이 연구에서 교육, 문화, 스포츠, 과학 및 기술 (MEXT) 일본의 연구비에 의해 융자 되었다 (화력 15 K 00408, 24659011, 24640156, 245900425 및 22390005 신 아오키에 대 한), 도쿄 생 화 확 적인 연구에서 교부 금에 의해 재단, 도쿄, 일본, 그리고 전략적 연구 분야에 대 한 상태 (도쿄 대학의 과학) 기금. 우리는 질량의 측정을 위한 Fukiko 하세가와 (약 학 교수, 도쿄 대학의 과학) NMR 스펙트럼의 측정을 위한 노리코 Sawabe (학부 약 학, 도쿄 대학의 과학)를 감사 하 고 싶습니다. 스펙트럼, 그리고 토모 코 마 츠 오 (도쿄 대학의 과학 기술과 과학 연구소) 원소 분석의 측정을 위한.

참고: 합성된 화합물의 모든 실험 데이터 [NMR, 적외선 spectroscopies (IR), 대량 spectroscopies (MS), 광학 회전 및 원소 분석 데이터] 이전 종이51에서 보고 되었다.
1. O-Glycosylation 반응에 대 한 절차
<ol><li>화합물 α/β-12 (표 1에 항목 12)의 합성 참고: 항목 1-13 표 1 에 비슷한 절차를 사용 하 여 실행 되었다.<ol>
<li>
2', 3'-diol ribonucleoside40 의 임시 보호
		<ol>
<li>10 mL에 배 모양의 플라스 크 (플라스 크 1), mannosyl 기증자 α-9 (28.4 mg, 0.0486 mmol)52, uridine 10 (7.9 mg, 0.0324 mmol)과 4-해산 (trifluoromethyl) phenylboronic 산 11 c (9.3 mg, 0.0490 mmol) 무수 피리 딘 (0.40에 mL)입니다. 참고: 10 mL 배 모양의 플라스 크를 사용 하 여 것이 좋습니다 단계 1.1.3.1, 반응 혼합물 플라스 크 2 (10 mL 2 목 둥근 바닥 플라스 크 그것에 연결 된 심장으로)로 전송 됩니다 때문에 분말을 체 포함 하는 분자.</li>
			<li>공동 모든 물을 제거 하 반응 혼합물 (단계 1.1.1.1에서에서 얻은) 무수 피리 딘 (0.40 mL, 3 배)와 무수 1, 4-dioxane (0.40 mL, 3 x) ca. 40 ° C로 실 온에서 증발.</li>
			<li>찌 꺼 기 (단계 1.1.1.2에서에서 얻은) 무수 1, 4-dioxane (0.32 mL)에 녹이 고 boronic 에스테 르 (임시 보호)를 1 시간에 대 한 환류 온도에서 반응 혼합물을 저 어.</li>
			<li>진공 펌프에 의해 다음 회전 증발 기를 사용 하 여 용 매를 제거 합니다.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
분자 체의 활성화
		<ol>
<li>그것 (플라스 크 2)에 연결 된 심장으로 10 mL 2 목 라운드-하단 술병, 추가 4 Å 분자 체 분말 (64 mg). 참고: 적절 한 분자 체 (3 이기에 Å)과 1, 4-dioxane, dichloromethane, 및 propionitrile 4 Å glycosylation 사용 용 매에 따라 선택 되어야 합니다.</li>
			<li>분자 체 대기압에서 전자 레인지에가 열 하 고 감소 압력 (3 배), 진공 펌프에 의해 대피 멋진 다음 여러 번 아르곤 가스와 공기를 교체 하는 동안 감소 압력 열 총으로 그들을 건조.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Glycosylation
		<ol>
<li>1.1.1.4 단계의 잔류물을 디졸브. 플라스 크 1 propionitrile (0.64 mL)에 또는 다른 용 매와 플라스 크 2에이 솔루션을 전송. 참고: 이기, 1, 4-dioxane, dichloromethane, 그리고 propionitrile 각각 항목 1-7 및 9, 항목 10, 11 항목 및 항목 8, 12, 및 13, 사용 되었다.</li>
			<li>플라스 크 2 0.5 h-40 ° c에 냉각 뒤 실 온에서에서 반응 혼합물을 저 어 참고: 온도 glycosylation (dichloromethane 및 propionitrile-40 ° C), 1, 4-dioxane의 실내 온도-20 ° C 이기에 사용 하는 용 매에 따라 변경 되었습니다.</li>
			<li>1.1.3.2 단계에서 사용 되는 것으로 서 동일한 온도에서 반응 혼합물은 triflate (49.9 mg, 0.194 mmol)과 p-toluenesulfenyl 염화 (12.8 µ L, 0.0968 mmol)를 추가 합니다.</li>
			<li>1.5 h에 대 한 동일한 온도에서 반응 혼합물을 저 어.</li>
			<li>헥 산/에틸 아세테이트와 얇은 층 크로마토그래피 (TLC)에 의해 반응 확인 [3/1 (v/v)] glycosyl 기증자를 확인 하기 [고정 요소 (Rf) (기증자 α-9) = 0.63]와 클로 프롬/메탄올 [10/1 (v/v))]는 glycosyl 확인 하기 수락자와 제품 [Rf (수락자 10) 0.03, Rf (원하는 제품) = 0.50 =].</li>
			<li>포화 수성 나트륨 중 탄산염 (1.0 mL)와 반응 혼합물을 냉각, 클로 프롬 (2.0 mL)와 희석 Celite와 불용 성 물질을 제거 하 고 신중 하 게 클로 프롬 (20 mL)와 Celite를 씻어.</li>
			<li>워시 포화 수성 나트륨 중 탄산염 (20 mL, 3 배)와 소금물 (20 mL) 100 mL separatory 깔때기를 사용 하 여 여과 액 (유기 레이어).</li>
			<li>건조 황산 나트륨과 결과 유기 레이어, 불용 성 물질을 필터링 하 고 회전 증발 기를 사용 하 여 여과 액을 집중.</li>
			<li>대략 열 크로마토그래피에 의해 남은 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-50/1 (v/v)] 감당할 원유 5'-O-(6"-O-아 세 틸-2", 3", 4"-트라이-O-벤 질-α/β-ᴅ-mannopyranosyl) uridine를 포함 하는 부산물 (15.2 mg, 무색 시럽)의 작은 수량입니다.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Acetylation
		<ol>
<li>5 mL 유리병에 단계 1.1.3.9 무수 피리 딘 (0.20 mL)에서 준비 결과 원유 화합물을 디졸브.</li>
			<li>추가 N,N-디 메 틸-4-aminopyridine (촉매 금액)와 아세트산 무수 물 (20.4 µ L, 0.0216 mmol: 원유 화합물을 기반으로 10 등가물) 0 ° c.에 해결책을</li>
			<li>실내 온도에 온난 하 여 다음 0.5 h에 대 한 동일한 온도에서 반응 혼합물을 저 어.</li>
			<li>밤새 교 반 후 클로 프롬/메탄올을 가진 TLC에 의해 반응 확인 [30/1 (v/v)] [Rf (α/β-12) = 0.45].</li>
			<li>클로 프롬 (20 mL)와 반응 혼합물을 희석.</li>
			<li>1 M 염 산 (20 mL, 3 배), 포화 수성 나트륨 중 탄산염 (20 mL, 3 배), 소금물 (20 mL) 100 mL separatory 깔때기를 사용 하 여 유기 층을 씻어.</li>
			<li>건조 황산 나트륨과 결과 유기 레이어, 불용 성 물질을 필터링 하 고 회전 증발 기를 사용 하 여 여과 액을 집중.</li>
			<li>칼럼 크로마토그래피에 의해 남은 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-90/1 (v/v)] 게 α/β-12 (15.8 밀리 그램, 61%, α/β = 1.6/1, 무색 무 조직 고체).</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>화합물 β-22 β-30 (표 2) 및 β-33 (표 3)의 합성 참고:의 β-합성22-Β-30β-33비슷한 절차를 사용 하 여 밖으로 실행 했다.<ol><li>복합 β-22 (표 2의 항목 1)의 합성
		<ol>
<li>
2 ', 3'-diol ribonucleoside의 임시 보호
			<ol>
<li>10 mL에 배 모양의 플라스 크 (플라스 크 3), 해산 아데노신 13 (20.4 m g, 0.0763 mmol), galactosyl 기증자 β-21 (80.4 mg, 0.114 mmol)53및 4-(trifluoromethyl) phenylboronic 산 11 c (21.7 mg, 0.114 mmol) 무수에 pyridine (0.76 mL)입니다. 주: 10 mL 배 모양의 플라스 크를 사용 하 여 것이 좋습니다 때문에 반응 혼합물 플라스 크 4 (10 mL 2 목 둥근 바닥 플라스 크 그것에 연결 된 심장으로) 옮겨질 것 이다 1.2.1.3.1 단계에서 파우더를 체 포함 하는 분자.</li>
				<li>공동 모든 물을 제거 하 반응 혼합물 (단계 1.2.1.1.1에서에서 얻은) 무수 피리 딘 (0.76 mL, 3 배)와 무수 1, 4-dioxane (0.76 mL, 3 x) ca. 40 ° C로 실 온에서 증발.</li>
				<li>찌 꺼 기 (단계 1.2.1.1.2에서에서 얻은) 무수 1, 4-dioxane (0.76 mL)에 녹이 고 boronic 에스테 르 (임시 보호)를 1 시간에 대 한 환류 온도에서 반응 혼합물을 저 어.</li>
				<li>진공 펌프에 의해 다음 회전 증발 기를 사용 하 여 용 매를 제거 합니다.</li>
			</ol>
</li>
			<li>
분자 체의 활성화
			<ol>
<li>그것 (플라스 크 4)에 연결 된 심장으로 10 mL 2 목 라운드-하단 술병, 추가 4 Å 분자 체 분말 (150mg).</li>
				<li>분자 체 대기압에서 전자 레인지에가 열 하 고 감소 압력 (3 배), 진공 펌프에 의해 대피 멋진 다음 여러 번 아르곤 가스와 공기를 교체 하는 동안 감소 압력 열 총으로 그들을 건조.</li>
			</ol>
</li>
			<li>
Glycosylation
			<ol>
<li>단계 1.2.1.1.4의 잔류물을 디졸브. propionitrile (1.50 mL)에서 플라스 크 3에서에서 플라스 크 4이 솔루션을 전송.</li>
				<li>0.5 h,-40 ° c.에 그것을 냉각 하 여 다음에 대 한 실 온에서 반응 혼합물을 저 어</li>
				<li>1.2.1.3.2 단계에서 언급 한 같은 온도에서 반응 혼합물은 triflate (117.6 mg, 0.458 mmol)과 p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol)를 추가 합니다.</li>
				<li>1.5 h에 대 한 동일한 온도에서 반응 혼합물을 저 어.</li>
				<li>헥 산/에틸 아세테이트와 TLC에 의해 반응 확인 [2/1 (v/v)] glycosyl 기증자를 확인 하기 [Rf (기증자 β-21) = 0.62]와 클로 프롬/메탄올 [10/1 (v/v)] glycosyl 수락자와 제품 [Rf (수락자 13 ) = 0.05, Rf (원하는 제품) 0.30 =].</li>
				<li>포화 수성 나트륨 중 탄산염 (2.0 mL)와 반응 혼합물을 냉각, 클로 프롬 (3.0 mL)와 희석 Celite를 통해 불용 성 물질을 제거 하 고 신중 하 게 클로 프롬 (30 mL)와 Celite 를 씻어.</li>
				<li>워시 포화 수성 나트륨 중 탄산염 (30ml, 3 배)와 소금물 (30 mL) 100 mL separatory 깔때기를 사용 하 여 여과 액 (유기 레이어).</li>
				<li>건조 황산 나트륨과 결과 유기 레이어, 불용 성 물질을 필터링 하 고 회전 증발 기를 사용 하 여 여과 액을 집중.</li>
				<li>칼럼 크로마토그래피에 의해 남은 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-30/1 (v/v)] β-22 (27.4 mg, 42%, 무색 고체)를 여유.</li>
			</ol>
</li>
		</ol></li>
		<li>복합 β-23 (표 2의 항목 2)의 합성
		<ol>
<li>행동 반응 14 (28.4 mg, 0.0765 mmol)54, β-21 (80.5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21.8 mg, 0.115 mmol)을 사용 하 여, p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.8 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 그리고 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-50/1 (v/v)] β-23 (21.9 밀리 그램, 30%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-23) 0.37 = [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>복합 β-24 (표 2의 항목 3)의 합성
		<ol>
<li>반응 15 (21.6 mg, 0.0763 mmol), β-21 (80.5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21.8 mg, 0.115 mmol), p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.6 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (를 사용 하 여 수행 0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 및 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-8/1 (v/v)] β-24 (8.1 mg, 12%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-24) = 0.20 [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>합성 화합물의 β-(표 2의 항목 4) 25
		<ol>
<li>행동 반응 16 (27.0 mg, 0.0764 mmol)55, β-21 (80.5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21.8 mg, 0.115 mmol)을 사용 하 여, p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.8 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 그리고 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-20/1 (v/v)] β-25 (31.4 mg, 44%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-25) = 0.27 [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>복합 β-26 (표 2의 항목 5)의 합성
		<ol>
<li>10 (18.6 mg, 0.0762 mmol), β-21 (80.4 mg, 0.114 mmol), 11 c (21.7 mg, 0.114 mmol), p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.6 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (를 사용 하 여 반응 실시 0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 및 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-40/1 (v/v)] β-26 (26.1 mg, 42%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-26) = 0.45 [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>복합 β-27 (표 2의 항목 6)의 합성
		<ol>
<li>17 (19.7 mg, 0.0763 mmol), β-21 (80.5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21.8 mg, 0.115 mmol), p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.6 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (를 사용 하 여 반응 실시 0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 및 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-40/1 (v/v)] β-27 (33.8 mg, 53%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-27) = 0.50 [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>합성 화합물의 β-(표 2의 항목 7) 28
		<ol>
<li>18 (20.0 mg, 0.0763 mmol), β-21 (80.4 mg, 0.114 mmol), 11 c (21.7 mg, 0.114 mmol), p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.6 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (를 사용 하 여 반응 실시 0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 및 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬 후 에틸 아세테이트/클로 프롬 = 1/1 (v/v)] β-28 (38.8 mg, 61%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-28) = 0.33 [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>복합 β-29 (표 2의 항목 8)의 합성
		<ol>
<li>19 (18.5 ㎎, 0.0761 mmol), β-21 (80.4 mg, 0.114 mmol), 11 c (21.7 mg, 0.114 mmol), p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.6 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (를 사용 하 여 반응 실시 0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 및 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-10/1 (v/v)] β-29 (34.1 mg, 55%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-29) = 0.25 [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>복합 β-30 (항목 9 표 2에서)의 합성
		<ol>
<li>행위 20 (26.6 m g, 0.0766 mmol)56, β-21 (80.6 mg, 0.115 mmol), 11 c (21.8 mg, 0.115 mmol)을 사용 하 여 반응 p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.8 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 그리고 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-50/1 (v/v)] β-30 (28.0 mg, 40%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-30) 0.48 = [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
		<li>복합 β-33 (표 3의 항목 1)의 합성
		<ol>
<li>행동 반응 18 (20.0 mg, 0.0762 mmol), β-31 (80.4 mg, 0.114 mmol)57, 11 c (21.7 mg, 0.114 mmol)을 사용 하 여, p-toluenesulfenyl 염화 물 (30.3 µ L, 0.229 mmol), 실버 triflate (117.6 mg, 0.458 mmol), 무수 1, 4-dioxane (0.76 mL), 무수 propionitrile (1.50 mL), 그리고 4 Å 분자 체 (150mg). 칼럼 크로마토그래피에 의해 결과 찌 꺼 기를 정화 [실리 카 젤, 클로 프롬/메탄올 = 1/0-30/1 (v/v)] β-33 (34.5 mg, 54%, 무색 고체)를 주고. TLC: Rf (β-33) = 0.33 [클로 프롬/메탄올 = 10/1 (v/v)].</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>2. deprotection β-28 (그림 2)의
<ol><li>5 mL 유리병에서 β-28 (25.2 mg, 0.0300 mmol)와 메탄올 (2.0 mL)58에서 10 M methylamine를 추가 합니다.</li>
	<li>2 시간 뒤에 실내 온도에 온난 하 여 0 ° C에서 반응 혼합물을 저 어.</li>
	<li>13 h에 대 한 혼합 교 반, 후 클로 프롬/메탄올을 가진 TLC에 의해 반응 확인 [10/1 (v/v)] [Rf (β-35) 0.20 =].</li>
	<li>로터리 증발 기를 사용 하 여 반응 혼합물을 집중 한다.</li>
	<li>결과 잔류물 물 (15 mL)에 녹이 고 dichloromethane (15 mL, 3 배)과 수성 층을 씻어 50 mL separatory 깔때기를 사용 하 여.</li>
	<li>로터리 증발 기를 사용 하 여 수성 층을 집중 한다.</li>
	<li>대리점-고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC) 하 여 나머지 찌 꺼 기를 정화 [열: (octadecylsilane) 열 ODS (20Φ 250 m m x), eluent: 물 (0.1% [v] trifluoroacetic 산 포함), 유량: 8.0 mL/min, 탐지: 266 nm, 온도: 25 ° C, 유지 시간: 20 분] β-35 (7.9 mg, 62%, 무색 무 조직 고체)59줄.</li>
</ol>3. NMR 연구 주기적 Boronic 에스테 르 (그림 3 및 4)의
<ol><li>
준비 및 36의 측정
	<ol>
<li>10 mL 배 모양의 플라스 크에 해산 uridine 10 (34.3 m g, 0.140 mmol)과 4-(trifluoromethyl) phenylboronic 산 11 c (40.0 m g, 0.211 mmol) 무수 피리 딘 (1.00 mL)에.</li>
		<li>공동 모든 물을 제거 하 무수 피리 딘 (1.00 mL, 3 배)와 무수 1, 4-dioxane (1.00 mL, 3 x) ca. 40 ° C로 실 온에서 반응 혼합물을 증발.</li>
		<li>무수 1, 4-dioxane (1.40 mL)에 찌 꺼 기를 녹이 고 boronic 에스테 르 (임시 보호)를 1 시간에 대 한 환류 온도에서 반응 혼합물을 저 어.</li>
		<li>5 mL 유리병에 반응 혼합물 (0.14 mL)을 분배.</li>
		<li>진공 펌프에 의해 다음 회전 증발 기를 사용 하 여 5 mL 유리병에서 용 매를 제거 합니다.</li>
		<li>결과 잔류물 36 이기-d3 (0.64 mL)에 녹.</li>
		<li>1H, 11B, 19F NMR spectroscopies 25 ° c.에는 석 영 NMR 튜브를 사용 하 여 측정</li>
	</ol>
</li>
	<li>
준비 및 38의 측정
	<ol>
<li>11 c (40.0 m g, 0.211 mmol)에서 반응 혼합물 38 준비 단계 3.1의 비슷한 절차를 사용 하 여.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

저자는 공개 없다.

이 논문의 목적은 당 nucleosides 지루한 보호 그룹 조작 없이 보호 ribonucleosides를 사용 하 여 준비 하는 편리한 합성 방법을 보여주는 것입니다. 우리는 여기 nucleosides 통해 는 임시 2', 3'-diol 보호 주기적 boronic 에스테 르 (그림 1B)51의 regioselective Oglycosylations에 보고합니다.
주기적 boronic 에스테 르 중간의 준비는 중?...

nucleoside 탄수화물 moiety의 어원이 같은 말은이 당 nucleosides 연결 을 통해 O-glycosidic 본드, 자연스럽 게-발생 탄수화물 유도체1,2 의 귀중 한 클래스 구성 3,,45,,67. 예를 들어, 그들은 tRNA (전송 ribonucleic 산) 및 poly(ADP-ribose)와 같은 생물학 고분자에 통합 됩니다 (ADP 아데노신 diphosphate =), 뿐만 아니라 일부 항균 대리인 및 다른 생물학적 활성 물질 (예를 들어, adenophostins, amicetins, ezomycin)5,6,,89,10,11,12,13, 14,15,,1617,18,19. 따라서,이 당 nucleosides 및 그들의 유도체 약물 발견 연구에 대 한 리드 화합물을 것으로 예상 된다. 이 당 nucleosides의 합성에 대 한 방법론은 세 가지 범주로 분류 됩니다. 효소 O-glycosylation20,21, 화학 N-glycosylation5,9,,1622,23, 24, 그리고 화학 O-glycosylation7,9,14,16,18,,1924, 25,26,,2728,29,30,31,32,33, 34,35,,3637. 특히, 화학 Oglycosylation stereoselective 합성 및이 당 nucleosides의 대규모 합성에 대 한 효율적인 방법 것입니다. 이전 연구는 O-2'-deoxyribonucleoside 2 thioglycosyl 기증자 1, p-toluenesulfenyl 염화 물 및 triflate, 실버의 조합을 사용 하 여의 glycosylation 월급을 보여주었다는 원하는 당 nucleoside 3 (그림 1A; 아칸소 = aryl 및 PG = 보호 그룹)38.
이러한 결과 따라 우리는 ribonucleosides p-toluenesulfenyl 염화 물/실버 triflate 발기인 시스템 적용의 Oglycosylation를 개발 하기로 결정 했다. 동안 부분적으로 보호 된 ribonucleosides의 Oglycosylation의 몇 가지 예제 시연된7,9,,1416,18,19 ,,2432,33,34,35,36,37, 피임 또는 일시적으로 보호의 사용 ribonucleosides Oglycosylation 위한 glycosyl 수락자로 사소 하 게 보고 되었습니다. 따라서, 피임 또는 일시적으로 보호 된 ribonucleosides의 regioselective Oglycosylation의 개발 보호 하는 ribonucleosides의 그룹 조작 없이 더 도움이 합성 방법을 제공할 것 이다. Ribonucleosides의 regioselective Oglycosylation, 달성 하기 위하여 우리가에 초점을 맞춘 붕 소 화합물 때문에 regio-또는 stereoselective acylation, 알, silylation, 및 탄수화물의 glycosylation의 몇 가지 예 파생 상품의 도움으로 boronic 또는 borinic 산39,40,41,,4243,44,45 를 보고 ,4647,,4849,50. 이 문서에서는,이 당 nucleosides ribonucleosides 통해 boronic 에스테 르 중간의 5'-수 산 기 그룹에서 regioselective Oglycosylation 활용의 합성에 대 한 절차를 설명 합니다. 여기에 제시 된 전략, boronic 에스테 르 중간 6 boronic 산 5에서 regioselective Oglycosylation 수 있는 ribonucleoside 4 의 에스테 르 화에 의해 여유 것 이라고는 게이 당 nucleoside 8 (그림 1B)51thioglycosyl 기증자 7 으로 5'-수 산 기 그룹. 우리는 또한 핵 자기 공명 (NMR) 분광학, boronic 에스테 르의 형성을 관찰 하 여 ribonucleoside 및 boronic 산의 상호 작용을 공부 했다. 있도록 boronic 에스테 르 glycosylation 반응을 에스테 르 화 무수 조건을 glycosyl 기증자와 boronic 에스테 르의 가수분해를 방지 하기 위해 필요 합니다. 이 문서에서는, 연구자와 학생 화학 뿐만 아니라 다른 연구 분야에 대 한 성공적인 glycosylation 반응 무수 조건을 얻기 위해 일반적인 절차 설명 합니다.

<table><tbody><tr><td>Silver trifluoromethanesulfonate</td><td>Nacalai Tesque</td><td>34945-61</td><td></td></tr><tr><td>Phenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>B0857</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;p&lt;/em&gt;-Methoxyphenylboronic acid</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>321-69201</td><td></td></tr><tr><td>4-(Trifluoromethyl)phenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>T1788</td><td></td></tr><tr><td>2,4-Difluorophenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>D3391</td><td></td></tr><tr><td>Cyclopentylboronic acid (contains varying amounts of Anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>C2442</td><td></td></tr><tr><td>4-Nitrophenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>N0812</td><td></td></tr><tr><td>4-Hexylphenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>H1489</td><td></td></tr><tr><td>Adenosine</td><td>Merck KGaA</td><td>862.</td><td></td></tr><tr><td>Guanosine</td><td>Acros Organics</td><td>411130050</td><td></td></tr><tr><td>Cytidine</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>C0522</td><td></td></tr><tr><td>Uridine</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>U0020</td><td></td></tr><tr><td>5-Fluorouridine</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>F0636</td><td></td></tr><tr><td>5-Methyluridine</td><td>Sigma</td><td>M-9885</td><td></td></tr><tr><td>Methylamine (40% in Methanol,&amp;nbsp;ca. 9.8mol/L)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>M1016</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;N,N&lt;/em&gt;-dimethyl-4-aminopyridine</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>044-19211</td><td></td></tr><tr><td>Acetic anhydride</td><td>Nacalai Tesque</td><td>00226-15</td><td></td></tr><tr><td>Pyridine, Dehydrated</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>161-18453</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitrile</td><td>Kanto Chemical</td><td>01031-96</td><td></td></tr><tr><td>1,4-Dioxane</td><td>Nacalai Tesque</td><td>13622-73</td><td></td></tr><tr><td>Dichloromethane</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>130-02457</td><td></td></tr><tr><td>Propionitrile</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>164-04756</td><td></td></tr><tr><td>Molecular sieves 4A powder</td><td>Nacalai Tesque</td><td>04168-65</td><td></td></tr><tr><td>Molecular sieves 3A powder</td><td>Nacalai Tesque</td><td>04176-55</td><td></td></tr><tr><td>Celite 545RVS</td><td>Nacalai Tesque</td><td>08034-85</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitrile-D3 (D,99.8%)</td><td>Cambridge Isotope Laboratories</td><td>DLM-21-10</td><td></td></tr><tr><td>Trifluoroacetic acid</td><td>Nacalai Tesque</td><td>34831-25</td><td></td></tr><tr><td>TLC Silica gel 60 F&lt;sub&gt;254&lt;/sub&gt;</td><td>Merck KGaA</td><td>1.05715.0001</td><td></td></tr><tr><td>Chromatorex</td><td>Fuji Silysia Chemical</td><td>FL100D</td><td></td></tr><tr><td>Sodium hydrogen carbonate</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>191-01305</td><td></td></tr><tr><td>Hydrochloric acid</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>080-01061</td><td></td></tr><tr><td>Sodium sulfate</td><td>Nacalai Tesque</td><td>31915-96</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Kanto Chemical</td><td>07278-81</td><td></td></tr><tr><td>Sodium chloride</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>194-01677</td><td></td></tr><tr><td>Methanol</td><td>Nacalai Tesque</td><td>21914-74</td><td></td></tr><tr><td>JEOL Always 300</td><td>JEOL</td><td></td><td>Measurement of NMR</td></tr><tr><td>Lamda 400</td><td>JEOL</td><td></td><td>Measurement of NMR</td></tr><tr><td>PerkinElmer Spectrum 100 FT-IR Spectrometer</td><td>Perkin Elmer</td><td></td><td>Measurement of IR</td></tr><tr><td>JEOL JMS-700</td><td>JEOL</td><td></td><td>Measurement of MS</td></tr><tr><td>PerkinElmer CHN 2400 analyzer</td><td>Perkin Elmer</td><td></td><td>Measurement of elemental analysis</td></tr><tr><td>JASCO P-1030 digital polarimeter</td><td>JASCO</td><td></td><td>Measurement of optical rotation</td></tr><tr><td>JASCO PU-2089 Plus intelligent HPLC pump</td><td>JASCO</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Jasco UV-2075 Plus Intelligent UV/Vis Detector</td><td>JASCO</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Rheodyne Model 7125 Injector</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>58826</td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Chromatopac C-R8A</td><td>Shimadzu</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Senshu Pak Pegasil ODS</td><td>Senshu Scientific</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>&lt;em&gt;p&lt;/em&gt;-Toluenesulfenyl&amp;nbsp;chloride</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 38</td></tr><tr><td>Phenyl 6-O-acetyl-2,3,4-tri-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzyl-1-thio-a-D-mannopyranoside (a-&lt;strong&gt;9&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 52</td></tr><tr><td>4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzoyl-1-thio-b-D-galactopyranoside (b-&lt;strong&gt;21&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 53</td></tr><tr><td>4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzoyl-1-thio-b-D-glucopyranoside (b-&lt;strong&gt;31&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 57</td></tr><tr><td>4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzoyl-1-thio-a-D-Mannopyranoside (a-&lt;strong&gt;32&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 67</td></tr><tr><td>6-&lt;em&gt;N&lt;/em&gt;-Benzoyladenosine (&lt;strong&gt;14&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 54</td></tr><tr><td>2-&lt;em&gt;N&lt;/em&gt;-Isobutyrylguanosine (&lt;strong&gt;16&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 55</td></tr><tr><td>4-&lt;em&gt;N&lt;/em&gt;-Benzoylcytidine (&lt;strong&gt;20&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 56</td></tr></tbody></table>

regioselective o-glycosylation of nucleosides via the temporary 2',3'-diol protection by a boronic ester for the synthesis of disaccharide nucleosides

이 당 및 nucleobase moieties를 이루어져 있는 당 nucleosides 여러 bioactivities 데 천연 제품의 중요 한 그룹으로 알려져 왔다. Glycosyl 기증자와 수락자 같은 기판의 준비 지루한 보호 그룹 조작 및 정화에 필요한 화학 Oglycosylation 합성이 당 nucleosides를 일반적으로 유익한 전략 이지만, 각 합성 단계입니다. 한편, 여러 연구 단체는 boronic 보고 그리고 borinic 에스테 르는 보호 또는 탄수화물 유도체 regio-또는 stereoselective acylation, 알, silylation, glycosylation 달성 하기의 그룹을 활성화로 봉사. 이 문서에서는, boronic 산을 활용 하 여 보호 되지 않은 ribonucleosides의 regioselective Oglycosylation에 대 한 절차를 설명 합니다. 에스테 르 화 2 ', 3'-diol boronic 산 ribonucleosides의 게 p-toluenesulfenyl 존재 glycosyl 기증자와 diol, 그리고, 다음 Oglycosylation의 임시 보호 염화와 실버 triflate, 허가 줄이 당 nucleosides 5'-수 산 기 그룹의 regioselective 반응. 이 메서드는 guanosine, 아데노신, cytidine, uridine, 5-metyluridine, 5-fluorouridine 등 다양 한 nucleosides를 적용할 수 있습니다. 이 문서와 함께 제공 된 비디오 나타내고 보호 되지 않은 nucleosides의 Oglycosylation에 대 한 (시각적) 유용한 정보가 당 nucleosides, 뿐만 아니라 다양 한 생물학 관련의 합성에 대 한 그들의 아날로그 파생 상품입니다.

Uridine 10 thiomannoside α-9 Oglycosylation의 결과 표 160,61에서 요약 된다. 항목 1에서 O-glycosylation boronic 산 유도체의 부재에서 α-9 와 10 의 복잡 한 혼합물의 형성 귀착되는. 항목 2, 10 및 phenylboronic 산 11a 혼합 및 공동 pyridine와 1, 4-dioxan...

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Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

여기, 우리 제시이 당 nucleosides의 합성에 대 한 프로토콜을 통해 ribonucleosides의 regioselective Oglycosylation에 의해의 임시 보호 그들의 2', 3'-diol moieties 주기적 boronic 에스테 르를 이용 하 여. 이 메서드는 아데노신, guanosine, cytidine, uridine, 5-methyluridine, 5-fluorouridine을 주고 해당이 당 nucleosides 등 여러 보호 nucleosides에 적용 됩니다.

Regioselective O-Glycosylation Nucleosides 통해 는 임시 2', 3'-Diol 보호 Boronic 에스테 르에 의해이 당 Nucleosides의 합성에 대 한의

Disaccharide nucleosides, which consist of disaccharide and nucleobase moieties, have been known as a valuable group of natural products having ...

regioselective-o-glycosylation-nucleosides-via-temporary-2-3-diol

Research

JoVE Journal

Chemistry

Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

8.6K 조회수.  Tokyo University of Science. 여기, 우리 제시이 당 nucleosides의 합성에 대 한 프로토콜을 통해 ribonucleosides의 regioselective Oglycosylation에 의해의 임시 보호 그들의 2', 3'-diol moieties 주기적 boronic 에스테 르를 이용 하 여. 이 메서드는 아데노신, guanosine, cytidine, uridine, 5-methyluridine, 5-fluorouridine을 주고 해당이 당 nucleosides 등 여러 보호 nucleosides에 적용 됩니다.

비디오: Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

Nucleoside Triphosphates - From Synthesis to Biochemical Characterization

The traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the use of solid-phase synthesis by appending suitably modified phosphoramidite precursors to the nascent chain. However, the conditions used during the synthesis and the restriction to rather short sequences hamper the applicability of this methodology. On the other hand, modified nucleoside triphosphates are activated building blocks that have been employed for the mild introduction of numerous functional groups into nucleic acids, a strategy that paves the way for the use of modified nucleic acids in a wide-ranging palette of practical applications such as functional tagging and generation of ribozymes and DNAzymes. One of the major challenges resides in the intricacy of the methodology leading to the isolation and characterization of these nucleoside analogues.
	
	In this video article, we present a detailed protocol for the synthesis of these modified analogues using phosphorous(III)-based reagents. In addition, the procedure for their biochemical characterization is divulged, with a special emphasis on primer extension reactions and TdT tailing polymerization. This detailed protocol will be of use for the crafting of modified dNTPs and their further use in chemical biology.

The protocol described herein aims to explain and abridge the numerous obstacles in the way of the intricate route leading to modified nucleoside triphosphates. Consequently, this protocol facilitates both the synthesis of these activated building-blocks and their availability for practical applications.

뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트 - 합성에서 생화학 적 특성에

The  traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the  use of solid-phase synthesis by appending suitably modified ...

연구

화학

Synthesis of Indoxyl-glycosides for Detection of Glycosidase Activities

Indoxyl glycosides proved to be valuable and versatile tools for monitoring glycosidase activities. Indoxyls are released by enzymatic hydrolysis and are rapidly oxidized, for example by atmospheric oxygen, to indigo type dyes. This reaction enables fast and easy screening in vivo without isolation or purification of enzymes, as well as rapid tests on agar plates or in solution (e.g., blue-white screening, micro-wells) and is used in biochemistry, histochemistry, bacteriology and molecular biology. Unfortunately the synthesis of such substrates proved to be difficult, due to various side reactions and the low reactivity of the indoxyl hydroxyl function. Especially for glucose type structures low yields were observed. Our novel approach employs indoxylic acid ester as key intermediates. Indoxylic acid esters with varied substitution patterns were prepared on scalable pathways. Phase transfer glycosylations with those acceptors and peracetylated glycosyl halides can be performed under common conditions in high yields. Ester cleavage and subsequent mild silver mediated glycosylation yields the peracetylated indoxyl glycosides in high yields. Finally deprotection is performed according to Zempl&#233;n.

Indoxyl glycosides are well-established and widely used tools for enzyme screening and enzyme activity monitoring. Especially for glucose type structures previous syntheses proved to be challenging and low yielding. Our novel approach employs indoxylic acid esters as precious intermediates to yield a considerable number of indoxyl glycosides in good yields.

Indoxyl glycosides proved to be valuable and versatile tools for monitoring glycosidase activities. Indoxyls are released by enzymatic hydrolysis and are ...

High-throughput Synthesis of Carbohydrates and Functionalization of Polyanhydride Nanoparticles

Transdisciplinary approaches involving areas such as material design, nanotechnology, chemistry, and immunology have to be utilized to rationally design efficacious vaccines carriers. Nanoparticle-based platforms can prolong the persistence of vaccine antigens, which could improve vaccine immunogenicity1. Several biodegradable polymers have been studied as vaccine delivery vehicles1; in particular, polyanhydride particles have demonstrated the ability to provide sustained release of stable protein antigens and to activate antigen presenting cells and modulate immune responses2-12.
The molecular design of these vaccine carriers needs to integrate the rational selection of polymer properties as well as the incorporation of appropriate targeting agents. High throughput automated fabrication of targeting ligands and functionalized particles is a powerful tool that will enhance the ability to study a wide range of properties and will lead to the design of reproducible vaccine delivery devices.
The addition of targeting ligands capable of being recognized by specific receptors on immune cells has been shown to modulate and tailor immune responses10,11,13 C-type lectin receptors (CLRs) are pattern recognition receptors (PRRs) that recognize carbohydrates present on the surface of pathogens. The stimulation of immune cells via CLRs allows for enhanced internalization of antigen and subsequent presentation for further T cell activation14,15. Therefore, carbohydrate molecules play an important role in the study of immune responses; however, the use of these biomolecules often suffers from the lack of availability of structurally well-defined and pure carbohydrates. An automation platform based on iterative solution-phase reactions can enable rapid and controlled synthesis of these synthetically challenging molecules using significantly lower building block quantities than traditional solid-phase methods16,17.
Herein we report a protocol for the automated solution-phase synthesis of oligosaccharides such as mannose-based targeting ligands with fluorous solid-phase extraction for intermediate purification. After development of automated methods to make the carbohydrate-based targeting agent, we describe methods for their attachment on the surface of polyanhydride nanoparticles employing an automated robotic set up operated by LabVIEW as previously described10. Surface functionalization with carbohydrates has shown efficacy in targeting CLRs10,11 and increasing the throughput of the fabrication method to unearth the complexities associated with a multi-parametric system will be of great value (Figure 1a).

In this article, a high throughput method is presented for the synthesis of oligosaccharides and their attachment to the surface of polyanhydride nanoparticles for further use in targeting specific receptors on antigen presenting cells.

Polyanhydride의 Nanoparticles의 높은 처리량 탄수화물의 합성과 작용화

Transdisciplinary approaches involving areas such as material design, nanotechnology, chemistry, and immunology have to be utilized to rationally design ...

생체공학

Chemoselective Modification of Viral Surfaces via Bioorthogonal Click Chemistry

The modification of virus particles has received a significant amount of attention for its tremendous potential for impacting gene therapy, oncolytic applications and vaccine development.1,2,3 Current approaches to modifying viral surfaces, which are mostly genetics-based, often suffer from attenuation of virus production, infectivity and cellular transduction.4,5 Using chemoselective click chemistry, we have developed a straightforward alternative approach which sidesteps these issues while remaining both highly flexible and accessible.1,2
The goal of this protocol is to demonstrate the effectiveness of using bioorthogonal click chemistry to modify the surface of adenovirus type 5 particles. This two-step process can be used both therapeutically1 or analytically,2,6 as it allows for chemoselective ligation of targeting molecules, dyes or other molecules of interest onto proteins pre-labeled with azide tags. The three major advantages of this method are that (1) metabolic labeling demonstrates little to no impact on viral fitness,1,7 (2) a wide array of effector ligands can be utilized, and (3) it is remarkably fast, reliable and easy to access.1,2,7
In the first step of this procedure, adenovirus particles are produced bearing either azidohomoalanine (Aha, a methionine surrogate) or the unnatural sugar O-linked N-azidoacetylglucosamine (O-GlcNAz), both of which contain the azide (-N3) functional group. After purification of the azide-modified virus particles, an alkyne probe containing the fluorescent TAMRA moiety is ligated in a chemoselective manner to the pre-labeled proteins or glycoproteins. Finally, an SDS-PAGE analysis is performed to demonstrate the successful ligation of the probe onto the viral capsid proteins. Aha incorporation is shown to label all viral capsid proteins (Hexon, Penton and Fiber), while O-GlcNAz incorporation results in labeling of Fiber only.
In this evolving field, multiple methods for azide-alkyne ligation have been successfully developed; however only the two we have found to be most convenient are demonstrated herein &#x2013; strain-promoted azide-alkyne cycloaddition (SPAAC) and copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) under deoxygenated atmosphere.

Adenovirus particles are engineered to contain either the unnatural amino acid analogue azidohomoalanine or the azido sugar O-GlcNAz. The azide group of each is chemoselectively ligated via "click" chemistry reactions as a means of viral surface modification.

Bioorthogonal 클릭 화학을 통해 바이러스성 표면 Chemoselective 변경

The modification of virus particles has received a significant amount of attention for its tremendous potential for impacting gene therapy, oncolytic ...

면역학 및 감염병학

Chemo-enzymatic Synthesis of N-glycans for Array Development and HIV Antibody Profiling

We present a highly efficient way for the rapid preparation of a wide range of N-linked oligosaccharides (estimated to exceed 20,000 structures) that are commonly found on human glycoproteins. To achieve the desired structural diversity, the strategy began with the chemo-enzymatic synthesis of three kinds of oligosaccharyl fluoride modules, followed by their stepwise &#945;-selective glycosylations at the 3-O and 6-O positions of the mannose residue of the common core trisaccharide having a crucial &#946;-mannoside linkage. We further attached the N-glycans to the surface of an aluminum oxide-coated glass (ACG) slide to create a covalent mixed array for the analysis of hetero-ligand interaction with an HIV antibody. In particular, the binding behavior of a newly isolated HIV-1 broadly neutralizing antibody (bNAb), PG9, to the mixture of closely spaced Man5GlcNAc2 (Man5) and 2,6-di-sialylated bi-antennary complex type N-glycan (SCT) on an ACG array, opens a new avenue to guide the effective immunogen design for HIV vaccine development. In addition, our ACG array embodies a powerful tool to study other HIV antibodies for hetero-ligand binding behavior.

Chemo-enzymatic Synthesis of N-glycans for Array Development and HIV Antibody Profiling

A modular approach to the synthesis of N-glycans for attachment to an aluminum oxide-coated glass slide (ACG slide) as a glycan microarray has been developed and its use for the profiling of an HIV broadly neutralizing antibody has been demonstrated.

N-glycans 배열 개발 및 HIV 항 체의 항 암 치료 효소 합성 프로 파일링

We present a highly efficient way for the rapid preparation of a wide range of N-linked oligosaccharides (estimated to exceed 20,000 structures) that are ...

Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

Solid-phase synthesis has been used to obtain canonical and modified polymers of nucleic acids, specifically of DNA or RNA, which has made it a popular methodology for applications in various fields and for different research purposes. The procedure described herein focuses on the synthesis, purification, and characterization of dodecamers of RNA 5&#39;-[CUA CGG AAU CAU]-3&#39; containing zero, one, or two modifications located at the C2&#39;-O-position. The probes are based on 2-thiophenylmethyl groups, incorporated into RNA nucleotides via standard organic synthesis and introduced into the corresponding oligonucleotides via their respective phosphoramidites. This report makes use of phosphoramidite chemistry via the four canonical nucleobases (Uridine (U), Cytosine (C), Guanosine (G), Adenosine (A)), as well as 2-thiophenylmethyl functionalized nucleotides modified at the 2&#39;-O-position; however, the methodology is amenable for a large variety of modifications that have been developed over the years. The oligonucleotides were synthesized on a controlled-pore glass (CPG) support followed by cleavage from the resin and deprotection under standard conditions, i.e., a mixture of ammonia and methylamine (AMA) followed by hydrogen fluoride/triethylamine/N-methylpyrrolidinone. The corresponding oligonucleotides were purified via polyacrylamide electrophoresis (20% denaturing) followed by elution, desalting, and isolation via reversed-phase chromatography (Sep-pak, C18-column). Quantification and structural parameters were assessed via ultraviolet-visible (UV-vis) and circular dichroism (CD) photometric analysis, respectively. This report aims to serve as a resource and guide for beginner and expert researchers interested in embarking in this field. It is expected to serve as a work-in-progress as new technologies and methodologies are developed. The description of the methodologies and techniques within this document correspond to a DNA/RNA synthesizer (refurbished and purchased in 2013) that uses phosphoramidite chemistry.

Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

This article provides a detailed procedure on the solid-phase synthesis, purification, and characterization of dodecamers of RNA modified at the C2&#39;-O-position. UV-vis and circular dichroism photometric analyses are used to quantify and characterize structural aspects, i.e., single-strands or double-strands.

2&#39;- 포스 핀 올리고 뉴클레오타이드를 함유하는 올리고머의 고상 합성을위한 프로토콜<em&gt; O</em&gt; 원형 이색 성을 통한 - 티오 페닐 메틸 변형 및 특성 분석

Solid-phase synthesis has been used to obtain canonical and modified polymers of nucleic acids, specifically of DNA or RNA, which has made it a popular ...

Hierarchical and Programmable One-Pot Oligosaccharide Synthesis

This article presents a general experimental protocol for programmable one-pot oligosaccharide synthesis and demonstrates how to use Auto-CHO software for generating potential synthetic solutions. The programmable one-pot oligosaccharide synthesis approach is designed to empower fast oligosaccharide synthesis of large amounts using thioglycoside building blocks (BBLs) with the appropriate sequential order of relative reactivity values (RRVs). Auto-CHO is a cross-platform software with a graphical user interface that provides possible synthetic solutions for programmable one-pot oligosaccharide synthesis by searching a BBL library (containing about 150 validated and &#62;50,000 virtual BBLs) with accurately predicted RRVs by support vector regression. The algorithm for hierarchical one-pot synthesis has been implemented in Auto-CHO and uses fragments generated by one-pot reactions as new BBLs. In addition, Auto-CHO allows users to give feedback for virtual BBLs to keep valuable ones for further use. One-pot synthesis of stage-specific embryonic antigen 4 (SSEA-4), which is a pluripotent human embryonic stem cell marker, is demonstrated in this work.

This protocol demonstrates how to use the Auto-CHO software for hierarchical and programmable one-pot synthesis of oligosaccharides. It also describes the general procedure for RRV determination&#160;experiments and one-pot glycosylation of SSEA-4.

계층적 및 프로그래밍 가능한 원팟 올리고사카라이드 합성

This article presents a general experimental protocol for programmable one-pot oligosaccharide synthesis and demonstrates how to use Auto-CHO software for ...

Synthesis of Information-bearing Peptoids and their Sequence-directed Dynamic Covalent Self-assembly

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded oligomeric strands mediated by paired dynamic covalent interactions in a manner mimicking the thermal cycling commonly employed for the self-assembly of complementary nucleic acid sequences. Primary amine monomers bearing aldehyde and amine pendant moieties are functionalized with orthogonal protecting groups for use as dynamic covalent reactant pairs. Using a modified automated peptide synthesizer, the primary amine monomers are encoded into oligo(peptoid) strands through solid-phase submonomer synthesis. Upon purification by high-performance liquid chromatography (HPLC) and characterization by electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS), sequence-specific oligomers are subjected to high-loading of a Lewis acidic rare-earth metal triflate which both deprotects the aldehyde moieties and affects the reactant pair equilibrium such that strands completely dissociate. Subsequently, a fraction of the Lewis acid is extracted, enabling annealing of complementary sequence-specific strands to form information-encoded molecular ladders characterized by matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS). The simple procedure outlined in this report circumvents kinetic traps commonly experienced in the field of dynamic covalent assembly and serves as a platform for the future design of robust, complex architectures.

A protocol is presented for the synthesis of information-encoded peptoid oligomers and for the sequence-directed self-assembly of these peptoids into molecular ladders using amines and aldehydes as dynamic covalent reactant pairs and Lewis acidic rare-earth metal triflates as multi-role reagents.

정보 베어링 펩토이드의 합성과 시퀀스 지향 동적 공유자 자체 조립

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded ...

Chemical Triphosphorylation of Oligonucleotides

The 5&#8242;-triphosphate is an essential nucleic acid modification found throughout all life and increasingly used as a functional modification of oligonucleotides in biotechnology and synthetic biology. Oligonucleotide 5&#8242;-triphosphates have historically been prepared in vitro by enzymatic methods. However, these methods are limited to natural RNA oligonucleotides, have strong sequence preferences, and tend to produce heterogeneous products. New methods of chemical triphosphorylation complement both the reduced cost of automated oligonucleotide synthesis by phosphoramidite chemistry and the diverse range of nucleotide modifications now available. Thus, the synthesis of oligonucleotide triphosphates of arbitrary sequence and length, and optionally containing various nonnatural modifications, is now accessible.
This paper presents the appropriate methods and techniques for chemical triphosphorylation of oligonucleotides using salicyl phosphorochloridite and pyrophosphate. This method uses commercially available reagents, is compatible with most oligonucleotides prepared by standard solid-phase synthesis methods, and can be completed in 2 h following oligonucleotide synthesis, before deprotection and purification. Two uses of chemically triphosphorylated oligonucleotides as substrates for catalytic RNA enzymes are demonstrated, including the synthesis of a mirror-image version of the hammerhead ribozyme from nonbiological L-RNA triphosphates.

Oligonucleotide 5&#8242;-triphosphates are ubiquitous components in essential biological pathways and have seen increasing use in biotechnology applications. Here, we describe techniques for the routine synthesis and purification of oligonucleotide 5&#8242;-triphosphates, starting from oligonucleotides prepared by standard automated synthesis techniques.

올리고뉴클레오티드의 화학적 트리포스포릴화

The 5&#8242;-triphosphate is an essential nucleic acid modification found throughout all life and increasingly used as a functional modification of ...

<meta charset="utf8"></head><body>MOE를 통해 세포 내 시알릴화 글라이칸을 시각화하기 위한 확장 현미경 검사

Visualizing Intracellular Sialylation with Click Chemistry and Expansion Microscopy

Metabolic labeling techniques allow the incorporation of bioorthogonal reporters into glycans, enabling the targeted bioconjugation of molecular dyes within cells through click and bioorthogonal chemistry. Metabolic oligosaccharide engineering (MOE) has attracted considerable interest due to the essential role of glycosylation in numerous biological processes that involve molecular recognition and its impact on pathologies ranging from cancer to genetic disorders to viral and bacterial infections.
Although MOE is better known for the detection of cell surface glycoconjugates, it is also a very important methodology for the study of intracellular glycans in physiological and pathological contexts. Such studies greatly benefit from high spatial resolution. However, super-resolution microscopy is not readily available in most laboratories and poses challenges for daily implementation. Expansion microscopy is a recent alternative that enhances the resolution of microscopy by physically enlarging biological specimens labeled with fluorescent markers. By embedding the sample in a swellable gel and causing it to expand isotropically through chemical treatment, subcellular structures can be visualized with enhanced precision and resolution without the need for super-resolution techniques.
In this work, we illustrate the capacity of expansion microscopy to visualize intracellular sialylated glycans through the combined use of MOE and click chemistry. Specifically, we propose a procedure for bioorthogonal labeling and expansion microscopy that employs a reporter targeting sialylation, which may be associated with immunofluorescence for co-localization studies. This protocol enables localization studies of sialoconjugate biosynthesis, intracellular trafficking, and recycling.

<meta charset="utf8"></head><body>Click Chemistry and Expansion Microscopy를 사용한 세포 내 사이알릴화 시각화

Here, we propose a simple protocol combining metabolic oligosaccharide engineering, click chemistry, and expansion microscopy that allows bioimaging of intracellular sialylated N-glycoproteins with improved resolution using routine microscopy equipment.

Click Chemistry and Expansion Microscopy를 사용한 세포 내 사이알릴화 시각화

Metabolic labeling techniques allow the incorporation of bioorthogonal reporters into glycans, enabling the targeted bioconjugation of molecular dyes ...