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実験室での 線虫Caenorhabditis elegans の餌源は、生きた 大腸菌です。細菌は代謝的に活性であるため、 線虫 の代謝および薬物研究において交絡変数を示します。パラホルムアルデヒドを使用して細菌を代謝的に不活性化する詳細なプロトコルは、ここに記載されています。
線虫Caenorhabditis elegansは、遺伝学、発生、老化、代謝、および行動の研究のための一般的なモデル生物です。線虫は生きたバクテリアの餌を摂取するため、その食物源の代謝活性は、線虫に対するさまざまな介入の直接的な影響を探す実験を混乱させる可能性があります。細菌代謝の交絡作用を避けるために、C.エレガンスの研究者は、紫外線(UV)照射、熱殺傷、抗生物質など、細菌を代謝的に不活性化する複数の方法を使用してきました。UV処理は比較的低スループットであり、細菌の死滅を成功させるために各プレートを検査する必要があるため、液体培養では使用できません。第2の治療法である熱殺傷は、細菌の食感と栄養価に悪影響を及ぼし、線虫の発生停止につながります。最後に、抗生物質治療は、細菌の増殖を防ぐだけでなく、線虫の生理機能を直接変化させる可能性があります。この原稿では、パラホルムアルデヒド(PFA)を使用して細菌を代謝的に不活性化する代替方法について説明します。PFA処理は、細菌細胞内のタンパク質を架橋し、細胞構造と栄養成分を維持しながら代謝活性を防ぎます。この方法はハイスループットであり、PFA処理したバクテリアの1つのプレートの増殖をテストすることでバッチ全体が検証されるため、液体培養または固体プレートで使用できます。PFA処理による代謝不活性化は、C.エレガンスにおける薬物または代謝物の補給、ストレス耐性、メタボロミクス、および行動の研究における細菌代謝の交絡効果を排除するために使用できます。
線虫は、1965年にモデル生物として提唱され1、それ以来、遺伝学、発生、行動、老化、代謝の研究に広く採用されてきました2。C.エレガンスは、その大きなひなサイズと透明なクチクラにより、蛍光レポーターによるハイスループットスクリーニングに特に適しています3。また、C.エレガンスは、その短いライフサイクル、雌雄同体生殖、ヒトとの遺伝的相同性などから、発生4や老化生物学5の研究において貴重なモデル体系となっています。さらに、C.エレガンスは比較的維持が容易です。線虫は、液体培養または固体寒天プレートで増殖し、生きた大腸菌OP50細菌の餌を消費することができます4。
しかし、線虫の生きた食物源は、代謝、薬物補給、および行動の研究を混乱させる可能性があります。生きたバクテリアは独自の代謝を持っているため、バクテリアに影響を与える実験条件は、ワームが利用できる栄養素と代謝物も変化させます。例えば、細菌の鉄、アミノ酸、葉酸の濃度の違いは、線虫の発生、生理機能、寿命に多様な影響を及ぼし....
1.細菌接種
プロトコルの詳細なワークフローを図1に示します。パラホルムアルデヒドを用いた線虫群の代謝および薬物研究において、細菌の複製(図2A)および代謝(図2B)を一貫して不活性化するハイスループットメソッドが開発され、最適化されました16。目標は、線虫のさまざまな健康状態に影響を与えること?.......
他の細菌殺傷法と比較したPFA殺菌の利点
PFA処理は、線虫の栄養価の高い食物源を維持しながら、細菌の代謝を防ぐためのハイスループットな方法です。PFA処理によるバクテリアの死滅には、他の方法に比べて複数の利点があります。UV処理では、すべてのプレートを正常に殺傷するためにテストする必要がありますが、PFA処理されたバクテリアのバッチからの単一のプ?.......
著者は何も開示していません。
この研究は、NIH R21AG059117とミシガン大学のPaul F. Glenn Laboratories for Biology of Aging Researchから資金提供を受けました。SBはT32AG000114から資金提供を受けました。ESKはNSF DGE 1841052から資金提供を受けました。
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
Aluminum Foil | Staples | 2549291 | |
Bunsen burner | VWR | 470121-700 | |
Cell Density Meter | Denville | 80-3000-45 | |
Centrifuge | Eppendorg | 5430 | |
Chemical fume hood | Labcono | 975050411384RG | |
Conincal tubes (50 mL) | Fisher | 339652 | |
Cuvettes | Fisher | 14-955-127 | |
E. coli OP50 | CGC | OP50 | |
Erlenmyer flasks | Fisher | 250 mL: FB501250 500 mL: FB501500 1000 mL: FB5011000 | |
Inoculation loop | Fisher | 22-363-605 | |
LB Agar | Fisher | BP1425500 | |
Liquid waste collection bottle | Thomas Scientific | 1230G50 | |
Magnesium Sulfate (MgSO4) | Sigma | M7506 | |
Paraformaldehyde (32%) | Electron Microscopy Sciences | 15714-S | Paraformaldehyde – methanol free solution |
Pipettor | Eppendorf | Eppendorf Easypet 3 | |
Plastic dishes (100 mm) | Fisher | FB0875712 | |
Potassium Phosphate Monobasic (KH2PO4) | Fisher | P2853 | |
Seahorse XF Calibrant | Agilent | 100840-000 | |
Seahorse XFe96 Extracellular Flux Assay Kit and Cell Culture Microplate | Agilent | 101085-004 | |
Serological pipettes (50 mL) | Genesee Scientific | 12-107 | |
Shaker incubator | Thermo | 11 676 083 | |
Sodium Chloride (NaCl) | Fisher | S640-3 | |
Sodium Hydroxide (NaOH) | Fisher | S318500 | |
Sodium Phosphate Dibasic Anhydrous (Na2HPO4) | Sigma | S374-500 | |
Solid waste collection bucket | M&M Industries | 5.0 Gallon M1 Traditional Pail | |
Tryptone | Genesee Scientific | 20-251 | |
Vortex | Thermo | 11676331 | |
Weighing balance | C Goldenwall | HZ10K6B | |
Yeast Extract | Genesee Scientific | 20-255 |
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