Ecosistema modello basato sull'agarosio per la coltivazione di metanotrofi in un gradiente contatore metano-ossigeno

Volevamo progettare un modo semplice ed economico per coltivare in laboratorio batteri che ossidano il metano e che assomigliasse di più all'ambiente naturale. Volevamo farlo per scoprire i fenotipi batterici che mancano nelle condizioni standard di coltura di laboratorio e, in ultima analisi, collegare questi fenotipi ai loro determinanti genetici. La siringa a gradiente è la versione semplificata dei metodi precedentemente descritti per coltivare metanotrofi in un controgradiente metano-ossigeno.

Questo metodo non richiede flussi continui di substrati gassosi, il che consente di eseguire più repliche in parallelo. Possiamo anche eseguire saggi biochimici direttamente sui batteri coltivati all'interno dell'agarosio. I ricercatori hanno accesso praticamente illimitato alle sequenze del genoma batterico, ma è ancora difficile contestualizzare tutte queste informazioni.

I nostri risultati mostrano che è fondamentale considerare l'ambiente in cui si è evoluto un batterio, per comprendere meglio il ruolo dei singoli geni. Abbiamo in programma di utilizzare tecniche come la metabolomica comparativa e la proteomica per saperne di più su come i metanotrofi rispondono alla loro posizione all'interno del gradiente contatore metano-ossigeno. Abbiamo anche in programma di coltivare più ceppi nella stessa siringa a gradiente per vedere come interagiscono in un contesto spazialmente risolto.