우리는 제공 하는 교육 및 cervid PrP 세균성 식 플라스 미드 박사 바이런 Caughey (NIH 록 키 마운틴 연구소)에 감사입니다. SG는 캐나다 연구의 자 프로그램에 의해 지원 됩니다. 우리는이 연구에 대 한 자금 게놈 캐나다, 앨버타 프리온 연구소와 앨버타 농업 게놈 알버타, 캘거리 대학이이 작품 지원 통해 임업에서 SG을 인정 합니다. 우리는 동물 연구에 대 한 마가렛 Gunn 재단에서 연구 보조금을 인정합니다.

1. RT QuIC 사용 하 여 배설물 소재 배설물의 10 mL를 분 변 물질의 1 g를 추가 하 여 <ol><ol><li>확인 cervid 배설물의 준비 추출 <li>지저분한 homogenate 추출 버퍼 (20 m m 인산 나트륨, pH 7.1, 130 m m NaCl, 0.05% 트윈 20, 1 밀리미터 PMSF 및 1 x 완료 protease 억제제, EDTA 무료) 10% (w/v)의 최종 농도 주고. 균질 버퍼의 이용 전에 준비 하 고-20에 저장 수 있다 ° c.</li>
		<li>Homogenize 찌 끼 펠 릿 (1 g) 그리고 실내 온도에서 1 분에 대 한 단백질에 대 한 제조 업체에서 미리 설정된 프로그램으로는 dissociator를 사용 하 여 (예를 들어, gentleMACS M 튜브) 튜브에 버퍼 (10 mL). 2 ~ 3 배 배설물 샘플은 버퍼에 완전히 무 균 때까지이 단계를 반복.</li>
		<li>Parafilm 튜브를 밀봉 하 고 상 온에서 1 h 보육에 대 한 플랫폼 또는 로타리 락 통에 넣어.</li>
		<li>실 온에서 5 분에 대 한 18000 x g에서 튜브 원심.</li>
		<li>수집 supernatants 단백질을 포함 하는 추출 하 고 aliquot 그들로 1.5 mL 튜브. Aliquots는 추가 응용 프로그램-80 ° C에 저장 될 수 있다.</li>
	</ol></li> <li>배설물에 농도의 PrP Sc 추출 참고: CWD prions 배설물 추출 샘플, RT QuIC 의해 검출 감도 향상에 집중 하기 위하여 단백질 강 수 단계 추가 하는 프로토콜.
	<ol><li>NaPTA 강 수 방법</li> <li>추가 250 µ L 지저분한 단백질의 1 ml N 라우릴 sarcosinate (sarkosyl)의 10% (w/v)의 2% (v/v)의 sarkosyl의 최종 농도 주고 추출.</li>
		<li>Parafilm으로 샘플을 포함 하 고 상수는 thermomixer 1400 rpm에 떨고 아래 30 분 동안 37 ° C에서 품 어 튜브 인감.</li>
		<li>나트륨 phosphotungstic 산 및 염화 마그네슘, pH 7.4 샘플에서 0.3% (w/v) 나트륨 phosphotungstic 산의 최종 농도를 170 mM의 10% (w/v)를 포함 하는 재고 솔루션 지저분한 단백질 추출 및 sarkosyl의 혼합 조정.</li>
		<li>400 rpm에서 일정 한 동요와 2 h 37 ° C에서 샘플을 품 어.</li>
		<li>15,800 x g. 30 분 제거는 supernatants 신중 하 게 대 한 샘플 14 ° C에서 원심.</li>
		<li>워시 버퍼에 그들을 resuspending 하 여 펠 릿을 세척 (10 mM Tris-Cl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5% 트리톤 X 100, 10 mM EDTA, 0.5% 나트륨 deoxycholate (w/v), 그리고 0.1 %sarkosyl (w/v)).</li>
		<li>15,800 x g.에서 15 분 제거는 supernatants 신중 하 게 대 한 샘플 14 ° C에서 원심.</li>
		<li>100 µ L에서 알 약 resuspend (1/10의 원래 양의 배설물 단백질 추출) RT QuIC 희석 버퍼의. 
		참고: RT QuIC 희석 버퍼 (20 m m 인산 나트륨, pH 6.9, 130 mM NaCl, 0.1 %SDS (w/v) 및 1 X N2 보충) 이용 전에 준비 된다. 10 ml 전체 볼륨 0.2 µ m acrodisc 주사기는 주사기를 사용 하 여 필터를 통해 필터링 및 사용까지-20 ° C에 저장.</li>
		<li>RT QuIC 분석 결과에서 활용까지-20 ° C에서 취급 하는 NaPTA 샘플 저장.</li>
	</ol></li> <li>RT QuIC 분석 결과 <ol><li>신선한 10mm Th-T 재고 솔루션 두 배 증류수 H 2 O 10 mL에 Th-T (0.032 g)를 준비.</li>
		<li>더블 재고 솔루션 H 2 O Th-T 1 m m의 최종 농도 0.2 µ m acrodisc 주사기를 통해 주사기를 사용 하 여 필터링 하는 필터를 만들기 위해 소 주 Th-T의 1:10 희석 확인.</li>
		<li>마우스 재조합 형 PrP (rPrP, aa 23-231) 기판 (RT QuIC 반응 당 10 µ g/mL) 얼음에-80 ° C에 저장을 해 동</li>
		<li>100 kDa 크기 제외 필터 microtubes로 한 번에 rPrP 기판 및 실 온 (1 관/필터 사용할 수 있습니다 최대 두 번까지)에서 5 분 14000 x g에서 원심 분리기의 부하 500 µ L.</li>
		<li>살 균 1.5 mL 튜브에 eluted 기판 전송 및 사용까지 4 ° C에서 그것을 유지.</li>
		<li>녹여 RT-QuIC 희석 버퍼 저장-20 ° c.</li>
		<li>RT QuIC에 씨앗 (지저분한 단백질 추출 물)의 게 희석 희석 버퍼: 
		Undiluted 샘플: undiluted 지저분한 단백질 추출 사용 2 x 10 -1 희석 2 x 10 -2를 희석 2 x 10 -3 희석</li> <li>RT QuIC 반응 혼합물에 대 한 재고 솔루션을 준비: 염 (인산 염 버퍼 PBS): 5 X NaCl: 2 M NaCl 더블 증류수 H 2 o. 준비의 솔루션 재고 
		EDTA: 100 mM EDTA 더블에서의 재고 솔루션 증류수 H 2 o.</li>
		<li>모든 솔루션 (단계 1.3.8)의 활용, 사전 0.2 µ m acrodisc 주사기는 주사기를 사용 하 여 필터를 통해 각 솔루션을 별도로 필터링 하 고 실내 온도에서 살 균 유지.</li>
		<li>가이 볼륨의 10% 플러스 모든 반응에 대 한 충분 한 혼합물을가지고 있는지 확인 하는 데 사용 될 샘플 (샘플 당 98 µ L 샘플 당 반응의 볼륨과 4 복제)의 수에 따라 실시간 QuIC 반응 혼합물의 총 볼륨을 준비 합니다.
		RT QuIC 반응 혼합물을 준비 하 <ol><li>사용 15 mL 튜브 (20 m m 인산 나트륨, pH 6.9, 300 m m NaCl, 1 mM EDTA, 10 µ M Th-T, 10 µ g/mL rPrP 기판, 및 두 배 증류수는 반응에서 rPrP 최종 농도 조정 하) 주식 솔을 사용 하 여 utions.</li>
			<li>필터 팁 한 피 펫을 사용 하 여 위아래로 pipetting으로 잘 모든 솔루션을 혼합. 소용돌이의 사용을 가능한 한 많이 피해.</li>
			<li>50 mL 일회용 pipetting 저수지에 혼합물을 부 어.</li>
			<li>96 잘 광학 바닥판의 각 음에 RT QuIC 반응 혼합물의 98 µ L를 멀티 채널 피 펫을 사용 하 여.</li>
		</ol></li> <li>각 undiluted의 RT QuIC 반응 2 µ L 또는 10 직렬 희석된 지저분한 단백질 추출에 추가. 4 복제에서 각 샘플 테스트. 
		참고: 각 실험에서 CWD 부정 및 검증된 CWD 양성 동물 배설물 샘플 (타지에서 2 x 10 -3에 배열 되는)의 직렬 희석 사용 됩니다 부정과 긍정적인 컨트롤로 각각.</li>
		<li>반복 사이클 1 분 더블 궤도 동요 (700 rpm)와 부 화에 걸쳐 휴식 1 분 25 h 42 ° C에서 플레이트 리더에서 잠복기 전에 씰링 테이프와 함께 접시를 봉인.</li>
		<li>정의 형광 측정 설정: 
		여기: 450 nm 방출: 480 nm 하단, 섬광의 수: 20 수동 이득: 1000 (기계에 따라 달라 집니다) 통합 시간: 20 µs</li> <li>25 헤의 끝에 플레이트 리더에서 플레이트를 제거</li>
		<li>우물 사이 잠재적인 오염을 방지 3 분 3000 x g에서 접시 아래로 회전.</li>
		<li>접시에서 봉인 제거.</li>
		<li>신선한 기판 및 신선한 형광을 포함 하는 RT QuIC 반응 혼합물의 90 µ L 염색 Th-T 1.3.1 1.3.6 섹션에 설명 된 대로 추가 하 여 새로운 96 잘 접시 준비.</li>
		<li>새로 준비 96 첫 번째 접시의 각 우물에서 전송 10 µ L 잘 접시.</li>
		<li>새 접시를 봉인 하 고 추가 50 h 단계 1.3.13에서에서 설명 하는 단계에 대 한 실시간 QuIC 분석 결과 계속 합니다. 50 h의 추가이 단계 75 헤의 총 반응 시간을 만들 것입니다 
		참고: RT QuIC 분석 결과의 모든 절차에 biosafety 캐비닛 아래 행해진다.</li>
		<li>데이터를 수집합니다.
		<ol><li>읽기 및 문서 각 음 마다 15 분의 Th-T 형광 신호</li>
			<li>총 사이클 quadruplicate 반응의 평균 데이터 분석 소프트웨어와 스프레드시트에 전송 사용 하 여 데이터를 수집.</li>
			<li>플롯 데이터의 평균. RT-QuIC (h)의 반응 시간에 해당 하는 x 축 고 y 상대 형광 단위 (RFU)에 해당 합니다. 알려진된 샘플의 희석에 해당 하는 각 곡선.</li>
			<li>각 실험에 부정적인 컨트롤의 가장 높은 평균 값을 계산 하 여 임계값을 구분 플러스 5 표준 편차 전류에 설명 된 대로 출판 문학 41. 
			참고: 모든 복제는 정의 된 임계값을 넘어 긍정으로 간주 됩니다. 임계값을 교차 하는 4 개의 복제에서 적어도 두 샘플 다음 간주 됩니다 긍정적인.</li>
		</ol></li></ol></li></ol> 2. 재조합 프리온 단백질 (rPrP)의 정화 <ol><li>세균성 주식 및 rPrP의 식의 성장 참고: 대장균 (대장균) 변형 벡터 애완 동물-24 인코딩으로 변환 되는 로제타 (DE3)는 마우스 PrP (잔류물 23-231)는 rPrP 준비 하 사용 되었다.
	<li>글리세롤 재고 로제타 (DE3)의 얼음에 애완 동물-24 mPrP(23-231)로 변형 해 동</li> <ol>
		<li>행진 파운드 (Luria Bertani) 최종 대 50 µ g/mL의 농도로 접시 하 고 37 ° C 배양 기에서 밤새 품 어. 번호판을 박테리아를 포함 하는 고체 미디어에 습도 응축을 피하기 위해 거꾸로 다는 것을 확인 하십시오. 두 접시 두 접시 중 하나 이상에 있는 성장 되도록 준비.</li>
		<li>준비 L 1 파운드 및 오토 클레이 브 살 균 수 있도록 그것.</li>
		<li>1 mL 대 (50 mg/mL)와 페니 (34 mg/mL)의 1 mL와 멸 균 파운드 미디어의 보충 1 L.</li>
		<li>대 및 페니 파운드 매체의 3 mL를 접종 하는 일회용 접종 루프를 사용 하 여 각 판의 한 식민지를 선택.</li>
		<li>장소 5-6 헤 대 한 225 rpm에서 일정 한 동요와 37 ° C에서 인큐베이터에서 미니 문화</li>
		<li>단백질 식의 유도 위한 Autoinduction 시스템 1 익스프레스 함께 파운드 미디어의 원래 1 l의 나머지 부분을 추가 하는 미니-문화.</li>
		<li>장소 2 L 플라스 크, 또는 20-24 h. 위해 200 rpm에서 지속적인 동요를 37 ° C에서 인큐베이터에 더 큰 문화</li>
		<li>1 L 문화 4 x 250 mL 원심 분리기 튜브로 분할.</li>
		<li>3750 x g 실 온에서 20 분에 문화를 포함 하는 튜브 아래로 회전.</li>
		<li>삭제는 상쾌한 50 mL 원심 분리기 튜브에 세균성 펠 릿 수집 그리고 추가 처리까지-80 ° C에서 그들을 멈추게. 결과 펠 릿 좋은 단백질 생산량에 대 한 3 ~ 4 g 무게 있다.</li>
	</ol></li> <li>포함 신체의 준비 <ol><li>몇 분 동안 37 ° C에서 냉동된 펠 릿 (3 ~ 4 g)를 녹여.</li>
		<li>동결 펠 릿-80 ° C에서 10 분 동안 한 번 더 하 고 다시 해 동. 중지 및 재개 두 번 더의이 단계를 반복 합니다.</li>
		<li>1 X 세균 펠 릿 resuspend 세포 시 약 (예: BugBuster 마스터 믹스) 철저 하 게 pipetting으로. 시 약의 5 mL를 사용 하 여 세균성 펠 릿의 1 g에 대 한. 완전히 혼합 균질 것을 확인 하십시오.</li>
		<li>품 어 실 온에서 20 분 동안 로커에 homogenate.</li>
		<li>실 온에서 20 분 16000 x g에서 homogenate 원심.</li>
		<li>신중 하 게 따르고 그것을 끊 여 supernatants 삭제</li>
		<li>균질 세포 시 약 이전 단계에서 사용 되는 X 1의 같은 볼륨에 있는 펠 릿.</li>
		<li>품 어 실 온에서 로커에 15 분 동안 homogenate.</li>
		<li>1시 10분의 충분 한 볼륨을 추가 (0.1 x) 세포 시 약 40 mL의 총 homogenate 볼륨을. 믹스 전도 의해 균질 잘 있는지 확인.</li>
		<li>7,900 x g 15 분에 homogenate 4 원심 ° c.</li>
		<li>신중 하 게 그것을 붓는 하 여 상쾌한 삭제</li>
		<li>세포 시 약 x 0.1의 40 mL에 펠 릿 resuspend.</li>
		<li>4에서 16000 x g 15 분에 homogenate 원심 ° c.</li>
		<li>신중 하 게 그것을 붓는 여는 상쾌한을 삭제 하 고 추가 처리까지 포함 하는-20 ° C에서 포함 시체 펠 릿 저장.</li>
	</ol></li> <li>단백질 정화 <ol><li>포함 시체 실 온에서 해 동.</li>
		<li>8 M guanidine-HCl의 14 mL에 해 동된 포함 시체를 분해 (38 g Guanidine 염 산 0.1 M NaPO 4 pH 8.0 및 채우기 H 2 O 50 mL; 정지 최종 솔루션에 pH를 조정 하지 않습니다) 단백질을 solubilize 하.</li>
		<li>잘 아래로 pipetting으로 균질에 있는지 확인 하십시오.</li>
		<li>50 분에 대 한 실 온에서 로커에 lysate 품</li>
		<li>Ni NTA 수 지의 준비 18 g (18 g 3 ~ 4 g 세균 펠 릿에 대 한) 비즈; 물 진공 및 100 mL 0.22 μ m 병 최고의 필터를 사용 하 여 100 mL로 씻.
		<ol><li>50 mL 튜브에 Ni NTA 수 지 구슬의 18 g를 배치 하 고 버퍼 (100 m m 인산 나트륨, 10 mM Tris, pH 8.0, 6 M guanidine 염 산 염, pH 8) 최종 볼륨을 변성 시키기에 충분 한 양의 추가 최대 50 mL.</li>
			<li>실 온에서 로커에 50 분 변성 버퍼에 구슬 equilibrate.</li>
		</ol></li> <li>포함 바디 lysate 불용 성 파편을 제거 하 5 분 16000 x g에서 원심.</li>
		<li>Equilibrated 구슬에는 상쾌한을 추가 하 고 알 약 삭제.</li>
		<li>Ni NTA 수 지를 단백질 바인딩 수 있도록 실 온에서 40 분 동안 로커 믹스 입었다. 
		참고: 니켈 킬레이트 구슬 PrP를 정화 하는 니켈 선호도 사용 됩니다. PrP의 히스티딘 풍부한 N 맨끝 영역 렌더링 단백질 어떤 그의 태그 없이 이온 니켈에 바인딩할 수 있는 nickel(II) 선호도.</li>
		<li>두 선 (A 및 B) 깨끗 하 게 물으로 씻어 FPLC.</li>
		<li>두 줄 (A 및 B) (열 아직 첨부 되어있습니다.) 시스템을 통해 변성 버퍼 (100 m m 인산 나트륨, 10 mM Tris, pH 8.0, 6 M guanidine 염 산 염, pH 8) 실행</li>
		<li>열에 수 지를 로드합니다. 공기 거품을 최소화 하기 위해 있는지 확인 하십시오.</li>
		<li>는 FPLC를 열을 연결 하 고 버퍼를 변성 시키기 0% 및 100%까지 버퍼 refolding 버퍼 A 변성 시키기 100%와 0 %refolding 버퍼 B의 (인산 나트륨 100 mM, 10 mM Tris, pH 8.0) 처음에에서 선형 그라디언트를 실행 합니다. 이 점차적인 변화 240 분 0.75 mL/min의 유량에서 실행 하 고 PrP의 적절 한 접는 필요. 
		참고: 크로마 정화 과정에서 변성된 PrP는 먼저 천천히 refolded 수 지에 변성 버퍼 교체 refolding 버퍼의 선형 그라디언트를 적용 하 여. 이 단계는 또한 chaotropic guanidine-HCl을 제거 합니다.</li>
		<li>100 %refolding 버퍼에서 0.75 mL/분 추가 30 분에 대 한 열을 통과 하 고 있는지 확인</li>
		<li>린스 차입 버퍼 (100 m m 인산 나트륨, 10 mM Tris, 이미 500 m m, pH 5.8) 뒤 물으로 A 라인 열 무시. 이 변성 버퍼는 지금에 의해 대체 되었습니다 차입 버퍼 AKTA 시스템에서 밖으로 청소 합니다.</li>
		<li>Refolding 버퍼 B와 0% 차입 버퍼 A 버퍼와 100% 차입 버퍼 refolding 0%로 처음에는 100%에서 40 분에 대 한 선형 그라디언트를 실행 하 여 2 mL/min에서 단백질을 Elute. 
		참고: 차입 버퍼에 이미의 높은 농도 PrP를 경쟁할 것 이다 &#39;는 nickel(II)에 s 바인딩. 기본 단백질 피크 elute 그라데이션을 통해 방법의 대략 1/3을 시작 한다.
		<ol><li>OD 280 nm 증가 대 한 크로마 시계.</li>
		</ol></li> <li>큰 피크의 중심에서 단백질을 포함 하는 튜브만 수집. 
		참고: 각 2 mL의 eluted 분수 15 mL 튜브에 수집 됩니다.</li>
		<li>투 버퍼 (인산 나트륨 10 m m, pH 5.8)의 약 1/3 볼륨 (1 mL)으로 즉시 튜브에 포함 된 단백질을 희석.</li>
		<li>얼음에 튜브를 즉시 배치</li>
		<li>Eluted 단백질 튜브에 포함 된 수영장.</li>
		<li>가난한 투 카세트 (분자량 컷오프 10 kDa)에 단백질.</li>
		<li>다음 미리 차게 투 버퍼 (3.6 L) 4 ° C에서 2 h에에서 카세트를 넣어 하룻밤을 위해 신선한 투 석 버퍼 (3.6 L)에 카세트를 전송. 확인 투 석 버퍼는 지속적인 동요에서.</li>
		<li>0.2 µ m acrodisc 주사기는 주사기를 사용 하 여 필터를 통해 단백질을 투 석 후 필터.</li>
		<li>BCA 단백질 분석 실험 키트를 사용 하 여 단백질 농도 측정.</li>
		<li>집중 0.3 mg/ml 단백질 농도 조정 하는 데 필요한 경우 희석 또는. 
		참고: SDS 페이지와 Coomassie 파란 얼룩이 순도 확인.</li>
		<li>단백질의 1 mL aliquots microcentrifuge 튜브 하 고 RT QuIC 프로토콜에 설명 된 대로 즉시 추가 사용까지-80 ° C에 저장.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>

저자는 공개 없다.

RT QuIC 이전 고용 되었다 소변 및 배설물 추출 물 구두로 감염 된 흰 꼬리 사슴, 뮬 사슴 38의 CWD prions를 검출 하기 위하여. 이 원고에 표시 된 시스템 RT QuIC 분석 결과의 적응된 방법입니다. 추가 단계는 검색 및 CWD prions 감염된 동물의 분 변 물질에 대 한 분석 결과의 감도 향상 시키기 위해 "클래식" RT QuIC 분석 결과에 통합 했다.
배설물 추출 물에서 낮은 감도 R...

프리온 질병 또는 전송 가능 해 encephalopathies (TSE) 인간, 소 면 뇌 질환 (BSE) 가축, 양, 염소, 그리고 만성 낭비 scrapie에에서 크로이츠펠트-야콥 병 (CJD)를 포함 한 신경 퇴행 성 장애는 질병 (CWD) cervids 1,2. TSEs 독특한 면 모양 및 두뇌에서 뉴런의 손실에 의해 특징. "단백질만" 가설에 따르면 prions PrPSc ('Sc' scrapie에 대 한) 3, 호스트 인코딩 세포 프리온 단백질, PrPC의 misfolded isoform의 주로 구성 됩니다. PrPSc 구조 바인딩할 다른 PrPC 분자를 변환 하는 씨앗 역할을 할 수 있는 ᵦ 시트 4,,56 농축에 PrPC 의 변환에서 유래한 다. 새로 생성 된 PrPSc 분자는 성장 폴리머 7,8 작은 올리고, 전염 성 핵의 더 높은 숫자의 결과로 침입에 통합 됩니다. PrPSc 집계 하는 경향이 고은 부분적으로 프로 테아 제 9,10.
CWD 야생과 농장 엘크 (Cervus 카 나 덴 시스), 사슴 (Odocoileus hemionus), 흰 꼬리 사슴 (WTD; 영향을 Odocoileus virginianus), 사슴 (Alces alces), 그리고 순 록 (Rangifer tarandus tarandus) 11,,1213. Cervid 상호 작용 및 infectivity 14,15의 환경 지 속성에 의해 선호 하는 수평 전송 가장 전염 성 프리온 질병을 여겨진다. PrPSc 축적과 infectivity 뇌에 수감 된다 다른 프리온 질병과는 달리 CWD에 이들은 또한 발견 된다 주변 조직과 체액에서 예 타 액, 소변, 대변 16,17, 18.
Immunohistochemistry는 PrPSc 분포 및 발생 병 변 19,20감지 하 CWD 진단에 대 한 황금 표준으로 간주 됩니다. ELISA 더 드문 경우에, 서쪽 오 점 CWD 진단을 위해 사용 됩니다. 따라서, 현재 프리온 질병 진단 주로 기반으로 사후 조직에 prions를 감지 합니다. 편도 또는 recto 항문 점 막 관련 림프 조직 (RAMALT) 생 검; 여 CWD에 대 한 축전 진단이 이다 그러나,이 절차는 침략 하며 동물의 캡처. 따라서, 소변, 대변, 등 쉽게 접근할 수 있는 견본의 사용 CWD 프리온 검출을 위한 실용적인 방법 것입니다. 그러나, 그 배설물 하버는 상대적으로 현재 진단 방법의 검출 한계 아래 prions의 농도가 낮은. 따라서, 더 과민 하 고 높은 처리량 진단 도구는 필요 합니다. 생체 외에서 변환 시스템, 순환 증폭 misfolding 단백질 분석 결과 (PMCA) 21, 아 밀 로이드 시드 분석 결과, 그리고 실시간 떨게 유발 변환 (RT-QuIC) 분석 결과 22,23, 24 는 매우 강력한 도구를 프리온 변환 프로세스 생체 외에서 모방을 PrPSc 의 자체 전파 기능을 악용 하 고 그로 인하여 감지 레벨 25에 PrPSc 의 총계의 존재를 증폭 ,26. 그러나 RT QuIC 방법, 활용 사실 β 시트 보조 구조에서 농축 변환 제품 특히 thioflavin T (Th-T)를 바인딩할 수 있습니다. 따라서, 시드 변환 시 재조합 형 PrP (rPrP)는 Th-T를 바인딩할 및 따라서 Th-T 시간이 지남에 상대적 형광 단위 (RFU)로 표현의 형광을 측정 하 여 실시간으로 검출 될 수 있는 녹말 체 소에 자 랍니다. 모니터링, 일단 상대 시드 활동, 그리고 지연 위상 등 양적 매개 변수를 평가 하는 RFU는 사용할 수 있습니다. 래그 단계는 rPrP 동안 반응의 초기 단계에서 변환 Th-T 형광의 탐지 한계 아래는 임계값에 도달 하는 데 필요한 시간을 (h)를 나타냅니다. 충분 한 녹말 체 핵 (nucleation/신장)의 형성을 수 반하는 명백한 지연 위상의 끝에는 Th-T 형광 임계값 수준을 초과 긍정적인 됩니다 때 발생 합니다. 소는 실시간으로 초기 PrPSc 또는 샘플에 포함 된 시드 활동에서 검출 될 수 있다 아 밀 로이드의 성장은 더 많은 씨를 생성 하는 시장 세분화에 의해 증폭 된다. 이 씨는 차례 차례로 녹말 체 섬유 성장의 급속 한 지 수 단계를 유도.
이 분석 결과 1 최저 감지할 수 있기 때문에 PrP사우스 캐롤라이나 24의 fg, 높은 감도 자격이 기술을 다양 한 주변 조직, 배설물 등에서 PrPSc 를 감지 하 여 안 테 부검 또는 비-침략 적 진단을 달성 하 표본 infectivity의 저급을 은닉의 종류입니다. RT QuIC 확실히 이점을 제공 한다 다른 분석 실험의 재현성, 실용성, 신속성 (50 시간 미만) 및 생물 검정에 비해 낮은 비용에 대 한. 그것은 쥡니다 PMCA;에 사용 등 기술적인 복잡성 방지 또한, 그것은 각의 어로 졸 오염 위험을 최소화 하는 테이프 봉인 microplate에 수행 됩니다. 다 잘 형식 같은 실험에서 최대 96 샘플의 분석을 수 있습니다. 잘못 된 반응의 재발 문제 및 생체 외에서 변환 분석에서 rPrP의 자발적인 변환에 대응 하기 위해 임계값 (컷오프)에서 RT-QuIC의 구현을 매우 유용 합니다. 실제로, 부정적인 컨트롤 (평균 RFU의 부정적인 샘플 + 5 SD 27)의 결과에 따라, 초기 계획 설정 됩니다는 긍정적이 고 부정적인 샘플 사이 차별을 할 수 있습니다. 각 샘플에 대 한 4 개의 복제를 사용 하 여 수 있습니다 따라서는 복제의 50% 이상에서 긍정적인 신호를 표시 하는 때 긍정적으로 샘플을 정의 하는 데 도움이 됩니다, 즉, 교차 하는 절단 28. 예: 이전 연구에서 햄스터 rPrP는 발견으로 인간의 PrPvCJD 에 동종 기판에 비해 더 민감한 기판 하 시드 및 양 scrapie 시드 반응 씨와 기판 사이의 homology RT QuIC에서 필요 하지 않습니다. 29. 햄스터 양 공상 rPrP 또한 인간의 변종 CJD prions 30감지 하 인간 rPrP 보다 더 적합된 기판 수를 제안 했다. 따라서, 다른 종에서 rPrP 기판의 사용이 분석이 결과에서 아주 일반적 이다. 이 분석 결과 산발적 CJD 31,,3233, 겐 등 여러 프리온 질환에 성공적으로 적용 되었습니다.etic 프리온 질병 34, 광우병 35,,3637, scrapie 23,36및 CWD 38,,3940,41, 42. RT QuIC 씨앗 PrPSc 38,,3940,41, 감지 하 모두 성공 했다 연구를 사용 하 여 중추 신 경계, 전체 혈액, 타 액, 소변 처리 42. 녹말 체 형성 억제제를 포함 될 수 있습니다 혈액 플라스마 등 샘플의 탐지 능력을 육성 하기 위해 Orrú 외. (2011) PrPSc immunoprecipitation (IP) 단계 및 RT-QuIC 빗질 하 여 녹말 체 형성의 잠재적인 억제제를 제거 하는 전략을 개발, "향상 된 QuIC" 분석 결과 (eQuIC) 라는. 또한, 기판 교체 단계 반응 시간 ~ 24 시간 후 감도 개량 하기 위하여 고용 되었다. 궁극적으로,로 1 PrPSc 의 ag eQuIC 30에 의해 감지 되었다.
배설물 추출 정화 하 고 배설물에 가능한 분석 결과 억제제를 제거, 실험 구강 감염 시 엘크에서 전 임상 및 임상 단계에서 수집 된 배설물 샘플 세제와 프로 테아 제 억제제를 포함 하는 버퍼에서 무 균 했다. 대변 추출 추가 나트륨 phosphotungstic 산 (NaPTA) 강 수를 통해 단백질 강 수를 활용 하는 샘플에 PrPSc 를 집중 하는 다른 방법론에 제출 했다. NaPTA 강 수 방법, Safar 외. 에 의해 처음으로 설명 43, 테스트 샘플에 PrPSc 를 집중 하는 데 사용 됩니다. 샘플 NaPTA의 인큐베이션 PrPC보다는 PrPSc 의 우선 강 수 발생합니다. 그러나, 분자 메커니즘이 아직 명확 하지 않습니다. 이 단계는 또한 포함 하 고 어떤 경우에 관찰 되는 rPrP의 자발적인 변환 방지 도움. 마지막으로, 배설물 추출 최적화 된 RT-QuIC 프로토콜에 기판 교체를 포함 하 여 기판으로 마우스 rPrP (aa 23-231)를 사용 하 여 탐지의 감도 향상 하 여 테스트 되었습니다.
여기 결과이 개선된 방법 CWD prions의 매우 낮은 농도 검출할 수 있다 검출 및 배설물 샘플 NaPTA 강 수와 기판 교체 없이 프로토콜에 비해 특이성의 감도 증가 보여줍니다. 이 메서드는 잠재적으로 다른 조직 및 체액에 적용할 수 있다 하며 CWD 감시 야생과 포로 cervids에 대 한 훌륭한 사용 될 수 있습니다.

<table><tbody><tr><td>&lt;strong&gt;Materials&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc seringe filters</td><td>PALL</td><td>4652</td><td></td></tr><tr><td>amicon Ultra-15 Centrifugal filter Unit</td><td>Millipore</td><td>UCF901024</td><td></td></tr><tr><td>BD 10 ml seringe</td><td>VWR</td><td>CA75846-842</td><td></td></tr><tr><td>Chloramphenicol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C0378</td><td></td></tr><tr><td>Corning bottle-top vacuum filters</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>431118</td><td></td></tr><tr><td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E4884</td><td></td></tr><tr><td>gentleMACS M Tube</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-093-236</td><td></td></tr><tr><td>Guanidine hydrochloride</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G4505</td><td></td></tr><tr><td>Imidazole</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I5513</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I9516</td><td></td></tr><tr><td>Kanamycin sulfate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>60615</td><td></td></tr><tr><td>Luria-Bertani (LB) broth</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12780029</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium chloride</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M9272</td><td></td></tr><tr><td>N2 supplement (100X)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15502048</td><td></td></tr><tr><td>N-lauroylsarcosine sodium salt (sarkosyl)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>ML9150</td><td></td></tr><tr><td>Nanosep centrifugal devices with omega membrane 100K</td><td>PALL</td><td>OD100C34</td><td></td></tr><tr><td>Nunc sealing tapes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>232702</td><td></td></tr><tr><td>Parafilm M</td><td>VWR</td><td>52858-000</td><td></td></tr><tr><td>phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P7626</td><td></td></tr><tr><td>Protease inhibitor tablet</td><td>Roche</td><td>4693159001</td><td></td></tr><tr><td>Sodium chloride</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S3014</td><td></td></tr><tr><td>Sodium deoxycholate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D6750</td><td></td></tr><tr><td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td><td>Calbiochem</td><td>7910-OP</td><td></td></tr><tr><td>sodium phosphate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>342483</td><td></td></tr><tr><td>Sodium phosphate dibasic anhydrous</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9763</td><td></td></tr><tr><td>Sodium phosphate monobasic monohydrate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9638</td><td></td></tr><tr><td>Sodium phosphotungstate hydrate (NaPTA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>496626</td><td></td></tr><tr><td>Thioflavin T</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T3516</td><td></td></tr><tr><td>Tris-Hydroxy-Methyl-Amino-Methan (Tris)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6066</td><td></td></tr><tr><td>Triton-100</td><td>Calbiochem</td><td>9410-OP</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P7949</td><td></td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Name&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Company&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Catalog Number&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Comments&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Commercial buffers and solutions&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>BugBuster Master Mix</td><td>Nogagen</td><td>71456-4</td><td></td></tr><tr><td>Ni-NTA superflow</td><td>Qiagen</td><td>1018401</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate-buffered saline (PBS) pH 7.4 (1X)</td><td>Life Technoligies</td><td>P5493</td><td></td></tr><tr><td>UltraPure Distilled Water</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Name&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Company&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Catalog Number&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Comments&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Standards and commercial kits&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Express Autoinduction System 1</td><td>Novagen</td><td>71300-4</td><td></td></tr><tr><td>Pierce BCA Protein Assay Kit</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>23227</td><td></td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Name&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Company&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Catalog Number&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Comments&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Equipment setup&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AKTA protein purification systems FPLC</td><td>GE Healthcare Life Sciences</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Beckman Avanti J-25 Centrifuge</td><td>Beckman Coulter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Beckman rotor JA-25.50</td><td>Beckman Coulter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Beckman rotor JA-10</td><td>Beckman Coulter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>FLUOstar Omega microplate reader</td><td>BMG Labtech</td><td></td><td></td></tr><tr><td>gentleMACS Dissociator</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-093-235</td><td></td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Name&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Company&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Catalog Number&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Comments&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Sofware&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MARS Data Analysis</td><td>BMG Labtech</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism6</td><td>GraphPad software</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

real-time quaking-induced conversion assay for detection of cwd prions in fecal material

RT QuIC 기술은 민감한 생체 외에서 셀 무료 프리온 증폭 분석 결과 기반으로 주로 시드 misfolding 및 변환에 대 한 템플릿으로 프리온 씨앗을 사용 하 여 재조합 프리온 단백질 (PrP) 기판의 집계입니다. RT QuIC는 실시간 중 합 효소 연쇄 반응 (PCR)는 소설 높은 처리 기술입니다. 녹말 체 fibril 성장의 감지 염료 ᵦ 시트 풍부한 단백질의 특정 상호 작용에 따라 fluoresces Thioflavin T를 기반으로 합니다. 따라서, 녹말 체 형성을 실시간으로 검색할 수 있습니다. 우리는 지저분한 추출 만성 낭비 질병 (CWD) prions를 검출 하기 위하여 신뢰할 수 있는 비-침략 적 선별 검사를 개발 하려고 결정 했습니다. 여기, 우리가 구체적으로 PrPSc 시드 CWD의 배설물에는 활동 감염 cervids 공개 RT QuIC 기술을 적응 시켰다. 처음에, 우리가 준비 배설물 추출의 시드 활동 상대적으로 낮은 RT QuIC 배설물 소재에 잠재적인 분석 결과 억제제 때문에 가능 하 게 했다. 대변 추출의 시드 활동 향상과 잠재력 분석 결과 억제제를 제거, 우리는 세제와 프로 테아 제 억제제를 포함 하는 버퍼에 배설물 샘플 무 균. 우리는 또한 PrP 단백질 강 수 나트륨 phosphotungstic 산, 및 원심력을 사용 하 여 기준Sc 집중 다른 방법론에 샘플을 제출. 마지막으로, 배설물 추출 최적화 된 RT-QuIC 탐지의 감도 향상 시키기 위해 프로토콜에 기판 교체를 포함 하 여 테스트 되었습니다. 따라서, 우리는 시드 여 RT-QuIC, 비-침략 적 CWD 진단에 대 한 실용적인 도구가 될 수 있는 전 임상 및 임상 cervids의 배설물에서 활동 하는 CWD 프리온의 민감한 감지에 대 한 프로토콜을 설립.

CWD 지저분한 추출 물 10% (w/v)에서 RT-QuIC 반응, 씨앗 수 있었다 아직 검출의 감도 낮은 27. RT QuIC 반응에 수 반하는 사용에 마우스 rPrP 기판의 높은 배경 형광을 피하기 위해 중요 한 단계는 지저분한 균질에 대 한 특정 버퍼를 사용 하는 보다 더 구체적인 수 사슴 rPrP 결과 27. NaPTA 강 수의 추가 반응 (그림 2)의 시드 활?...

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Real-time Quaking-induced Conversion Assay for Detection of CWD Prions in Fecal Material

여기, 우리는 간단, 신속 하 고 효율적인 프리온 증폭 기술, 실시간 떨게 유발 변환 (RT-QuIC) 메서드를 설명 하는 프로토콜을 제시.

실시간 떨게 유발 CWD Prions 지저분한 자료의 검색을 위한 변환 분석 결과

The RT-QuIC technique is a sensitive in vitro cell-free prion amplification assay based mainly on the seeded misfolding and aggregation of recombinant ...

real-time-quaking-induced-conversion-assay-for-detection-cwd-prions

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

13.6K 조회수.  University of Calgary. 여기, 우리는 간단, 신속 하 고 효율적인 프리온 증폭 기술, 실시간 떨게 유발 변환 (RT-QuIC) 메서드를 설명 하는 프로토콜을 제시.

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Monitoring Immune Cells Trafficking Fluorescent Prion Rods Hours after Intraperitoneal Infection

Presence of an abnormal form a host-encoded prion protein (PrPC) that is protease resistant, pathologic and infectious characterizes prion diseases such as Chronic Wasting Disease (CWD) of cervids and scrapie in sheep. The Prion hypothesis asserts that this abnormal conformer constitutes most or all of the infectious prion. The role of the immune system in early events in peripheral prion pathogenesis has been convincingly demonstrated for CWD and scrapie 1-3. Transgenic and pharmacologic studies in mice revealed an important role of the Complement system in retaining and replicating prions early after infection 4-6. In vitro and in vivo studies have also observed prion retention by dendritic cells 7-10, although their role in trafficking remains unclear 11-16. Macrophages have similarly been implicated in early prion pathogenesis, but these studies have focused on events occurring weeks after infection 3,11,17. These prior studies also suffer from the problem of differentiating between endogenous PrPC and infectious prions. Here we describe a semiquantitative, unbiased approach for assessing prion uptake and trafficking from the inoculation site by immune cells recruited there. Aggregated prion rods were purified from infected brain homogenate by detergent solubilization of non-aggregated proteins and ultracentrifugation through a sucrose cushion. Polyacrylamide gel electrophoresis, coomassie blue staining and western blotting confirmed recovery of highly enriched prion rods in the pelleted fraction. Prion rods were fluorochrome-labeled then injected intraperitoneally into mice. Two hours later immune cells from peritoneal lavage fluid, spleen and mediastinal and mesenteric lymph nodes were assayed for prion rod retention and cell subsets identified by multicolor flow cytometry using markers for monocytes, neutrophils, dendritic cells, macrophages and B and T cells. This assay allows for the first time direct monitoring of immune cells acquiring and trafficking prions in vivo within hours after infection. This assay also clearly differentiates infectious, aggregated prions from PrPC normally expressed on host cells, which can be difficult and lead to data interpretation problems in other assay systems. This protocol can be adapted to other inoculation routes (oral, intravenous, intranervous and subcutaneous, e.g.) and antigens (conjugated beads, bacterial, viral and parasitic pathogens and proteins, egg) as well.

Here we describe a novel assay for monitoring prion uptake and trafficking by immune cells immediately following intraperitoneal inoculation by purifying and fluorescently labeling aggregated prion rods from infected brain material then monitoring their uptake and movement from the injection site and characterizing the cells mediating these events.

Intraperitoneal 감염 후 면역 세포의 인신 매매 형광등 프리온 로즈 시간을 모니터링

Presence of an abnormal form a host-encoded prion protein (PrPC) that is protease resistant, pathologic and infectious characterizes prion diseases such ...

연구

면역학 및 감염병학

Protein Misfolding Cyclic Amplification of Prions

Prions are infectious agents that cause the inevitably fatal transmissible spongiform encephalopathy (TSE) in animals and humans9,18. The prion protein has two distinct isoforms, the non-infectious host-encoded protein (PrPC) and the infectious protein (PrPSc), an abnormally-folded isoform of PrPC 8.
One of the challenges of working with prion agents is the long incubation period prior to the development of clinical signs following host inoculation13. This traditionally mandated long and expensive animal bioassay studies. Furthermore, the biochemical and biophysical properties of PrPSc are poorly characterized due to their unusual conformation and aggregation states.
PrPSc can seed the conversion of PrPC to PrPSc in vitro14. PMCA is an in vitro technique that takes advantage of this ability using sonication and incubation cycles to produce large amounts of PrPSc, at an accelerated rate, from a system containing excess amounts of PrPC and minute amounts of the PrPSc seed19. This technique has proven to effectively recapitulate the species and strain specificity of PrPSc conversion from PrPC, to emulate prion strain interference, and to amplify very low levels of PrPSc from infected tissues, fluids, and environmental samples6,7,16,23 .
This paper details the PMCA protocol, including recommendations for minimizing contamination, generating consistent results, and quantifying those results. We also discuss several PMCA applications, including generation and characterization of infectious prion strains, prion strain interference, and the detection of prions in the environment.

Protein misfolding cyclic amplification (PMCA) is an in vitro assay for the study of prion conversion and strain and species barriers. It can also be used as a prion detection assay.

Prions의 단백질 Misfolding의 순환 증폭

Prions  are infectious agents that cause the inevitably fatal transmissible spongiform  encephalopathy (TSE) in animals and humans9,18. The prion protein ...

Detection of MicroRNAs in Microglia by Real-time PCR in Normal CNS and During Neuroinflammation

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many diseases associated with neuroinflammation such as multiple sclerosis (MS)2. Microglia in a normal CNS express macrophage marker CD11b and exhibit a resting phenotype by expressing low levels of activation markers such as CD45. During pathological events in the CNS, microglia become activated as determined by upregulation of CD45 and other markers3. The factors that affect microglia phenotype and functions in the CNS are not well studied. MicroRNAs (miRNAs) are a growing family of conserved molecules (~22 nucleotides long) that are involved in many normal physiological processes such as cell growth and differentiation4 and pathologies such as inflammation5. MiRNAs downregulate the expression of certain target genes by binding complementary sequences of their mRNAs and play an important role in the activation of innate immune cells including macrophages6 and microglia7. In order to investigate miRNA-mediated pathways that define the microglial phenotype, biological function, and to distinguish microglia from other types of macrophages, it is important to quantitatively assess the expression of particular microRNAs in distinct subsets of CNS-resident microglia. Common methods for measuring the expression of miRNAs in the CNS include quantitative PCR from whole neuronal tissue and in situ hybridization. However, quantitative PCR from whole tissue homogenate does not allow the assessment of the expression of miRNA in microglia, which represent only 5-15% of the cells of neuronal tissue. Hybridization in situ allows the assessment of the expression of microRNA in specific cell types in the tissue sections, but this method is not entirely quantitative. In this report we describe a quantitative and sensitive method for the detection of miRNA by real-time PCR in microglia isolated from normal CNS or during neuroinflammation using experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), a mouse model for MS. The described method will be useful to measure the level of expression of microRNAs in microglia in normal CNS or during neuroinflammation associated with various pathologies including MS, stroke, traumatic injury, Alzheimer's disease and brain tumors.

Microglia are resident macrophages that provide the first line of defense and immune surveillance of the central nervous system. MicroRNAs are regulatory molecules that play an important role in many physiological processes including activation and differentiation of macrophages. In this article, we describe the method for measurement of microRNAs in microglia.

일반 CNS의 실시간 PCR에 의한과 Neuroinflammation 동안 Microglia에 MicroRNAs의 탐지

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many ...

Procedures for Identifying Infectious Prions After Passage Through the Digestive System of an Avian Species

Infectious prion (PrPRes) material is likely the cause of fatal, neurodegenerative transmissible spongiform encephalopathy (TSE) diseases1. Transmission of TSE diseases, such as chronic wasting disease (CWD), is presumed to be from animal to animal2,3 as well as from environmental sources4-6. Scavengers and carnivores have potential to translocate PrPRes material through consumption and excretion of CWD-contaminated carrion. Recent work has documented passage of PrPRes material through the digestive system of American crows (Corvus brachyrhynchos), a common North American scavenger7.
We describe procedures used to document passage of PrPRes material through American crows. Crows were gavaged with RML-strain mouse-adapted scrapie and their feces were collected 4 hr post gavage. Crow feces were then pooled and injected intraperitoneally into C57BL/6 mice. Mice were monitored daily until they expressed clinical signs of mouse scrapie and were thereafter euthanized. Asymptomatic mice were monitored until 365 days post inoculation. Western blot analysis was conducted to confirm disease status. Results revealed that prions remain infectious after traveling through the digestive system of crows and are present in the feces, causing disease in test mice.

Scavengers have potential to translocate infectious transmissible spongiform encephalopathy prions in their feces to disease-free areas. We detail methods used to determine if mouse-adapted scrapie prions remain infectious after passage though the digestive tract of American crows (Corvus brachyrhynchos), a common consumer of dead animals.

조류 종의 소화 기관을 통과 한 후 감염성 프리온을 확인하기위한 절차

Infectious prion (PrPRes) material is likely the cause of fatal, neurodegenerative transmissible spongiform encephalopathy (TSE) diseases1. Transmission ...

Assessing Transmissible Spongiform Encephalopathy Species Barriers with an In Vitro Prion Protein Conversion Assay

Studies to understanding interspecies transmission of transmissible spongiform encephalopathies (TSEs, prion diseases) are challenging in that they typically rely upon lengthy and costly in vivo animal challenge studies. A number of in vitro assays have been developed to aid in measuring prion species barriers, thereby reducing animal use and providing quicker results than animal bioassays. Here, we present the protocol for a rapid in vitro prion conversion assay called the conversion efficiency ratio (CER) assay. In this assay cellular prion protein (PrPC) from an uninfected host brain is denatured at both pH 7.4 and 3.5 to produce two substrates. When the pH 7.4 substrate is incubated with TSE agent, the amount of PrPC that converts to a proteinase K (PK)-resistant state is modulated by the original host&#8217;s species barrier to the TSE agent. In contrast, PrPC in the pH 3.5 substrate is misfolded by any TSE agent. By comparing the amount of PK-resistant prion protein in the two substrates, an assessment of the host&#8217;s species barrier can be made. We show that the CER assay correctly predicts known prion species barriers of laboratory mice and, as an example, show some preliminary results suggesting that bobcats (Lynx rufus) may be susceptible to white-tailed deer (Odocoileus virginianus) chronic wasting disease agent.

Assessing Transmissible Spongiform Encephalopathy Species Barriers with an In Vitro Prion Protein Conversion Assay

Measuring the barrier to the interspecies transmission of prion diseases is challenging and typically involves animal challenges or biochemical assays. Here, we present an in vitro prion protein conversion assay with the ability to predict species barriers.

와 전염성 해면상 뇌증 종 장벽 평가<em&gt; 체외</em&gt; 프리온 단백질 변환 분석

Studies to understanding interspecies transmission of transmissible spongiform encephalopathies (TSEs, prion diseases) are challenging in that they ...

의학

Quantitation of Rabies Virus in Various Bovine Brain Structures

Bovine paralytic rabies (BPR) is a form of viral encephalitis that is of substantial economic importance throughout Latin America, where it poses a major zoonotic risk. Here, our objective was to utilize a laboratory protocol to determine the relative copy number of the rabies virus (RABV) genome in different bovine brain anatomical structures using quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). qRT-PCR quantifies the specific number of gene copies present in a sample based on fluorescence emitted after amplification that is directly proportional to the amount of target nucleic acid present in the sample. This method is advantageous owing to its short duration, reduced risk of contamination, and potential to detect viral nucleic acids in different samples more easily compared to other techniques. The brains of six rabid animals were divided into six anatomical structures, namely the Ammon&#8217;s horn, cerebellum, cortex, medulla, pons, and thalamus. All brains were identified as positive for RABV antigens based on a direct immunofluorescence test. The same anatomical structures from the brains of four RABV-negative bovines were also assessed. RNA was extracted from each structure and used for qRT-PCR. An assay was performed to determine the copy numbers of RABV genes using an in vitro transcribed nucleoprotein gene. The standard curve used to quantify viral RNA exhibited an efficiency of 100% and linearity of 0.99. Analysis revealed that the cortex, medulla, and thalamus were the ideal CNS portions for use in RABV detection, based on the observation that these structures possessed the highest levels of RABV. The test specificity was 100%. All samples were positive, no false positives were detected. This method can be used to detect RABV in samples that contain low levels of RABV during diagnosis of BPR.

This protocol presents a qRT-PCR-based approach for determining the rabies virus nucleoprotein (N) gene copy number within various bovine brain anatomical structures using in vitro transcription.

다양한 소 뇌 구조에서 광견병 바이러스의 양

Bovine paralytic rabies (BPR) is a form of viral encephalitis that is of substantial economic importance throughout Latin America, where it poses a major ...

Prion Safety Laboratory Swipe Test

Transmission of iatrogenic prion disease has occurred from contaminated neurosurgical tools, transplant materials, and occupational exposure to prion-contaminated laboratory tools. Prions cause disease by the templated misfolding of the normal cellular form of the prion protein, PrPC, into the misfolded and pathogenic form PrPSc and are invariably fatal. Reducing iatrogenic and occupational prion transmission is challenging. First, prions can bind to and persist on surfaces for long periods of time. Second, prions are highly resistant to inactivation. Given this, surfaces can retain infectivity for long periods of time following ineffective decontamination. Not only can this pose a potential occupational risk for prion laboratory workers, but it could potentially cross-contaminate laboratory experiments utilizing sensitive prion amplification techniques. The protocol described here for a prion safety laboratory swipe test includes steps for the identification and documentation of high-traffic laboratory areas, recommended swabbing controls to ensure the validity of results, steps to identify proper responses to positive surface swabbing sites, representative results from prion swipe testing, as well as potential artifactual results. Overall, the prion safety laboratory swipe test can be implemented as part of a broader prion safety program to assess decontamination of surfaces, monitor common spaces for prion contamination, and implement the documentation of prion decontamination status.

A method to assess commonly used areas in laboratory settings for prion contamination and effective decontamination is lacking. The protocol described here provides key fundamentals for implementing a laboratory prion safety swipe test that can easily be modified to meet the individual needs of specific laboratories.

Prion 안전 연구소 스와이프 테스트

Transmission of iatrogenic prion disease has occurred from contaminated neurosurgical tools, transplant materials, and occupational exposure to ...

Detection of Abnormal Prion Protein by Immunohistochemistry

Abnormal prion proteins (PrPSc) are the disease-associated isoform of cellular prion protein and diagnostic markers of transmissible spongiform encephalopathies (TSEs). These neurodegenerative diseases affect humans and several animal species and include scrapie, zoonotic bovine spongiform encephalopathy (BSE), chronic wasting disease of cervids (CWD), and the newly identified camel prion disease (CPD). Diagnosis of TSEs relies on immunodetection of PrPSc by application of both immunohistochemistry (IHC) and western immunoblot methods (WB) on encephalon tissues, namely, the brainstem (obex level). IHC is a widely used method that uses&#160;primary antibodies (monoclonal or polyclonal) against antigens of interest in cells of a tissue section. The antibody-antigen binding can be visualized by a color reaction that remains localized in the area of the tissue or cell where the antibody was targeted. As such, in prion diseases, as in other fields of research, the immunohistochemistry techniques are not solely used for diagnostic purposes but also in pathogenesis studies. Such studies involve detecting the PrPSc patterns and types from those previously described to identify the new prion strains. As BSE can infect humans, it is recommended that biosafety laboratory level-3 (BSL-3) facilities and/or practices are used to handle cattle, small ruminants, and cervid samples included in the TSE surveillance. Additionally, containment and prion-dedicated equipment are recommended, whenever possible, to limit contamination. The PrPSc IHC procedure consists of a formic acid epitope-demasking step also acting as a prion inactivation measure, as formalin-fixed and paraffin-embedded tissues used in this technique remain infectious. When interpreting the results, care must be taken to distinguish non-specific immunolabeling from target labeling. For this purpose, it is important to recognize artifacts of immunolabeling obtained in known TSE-negative control animals to differentiate those from specific PrPSc immunolabeling types, which can vary between TSE strains, host species, and prnp genotype, further described herein.

Immunolabeling abnormal prion protein using immunohistochemistry protocols requires specific sample and anti-PrP antibody preparation methodologies. The present protocol describes the key steps in epitope demasking to ensure proper PrP immunolabeling and to minimize non-specific background staining. Also, this approach considers biosafety measures when conducting immunohistochemistry studies with the prion-infected tissues.

면역조직화학에 의한 비정상적인 프리온 단백질 검출

Abnormal prion proteins (PrPSc) are the disease-associated isoform of cellular prion protein and diagnostic markers of transmissible spongiform ...

신경과학

Detecting Abnormal Prion Proteins in Brain Tissue Using Immunohistochemistry

Source: Orge, L., et al. <a href="https://app.jove.com/v/64560">Detection of Abnormal Prion Protein by Immunohistochemistry.</a> J. Vis. Exp. (2023).
This video demonstrates a technique to detect misfolded prion protein in brain sections using immunohistochemistry. Upon treating the brain section with formic acid to denature prions and minimize infection risk, as well as unmasking the prion aggregates using heat-induced epitope retrieval, the sections are immunolabeled for the misfolded prion protein aggregates and observed under a microscope.

면역조직화학을 이용한 뇌 조직에서 비정상적인 프리온 단백질 검출

1. Tissue sectioning and slide preparation

	Cut sections of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissues at 3-5 &#181;m thickness using a microtome.
	...

JoVE Encyclopedia of Experiments

Immunology

Antibody-Based Technologies

Characterization and Functional Analysis

Detection of Misfolded Prion Protein Aggregates in Mouse Brain Tissue Using Western Blotting

Take tissue homogenate from a mammalian brain that contains both normal prion proteins and misfolded prion aggregates responsible for neurodegenerative diseases.
Incubate with a proteolytic enzyme to digest the normal prions, leaving the resistant aggregates intact.
Treat the aggregates with a denaturing buffer at a high temperature to linearize the proteins and impart a uniform negative charge.
Load the sample onto an electrophoresis gel and separate the proteins into bands, which confirms the presence of aggregates.
Using an electric field, transfer the separated proteins onto a membrane.
Incubate the membrane in a blocking solution to mask non-specific binding sites.
Incubate with peroxidase enzyme-tagged antibodies, which bind specifically to the prion aggregates.
Wash the membrane to remove unbound antibodies, minimizing non-specific signals.
Add a chemiluminescent substrate and an oxidizing agent, enabling the peroxidase to oxidize the substrate and produce light.
Measure the light intensity to quantify misfolded prions in the homogenate.