이 작품은 막스 플랑크 협회에 의해 지원되었다.

플라스미드의 1. 만들기 <ol><li> (그림 1) 표준 분자 생물학 기술을 이용하여, 모두 pLuc 및 pYFP 벡터로 그 각각의 단백질의 cDNA를 서브 클론. 자세한 프로토콜의 경우 녹색 등의 알 (13)에게 참조하십시오. </li><li> 순서는 모든 관심의 단백질이 중간에 정지 코돈을 가진 배낭 / YFP 시퀀스 프레임에 있는지 확인하기 위해 생성합니다. </li><li> 융합 단백질은 생물학적 활성을 유지하는 것이 확인 원하는 기능 분석을 수행합니다. 여기에 제시된 경우 YFP 융합 단백질의 세포 내 국소화 형광 현미경에 의해 확인 하였다. </li><li> pLuc 및 pYFP 발현 벡터에 관련 타겟팅 신호를 공학에 의해 적절한 루크와 YFP 제어 단백질 발현 플라스미드를 확인합니다. 여기에 제시된 경우, pLuc 및 pYFP 벡터로 핵 지방화 신호를 삽입하여 핵 대상 루크와 YFP 구조를 생성합니다. </li><li> 확인배낭 및 YFP는 단일 폴리펩티드에 융합 된 양성 대조군 구조체. 여기에 제시된 경우, YFP 코딩 서열이 pLuc 벡터에 삽입 한 양성 대조군을 생성한다. </li><li> 형질 감염 혼합물에 DNA의 질량을 등화하는 데 사용되는 중간 필러 플라스미드를 선택한다. 더 진핵 생물의 프로모터가없는 플라스미드를 사용하기 때문에 이러한 박테리아 클로닝 벡터와 같은 포유 동물 세포에서 전사적으로 비활성화됩니다. </li></ol> DNA 믹스 2. 준비 <ol><li> 260 nm에서의 흡광도에 기초하여 제 1 절에 설명 된 모든 플라스미드의 농도를 추정 (한 흡광도 유니트는 50 ㎍ / ml의 DNA에 상당). 650 Da 님 염기쌍의 개수를 곱하여 각 플라스미드의 분자량을 결정한다. 각 플라스미드 제제의 몰 농도를 계산하는 농도 및 분자량을 사용한다. 36 ㎚의 농도로 플라스미드 DNA 제제를 희석. 이러한 작업을 보유하고있을 것즉, 형질 감염을위한 DNA 혼합물을 제조하는데 사용될 것이다. </li><li> 물 20 ㎕의 최종 부피 필러 플라스미드 1800 NG 함유 제어 DNA 혼합물을 준비한다. </li><li> pLuc 제어 구조의 5 μl를 포함하는 제어 DNA 믹스를 준비합니다. 1800 NG에 총 DNA의 질량을 가지고 필러 플라스미드를 추가합니다. 20 μL에 최종 볼륨을 가지고 물을 추가합니다. </li><li> pLuc 제어 구조의 5 μL와 pYFP 제어 구조의 5 μl를 포함하는 제어 DNA 믹스를 준비합니다. 1800 NG에 총 DNA의 질량을 가지고 필러 플라스미드를 추가합니다. 20 μL에 최종 볼륨을 가지고 물을 추가합니다. </li><li> 긍정적 인 제어 구조의 5 μl를 포함하는 제어 DNA 믹스를 준비합니다. 1800 NG에 총 DNA의 질량을 가지고 필러 플라스미드를 추가합니다. 20 μL에 최종 볼륨을 가지고 물을 추가합니다. </li><li> 다음 DNA는 관련 pLuc이 구성의 5 μL와 PY의 5 μl를 결합하여 각 DNA 믹스의 경우 관심, X의 단백질의 homodimerization에 대한 테스트를 혼합 준비FP는 구성. 1800 NG에 총 DNA의 질량을 가지고 필러 플라스미드를 추가합니다. 20 μL에 최종 볼륨을 가지고 물을 추가합니다. A) pLuc 제어 및 pYFP-X B) pLuc-X 및 pYFP 제어 C) pLuc-X 및 pYFP-X </li><li> 다음 DNA가 관심의 단백질의 쌍 사이의 상호 작용에 대한 테스트를 믹스 준비, X와 Y는 각각의 DNA 믹스는 관련 pLuc이 구성의 5 μl를 결합하고 pYFP의 5 μL를 구성합니다. 1800 NG에 총 DNA의 질량을 가지고 필러 플라스미드를 추가합니다. 20 μL에 최종 볼륨을 가지고 물을 추가합니다. A) pLuc 제어 및 pYFP-X B) pLuc-X 및 pYFP 제어 C) pLuc 제어 및 pYFP-Y D) pLuc-Y와 pYFP 제어 E) pLuc-X 및 pYFP-Y F) pLuc-Y와 pYFP-X </li></ol> 3. 형질 <ol><li> 수확 75cm 2 플라스크에서 HEK293 세포를 subconfluent. 문화 매체의 13 ML에 전체 세포의 10 %를 희석. 백색의 각 웰에 세포 현탁액 130 μl를 분배클리어는 96 - 웰 조직 배양 접시 바닥. 24 시간 동안 배양 세포. </li><li> (3)에 의해 DNA 혼합물의 수를 곱함으로써 형질 감염 될 웰의​​ 수를 계산한다. 실온까지 무 혈청 배지를 가져온다. 무 혈청 배지의 6.3 μL 잘 당 0.18 μL 형질 전환 시약을 포함하는 마스터 믹스를 준비합니다. 소용돌이로 교반하여 혼합하고 5 분 실온에서 알을 품다. </li><li> 무 혈청 배지 / 형질 전환 시약 마스터 믹스 20 ㎕로 DNA 믹스의 2 μl를 추가하여 형질 믹스를 준비합니다. 없는 소용돌이를 수행합니다. 10 분 동안 실온에서 배양한다. </li><li> 물론 당 형질 믹스의 6.5 μl를 분배 각 형질 믹스 세 우물을 형질. 추가로 36 ~ 48 시간 동안 배양 세포. </li></ol> 브레 신호 4. 측정 <ol><li> 소용돌이로 교반하여 DMSO에 34 ㎎ / ㎖에서 살아있는 세포 루시 페라 제 기판을 녹입니다. </li><li> 기판 희석 매체 (P)에 1:1,000로 재구성 살아있는 세포 루시페라아제 기판 희석37 ° C.에 다시 따뜻하게 50 기판 희석 매체 ㎕의 당을 잘 수 있습니다. 혼합하는 소용돌이. 침전물을 형성 할 수 있지만, 분석을 방해하지 않을 것이다. </li><li> 96 - 웰 플레이트에서 문화 매체를 대기음. 각 웰에 희석 살아있는 세포 루시 페라 제 기판의 50 μl를 분배. 적어도 2 시간 (최대 24 시간) 배양 세포. </li><li> 96 - 웰 플레이트로부터 뚜껑을 제거하고 내부 조도계 실온에서 10 분 동안 플레이트를 배양한다. </li><li> 물론 한 번에 루크와 YFP 하나에서 방출을 측정한다. 이상 470 nm의보다 파장을 차단하는 필터를 사용하여 루크에서 방출을 측정한다. 500-600 nm의 대역 통과 필터를 사용 YFP에서 발광을 측정한다. 10 초 동안 방출 신호를 통합 할 수 있습니다. </li></ol> 5. 데이터 분석 <ol><li> 만 필러 플라스미드를받은 3 우물에서 루크 방출 수치를 평균. 배경 차감-Luc에서 방출 값을 생성하기 위해 다른 모든 배낭 방출 판독 현재 값을 뺀다.</li><li> 만 필러 플라스미드를받은 3 우물에서 YFP 방출 수치를 평균. 배경 차감-YFP 방출 값을 생성하기 위해 다른 모든 YFP 방출 판독 현재 값을 뺀다. </li><li> 각 웰의 경우, 나안 BRET 비율을 수득 배경 차감-Luc에서 방출 값 - 배경 차감 YFP 방출 값을 나눈다. </li><li> 만 pLuc 제어 플라스미드로 형질 된 세 개의 우물에서 수정되지 않은 BRET 비율을 평균. 보정 BRET 비율을 제공하기 위해 모든 다른 나안 BRET 비율 현재 값을 뺀다. </li><li> 보정 BRET 비율의 나머지 세트의 각각에 대해, 최종 BRET 비율을 구하는 세 형질 감염된 웰의 값을 평균. </li></ol>

<ol>
	<li>Suter, B., Kittanakom, S., Stagljar, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-hybrid+technologies+in+proteomics+research.">Two-hybrid technologies in proteomics research.</a> Curr Opin Biotechnol. 19, 316-323 (2008).</li><li>Gingras, A. C., Gstaiger, M., Raught, B., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+protein+complexes+using+mass+spectrometry.">Analysis of protein complexes using mass spectrometry.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 8, 645-654 (2007).</li><li>Berggard, T., Linse, S., James, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+the+detection+and+analysis+of+protein-protein+interactions.">Methods for the detection and analysis of protein-protein interactions.</a> Proteomics. 7, 2833-2842 (2007).</li><li>Ciruela, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence-based+methods+in+the+study+of+protein-protein+interactions+in+living+cells.">Fluorescence-based methods in the study of protein-protein interactions in living cells.</a> Curr Opin Biotechnol. 19, 338-343 (2008).</li><li>Pfleger, K. D., Eidne, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+insights+into+protein-protein+interactions+using+bioluminescence+resonance+energy+transfer.">Illuminating insights into protein-protein interactions using bioluminescence resonance energy transfer.</a> BRET). Nat Methods. 3, 165-174 (2006).</li><li>Boute, N., Jockers, R., Issad, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+resonance+energy+transfer+in+high-throughput+screening.">The use of resonance energy transfer in high-throughput screening.</a> BRET versus FRET. Trends Pharmacol Sci. 23, 351-354 (2002).</li><li>Pfleger, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extended+bioluminescence+resonance+energy+transfer+(eBRET)+for+monitoring+prolonged+protein-protein+interactions+in+live+cells.">Extended bioluminescence resonance energy transfer (eBRET) for monitoring prolonged protein-protein interactions in live cells.</a> Cell Signal. 18, 1664-1670 (2006).</li><li>Kocan, M., Dalrymple, M., Seeber, R., Feldman, B., Pfleger, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+BRET+technology+for+the+monitoring+of+agonist-induced+and+agonist-independent+interactions+between+GPCRs+and+&#946;-arrestins.">Enhanced BRET technology for the monitoring of agonist-induced and agonist-independent interactions between GPCRs and &#946;-arrestins.</a> Frontiers in Endocrinology. 1, (2011).</li><li>Boute, N., Pernet, K., Issad, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+the+activation+state+of+the+insulin+receptor+using+bioluminescence+resonance+energy+transfer.">Monitoring the activation state of the insulin receptor using bioluminescence resonance energy transfer.</a> Mol Pharmacol. 60, 640-645 (2001).</li><li>Perroy, J., Pontier, S., Charest, P. G., Aubry, M., Bouvier, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+monitoring+of+ubiquitination+in+living+cells+by+BRET.">Real-time monitoring of ubiquitination in living cells by BRET.</a> Nat Methods. 1, 203-208 (2004).</li><li>Roduit, R., Escher, P., Schorderet, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+the+DNA-binding+domain+of+NR2E3+affect+in+vivo+dimerization+and+interaction+with+CRX.">Mutations in the DNA-binding domain of NR2E3 affect in vivo dimerization and interaction with CRX.</a> PLoS One. 4, (2009).</li><li>Deriziotis, P., Fisher, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neurogenomics+of+speech+and+language+disorders:+the+road+ahead.">Neurogenomics of speech and language disorders: the road ahead.</a> Genome Biol. 14, 204 (2013).</li><li>Green, M. R., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Molecular Cloning: A Laboratory Manual. , (2012).</li><li>Lai, C. S., Fisher, S. E., Hurst, J. A., Vargha-Khadem, F., Monaco, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+forkhead-domain+gene+is+mutated+in+a+severe+speech+and+language+disorder.">A forkhead-domain gene is mutated in a severe speech and language disorder.</a> Nature. 413, 519-523 (2001).</li><li>Fisher, S. E., Scharff, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FOXP2+as+a+molecular+window+into+speech+and+language.">FOXP2 as a molecular window into speech and language.</a> Trends Genet. 25, 166-177 (2009).</li><li>Graham, S. A., Fisher, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Decoding+the+genetics+of+speech+and+language.">Decoding the genetics of speech and language.</a> Curr Opin Neurobiol. 23, 43-51 (2013).</li><li>O'Roak, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exome+sequencing+in+sporadic+autism+spectrum+disorders+identifies+severe+de+novo+mutations.">Exome sequencing in sporadic autism spectrum disorders identifies severe de novo mutations.</a> Nat Genet. 43, 585-589 (2011).</li><li>Horn, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+FOXP1+deletions+in+three+unrelated+patients+with+mental+retardation+and+significant+speech+and+language+deficits.">Identification of FOXP1 deletions in three unrelated patients with mental retardation and significant speech and language deficits.</a> Hum Mutat. 31, 1851-1860 (2010).</li><li>Hamdan, F. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=De+novo+mutations+in+FOXP1+in+cases+with+intellectual+disability,+autism,+and+language+impairment.">De novo mutations in FOXP1 in cases with intellectual disability, autism, and language impairment.</a> Am J Hum Genet. 87, 671-678 (2010).</li><li>Talkowski, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequencing+chromosomal+abnormalities+reveals+neurodevelopmental+loci+that+confer+risk+across+diagnostic+boundaries.">Sequencing chromosomal abnormalities reveals neurodevelopmental loci that confer risk across diagnostic boundaries.</a> Cell. 149, 525-537 (2012).</li><li>Li, S., Weidenfeld, J., Morrisey, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+and+DNA+binding+activity+of+the+Foxp1/2/4+family+is+modulated+by+heterotypic+and+homotypic+protein+interactions.">Transcriptional and DNA binding activity of the Foxp1/2/4 family is modulated by heterotypic and homotypic protein interactions.</a> Mol Cell Biol. 24, 809-822 (2004).</li><li>MacDermot, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+FOXP2+truncation+as+a+novel+cause+of+developmental+speech+and+language+deficits.">Identification of FOXP2 truncation as a novel cause of developmental speech and language deficits.</a> Am J Hum Genet. 76, 1074-1080 (2005).</li><li>Vernes, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+genetic+analysis+of+mutations+implicated+in+a+human+speech+and+language+disorder.">Functional genetic analysis of mutations implicated in a human speech and language disorder.</a> Hum Mol Genet. 15, 3154-3167 (2006).</li></ol>

저자는 더 경쟁 재정적 이익이 없다는 것을 선언합니다.

융합 단백질 발현 구조물의 설계는 BRET 분석을 설정하는 중요한 단계이다. 여기에 제시된 실험에서, 관심의 단백질은 루시 페라 제 또는 YFP의 C-말단에 융합되었다. 또한 가능하고, 루시퍼 / YFP의 N-말단에 단백질을 융합하기 위해 필요할 수 있습니다. 일부 단백질의 경우, 융합체는 단백질 구조와 기능의 혼란을 피하기 위하여 N-또는 C-말단 중 하나에서 허용 될 수있다. 또한, 막 횡단 단백질있는 N?...

서열은 인간 질환의 분석 고전 링키지 차세대 모두 생물학적 경로의 범위에 관련된 단백질의 임상 적 관련성을 공개한다. 그것은 이전에 이러한 연구에서의 식별에,이 단백질의 생물학적 역할을 거의 또는 전혀 조사가되어 있는지, 자주 경우입니다. 그 단백질의 생물학적 기능을 탐험 시작하는 한 유익한 수단은 생리 학적 맥락에서 상호 작용하는 다른 어떤 단백질을 식별하는 것입니다. 이 방식으로 분자 네트워크를 특성화하는 것은 인간의 표현형의 기초가되는 생물 학적 경로에 대한 통찰력을 제공합니다. 가장 자주 사용되는 대규모 스크리닝은 또한 단백질 후보 상호 작용 파트너를 식별하기위한 접근법 효모이 - 하이브리드 스크리닝 1 및 질량 분석 기반 단백질 체학이있다. 이러한 방법은 잠재적 인 상호 작용하는 단백질을 제안에 매우 성공적으로 될 수 있지만 아칸소 할 수 있습니다거짓 긍정적 인 결과에 취약 전자. 따라서, 효모이 - 하이브리드 또는 질량 분석법 스크리닝에 의해 식별 상호 작용의 확인은 제 기술을 사용하여 상호 작용의 확인을 요구한다. 일반적으로 공동 면역 또는 풀다운 분석은 이러한 목적으로 3에 사용됩니다. 검증에 대한 그러한 기술을 사용하는 한 가지 단점은 특정 단백질 상호 작용을 유지하기 위해 필수적 일 수있다 세포 내 조건을 파괴하는 세포 용해를위한 필요 조건이다. 두 번째 단점은 약하거나 과도 단백질 상호 작용은 세척 단계에서 중단 될 수 있다는 것이다. 또한, 이들 분석법은 중요한 실제적인 시간을 요구를 동시에 처리 할 수​​있는 샘플의 수에 한정되며, 종종 시약 및 프로토콜의 시간 소모적 인 최적화를 필요로한다. 공동 면역 침전 실험과 관련된 문제들을 극복하기 위해, 몇개의 형광 분석법과 biolum 기반으로 개발되어왔다생균에 사용될 수 inescent 단백질. 최초의 분석은 형광 (또는 포스터) 공명 에너지 전달 (FRET), 중복 방출 및 여기 스펙트럼 4 개의 형광 단백질 사이의 에너지의 비 복사 열전달에 근거했다. 에너지 전달의 효율성 따라서 FRET 현상의 관찰은 기증자와 수용체 형광이 가까이에 있어야 강하게 거리에 의존합니다. 및 수용체의 형광 (일반적으로 노란색 형광 단백질, YFP)과의 융합으로 두 번째, 그 두 단백질 사이의 상호 작용을 테스트하기 위해, 하나의 단백질은 기증자 형광 (CFP 일반적으로 시안 형광 단백질)를 융합으로 표현된다. 관심의 두 단백질 사이의 상호 작용은 CFP 기증자에 YFP 수용체의 상대에서 빛의 방출의 측정 증가시킬 것이다, 에너지 전달이 발생하기에 충분히 가까이 기증자와 수용체 형광을 가져올 수 있습니다. FRET는 살아있는 세포 4의 단백질 - 단백질 상호 작용을 검출에 성공했다. 단백질 - 단백질 상호 작용을 검출하는 FRET 사용의 주된 단점은 도너 형광 물질의 여기를위한 외부 조명을위한 필요 조건이다. 발광 신호 수용체의 원치 않는 여자, 기증자와 수용체의 형광 모두의 광표백 높은 배경의 외부 조명 결과. 이러한 효과는 단백질 - 단백질 상호 작용을 검출하기위한 분석의 민감도를 감소시킨다. 외부 조명에서 높은 배경의 문제를 극복 FRET 분석의 수정은 생물 발광 공명 에너지 전달 (브렛) 분석 5,6입니다. 브렛 시스템에서 기증자 형광은 루시 페라 제 효소에 의해 대체된다. 따라서 셉터 형광체의 여기를위한 에너지는 불필요한 외부 조명 렌더링 루시퍼 기판의 산화에 의해 시스템 내에서 생성된다. 대부분의이 분석의 일반적인 구성, 기증자는 레 닐라 루시 페라 제를 레니 포르 미스 및 수용체가 (다른 기증자와 수용체 단백질에 대한 설명 피플 등. 5 참조) YFP입니다. 따라서, 이러한 시스템에서는, 그 단백질은 루시퍼 라제 및 잠재적으로 상호 작용하는 단백질 YFP로, 또는 그 반대에 융합된다. 브렛 분석은 루시 페라 제에 대한 기질로 엘렌 테라를 추가해야합니다. 엘렌 테라 세포 투과성이므로, 생균에 BRET 분석법을 수행하는 것이 가능하다. 그러나, 네이티브 엘렌 테라는 수용액 중에 불안정하고, 엘렌 테라의 효소 독립적 고장 분석이 가능하고, 기판의 농도를 감소시키고, 루시퍼 라제 활성의 측정의 감도를 감소 autoluminescence를 생성 둘. 생균의 BRET의 사용은 수용액 중에서 안정하지만, 세포질 에스 테라 제에 의해 절단되어 보호 coelenterazines의 발달에 의해 촉진되었다세포 내에서 활성 7 엘렌 테라를 생성하는 세포의 막에 걸쳐 확산 이후의. 루시퍼 라제 및 YFP 융합 단백질을 발현하는 세포에 대한 기질을 첨가 한 다음, 단백질 - 단백질 상호 작용으로 인해 발생하는 에너지 전달은 루시퍼 라제 및 YFP로부터 방출 모니터링에 의해 정량화된다. 단백질 상호 작용은 멀티 웰 플레이트의 생균 직접 모니터링 할 수 있기 때문에, BRET 분석은 비용 및 시간 효율적인 추정 적 상호 작용을 검증하기위한 단순하고 확장 가능한 방법을 구성한다. 프로테오믹스 스크리닝 연구에서 확인 된 추정 인터랙 유효성 외에 BRET 시스템은 또한 단백질의 생화학 적 및 구조적 종래 연구에서 발생하는 테스트 후보 인터랙하는데 사용될 수있다. 단백질 - 단백질 상호 작용의 존재는 (BRET 분석법을 사용하여 또는 다른 기술에 의해 어느) 설정되면 BRET 분석은 EMP 되려면 전위있어loyed 더욱 상호 작용을 특성화. 예를 들어, 상호 작용 영역은 단백질의 절단 된 버전을 생성하여 매핑 할 수 있고, 상호 작용의 특정 잔기의 참여는 점 돌연변이를 생성함으로써 입증 될 수있다. 또한, 단백질 - 단백질 상호 작용에 대한 전사 후 수정하거나 (예 : 약물이나 리간드 등) 작은 분자의 조절 성 효과는 8-10를 조사 할 수 있습니다. 브렛 분석은 환자의 DNA에서 확인 된 변이를 조사하는 큰 잠재력이있다. 경우에 돌연변이의 원인이되는 역할은 브렛은 표현형 (11)의 분자 원인에 대해 더 보여줄 수 있습니다 사용하여 단백질 - 단백질 상호 작용에 대한 돌연변이의 효과를 연구, 설립 된 곳. 몇몇 잠재적으로 파괴적인 돌연변이가 RELE가되는 불분명 한 경우에, 개별 내에서 식별 될 차세대 시퀀싱 방법의 출현 때문에, 점점 더 일반적인표현형 12 원하시오. 이 상황에서 브렛 분석은 단백질 기능에 돌연변이의 영향을 평가하는 가치와 장애에 따라서 자신의 관련성을 할 수있다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1333">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:276px;">Nanodrop 8000</td>
			<td style="width:123px;">Nanodrop</td>
			<td style="width:155px;"></td>
			<td style="width:780px;">Any spectrophotometer capable of reading absorbances at 260 nm will be suitable. Determining the molecular mass of the plasmid is crucial for calculating DNA quantities to be used in transfection mixes.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;">96 microwell plates, flat bottom, white</td>
			<td>Greiner Bio One</td>
			<td>655098</td>
			<td style="width:780px;">White plates reduce the crosstalk between wells and maximize the sensitivity of luminescence detection. Clear-bottomed wells allow monitoring of cell density. Plates must be suitable for cell culture. If using a top-reading luminometer the plate lid should be taken off.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:276px;">Infinite F200Pro plate reader with control software</td>
			<td>TECAN</td>
			<td></td>
			<td style="width:780px;">Use the &#39;Blue 1&#39; and &#39;Green 1&#39; filters for luminescence measurement and the filter sets and dichoic mirror for GFP for fluorescence measurement. Any top-reading plate reader with capability of measuring dual-color luminescence and fluorescence is suitable.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pLuc, pYFP, positive control plasmid</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Plasmids available from the authors upon request.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pGEM-3Zf(+)</td>
			<td>Promega</td>
			<td>P2271</td>
			<td>Filler plasmid for equilization of DNA mass in transfection mixes. Any plasmid lacking a eukaryotic promoter would be suitable.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HEK293 cells</td>
			<td>ECACC</td>
			<td>85120602</td>
			<td>Other cell lines that transfect with reasonable efficiency may be suitable.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">DMEM, high glucose, with phenol red</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>41966</td>
			<td style="width:780px;">This is the medium used for culturing HEK293 cells. Warm in 37 &#176;C waterbath before use. If using a different cell line, replace the growth medium described here with cell-line specific medium.</td>
		</tr>
		<tr height="67">
			<td height="67" style="height:67px;">DMEM, high glucose, no phenol red (substrate dilution medium)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>21063</td>
			<td style="width:780px;">This is the substrate dilution medium used for dilution of the luciferase substrate (EnduRen) as it does not contain phenol red, which reduces the sensitivity of the assay. Contains HEPES to maintain correct pH during luminescence measurements while cells are out of the CO2 incubator. Warm in 37 &#176;C waterbath before use.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">OptiMEM</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>31985</td>
			<td style="width:780px;">OptiMEM is used for dilution of GeneJuice transfection reagent. Other serum-free media would also be suitable. Warm to room temperature before use.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fetal bovine serum</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>10270</td>
			<td>For supplementation of cell culture media at a concentration of 10% v/v.</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;">GeneJuice transfection reagent</td>
			<td>Novagen</td>
			<td>70967</td>
			<td style="width:780px;">If using a cell line other than HEK293, it may be necessary to adjust the ratio of Genejuice transfection reagent to DNA in the transfection mixes. Other transfection reagents may be used. If using an alternative transfection reagent, it may be necessary to optimize the amount of DNA used in the transfection mixes based on manufacturer&#39;s instructions.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DMSO</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>D2650</td>
			<td style="width:780px;">Use sterile DMSO that is suitable for tissue culture.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;">EnduRen live-cell substrate</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E6481</td>
			<td style="width:780px;">Reconstitute EnduRen at 34 mg/ml in DMSO. Upon dilution of EnduRen in culture medium a precipitate may form. This will not interfere with the assay. Store reconstituted EnduRen at -20 &#176;C, and avoid multiple freeze-thaw cycles. Ensure that reconstituted EnduRen is completely thawed before diluting it in culture medium.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

investigating protein-protein interactions in live cells using bioluminescence resonance energy transfer

생물 발광 공명 에너지 전달 (BRET)에 기초 분석법은 살아있는 세포에서 단백질 - 단백질 상호 작용을 모니터링하는 민감하고 신뢰할 수있는 수단을 제공한다. 브레 트 &#39;수용체&#39;형광 단백질 &#39;기증자&#39;루시퍼 라제 효소의 에너지의 비 복사 전달합니다. 이 분석의 일반적인 구성에서, 도너는 레 닐라 레니 포르 미스 루시페라아제이고 셉터 옐로우 형광 단백질 (YFP)이다. 에너지 전달의 효율이 강하게 거리 종속적이므로, BRET 현상의 관찰은 도너 및 억 셉터가 가까이에있을 것을 요구한다. 배양 된 포유 동물 세포에 대한 관심의 두 단백질 사이의 상호 작용을 테스트하기 위해, 하나의 단백질은 루시퍼와 YFP와 융합으로 두 번째로 융합으로 표현된다. 관심의 두 단백질 사이의 상호 작용은 기증자 및 에너지 전달이 발생하기에 충분히 가까운 수용체를 가져올 수 있습니다. 단백질 - 단백질을 조사하는 다른 기술에 비해teractions는 브렛 분석이 민감하여, 작은 손에 시간과 몇 가지 시약을 필요로하고, 약한 일시적인, 또는 살아있는 세포 내에서 발견 생화학 적 환경에 따라 달라질 수 있습니다 상호 작용을 검출 할 수있다. 따라서, 효모이 - 하이브리드 또는 질량 분석계 프로테오믹스 연구에 의해 제안 된 추정 적 상호 작용을 확인하기위한 최적의 접근 방법이며, 또한 그것은 단백질 - 단백질 상호 작용에 번역 후 변형의 효과를 평가하는, 맵핑 상호 작용 영역에 적합하고, 환자에서 확인 된 DNA 돌연변이의 영향을 평가.

BRET 분석의 원리는도 2에 도시되어있다. 여기에 제시된 실험 전반에 걸쳐 사용 된 분석 셋업은도 3에 도시된다. 루시퍼 라제-YFP 융합 단백질로 형질 감염된 세포에서 강한 BRET 신호의 검출이 에너지 전달이 관찰 것이 확인 이 실험 장치에서 (그림 4). 우리의 연구는 뇌의 발달에있는 전사 억제 자의 FOXP 가족의 역할에 초점을 맞추고 있습니...

Watch this Scientific Journal Video about Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer at JoVE.com

Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

단백질 사이의 상호 작용은 모든 세포 과정에 기본적이다. 생물 발광 공명 에너지 전달을 사용하여, 단백질의 쌍 사이의 상호 작용이 생균에 실시간으로 모니터링 할 수있다. 또한, 병원성 돌연변이의 효과가 평가 될 수있다.

생물 발광 공명 에너지 전달을 이용하여 살아있는 세포에서 단백질 - 단백질 상호 작용을 조사

Assays based on Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) provide a sensitive and reliable means to monitor protein-protein interactions in live ...

investigating-protein-protein-interactions-live-cells-using

Research

JoVE Journal

Biology

22.8K 조회수.  Max Planck Institute for Psycholinguistics.  단백질 사이의 상호 작용은 모든 세포 과정에 기본적이다. 생물 발광 공명 에너지 전달을 사용하여, 단백질의 쌍 사이의 상호 작용이 생균에 실시간으로 모니터링 할 수있다. 또한, 병원성 돌연변이의 효과가 평가 될 수있다. 

비디오: Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

Microfluidic Co-culture of Epithelial Cells and Bacteria for Investigating Soluble Signal-mediated Interactions

The human gastrointestinal (GI) tract is a unique environment in which intestinal epithelial cells and non-pathogenic (commensal) bacteria coexist. It has been proposed that the microenvironment that the pathogen encounters in the commensal layer is important in determining the extent of colonization. Current culture methods for investigating pathogen colonization are not well suited for investigating this hypothesis as they do not enable co-culture of bacteria and epithelial cells in a manner that mimics the GI tract microenvironment. Here we describe a microfluidic co-culture model that enables independent culture of eukaryotic cells and bacteria, and testing the effect of the commensal microenvironment on pathogen colonization. The co-culture model is demonstrated by developing a commensal Escherichia coli biofilm among HeLa cells, followed by introduction of enterohemorrhagic E. coli (EHEC) into the commensal island, in a sequence that mimics the sequence of events in GI tract infection.

This protocol describes a microfluidic co-culture model for simultaneous and localized culture of epithelial cells and bacteria. This model can be used for investigating the role of different soluble molecular signals on pathogenesis as well as screen the effectiveness of putative probiotic bacterial strains.

Microfluidic 가용성식이 중재 신호의 상호 작용을 조사하는 상피 세포 박테리아의 공동 문화

The human gastrointestinal (GI) tract is a unique environment in which intestinal epithelial cells and non-pathogenic (commensal) bacteria coexist. It has ...

연구

생물학

Investigating Tissue- and Organ-specific Phytochrome Responses using FACS-assisted Cell-type Specific Expression Profiling in Arabidopsis thaliana

Light mediates an array of developmental and adaptive processes throughout the life cycle of a plant. Plants utilize light-absorbing molecules called photoreceptors to sense and adapt to light. The red/far-red light-absorbing phytochrome photoreceptors have been studied extensively. Phytochromes exist as a family of proteins with distinct and overlapping functions in all higher plant systems in which they have been studied1. Phytochrome-mediated light responses, which range from seed germination through flowering and senescence, are often localized to specific plant tissues or organs2. Despite the discovery and elucidation of individual and redundant phytochrome functions through mutational analyses, conclusive reports on distinct sites of photoperception and the molecular mechanisms of localized pools of phytochromes that mediate spatial-specific phytochrome responses are limited. We designed experiments based on the hypotheses that specific sites of phytochrome photoperception regulate tissue- and organ-specific aspects of photomorphogenesis, and that localized phytochrome pools engage distinct subsets of downstream target genes in cell-to-cell signaling. We developed a biochemical approach to selectively reduce functional phytochromes in an organ- or tissue-specific manner within transgenic plants. Our studies are based on a bipartite enhancer-trap approach that results in transactivation of the expression of a gene under control of the Upstream Activation Sequence (UAS) element by the transcriptional activator GAL43. The biliverdin reductase (BVR) gene under the control of the UAS is silently maintained in the absence of GAL4 transactivation in the UAS-BVR parent4. Genetic crosses between a UAS-BVR transgenic line and a GAL4-GFP enhancer trap line result in specific expression of the BVR gene in cells marked by GFP expression4. BVR accumulation in Arabidopsis plants results in phytochrome chromophore deficiency in planta5-7. Thus, transgenic plants that we have produced exhibit GAL4-dependent activation of the BVR gene, resulting in the biochemical inactivation of phytochrome, as well as GAL4-dependent GFP expression. Photobiological and molecular genetic analyses of BVR transgenic lines are yielding insight into tissue- and organ-specific phytochrome-mediated responses that have been associated with corresponding sites of photoperception4, 7, 8. Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) of GFP-positive, enhancer-trap-induced BVR-expressing plant protoplasts coupled with cell-type-specific gene expression profiling through microarray analysis is being used to identify putative downstream target genes involved in mediating spatial-specific phytochrome responses. This research is expanding our understanding of sites of light perception, the mechanisms through which various tissues or organs cooperate in light-regulated plant growth and development, and advancing the molecular dissection of complex phytochrome-mediated cell-to-cell signaling cascades.

Investigating Tissue- and Organ-specific Phytochrome Responses using FACS-assisted Cell-type Specific Expression Profiling in Arabidopsis thaliana

The molecular basis of spatial-specific phytochrome responses is being investigated using transgenic plants that exhibit tissue- and organ-specific phytochrome deficiencies. The isolation of specific cells exhibiting induced phytochrome chromophore depletion by Fluorescence-Activated Cell Sorting followed by microarray analyses is being utilized to identify genes involved in spatial-specific phytochrome responses.

에서 외과를 이용한 셀 타입 특정 표현식 프로파일을 사용하여 조직 및 장기 특정 Phytochrome 응답 조사 Arabidopsis thaliana</em

Light mediates an array of developmental and adaptive processes throughout the life cycle of a plant. Plants utilize light-absorbing molecules called ...

Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) Assay for Protein-Protein Interaction in Onion Cells Using the Helios Gene Gun

Investigation of gene function in diverse organisms relies on knowledge of how the gene products interact with each other in their normal cellular environment. The Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) Assay1 allows researchers to visualize protein-protein interactions in living cells and has become an essential research tool. This assay is based on the facilitated association of two fragments of a fluorescent protein (GFP) that are each fused to a potential interacting protein partner. The interaction of the two protein partners would facilitate the association of the N-terminal and C-terminal fragment of GFP, leading to fluorescence. For plant researchers, onion epidermal cells are an ideal experimental system for conducting the BiFC assay because of the ease in obtaining and preparing onion tissues and the direct visualization of fluorescence with minimal background fluorescence. The Helios Gene Gun (BioRad) is commonly used for bombarding plasmid DNA into onion cells. We demonstrate the use of Helios Gene Gun to introduce plasmid constructs for two interacting Arabidopsis thaliana transcription factors, SEUSS (SEU) and LEUNIG HOMOLOG (LUH)2 and the visualization of their interactions mediated by BiFC in onion epidermal cells.

Bimolecular Fluorescence Complementation BiFC Assay for Protein-Protein Interaction in Onion Cells Using the Helios Gene Gun

This article illustrates how to properly use the BioRad Helios Gene Gun to introduce plasmid DNA into onion epidermal cells and how to test for protein-protein interactions in onion cells based on the principle of Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC)

헬리 우스 진 건을 사용하여 양파 세포에서 단백질 - 단백질 상호 작용에 대한 Bimolecular 형광 Complementation (BiFC) 어세이

Investigation of gene function in diverse organisms relies on knowledge of how the gene products interact with each other in their normal cellular ...

In-vivo Detection of Protein-protein Interactions on Micro-patterned Surfaces

Unraveling the interaction network of molecules in-vivo is key to understanding the mechanisms that regulate cell function and metabolism. A multitude of methodological options for addressing molecular interactions in cells have been developed, but most of these methods suffer from being rather indirect and therefore hardly quantitative. On the contrary, a few high-end quantitative approaches were introduced, which however are difficult to extend to high throughput. To combine high throughput capabilities with the possibility to extract quantitative information, we recently developed a new concept for identifying protein-protein interactions (Schwarzenbacher et al., 2008). Here, we describe a detailed protocol for the design and the construction of this system which allows for analyzing interactions between a fluorophore-labeled protein ("prey") and a membrane protein ("bait") in-vivo. Cells are plated on micropatterned surfaces functionalized with antibodies against the bait exoplasmic domain. Bait-prey interactions are assayed via the redistribution of the fluorescent prey. The method is characterized by high sensitivity down to the level of single molecules, the capability to detect weak interactions, and high throughput capability, making it applicable as screening tool.

In-vivo Detection of Protein-protein Interactions on Micro-patterned Surfaces

This video shows experiments with subsequent analysis of protein-protein interactions by the use of micro-patterned surfaces. The approach offers the possibility to detect protein interactions in living cells and combines high throughput capabilities with the possibility to extract quantitative information.

마이크로 패턴의 표면에 단백질 - 단백질 상호 작용에 - 생체내 감지

Unraveling the interaction network of molecules in-vivo is key to understanding the mechanisms that regulate cell function and metabolism. A multitude of ...

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

Protein-protein interactions are a hallmark of all essential cellular processes. However, many of these interactions are transient, or energetically weak, preventing their identification and analysis through traditional biochemical methods such as co-immunoprecipitation. In this regard, the genetically encodable fluorescent proteins (GFP, RFP, etc.) and their associated overlapping fluorescence spectrum have revolutionized our ability to monitor weak interactions in vivo using F&ouml;rster resonance energy transfer (FRET)1-3. Here, we detail our use of a FRET-based proximity assay for monitoring receptor-receptor interactions on the endothelial cell surface.

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

This protocol describes how to image protein-protein interactions using a FRET-based proximity assay.

이미징 단백질 - 단백질 상호 작용 생체내에</em

Protein-protein interactions are a hallmark of all essential cellular processes. However, many of these interactions are transient, or energetically weak, ...

Real-time Monitoring of Ligand-receptor Interactions with Fluorescence Resonance Energy Transfer

FRET is a process whereby energy is non-radiatively transferred from an excited donor molecule to a ground-state acceptor molecule through long-range dipole-dipole interactions1. In the present sensing assay, we utilize an interesting property of PDA: blue-shift in the UV-Vis electronic absorption spectrum of PDA (Figure 1) after an analyte interacts with receptors attached to PDA2,3,4,7. This shift in the PDA absorption spectrum provides changes in the spectral overlap (J) between PDA (acceptor) and rhodamine (donor) that leads to changes in the FRET efficiency. Thus, the interactions between analyte (ligand) and receptors are detected through FRET between donor fluorophores and PDA. In particular, we show the sensing of a model protein molecule streptavidin. We also demonstrate the covalent-binding of bovine serum albumin (BSA) to the liposome surface with FRET mechanism. These interactions between the bilayer liposomes and protein molecules can be sensed in real-time. The proposed method is a general method for sensing small chemical and large biochemical molecules. Since fluorescence is intrinsically more sensitive than colorimetry, the detection limit of the assay can be in sub-nanomolar range or lower8. Further, PDA can act as a universal acceptor in FRET, which means that multiple sensors can be developed with PDA (acceptor) functionalized with donors and different receptors attached on the surface of PDA liposomes.

We demonstrate FRET between conjugated polymer polydiacetylene (PDA) and fluorophore attached to the surface of PDA liposomes for the sensing of biomolecules. PDA liposomes also contained receptor molecules on their surfaces for biomolecules to be used as probes. Ligand-receptor interactions lead to changes in the FRET efficiency between the fluorophore and PDA which is the basis of the sensing mechanism.

형광 공명 에너지 전송과 리간드 - 수용체 상호 작용의 실시간 모니터링

FRET is a process  whereby energy is non-radiatively transferred from an excited donor molecule to  a ground-state acceptor molecule through long-range ...

Protein-protein Interactions Visualized by Bimolecular Fluorescence Complementation in Tobacco Protoplasts and Leaves

Many proteins interact transiently with other proteins or are integrated into multi-protein complexes to perform their biological function. Bimolecular fluorescence complementation (BiFC) is an in vivo method to monitor such interactions in plant cells. In the presented protocol the investigated candidate proteins are fused to complementary halves of fluorescent proteins and the respective constructs are introduced into plant cells via agrobacterium-mediated transformation. Subsequently, the proteins are transiently expressed in tobacco leaves and the restored fluorescent signals can be detected with a confocal laser scanning microscope in the intact cells. This allows not only visualization of the interaction itself, but also the subcellular localization of the protein complexes can be determined. For this purpose, marker genes containing a fluorescent tag can be coexpressed along with the BiFC constructs, thus visualizing cellular structures such as the endoplasmic reticulum, mitochondria, the Golgi apparatus or the plasma membrane. The fluorescent signal can be monitored either directly in epidermal leaf cells or in single protoplasts, which can be easily isolated from the transformed tobacco leaves. BiFC is ideally suited to study protein-protein interactions in their natural surroundings within the living cell. However, it has to be considered that the expression has to be driven by strong promoters and that the interaction partners are modified due to fusion of the relatively large fluorescence tags, which might interfere with the interaction mechanism. Nevertheless, BiFC is an excellent complementary approach to other commonly applied methods investigating protein-protein interactions, such as coimmunoprecipitation, in vitro pull-down assays or yeast-two-hybrid experiments.

Formation of protein complexes in vivo can be visualized by bimolecular fluorescence complementation. Interaction partners are fused to complementary parts of fluorescent tags and transiently expressed in tobacco leaves, resulting in a reconstituted fluorescent signal upon close proximity of the two proteins.

담배 원형질체 및 잎에 이분자 형광 보완에 의해 시각 단백질 - 단백질 상호 작용

Many proteins interact transiently with other proteins or are integrated into multi-protein complexes to perform their biological function. Bimolecular ...

Probing High-density Functional Protein Microarrays to Detect Protein-protein Interactions

High-density functional protein microarrays containing ~4,200 recombinant yeast proteins are examined for kinase protein-protein interactions using an affinity purified yeast kinase fusion protein containing a V5-epitope tag for read-out. Purified kinase is obtained through culture of a yeast strain optimized for high copy protein production harboring a plasmid containing a Kinase-V5 fusion construct under a GAL inducible promoter. The yeast is grown in restrictive media with a neutral carbon source for 6 hr followed by induction with 2% galactose. Next, the culture is harvested and kinase is purified using standard affinity chromatographic techniques to obtain a highly purified protein kinase for use in the assay. The purified kinase is diluted with kinase buffer to an appropriate range for the assay and the protein microarrays are blocked prior to hybridization with the protein microarray. After the hybridization, the arrays are probed with monoclonal V5 antibody to identify proteins bound by the kinase-V5 protein. Finally, the arrays are scanned using a standard microarray scanner, and data is extracted for downstream informatics analysis1,2 to determine a high confidence set of protein interactions for downstream validation in vivo.

Using protein microarrays containing nearly the entire S. cerevisiae proteome is probed for rapid unbiased interrogation of thousands of protein-protein interactions in parallel. This method can be utilized for protein-small molecule, posttranslational modification, and other assays in high-throughput.

고밀도 기능성 단백질 마이크로 어레이를 프로빙하는 단백질 - 단백질 상호 작용을 검출하기

High-density functional protein microarrays containing ~4,200 recombinant yeast proteins are examined for kinase protein-protein interactions using an ...

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance (SPR)

Protein-protein interactions are pivotal to most, if not all, physiological processes, and understanding the nature of such interactions is a central step in biological research. Surface Plasmon Resonance (SPR) is a sensitive detection technique for label-free study of bio-molecular interactions in real time. In a typical SPR experiment, one component (usually a protein, termed 'ligand') is immobilized onto a sensor chip surface, while the other (the 'analyte') is free in solution and is injected over the surface. Association and dissociation of the analyte from the ligand are measured and plotted in real time on a graph called a sensogram, from which pre-equilibrium and equilibrium data is derived. Being label-free, consuming low amounts of material, and providing pre-equilibrium kinetic data, often makes SPR the method of choice when studying dynamics of protein interactions. However, one has to keep in mind that due to the method's high sensitivity, the data obtained needs to be carefully analyzed, and supported by other biochemical methods. 
SPR is particularly suitable for studying membrane proteins since it consumes small amounts of purified material, and is compatible with lipids and detergents. This protocol describes an SPR experiment characterizing the kinetic properties of the interaction between a membrane protein (an ABC transporter) and a soluble protein (the transporter's cognate substrate binding protein).

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance SPR

Surface Plasmon Resonance (SPR) is a label-free method for detecting bio-molecular interactions in real time. Herein, a protocol for a membrane protein:receptor interaction experiment is described, while discussing the pros and cons of the technique.

막 단백질의 실시간 측정 : 수용체 상호 작용은 표면 플라즈몬 공명 (SPR)

Protein-protein interactions are pivotal to most, if not all, physiological processes, and  understanding the nature of such interactions is a central ...

Identifying Protein-protein Interaction Sites Using Peptide Arrays

Protein-protein interactions mediate most of the processes in the living cell and control homeostasis of the organism. Impaired protein interactions may result in disease, making protein interactions important drug targets. It is thus highly important to understand these interactions at the molecular level. Protein interactions are studied using a variety of techniques ranging from cellular and biochemical assays to quantitative biophysical assays, and these may be performed either with full-length proteins, with protein domains or with peptides. Peptides serve as excellent tools to study protein interactions since peptides can be easily synthesized and allow the focusing on specific interaction sites. Peptide arrays enable the identification of the interaction sites between two proteins as well as screening for peptides that bind the target protein for therapeutic purposes. They also allow high throughput SAR studies. For identification of binding sites, a typical peptide array usually contains partly overlapping 10-20 residues peptides derived from the full sequences of one or more partner proteins of the desired target protein. Screening the array for binding the target protein reveals the binding peptides, corresponding to the binding sites in the partner proteins, in an easy and fast method using only small amount of protein.
In this article we describe a protocol for screening peptide arrays for mapping the interaction sites between a target protein and its partners. The peptide array is designed based on the sequences of the partner proteins taking into account their secondary structures. The arrays used in this protocol were Celluspots arrays prepared by INTAVIS Bioanalytical Instruments. The array is blocked to prevent unspecific binding and then incubated with the studied protein. Detection using an antibody reveals the binding peptides corresponding to the specific interaction sites between the proteins.

Peptide array screening is a high throughput assay for identifying protein-protein interaction sites. This allows mapping multiple interactions of a target protein and can serve as a method for identifying sites for inhibitors that target a protein. Here we describe a protocol for screening and analyzing peptide arrays.

펩타이드 배열을 사용하여 단백질 - 단백질 상호 작용 사이트를 확인

Protein-protein interactions mediate most of the processes in the living cell and control homeostasis of the organism. Impaired protein interactions may ...