 0,6 mg/mL | tripsina | Pesare 15 mg di trypsin a un tubo conico da 50 mL e aggiungere 25 mL di caldo 1x tampone KREBS e 40 -L di DNase I proprio prima della digestione (passaggio 2.6). |
>3.2 ku/mL | DNase I |
Tabella 3: Preparazione degli enzimi di digestione.
Presentato qui è un protocollo semplice ed economico per isolare le popolazioni arricchite di spermatidi rotondi, spermatociti pachytene e spermatidi allunganti utilizzando apparecchiature di laboratorio standard (panoramica del protocollo mostrato nella Figura 4). Anche se non è richiesto alcuna esperienza o macchinario costoso, ci sono alcuni passaggi critici che devono essere considerati durante la digestione dei tessuti, la costruzione del gradiente e il caricamento della sospensione cellulare sul gradiente.
Le cellule germinali vengono rilasciate dai tubuli seminiferi da due digestione enzimatica consecutiva. La prima digestione con collagene IV separa i tubuli seminiferi rimuovendo le cellule interstiziali. Il tempo di digestione prolungato può danneggiare i tubuli e portare alla perdita di spermatidi, poiché (se rilasciati dai tubuli durante questa fase) saranno scartati nei seguenti passi. Il secondo passo di digestione con la trypsin rilascia cellule germinali da tubuli seminiferi. Ci può essere occasionale lisi cellulare e in genere alcuni grumi si formano a causa del DNA genomico rilasciato. Non è consigliabile superare la durata o la temperatura suggerita della digestione, in quanto ciò può portare a una redditività più povera, aumento della lisi cellulare e agglomeramento. Se si verifica un leggero agglomeramento, i grumi possono essere ignorati. Tuttavia, nei casi di agglomeramento significativo e perdita di cellule, il tempo di digestione della trypsin o la concentrazione dovrebbero essere ridotti. Va anche notato che l'attività enzimatica di trypsin può variare tra i lotti e durante i periodi prolungati di stoccaggio. La quantità di DNase I durante la digestione della tripsina può anche essere aumentata per rimuovere i grumi in eccesso, ma questo dovrebbe essere considerato una soluzione secondaria. È importante ottenere una sospensione omogenea a singola cellula alla fine del pretrattamento, poiché le cellule agglomerate si sedimentano più velocemente, contaminando le frazioni e interrompendo il gradiente.
La creazione del gradiente può richiedere una certa pratica. In caso di disagio utilizzando una punta di pipetta da 5 mL con un controller pipetta, si consiglia di utilizzare una normale pipetta meccanica da 1 mL con un pistone liscio, quindi tagliare le punte della pipetta ad un'apertura di 3 mm di diametro (Figura 1B). Un'apertura più ampia e un carico fluido delle soluzioni BSA ridurranno il rischio di miscelazione del gradiente. Una volta adeguatamente preparati, è possibile vedere i confini tra le soluzioni BSA adiacenti a causa dei loro diversi indici di rifrazione. Il gradiente deve essere prodotto direttamente prima dell'uso. Va anche notato che qualsiasi piccola scossa o vibrazione può disturbare il gradiente, quindi il gradiente deve essere impostato in un ambiente in cui non sarà disturbato.
Il caricamento della sospensione cellulare sul gradiente deve essere fatto con molta attenzione. Dopo il caricamento, la sospensione delle celle deve rimanere in cima al gradiente, da cui le cellule inizieranno lentamente a sedimentarsi attraverso il primo strato. Se si vedono grandi gruppi di cellule muoversi velocemente attraverso il gradiente, è probabile che le cellule non siano state risospese con attenzione o che ci sia un agglomerato in eccesso. Se le celle non rimangono in cima al gradiente BSA discontinuo al caricamento, ma affondano immediatamente tra gli strati BSA dell'1% e del 2% (passaggio 3.6), la sospensione cellulare è probabilmente troppo densa. Questo protocollo è stato ottimizzato utilizzando due testicoli di un topo adulto (80-120 mg/testis) come materiale di partenza; anche se, isolamento di successo utilizzando una quantità ridotta di materiale di partenza è stato eseguito. Per aumentare il protocollo e ottenere cellule germinali più arricchite da un maggior numero di testicoli, dovrebbero essere introdotti più tubi da 50 mL con il gradiente.
Il protocollo è stato inizialmente sviluppato e ottimizzato per arricchire gli spermatidi rotondi aploidi da testicoli di topi adulti, e la purezza delle frazioni di spermatidi rotonde dovrebbe essere superiore al 90%. Oltre alle frazioni di spermatidi rotonde altamente pure, sono stati ottenuti risultati soddisfacenti per l'arricchimento di spermatociti pachytene e spermatidi allunganti. Va notato che gli eritrociti possono contaminare le frazioni di spermatide allunganti, e ulteriori misure per eliminarle dovrebbero essere prese se si prevede che la loro presenza interferisca con le analisi a valle. Non siamo stati in grado di arricchire altri tipi di cellule come le cellule premeiotiche o meiotiche prime (prima della fase del pachitene) da topi adulti utilizzando il protocollo MDR.
Inoltre, la sedimentazione STA-PUT è stata utilizzata con successo per ottenere frazioni arricchite di spermatogonia o preleptotene, leptotene e spermatociti di zygotene utilizzando testicoli giovanili raccolti in determinati momenti dopo la nascita13. Questo approccio sfrutta l'aspetto di questi tipi di cellule durante la prima ondata di spermatogenesi. Lo stesso approccio può probabilmente essere applicato all'arricchimento della MDR, ma non è ancora stato testato nella pratica. Un altro metodo che è una buona opzione per la purificazione delle cellule premeiotiche e meiotiche in specifiche fasi di differenziazione è FACS, che ha l'importante vantaggio di consentire l'isolamento di specifici tipi di cellule in base ai marcatori specifici presenza14 ,15,16,17.
Nel complesso, la sedimentazione della velocità MDR serve come metodo utile per l'arricchimento delle cellule germinali. Anche se questo metodo non è superiore ad altri metodi consolidati in termini di purezza o quantità di cellule arricchite, i suoi chiari vantaggi sono la sua semplicità e bassi costi di set-up. Questo, insieme alla bassa quantità di materiali di partenza necessari, rende questo protocollo una grande opzione per i ricercatori nel campo della spermatogenesi e quelli in altri campi che potrebbero non voler investire in hardware specializzato o in grandi gruppi di animali.
Gli autori non hanno nulla da rivelare.
Vorremmo ringraziare tutti i membri del laboratorio Kotaja per il loro contributo durante lo sviluppo del protocollo, e l'uso attivo e il test del protocollo nei loro progetti di ricerca. In particolare apprezziamo il contributo di Jan Lindstrom per l'aiuto nell'ottimizzazione del protocollo. Questo studio è stato sostenuto dall'Accademia di Finlandia, dalla Fondazione Sigrid Jusélius e dal Programma di dottorato Turku di medicina molecolare.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
4% Paraformaldehyde | Preference of researcher | ||
AlexaFluor488 donkey anti-rabbit IgG | Thermo Fisher Scientific | A-21206 | |
AlexaFluor647 donkey anti-mouse IgG | Thermo Fisher Scientific | A-31571 | |
Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma | A9647 | |
CaCl2·2H2O | Preference of researcher | ||
Collagenase IV | Sigma | C5138 | |
Complete protease inhibitor cocktail | Roche | 11836145001 | |
DDX4 antibody | Abcam | ab13840 | |
Dextrose | Preference of researcher | ||
DNase I | Worthington | LS006355 | |
GAPDH | HyTest | 5G4 | |
HRP-linked anti-mouse IgG | GE Healthcare Life Sciences | NA931 | |
HRP-linked anti-rabbit IgG | GE Healthcare Life Sciences | NA934 | |
KCl | Preference of researcher | ||
KH2PO4 | Preference of researcher | ||
MgSO4·7H2O | Preference of researcher | ||
NaCl | Preference of researcher | ||
NaHCO3 | Preference of researcher | ||
NH4Cl | Preference of researcher | ||
Pierce BCA protein assay kit | Life Technologies | 23227 | |
PIWIL1 | Cell Signaling Technology | G82 | |
PIWIL2, clone 13E-3 | Millipore | MABE363 | |
Prolong Diamond Antidafe Mountant with DAPI | Thermo Fisher Scientific | P36962 | for Alexa Fluor immunostainings |
Rabbit IgG | Neomarkers | NC-100-P | |
Rhodamine-labelled Peanut agglutinin (PNA) | Vector Laboratories | RL-1072 | |
RIPA buffer | 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 1% NP-40, 0.5% w/v sodium deoxycholate, 0.05% w/v SDS, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, 1x protease inhibitor cocktail, 0.2 mM PMSF and 1 mM DTT | ||
TRIsure | Bioline | BIO-38033 | |
Triton X-100 | Preference of researcher | nonionic surfactant | |
Trypsin | Worthington | LS003703 | |
VECTASHIELD Antifade Mounting Medium with DAPI | Vector Laboratories | H-1200 | for standard DAPI analysis of cell fractions |
γH2AX antibody | Millipore | 05-636 | |
0.22 µm filter | Sartorius | Sartolab BT 180C6 | or equivalent |
1 mL mechanical pipette | Preference of researcher | ||
1.5 mL or 2 mL tubes | Preference of researcher | ||
40 µm cell sieves for 50 mL tubes | Greiner Bio-One | 542040 | or equivalent cell strainer |
5 mL serological pipettes | Sarstedt | 86.1254.001 | or equivalent |
50 mL conical tubes | Preference of researcher | ||
6 cm Petri dishes | Preference of researcher | ||
Cell culture incubator | Preference of researcher | ||
Centrifuge for 50 mL tubes | Preference of researcher | ||
Grease pen for microscopy glass slides | Preference of researcher | ||
HulaMixer Sample Mixer | Thermo Fisher Scientific | 15920D | or equivalent cell rotator |
Microdissection forcepts | Preference of researcher | ||
Microdissection scissors | Preference of researcher | ||
Microscopy glass slides and coverslips | Preference of researcher | ||
Nanodrop 1000 | Thermo Scientific | ||
Pipetboy Acu 2 | Integra | 155 000 | or equivalent pipette controller |
Refrigerated centrifuge for 1.5 mL tubes | Preference of researcher | ||
Tips for 1 mL mechanical pipette | Preference of researcher | ||
Water bath | Preference of researcher | ||
Widefield fluorescence microscope | Preference of researcher |
Richiedi autorizzazione per utilizzare il testo o le figure di questo articolo JoVE
Richiedi AutorizzazioneThis article has been published
Video Coming Soon