Raccolta dei tessuti ed estrazione dell'RNA dall'articolazione del ginocchio osteoartritico umano

Riepilogo

I tessuti primari ottenuti da pazienti dopo artroplastica totale del ginocchio forniscono un modello sperimentale per la ricerca sull'osteoartrite con la massima traducibilità clinica. Questo protocollo descrive come identificare, elaborare e isolare l'RNA da sette tessuti del ginocchio unici per supportare l'indagine meccanicistica nell'osteoartrite umana.

Abstract

L'osteoartrite (OA) è una malattia articolare cronica e degenerativa che colpisce più spesso il ginocchio. Poiché attualmente non esiste una cura, l'artroplastica totale del ginocchio (TKA) è un intervento chirurgico comune. Esperimenti che utilizzano tessuti OA umani primari ottenuti da TKA forniscono la capacità di studiare i meccanismi della malattia ex vivo. Mentre in precedenza si pensava che l'OA impattasse principalmente sulla cartilagine, ora è noto che ha un impatto su più tessuti nell'articolazione. Questo protocollo descrive la selezione del paziente, l'elaborazione dei campioni, l'omogeneizzazione dei tessuti, l'estrazione dell'RNA e il controllo di qualità (basato sulla purezza, l'integrità e la resa dell'RNA) da ciascuno dei sette tessuti unici per supportare l'indagine del meccanismo della malattia nell'articolazione del ginocchio. Con il consenso informato, i campioni sono stati ottenuti da pazienti sottoposti a TKA per OA. I tessuti sono stati sezionati, lavati e conservati entro 4 ore dall'intervento chirurgico mediante congelamento flash per la fissazione dell'RNA o della formalina per l'istologia. I tessuti raccolti includevano cartilagine articolare, osso subcondrale, menisco, cuscinetto di grasso infrapatellare, legamento crociato anteriore, sinovia e muscolo obliquo vastus medialis. I protocolli di estrazione dell'RNA sono stati testati per ogni tipo di tessuto. La modifica più significativa ha coinvolto il metodo di disintegrazione utilizzato per i tessuti duri a bassa cellula, ad alta matrice (considerati come cartilagine, ossa e menisco) rispetto ai tessuti molli relativamente ad alta cellula, a bassa matrice (considerati come cuscinetto di grasso, legamento, sinovia e muscolo). Si è scoperto che la polverizzazione era appropriata per i tessuti duri e l'omogeneizzazione era appropriata per i tessuti molli. È stata osservata una propensione per alcuni soggetti a produrre valori più elevati di numero di integrità dell'RNA (RIN) rispetto ad altri soggetti in modo coerente su più tessuti, suggerendo che fattori sottostanti come la gravità della malattia possono influire sulla qualità dell'RNA. La capacità di isolare RNA di alta qualità dai tessuti OA umani primari fornisce un modello fisiologicamente rilevante per sofisticati esperimenti di espressione genica, incluso il sequenziamento, che possono portare a intuizioni cliniche che sono più facilmente tradotte per i pazienti.

Introduzione

Il ginocchio è la più grande articolazione sinoviale del corpo umano, comprendente l'articolazione tibiofemorale tra la tibia e il femore e l'articolazione femoro-rotula tra la rotula e il femore¹. Le ossa del ginocchio sono rivestite con cartilagine articolare e supportate da vari tessuti connettivi, tra cui menischi, grasso, legamenti e muscoli, e una membrana sinoviale incapsula l'intera articolazione per creare una cavità piena di liquido sinoviale^1,2,3 ( Figura1). Un ginocchio sano funziona come un'articolazione a cerniera mobile che consente un movimento senza attrito nel piano frontale^1,3. In condizioni patologiche, il movimento può diventare limitato e doloroso. La malattia degenerativa dell'articolazione del ginocchio più comune è l'osteoartrite (OA)⁴. Una varietà di fattori di rischio sono noti per predisporre allo sviluppo di OA, tra cui età avanzata, obesità, sesso femminile, traumi articolari e genetica, tra gli altri^5,6. Attualmente ci sono circa 14 milioni di persone negli Stati Uniti con OA sintomatica del ginocchio, con la prevalenza in aumento a causa dell'aumento dell'età della popolazione e dei tassi di obesità^7,8. Inizialmente considerata una malattia della cartilagine, l'OA è ora intesa come una malattia dell'intera articolazione⁹. I cambiamenti patologici comunemente osservati nell'OA includono l'erosione della cartilagine articolare, la formazione di osteofiti, l'ispessimento osseo subcondrale e l'infiammazione della sinovia^9,10. Poiché non esiste una cura nota per l'OA, i trattamenti si concentrano principalmente sulla gestione dei sintomi (ad esempio, dolore)^11,12e una volta che l'OA è progredito allo stadio finale, la chirurgia di sostituzione articolare è spesso indicata¹³.

Gli interventi chirurgici di sostituzione articolare possono essere sostituzioni parziali o totali del ginocchio, con artroplastica totale del ginocchio (TKA) che include la sostituzione dell'intera articolazione tibiofemorale e dell'articolazione femoro-rotula. A partire dal 2020, circa 1 milione di TKA vengono eseguiti negli Stati Uniti ogni anno¹⁴. Durante la TKA, un chirurgo ortopedico risente la porzione superiore del plateau tibiale e i condili femorali inferiori(Figura 2A,2B)per essere dotato di impianti protesici. A volte male interpretato dai pazienti, in un TKA, solo 8-10 mm vengono resecati dall'estremità di ciascun osso, che viene successivamente tappato o riaffiolato, con metallo. Un rivestimento in polietilene interposto forma la superficie del cuscinetto (cioè l'imbottitura) tra i due impianti metallici. Inoltre, diversi componenti dei tessuti molli dell'articolazione vengono completamente o parzialmente asportati per ottenere un corretto equilibrio articolare. Tra questi tessuti ci sono i menisci mediali e laterali (Figura 2C), cuscinetto di grasso infrapatellare (Figura 2D), legamento crociato anteriore (LCA; Figura 2E), sinovia (Figura 2F) e muscolo obliquo vastus medialis (VMO; Figura 2G) ¹⁵. Sebbene i TCA siano generalmente efficaci per il trattamento con OA, circa il 20% dei pazienti riferisce il ripetersi del dolore dopo l'intervento chirurgico^16. Insieme all'alto costo e alla relativa invasività della procedura, queste limitazioni indicano la necessità di ulteriori ricerche per identificare trattamenti alternativi per mitigare la progressione dell'OA.

Per esplorare i meccanismi di malattia nell'OA che possono presentare nuove strade per l'intervento terapeutico, possono essere utilizzati sistemi sperimentali, tra cui cellule, espianti tissutali e modelli animali. Le cellule sono tipicamente coltivate in monostrato e sono derivate da tessuti primari umani o animali (ad esempio, condrociti isolati dalla cartilagine) o cellule immortalizzate (ad esempio, ATDC5¹⁷ e CHON-001¹⁸). Mentre le cellule possono essere utili per manipolare variabili sperimentali in un ambiente di coltura controllato, non catturano le condizioni dell'articolazione naturale che sono note per avere un impatto sui fenotipi cellulari¹⁹. Per ricapitolare meglio la complessa cascata di comunicazione chimica, meccanica e cellula-cellula alla base dell'OA, un'alternativa si trova nei campioni primari di tessuto umano o animale, utilizzati freschi o coltivati ex vivo come espianti, per preservare la struttura tissutale e il microambiente cellulare²⁰. Per studiare l'articolazione in vivo,sono utili anche modelli animali piccoli (ad esempio, topo²¹) e grandi (ad esempio, cavallo²²) per OA (ad esempio, attraverso l'induzione chirurgica, l'alterazione genetica o l'invecchiamento). Tuttavia, la traduzione da questi modelli alla malattia umana può essere limitata da differenze anatomiche, fisiologiche e metaboliche, tra gli altri²³. Considerando i vantaggi e gli svantaggi dei sistemi sperimentali, i punti di forza chiave di essere specie-specifici e mantenere la nicchia extracellulare offerta dai tessuti OA umani primari massimizzano il potenziale traslazionale dei risultati della ricerca.

I tessuti OA umani primari possono essere facilmente ottenuti dopo TKA, rendendo l'alta frequenza di TKA una risorsa preziosa per la ricerca. Tra le potenziali applicazioni sperimentali ci sono l'espressione genica e le analisi istologiche. Per realizzare il potenziale dei tessuti OA umani primari per questi approcci di ricerca e altri, delineati sono le seguenti considerazioni chiave. In primo luogo, l'uso di campioni di pazienti è soggetto a regolamentazione etica e i protocolli devono soddisfare le approvazioni dell'Institutional Review Board (IRB)²⁴. In secondo luogo, l'eterogeneità intrinseca dei tessuti primari umani malattia e l'influenza di variabili come l'età e il sesso, tra gli altri, creano la necessità di un'attenta selezione del paziente (cioè l'applicazione di criteri di ammissibilità) e l'interpretazione dei dati. In terzo luogo, le proprietà biologiche uniche di diversi tessuti dell'articolazione (ad esempio, bassa cellularità della cartilagine e del menisco²⁵⁾possono presentare sfide durante gli esperimenti (ad esempio, isolando alta qualità e quantità di RNA). Questo rapporto affronta queste considerazioni e presenta un protocollo per la selezione del paziente, l'elaborazione dei campioni, l'omogeneizzazione dei tessuti, l'estrazione dell'RNA e il controllo di qualità (cioè la valutazione della purezza e dell'integrità dell'RNA; Figura 3) incoraggiare l'uso di tessuti OA umani primari nella comunità di ricerca.

Protocollo

Questo protocollo di studio è stato approvato e ha seguito le linee guida istituzionali stabilite dall'Henry Ford Health System Institutional Review Board (IRB #13995).

1. Selezione del paziente

1. Identificare i pazienti tra quelli programmati per sottoporsi a TKA con un chirurgo ortopedico.
2. Selezionare i pazienti in base ai criteri di ammissibilità definiti dal protocollo di studio. Esempi di criteri di inclusione includono avere almeno 18 anni di età e avere una diagnosi confermata di osteoartrosi del ginocchio. Esempi di criteri di esclusione includono la sostituzione parziale del ginocchio o una diagnosi confermata di artrite reumatoide.
3. Contattare i pazienti per ottenere il consenso informato prima dell'intervento chirurgico.

2. Elaborazione del campione (per RNA)

NOTA: Eseguire tutta la lavorazione dei tessuti in un armadio di biosicurezza di classe II e seguire tecniche sterili. Indossare sempre DPI appropriati (guanti in nitrile, camice da laboratorio, occhiali di sicurezza) durante l'elaborazione di campioni umani. Diversi frammenti ossei vengono prodotti durante il TKA, una grande quantità di osso / cartilagine sarà potenzialmente disponibile per la dissezione. A causa della progressione della malattia, la degenerazione della cartilagine articolare può essere più grave su alcune porzioni ossee, che possono essere prese in considerazione nella progettazione sperimentale. Solo i tessuti che impongono l'elettrocauteria per la resezione hanno danni al bordo termico e viene fatto uno sforzo chirurgico concertato per procurare la maggior parte dei tessuti con un bisturi per ridurre al minimo i danni. I tessuti resecati devono essere mantenuti idratati in ogni momento con PBS sterile.

1. Disinfettare tutte le superfici di lavoro e le attrezzature con etanolo al 70%, decontaminante RNasi, acqua trattata con DEPC e di nuovo con etanolo al 70%. Pulire il liquido residuo con tessuti puliti e privi di lanugine. Pinzuppe, tagliaossa e bisturi sono autoclavati o imbevuti di etanolo al 70% per almeno 10 minuti prima dell'uso. Mantenere le apparecchiature immerse nel 70% di etanolo quando non sono in uso immediato.
2. Pre-etichettare almeno tre crioviali con nome del campione de-identificato e numero di aliquote per ciascun tessuto (ad esempio, TKA-1 Cartilagine 1).
   1. Identificare ogni tipo di tessuto dal campione in base alle differenze di dimensioni, forma, colore e consistenza come mostrato e descritto nella Figura 2. Identificare la cartilagine (Figura 2A freccia), l'osso (Figura 2B freccia ), il menisco (Figura 2C), il cuscinetto di grasso infrapatellare (Figura 2D), il legamento crociato anteriore (Figura 2E), la sinovia (Figura 2F) e il muscolo obliquo vastus medialis (Figura 2G).
3. Isolare la cartilagine articolare.
   1. Selezionare una porzione ossea con degradazione minima della cartilagine.
   2. Usando un bisturi No.10, tagliare la profondità della cartilagine il più lontano possibile per sezionare l'intero spessore dello strato cartilagineo.
      NOTA: un bisturi No.10 penetrerà solo nella cartilagine, non nell'osso.
   3. Utilizzando l'intero spessore della cartilagine, sezionare tre cubi da 5 mm.
4. Isolare l'osso subcondrale.
   1. Utilizzare la stessa sezione ossea da cui è stata raccolta la cartilagine.
   2. Utilizzando un bisturi No.10, raschiare la cartilagine rimanente e i tessuti residui dalla superficie ossea.
   3. Tenere la porzione ossea da tagliare con una pinca e utilizzare le frese per tagliare tre cubi da 5 mm.
5. Isolare il menisco.
   1. Identificare una porzione relativamente intatta del menisco mediale o laterale.
   2. Usando un bisturi e una pinze No.10, seziona tre cubi da 5 mm.
6. Isolare il cuscinetto di grasso infrapatellare.
   1. Usando un bisturi e una pinze No.10, tagliare la porzione gialla del tessuto in tre porzioni di dimensioni uguali e omogenee (~ 500 mg ciascuna).
7. Isolare il legamento crociato anteriore (LCA).
   1. Usando un bisturi e una pinze No.10, seziona tre cubi da 5 mm.
8. Isolare la sinovia.
   1. Usando un bisturi e una pinze No.10, isolare il più possibile la porzione cellulare rosa della membrana raschiando via il tessuto adiposo.
   2. Sezionare tre porzioni di uguali dimensioni e omogenee (~ 200 mg ciascuna).
9. Isolare il muscolo obliquo vastus medialis (VMO).
   1. Utilizzando un bisturi e una pinze No.10, rimuovere qualsiasi tessuto adiposo dal campione, lasciando solo il tessuto muscolare rosso.
   2. Sezionare tre cubi da 5 mm.
      NOTA: La dimensione iniziale del tessuto limita la dimensione delle porzioni.
10. Risciacquare le porzioni di tessuto con PBS sterile per rimuovere eventuali residui o detriti.
11. Per eseguire l'istologia, fissare ogni porzione di tessuto come descritto nella Parte 3.
12. Per eseguire l'estrazione dell'RNA, tagliare ciascuna delle tre porzioni di tessuto in pezzi più piccoli (cubi ~ 1-2   mm).
    1. Trasferire i pezzi più piccoli in un tappo crioviale da 2 ml e fissare saldamente, congelare il flash immergendoli in azoto liquido per 30 s, quindi trasferire in un congelatore a -80 °C per la conservazione a lungo termine (fino a 4 mesi testati nel protocollo corrente). Ripeti questo per tutte le aliquote di tutti i tessuti.
    2. Continuare con l'omogeneizzazione dei tessuti come descritto nella Parte 4.

3. Elaborazione del campione (per l'istologia)

ATTENZIONE: La formalina è una sostanza chimica pericolosa, utilizzata solo in una cappa aspirante chimica.

1. Riempire tubi conici pre-etichettati da 15 mL con soluzione di formalina al 10%.
2. Usando la pinetta, trasferire la sezione del tessuto ai tubi riempiti di formalina.
3. Fissare i tessuti in formalina per 1 settimana a temperatura ambiente mentre si agita / agita se possibile.
4. Dopo 1 settimana, scartare la formalina nel corretto smaltimento dei rifiuti chimici, sciacquare i tessuti con PBS e quindi trasferire in un tubo conico fresco da 15 ml contenente il 70% di etanolo per la conservazione a lungo termine a 4 °C fino a quando i campioni non vengono incorporati per il sezionamento.
   NOTA: Solo per osso/cartilagine, eseguire la decalcificazione come segue.
5. Dopo 1 settimana, scartare la formalina nel corretto smaltimento dei rifiuti chimici e risciacquare i tessuti con PBS.
6. Trasferire il tessuto in un tubo conico da 50 mL con 45 mL di soluzione di EDTA al 10% (pH 7,4).
7. Se l'agitazione / agitazione non è possibile, invertire i tubi 10-15 volte al giorno.
8. Scartare e sostituire la soluzione EDTA una volta alla settimana.
   1. Due volte alla settimana, testare la trama con uno strumento (ad es. spatola) o un dito guantato per confermare la decalcificazione osservando la deformazione quando viene applicata la pressione. Il tempo necessario per decalcificare il tessuto osseo varia tra i campioni da 4-6 settimane.
9. Una volta decalcificato, sciacquare il tessuto con PBS e trasferirlo in un tubo conico fresco da 15 ml contenente il 70% di etanolo per la conservazione a lungo termine a 4 °C fino a quando i campioni non vengono incorporati per il sezionamento.

4. Omogeneizzazione dei tessuti

ATTENZIONE: Il protocollo utilizza il fenolo chimico pericoloso. Il lavoro con fenolo deve essere eseguito in una cappa chimica.

NOTA: Pulire accuratamente tutte le attrezzature e le superfici da utilizzare con etanolo al 70% (immergere per un minimo di 10 minuti), seguito da decontaminante RNase (immergere per un minimo di 10 minuti), risciacquare con acqua trattata con DEPC, pulire con un tovagliolo di carta pulito e privo di lanugine, quindi rispolverare o immergere con etanolo al 70%.

1. Omogeneizzazione dei tessuti duri (cartilagine articolare, osso subcondrale, menisco)
   1. Prima dell'omogeneizzazione, raffreddare il mortaio, il pestello e la spatola usando azoto liquido. Questi devono essere mantenuti il più freddo possibile per evitare il disgelo del campione.
   2. Elaborare i campioni uno alla volta, mantenendo gli altri campioni a -80 °C fino all'utilizzo.
   3. Trasferire il campione di tessuto in malta usando una spatola refrigerata; versare ulteriore azoto liquido sulla parte superiore del tessuto e lasciarlo evaporare. Schiacciare il tessuto usando il pestello. Aggiungere ripetutamente più azoto liquido al campione di tessuto, lasciarlo evaporare e quindi continuare a macinare con il pestello per produrre una polvere fine.
   4. Dopo aver polverizzato il tessuto il più possibile, trasferire in un tubo microcentrifuga da 1,5 ml pre-refrigerato.
      1. Tubi pre-raffreddamento immergendoli in azoto liquido per 30 s prima del trasferimento tissutale.
   5. Aggiungere 1 mL di soluzione acido-guanidinio-fenolo a ciascun tubo e tenerlo sul ghiaccio.
   6. Ripetere i passaggi 4.1.3-4.1.5 per ogni campione di tessuto duro.
   7. Dopo ogni tessuto, pulire il mortaio, il pestello e la spatola con etanolo al 70%, decontaminante RNasi, acqua trattata con DEPC e un ulteriore ammollo in etanolo al 70%. Pulire qualsiasi liquido residuo con un tessuto pulito e privo di lanugine.
   8. Incubare i campioni sul ghiaccio per altri 20 minuti.
2. Omogeneizzazione dei tessuti molli (cuscinetto di grasso infrapatellare, LCA, sinovia, VMO)
   1. Disinfettare l'omogeneizzatore facendo scorrere tubi di etanolo al 70%, decontaminante RNasi, acqua trattata con DEPC e un ulteriore lavaggio con etanolo al 70%, ciascuno per 30 s. Pulire qualsiasi liquido residuo con un tessuto pulito e privo di lanugine. Ripetere questa operazione tra ogni campione.
   2. Pre-etichettare 5 mL di provette rotonde per ogni campione. Aggiungere 1 mL della soluzione acido-guanidinio-fenolo a ciascun tubo.
      1. Lavorare su un campione alla volta, mantenendo gli altri campioni da lavorare a -80 °C fino all'uso.
   3. Trasferire il tessuto in un tubo da 5 ml pre-etichettato con acido-guanidinio-fenolo.
   4. Omogeneizzare i tessuti in impulsi di 30 s, mantenendosi sul ghiaccio durante e tra gli impulsi. Ripetere fino a quando il tessuto è visivamente disciolto o per un massimo di cinque impulsi da 30 s.
      NOTA: Alcuni tessuti fibrosi (cioè muscoli) potrebbero non omogeneizzarsi completamente.
   5. Incubare il tessuto disciolto sul ghiaccio e passare al campione successivo.
      1. Pulire l'omogeneizzatore come descritto al punto 4.2.1. Assicurarsi che i pezzi di tessuto non rimangano nei denti della sonda; rimuovere con pinp sterile se necessario.
   6. Dopo l'omogeneizzazione di tutti i campioni, incubare su ghiaccio in acido-guanidinio-fenolo per altri 20 minuti.
   7. Trasferire i campioni da tubi a fondo tondo a tubi microcentrifuga da 1,5 mL pre-etichettati e pre-refrigerati.

5. Estrazione dell'RNA dai tessuti

ATTENZIONE: Questo protocollo utilizza sostanze chimiche pericolose come fenolo, cloroformio e isopropanolo. Esegui tutto il lavoro in una cappa aspirante chimica.

NOTA: le apparecchiature e i reagenti sono riservati solo al lavoro sull'RNA e devono essere di grado chimico appropriato per applicazioni molecolari (cioè sterili, privi di nucleasi). Questo protocollo succede sia alle parti 4.1 che ai protocolli di omogeneizzazione dei tessuti 4.2. Pulire accuratamente tutte le attrezzature e le superfici da utilizzare con etanolo al 70% (immergere per un minimo di 10 minuti), seguito da decontaminante RNasi (immergere per un minimo di 10 minuti). Risciacquare con acqua trattata con DEPC, pulire il liquido residuo con un asciugamano di carta pulito e privo di lanugine, quindi riverniciare o immergere con etanolo al 70%.

1. Centrifugare i tubi microcentrifuga a 10000 x g per 10 min a 4 °C per pellettizzare i detriti.
2. Trasferire il surnatante in un tubo microcentrifuga fresco da 1,5 ml.
   NOTA: Per i tessuti grassi, a volte sarà presente uno strato lipidico sulla parte superiore. Evitare di trasferirlo perforando lo strato sul lato del tubo con una punta della pipetta.
3. Aggiungere 200 μL di cloroformio per 1 mL di soluzione acido-guanidinio-fenolo a ciascun campione. Agitare energicamente i tubi a mano per 30 s da mescolare. Quindi, incubare sul ghiaccio per 2 minuti.
4. Centrifugare i campioni a 10000 x g per 12 min a 4 °C.
   NOTA: Dopo la centrifugazione, si saranno formati tre strati: una fase acquosa contenente RNA, un'interfase di DNA bianco e una fase proteica rosa nella parte inferiore.
5. Trasferire ~ 500 μL della fase acquosa superiore in un tubo microcentrifuga fresco da 1,5 mL.
   NOTA: Non disturbare l'interfase e le frazioni proteiche. Conservare queste fasi a -80 °C per un futuro isolamento del DNA o delle proteine.
6. Aggiungere un volume uguale di soluzione acido-guanidinio-fenolo alla fase acquosa trasferita, mescolare invertendo il tubo 8-10 volte. Incubare il tubo sul ghiaccio per 20 min.
7. Aggiungere 200 μL di cloroformio per 1 mL di soluzione acido-guanidinio-fenolo a ciascun campione. Agitare energicamente a mano per 30 s per mescolare e poi incubare sul ghiaccio per 2 minuti.
8. Centrifugare i campioni a 10000 x g per 12 min a 4 °C.
9. Trasferire <500 μL della fase acquosa in un tubo microcentrifuga fresco, facendo attenzione a non contaminare il campione con le altre fasi.
   ATTENZIONE: Scartare le fasi rimanenti con metodi appropriati di smaltimento dei materiali pericolosi.
10. Aggiungere un volume uguale (come fase acquosa) di isopropanolo al 100% a ciascun campione. Mescolare invertendo il tubo 8-10 volte. Incubare su ghiaccio per 5 min.
    1. Aggiungere 1 μL di coprecipitant di glicogeno a ciascun campione per aiutare a localizzare il pellet di RNA dopo la centrifugazione.
11. Centrifugare i campioni a 12000 x g per 25 min a 4 °C.
12. Individuare il pellet nel tubo (se si utilizza coprecipitant, apparirà blu). Versare con attenzione il surnatante.
13. Lavare il pellet aggiungendo 1 mL di etanolo ghiacciato al 75% a ciascun campione, vortice per rimuovere il pellet dal fondo del tubo.
    NOTA: Preparare etanolo al 75% utilizzando etanolo puro di grado molecolare e acqua priva di nucleasi.
14. Centrifugare a 7000 x g per 5 min a 4 °C. Versare con attenzione il surnatante.
15. Ripetere i passaggi 5.13 e 5.14 altre due volte.
16. Rotazione rapida (<2000 x g per 5 s) per portare l'eventuale liquido residuo sul fondo del tubo. Utilizzare una pipetta P20 per rimuovere l'etanolo residuo dal fondo dei tubi.
    1. Evitare di toccare il pellet di RNA con una punta di pipetta. Cambia i suggerimenti tra i campioni.
17. Con i tappi del tubo aperti, asciugare all'aria i campioni a temperatura ambiente per 10 minuti.
    NOTA: il pellet può diventare traslucido mentre si asciuga. Garantire che tutto l'etanolo residuo sia evaporato migliorerà la purezza dell'RNA.
18. Aggiungere 25 μL di acqua priva di nucleasi a ciascun tubo per sciogliere il pellet.
19. Incubare a temperatura ambiente per 5 min.
20. Pipettare delicatamente su e giù per mescolare l'RNA.
21. Aliquota 5 μL del campione in un tubo fresco per l'analisi del controllo qualità (Parte 6). Conservare i restanti 20 μL a -80 °C per i test di espressione genica.

6. Controllo qualità

1. Determinare la concentrazione e la purezza dell'RNA utilizzando uno spettrofotometro secondo le istruzioni del produttore.
2. Determinare l'integrità dell'RNA utilizzando un dispositivo di elettroforesi secondo le istruzioni del produttore.
   NOTA: diluire l'RNA in modo che rientri nell'intervallo dei limiti di rilevamento del chip.

Risultati

Sette tessuti unici dell'articolazione del ginocchio umano sono disponibili per la raccolta da pazienti sottoposti a TKA per OA (Figura 1). In questo protocollo, ciascuno di questi tessuti è stato identificato ed elaborato entro 4 ore dalla rimozione chirurgica (Figura 2). Seguendo i passaggi descritti nella Figura 3,porzioni di ciascun tessuto sono state fissate in formalina per la valutazione istologica (Figu...

Discussione

Il protocollo presentato si è dimostrato efficace per la raccolta di sette tessuti OA umani primari per l'estrazione dell'RNA (Tabella 1) e l'elaborazione istologica (Figura 4). Prima di raccogliere i campioni dei pazienti, è necessario stabilire un protocollo approvato dall'IRB, idealmente in collaborazione con un chirurgo o un team chirurgico. L'applicazione di un protocollo standardizzato per la raccolta dei campioni (ad esempio, la resezione da posizioni coerenti i...

Materiali

Name	Company	Catalog Number	Comments
1.5 mL microcentrifuge tubes	Eppendorf	05 402	Sterile, nuclease-free. Reserved for RNA work only.
10% Formalin	Cardinal Health	C4320-101	Store in chemical cabinet when not in use.
100% Chloroform (Molecular Biology Grade)	Fisher Scientific	ICN19400290	Sterile, nuclease-free. Reserved for RNA work only, store in chemical cabinet when not in use.
100% Ethanol (Molecular Biology Grade)	Fisher Scientific	BP2818500	Sterile, nuclease-free. Reserved for RNA work only, when diluting use DEPC/nuclease-free water.
100% Isopropanol (Molecular Biology Grade)	Fisher Scientific	AC327272500	Sterile, nuclease-free. Reserved for RNA work only, store in chemical cabinet when not in use.
100% Reagent Alcohol	Cardinal Health	C4305	Diluted to 70% with dH2O for cleaning purposes.
15 cm sterile culture dishes	Thermo Scientific	12-556-003	Sterile, nuclease-free.
15 mL polypropylene (Falcon) tubes	Fisher Scientific	14 959 53A	Sterile, nuclease-free.
2 mL cryovials (externally threaded)	Fisher Scientific	10 500 26	Sterile, nuclease-free.
5 mL round-bottom tubes	Corning	352052	Sterile, nuclease-free. Reserved for RNA work only.
50 mL polypropylene (Falcon) tubes	Fisher Scientific	12 565 271	Sterile, nuclease-free.
Bioanalyzer	Agilent	G2939BA	For RNA integrity measurement.
Biosafety Cabinet	General lab equipment
Bone Cutters	Fisher Scientific	08 990	Sterilized with 70% EtOH.
Chemical Fume Hood	General lab equipment
Disposable Scalpels (No.10)	Thermo Scientific	3120032	Sterile, nuclease-free.
EDTA	Life Technologies	15-576-028	10% solution with dH2O.
Forceps	Any vendor		Sterilized with 70% EtOH.
Glycoblue Coprecipitant	Fisher Scientific	AM9516	Reserved for RNA work only, store at -20 °C.
Kimwipes	Fisher Scientific	06-666
Liquid Nitrogen	Any vendor
Liquid Nitrogen Dewar	General lab equipment
Mortar and Pestle	Any vendor		Reserved for RNA work only, sterilzed per protocol.
Nanodrop Spectrophotometer	Thermo Scientific	ND-2000	For RNA purity and yield measurements.
Nuclease-free/DEPC-treated water	Fisher Scientific		Sterile, nuclease-free. Reserved for RNA work only.
PBS (Sterile)	Gibco	20 012 050	Sterile, nuclease-free.
Pipettes (2 µL, 20 µL, 200 µL, 1000 µL) & tips	Any vendor		Sterile, nuclease-free.
Plasma/Serum Advanced miRNA kit	Qiagen	217204
Refrigerated Centrifuge 5810R	Eppendorf	22625101
RNAlater	Thermo Scientific	50 197 8158	Sterile, nuclease-free.
RNAse Away/RNAseZap	Fisher Scientific	7002
Spatula (semimicro size)	Any vendor		Reserved for RNA work only.
Tissue homogenizer	Pro Scientific	01-01200	Reserved for RNA work only, sterilzed per protocol.
TRIzol Reagent	Fisher Scientific	15 596 026	Sterile, nuclease-free. Reserved for RNA work only.