이 작품은 연구 (FNRS) C 과학적위한 벨기에 기금 보조금, 이스라엘 과학 재단 예루살렘 FC에 Interuniversity 명소 폴란드 프로그램 - 벨기에 과학 정책 및 &quot;Recherches Concertées 드 Communauté 프랑세즈 드 Belgique - 작업&quot;(에 의해 지원되었다 MM (부여 # 12분의 1,311)에 ISF) 및 NM (부여 # 12분의 1,312)이다.

솔루션의 1 준비 <ol><li> 준비 등장 (600 mOsm) 및 저장성 10 밀리미터의 KCl, 1 mM의 염화칼슘 등을 포함 (500 mOsm) 솔루션 8 M 2 - (N-모르 폴린) -ethanesulphonic 산 (MES), 산도 5.7의 적절한 양의 삼투압을 조절 D-소르비톨 : 등장과 저장성 용액 440 밀리미터 540 밀리미터. osmometer 사용 (목표 값의 3 % 이내) 용액의 삼투압을 확인한다. </li><li> 다음 효소를 포함하는 &#39;효소 믹스&#39;의 건조 재고 준비 : 0.55 g의 셀룰라아제, 0.1 g의 pectolyase, 0.33 g 폴리 비닐 피 롤리 돈 K 30, 0.33 g의 BSA (아래의 표 참조 1) 소용돌이에 의해 건조 분말을 혼합, 5.7 mg을 분취을하고 -20 ° C에 저장합니다. </li></ol> 애기 장대 엽육 원형질체의 2 절연 <ol><li> 약 6 방울과 페트리 접시 (10cm)를 준비 (약합니다. 30 μL 각) 등장 성 용액을. </li><li> 껍질 배축 (하단) 애기 장대 잎의 표피, C다음 솔루션을 만지고 아래로 노출 된 배축면 삭제 등장 솔루션에 사각형을 배치, 약 4 × 4mm 2의 제곱으로 벗겨 잎 유타. </li><li> , 165 μL에 1.5 ㎖의 튜브에 등장액 (/ w w 3.3 %)의 효소 믹스 14.4 mg을 녹이고 용해까지 분간 정도 피펫 팅하여 부드럽게 섞어 같은 배양에서의 효소 용액의 몇몇 유사한 방울을 배치 요리. </li><li> , 28 ° C로 설정 수욕에서 접시를 떠, 파라 필름의 한 라운드로 뚜껑을 밀봉 접시를 닫고 20 분 동안 품어 방울 효소 용액에 잎 조각을 전송합니다. </li><li> 접시에 등장 솔루션보다 몇 방울 (각 효소 용액 드롭 당 2 방울)를 추가합니다. 새로운 등장 솔루션 강하 각 잎 조각을 전송 한 후, 순차적으로, 두 번째 드롭에 (멀리 효소 솔루션을 씻어). , 집게를 사용하여 가장자리로 조각을 들어 올려는 원형질체를 분리합니다 (티백 등) 두 번째 드롭에 흔들.1.5 ML 튜브로 (잘립니다 100 μL 피펫 팁 사용) 원형질체와 방울을 수집합니다. </li></ol> (3) 저장성 도전 분석 : 애기 장대 엽육 세포 붓기 <ol><li> 저장성 용액으로 등장 성 용액 및 다른 열 하나의 열을 작성하여 관류 시스템 (그림 1A)를 준비합니다. 아래쪽 입구 매니 폴드 (도 1b)에 튜브 끝까지 채워 용액 일부 유량 (제 저장성 후 등장 성), 밸브를 개방하자. 더 갇혀있는 기포가 없는지 확인하고 밸브를 닫습니다. </li><li> (, 또한도 1c의 챔버의 개략도를도 1b 참조) 내에서 슬라이드 플렉시 글라스 챔버 용 바닥을 만들기 위해, 실리콘 그리스 (표 1)를 이용하여, 커버 슬립을 봉쇄. 원형질체, 코트 &quot;끈&quot;(그리스 링 내에서 커버 슬립의 위쪽을 향 노출 된 표면을) 챔버 바닥을 만들려면 그또는 폴리-L-라이신 (물 중 0.1 % 표 1) 양의 차지 베어링 프로타민 설페이트 (표 1 물을 1 %)와. 2 분 린스 - 3 - 1 대기, 피펫 팁을 사용하여 커버 슬립을 통해이 &#39;접착제&#39;를 확산 4 회 등장 성 용액으로하고, 나머지 솔루션을 멀리 흔들. </li><li> 등장 성 용액으로 챔버까지 채 웁니다. 이어서, 잘려 피펫 팁을 사용하여, 챔버 함유 용액 원형질체의 방울을 추가하고 3 기다려 - 원형질체가 정착하기위한 4 분. 투명 커버 (그림 1D, 1E)와 챔버 (아래에 공기 방울을 트래핑 방지) 솔루션 표면을 만져을 커버. </li><li> (빠른 속도를 거꾸로 현미경 테이블에 (! 부드럽게) 슬라이드를 놓고 관류 시스템 (튜브!에 공기 방울을 차단할) 펌프에 연결 / 분 1 ML에서 일정 관류의 등장 솔루션 흐름을 켭니다 4 ml / 분)까지 이용 될 수있다. </li><li> 기록을 위해부피 변화는 반전 20X 현미경 대물 렌즈와 PC 컴퓨터에 연결된 CCD 비디오 카메라와 함께 사용된다. 선택한 부동의 원형질체의 60 초 비디오 동영상을 기록 할 수 ImageJ에 소프트웨어의 &#39;CMU 1394 카메라 드라이버&#39;플러그인 (이 두 소프트웨어 조각의 다운로드 주소를 특정 재료의 표 참조)을 사용하여 (아마도 바닥에 붙어있는) 한 이미지 / 초 (1 Hz에서)의 속도로. 등장 성 용액의 15 초 워시 기록 (이 기준을 구성한다)를 시작, 45 초간 저장성 용액으로 전환 (재관류의 개시부터 총 60 초를 완​​료). TIF 형식으로 동영상을 저장합니다. 참고 : 최대 규모의 경계 (그림 2A)에서 모양과 잘 집중 셀 형상 구형 : 다음 기준을 충족 가능한 한 많은 세포로보기 필드를 선택합니다. </li></ol> ImageJ에 사용 셀 볼륨 변경의 4 분석 참고 :를 분석하기 위해팽윤 셀의 이미지의 시리즈는 &#39;이미지 탐색기&#39;를 열고 (자이 Draye가 작성) ImageJ에 소프트웨어 14 &#39;원형질체 분석기&#39;플러그인을 사용합니다. 첫 시점에서 선택 원형질체부터 &#39;원형질체 분석기&#39;플러그인 자동 원형질체 엣지 (윤곽)을 감지하고 (플러그인 아래 PfFit 분석 프로그램과 함께 사용할 수있는) 실험 기간 동안 자신의 지역 시간 코스를 계산할 . <ol><li> ImageJ에를 시작합니다. 그들이 전개로 영화를 열려면 드롭 다운 메뉴에 연속적으로 다음, ImageJ에 패널에 &#39;파일을&#39;클릭 &#39;가져 오기&#39;다음 &#39;이미지 탐색기&#39;. 선택한 동영상을 강조 표시하고 마우스 오른쪽 버튼을 클릭 한 다음 &#39;원형질체 분석기&#39;를 클릭 왼쪽. 실험 기간 동안 크게 움직이지 남아 원형질체를 식별하기 위해 (원형질체 이미지 하단의 슬라이더를 사용하여) 동영상을 검색 - 이러한 분석됩니다. 위로 첫번째 IMA에GE는 마우스를 사용하여, 다음 등장 생 매개 변수 &#39;의 표에&#39;OK &#39;를 클릭 선택 원형질체 (그림 2B) 주위에 (ImageJ에 그리기 도구에서 선택) 원을 그립니다. </li><li> 원형질체 검출 알고리즘을 실행하려면, 드롭 다운 메뉴에서 다음, 원형질체 이미지 상단 패널 &#39;프로세스&#39;를 &#39;지역&#39;을 클릭합니다. 영화 전반에 걸쳐 선택한 원형질체 (그림 2C)의 주위에 녹색 동그라미를 검사합니다. 엑셀 파일의 &#39;결과&#39;를 저장합니다. ImageJ에를 종료합니다. 참고 : 빨간 점이 나타납니다 경우 (나쁜 윤곽에 맞게 표시하기 - 일반적으로 인해 가난한 이미지 대비로)를 다른 매개 변수로 다시 실행. </li><li> 각 셀에 속하는 라인 분리하는 (- 두 개 이상의 셀이 동시에 분석 된 경우 - 분석은 프레임 단위로 수행되므로, 좌우 될 것이다), 엑셀, 셀 번호 열 ( &#39;오브젝트&#39;에 의해 저장된 데이터를 정렬 ). </li><li> dete하려면, P (F)의 실제 값을 획득하기위한 화소 간 μm의 변환율을 rmine 동일 20X 현미경 대물 렌즈를 통해 마이크로 미터 눈금자 이미지 스냅. 통치자의 이미지를 따라 (ImageJ에 그리기 도구에서 선택)은 줄을 드래그하여 ImageJ에 메인 패널의 맨 아래에있는 자 길이 화소 수에 상응를 참조하십시오. 2 μM로 엑셀 파일의 임의의 화소 영역 값을 변환한다. 텍스트 파일로 (각 셀 별도로) (두 개의 숫자 열 만) 지역 시간 코스를 저장합니다. 참고 :이 볼륨 맞는 &#39;PfFit&#39;프로그램에 입력됩니다. </li></ol> 5 ImageJ에와 matlab에 프로그램 P f를 맞추기를 사용하여 실험 상공 회의소에서 삼투압 변화의 속도를 모델링 <ol><li> 등장 성 용액 ( &#39;표시 염료&#39;를 생산하는) 100 ㎖에 2 mg을 크실렌 cyanol (표 1, 아래)를 추가합니다. </li><li> 표시 염료과 비 염색 시간과 (3.1)를 관류 시스템을 준비합니다ypotonic 솔루션입니다. </li><li> 커버 슬립 (전 원형질체와 같이)로 커버하고 현미경 스테이지에 배치하고 부드럽게 표시 염료와 챔버를 작성하여 플렉시 글라스 챔버의 바닥에 실리콘 그리스를 사용하여 커버 슬립을 밀봉합니다. </li><li> 관류 시스템과 펌프에 실을 연결하고 리터의 ml / 분에서 일정한 관류에 대한 표시 염료 흐름을 켭니다. </li><li> 1 Hz에서의 속도로 60 초 동영상을 기록합니다. 표시 염료의 15 초에 녹음을 시작, 45 초 동안 저장성 용액으로 전환합니다. 촬영을 중지합니다. 표시 염료 (최소 30 초)을 세척, 새로운 영화를 시작합니다. 6 회 모든 동영상을 저장 - 5를 반복 </li><li> 변화 투과율의 평균 시간을 구하는 과정 지표 염료 투과율의 비디오 이미지를 분석하는 소프트웨어를 ImageJ에 사용한다. <ol><li> ImageJ에 시작, &#39;파일&#39;, 다음 &#39;열기&#39;를 클릭하고, 동영상을 검색해보세요. 각 영화의 경우, 10 픽셀 폭 넓은 수직 그릴영화의 1 차 이미지의 아무 곳이나 사각형입니다. 다음 드롭 다운 메뉴에서 &#39;잘라 내기&#39;를 클릭, ImageJ에 메인 패널에 &#39;이미지&#39;를 클릭합니다. </li><li> &#39;몽타주 만들기&#39;를 &#39;스택&#39;와 (열 60 행 일) : 그들은 전개로 다시 &#39;이미지&#39;를 클릭, 한 행에 (60 초 동영상) 60 프레임을 정렬하려면, 다음 드롭 다운 메뉴에서 연속적으로 클릭합니다. 어디서나 이미지의 전체 행을 따라 한 픽셀 높은 수평 사각형을 그리고 ImageJ에 메인 패널에서 &#39;분석&#39;을 클릭 한 다음 드롭 다운 메뉴에서 &#39;플롯 프로필&#39;을 클릭합니다. NOTE : (도시 생략) 나타난다 창 A &#39;몽타주 플롯&#39;및 투과율 데이터의 목록은 메뉴에서 개방 될 수있다. 영화의 각각의 이미지가 자사의 10 픽셀 폭 넓은 사각형 결과적으로 &quot;타임베이스&quot;에서 발생하는 열 투과율 값을 기준으로이 목록에 표시됩니다 (이미지 일련 번호)는 10 배 이상이다. </li><li> 투과율 DAT의 목록을 복사Excel 파일에 (영화 당 하나의 목록). 표시 염료 홍조의 여러 영화에서 얻은 투과율 시간 코스 평균값. 0.1 이미지 일련 번호를 곱하여 실시간베이스를 생성합니다. 텍스트 파일에 평균화 시간 코스 (두 열)을 저장한다. NOTE : 평균화하기 전에, 필요한 경우, 임의의 요철을 거부, 개별 시간 과정을 플롯. 동영상이 표시 염료의 정상 상태 투과율의 적어도 5 초 최종 포함되어 있는지 확인합니다. </li></ol></li><li> 삼투압 시간 코스의 다양한 매개 변수를 계산하기 위해 matlab에 피팅 프로그램 P f를 맞춤 ( &#39;표시 맞추기&#39;패널, 그림 3)를 시작합니다. NOTE : 욕 용액의 공지 된 초기 및 최종 농도에 기초하여, 상기 용액의 변화 삼투압 농도의 타임 코스를 가정하면, (인디케이터 염료 투과율부터 차례로 계산) 농도의 시간 경과로부터 계산된다 같은 역학을 따른다염료 농도. P F 맞춤 무료로 사용할 수있는 프로그램입니다. P f를 맞춤 프로그램을 사용자에게 익숙하게하는 데 도움이 보충 파일로 정돈를 통해 액세스에 대한 자세한 설명과 정의와 P f를 맞춤 사용 설명서 &#39;:&#39;PfFit_Installer_web.exe은 &#39;에서 다운로드 할 수 있습니다. </li><li> &#39;표시 맞추기&#39;패널에서 표시 염료 투과율 ( &#39;표시 데이터 파일&#39;도 3A)의 평균 시간 코스의 데이터를 가져 수동으로 현재 실험 매개 변수와 매개 변수 &#39;폭&#39;과 &#39;의 초기 추측을 삽입 t_half 표시 염료 농도의 시간 과정의 플롯 (실제 데이터와 맞는 그림 4A)를 볼 실행 &#39;&#39;표시 염료 농도 (그림 3B의 시간 과정을 설명. 클릭 &#39;, 그리고 모델 (계산) 목욕 삼투압 (그림 4B) 참고 :. AG데이터 OOD 착용감이 필수적이다 (추천 :도 3에 도시 된 숫자로 시작). </li></ol> 6 matlab에 피팅 프로그램 P f를 맞추기를 사용하여 P f를 결정 주 : 사실과 완벽 osmometer 11 같은 원형질체의 동작에 관한 기본적인 가정 사항에 더하여, P (F)의 판정이 P의 f는 P (F)의이 역학 시간을 기초 것을 시간에 따라 변경 될 수 있다는 가정에 달려 세포 부피 변화의 과정과 그 세 파라미터를 설명하는 데 충분하다 : P 좋 (P (F)의 초기치), 경사 PF (P (F)의 선형의 변화율)과 지연 (욕의 개시로부터 기간 세포 부피 변화의 시작까지 삼투압 변화). 다른 모델은 null 값 (11)을 포함하여 다른 이들 매개 변수의 조합 및 해당 값을 포함하여, 테스트 할 수 있습니다. P <suB&gt; 맞추기 수득 이러한 파라미터의 최적의 조합을 검색 f를 - 계산에 의해 - 셀 부피 변화 (11), 계산의 실험 시간 코스의 가장 충실하게 재현, 차례로, 셀 형상 영역의 임포트 시리즈에서 (참고 또한 보충 &#39;P f를 맞춤 사용 설명서&#39;). <ol><li> &#39;볼륨 맞추기&#39;패널 (그림 5)로 전환합니다. 임포트 영역 데이터 파일 (분석 원형질체,도 5a의 &#39;영역&#39;의 시간 경과와 함께 텍스트 파일)을 선택한다. 매개 변수 소스로 &#39;마지막 표시 피팅&#39;을 선택합니다 (그림 5B, 대안은 &#39;P f를 맞춤 사용 설명서&#39;를 참조). 참고 :이 매개 변수 (그림 5D)는 다음 절차를 피팅 된 볼륨에 대한 욕 농도의 삼투압 변화를 다시 생성하는 데 사용됩니다. </li><li> &#39;볼륨 맞추기&#39;패널 (그림 5C)에서 초기화 (에 대한 초기 추측) P의 F 매개 변수를 입력 : P의 F, 경사 PF 및 지연 (추천 : 모델 &#39;클래스&#39;를 선택했다 각각 1, 1, 30,)로 시작 (추천 : II와 마르크로 시작 세 가지 매개 변수에 대한 &#39;검사&#39;)가 장착된다. 다음 중간 그림 (그림 5E)를 안구하고 필요한 경우 지연 매개 변수와 레코드의 길이를 조절, &#39;실행&#39;을 클릭합니다. </li><li> 맞는 품질을 평가하고 적합 오류를 기록하는 결과 그래프 (그림 6)를 검사합니다. 약간의 각을 접어 초기화 매개 변수를 변경하고 &#39;- &#39;Run를 다시. 참고 : 프로그램이 걸리면 때 낙심하지 마십시오 - 그냥 프로그램을 다시 시작! </li><li> 맞는 오류의 가장 낮은 값을 목표로, 초기화 매개 변수의 서로 다른 조합을 시작으로이 절차를 여러 번 반복합니다. </li><li> 화면에서 직접 맞는 결과 목록을 복사 또는 t에서 찾을그는 &#39;_FIT_Vol_Results.txt&#39;파일을 생성 PfFit. </li></ol>

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We have nothing to disclose.

여기서 설명하는 다른 세포에 구면도 원칙적으로 적용 절연 식물 원형질체의 P f를, 예를 들면., 개구리 난 모세포 (11)를 측정하기위한 간단하고 매우 효율적인 절차이다. 이 방법은 세포에 침투 챌린지에 응답하여 상기 P F의 측정에 기초한다. 이러한 접근 방식에 기초하여 상기 다른 방법과는 대조적으로, 그러나, 삼투압의 해법의 변화, 즉, 기저 세포 부피가...

세포막에 걸쳐 물 흡수와 흐름은 셀룰러 및 전체 공장 수준 모두에서 식물의 존재에 대한 기본적인 요구 사항입니다. 세포 수준에서, 아쿠아 포린 (AQPs)는 세포막 1-3의 삼투 투수 계수 (P의 F)의 조절에 중요한 역할을한다. 지금까지 여러 가지 방법으로 다른 식물 기관에서 원형질체의 내생 P f를 측정에 사용되어왔다 (즉 뿌리, 엽육, endodermis 등., 쇼몽 등. 4 검토). P f를 측정하는 방법 중 하나는 삼투 도전 원형질체을 노출하고 그 부피 변화의 초기 속도를 모니터링 할 수있다 (예., 체적 변화의 초기 선형 단계의 기울기). 두 가지 방법은 이전에 용액의 순간 과거에이 방법에 기초하여 설명 모두 기초 하였다. 첫 번째는 immobiliz 구성마이크로 피펫으로 흡입 원형질체를 보내고 용액 흐름 5 및 6 마이크로 피펫을 사용하여 다른 하나의 용액으로부터 원형질체를 전송하는 두 번째 스위칭. 빠른 용액 교환 매우 시작에서 화상 획득을 허용 한 마이크로 피펫 흡입 및 마이크로 피펫 전사 방법은, 가능성 원형질체에 대한 물리적 스트레스를 수반, (부피 변화의 초기 선형 위상을 포착하기 위해) 및 특수 장비 및 전문가 미세 조작을 필요로한다. 여기서 설명한 방법은 더 미세 조작을 수반하지 않고 목욕 관류 순시 없을 때 P (F)의 유도를 허용하는, 세포에 교란을 최소화한다. 효소 분해 한 후, 등장 성 용액에 잠긴 원형질체는, 전하의 상호 작용에 의해 coverslip에 유리 플렉시 글라스의 바닥 (일명 플라스틱 유리 또는 방풍) 챔버에 고정된다. 그리고, 일정 기간 동안 관류 목욕,등장 성 용액은 원형질체에 hypoosmotic 도전을 생성하는 저장성 용액에 의해 멀리 플러시됩니다. 원형질체의 팽윤 비디오 기록하고, 목욕 관류의 시간 과정 및 세포 종창의 시간 경과에 대한 정보를 조합하여, P의 F는 화상 처리 및 커브 피팅 절차에 의해 결정된다. 이 방법의 장점은, 실험이 매우 효율적임을 아르는 단일 분석에서 동시에 몇 개의 셀을 모니터하는 것이 가능하고, 특별한 장비 나 특별한 기술이 미세 조작을 필요로하지 않는다는 것을, 즉. 이 방법에 대한 몇 가지 응용이 가능하다. 예를 들면, 엽육 같은 다른 조직 및 식물의 세포의 다양한 네이티브 P (F)의 결정 및 아라비돕시스 잎 07 옥수수 잎 엽육 또는 루트 피질 세포 8-10 또는 현탁 배양 세포 (11, 12)에서 시쓰 세포 번들. additi에서에, 이러한 난자 전지 (11)로서 구형 동물 세포의 P의 F를 결정하는 것이 가능하다. P의 F 기여도의 판정과, 또 다른 예는 원형질체 (예 네이즈의 유전자 또는 다른 유전자에 영향을 미칠 수있는 그들)에서의 유전자의 일시적 발현으로 AQP 활성의 시험을 포함한다; 이 PEG 변환 및 결정 SlTIP2하여 애기 장대 엽육 ​​원형질체의, 예, 토마토 AQP SlTIP2의 표현 (13) f를 P를 2 관련. 마지막으로, (등 약물, 호르몬,) 다른 분자 / 물질 P의 F에 미치는 영향의 검토도 AQP 차단제 HgCl 2 (7)의 예를 들면, 검사 할 수있는 솔루션에 추가됩니다. 다음 프로토콜은 애기 장대 엽육 ​​세포와 그들의 P (F)의 결정의 원형질체의 분리에 대해 설명합니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr height="48">
			<td height="48" style="height:48px;width:288px;">KCl</td>
			<td style="width:140px;">Chem-Impex International</td>
			<td style="width:159px;">01247-1</td>
			<td style="width:516px;"><a href="http://www.chemimpex.com/">http://www.chemimpex.com</a> 
			Any source, anal. grade</td>
		</tr>
		<tr height="26">
			<td height="26" style="height:26px;width:288px;">CaCl2</td>
			<td style="width:140px;">Merck</td>
			<td style="width:159px;">11718006</td>
			<td><a href="http://www.merck.com/">http://www.merck.com</a> 
			Any source, anal. grade</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:288px;">2-(N-morpholine)-ethanesulphonic acid (MES)</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:159px;">15152002</td>
			<td>http://www.sigmaaldrich.com 
			Any source, anal. grade</td>
		</tr>
		<tr height="34">
			<td height="34" style="height:34px;width:288px;">D-Sorbitol</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:159px;">18032003</td>
			<td>http://www.sigmaaldrich.com 
			Any source, anal. grade</td>
		</tr>
		<tr height="54">
			<td height="54" style="height:54px;width:288px;">Cellulase</td>
			<td style="width:140px;">Worthington, Lakewood, NJ, USA</td>
			<td style="width:159px;">LS002603</td>
			<td><a href="http://www.worthingtonbiochem.com/">http://www.worthingtonbiochem.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="49">
			<td height="49" style="height:49px;width:288px;">Pectolyase</td>
			<td style="width:140px;">Karlan,&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; Phonix, AZ, USA</td>
			<td style="width:159px;">8006</td>
			<td><a href="http://www.karlan.com/">http://www.karlan.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="36">
			<td height="36" style="height:36px;width:288px;">Polyvinyl-pyrrolidone K 30 (PVP)</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:159px;">81420</td>
			<td>http://www.sigmaaldrich.com</td>
		</tr>
		<tr height="33">
			<td height="33" style="height:33px;width:288px;"><a href="https://my.labguru.com/catalog/materials/216">Bovine Serum Albumin (BSA)</a></td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:159px;">A9418-5G</td>
			<td><a href="http://www.sigmaaldrich.com/">http://www.sigmaaldrich.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:288px;">Protamine sulphate</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:159px;">P4380</td>
			<td>http://www.sigmaaldrich.com</td>
		</tr>
		<tr height="30">
			<td height="30" style="height:30px;width:288px;">Poly-L-Lysine</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:159px;">P8920</td>
			<td>http://www.sigmaaldrich.com</td>
		</tr>
		<tr height="30">
			<td height="30" style="height:30px;width:288px;">Xylene cyanol</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:159px;">X4126</td>
			<td>http://www.sigmaaldrich.com</td>
		</tr>
		<tr height="30">
			<td height="30" style="height:30px;width:288px;">Silicone vacuum grease heavy</td>
			<td style="width:140px;">Merck</td>
			<td style="width:159px;">107921</td>
			<td><a href="https://merck-chemicals.co.id/chemicals/silicone-high-vacuum-grease-heavy/MDA_CHEM-107921/p_LMib.s1Oxr4AAAEvXHg49in.?SecurePage=true&amp;SEO_ErrorPageOccurred=true&amp;attachments=CoA">https://merck-chemicals.co.id/chemicals/silicone-high-vacuum-grease-heavy/MDA_CHEM-107921/p_LMib.s1Oxr4AAAEvXHg49in.?SecurePage=true&#38;SEO_ErrorPageOccurred=true&#38;attachments=CoA</a></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;">Inverted microscope&#160;</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>Eclipse TS100/TS100F</td>
			<td><a href="http://www.nikoninstruments.com/">http://www.nikoninstruments.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="30">
			<td height="30" style="height:30px;">Peristaltic pump</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td style="width:159px;">EP-1 Econo&#160;Pump</td>
			<td><a href="http://www.bio-rad.com/">http://www.bio-rad.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="31">
			<td height="31" style="height:31px;">Grayscale digital camera</td>
			<td>Scion Corporation</td>
			<td style="width:159px;">CFW-1308M</td>
			<td><a href="http://www.scioncorp.com/">http://www.scioncorp.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">CMU 1394 Camera Driver&#8217; plugin for ImageJ</td>
			<td style="width:140px;">Carnegie Mellon</td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.cs.cmu.edu/~iwan/1394/download.html">http://www.cs.cmu.edu/~iwan/1394/download.html</a> 
			Free software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ImageJ</td>
			<td style="width:140px;">NIH</td>
			<td></td>
			<td><a href="http://rsb.info.nih.gov/ij/">http://rsb.info.nih.gov/ij/</a> 
			Free software</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Econo Gradient Pump Fittings Kit</td>
			<td style="width:140px;">BIO-RAD</td>
			<td style="width:159px;">731-9006</td>
			<td><a href="http://www.bio-rad.com/">http://www.bio-rad.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Connectors, manifold</td>
			<td style="width:140px;">DirectMed</td>
			<td></td>
			<td><a href="http://directmed.com/main/Plastic-Medical-Tubing-Connectors.html?ACTION=S">http://directmed.com/main/Plastic-Medical-Tubing-Connectors.html?ACTION=S</a></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Burette infusion sets (columns)</td>
			<td style="width:140px;">Welford</td>
			<td style="width:159px;">IF-BR-001</td>
			<td>http://www.welfordmedical.com/content.php?id=61</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Tubing</td>
			<td style="width:140px;">TYGON</td>
			<td style="width:159px;">R-3603</td>
			<td><a href="http://www.usplastic.com/">http://www.usplastic.com</a></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Plexiglass slide etc.</td>
			<td style="width:140px;">Perspectiv</td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.perspectiv.co.il/index-en.html">http://www.perspectiv.co.il/index-en.html</a> 
			Our slide was custom-made, it does not appear on the web site but a copy can be remade to order as &#39;a copy of the slide already made for M. Moshelion&#39;.</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">3M packaging Scotch tape 1&#39;&#39;, clear</td>
			<td style="width:140px;">Viking Industrial, UK</td>
			<td style="width:159px;">VKMONO25</td>
			<td><a href="http://www.vikingtapes.co.uk/c-428-vkmono-mono-filament-tape.aspx#.UuvqOftdy_8">http://www.vikingtapes.co.uk/c-428-vkmono-mono-filament-tape.aspx#.UuvqOftdy_8</a> 
			any clear adhesive tape (sellotape, etc.) is likely to be OK</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

measuring the osmotic water permeability coefficient (pf) of spherical cells: isolated plant protoplasts as an example

AQP 규제 메커니즘을 공부하는 것은 세포 및 전체 공장 수준 모두에서 물 관계의 이해에 매우 중요합니다. 삼투 투수 계수 식물 원형질체에서 (P에 F), 예컨대 개구리 난 모세포와 같은 다른 세포 구형도 원칙의 적용을위한 판단이 매우 간단하고 효율적인 방법이 여기에서 제시 하였다. 분석의 첫 번째 단계는 적절한 등장 성 용액 챔버로 효소 분해에 의해 관심의 식물 조직으로부터 원형질체의 분리이다. 두 번째 단계는 삼투 도전 세이로 구성 챔버의 바닥면에 고정화 된 원형질체는 저장성 용액하여 등장액으로 일정한 관류 시작하고 그 다음에 제출된다. 세포 부종 비디오 기록이다. 세 번째 단계에서, 이미지는 부피 변화를 수득 오프라인 처리되어 부피 변화의 시간 코스는 osmola의 변화의 시간 경과와 상관챔버 관류 매체의 RITY, P의 F를 산출하기 위해, matlab에 ( &#39;PfFit&#39;)로 작성된 커브 피팅 절차를 사용하여.

다른 AQPs의 활성을 P의 F를 결정하고, 비교하기 위하여, 애기 장대 잎의 엽육 원형질체가 사용된다. 이 원형질체 낮은 기저 (배경)의 P F 레벨 7을 갖는 것으로하고, 재현성 P f를 측정 가능하도록 기능적 발현 시스템이 될 수있다. 육주 애기 공장에서 성숙한 잎에서 원형질체는 고립 된 세 유전자는 애기 장대에서 AQP 유전자를 구축 (AtPIP2 1)과<...

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Measuring the Osmotic Water Permeability Coefficient Pf of Spherical Cells: Isolated Plant Protoplasts as an Example

세포의 삼투 투수 계수 (P의 F)를 측정하는 것은 아쿠아 포린의 규제 메커니즘 (AQPs)를 이해하는 데 도움이 될 수 있습니다. 여기에 제시된 구면 식물 세포 원형질체에서 P F 형 결정은 원형질체 분리 욕조와 일정한 관류 동안 삼투 도전 결과로서 부피 변화의 초기 레이트의 수치 분석을 포함한다.

삼투 물 투수 계수 (P 측정<sub&gt; F</sub&gt;) 구형 세포 : 예를 들어 식물 절연 원형질체

Studying AQP regulation mechanisms is crucial for the understanding of water relations at both the cellular and the whole plant levels. Presented here is ...

measuring-osmotic-water-permeability-coefficient-pf-spherical-cells

Research

JoVE Journal

Biology

Measuring the Osmotic Water Permeability Coefficient (Pf) of Spherical Cells: Isolated Plant Protoplasts as an Example

16.0K 조회수.  The Hebrew University of Jerusalem.  세포의 삼투 투수 계수 (P의 F)를 측정하는 것은 아쿠아 포린의 규제 메커니즘 (AQPs)를 이해하는 데 도움이 될 수 있습니다. 여기에 제시된 구면 식물 세포 원형질체에서 P F 형 결정은 원형질체 분리 욕조와 일정한 관류 동안 삼투 도전 결과로서 부피 변화의 초기 레이트의 수치 분석을 포함한다. 

비디오: Measuring the Osmotic Water Permeability Coefficient Pf of Spherical Cells: Isolated Plant Protoplasts as an Example

Fluorescence Activated Cell Sorting of Plant Protoplasts

High-resolution, cell type-specific analysis of gene expression greatly enhances understanding of developmental regulation and responses to environmental stimuli in any multicellular organism. In situ hybridization and reporter gene visualization can to a limited extent be used to this end but for high resolution quantitative RT-PCR or high-throughput transcriptome-wide analysis the isolation of RNA from particular cell types is requisite. Cellular dissociation of tissue expressing a fluorescent protein marker in a specific cell type and subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) makes it possible to collect sufficient amounts of material for RNA extraction, cDNA synthesis/amplification and microarray analysis.
An extensive set of cell type-specific fluorescent reporter lines is available to the plant research community. In this case, two marker lines of the Arabidopsis thaliana root are used: PSCR::GFP (endodermis and quiescent center) and PWOX5::GFP (quiescent center). Large numbers (thousands) of seedlings are grown hydroponically or on agar plates and harvested to obtain enough root material for further analysis. Cellular dissociation of plant material is achieved by enzymatic digestion of the cell wall. This procedure makes use of high osmolarity-induced plasmolysis and commercially available cellulases, pectinases and hemicellulases to release protoplasts into solution.
FACS of GFP-positive cells makes use of the visualization of the green versus the red emission spectra of protoplasts excited by a 488 nm laser. GFP-positive protoplasts can be distinguished by their increased ratio of green to red emission. Protoplasts are typically sorted directly into RNA extraction buffer and stored for further processing at a later time.
This technique is revealed to be straightforward and practicable. Furthermore, it is shown that it can be used without difficulty to isolate sufficient numbers of cells for transcriptome analysis, even for very scarce cell types (e.g. quiescent center cells). Lastly, a growth setup for Arabidopsis seedlings is demonstrated that enables uncomplicated treatment of the plants prior to cell sorting (e.g. for the cell type-specific analysis of biotic or abiotic stress responses). Potential supplementary uses for FACS of plant protoplasts are discussed.

A method for isolating specific cell types from plant material is demonstrated. This technique employs transgenic marker lines expressing fluorescent proteins in particular cell types, cellular dissociation and Fluorescence Activated Cell Sorting. Additionally, a growth setup is established here that facilitates treatment of Arabidopsis thaliana seedlings prior to cell sorting.

식물 Protoplasts의 형광 활성 세포 정렬

High-resolution, cell type-specific analysis of gene expression greatly enhances understanding of developmental regulation and responses to environmental ...

연구

생물학

Measuring the Bending Stiffness of Bacterial Cells Using an Optical Trap

We developed a protocol to measure the bending rigidity of filamentous rod-shaped bacteria. Forces are applied with an optical trap, a microscopic three-dimensional spring made of light that is formed when a high-intensity laser beam is focused to a very small spot by a microscope's objective lens. To bend a cell, we first bind live bacteria to a chemically-treated coverslip. As these cells grow, the middle of the cells remains bound to the coverslip but the growing ends are free of this restraint. By inducing filamentous growth with the drug cephalexin, we are able to identify cells in which one end of the cell was stuck to the surface while the other end remained unattached and susceptible to bending forces. A bending force is then applied with an optical trap by binding a polylysine-coated bead to the tip of a growing cell. Both the force and the displacement of the bead are recorded and the bending stiffness of the cell is the slope of this relationship.

We present a protocol for bending filamentous bacterial cells attached to a cover-slip surface with an optical trap to measure the cellular bending stiffness.

광학 트랩을 사용하여 박테리아 세포의 굽힘 강성을 측정

We developed a protocol to measure the bending rigidity of filamentous rod-shaped bacteria. Forces are applied with an optical trap, a microscopic ...

Measuring the Kinetics of mRNA Transcription in Single Living Cells

The transcriptional activity of RNA polymerase II (Pol II) is a dynamic process and therefore measuring the kinetics of the transcriptional process in vivo is of importance. Pol II kinetics have been measured using biochemical or molecular methods.1-3 In recent years, with the development of new visualization methods, it has become possible to follow transcription as it occurs in real time in single living cells.4 Herein we describe how to perform analysis of Pol II elongation kinetics on a specific gene in living cells.5, 6 Using a cell line in which a specific gene locus (DNA), its mRNA product, and the final protein product can be fluorescently labeled and visualized in vivo, it is possible to detect the actual transcription of mRNAs on the gene of interest.7, 8 The mRNA is fluorescently tagged using the MS2 system for tagging mRNAs in vivo, where the 3'UTR of the mRNA transcripts contain 24 MS2 stem-loop repeats, which provide highly specific binding sites for the YFP-MS2 coat protein that labels the mRNA as it is transcribed.9 To monitor the kinetics of transcription we use the Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) method. By photobleaching the YFP-MS2-tagged nascent transcripts at the site of transcription and then following the recovery of this signal over time, we obtain the synthesis rate of the newly made mRNAs.5 In other words, YFP-MS2 fluorescence recovery reflects the generation of new MS2 stem-loops in the nascent transcripts and their binding by fluorescent free YFP-MS2 molecules entering from the surrounding nucleoplasm. The FRAP recovery curves are then analyzed using mathematical mechanistic models formalized by a series of differential equations, in order to retrieve the kinetic time parameters of transcription.

RNA polymerase II transcriptional kinetics are measured on specific genes in living cells. mRNAs transcribed from the gene of interest are fluorescently tagged and using Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) the in vivo kinetics of transcriptional elongation are obtained.

싱글 생활 세포에서 mRNA의 전사의 속도론을 측정

The transcriptional activity of RNA polymerase II (Pol II) is a dynamic process and therefore measuring the kinetics of the transcriptional process in ...

Characterizing Herbivore Resistance Mechanisms: Spittlebugs on Brachiaria spp. as an Example

Plants can resist herbivore damage through three broad mechanisms: antixenosis, antibiosis and tolerance1. Antixenosis is the degree to which the plant is avoided when the herbivore is able to select other plants2. Antibiosis is the degree to which the plant affects the fitness of the herbivore feeding on it1.Tolerance is the degree to which the plant can withstand or repair damage caused by the herbivore, without compromising the herbivore's growth and reproduction1. The durability of herbivore resistance in an agricultural setting depends to a great extent on the resistance mechanism favored during crop breeding efforts3.
We demonstrate a no-choice experiment designed to estimate the relative contributions of antibiosis and tolerance to spittlebug resistance in Brachiaria spp. Several species of African grasses of the genus Brachiaria are valuable forage and pasture plants in the Neotropics, but they can be severely challenged by several native species of spittlebugs (Hemiptera: Cercopidae)4.To assess their resistance to spittlebugs, plants are vegetatively-propagated by stem cuttings and allowed to grow for approximately one month, allowing the growth of superficial roots on which spittlebugs can feed. At that point, each test plant is individually challenged with six spittlebug eggs near hatching. Infestations are allowed to progress for one month before evaluating plant damage and insect survival. Scoring plant damage provides an estimate of tolerance while scoring insect survival provides an estimate of antibiosis. This protocol has facilitated our plant breeding objective to enhance spittlebug resistance in commercial brachiariagrases5.

Characterizing Herbivore Resistance Mechanisms: Spittlebugs on Brachiaria spp. as an Example

This video explains mechanisms of host plant resistance to herbivory and demonstrates a no-choice test that estimates the relative contributions of antibiosis and tolerance to spittlebug resistance in Brachiaria spp.

특성화 Herbivore 저항 메커니즘 : Spittlebugs에 Brachiaria 종. 예로

Plants can resist herbivore damage through three broad mechanisms: antixenosis, antibiosis and tolerance1. Antixenosis is the degree to which the plant is ...

Electroantennographic Bioassay as a Screening Tool for Host Plant Volatiles

Plant volatiles play an important role in plant-insect interactions. Herbivorous insects use plant volatiles, known as kairomones, to locate their host plant.1,2 When a host plant is an important agronomic commodity feeding damage by insect pests can inflict serious economic losses to growers. Accordingly, kairomones can be used as attractants to lure or confuse these insects and, thus, offer an environmentally friendly alternative to pesticides for insect control.3 Unfortunately, plants can emit a vast number volatiles with varying compositions and ratios of emissions dependent upon the phenology of the commodity or the time of day. This makes identification of biologically active components or blends of volatile components an arduous process. To help identify the bioactive components of host plant volatile emissions we employ the laboratory-based screening bioassay electroantennography (EAG). EAG is an effective tool to evaluate and record electrophysiologically the olfactory responses of an insect via their antennal receptors. The EAG screening process can help reduce the number of volatiles tested to identify promising bioactive components. However, EAG bioassays only provide information about activation of receptors. It does not provide information about the type of insect behavior the compound elicits; which could be as an attractant, repellent or other type of behavioral response. Volatiles eliciting a significant response by EAG, relative to an appropriate positive control, are typically taken on to further testing of behavioral responses of the insect pest. The experimental design presented will detail the methodology employed to screen almond-based host plant volatiles4,5 by measurement of the electrophysiological antennal responses of an adult insect pest navel orangeworm (Amyelois transitella) to single components and simple blends of components via EAG bioassay. The method utilizes two excised antennae placed across a "fork" electrode holder. The protocol demonstrated here presents a rapid, high-throughput standardized method for screening volatiles. Each volatile is at a set, constant amount as to standardize the stimulus level and thus allow antennal responses to be indicative of the relative chemoreceptivity. The negative control helps eliminate the electrophysiological response to both residual solvent and mechanical force of the puff. The positive control (in this instance acetophenone) is a single compound that has elicited a consistent response from male and female navel orangeworm (NOW) moth. An additional semiochemical standard that provides consistent response and is used for bioassay studies with the male NOW moth is (Z,Z)-11,13-hexdecadienal, an aldehyde component from the female-produced sex pheromone.6-8

A method to rapidly screen host plant volatiles by measurement of the electrophysiological response of adult navel orangeworm (Amyelois transitella) antennae to single components and blends via electroantennographic analysis is demonstrated.

호스트 식물 휘발성 물질에 대한 선별 도구로 Electroantennographic Bioassay

Plant volatiles play an important role in plant-insect interactions. Herbivorous insects use plant volatiles, known as kairomones, to locate their host ...

Multi-parameter Measurement of the Permeability Transition Pore Opening in Isolated Mouse Heart Mitochondria

The mitochondrial permeability transition pore (mtPTP) is a non specific channel that forms in the inner mitochondrial membrane to transport solutes with a molecular mass smaller than 1.5 kDa. Although the definitive molecular identity of the pore is still under debate, proteins such as cyclophilin D, VDAC and ANT contribute to mtPTP formation. While the involvement of mtPTP opening in cell death is well established1, accumulating evidence indicates that the mtPTP serves a physiologic role during mitochondrial Ca2+ homeostasis2, bioenergetics and redox signaling 3.
mtPTP opening is triggered by matrix Ca2+ but its activity can be modulated by several other factors such as oxidative stress, adenine nucleotide depletion, high concentrations of Pi, mitochondrial membrane depolarization or uncoupling, and long chain fatty acids4. In vitro, mtPTP opening can be achieved by increasing Ca2+ concentration inside the mitochondrial matrix through exogenous additions of Ca2+ (calcium retention capacity). When Ca2+ levels inside mitochondria reach a certain threshold, the mtPTP opens and facilitates Ca2+ release, dissipation of the proton motive force, membrane potential collapse and an increase in mitochondrial matrix volume (swelling) that ultimately leads to the rupture of the outer mitochondrial membrane and irreversible loss of organelle function.
Here we describe a fluorometric assay that allows for a comprehensive characterization of mtPTP opening in isolated mouse heart mitochondria. The assay involves the simultaneous measurement of 3 mitochondrial parameters that are altered when mtPTP opening occurs: mitochondrial Ca2+ handling (uptake and release, as measured by Ca2+ concentration in the assay medium), mitochondrial membrane potential, and mitochondrial volume. The dyes employed for Ca2+ measurement in the assay medium and mitochondrial membrane potential are Fura FF, a membrane impermeant, ratiometric indicator which undergoes a shift in the excitation wavelength in the presence of Ca2+, and JC-1, a cationic, ratiometric indicator which forms green monomers or red aggregates at low and high membrane potential, respectively. Changes in mitochondrial volume are measured by recording light scattering by the mitochondrial suspension. Since high-quality, functional mitochondria are required for the mtPTP opening assay, we also describe the steps necessary to obtain intact, highly coupled and functional isolated heart mitochondria.

A spectrofluorometric protocol for the measurement of the mitochondrial permeability transition pore opening in isolated mouse heart mitochondria is presented here. The assay involves the simultaneous measurement of mitochondria Ca2+ handling, mitochondrial membrane potential and mitochondrial volume. The procedure for obtaining high-quality and functional heart mitochondria is also described.

미토콘드리아 절연 마우스 중심부에 투과율 전환 기공 영업의 다중 매개 변수 측정

The mitochondrial permeability transition pore (mtPTP) is a non specific channel that forms in the inner mitochondrial membrane to transport solutes with ...

Quantifying Single Microvessel Permeability in Isolated Blood-perfused Rat Lung Preparation

The isolated blood-perfused lung preparation is widely used to visualize and define signaling in single microvessels. By coupling this preparation with real time imaging, it becomes feasible to determine permeability changes in individual pulmonary microvessels. Herein we describe steps to isolate rat lungs and perfuse them with autologous blood. Then, we outline steps to infuse fluorophores or agents via a microcatheter into a small lung region. Using these procedures described, we determined permeability increases in rat lung microvessels in response to infusions of bacterial lipopolysaccharide. The data revealed that lipopolysaccharide increased fluid leak across both venular and capillary microvessel segments. Thus, this method makes it possible to compare permeability responses among vascular segments and thus, define any heterogeneity in the response. While commonly used methods to define lung permeability require postprocessing of lung tissue samples, the use of real time imaging obviates this requirement as evident from the present method. Thus, the isolated lung preparation combined with real time imaging offers several advantages over traditional methods to determine lung microvascular permeability, yet is a straightforward method to develop and implement.

The isolated blood-perfused lung preparation makes it feasible to visualize microvessel networks on the lung surface. Here we describe an approach to quantify permeability of single microvessels in isolated lungs using real time fluorescence imaging.

고립 된 혈액 관류 쥐 폐 준비에 단일 미세 혈관 투과성의 양을

The isolated blood-perfused lung preparation is widely used to visualize and define signaling in single microvessels. By coupling this preparation with ...

The Infiltration-centrifugation Technique for Extraction of Apoplastic Fluid from Plant Leaves Using Phaseolus vulgaris as an Example

The apoplast is a distinct extracellular compartment in plant tissues that lies outside the plasma membrane and includes the cell wall. The apoplastic compartment of plant leaves is the site of several important biological processes, including cell wall formation, cellular nutrient and water uptake and export, plant-endophyte interactions and defence responses to pathogens. The infiltration-centrifugation method is well established as a robust technique for the analysis of the soluble apoplast composition of various plant species. The fluid obtained by this method is commonly known as apoplast washing fluid (AWF). The following protocol describes an optimized vacuum infiltration and centrifugation method for AWF extraction from Phaseolus vulgaris (French bean) cv. Tendergreen leaves. The limitations of this method and the optimization of the protocol for other plant species are discussed. Recovered AWF can be used in a wide range of downstream experiments that seek to characterize the composition of the apoplast and how it varies in response to plant species and genotype, plant development and environmental conditions, or to determine how microorganisms grow in apoplast fluid and respond to changes in its composition.

The Infiltration-centrifugation Technique for Extraction of Apoplastic Fluid from Plant Leaves Using Phaseolus vulgaris as an Example

This protocol details the optimized extraction of apoplast washing fluid from plant leaves, using French bean plants (Phaseolus vulgaris) as a model example.

공장에서 유체 Apoplastic의 추출을위한 침투-원심 분리 기술을 사용하여 잎<em&gt; 위 Phaseolus 심상</em&gt; 예를 들어

The apoplast is a distinct extracellular compartment in plant tissues that lies outside the plasma membrane and includes the cell wall. The apoplastic ...

Laser-assisted Microdissection (LAM) as a Tool for Transcriptional Profiling of Individual Cell Types

The understanding of developmental processes at the molecular level requires insights into transcriptional regulation, and thus the transcriptome, at the level of individual cell types. While the methods described here are generally applicable to a wide range of species and cell types, our research focuses on plant reproduction. Plant cultivation and seed production is of crucial importance for human and animal nutrition. A detailed understanding of the regulatory networks that govern the formation of the reproductive lineage (germline) and ultimately of seeds is a precondition for the targeted manipulation of plant reproduction. In particular, the engineering of apomixis (asexual reproduction through seeds) into crop plants promises great improvements, as it leads to the formation of clonal seeds that are genetically identical to the mother plant. Consequently, the cell types of the female germline are of major importance for the understanding and engineering of apomixis. However, as the corresponding cells are deeply embedded within the floral tissues, they are very difficult to access for experimental analyses, including cell-type specific transcriptomics. To overcome this limitation, sections of individual cells can be isolated by laser-assisted microdissection (LAM). While LAM in combination with transcriptional profiling allows the identification of genes and pathways active in any cell type with high specificity, establishing a suitable protocol can be challenging. Specifically, the quality of RNA obtained after LAM can be compromised, especially when small, single cells are targeted. To circumvent this problem, we have established a workflow for LAM that reproducibly results in high RNA quality that is well suitable for transcriptomics, as exemplified here by the isolation of cells of the female germline in apomictic Boechera. In this protocol, procedures are described for tissue preparation and LAM, also with regard to RNA extraction and quality control.

Laser-assisted Microdissection LAM as a Tool for Transcriptional Profiling of Individual Cell Types

Here we present a protocol for laser-assisted microdissection of specific plant cell types for transcriptional profiling. While the protocol is suitable for different species and cell types, the focus is on highly inaccessible cells of the female germline important for sexual and apomictic reproduction in the crucifer genus Boechera.

개별 세포 유형의 전사 프로파일 링을위한 도구로 레이저를 이용한 이외에 Microdissection (LAM)

The understanding of developmental processes at the molecular level requires insights into transcriptional regulation, and thus the transcriptome, at the ...

Rapid Analysis of Circadian Phenotypes in Arabidopsis Protoplasts Transfected with a Luminescent Clock Reporter

The plant circadian clock allows the anticipation of daily changes to the environment. This anticipation aids the responses to temporally predictable biotic and abiotic stress. Conversely, disruption of circadian timekeeping severely compromises plant health and reduces agricultural crop yields. It is therefore imperative that we understand the intricate regulation of circadian rhythms in plants, including the factors that affect motion of the transcriptional clockwork itself.
Testing circadian defects in the model plant Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) traditionally involves crossing specific mutant lines to a line rhythmically expressing firefly luciferase from a circadian clock gene promoter. This approach is laborious, time-consuming, and could be fruitless if a mutant has no circadian phenotype. The methodology presented here allows a rapid initial assessment of circadian phenotypes. Protoplasts derived from mutant and wild-type Arabidopsis are isolated, transfected with a rhythmically expressed luminescent reporter, and imaged under constant light conditions for 5 days. Luminescent traces will directly reveal whether the free-running period of mutant plants is different from wild-type plants. The advantage of the method is that any Arabidopsis line can efficiently be screened, without the need for generating a stably transgenic luminescent clock marker line in that mutant background.

The circadian clock regulates about a third of the Arabidopsis transcriptome, but the percentage of genes that feed back into timekeeping remains unknown. Here we visualize a method to rapidly assess circadian phenotypes in any mutant line of Arabidopsis using luminescent imaging of a circadian reporter transiently expressed in protoplasts.

발광 시계 기자와 애기 장대 원형질체 트랜의 일주기 표현형의 신속한 분석

The plant circadian clock allows the anticipation of daily changes to the environment. This anticipation aids the responses to temporally predictable ...

삼투 물 투수 계수 (P 측정

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