私たちは彼らのサポートと実りある議論のために、我々のチームのメンバーは、技術支援のために特にMC Blacheと同様に、MイルラとB Imhofに感謝します。デフレと閉じ込めの数値は、自然法の礼儀を再現しました。このプロジェクトは、CNRSからの機関の助成金によって、INSERMとマルセイユ大学、地域プロヴァンス=アルプ=コート·d&#39;Azur、研究所国立デュ癌、AFP通信国立·デ·ラ·ルシェルシュ（ANR-08-PCVI-から、特定の補助金によってサポートされています0034から02、ANR 2010 BLAN 1214 01）·財団流動ラ·ルシェルシュMédicale（エキップlabéliséeFRM-2009）。 VRはリーグ国立Contre leのがんからのフェローシップでサポートされています。

<ol>
	<li>Serge, A., Bertaux, N., Rigneault, H., Marguet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+multiple-target+tracing+to+probe+spatiotemporal+cartography+of+cell+membranes.">Dynamic multiple-target tracing to probe spatiotemporal cartography of cell membranes.</a> Nat. Methods. 5, 687-694 (2008).</li><li>Schmidt, T., Schutz, G. J., Baumgartner, W., Gruber, H. J., Schindler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+of+single+molecule+diffusion.">Imaging of single molecule diffusion.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 93, 2926-2929 (1996).</li><li>Lommerse, P. 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J. 81, 2639-2646 (2001).</li><li>Iino, R., Koyama, I., Kusumi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+molecule+imaging+of+green+fluorescent+proteins+in+living+cells:+E-cadherin+forms+oligomers+on+the+free+cell+surface.">Single molecule imaging of green fluorescent proteins in living cells: E-cadherin forms oligomers on the free cell surface.</a> Biophys. J. 80, 2667-2677 (2001).</li><li>Sako, Y., Minoghchi, S., Yanagida, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+EGFR+signalling+on+the+surface+of+living+cells.">Single-molecule imaging of EGFR signalling on the surface of living cells.</a> Nat. Cell Biol. 2, 168-172 (2000).</li><li>Schutz, G. J., Kada, G., Pastushenko, V. 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D., Jacobson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+temporary+lateral+confinement+of+membrane+proteins+using+single-particle+tracking+analysis.">Detection of temporary lateral confinement of membrane proteins using single-particle tracking analysis.</a> Biophys. J. 69, 989-993 (1995).</li><li>Jacobson, K., Dietrich, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Looking+at+lipid+rafts.">Looking at lipid rafts.</a> Trends Cell Biol. 9, 87-91 (1999).</li><li>Kusumi, A., Sako, Y., Yamamoto, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Confined+lateral+diffusion+of+membrane+receptors+as+studied+by+single+particle+tracking+(nanovid+microscopy).+Effects+of+calcium-induced+differentiation+in+cultured+epithelial+cells.">Confined lateral diffusion of membrane receptors as studied by single particle tracking (nanovid microscopy). Effects of calcium-induced differentiation in cultured epithelial cells.</a> Biophys. J. 65, 2021-2040 (1993).</li><li>Livneh, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+deletions+in+the+cytoplasmic+kinase+domain+of+the+epidermal+growth+factor+receptor+do+not+affect+its+laternal+mobility.">Large deletions in the cytoplasmic kinase domain of the epidermal growth factor receptor do not affect its laternal mobility.</a> J. Cell Biol. 103, 327-331 (1986).</li><li>Medintz, I. L., Uyeda, H. T., Goldman, E. R., Mattoussi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantum+dot+bioconjugates+for+imaging,+labelling+and.">Quantum dot bioconjugates for imaging, labelling and.</a> 4, 435-446 (2005).</li><li>Wu, X., Bruchez, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Labeling+cellular+targets+with+semiconductor+quantum+dot+conjugates.">Labeling cellular targets with semiconductor quantum dot conjugates.</a> Methods Cell Biol. 75, 171-183 (2004).</li><li>Mohammadi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aggregation-induced+activation+of+the+epidermal+growth+factor+receptor+protein+tyrosine+kinase.">Aggregation-induced activation of the epidermal growth factor receptor protein tyrosine kinase.</a> Biochemistry. 32, 8742-8748 (1993).</li><li>Howarth, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monovalent,+reduced-size+quantum+dots+for+imaging+receptors+on+living+cells.">Monovalent, reduced-size quantum dots for imaging receptors on living cells.</a> Nat. 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T., Marguet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+nanodomains+in+living+cell+membrane+by+fluorescence+correlation+spectroscopy.">Detecting nanodomains in living cell membrane by fluorescence correlation spectroscopy.</a> Annu. Rev. Phys. Chem. 62, 417-436 (2011).</li><li>Cebecauer, M., Spitaler, M., Serge, A., Magee, A. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signalling+complexes+and+clusters:+functional+advantages+and+methodological+hurdles.">Signalling complexes and clusters: functional advantages and methodological hurdles.</a> J. Cell. Sci. 123, 309-320 (2010).</li><li>Kao, H. P., Verkman, A. 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利害の衝突が宣言されません。

単一粒子追跡では、セルと顕微鏡の側面の横に、分析の作業のかなりの部分を表しています。各フレームの上に、検出し推定し、再接続のピーク：これは、3つの主要なタスクを実行するために使用されるアルゴリズムに対応しています。しかし、この作業の結果としての側面は、最後に、余分な手順（例えば、運動、相互作用や化学量論のモードを解読など）のために本質的には、任意の新...

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td><td> 量 </td></tr><tr><td> COS-7細胞株</td><td> ATCC </td><td> CRL-1651 </td><td> 5,000細胞/ウェル</td></tr><tr><td>のCa 2なしHBSS + </td><td> GIBCO </td><td> 14175 </td><td> 1ミリリットル</td></tr><tr><td> 0.05％トリプシンEDTA </td><td> GIBCO </td><td> 25300 </td><td> 1ミリリットル</td></tr><tr><td> 8ウェルのLab-TEK </td><td> NUNC </td><td> 155441 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> Qdot®標識ストレプトアビジン-605 </td><td>インビトロジェン</td><td> Q10101MP </td><td> 20mMの</td></tr><tr><td colspan="4"> ビオチン化ファブ （ファブ合成のために、リファレンス21を参照） </td></tr><tr><td>モノクローナル抗体108からファブ</td><td> ATCC </td><td> HB-9764 </td><td> 200μgの</td></tr><tr><td> NHS-ビオチン<html></td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> 21435 </td><td> 18.5μgの</td></tr><tr><td colspan="4"> 完全培地 </td></tr><tr><td> DMEM </td><td> GIBCO </td><td> 41965 </td><td> 500ミリリットル</td></tr><tr><td>ウシ胎児血清</td><td> SIGMA </td><td> F7524 </td><td> 50ミリリットル</td></tr><tr><td> L-グルタミン</td><td> GIBCO </td><td> 25030 </td><td> 5ミリリットル</td></tr><tr><td> HEPES </td><td> GIBCO </td><td> 15630 </td><td> 5ミリリットル</td></tr><tr><td>ピルビン酸ナトリウム</td><td> GIBCO </td><td> 11360 </td><td> 5ミリリットル</td></tr><tr><td colspan="4"> イメージングメディア </td></tr><tr><td>のCa 2 + HBSS </td><td> GIBCO </td><td> 14025 </td><td> 25ミリリットル</td></tr><tr><td> HEPES </td><td> GIBCO </td><td> 15630 </td><td> 250μlの</td></tr></tbody></table>1 &quot;&gt; <tbody><tr><td> 機器 </td><td> 会社 </td><td> リファレンス </td></tr><tr><td>倒立顕微鏡</td><td>ニコン</td><td>日食TE2000U </td></tr><tr><td>蛍光灯</td><td>ニコン</td><td> Intensilight C-HGFIE </td></tr><tr><td> 1.3 NA 100倍目標</td><td>ニコン</td><td>計画弗素1.30 </td></tr><tr><td> 1.49 NA 100倍対物レンズ</td><td>ニコン</td><td> APO TIRF 1.49 </td></tr><tr><td>カメラ</td><td>ローパーサイエンティフィック</td><td>カスケード512 B </td></tr><tr><td>恒温ボックス</td><td>寿命イメージングサービス</td><td>ボックス</td></tr></tbody></table>付録A：MTT補足分析のスクリプトの例 機能 MTT_example（ファイル名） MTTの出力結果を回復する方法を示します。％％％基本的な例 それぞれのtracをプロットするの％％％eとヒストグラムを構築する 蛍光強度の％％の％ narginは&lt;1％ の場合にfile_nameはありません？ ファイル= DIR（ &#39;* STK。&#39;）; IsEmpty関数（ファイル）、DISP（ &quot;カレントディレクトリにデータがない&#39;）、 復帰、END IF file_nameは=ファイル（1）名、％デフォルト：最初のSTKファイル DISP（[&#39;デフォルトで&#39; file_nameは &#39;を使用して&#39;]） 終わり file_param = [ファイル名 &#39;_tab_param.dat&#39;];％の出力ファイル ％％のデータをロード 使用されているバージョンに応じてCD（ &#39;output23&#39;）％または（ &#39;output22&#39;）、 ％免責事項：バージョン2.2の場合のみ、7つのパラメータを生成する ％余分なパラメータ、ノイズが、バージョン2.3で追加されました。 単一のテーブルには、一度にすべてのパラメータを読み取るには％ ％tab_param = fread_all_param（file_param）; ％TAをb_i = tab_param（2:8：最後に、:); tab_j = ... 別のテーブルにすべてのパラメータを（frame_number除く）をお読みに％ ％[tab_i、tab_j、tab_alpha、tab_radius、tab_offset、tab_blk、tab_noise] = fread_all_data_spt（file_param）; tab_i = fread_data_spt（file_param、3）; 有益な非トレース番号とフレーム番号は、破棄されるため、％のインデックスは3です！ tab_j = fread_data_spt（file_param、4）; tab_alpha = fread_data_spt（file_param、5）; tab_blk = fread_data_spt（file_param、8）; トレース上の％％ループ N_traces =サイズ（tab_i、1）; ％のテーブルN_framesのcolumsによってN_tracesラインです N_traces：ITRC = 1 の場合 唯一の％は非点滅するステップ ; No_blk_index = tab_blk（ITRC、:)&gt; 0 プロット（tab_i（ITRC、No_blk_index）、tab_j（ITRC、No_blk_index）） ＆nbのSPのと題名（ &#39;I（ピクセル）&#39;）、ylabelは（ &#39;J（ピク​​セル）&#39;） タイトル（[&#39;トレース＃&#39; num2strは（ITRC）]） DISP（ &#39;次のトレースのために任意のキーを叩いてください。&#39;）、一時停止 終わり ％％のみたFluoヒストグラム N_datapoints = SUM（tab_blk（:)&gt; 0）;％以外の点滅する手順のみ 2sqrt（N）のビンを使用して HIST（tab_alpha（tab_blk&gt; 0）、2 * SQRT（N_datapoints））％ と題名（ &#39;強度（AU）&#39;）、ylabelは（ &#39;発生&#39;） タイトル（ &#39;粒子の蛍光強度のヒストグラム &quot;）

mapping molecular diffusion in the plasma membrane by multiple-target tracing (mtt)

私たちの目標は、異なる生物学的機能における細胞膜で起こる分子プロセスの包括的な説明を得ることである。 複数のターゲットトレース （MTT）1：我々は、高濃度で単粒子追跡 （SPT）に専用の分析ツールを開発することによって、単一分子レベルでの複雑な組織や細胞膜のダイナミクスを特徴付けるを目指しています。ミリ秒とナノ分解能1-11を提供する単一分子ビデオ顕微鏡は、正確にそのような細胞受容体の局在化、モビリティ、監禁や相互作用などの記述子をマッピングすることにより、膜組織12月14日の詳細に表現することができます。 我々は両方の実験とアルゴリズム、SPTを再訪。実験的な側面は、分子動力学の動的スナップショットを提供するために、可能な限り最高の標識密度に到達する上で特に重点を置いて、最適セットアップおよび細胞標識が含まれていのそれは膜内に発生します。ピーク検出、推定と再接続、画像解析15,16から、特定のツールによって対処：アルゴリズムの問題は、軌道を再構築するために使用される各ステップを懸念。検出後にデフレを実装するには、救出のピークは最初に隣接する、強力なピークによって隠さことができます。注目すべきは、検出を改善することを直接軌道内のギャップを減らすことによって、再接続に影響を与えます。性能は一般的に高い時空間分解能での並列測定のための2つの大きな制約を表すさまざまなラベリング密度とノイズ値に対してモンテカルロシミュレーションを用いて評価されています。 photoswitchingまたは非線形光学オン/オフどちらの連続を使用して、単一分子で得られたナノメートル精度17は 、徹底的な観測を提供することができます。これは、STORM 18、PALM 19,20、RESOLFT 21またはSTED 22,23、WHIとしてnanoscopy方法17の基礎であるchは、しばしばイメージング、固定のサンプルが必要な場合があります。中央のタスクは、単一分子から発せられる回折限界のピークの検出および推定である。したがって、そのような一定の位置精度の代わりにブラウン運動を扱うように十分な前提を提供し、MTTは、素直にナノスケールの分析に適しています。また、MTTは、基本的にどのような規模で使用することができます。分子のだけでなく、細胞や動物のために、例えば。したがって、MTTは、分子や細胞スケールでアプリケーションを見つける強力な追跡アルゴリズムである。

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Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing MTT

複数のターゲットトレースは、生きた細胞の細胞膜内で個別に標識分子を追跡するために開発した自家製のアルゴリズムである。効率的に検出するナノ膜のダイナミクスを調べるためにユーザーフレンドリーな、包括的なツールを提供し、高密度で時間をかけて分子を推定し、トレースします。

複数のターゲットトレース（MTT）による原形質膜中の分子拡散のマッピング

Our goal is to obtain a comprehensive description of molecular processes occurring at cellular membranes in different biological functions. We aim at ...

mapping-molecular-diffusion-plasma-membrane-multiple-target-tracing

Research

JoVE Journal

Biology

Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing (MTT)

17.1K ビュー.  Parc scientifique de Luminy. 複数のターゲットトレースは、生きた細胞の細胞膜内で個別に標識分子を追跡するために開発した自家製のアルゴリズムである。効率的に検出するナノ膜のダイナミクスを調べるためにユーザーフレンドリーな、包括的なツールを提供し、高密度で時間をかけて分子を推定し、トレースします。