Name: high throughput danio rerio energy expenditure assay
Uploaded: 2016-01-27T17:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 35 s
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The authors would like to thank Drs. Roger Cone and Chao Zhang for their contributions to validating the application of this assay as previously published. This work was supported by NIH 1F32DK082167-01 (BJR).

注：このプロトコルは、研究の責任ある行動のためのアリゾナ大学の事務所のガイドラインに従っており、施設内動物管理使用委員会によって承認されました 1.ゼブラフィッシュの繁殖や胚のメンテナンス<ol><li> E3胚媒体 8 を準備します。 60Xストック溶液を作るために、1.95 L ddiH 2 O中に34.8グラムのNaCl、1.6グラムのKCl、5.8グラムの塩化カルシウム2●2H 2 O、および9.78グラムのMgCl 2●6H 2 Oを溶解ddiH 2 Oを使用して、2リットルにボリュームを調節NaOHおよびHClを用いてpHを7.2に調整します</li><li> 1倍のE3胚の培地を調製するために、1 L ddiH20に16.5ミリリットル60倍株式を希釈します。 100μlの1％のメチレンブルーを追加します。 </li><li>育種<ol><li>ハウス男性と女性ひな株式（7 - 生後18ヶ月）を別々に繁殖力を最大限に高めることができます。 </li><li>卵が所望される前日に前に2時間 - 1からライトをオンにします。 C言語で - セットアップ交配（2人の女性1男性と1）以前に9に記載されているようにケージをrossing。彼らは大人の魚は保持されたタンクインサートの穴あきベースを通過する卵が捕食を逃れるためにするための横断ケージができます。 </li><li>オプション：時限繁殖のために、（モルホリノ注入を含む研究のために必要とされるように）、透明なプラスチックの分周器によって、オスとメスの魚を分離し、卵と受精のタイミング敷設をもたらすことが午前中にこれを削除してください。モルホリノ研究のために、治療ごとに必要な魚の胚の数を評価するためにパワー計算を実行します。効果や変動の大きさの推定値がなければ、予備試験では、N = 8で実行することができます。 </li></ol></li><li> （ - 150胚/ 10cmのペトリ皿100）ペトリ皿に交差ケージから卵を注ぎます。卵は皿の底に沈殿し、水を注ぎ出すようにします。先端の細い使い捨てのトランスファーピペットを用いて、残りの水を除去します。ステップ1.1で行われたE3の胚培地を追加し直します。 </li><li> AFを作ります将来卵や魚転送用のラメポリッシュ使い捨てピペット。はさみを使用して、0.25ミリリットルの卒業で卒業使い捨てトランスファーピペットをカット。ラフなエッジを削除するには、炎はブンゼンバーナーの上にカットチップを磨きます。 </li><li>ゼブラフィッシュのE3胚の培地中のペトリ皿28.5○Cで受精後10センチメートル中（DPF）4日に胚魚を維持1日2回、洗練された火炎を使用するすべての未受精卵または死ん胚（不透明な白い外観）を除去するために使い捨てのトランスファーピペットを卒業。 1日に1回、E3胚培地を交換してください。 E3の胚培地を捨て、先端の細い使い捨てのトランスファーピペットを使用して残りの液体を除去し、予め温めた（28.5○C）のE3胚培地を再度追加。 </li></ol> 2.アッセイ溶液を調製<ol><li> 0.22μmのフィルターを使用して、表1の無菌フィルターアッセイ溶液によるアッセイ溶液を調製します。アッセイ開始前に、28.5○Cで滅菌アッセイ溶液を温めます水浴。 </li></ol><table fo:keep-together.within-page="1"><tbody><tr><td>成分</td><td>合計の％ </td><td>容量（μL/ 10ミリリットル） </td></tr><tr><td> 60X E3胚培地</td><td> 1.667 </td><td> 166.7 </td></tr><tr><td>二重脱イオン（DDI）、H 2 O </td><td> 96.233 </td><td> 9623.3 </td></tr><tr><td>アラマーブルー</td><td> 1 </td><td> 100 </td></tr><tr><td> 400mMのNaOHを</td><td> 1 </td><td> 100 </td></tr><tr><td> DMSO </td><td> 0.1 </td><td> 10 </td></tr></tbody></table> 表1アッセイ培地 3.アッセイを行います<ol><li>ゼブラフィッシュの胚を滅菌濾過したのE3胚培地で3回洗浄します。クラッチからのすべての実行可能なゼブラフィッシュの胚をビーカーに結合します。滅菌フィルタ75ミリリットルのE3胚培地。先端の細い使い捨てトランスファーピペット、再使用できるだけゼブラフィッシュ胚からのE3胚培地の多くを移動します。 20ミリリットルに戻って濾過滅菌のE3胚培地を追加します。削除およびE3胚培地を3回交換してください。 </li><li> 96ウェル黒色の93ウェルの各々にプレート1魚は明確な底板を両面。個別に炎の中に胚を捕捉することにより、プレートに胚魚を移し卒業プラスチック使い捨てトランスファーピペット（ステップ1.5）を研磨し、優しくウェルに放出します。 3ブランクウェルにすすぎ、魚の入ったビーカーから取り出したのE3胚培地を転送します。これは、ブランクウェルには魚が含まれている井戸とまったく同じ水にさらされていることを保証します。魚やブランクウェルを含める両方ウェルは、このステップの終了時（200μl）を1/2以上完全でなければなりません。 </li><li>ブランクウェルを含む96ウェル全てにおいて、アッセイ溶液でのE3胚培地を交換してください。このステップは、96ウェルプレート中12各列の時に1列を実行する必要があります。先端の細い使い捨てのトランスを使用しましたFERピペットは、プレートの1列（8ウエル）ですべてのウェルからのE3胚培地を除去します。ゼブラフィッシュの胚には手を触れないように注意してください。水を除去しただけでなく、そこからそれぞれにアッセイ溶液を300μlを追加します。プレートの全12列のためのアッセイ溶液でのE3胚培地と交換の除去を繰り返します。 </li><li>オプション：化合物に応答した代謝率の変更をテストするには、100倍（100X）所望の治療濃度で溶液を作製。注目すべきは、100X溶液は0.1％を超えないように、最終DMSO濃度を制限するために10％のDMSOを超えないことを保証します。治療の各ウェルに100倍液の3μLを追加します。 注：処理ウェルの数を評価するために、電力の計算を実行します。しかし、応答または変動の大きさの推定値なしに、予備試験は8化合物で処理し、魚が含まれている8ビヒクル処置対照ウェルで実行することができます。 <ol><li> （コントロールに何のDRUを車両制御の3μlを添加していませんグラム処理）魚が含まれている井戸。化合物に対する蛍光応答が魚内のアクションの結果であることを保証するために、96ウェルプレートに3ブランクウェルに薬物および車両の治療を適用します。 </li></ol></li><li> 590 nmで530 nmでの励起波長および発光波長で蛍光プレートリーダー上の魚満たさプレートをお読みください。 </li><li> 28.5○C（アッセイ溶液の光退色を避けるために、アッセイ全体の暗闇の中でプレートを維持する）に設定加湿インキュベーターに置きプレート。アッセイは、1時間から24時間の範囲の時間の持続時間のために実行することができます。アッセイの持続時間は、研究の目的に依存します。短い期間が最も適切である短時間作用型非安定な化合物への応答をテストするため。しかし、安定した化合物の検査や遺伝的影響のテストのために、分析時間を最大にすることの累積信号に関連する利点を活用することが好ましいです。 </li><li>所定の時間点で（タイミングを判断するためにステップ3.6参照）ステップ3.5と同じ設定で、再び魚で満たされたプレートの蛍光を読み取ります。 </li></ol> 4.治療と蛍光関連の相対的変化を評価します<ol><li>研究の結論での蛍光から時間0での蛍光を差し引くことにより、各ウェルの蛍光の変化を計算します。魚ないウェル（ブランク）はるかに魚が含まれているウェルからの値の下に、0に近い値を持つ必要があります。 時間0での蛍光 - 終了時に蛍光=蛍光の変化</li><li>対照ウェルは、その後、コントロールウェルの蛍光の平均変化によって、各ウェルの蛍光の変化を分割するための蛍光の相対的変化を確認するために、蛍光の平均変化を計算します。注目すべきは、コントロールは、車両コントロールまたは遺伝的コントロールのどちらかである可能性があります。 <img alt="式（1）" src="/files/ftp_upload/53297/53297eq1.jpg" /></li></ol>

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	<li>Jao, L. E., Wente, S. R., Chen, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+multiplex+biallelic+zebrafish+genome+editing+using+a+CRISPR+nuclease+system.">Efficient multiplex biallelic zebrafish genome editing using a CRISPR nuclease system.</a> PNAS. 110, 13904-13909 (2013).</li><li>Kimura, Y., Hisano, Y., Kawahara, A., Higashijima, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+generation+of+knock-in+transgenic+zebrafish+carrying+reporter/driver+genes+by+CRISPR/Cas9-mediated+genome+engineering.">Efficient generation of knock-in transgenic zebrafish carrying reporter/driver genes by CRISPR/Cas9-mediated genome engineering.</a> Sci. Rep. 4, 6545 (2014).</li><li>Lieschke, G. J., Currie, P. 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D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Creation+of+a+genetic+model+of+obesity+in+a+teleost.">Creation of a genetic model of obesity in a teleost.</a> FASEB J. 21, 2042-2049 (2007).</li><li>Maddison, L. A., Joest, K. E., Kammeyer, R. M., Chen, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Skeletal+muscle+insulin+resistance+in+zebrafish+induces+alterations+in+beta-cell+number+and+glucose+tolerance+in+an+age+and+diet+dependent+manner.">Skeletal muscle insulin resistance in zebrafish induces alterations in beta-cell number and glucose tolerance in an age and diet dependent manner.</a> Am. J. physiol. Endocrinol. , (2015).</li><li>Flynn, E. J., Trent , C. M., Rawls, J. 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J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+obesogenic+test:+a+tool+for+screening+molecules+that+target+adiposity.">Zebrafish obesogenic test: a tool for screening molecules that target adiposity.</a> J. lipid res. 52, 1765-1772 (2011).</li></ol>

The authors have no competing financial interests to disclose.

細菌や真菌の混入が大幅にこのアッセイの適用を制限します。 E3胚培地中でメチレンブルーは、真菌汚染の可能性を制限します。胚全体に飼育ケアは毎日二度死んだ胚を除去するために取られることが重要です。加えて、徹底的に分析開始の日に、無菌のE3胚培地で胚を洗浄することが不可欠です。これらの2つのステップは、胚の細菌汚染の可能性を制限します。ステップ3.2に記載のブラン?...

マウスは現在、肥満研究のための主要なモデルです。ショート発生間隔とマウスで利用可能な遺伝子ツールは、これまでに比類のないされています。しかし、ゼブラフィッシュも短く発生間隔があり（3から4ヶ月）と遺伝子操作1,2の容易さであっても、マウスを凌駕しています。これまでの遺伝子と薬剤スクリーニング3で使用するための子孫と潜在的な数でマウスを越えるとゼブラフィッシュは、哺乳動物遺伝子の約90％を維持しています。 肥満研究のためのゼブラフィッシュモデルの可能性をタップするには、アッセイは、エネルギー消費を含む体重調節に影響を与える要因を調査するために開発されなければなりません。代謝産物は、β酸化によって処理され、トリカルボン酸サイクルの酸素が ​​消費され、NADH 2が生成されます。このように、NADH 2は、代謝経路（代謝物の酸化）を介して、代謝物のフラックスの直接的な指標です。 poikilで恒温動物4に比べて5倍低い- otherms、H + ATP合成からNADH 2酸化を脱共役ミトコンドリア内膜、漏れるは、4です。したがって、2ゼブラフィッシュNADHには非常にしっかりと酸化的リン酸化を介してATP産生にリンクされています。ここで、我々は、エネルギー消費5のプロキシとして幼虫のゼブラフィッシュにおけるNADH 2産生を測定するアッセイを説明します。 酸素消費量は、エネルギー消費を測定するためのゴールドスタンダードです。しかし、最高のゼブラフィッシュの高スループットの可能性を活用するために、エネルギー消費のアッセイは、ハイスループットに従順でなければなりません。密閉チャンバー循環系に依存酸素消費システムは、利用可能なチャンバ6の数でスループットが制限されます。外気O 2消費量/ CO 2産生のアッセイはまた、ゼブラフィッシュ5,7に適用されています。これらのオープンエアの96ウェルプレートベースDシステムは、ハイスループットに適しています。残念ながら、環境とのガス交換は、これらのアッセイの感度を制限します。我々は最近、酸化還元指示薬アラマーブルー5を使用して、NADH 2をモニターするアッセイのアプリケーションを発表しました。このアッセイは、スループットおよびゼブラフィッシュにおける酸素消費量の分析に共通の感度の限界を克服します。 ゼブラフィッシュは、全身のエネルギー恒常性の研究のためにますます重要なモデルとなってきています。一部では、ゼブラフィッシュため、前方の遺伝子スクリーニングおよび薬物スクリーニングでの使用に適しています。また、ノックダウンとノックインを含む遺伝子操作を、ターゲットに、迅速に適用することができます。我々は以前に、このアッセイは、化合物および代謝率5を変更する遺伝子を同定するためにバス薬物適用および遺伝子ノックダウンまたはノックアウトと組み合わせることができることを示しています。さらに、このアッセイは、ゼブラフィッシュに固有の高スループットの利点を活用するように設計されています。 </P&gt;

<table><tbody><tr><td>AlamarBlue</td><td>Fisher Scientific</td><td>10-230-103</td><td>Manufactured by Thermo Scientific</td></tr><tr><td>Fine Tip DisposableTransfer Pipette</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-711-26</td><td>Manufactured by Thermo Scientific</td></tr><tr><td>Fisherbrand Graduated Disposable Transfer Pipette</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-771-9AM</td><td>Manufactured by Thermo Scientific</td></tr><tr><td>Black sided clear bottom 96-well plates</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-320-785</td><td>Manufactured by E&amp;amp;K Scientific Products Inc.</td></tr></tbody></table>

high throughput danio rerio energy expenditure assay

ゼブラフィッシュは、ゼブラフィッシュエネルギー恒常性と肥満の研究に広く適用モデルにする可能性を持っている固有の利点と重要なモデル生物です。ゼブラフィッシュの小さなサイズは、96または384ウェルプレート形式で実施される胚でのアッセイを可能にする、モルホリノ及びCRISPRベースの技術は、バス・アプリケーションによって遺伝子操作の容易性、および薬物治療を促進する実行可能です。また、ゼブラフィッシュは、新規遺伝子の発見を可能にし、前方の遺伝子スクリーニングに最適です。肥満のモデルとしてゼブラフィッシュの相対的新規性を考えると、それは完全にこれらの利点を活用するツールを開発することが必要です。ここで、我々は同時に、胚ゼブラフィッシュの数千にエネルギー消費を測定するための方法が記載されています。我々は個々の魚を隔離するために96ウェルプレートを使用した全動物のマイクロプレートプラットフォームを開発していると我々は、市販の細胞培養の生存率の再を使用して、累積NADH 2産生を評価しますエージェントアラマーブルー。 poikilothermsでNADH 2生産とエネルギー消費の関係が緊密にリンクされています。このエネルギー消費アッセイは急速に直接エネルギー消費を変更するか、適用された薬剤（例えば、インスリン増感剤）に対する応答を変化させる薬理学的または遺伝子操作をスクリーニングする可能性が作成されます。

アッセイ溶液は、胚魚（ 図1）の非存在下で蛍光を増加させません。しかし、このアッセイは、ウェル内の代謝率の小さな変化に非常に敏感です。ウェル内の単一の魚は1時間（P &lt;0.0001）内のブランクウェルと著しく異なる信号を生成する。 図2は、インキュベーションの24時間後に胚魚によって生成された信号を視覚的に表現しています。この写真の目的のために?...

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High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

Zebrafish are an important model organism for the study of energy homeostasis. By utilizing a NADH2 sensitive redox indicator, alamar Blue, we have developed an assay that measures the metabolic rate of zebrafish larvae in a 96 well plate format and can be applied to drug or gene discovery.

高スループット<em&gt;ゼブラフィッシュ</em&gt;エネルギー消費アッセイ

Zebrafish are an important model organism with inherent advantages that have the potential to make zebrafish a widely applied model for the study of ...

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Research

JoVE Journal

Biology

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

12.6K ビュー.  Vanderbilt University Medical Center. Zebrafish are an important model organism for the study of energy homeostasis. By utilizing a NADH2 sensitive redox indicator, alamar Blue, we have developed an assay that measures the metabolic rate of zebrafish larvae in a 96 well plate format and can be applied to drug or gene discovery. 

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High Fat Diet Feeding and High Throughput Triacylglyceride Assay in Drosophila Melanogaster

Heart disease is the number one cause of human death worldwide. Numerous studies have shown strong connections between obesity and cardiac malfunction in humans, but more tools and research efforts are needed to better elucidate the mechanisms involved. For over a century, the genetically highly tractable model of Drosophila has been instrumental in the discovery of key genes and molecular pathways that proved to be highly conserved across species. Many biological processes and disease mechanisms are functionally conserved in the fly, such as development (e.g., body plan, heart), cancer, and neurodegenerative disease. Recently, the study of obesity and secondary pathologies, such as heart disease in model organisms, has played a highly critical role in the identification of key regulators involved in metabolic syndrome in humans.
Here, we propose to use this model organism as an efficient tool to induce obesity, i.e., excessive fat accumulation, and develop an efficient protocol to monitor fat content in the form of TAGs accumulation. In addition to the highly conserved, but less complex genome, the fly also has a short lifespan for rapid experimentation, combined with cost-effectiveness. This paper provides a detailed protocol for High Fat Diet (HFD) feeding in Drosophila to induce obesity and a high throughput triacylglyceride (TAG) assay for measuring the associated increase in fat content, with the aim to be highly reproducible and efficient for large-scale genetic or chemical screening. These protocols offer new opportunities to efficiently investigate regulatory mechanisms involved in obesity, as well as provide a standardized platform for drug discovery research for rapid testing of the effect of drug candidates on the development or prevention of obesity, diabetes and related metabolic diseases.

High Fat Diet Feeding and High Throughput Triacylglyceride Assay in Drosophila Melanogaster

This is a high fat diet feeding protocol to induce obesity in Drosophila, a model for understanding fundamental molecular mechanisms implicated in lipotoxicity. It also provides a high throughput triacylglyceride assay for measuring fat accumulation in Drosophila and potentially other (insect) models under various dietary, environmental, genetic or physiological conditions.

高脂肪食給餌とキイロショウジョウバエの高スループット Triacylglyceride 試金

Heart disease is the number one cause of human death worldwide. Numerous studies have shown strong connections between obesity and cardiac malfunction in ...

遺伝学

An Affordable and Efficient "Homemade" Platform for Drosophila Behavioral Studies, and an Accompanying Protocol for Larval Mitochondrial Respirometry

The usefulness of Drosophila as a model organism for the study of human diseases, behaviors and basic biology is unquestionable. Although practical, Drosophila research lacks popularity in developing countries, possibly due to the misinformed idea that establishing a lab and performing relevant experiments with such tiny insects is difficult and requires expensive, specialized apparatuses. Here, we describe how to build an affordable flylab to quantitatively analyze a myriad of behavioral parameters in D. melanogaster, by 3D-printing many of the necessary pieces of equipment. We provide protocols to build in-house vial racks, courtship arenas, apparatuses for locomotor assays, etc., to be used for general fly maintenance and to perform behavioral experiments using adult flies and larvae. We also provide protocols on how to use more sophisticated systems, such as a high resolution oxygraph, to measure mitochondrial oxygen consumption in larval samples, and show its association with behavioral changes in the larvae upon the xenotopic expression of the mitochondrial alternative oxidase (AOX). AOX increases larval activity and mitochondrial leak respiration, and accelerates development at low temperatures, which is consistent with a thermogenic role for the enzyme. We hope these protocols will inspire researchers, especially from developing countries, to use Drosophila to easily combine behavior and mitochondrial metabolism data, which may lead to information on genes and/or environmental conditions that may also regulate human physiology and disease states.

An Affordable and Efficient "Homemade" Platform for Drosophila Behavioral Studies, and an Accompanying Protocol for Larval Mitochondrial Respirometry

We provide protocols for anyone with a "maker culture" mind to start building a flylab for quantitative analysis of a myriad of behavioral parameters in Drosophila melanogaster, by 3D-printing many of the necessary pieces of equipment. We also describe a high resolution respirometry protocol using larvae to combine behavioral and mitochondrial metabolism data.

The usefulness of Drosophila as a model organism for the study of human diseases, behaviors and basic biology is unquestionable. Although practical, ...

行動学

A High Throughput Microplate Feeder Assay for Quantification of Consumption in Drosophila

Quantifying food intake in Drosophila is used to study the genetic and physiological underpinnings of consumption-associated traits, their environmental factors, and the toxicological and pharmacological effects of numerous substances. Few methods currently implemented are amenable to high throughput measurement. The Microplate Feeder Assay (MFA) was developed for quantifying the consumption of liquid food for individual flies using absorbance. In this assay, flies consume liquid food medium from select wells of a 1536-well microplate. By incorporating a dilute tracer dye into the liquid food medium and loading a known volume into each well, absorbance measurements of the well acquired before and after consumption reflect the resulting change in volume (i.e., volume consumed). To enable high throughput analysis with this method, a 3D-printed coupler was designed that allows flies to be sorted individually into 96-well microplates. This device precisely orients 96- and 1536-well microplates to give each fly access to up to 4 wells for consumption, thus enabling food preference quantification in addition to regular consumption. Furthermore, the device has barrier strips that toggle between open and closed positions to allow for controlled containment and release of a column of samples at a time. This method enables high throughput measurements of consumption of aqueous solutions by many flies simultaneously. It also has the potential to be adapted to other insects and to screen consumption of nutrients, toxins, or pharmaceuticals.

A High Throughput Microplate Feeder Assay for Quantification of Consumption in Drosophila

The microplate feeder assay offers an economical, high throughput method for quantifying liquid food consumption in Drosophila. A 3D-printed device connects a 96-well microplate in which flies are housed to a 1536-well microplate from which flies consume a feeding solution with a tracer dye. The solution volume decline is measured spectrophotometrically.

ショウジョウバエの消費定量化のための高スループットマイクロプレートフィーダアッセイ

Quantifying food intake in Drosophila is used to study the genetic and physiological underpinnings of consumption-associated traits, their environmental ...

線虫の食物摂取量と寿命を測定するためのハイスループットアッセイ

Quantifying Food Intake in Caenorhabditis elegans by Measuring Bacterial Clearance

Feeding is an essential biological process for an organism&#39;s growth, reproduction, and survival. This assay aims to measure the food intake of Caenorhabditis elegans&#160;(C. elegans), an important parameter when studying the genetics of aging or metabolism. In most species, feeding is determined by measuring the difference between the amount of food provided and the amount left after a given time interval. The method presented here uses the same strategy to determine the feeding of C. elegans. It measures the amount of bacteria, the food source of C. elegans, cleared within 72 h. This method uses 96-well microtiter plates and has allowed the screening of hundreds of drugs for their ability to modulate food intake at a speed and depth not possible in other animal models. The strength of this assay is that it allows to measure feeding and lifespan simultaneously and directly measures the disappearance of food and, thus, is based on the same principles used for other organisms, facilitating species-to-species comparison.

著者スポットライト:脂肪毒性とHFpEFの関係を探る 

This protocol describes an assay to quantify Caenorhabditis elegans feeding rate based on measuring the clearance of bacteria in liquid culture.

細菌クリアランスの測定による 線虫 の食物摂取量の定量化

Feeding is an essential biological process for an organism&#39;s growth, reproduction, and survival. This assay aims to measure the food intake of ...

High Throughput Assay to Examine Egg-Laying Preferences of Individual Drosophila melanogaster

Recently, egg-laying preference of Drosophila has emerged as a genetically tractable model to study the neural basis of simple decision-making processes. When selecting sites to deposit their eggs, female flies are capable of ranking the relative attractiveness of their options and choosing the &#34;greater of two goods.&#34; However, most egg-laying preference assays are not practical if one wants to take a systematic genetic screening approach to search for the circuit basis underlying this simple decision-making process, as they are population-based and laborious to set up. To increase the throughput of studying of egg-laying preferences of single females, we developed custom chambers that each can simultaneously assay egg-laying preferences of up to thirty individual flies as well as a protocol that ensures each female has a high egg-laying rate (so that their preference is readily discernable and more convincing). Our approach is simple to execute and produces very consistent results. Additionally, these chambers can be equipped with different attachments to allow video recording the egg-laying animals and to deliver light for optogenetics studies. This article provides the blueprints for fabricating these chambers and the procedure for preparing the flies to be assayed in these chambers.

High Throughput Assay to Examine Egg-Laying Preferences of Individual Drosophila melanogaster

This protocol describes a high throughput assay for testing egg-laying preferences of Drosophila melanogaster at single-animal resolution. This assay provides a simple, efficient, and scalable platform to identify genes and circuit components that control a simple decision-making process.

個々の産卵環境を調べるために、ハイスループットアッセイ<em&gt;キイロショウジョウバエ</em

Recently, egg-laying preference of Drosophila has emerged as a genetically tractable model to study the neural basis of simple decision-making processes. ...

神経科学

Metabolic Analysis of Drosophila melanogaster Larval and Adult Brains

This protocol describes a method for measuring the metabolism in Drosophila melanogaster larval and adult brains. Quantifying metabolism in whole organs provides a tissue-level understanding of energy utilization that cannot be captured when analyzing primary cells and cell lines. While this analysis is ex vivo, it allows for the measurement from a number of specialized cells working together to perform a function in one tissue and more closely models the in vivo organ. Metabolic reprogramming has been observed in many neurological diseases, including neoplasia, and neurodegenerative diseases. This protocol was developed to assist the D. melanogaster community&#39;s investigation of metabolism in neurological disease models using a commercially available metabolic analyzer. Measuring metabolism of whole brains in the metabolic analyzer is challenging due to the geometry of the brain. This analyzer requires samples to remain at the bottom of a 96-well plate. Cell samples and tissue punches can adhere to the surface of the cell plate or utilize spheroid plates, respectively. However, the spherical, three-dimensional shape of D. melanogaster brains prevents the tissue from adhering to the plate. This protocol requires a specially designed and manufactured micro-tissue restraint that circumvents this problem by preventing any movement of the brain while still allowing metabolic measurements from the analyzer&#39;s two solid-state sensor probes. Oxygen consumption and extracellular acidification rates are reproducible and sensitive to a treatment with metabolic inhibitors. With a minor optimization, this protocol can be adapted for use with any whole tissue and/or model system, provided that the sample size does not exceed the chamber generated by the restraint. While basal metabolic measurements and an analysis after a treatment with mitochondrial inhibitors are described within this protocol, countless experimental conditions, such as energy source preference and rearing environment, could be interrogated.

Metabolic Analysis of Drosophila melanogaster Larval and Adult Brains

We present a protocol for measuring oxygen consumption and extracellular acidification in Drosophila melanogaster larval and adult brains. A metabolic analyzer is utilized with an adapted and optimized protocol. Micro-tissue restraints are a critical component of this protocol and were designed and created specifically for their use in this analysis.

キイロショウジョウバエ幼虫と大人の脳の代謝解析

This protocol describes a method for measuring the metabolism in Drosophila melanogaster larval and adult brains. Quantifying metabolism in whole organs ...

A Rapid Food-Preference Assay in Drosophila

To select food with nutritional value while avoiding the consumption of harmful agents, animals need a sophisticated and robust taste system to evaluate their food environment. The fruit fly, Drosophila melanogaster, is a genetically tractable model organism that is widely used to decipher the molecular, cellular, and neural underpinnings of food preference. To analyze fly food preference, a robust feeding method is needed. Described here is a two-choice feeding assay, which is rigorous, cost-saving, and fast. The assay is Petri-dish-based and involves the addition of two different foods supplemented with blue or red dye to the two halves of the dish. Then, ~70 prestarved, 2-4-day-old flies are placed in the dish and&#160;allowed to choose between blue and red foods in the dark for about 90 min. Examination of the abdomen of each fly is followed by the calculation of the preference index. In contrast to multiwell plates, each Petri dish takes only ~20 s to fill and saves time and effort. This feeding assay can be employed to quickly determine whether flies like or dislike a particular food.

A Rapid Food-Preference Assay in Drosophila

We present a protocol for a two-choice feeding assay for flies. This feeding assay is fast and easy to run and is suitable not only for small-scale laboratory research, but also for high-throughput behavioral screens in flies.

ショウジョウバエにおける急速な食品嗜好アッセイ

To select food with nutritional value while avoiding the consumption of harmful agents, animals need a sophisticated and robust taste system to evaluate ...

Measurement of Metabolic Rate in Drosophila using Respirometry

Metabolic disorders are a frequent problem affecting human health. Therefore, understanding the mechanisms that regulate metabolism is a crucial scientific task. Many disease causing genes in humans have a fly homologue, making Drosophila a good model to study signaling pathways involved in the development of different disorders. Additionally, the tractability of Drosophila simplifies genetic screens to aid in identifying novel therapeutic targets that may regulate metabolism. In order to perform such a screen a simple and fast method to identify changes in the metabolic state of flies is necessary. In general, carbon dioxide production is a good indicator of substrate oxidation and energy expenditure providing information about metabolic state. In this protocol we introduce a simple method to measure CO2 output from flies. This technique can potentially aid in the identification of genetic perturbations affecting metabolic rate.

Measurement of Metabolic Rate in Drosophila using Respirometry

Metabolic disorders are among one of the most common diseases in humans. The genetically tractable model organism D. melanogaster can be used to identify novel genes that regulate metabolism. This paper describes a relatively simple method which allows studying the metabolic rate in flies by measuring their CO2 production.

高スループット

要約

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高脂肪食給餌とキイロショウジョウバエの高スループット Triacylglyceride 試金

An Affordable and Efficient "Homemade" Platform for Drosophila Behavioral Studies, and an Accompanying Protocol for Larval Mitochondrial Respirometry

ショウジョウバエの消費定量化のための高スループットマイクロプレートフィーダアッセイ

細菌クリアランスの測定による線虫の食物摂取量の定量化

細菌クリアランスの測定による線虫の食物摂取量の定量化

細菌クリアランスの測定による線虫の食物摂取量の定量化

個々の産卵環境を調べるために、ハイスループットアッセイ

キイロショウジョウバエ幼虫と大人の脳の代謝解析

ショウジョウバエにおける急速な食品嗜好アッセイ

代謝率の測定に

高スループット

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高脂肪食給餌とキイロショウジョウバエの高スループット Triacylglyceride 試金

An Affordable and Efficient "Homemade" Platform for Drosophila Behavioral Studies, and an Accompanying Protocol for Larval Mitochondrial Respirometry

ショウジョウバエの消費定量化のための高スループットマイクロプレートフィーダアッセイ

細菌クリアランスの測定による 線虫 の食物摂取量の定量化

細菌クリアランスの測定による 線虫 の食物摂取量の定量化

細菌クリアランスの測定による 線虫 の食物摂取量の定量化

個々の産卵環境を調べるために、ハイスループットアッセイ

キイロショウジョウバエ幼虫と大人の脳の代謝解析

ショウジョウバエにおける急速な食品嗜好アッセイ

代謝率の測定に

細菌クリアランスの測定による線虫の食物摂取量の定量化

細菌クリアランスの測定による線虫の食物摂取量の定量化

細菌クリアランスの測定による線虫の食物摂取量の定量化