이 작품은 SZ (FS / 08 / 063과 FS가 / 15 / 3만1천4백94분의 30)에 영국 심장 재단 연구비에 의해 지원되었다.

<ol>
	<li>Seidel, M., Lai, F. A., Zissimopoulos, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+and+functional+interactions+within+ryanodine+receptor.">Structural and functional interactions within ryanodine receptor.</a> Biochem Soc Trans. 43 (3), 377-383 (2015).</li><li>Zissimopoulos, S., Marsh, J., Stannard, L., Seidel, M., Lai, F. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amino-terminus+oligomerisation+is+conserved+in+intracellular+calcium+release+channels.">Amino-terminus oligomerisation is conserved in intracellular calcium release channels.</a> Biochem J. 459 (2), 265-273 (2014).</li><li>Zissimopoulos, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-terminus+oligomerization+regulates+the+function+of+cardiac+ryanodine+receptors.">N-terminus oligomerization regulates the function of cardiac ryanodine receptors.</a> J Cell Sci. 126 (Pt 21), 5042-5051 (2013).</li><li>Seidel, M., Thomas, N. L., Williams, A. J., Lai, F. 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A., Selent, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oligomerization+of+G+protein-coupled+receptors:+biochemical+and+biophysical+methods.">Oligomerization of G protein-coupled receptors: biochemical and biophysical methods.</a> Curr Med Chem. 18 (30), 4606-4634 (2011).</li></ol>

저자는 선언 아무 상관이 없습니다.

단백질 호모 올리고머의 형성은 전사 인자, 효소, 이온 채널과 수용체 (25), (26)의 활성을 조절하는 중요한 생물학적 과정이다. 중요한 것은, 단백질 올리고머는 신경 퇴행 및 부정맥 심장 질환 4,27을 포함한 병리학 적 의미를 가지고있다. 이 문서에 설명 된 방법은 단백질 자체 협회 및 올리고머를 매개 도메인 - 도메인 상호 작용을 식별하는 데 사용됩니다. 다음, 우리는 각 프로토콜 내에서 중요한 단계를 가리, 우리는 중요한 고려 사항, 제한 사항 및 문제 해결에 대해 설명합니다. Y2H 시스템은 잠재적 상호 작용 단백질로 인해 상대적으로 높은 처리량 스크리닝 파트너, 사용의 용이성 및 높은 재현성 결과 화면 먼저 채용 될 수있다. Y2H 절차는 표준 (판 또는 통) 인큐베이터 룸 봉쇄 설비와 미생물 실험실에서 수행된다. FR의 사용β-갈 분석에서 최상의 결과를 위해, 갓 (구 오일까지) 효모 식민지를 성장 (단계 1.2.3)를 사용한다 반면 eshly 준비 유능한 세포 (단계 1.1.8), 고효율 효모 변환을위한 중요합니다. GAL4 및 / 또는 추가 / 대체 리포터 유전자 이외의 다른 전사 인자를 기반으로 시스템을 사용할 수 있습니다, 따라서 미끼 먹이 플라스미드은 해당 Y2H의 변형과 일치해야합니다. 몇몇 균주가 HIS3 리포터 유전자 7,8 중 항시 발현을 해소하기 위하여, 3- 아미노 -1,2,4- 트리아 졸 상기 HIS3 단백질의 경쟁적 억제제의 존재 하에서 배양한다. 미끼 및 대상 융합 단백질의 발현은 17 면역 블에 의해 확인해야합니다. 케이스 미끼 / 먹이 융합 단백질이 효모에 독성이 낮은 허용 단백질 수준 미끼 / 먹이식이 다른 프로모터에 의해 구동되는 다른 벡터의 클로닝에 의해 달성 될 수있다. 또한, t를 위해 필수적모자 미끼 / 먹이 융합 단백질은 자율 리포터 유전자 활동을 표시하지 않습니다. 자율 리포터 유전자가 활성화, 또는 이들 단백질에 대한 테스트 GAL4 DNA-BD와 AD 융합체를 바꾸면 담당 영역을 제거하는 구조를 수정하여 구조 될 수있다. 그들은 세포 내 막 구획에서 미스 폴딩 또는 융합 단백질의 mislocalization을 유도 할 수 있기 때문에 또한, 횡단 도메인은 더 나은 미끼 / 먹이 구조에서 생략됩니다. 실제로, Y2H 시스템의 주요 단점은 미끼 및 대상 단백질-위양성 또는 위음성 상호 작용 6-9의 결과, 특정 번역 후 변형이 부족한 거리에 자신의 생리 세포 내 위치에서 잠재적으로 효모 핵에 지역화 된 것입니다 . 이종 포유 동물 발현 시스템은 형태, 번역 후 변형 및 세포 내 편재 용어 포유 동물 세포막 단백질의 연구에 더 적합하다.가장 널리 사용되는 세포의 형질 전환 방법 중 하나는 주로 때문에 최소의 장비, 인산 칼슘 침전하고 시약은 11, 15을 요구했다. 다른 방법, 즉, 전기 천공, 리포좀과 양이온 성 지질 중합체는, 세포주에 따라 높은 형질 전환 효율이 수득되며 사용한 구성 할 수있다. 일반적으로, 형질 감염 효율에 영향을 미치는 주요 요인은 플라스미드 DNA의 품질과 셀 건강 / 생존이다. 높은 순도 (260 나노 미터의 / 280 ㎚ ​​흡광도 비가 1.8)과 적극적으로 분열하는 세포의 플라스미드 DNA를 사용할 때 최상의 결과가 달성된다. 외래 DNA를 수행하는 능력은 매체 (11)에 노출 된 세포의 표면 영역과 관련되어 있기 때문에, 70 % 합류 (단계 2.1.2) - 세포 따라서 더 60보다 형질한다. 또한, 형질 전환 (단계 2.1.3) 동안 배지에서 항생제의 포함은 증가 세포 사멸 (15)로 인해 권장되지 않습니다. 에프인산 칼슘 배속 HBS 용액 (단계 2.1.1)의 특별한주의 제조하고 (정확하게 7.05) pH 조정 석출 및 플라스미드 DNA / 칼슘 / 격렬하게 혼합한다 (단계 2.1.5)에 의하여 인산 착물을 적절히 형성하거나 고효율 형질 전환을위한 중요한 단계. 일반적으로, 24 내에서 일시적인 형질 피크에 의해 단백질 발현 - 72 시간. 세포가 수확되면, 이후의 절차는 단백질 분해 효소 활동을 최소화하기 위해 4 ° C에서 수행되어야하며, 프로테아제 억제제를 첨가하는 것이 좋습니다. 세포 균질화는 염색체 DNA 용액의 점도를 증가시키고, 비특이적 결합을 향상시킬 수 있기 때문에 핵을 제거하기 위해 원심 분리 단계에 이어한다. 따라서, 삼투압 버퍼의 기계적 수단에 의한 균질화는 보통 (0.3 M) 또는 수크로오스 (150 mM)을 염화나트륨으로 바람직하다. 일반적으로, 수 크로즈 계 버퍼 단백질 안정성을 향상시키고 잠재적 비원 단백질 응집을 감소시키기 위해 알려져 있지만, P에 의한단백질 표면에 조 수화 정전 단백질 - 단백질 상호 작용을 선호한다. 반대로 염계 버퍼 따라서 소수성 상호 작용을 기반 (28)을 향해 바이어스를 갖는 단백질의 표면 상에 대전 된 아미노산 사이드 그룹의 순 전하에 영향을 미친다. 공동 IP 특히 천연 조직에서 단백질 - 단백질 상호 작용을 평가하기 위해 가장 일반적으로 사용되는 생화학 분석이다. 주요 단점은 IP에서 사용 10,16,18를 면역 블에 대한 검증 매우 특이 항체에 대한 요구 사항입니다. 따라서, 재조합 단백질은 종종 펩티드 에피토프와 태그, 예., 인플루엔자 헤 마글 루티 닌 (YPYDVPDYA) 또는 인간 cMyc (EQKLISEEDL)를하는 높은 친화도 특이 항체가 시판되고있다. 원한다면, 항체 immunoprecipitating 화학적 공침 PR 가릴 수있는 면역 단계에서의 용출 및 검출을 방지하기 위해 단백질-A 수지 상에 접합 될 수있다otein (16); 이를 위해, 우리는 성공적 화학적 가교제 3,3&#39;- 디티 오비스 (sulfosuccinimidylpropionate) (24)를 사용했다. 이는 적절한 세제는 IP 버퍼에 포함 균질화 세포의 불용성 물질은 비 - 특이 적 결합 (단계 3.1.3)를 최소화하기 위해 원심 분리에 의해 제거되는 것이 필수적이다. 실질적으로 결합 비특이적을 줄일 강한 세제​​ 및 / 또는 높은 농도뿐만 아니라 X 폐지 할 수있다 : 선택과 세제의 농도는 중요한 고려 사항이다 약한 상호 작용이 관찰 될 수있다 Y 단백질 상호 작용, 낮은 농도 또는 온화한 세제 반면를 수 있지만, 과도한 비특이적 결합을 초래한다. . 1 % 농도 - 중간 강도 세제는 예를 들면, 트리톤 X-100 0.5이 바람직하다. 또한, 비 - 특이 적 결합 중성 단백질을 줄이기 위해 (예를 들어, 100 μg의 / ㎖의 소 혈청 알부민)은 IP 버퍼를 포함 할 수 있고, 및 / 또는 세포 용 해물은-cleare 미리 수혼자 단백질-A 수지와 사전 배양과 라. 세척의 수는 X에 최적화되어야한다 Y 쌍 테스트, IP 버퍼 (단계 3.1.9)와 일반적으로 3 10 분 세척을. 임의의 경우에, immunoprecipitating 항체 비 - 면역 IgG를 가진 공동 IP 샘플은 항상 음성 대조군 (단계 3.1.6)를 게재 병렬로 처리한다. 화학적 가교의 주된 이점은 단백질 호모 올리고머의 화학 양론 조성에 통지한다는 것이다. 그것은 어떤 특수한 장비를 필요로하지 않으며이 상호 작용 단백질 19, 20 사이의 열적 및 화학적으로 안정하고 가교를 생성하기 때문에 글루 타르 알데히드는 일반적으로 사용되는 가교제이다. 들이 화학 반응을 종결하기 때문에 유리 아미노 그룹을 갖는 화합물을 분석 완충액 (단계 3.2.1)에서 생략되어야한다. 글루 타르 알데히드 농도 및 반응 시간 (단계 3.2.4)가 관심 올리고머 단백질 복합체에 대해 최적화되어야한다. 이 기술, especi의 주요 단점전체 세포 제제에서 수행 아군 때 생물학적 중요성 부족 인공 단백질 응집체를 생성 할 수있는 화학 반응의 비 특이성이다. 생체 내에서 대체 (예., 형광 공명 에너지 전달, 이중 분자 형광 또는 발광 보완) 및 시험 관내 기법 (예., 크기 배제 크로마토 그래피, 분석 초 원심 분리, 등온 적정 열량)은 단백질 자체 협회 평가 특성화 사용할 올리고머 화학 양론 29, 30의. 각 방법은 그 자체의 장점 및 단점을 가지며, 이는 단백질 정제 / 안정성 장비 / 시약의 가용성에 따라, 특정 단백질의 연구에 더 적합 할 수있다. 세부 사항, 즉 Y2H 공동 IP 및 가교 여기에 기술 된 세 개의 상보 적 방법은, RyR2 호모 oligome 대한 강력한 증거를 제공하기 위해 조합하여 사용되어왔다격리 및 살아있는 세포 내에서 R 형성.

골격과 심장 근육의 수축 RyR에 의해 매개 근질 세망 칼슘 2 + 릴리스에 의해 트리거됩니다. 4 개의 동일한 서브 유닛으로 구성 기능 채널 세 포유 동물 RyR 이성체가있다. 각 서브 유닛 RyR 큰 세포질 규제 N 말단 부분 및 고 컨덕턴스 칼슘 기공을 형성하는 막 관통 도메인을 포함하는 작은 C 말단 부위로 구성된다. 이상 인트라 간 서브 유닛 상호 작용은 RyR 채널 기능 장애의 기초 및 신경 근육 및 심장 질환 1 초래한다. RyR 구조에 관련된 특정 도메인의 식별 및 특성 : 함수 관계는 RyR의 병태 생리의 이해 때문에 매우 중요하다. 전통적인 생화학 단백질 - 단백질 상호 작용을 기술들은 박테리아에서 생산 된 정제 된 단백질의 상당한 양을 필요로한다. 이것은 RyR 매우 큰 막 (P)의 경우에는 가능하지그 재조합 파편이 박테리아 발현 및 정제에 쉽게 의무가없는 반면 rotein는 ~ 5000 개의 아미노산으로 구성. 따라서, 진핵 숙주 세포를 포함하는 다른 발현 시스템들은 포유 동물 세포막 단백질이 요구된다. 우리는 이전에 집합 N 말단 테트라은 세 포유 동물 RyR가 2,3 이소 폼에 걸쳐 보존하는 구조적 기능이 있음을 입증하는 Y2H, 공동 IP 및 가교 시험 법을 사용하고있다. 중요한 것은, 우리는 부정맥 심장 질환과 관련된 하나의 점 돌연변이는 N 말단 자체 협회 및 장애 RyR 채널 4의 결과를 방해 것으로 나타났습니다. 우리는 또한 RyR 세포질 C- 말단 꼬리 5뿐만 아니라 동종 세포 내 칼슘 방출 채널의 N 말단, 이노시톨 1,4,5- trisphosphate 수용체 (2)의 올리고머 화 연구에 이러한 기술을 적용하고있다. Y2H 분석에서, interacti사이에 두 개의 단백질 (X 및 Y)는 기능적인 전사 인자 (GAL4) 리포터 유전자 6-9의 계속되는 활성의 재구성에 의해 측정된다. DNA 결합 도메인 (DNA-BD)를 / 단백질 X 융합 (미끼) 및 활성화 도메인 (AD) / 단백질 Y : 두 개의 다른 클로닝 벡터는 GAL4의 두 개의 물리적으로 분리 독립 도메인이 두 시험 단백질 융합체를 생성하기 위해 사용되는 융합 (대상). Y2H은 단백질이 GAL4 DNA-BD와 같은 단백질의 AD 융합체를 생성하여 그 자체와 상호 작용하는지 여부를 테스트 할 수있다. 유전자 Y2H 균주합니다 (GAL80 단백질이 GAL4의 리프레입니다) 결핍 GAL4 및 GAL80을하는 수정뿐만 아니라 TRP1과 결핍는 Leu2로 (각각 미끼 먹이 플라스미드에 대한 영양 선택을 제공하기 위해). 효모 핵 재조합 DNA-BD와 AD 펩티드는 그들의 융합체 &#39;X 통해 하이브리드 GAL4 전사 인자 생산 물리적으로 근접하게된다 : Y의 INTeraction. 이 방법은 리포터 유전자 (β-갈 락토시다 제 (β-갈)에 대한 LacZ를 인코딩) 및 발색 (AN 히스티딘 생합성에 필요한 효소를 HIS3 인코딩) prototrophic의 병렬 전사 활성화를 통해 단백질 - 단백질 상호 작용을 검출하는 신속 유전자 검사를 할 수 있습니다. Y2H의 주요 장점은 심지어 약하거나 과도 단백질 - 단백질 상호 작용을 검출하는 생체 내 분석법이 있다는 것이다. 또한, 검출은 미끼 및 대상 단백질의 정제 또는 특정 항체의 생성을위한 필요없이 간단한 (미디어 부족 히스티딘에서) 성장을 선택의 사용 또는 비색의 (β-갈) 분석을 포함한다. 또한 Y2H 또한 라이브러리 단백질의 cDNA의 직접 액세스를 제공하는 베이트 단백질의 신규 결합 파트너에 대한 임의의 알려지지 클론 (GAL4의 AD에 융합 된 cDNA 라이브러리 클론)의 컬렉션을 스크리닝하는데 사용될 수있다. Y2H 관측을 확장하려면, independENT 생화학 기법이 사용될 수있다. 공동 IP 면역 및 결합 가교 검정 복합 시료 혼합물 단백질 연관을 검출하도록 사용되는 방법, 예를 들면., 전체 세포 용 해물 (10)이다. 그들의 주요 장점은 재조합 단백질의 사용을 필요로하는 다른 방법과 달리, 기본 조직에서 단백질 - 단백질 상호 작용에 대한보고한다는 것이다. 재조합 단백질은 일반적으로 그들의 정확한 형태 및 번역 후 변형을 가질 가능성이있는 포유 동물 세포주뿐만 아니라, 세포 내 자국어로 표현을 사용할 수있다. CO-IP 및 가교 시험 관내 분석은 균질 세포의 활용에 있기 때문에 그러나, 두 파트너 단백질이 그대로 전지 (11)에서 공동화되어 있는지 여부를 확인할 필요가있다. 우리는 일상적으로 일시적으로 칼슘 포스페이트 침전 법 2를 사용하는 포유 동물 세포막 및 세포질 단백질을 발현하는 포유류 HEK293 세포의 형질 감염을 사용-4,12-14는 여기에 상세하게 설명했다. 이것은 효과적으로 균체 내에 플라스미드 DNA를 전달하는 저렴한 방법이지만 특정 사용한 세포주 및 세포 합류뿐만 아니라 플라스미드 DNA 11, 15의 순도에 의존한다. 공동 IP 분석은 추정 작용 파트너 10,16의 CO 정화를 가능하게 비 - 변성 조건하에 세포 용 해물로부터 관심 천연 또는 재조합 단백질의 분리를 포함한다. 두 개의 상이한 에피토프 다른 두 융합체를 생성함으로써 단백질 자체와 상호 작용하는지 여부를 테스트하는 것이 이용 될 수있는 두 개의 독립 항체의 사용, 단백질 X의 분리를위한 immunoprecipitating 항체 및 단백질 파트너 Y.의 검출을위한 면역 항체를 필요 태그 (예., HA 및 cMyc). immunoprecipitating 항체 단백질-A에서의 Fc 영역을 결합 (단백질 G, 항체가 발생 된 동물의 종에 따라 OR)되는아가로 오스 (또는 세 파로스)를 수지에 접합된다. 단백질 X는 항체에 의해 침전되어 단백질 수지 파쇄 균질화 셀 즉 세제 가용 분획과 인큐베이션 다음. 단백질 면역 복합체는 SDS 완충액을 함유이어서 SDS-PAGE로 분석 한 결과, 단백질의 존재 Y (17)를 검출하기 위해 항체를 사용하여 면역 블 용출된다. 공동 IP 과도한 비 - 특이 적 결합을 방지하기 위해 세제 수용성 단백질로 수행되어야한다. Y 쌍 10,16,18 : 세제 및 농도의 선택뿐만 아니라, 세척 횟수, 각 X에 대해 최적화되어야한다. 가교 올리고머는 단백질 복합체의 화학량 론을 결정하기 위해 사용된다. 이것은 인접한 상호 protomers 간의 공유 결합을 생성하는 화학 반응에 기초하고, 따라서, SDS-PAGE 분리 중에 단백질의 올리고머 상태의 보존을 가능하게한다. 다수의 가교 reage이 있습니다단백질, 일반적으로 주 아민, 카르 복실 또는 티올 그룹에 서로 다른 반응 그룹을 대상으로 다양한 길이 및 화학 국세청. 여기서, 우리는 글루 타르 알데히드의 사용을 설명 (OHC (CH 2) 3 CHO), 리신 잔기 (19, 20)에 존재하는 유리 아미노 그룹과 반응 양단에 두 개의 알데히드기를 가진 호모 이관 능성 가교제. 가교 결합은 부가 형성에 기인하는 농도 - 또는 시간 의존적으로 이어진다. 글루 타르 알데히드의 반응은 히드라진 (H 2 NNH 2) 단백질 시료 후 SDS-PAGE 분석 및 올리고머 화 상태를 평가하기 위해 17로 면역 블되어 정지된다. 우리는 올리고머를 유도하지 않는 가교를 참고하지만 단순히 기존의 단백질 복합체 사이의 안정된 다리를 작성해야합니다. 가교 실험을 수행 중요한 고려 가교제의 농도와 반응 시간 (19, 20)의 선택을 포함한다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1190">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:387px;">1.&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; PART 1 yeast two-hybrid</td>
			<td style="width:201px;"></td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td style="width:472px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plate incubator</td>
			<td>Hereaus</td>
			<td>B6120</td>
			<td>Used at 30&#176;C</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Orbital shaker incubator</td>
			<td>New Brunswick Scientific</td>
			<td>INNOVA 4300</td>
			<td>Used at 30&#176;C with shaking at 230-250 rpm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Spectrophotometer</td>
			<td>Perkin Elmer</td>
			<td>Lambda Bio+</td>
			<td>To measure OD600 of yeast culture; to measure Absorbance at 420 nm in liquid b-Gal assay</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Matchmaker Two-Hybrid System 2 Kit</td>
			<td>Takara Clontech</td>
			<td>K1604-1</td>
			<td>Contains bait vector pGBKT7, prey vector pACT2&#160; and yeast strain Y190&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Yeast Nitrogen Base</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y0626</td>
			<td>To prepare minimal SD growh medium&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dropout supplement lacking leucine and tryptophan</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y0750</td>
			<td>To prepare minimal SD growh medium&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dropout supplement lacking leucine, tryptophan, histidine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y2001</td>
			<td>To prepare minimal SD growh medium&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Herring testes carrier DNA&#160;</td>
			<td>Takara Clontech</td>
			<td>630440</td>
			<td>For yeast transformation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Whatman filter paper Grade 5&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>WHA1005070</td>
			<td>for use in colony-lift filter paper b-Gal assay</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-galactopyranoside)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B4252</td>
			<td>for use in colony-lift filter paper b-Gal assay</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ONPG (o-nitrophenyl-&#946;-D-galactopyranoside)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>N1127</td>
			<td>for use in liquid b-Gal assay</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;">PART 2. Protein expression in a mammalian cell line</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HEK293 cell line</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>ATCC&#174;&#160;CRL-1573&#8482;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Humidified incubator (5% CO2, 37 &#176;C)</td>
			<td>SANYO</td>
			<td>MCO-18AIC</td>
			<td>To culture mammalian cells</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DMEM (Dulbecco&#39;s Modified Eagle&#39;s medium)</td>
			<td>Invitrogen (ThermoFisher)</td>
			<td>41966</td>
			<td>To prepare growth medium for mammalian cells</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fetal Bovine Serum</td>
			<td>Invitrogen (ThermoFisher)</td>
			<td>10500</td>
			<td>To prepare growth medium for mammalian cells</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glass beads</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8772</td>
			<td>To homogenise cells</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Needle 23G (0.6 x 30mm)</td>
			<td>BD Microlance</td>
			<td>300700</td>
			<td>To homogenise cells</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Protease inhibitor cocktail (Complete)&#160;</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11873508001</td>
			<td>To prevent proteolysis</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;">PART 3. In vitro biochemical methods&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:387px;">Mini-PROTEAN Tetra Cell (SDS-PAGE system)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1658000EDU&#160;</td>
			<td>For polyacrylamide gel electrophoresis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Trans-Blot SD (Semi-dry transfer system)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1703940</td>
			<td>For electrophoretic transfer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Compact X-ray film processor</td>
			<td>Xograph</td>
			<td>X4</td>
			<td>For use in immunoblotting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glutaraldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G5882</td>
			<td>For use in chemical cross-linking</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Protein-A sepharose beads&#160;</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>17-5280-01&#160;</td>
			<td>For use in co-IP assay</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-HA (Y-11 rabbit polyclonal IgG)</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>sc-805</td>
			<td>For use in co-IP assay</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Non-immune rabbit IgG</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology&#160;</td>
			<td>sc-2027</td>
			<td>For use in co-IP assay</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-cMyc (9E10 mouse monoclonal IgG)</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology&#160;</td>
			<td>sc-40</td>
			<td>For use in immunoblotting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-HA (16B12 mouse monoclonal IgG)</td>
			<td>Covance</td>
			<td>MMS-101P</td>
			<td>For use in immunoblotting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-mouse IgG-HRP</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>sc-2005</td>
			<td>For use in immunoblotting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hyperfilm ECL</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>28906836</td>
			<td>For use in immunoblotting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ECL Western Blotting Substrate</td>
			<td>Pierce (ThermoFisher)</td>
			<td>32106</td>
			<td>For use in immunoblotting</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

genetic and biochemical approaches for in vivo and in vitro assessment of protein oligomerization: the ryanodine receptor case study

Oligomerization is often a structural requirement for proteins to accomplish their specific cellular function. For instance, tetramerization of the ryanodine receptor (RyR) is necessary for the formation of a functional Ca2+ release channel pore. Here, we describe detailed protocols for the assessment of protein self-association, including yeast two-hybrid (Y2H), co-immunoprecipitation (co-IP) and chemical cross-linking assays. In the Y2H system, protein self-interaction is detected by &#946;-galactosidase assay in yeast co-expressing GAL4 bait and target fusions of the test protein. Protein self-interaction is further assessed by co-IP using HA- and cMyc-tagged fusions of the test protein co-expressed in mammalian HEK293 cells. The precise stoichiometry of the protein homo-oligomer is examined by cross-linking and SDS-PAGE analysis following expression in HEK293 cells. Using these different but complementary techniques, we have consistently observed the self-association of the RyR N-terminal domain and demonstrated its intrinsic ability to form tetramers. These methods can be applied to protein-protein interaction and homo-oligomerization studies of other mammalian integral membrane proteins.

Y2H 시스템에서, 미끼 : 먹이 상호 작용은 초기에 부족한 배지에서 효모의 성장 선택 (트립토판, 류신 등) 히스티딘에 따라 시험 할 때, 그 후 β-갈 효소 활성 분석 (그림 1)에 의해 평가. 먹이 단백질 상호 작용 : 중간 부족 히스티딘에서 배양 효모는 미끼의 강도에 따라 느린 성장 속도를 가지고있다. β-갈 분석은 효모에서 수행된다 후자의 항복 정량 결과, 중 고체 지지체에 (판 한천) 또는 액체 문화에서 성장 (배지에서 배양는 트립토판과 류신이 부족). 우리는 성공적 RyR2 도메인 내의 도메인의 상호 작용뿐만 아니라 신규 단백질 파트너 2-4,12,21,22를 식별 Y2H을 사용했다. 예를 들어, 우리는 N 말단 단편과의 상호 작용에 대한 RyR2 펩티드 서열의 전체 길이에 걸쳐 중첩 구조의 일련의 스크린 (AD4L : RyR2 잔기 1-906 GAL4 AD의 융합). (906) GAL4 융합 - AD4L 자체로, 즉 BT4L 1 (RyR2 잔류를 구성하는 상호 작용하는 것을 보여주는, AD4L 쌍 (그림 2A) : 3 식민지 리프트 필터 종이 β-갈 분석은 선명한 블루 컬러 만 BT4L에 대한 효모 식민지를 생산 DNA-BD). 효모 다른 구조와 공동으로이 변환 된 반면, AD4L 쌍의 극단적 인 C 말단 도메인 (BT8)와 보조 약한 연결을 제안 흰색과 미끼 따라서 부정적인 남아​​ : 창백한 푸른 식민지는 BT8 검출 된 먹이 단백질 상호 작용. 액체 β-갈 분석 (그림 2B)에 의해 얻어진 정량 결과, 강력한 BT4L 표시 :는 p53의 단백질 (pVA3)와 SV40 큰 T 항원 (pTD1) 사이의 알려진 협회 강도 AD4L 상호 작용 상당을 BT8 반면 : AD4L 상호 작용 상당히 약한 (&lt;10 % 제어에 비해)했다. 우리는 정기적으로 공동 IP 실험 (그림 3) F를 수행독립적 인 생화학 적 분석 등의 포유 동물 세포 라인 (HEK293)에 일시적 발현을 따르게하는 것은 Y2H 결과 2-4,12-14,21-24을 강화합니다. RyR2 N 말단의 자기 상호 작용을 확인하기 RyR2 잔기 인코딩 두 개의 플라스미드 1-906가 어느 cMyc 또는 HA 펩티드 에피토프 (각각 BT4L 및 AD4L) 태그, 인산 칼슘 침전 법을 이용하여 HEK293 세포로 공동 형질 감염시켰다 3. 균질화 된 세포의 후 핵 분획 세제 CHAPS 가용화시키고, 불용성 물질은 세포 용 해물을 생성하기 위해 원심 분리에 의해 제거 하였다. 환원제 디티 오 트레이 톨로 처리 된 세포 용 해물은 다음 HA-태그 AD4L을 면역 침전 AB를 HA 단백질-A 세파 로즈 비드와 함께 배양 하였다. 버퍼 SDS가 함유 용출 공동 IP 샘플, Ab의 HA와 Ab의 cMyc, 연구와 면역 블에 의해 두 개의 별도의 SDS-PAGE 젤 (1/10 일 9/10 일 분할)에로드 분석 하였다espectively. Ab의 HA에 의해 AD4L의 성공적인 직접 IP (~ 100 kDa의)이 아닌 비 - 면역 토끼 IgG에 (도 4a)를 사용하여 음성 대조군으로, 면역에 의해 확인되었다. 중요한 cMyc 태깅 BT4L (~ 100 kDa의)이 아니라 면역 AD4L (도 4b)의 부재 네거티브 컨트롤 만 구간 HA IP 회수 하였다. Y2H 공동 IP 분석법 RyR2 N 말단 자기 상호 작용 일관된 증거를 제공하지만, 그것은 단지 량체 이상의 복합체를 형성하는, 즉 여부 N- 말단 도메인의 올리고머 화 상태에 알리지 않았다. 이 복합체 해리 것을 주목해야만을 포함 소단위 단백질 - 단백질 상호 작용을 폐지 때문에 SDS-의 SDS-PAGE 및 열 유도 단백질 변성에 의해 검출 될 것이다. 이것을 극복하기 위해, 우리는 화학적으로 안정 기존 PROTEI을 conjoins 가교 (도 5)를 사용하여그 분자량 후 SDS-PAGE 크기 분리 2-5에 의해 검사 될 수 N 올리고머. 예를 들어, 환원제 디티 오 트레이 톨로 처리 cMyc-BT4L를 발현하는 HEK293 세포의 파쇄 액은 글루 타르 알데하이드 및 순이 cMyc (도 6)을 이용하여 SDS-PAGE 및 면역 블 롯팅 분석. RyR2 N 말단 테트라 형성 셋을 나타내는 단량체 (~ 100 kDa의) 시간 의존적으로 검출 하였다 ~ 400 kDa의 높은 분자량의 단백질 밴드 이외에. 특히, 테트라 최소한의 이량 체 관찰 삼량 밴드, 지배적 인 올리고머 종이었다. 15 % 구배 SDS-PAGE 겔 3 - 겉보기 분자 질량을 결정하기 위해, BT4L 올리고머 (4)를 통해 분리 하였다. 우리는 (30)의 범위와 단백질 표준을 사용하여 분자량 / 겔 위상차 표준 곡선 제작 - 460 kDa 이상을, 우리는 358 kDa의 15로 올리고머 계산 (N = 4). 이 겉보기 분자량이 배치 된 BT4L 량체와 일치기본 RyR2 채널 내에서 네 개의 서브 유닛의 배치에서 예상대로 오히려 선형 형태보다 폐쇄 순환 방식. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/54271/54271fig1.jpg" /> 그림 1. Y2H 순서도. 효모, 공동 형질 전환 미끼 및 대상 플라스미드와 함께, 매체 부족한 히스티딘의 성장으로 선택 및 / 또는 β-갈 효소 활성에 대해 분석한다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54271/54271fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 2" src="/files/ftp_upload/54271/54271fig2.jpg" /> 도 2는 Y2H RyR2 N 말단 도메인 자기 상호 작용을 의미한다. (A)에 대한 회로도 Y2H 시스템 시험 인간 RyR2 중첩 단백질의 단편 (미끼) 계열 묘사<html> RyR2 N 말단 AD4L (먹이) 구조와의 상호 작용. 식민지 리프트 필터 종이 β-갈 분석에 의해 얻어진 성적 결과는 &quot;+&quot;배수 또는으로 표시됩니다 &quot;-&quot;부정적인 상호 작용을 양성 대조군에 대해 정규화 (B) 양이 액체 β-갈 분석을 (pVA3은 GAL4 DNA-BD에 대한 인코딩합니다. p53의 단백질과 융합, pTD1)는 SV40 큰 T 항원과 GAL4의 AD 융합을위한 인코딩합니다. 3에서 수정되었습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54271/54271fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 3" src="/files/ftp_upload/54271/54271fig3.jpg" /> 도 3 공동 IP 순서도. 포유 동물 세포의 공동 형질 플라스미드의 X 및 Y로는 균질 세제 - 가용화 SDS-PAGE 및 면역 하였다 공동 IP 분석에 사용 된 세포 용 해물을 생성한다.F = &quot;https://www.jove.com/files/ftp_upload/54271/54271fig3large.jpg&quot;대상 = &quot;_ 빈&quot;&gt;이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 4" src="/files/ftp_upload/54271/54271fig4.jpg" /> 그림 4. 공동 IP는 포유 동물 세포에서 RyR2 N 말단 도메인 자체의 상호 작용을 나타냅니다. HEK293 세포 (BT4L) cMyc - 태그 및 HA가-태그 (AD4L) RyR2 N 말단 도메인의 과도 공동 식 (대한 공동 형질 감염시켰다 잔류 물 1-906). 음성 대조군으로서, 공동 IP 분석은 비 면역 된 토끼의 IgG로 수행 된 반면 AD4L는, CHAPS 및 디티 오 - 가용화 처리 HEK293 파쇄물 순이 HA로 면역 침전시켰다. 면역 침전 된 단백질을 5 분 동안 85 ° C로 가열 1/10 번째 또는 IP 시료 9/10 번째 로케이션 별도 6 % SDS-PAGE 젤을 통해 3 시간 동안 20mA에서 해결되었다. polyviny 상에 2 시간 동안 80 V에 따라 단백질 전송Ab의 HA (A) 또는 순이 cMyc 고추 냉이 퍼 옥시 다제 - 접합 된 항 - 마우스 IgG이어서 각각 (B), (1 : 10,000 희석) 및 향상된 화학 발광 검출 : lidene 디 플루오 라이드 멤브레인은 면역 블 분석 (1000 희석 1)를 사용하여 행했다 (1 분 노출). 세포 용 해물의 분취 량은 IP 샘플 처리 체적의 1/50 번째는 또한 분자량 표준을 제공하기 위해 포함되었다. 3에서 수정되었습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54271/54271fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 5" src="/files/ftp_upload/54271/54271fig5.jpg" /> X 플라스미드로 형질도 5 가교 순서도. 포유 동물 세포는 SDS-PA,이어서 균질화 및 가교 결합 분석에서의 글루 타르 알데히드와의 반응을 실시GE와 면역입니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54271/54271fig5large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 6" src="/files/ftp_upload/54271/54271fig6.jpg" /> 그림 6. 크로스 링크는 RyR2 N 말단 도메인 테트라 머 형성을 나타냅니다 HEK293 세포 cMyc-태그 (BT4L) RyR2 N 말단 도메인의 일시적 발현 (잔류 물 1-906)에 대한 형질 감염시켰다.. 환원제 디티 오 트레이 톨로 처리 세포 파쇄는 표시된 시간 점을 글루 타르 알데히드와 함께 배양 하였다. 샘플을 5 분 동안 85 ℃에서 가열하고 3 시간 동안 20mA에서 SDS-PAGE (6 % 겔)에 의해 해결되었다. 양 고추 냉이 퍼 옥시 다제 - 접합 된 항 - 마우스 IgG (1,이어서 (1000 희석 1) 순이 cMyc을 폴리 비닐 리덴 디 플루오 라이드 막 상에 2 시간, 80 V에서 단백질 이동에 따라, 면역 블 분석을 이용하여 수행 하였다 :10,000 희석) 및 향상된 화학 발광 검출 (1 분 노출). 단량체 (M : ~ 100 kDa의) 및 테트라 (T) 형태가 화살표로 표시됩니다. 3에서 수정되었습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54271/54271fig6large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>

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Genetic and Biochemical Approaches for In Vivo and In Vitro Assessment of Protein Oligomerization: The Ryanodine Receptor Case Study

Oligomerization of the ryanodine receptor, a homo-tetrameric ion channel mediating Ca2+ release from intracellular stores, is critical for skeletal and cardiac muscle contraction. Here, we present complementary in vivo and in vitro methods to detect protein self-association and determine homo-oligomer stoichiometry.

대한 유전 및 생화학 적 접근<em&gt; 생체</em&gt; 및<em&gt; 체외</em&gt; 단백질 올리고머의 평가 다음 Ryanodine 수용체 사례 연구

Oligomerization is often a structural requirement for proteins to accomplish their specific cellular function. For instance, tetramerization of the ...

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Research

JoVE Journal

Biology

Genetic and Biochemical Approaches for In Vivo and In Vitro Assessment of Protein Oligomerization: The Ryanodine Receptor Case Study

11.3K 조회수.  Cardiff University School of Medicine, College of Biomedical and Life Sciences. Oligomerization of the ryanodine receptor, a homo-tetrameric ion channel mediating Ca2+ release from intracellular stores, is critical for skeletal and cardiac muscle contraction. Here, we present complementary in vivo and in vitro methods to detect protein self-association and determine homo-oligomer stoichiometry.

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Testing Visual Sensitivity to the Speed and Direction of Motion in Lizards

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of the visual system provide more empirical evidence for functional applications. Investigation into the sensory system provides information about the sensory capacity, learning and memory ability, and establishes known baseline behaviour in which to gauge deviations (Burghardt, 1977). However, unlike mammalian or avian systems, testing for learning and memory in a reptile species is difficult. Furthermore, using an operant paradigm as a psychophysical measure of sensory ability is likewise as difficult. Historically, reptilian species have responded poorly to conditioning trials because of issues related to motivation, physiology, metabolism, and basic biological characteristics. Here, I demonstrate an operant paradigm used a novel model lizard species, the Jacky dragon (Amphibolurus muricatus) and describe how to test peripheral sensitivity to salient speed and motion characteristics. This method uses an innovative approach to assessing learning and sensory capacity in lizards. I employ the use of random-dot kinematograms (RDKs) to measure sensitivity to speed, and manipulate the level of signal strength by changing the proportion of dots moving in a coherent direction. RDKs do not represent a biologically meaningful stimulus, engages the visual system, and is a classic psychophysical tool used to measure sensitivity in humans and other animals. Here, RDKs are displayed to lizards using three video playback systems. Lizards are to select the direction (left or right) in which they perceive dots to be moving. Selection of the appropriate direction is reinforced by biologically important prey stimuli, simulated by computer-animated invertebrates.

Testing visual sensitivity in lizards using an operant conditioning paradigm that employs video playback of random-dot kinematograms and computer-generated invertebrates.

도마뱀의 운동의 속도와 방향에 시각 민감도 테스트

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of ...

연구

생물학

Method for Culture of Early Chick Embryos ex vivo (New Culture)

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying  the formation and patterning of brain, neural tube, somite and heart primordia. Applications of chick embryo culture include electroporation of DNA or RNA constructs in order to analyze gene function, grafts of growth factor coated beads such as FGFs and BMPs , as well as whole mount in situ hybridization and immunohistochemistry. This video demonstrates the different steps in chick embryo culture; First, the embryo is explanted in saline. Then, the embryo is centered on a glass ring. The membranes surrounding the embryo are lifted along the walls of the ring. The ring is then placed in a culture dish containing a pool of albumine. The culture dish is sealed and placed in a humid chamber, where the embryo is cultured for up to 24 hrs. Finally, the embryo is removed from the ring, fixed and processed for further applications. A troubleshooting guide is also presented.

Method for Culture of Early Chick Embryos ex vivo New Culture

This video demonstrates New culture, a method by which chick embryos are cultured outside the egg for up to 24 hr. This method enables one to study early development (primitive streak to 14 som.), a period corresponding to E7-9 in mouse. Applications of this technique include electroporation, in situ hybridization and immunohistochemistry.

조기 칙 태아 예 생체내 (새로운 문화)의 문화에 대한 방법

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Assay for Neural Induction in the Chick Embryo

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying the formation and initial patterning of the nervous system. This video demonstrates how to graft organizer tissue into a host, a method by which Hensen s node (the organizer in the chick embryo) is grafted to a host competent ectoderm. The organizer graft instructs overlying na ve tissue to adopt a neural fate via neural inducing signals. This mechanism is referred to as neural induction, and constitutes the initial step in the formation of brain and spinal cord in amniotes. This method is essentially used for the characterization of putative neural inducing molecules in chick. This video demonstrates the different steps in the assay for neural induction; First, the donnor embryo is explanted and pinned on a dish. Then, the host embryo is prepared for New culture. The graft is excised and transplanted to the host area pellucida margin. The host is cultured for 18-22 hrs. The assembly is fixed and processed for further applications (e.g. in situ hybridization). This method was originally devised by Waddington 1,2 and Gallera 3,4.

Neural induction is the first step in the formation of the brain. It is a mechanism by which Hensen's node (organizer), instructs adjacent tissue to adopt a neural fate, i.e. to give rise to the nervous system. This video demonstrates an assay for neural induction in chick embryo.

칙의 배아에서 신경 유도에 대한 분석

Purification of the M. magneticum Strain AMB-1 Magnetosome Associated Protein MamA&Delta;41

Magnetotactic bacteria comprise a diverse group of aquatic microorganisms that are able to orientate themselves along geomagnetic fields. This behavior is believed to aid their search for suitable environments (1). This capability is conferred by the magnetosome, a subcellular organelle that consists of a linear-chain assembly of lipid vesicles each able to biomineralize and enclose a ~50-nm crystal of magnetite or greigite. A principle component of the magnetosome that was shown to be required for the formation of functional vesicles is MamA. MamA is a highly abundant magnetosome-associated protein which is one of the most characterized magnetosome-associated proteins in vivo (2-6). This article focuses on the purification of MamA, which despite being studied in vivo, no clear functional or structural details have been identified for it. Bioinformatics analysis suggested that MamA is a tetra-tricopeptide repeat (TPR) containing protein. TPR is a structural motif found as such or forming part of a bigger fold in a wide range of proteins, it serves as a template for protein-protein interactions and mediates multi-protein complexes (7). TPRs are involved in many crucial tasks in eukaryotic cell organelle processes and many bacterial pathways (8-14). In order to understand MamA, a unique TPR containing protein, highly purified protein is required as a first step. In this article, we present the purification protocol for a stable MamA deletion mutant (MamA&Delta;41) from M. magneticum AMB-1.

MamA is a unique Magnetosome associated protein which was shown to be involved in magnetosome activation. Here we present the purification protocol of MamA deletion mutant (MamA&Delta;41) from M. magneticum AMB-1.

의 정화 M. magneticum 스트레인 AMB - 1 Magnetosome 관련 단백질 MamAΔ41

Magnetotactic bacteria comprise a diverse group of aquatic microorganisms that are able to orientate themselves along geomagnetic fields. This behavior is ...

Biochemical Reconstitution of Steroid Receptor&#x2022;Hsp90 Protein  Complexes and Reactivation of Ligand Binding

Hsp90 is an essential and highly abundant molecular chaperone protein that has been found to regulate more than 150 eukaryotic signaling proteins, including transcription factors (e.g. nuclear receptors, p53) and protein kinases (e.g. Src, Raf, Akt kinase) involved in cell cycling, tumorigenesis, apoptosis, and multiple eukaryotic signaling pathways 1,2. Of these many 'client' proteins for hsp90, the assembly of steroid receptor&bull;hsp90 complexes is the best defined (Figure 1). We present here an adaptable glucocorticoid receptor (GR) immunoprecipitation assay and in vitro GR&bull;hsp90 reconstitution method that may be readily used to probe eukaryotic hsp90 functional activity, hsp90-mediated steroid receptor ligand binding, and molecular chaperone cofactor requirements. For example, this assay can be used to test hsp90 cofactor requirements and the effects of adding exogenous compounds to the reconstitution process. 
The GR has been a particularly useful system for studying hsp90 because the receptor must be bound to hsp90 to have an open ligand binding cleft that is accessible to steroid 3. Endogenous, unliganded GR is present in the cytoplasm of mammalian cells noncovalently bound to hsp90. As found in the endogenous GR&bull;hsp90 heterocomplex, the GR ligand binding cleft is open and capable of binding steroid. If hsp90 dissociates from the GR or if its function is inhibited, the receptor is unable to bind steroid and requires reconstitution of the GR&bull;hsp90 heterocomplex before steroid binding activity is restored 4 . GR can be immunoprecipitated from cell cytosol using a monoclonal antibody, and proteins such as hsp90 complexed to the GR can be assayed by western blot. Steroid binding activity of the immunoprecipitated GR can be determined by incubating the immunopellet with [3H]steroid. 
Previous experiments have shown hsp90-mediated opening of the GR ligand binding cleft requires hsp70, a second molecular chaperone also essential for eukaryotic cell viability. Biochemical activity of hsp90 and hsp70 are catalyzed by co-chaperone proteins Hop, hsp40, and p23 5. A multiprotein chaperone machinery containing hsp90, hsp70, Hop, and hsp40 are endogenously present in eukaryotic cell cytoplasm, and reticulocyte lysate provides a chaperone-rich protein source 6. 
In the method presented, GR is immunoadsorbed from cell cytosol and stripped of the endogenous hsp90/hsp70 chaperone machinery using mild salt conditions. The salt-stripped GR is then incubated with reticulocyte lysate, ATP, and K+, which results in the reconstitution of the GR&bull;hsp90 heterocomplex and reactivation of steroid binding activity 7. This method can be utilized to test the effects of various chaperone cofactors, novel proteins, and experimental hsp90 or GR inhibitors in order to determine their functional significance on hsp90-mediated steroid binding 8-11.

An in vitro method for preparing functional glucocorticoid receptor (GR)&#x2022;hsp90 protein complexes from purified proteins and cellular lysates is described. The method utilizes immunoadsorption of recombinant GR followed by salt-stripping and protein complex reconstitution. The importance of cofactors and buffer conditions are discussed, as are potential method applications.

스테로이드 수용체의 생화 학적 리간드의 Reconstitution • Hsp90 단백질 단지와 재가입 바인딩

Hsp90 is an essential and highly abundant molecular chaperone protein that has been found to regulate more than 150 eukaryotic signaling proteins, ...

Do-It-Yourself Device for Recovery of Cryopreserved Samples Accidentally Dropped into Cryogenic Storage Tanks

Liquid nitrogen is colorless, odorless, extremely cold (-196 &deg;C) liquid kept under pressure. It is commonly used as a cryogenic fluid for long term storage of biological materials such as blood, cells and tissues 1,2. The cryogenic nature of liquid nitrogen, while ideal for sample preservation, can cause rapid freezing of live tissues on contact - known as 'cryogenic burn'2, which may lead to severe frostbite in persons closely involved in storage and retrieval of samples from Dewars. Additionally, as liquid nitrogen evaporates it reduces the oxygen concentration in the air and might cause asphyxia, especially in confined spaces2.
In laboratories, biological samples are often stored in cryovials or cryoboxes stacked in stainless steel racks within the Dewar tanks1. These storage racks are provided with a long shaft to prevent boxes from slipping out from the racks and into the bottom of Dewars during routine handling. All too often, however, boxes or vials with precious samples slip out and sink to the bottom of liquid nitrogen filled tank. In such cases, samples could be tediously retrieved after transferring the liquid nitrogen into a spare container or discarding it. The boxes and vials can then be relatively safely recovered from emptied Dewar. However, the cryogenic nature of liquid nitrogen and its expansion rate makes sunken sample retrieval hazardous. It is commonly recommended by Safety Offices that sample retrieval be never carried out by a single person. Another alternative is to use commercially available cool grabbers or tongs to pull out the vials3. However, limited visibility within the dark liquid filled Dewars poses a major limitation in their use.
In this article, we describe the construction of a Cryotolerant DIY retrieval device, which makes sample retrieval from Dewar containing cryogenic fluids both safe and easy.

Here we present a low cost, durable cryotolerant device for sample retrieval from Dewar tanks filled with liquid nitrogen. The ease of construction and modular design of the device makes the process of sample retrieval from cryogenic tanks safe and easy.

Cryopreserved 샘플 복구를 위해 손수 함 장치 실수로 극저온 저장 탱크 떨어졌고

Liquid nitrogen is colorless, odorless, extremely cold (-196 &deg;C) liquid kept under pressure. It is commonly used as a cryogenic fluid for long term ...

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

The nematode C. elegans has emerged as an important model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as it relates to human obesity and its associated pathologies. Several previous methodologies developed for the visualization of C. elegans triglyceride-rich fat stores have proven to be erroneous, highlighting cellular compartments other than lipid droplets. Other methods require specialized equipment, are time-consuming, or yield inconsistent results. We introduce a rapid, reproducible, fixative-based Nile red staining method for the accurate and rapid detection of neutral lipid droplets in C. elegans. A short fixation step in 40% isopropanol makes animals completely permeable to Nile red, which is then used to stain animals. Spectral properties of this lipophilic dye allow it to strongly and selectively fluoresce in the yellow-green spectrum only when in a lipid-rich environment, but not in more polar environments. Thus, lipid droplets can be visualized on a fluorescent microscope equipped with simple GFP imaging capability after only a brief Nile red staining step in isopropanol. The speed, affordability, and reproducibility of this protocol make it ideally suited for high throughput screens. We also demonstrate a paired method for the biochemical determination of triglycerides and phospholipids using gas chromatography mass-spectrometry. This more rigorous protocol should be used as confirmation of results obtained from the Nile red microscopic lipid determination. We anticipate that these techniques will become new standards in the field of C. elegans metabolic research.

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

We present robust biochemical and microscopic methods for studying Caenorhabditis elegans lipid stores. A rapid, simple, fixing-staining procedure for fluorescent lipid droplet imaging leverages the spectral properties of the lipophilic dye Nile red. We then present biochemical measurement of triglycerides and phospholipids using solid phase extraction and gas chromatography-mass spectrometry.

에서 지방 질량의 생화학 및 높은 처리량 미세 평가<em&gt; Caenorhabditis Elegans</em

The nematode C. elegans has emerged as an important  model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as  it relates to human ...

Biochemical Titration of Glycogen In vitro

Glycogen is the main energetic polymer of glucose in vertebrate animals and plays a crucial role in whole body metabolism as well as in cellular metabolism. Many methods to detect glycogen already exist but only a few are quantitative. We describe here a method using the Abcam Glycogen assay kit, which is based on specific degradation of glycogen to glucose by glucoamylase. Glucose is then specifically oxidized to a product that reacts with the OxiRed probe to produce fluorescence. Titration is accurate, sensitive and can be achieved on cell extracts or tissue sections. However, in contrast to other techniques, it does not give information about the distribution of glycogen in the cell. As an example of this technique, we describe here the titration of glycogen in two cell lines, Chinese hamster lung fibroblast CCL39 and human colon carcinoma LS174, incubated in normoxia (21% O2) versus hypoxia (1% O2). We hypothesized that hypoxia is a signal that prepares cells to synthesize and store glycogen in order to survive1.

Biochemical Titration of Glycogen In vitro

We describe here an accurate, reproducible and convenient biochemical method for titration of glycogen in vitro. This technique uses the Abcam Glycogen assay kit and is based on successive hydrolysis of glycogen to glucose and glucose titration by fluorescence.

글리코겐의 생화학 적정<em&gt; 체외</em

Glycogen is the main energetic polymer of glucose in vertebrate animals and plays a crucial role in whole body metabolism as well as in cellular ...

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the function and regulation of protein folding was studied in vitro, in isolated tissue culture cells and in unicellular organisms. Recent studies have uncovered links between protein homeostasis (proteostasis), metabolism, development, aging, and temperature-sensing. These findings have led to the development of new tools for monitoring protein folding in the model metazoan organism Caenorhabditis elegans. In our laboratory, we combine behavioral assays, imaging and biochemical approaches using temperature-sensitive or naturally occurring metastable proteins as sensors of the folding environment to monitor protein misfolding. Behavioral assays that are associated with the misfolding of a specific protein provide a simple and powerful readout for protein folding, allowing for the fast screening of genes and conditions that modulate folding. Likewise, such misfolding can be associated with protein mislocalization in the cell. Monitoring protein localization can, therefore, highlight changes in cellular folding capacity occurring in different tissues, at various stages of development and in the face of changing conditions. Finally, using biochemical tools ex vivo, we can directly monitor protein stability and conformation. Thus, by combining behavioral assays, imaging and biochemical techniques, we are able to monitor protein misfolding at the resolution of the organism, the cell, and the protein, respectively.

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

To study the relationship between protein homeostasis, stress and aging, we monitored changes in protein folding by following protein dysfunction, protein localization in the cell and protein stability at the organismal, cellular and protein levels, using the genetically tractable metazoan Caenorhabditis elegans as a model system.

사용<em&gt; 예쁜 꼬마 선충</em&gt; 다세포 생물의 단백질 항상성을 연구하는 모델 시스템으로

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the ...

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified and/or determined via proteomic approaches, and/or immunoblotting with methyl-arginine specific antibodies. However, these techniques sometimes can be misleading and often provide false positive results. Most importantly, these techniques cannot provide direct evidence in support of the PRMT substrate specificity. In vitro methylation assays, on the other hand, are useful biochemical assays, which are sensitive, and consistently reveal if the identified proteins are indeed PRMT substrates. A typical in vitro methylation assay includes purified, active PRMTs, purified substrate and a radioisotope labeled methyl donor (S-adenosyl-L-[methyl-3H] methionine). Here we describe a step-by-step protocol to isolate catalytically active PRMT1, a ubiquitously expressed PRMT family member. The methyl transferase activities of the purified PRMT1 were later tested on Ras-GTPase activating protein binding protein 1 (G3BP1), a known PRMT substrate, in the presence of S-adenosyl-L-[methyl-3H] methionine as the methyl donor. This protocol can be employed not only for establishing the methylation status of novel physiological PRMT1 substrates, but also for understanding the basic mechanism of protein arginine methylation.

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

Protein arginine methylation, catalyzed by a class of enzymes viz., protein arginine methyl transferases (PRMTs), is the process of enzymatic addition of methyl group(s) to arginines within proteins. The in vitro methylation assay is the most dependable tool for assessing the methylation status of known or novel PRMT substrates.

체외 메틸화 분석에서 단백질 아르기닌 메틸화를 공부합니다

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified ...