우리는 식물 샘플의 MALDI 이미징에 대한 샘플 준비에 관한 팁과 트릭찰스 피나우, 멜라니 라게리그와 레지스 라빈에게 감사드립니다.

1. 샘플 준비
<ol><li>생물학적 샘플을 얻고 신선하고 온전하게 유지 (예를 들어, 튜브로 강요하지 마십시오) 또는 동결. 제안된 프로토콜은 특정 조직에서 화합물을 국소화하기 위해 모든 유형의 고체 생물학적 샘플(즉, 식물, 동물 또는 인간 조직)에 적용됩니다.</li>
	<li>저온마이크로토메를 -20°C로 식힙니다. 샘플 홀더와 블레이드를 동일한 온도로 유지합니다.</li>
	<li>필요한 경우 절단 중에 물체를 보존하기 위해 M1 포함 매체에 개체를 포함시면 보존합니다.<ol>
<li>저온 마이크로 토메 챔버에 배치 플라스틱 금형에 일부 매트릭스를 부어. 신속하게 샘플을 추가하고 그것을 커버하기 위해 좀 더 포함 매체를 부어. 냉각하는 동안 매트릭스가 고화될 때 금형 중앙에 샘플을 유지합니다. 참고: 모든 생물학적 개체에 포함이 필요하지 는 않습니다. 마우스 뇌와 같은 동질적인 물체는 중간을 포함 할 필요가 없으며 냉동 절단 할 수 있습니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>임베디드 또는 냉동 샘플을 극저온마이크로톤 홀더에 놓고 날카로운 블레이드로 자른다. 5-30 μm의 두께는 식물 샘플에 적합하며, 이질성으로 인해 절단하기가 어렵습니다. 절삭 두께와 온도를 시료에 적용하여 최상의 조건을 찾기 위해 여러 컷을 만듭니다. 제공된 예에서, 샘플은 -20°C에서 절단되었다. 샘플 분해를 피하기 위해 샘플을 0°C 이하로 유지하는 것이 좋습니다. 참고: 저온 마이크로토메 옆에 배치된 쌍안경 현미경을 사용하면 슬라이스의 품질을 결정하는 데 도움이 될 수 있습니다. 조직은 그대로 유지되어야 합니다.</li>
	<li>조심스럽게 집게 또는 작은 페인트 브러시를 사용하여 ITO 코팅 슬라이드로 슬라이스를 이동한 다음 슬라이드 아래에 손가락을 배치하여 샘플을 따뜻하게하고 건조시. 모든 샘플이 준비될 때까지 미온 마이크로토메 챔버에 슬라이드를 보관하십시오. 열 충격을 피하기 위해 천천히 챔버에서 슬라이드를 꺼내. 참고: 슬라이드의 어느 쪽이 ITO 코팅되어 있는지 확인하려면 실온(RT)에서 슬라이드에 물 한 방울을 놓습니다. 드롭은 ITO 코팅 된 측면에 라운드 또는 코팅되지 않은 측면에 평평하게 유지됩니다.</li>
	<li>얇은 마커 펜 또는 보정 유체를 사용하여 슬라이드에 마크를 그리고 매트릭스 증착 전에 고해상도 스캐너로 스캔합니다. 마크는 질량 분광계에 있을 때 슬라이드에서 샘플의 정확한 위치를 결정하는 데 사용됩니다. 정확한 기준점을 얻는 가장 좋은 방법은 십자가를 그리는 것입니다.</li>
</ol>2. 매트릭스 증착
<ol><li>MALDI 매트릭스 준비: α-시아노-4-하이드록시신나산(HCCA) 매트릭스의 70 mg을 계량하고 0.2% TFA로 물과 메탄올 용액(50:50)의 10mL로 희석합니다. RT에서 10분 동안 매트릭스를 초음파 처리합니다. 초음파 처리 후 추가 고체 매트릭스가있을 수 있습니다. 참고: 관심 있는 문체에 따라 다양한 유형의 MALDI 행렬을 사용할 수 있습니다.</li>
	<li>매트릭스 증착 로봇을 100% 메탄올로 청소합니다.</li>
	<li>메탄올과 정밀 물티슈를 사용하여 슬라이드를 청소하고 샘플을 만지지 않고 마크를 제거하지 않고 보관하십시오. 샘플없이 지역의 슬라이드 위에 깨끗한 커버 슬립을 추가합니다. 그런 다음 슬라이드의 해당 부분을 광학 검출기 위에 배치하여 매트릭스 증착을 추적합니다. 참고: 매트릭스 두께를 광학적으로 추적하려면 슬라이드와 커버슬립이 매우 깨끗해야 합니다.</li>
	<li>매트릭스 증착을 위해 로봇을 사용하십시오: 저수지에 매트릭스 용액의 6mL만 배치하고, 총 8mL의 총 부피에 대해 100% 메탄올의 2mL를 추가합니다. 참고: 증착을 따라 매트릭스 두께를 기록하는 것은 자동이며 USB 스틱을 사용하여 복구할 수 있습니다. 살포 방법의 개발은 여기에 자세히 설명되어 있지 않습니다.</li>
</ol>3. 데이터 수집
<ol><li>매트릭스 피크를 참조로 사용하여 질량 분광계를 보정하기 위해 MALDI 플레이트에 매트릭스의 1 μL을 배치합니다. 질량 분광계에 대한 획득 방법의 개발은 여기에 자세히 설명되어 있지 않습니다.<ol>
<li>소스에 MALDI 플레이트를 삽입하고 ftmsControl 소프트웨어에서"로드 대상"을클릭하고 플레이트가 로드될 때까지 기다립니다.</li>
		<li>MALDI 플레이트를 나타내는 이미지의 그 자리를 클릭하여 매트릭스 스팟의 위치를 선택합니다.</li>
		<li>샘플 이름과 소프트웨어의"샘플 정보"탭의 폴더를 나타냅니다.</li>
		<li>"인수"를 클릭하여인수를시작합니다.</li>
		<li>"MALDI 비디오"탭의 마우스 포인터를 사용하여 획득 하는 동안 플레이트를 약간 이동하여 레이저가 다른 지점에서 점등되도록 합니다.</li>
		<li>인수가 완료되면"교정"탭으로 이동하여 이차 모드에서 HCCA 교정 목록을 선택하고 자동을 클릭합니다. 전역 교정 결과는"교정 플롯"창에 표시되며 SolariX XR 7T의 경우 0.2ppm 미만이어야 합니다.</li>
		<li>교정이 양호한 경우"수락"을클릭하고 메서드를 저장합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>샘플의 매트릭스 증착이 완료되면 슬라이드를 슬라이드 어댑터에 놓고 플라스틱 커버를 사용하여 마크의 위치를 검색합니다.</li>
	<li>flexImaging 소프트웨어에서 소프트웨어로 열리는 첫 번째 창을 사용하여 새 이미징 실행을 설정합니다.<ol>
<li>이미징 실행이름을 지정하고 결과 디렉터리를선택하고 다음을 클릭합니다.</li>
		<li>래스터 크기(즉, 사용자 정의 측정 영역)를 나타내고, 사용할 방법을 선택하고(섹션 3.1에서 보정됨)를 클릭하고 다음을 클릭합니다.</li>
		<li>슬라이드를 스캔한 후 1.6단계에서 얻은 슬라이드의 광학 이미지를 로드하고 다음을 클릭합니다.</li>
		<li>이미지가 더 넓은 창에서 열립니다. 슬라이드의 표시를 사용하여 슬라이드의 위치를 가르칩니다: ftmsControl에서MALDI 비디오 창의 대상을 마크의 정확한 위치에 배치한 다음 felxImaging로 돌아와 광학 이미지의 정확한 동일한 지점을 클릭합니다. 세 개의 독립적인 점에 대해 이 것을 반복합니다. 자국이 새겨진 플라스틱 커버는 MALDI 플레이트에 배치되어 위치를 회복하고 교육을 용이하게 합니다. 참고: 표식으로 표시가 만들어진 경우 슬라이드 뒷면에 흰색 보정 유체를 추가하면 가르치는 동안 눈에 띄는 수 있습니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>"측정영역 추가"도구를 사용하여 flexImaging 소프트웨어의 샘플에 대한 관심 영역을 그립니다.</li>
	<li>여러 샘플을 분석해야 하는 경우 이미징 실행 및"AutoXecute 시퀀스"를저장합니다.</li>
	<li>여러 샘플을 분석하는 경우"자동 제큐트 배치 러너"를사용하여 시퀀스를 시작합니다. 참고: 데이터를 정기적으로 안전한 위치에 동기화합니다.</li>
</ol>4. 데이터 처리
<ol><li>원시 데이터를 시각화 소프트웨어(SCiLS Lab)로 가져오고 데이터 집합을 만듭니다. 이 작업은 이 소프트웨어의 두 단계에서 수행됩니다.<ol>
<li>"일괄가져오기"도구를 사용하고 원시 데이터를 선택하고 대상 디렉터리를 표시하고"가져오기"를 클릭합니다.</li>
		<li>가져온 후 추가 분석을 위해 여러 데이터 집합을 결합할 수 있습니다. 데이터 집합을 결합하려면"File| 새로운| 데이터 집합" 도구.</li>
		<li>획득에 사용되는 계측기 유형을 선택하고 "+""를 클릭하여 가져온 데이터 집합을 추가하고 개체를 클릭하고 드래그하여 이미지를 정렬합니다.</li>
		<li>관심 범위를 표시하여 필요한 경우 질량 범위 설정을 확인하거나 수정합니다. 다음을 클릭하여 가져오기 요약을 보고 가져오기를 시작합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>샘플 및/또는 다른 샘플의 다른 조직에 관심 있는 m/z를 시각화합니다. 스펙트럼을 클릭하여 관심 있는 m/z를 선택하거나 m/z 상자에값을 입력하기만 하면 됩니다.<ol>
<li>관심 있는 m/z를 결정하기 위해 서로 다른 조직 및/또는 다른 샘플 간의 공동 지역화 또는 차별적 값을 검색하는 데 필요한 경우 통계 테스트를 수행합니다. 도구는"도구"메뉴에서 사용할 수 있으며 이 프로토콜에 설명되지 않습니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>관심 있는 m/z(예: 공동지역화된 차별 화합물)를 개체 탭에서 .csv 파일로 내보냅니다. 전체 데이터 집합이 너무 크지 않은 경우에도 내보낼 수 있습니다(예: 최대 60,000줄). 빨간색 화살표로 표시된 관심 영역의 오른쪽에 있는"내보내기"아이콘을 클릭합니다.</li>
	<li>.csv 파일을 가져와 서 어장 소프트웨어(메타보스케이프)에서 새 데이터 집합을 만듭니다. "프로젝트| 클릭 CSV 프로젝트가져오기 ". 정확한 m/z만 고려되고 동위원소 프로필이 손실됩니다. 참고: 5.0 소프트웨어 버전은 시각화 소프트웨어에서 직접 데이터를 가져올 수 있으므로 동위원소 프로파일을 고려할 수 있으므로 보다 정확한 음표를 사용할 수 있습니다.</li>
	<li>공개적으로 사용할 수 있는 데이터베이스에서 파생될 수 있는 사용자 지정 된 별언 목록으로 노츠합니다. 분석 목록을 만드는 소프트웨어에 의해 템플릿이 제공됩니다.</li>
	<li>예측 소프트웨어(대사 산물 예측)를 사용하여 인음부 화합물의 대사 산물의 실리코 예측에서 수행한다. 관심 있는 화합물의 개발된 수식은 소프트웨어의 사용자가 그려지거나 .mol 파일로 가져온 것이 필요합니다. 그런 다음 메서드는 간단한 단계별 프로토콜입니다.</li>
	<li>대사 산물 목록을 복구하고 분석 목록을 만들고, 분석 소프트웨어에서 사용하여 예측된 대사 산물로 원시 데이터에 인가합니다. 또는 대사 산물 목록이 짧은 경우 4.8 단계에서 수동으로 검색하십시오.</li>
	<li>시각화 소프트웨어에서 원시 데이터에서 대사 산물의 조직 분포를 시각화합니다.</li>
	<li>예측 된 대사 산물을 마우스 오른쪽 단추로 클릭하여 예측 소프트웨어의 대사 과정에 관련된 효소의 이름을 복구합니다.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Zhang, D., Gersberg, R. M., Ng, W. J., Tan, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Removal+of+pharmaceuticals+and+personal+care+products+in+aquatic+plant-based+systems:+A+review.">Removal of pharmaceuticals and personal care products in aquatic plant-based systems: A review.</a> Environmental Pollution. 184, 620-639 (2014).</li><li>Adeel, M., Song, X., Wang, Y., Francis, D., Yang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+impact+of+estrogens+on+human,+animal+and+plant+life:+A+critical+review.">Environmental impact of estrogens on human, animal and plant life: A critical review.</a> Environment International. 99, 107-119 (2017).</li><li>Prosser, R. S., Sibley, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+health+risk+assessment+of+pharmaceuticals+and+personal+care+products+in+plant+tissue+due+to+biosolids+and+manure+amendments,+and+wastewater+irrigation.">Human health risk assessment of pharmaceuticals and personal care products in plant tissue due to biosolids and manure amendments, and wastewater irrigation.</a> Environment International. 75, 223-233 (2015).</li><li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+biochar+to+soils+may+result+in+plant+contamination+and+human+cancer+risk+due+to+exposure+of+polycyclic+aromatic+hydrocarbons.">Application of biochar to soils may result in plant contamination and human cancer risk due to exposure of polycyclic aromatic hydrocarbons.</a> Environment International. 121, 169-177 (2018).</li><li>Marsik, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolism+of+ibuprofen+in+higher+plants:+A+model+Arabidopsis+thaliana+cell+suspension+culture+system.">Metabolism of ibuprofen in higher plants: A model Arabidopsis thaliana cell suspension culture system.</a> Environmental Pollution. 220, 383-392 (2017).</li><li>He, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolism+of+ibuprofen+by+Phragmites+australis:+uptake+and+phytodegradation.">Metabolism of ibuprofen by Phragmites australis: uptake and phytodegradation.</a> Environmental Science and Technology. 51 (8), 4576-4584 (2017).</li><li>Huber, C., Bartha, B., Harpaintner, R., Schr&#246;der, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolism+of+acetaminophen+(paracetamol)+in+plants-two+independent+pathways+result+in+the+formation+of+a+glutathione+and+a+glucose+conjugate.">Metabolism of acetaminophen (paracetamol) in plants-two independent pathways result in the formation of a glutathione and a glucose conjugate.</a> Environmental Science and Pollution Research. 16 (2), 206-213 (2009).</li><li>Thomas, F., C&#233;bron, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Short-term+rhizosphere+effect+on+available+carbon+sources,+phenanthrene+degradation,+and+active+microbiome+in+an+aged-contaminated+industrial+soil.">Short-term rhizosphere effect on available carbon sources, phenanthrene degradation, and active microbiome in an aged-contaminated industrial soil.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 1-15 (2016).</li><li>Villette, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+localization+of+micropollutants+and+associated+stress+response+in+Populus+nigra+leaves.">In situ localization of micropollutants and associated stress response in Populus nigra leaves.</a> Environment International. 126, 523-532 (2019).</li><li>Sandermann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+metabolism+of+organic+xenobiotics.+Status+and+prospects+of+the+'Green+Liver'+concept.">Plant metabolism of organic xenobiotics. Status and prospects of the 'Green Liver' concept.</a> Plant Biotechnology and In Vitro Biology in the 21st Century. , 321-328 (1999).</li><li>Sula, B., Deveci, E., &#214;zevren, H., Ekinci, C., Elbey, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunohistochemical+and+histopathological+changes+in+the+skin+of+rats+after+administration+of+lead+acetate.">Immunohistochemical and histopathological changes in the skin of rats after administration of lead acetate.</a> International Journal of Morphology. 34 (3), 918-922 (2016).</li><li>Villette, C., Maurer, L., Wanko, A., Heintz, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xenobiotics+metabolization+in+Salix+alba+leaves+uncovered+by+mass+spectrometry+imaging.">Xenobiotics metabolization in Salix alba leaves uncovered by mass spectrometry imaging.</a> Metabolomics. 15, 122 (2019).</li><li>Khatib-Shahidi, S., Andersson, M., Herman, J. L., Gillespie, T. A., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+Molecular+Analysis+of+Whole-Body+Animal+Tissue+Sections+by+Imaging+MALDI+Mass+Spectrometry.">Direct Molecular Analysis of Whole-Body Animal Tissue Sections by Imaging MALDI Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 78 (18), 6448-6456 (2006).</li></ol>

저자는 공개 할 것이 없습니다.

이 프로토콜의 중요한 부분은 샘플 준비입니다: 샘플은 부드럽고 온전해야 합니다. 절단은 가장 어려운 부분이며, 시료의 온도와 두께는 연구된 시료의 종류에 따라 달라질 수 있다. 동물 조직은 일반적으로 균일하고 절단하기 쉽습니다. 식물 샘플은 종종 다른 구조를 통합하므로 블레이드가 부드럽고 단단하거나 빈 혈관 조직을 만날 때 그대로 유지하기가 더 어렵습니다. 식물 샘플과 함께 작업 ...

제노바이오틱스는 인간의 활동으로 인해 전 세계에 널리 분포되어 있습니다. 이들 화합물 중 일부는 수용성이며 토양1에흡수되며 식물 조직2,3,4에축적되면 먹이 사슬에 들어간다. 식물은 곤충과 초식 동물에 의해 먹습니다. 일부 제노바이오틱스의 섭취와 식물의 건강에 미치는 영향은5,6,7,8로설명되었지만 최근에는 조직 수준9에서만설명되었다. 따라서, 제노바이오틱의 대사가 어디에서 어떻게 발생하는지, 또는 특정 식물 대사산물이 특정 조직에서 제노바이오틱 축적과 상관관계가 있는지 는 아직불분명하다(10). 더욱이, 대부분의 연구는 식물에 있는 xenobiotics 그리고 그들의 대사산물의 물질 대사를 간과했습니다, 그래서 식물 조직에 있는 이 반응에 관하여 거의 알려지지 않습니다.
여기서 제안된 것은 기판의 조직 국소화와 반응의 산물과 연관될 수 있는 생물학적 샘플에서 효소 반응을 조사하는 방법이다. 이 방법은 분석이 비표적화되고 관심 있는 분석물의 사용자 지정 목록을 사용하여 조사할 수 있기 때문에 한 실험에서 생물학적 샘플의 완전한 대사 프로파일을 그릴 수 있다. 제공된 원래 데이터 집합에서 추적된 후보자 목록입니다. 샘플에 관심 있는 하나 또는 여러 개의 별표가 지적되는 경우, 특정 조직 국소화는 관련 생물학적 과정에 중요한 정보를 제공할 수 있다. 관심의 질량은 가능한 제품/대사 산물을 검색하기 위하여 관련 생물학 법률을 사용하여 실리코에서 수정될 수 있습니다. 얻어진 대사산물의 목록은 관련효소를 식별하고 조직에 있는 반응을 현지화해서 본래 데이터를 분석하기 위하여 그 때 이용되고, 따라서 일어나는 신진 대사 과정을 이해하는 것을 돕습니다. 다른 방법은 생물학적 샘플에서 발생하는 반응의 유형, 관심 있는 화합물의 국소화 및 관련 대사 산물에 대한 정보를 제공하지 않습니다. 이 방법은 신선하고 손상되지 않은 조직이 이용 가능하고 관심있는 화합물이 이온화될 수 있게 되면 모든 유형의 생물학적 물질에 사용될 수 있다. 제안 된 프로토콜은 Villette 외12에 발표되었으며 과학 계에서 사용하기 위해 여기에 자세히 설명되어 있습니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:664px;" width="664">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Cover slips</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">267942</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Cryomicrotome</td>
			<td style="width:163px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Excel</td>
			<td style="width:163px;">Microsoft corporation</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">flexImaging</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">ftmsControl</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">GTX primescan</td>
			<td style="width:163px;">GX Microscopes</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">HCCA MALDI matrix</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">8201344</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">ImagePrep</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">ITO-coated slides</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">237001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">M1-embedding matrix</td>
			<td style="width:163px;">ThermoScientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Metabolite Predict</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Metaboscape</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Methanol</td>
			<td style="width:163px;">Fisher Chemicals</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>No specific reference needed</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">MX 35 Ultra blades</td>
			<td style="width:163px;">Thermo Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">15835682</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Plastic molds</td>
			<td style="width:163px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>No specific reference needed</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">SCiLS Lab</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">SolariX XR 7Tesla</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>The method proposed is not limited to this instrument</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Spray sheets for ImagePrep</td>
			<td style="width:163px;">Bruker Daltonics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">8261614</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">TFA</td>
			<td style="width:163px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>No specific reference needed</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

investigation of xenobiotics metabolism in salix alba leaves via mass spectrometry imaging

제시된 방법은 xenobiotics에 드러날 때 S. 알바 잎의 신진 대사 단면도를 확립하기 위하여 질량 분광법 화상 진찰 (MSI)를 이용합니다. 비표적 접근법을 사용하여 식물 대사 산물과 관심있는 제노바이오틱을 식별하고 식물 조직에서 국소화하여 특정 분포 패턴을 발견합니다. 이어서, 확인된 제노바이오틱으로부터 잠재적 대사산물(즉, 이화산물 및 회인)의 실리코 예측이 수행된다. xenobiotic 대사 산물이 조직에 위치할 때, 식물에 의한 변경에 관여하는 효소의 종류가 기록됩니다. 이러한 결과는 잎에 있는 xenobiotic 축적에 응하여 S. Alba 잎에서 생기는 생물학 반응의 다른 모형을 기술하기 위하여 이용되었습니다. 대사 산물은 2 대에 예측되었다, 잎 조직에 있는 xenobiotics를 변환하는 연속한 생물학 반응의 문서화를 허용했습니다.

이 프로토콜은 환경의 제노바이오틱에 노출된 S. 알바 나무에서 샘플링된 신선한 잎에 적용되었다. 이 프로세스는 그림 1에묘사됩니다. 첫 번째 단계는 관심있는 샘플의 얇은 조각을 준비하는 것입니다. 식물 샘플은 조직이 이질적이며 물 및 / 또는 공기를 포함 할 수 있기 때문에 동물 샘플보다 절단하기가 더 어렵습니다. 이러한 난이도는 샘플 주위의 균일한 블록을 ...

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Investigation of Xenobiotics Metabolism In Salix alba Leaves via Mass Spectrometry Imaging

이 방법은 xenobiotics에 드러날 때 S. 알바 잎에 있는 신진 대사 과정을 이해하기 위하여 질량 분광법 화상 진찰 (MSI)를 이용합니다. 이 방법을 사용하면 관심 있는 화합물과 예측된 대사산물의 공간 적 국소화를 특정, 그대로 조직 내에서 할 수 있습니다.

살릭스 알바에서 제노바이오틱스 대사에 대한 조사는 질량 분광화상 영상을 통해 나뭇잎

The method presented uses mass spectrometry imaging (MSI) to establish the metabolic profile of S. alba leaves when exposed to xenobiotics. Using a ...

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Environment

Investigation of Xenobiotics Metabolism In Salix alba Leaves via Mass Spectrometry Imaging

3.0K 조회수.  Université de Strasbourg. 이 방법은 xenobiotics에 드러날 때 S. 알바 잎에 있는 신진 대사 과정을 이해하기 위하여 질량 분광법 화상 진찰 (MSI)를 이용합니다. 이 방법을 사용하면 관심 있는 화합물과 예측된 대사산물의 공간 적 국소화를 특정, 그대로 조직 내에서 할 수 있습니다.

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Mass Production of Genetically Modified Aedes aegypti for Field Releases in Brazil

New techniques and methods are being sought to try to win the battle against mosquitoes. Recent advances in molecular techniques have led to the development of new and innovative methods of mosquito control based around the Sterile Insect Technique (SIT)1-3. A control method known as RIDL&#160;(Release of Insects carrying a Dominant Lethal)4, is based around SIT, but uses genetic methods to remove the need for radiation-sterilization5-8. A RIDL&#160;strain of Ae. aegypti was successfully tested in the field in Grand Cayman9,10; further field use is planned or in progress in other countries around the world.
Mass rearing of insects has been established in several insect species and to levels of billions a week. However, in mosquitoes, rearing has generally been performed on a much smaller scale, with most large scale rearing being performed in the 1970s and 80s. For a RIDL&#160;program it is desirable to release as few females as possible as they bite and transmit disease. In a mass rearing program&#160;there are several stages to produce the males to be released: egg production, rearing eggs until pupation, and then sorting males from females before release. These males are then used for a RIDL&#160;control program,&#160;released as either pupae or adults11,12.
To suppress a mosquito population using RIDL&#160;a large number of high quality male adults need to be reared13,14. The following describes the methods for the mass rearing of OX513A, a RIDL&#160;strain of Ae. aegypti 8, for release and covers the techniques required for the production of eggs and mass rearing RIDL&#160;males for a control program.

Mass Production of Genetically Modified Aedes aegypti for Field Releases in Brazil

To achieve population suppression of Aedes aegypti using the RIDL&#174; (Release of Insects carrying a Dominant Lethal) system, large numbers of male mosquitoes need to be released. This requires the use of mass rearing techniques and technology to provide reliable systems to obtain the maximum number of high quality male mosquitoes.

브라질에서 필드 릴리스에 대 한 유전자 변형 Aedes aegypti의 대량 생산

New techniques and methods are being sought to try to win the battle against mosquitoes. Recent advances in molecular techniques have led to the ...

연구

환경과학

Optimize Flue Gas Settings to Promote Microalgae Growth in Photobioreactors via Computer Simulations

Flue gas from power plants can promote algal cultivation and reduce greenhouse gas emissions1. Microalgae not only capture solar energy more efficiently than plants3, but also synthesize advanced biofuels2-4. Generally, atmospheric CO2 is not a sufficient source for supporting maximal algal growth5. On the other hand, the high concentrations of CO2 in industrial exhaust gases have adverse effects on algal physiology. Consequently, both cultivation conditions (such as nutrients and light) and the control of the flue gas flow into the photo-bioreactors are important to develop an efficient &ldquo;flue gas to algae&rdquo; system. Researchers have proposed different photobioreactor configurations4,6 and cultivation strategies7,8 with flue gas. Here, we present a protocol that demonstrates how to use models to predict the microalgal growth in response to flue gas settings. We perform both experimental illustration and model simulations to determine the favorable conditions for algal growth with flue gas. We develop a Monod-based model coupled with mass transfer and light intensity equations to simulate the microalgal growth in a homogenous photo-bioreactor. The model simulation compares algal growth and flue gas consumptions under different flue-gas settings. The model illustrates: 1) how algal growth is influenced by different volumetric mass transfer coefficients of CO2; 2) how we can find optimal CO2 concentration for algal growth via the dynamic optimization approach (DOA); 3) how we can design a rectangular on-off flue gas pulse to promote algal biomass growth and to reduce the usage of flue gas. On the experimental side, we present a protocol for growing Chlorella under the flue gas (generated by natural gas combustion). The experimental results qualitatively validate the model predictions that the high frequency flue gas pulses can significantly improve algal cultivation.

Flue gas from power plants is a cheap CO2 source for algal growth. We have built prototype &#34;flue gas to algal cultivation&#34; systems and described how to scale up the algal cultivation process. We have demonstrated the use of a mass-transfer bio-reaction model to simulate and to design the optimal operation of flue gas for the growth of Chlorella sp. in algal photo-bioreactors.

컴퓨터 시뮬레이션을 통해 광 바이오 반응기에서 미세 조류의 성장을 촉진하기 위해 연소 가스 설정을 최적화

Flue gas from power plants can promote algal cultivation and reduce greenhouse gas emissions1. Microalgae not only capture solar energy more efficiently ...

An Aquatic Microbial Metaproteomics Workflow: From Cells to Tryptic Peptides Suitable for Tandem Mass Spectrometry-based Analysis

Meta-omic technologies such as metagenomics, metatranscriptomics and metaproteomics can aid in the understanding of microbial community structure and metabolism. Although powerful, metagenomics alone can only elucidate functional potential. On the other hand, metaproteomics enables the description of the expressed in situ metabolism and function of a community. Here we describe a protocol for cell lysis, protein and DNA isolation, as well as peptide digestion and extraction from marine microbial cells collected on a cartridge filter unit (such as the Sterivex filter unit) and preserved in an RNA stabilization solution (like RNAlater). In mass spectrometry-based proteomics studies, the identification of peptides and proteins is performed by comparing peptide tandem mass spectra to a database of translated nucleotide sequences. Including the metagenome of a sample in the search database increases the number of peptides and proteins that can be identified from the mass spectra. Hence, in this protocol DNA is isolated from the same filter, which can be used subsequently for metagenomic analysis.

This protocol is for the extraction and concentration of protein and DNA from microbial biomass collected from seawater, followed by the generation of tryptic peptides suitable for tandem mass spectrometry-based proteomic analysis.

수생 미생물 Metaproteomics 워크 플로우 : 탠덤 질량 분석 기반 분석에 적합 트립신 펩티드로 세포

Meta-omic technologies such as metagenomics, metatranscriptomics and metaproteomics can aid in the understanding of microbial community structure and ...

Measuring Rates of Herbicide Metabolism in Dicot Weeds with an Excised Leaf Assay

In order to isolate and accurately determine rates of herbicide metabolism in an obligate-outcrossing dicot weed, waterhemp (Amaranthus tuberculatus), we developed an excised leaf assay combined with a vegetative cloning strategy to normalize herbicide uptake and remove translocation as contributing factors in herbicide-resistant (R) and &#8211;sensitive (S) waterhemp populations. Biokinetic analyses of organic pesticides in plants typically include the determination of uptake, translocation (delivery to the target site), metabolic fate, and interactions with the target site. Herbicide metabolism is an important parameter to measure in herbicide-resistant weeds and herbicide-tolerant crops, and is typically accomplished with whole-plant tests using radiolabeled herbicides. However, one difficulty with interpreting biokinetic parameters derived from whole-plant methods is that translocation is often affected by rates of herbicide metabolism, since polar metabolites are usually not mobile within the plant following herbicide detoxification reactions. Advantages of the protocol described in this manuscript include reproducible, accurate, and rapid determination of herbicide degradation rates in R and S populations, a substantial decrease in the amount of radiolabeled herbicide consumed, a large reduction in radiolabeled plant materials requiring further handling and disposal, and the ability to perform radiolabeled herbicide experiments in the lab or growth chamber instead of a greenhouse. As herbicide resistance continues to develop and spread in dicot weed populations worldwide, the excised leaf assay method developed and described herein will provide an invaluable technique for investigating non-target site-based resistance due to enhanced rates of herbicide metabolism and detoxification.

This manuscript describes how herbicide metabolism rates can be effectively quantified with excised leaves from a dicot weed, thereby reducing variability and removing any possible confounding effects of herbicide uptake or translocation typically observed in whole-plant assays.

절제 잎 분석과 쌍자엽 잡초의 제초제 대사의 요금을 측정

In order to isolate and accurately determine rates of herbicide metabolism in an obligate-outcrossing dicot weed, waterhemp (Amaranthus tuberculatus), we ...

LC-MS Analysis of Human Platelets as a Platform for Studying Mitochondrial Metabolism

Perturbed mitochondrial metabolism has received renewed interest as playing a causative role in a range of diseases. Probing alterations to metabolic pathways requires a model in which external factors can be well controlled, allowing for reproducible and meaningful results. Many studies employ transformed cellular models for these purposes; however, metabolic reprogramming that occurs in many cancer cell lines may introduce confounding variables. For this reason primary cells are desirable, though attaining adequate biomass for metabolic studies can be challenging. Here we show that human platelets can be utilized as a platform to carry out metabolic studies in combination with liquid chromatography-tandem mass spectrometry analysis. This approach is amenable to relative quantification and isotopic labeling to probe the activity of specific metabolic pathways. Availability of platelets from individual donors or from blood banks makes this model system applicable to clinical studies and feasible to scale up. Here we utilize isolated platelets to confirm previously identified compensatory metabolic shifts in response to the complex I inhibitor rotenone. More specifically, a decrease in glycolysis is accompanied by an increase in fatty acid oxidation to maintain acetyl-CoA levels. Our results show that platelets can be used as an easily accessible and medically relevant model to probe the effects of xenobiotics on cellular metabolism.

Here we show isolated human platelets can be used as an accessible ex vivo model to study metabolic adaptations in response to the complex I inhibitor rotenone. This approach employs isotopic tracing and relative quantification by liquid chromatography-mass spectrometry and can be applied to a variety of study designs.

미토콘드리아 대사 유학을위한 플랫폼으로 인간 혈소판의 LC-MS 분석

Perturbed mitochondrial metabolism has received renewed interest as playing a causative role in a range of diseases. Probing alterations to metabolic ...

Determination of Inorganic Arsenic in a Wide Range of Food Matrices using Hydride Generation - Atomic Absorption Spectrometry.

The European Food Safety Authority (EFSA) underlined in its Scientific Opinion on Arsenic in Food that in order to support a sound exposure assessment to inorganic arsenic through diet, information about distribution of arsenic species in various food types must be generated. A method, previously validated in a collaborative trial, has been applied to determine inorganic arsenic in a wide variety of food matrices, covering grains, mushrooms and food of marine origin (31 samples in total). The method is based on detection by flow injection-hydride generation-atomic absorption spectrometry of the iAs selectively extracted into chloroform after digestion of the proteins with concentrated HCl. The method is characterized by a limit of quantification of 10 &#181;g/kg dry weight, which allowed quantification of inorganic arsenic in a large amount of food matrices. Information is provided about performance scores given to results obtained with this method and which were reported by different laboratories in several proficiency tests. The percentage of satisfactory results obtained with the discussed method is higher than that of the results obtained with other analytical approaches.

The usefulness of an analytical method to determine inorganic arsenic in a wide range of food matrices is demonstrated. The method consists of selective extraction of inorganic arsenic into chloroform with a final determination by hydride generation-atomic absorption spectrometry.

The European Food Safety Authority (EFSA) underlined in its Scientific Opinion on Arsenic in Food that in order to support a sound exposure assessment to ...

Assessing the Particulate Matter Removal Abilities of Tree Leaves

Based on the conventional cleaning methods (water cleaning (WC) + brush cleaning (BC)), this study evaluated the influence of ultrasonic cleaning (UC) on collecting various sized particulate matter (PM) retained on leaf surfaces. We further characterized the retention efficiency of leaves to various sized PM, which will help to assess the abilities of urban trees to remove PM from ambient air quantitatively. 
Taking three broadleaf tree species (Ginkgo biloba, Sophora japonica, and Salix babylonica) and two needleleaf tree species (Pinus tabuliformis and Sabina chinensis) as the research objects, leaf samples were collected 4 days (short PM retention period) and 14 days (long PM retention period) after the latest rainfall. PM retained on the leaf surfaces was collected by means of WC, BC, and UC in sequence. Then, retention efficiencies of leaves (AEleaf) to three types of the various sized PM, including easily removable PM (ERP), difficult-to-remove PM (DRP), and totally removable PM (TRP), were calculated. Only around 23%-45% of the total PM retained on leaves could be cleaned off and collected by WC. When the leaves were cleaned through WC+BC, the underestimation of the PM retention capacity of different tree species was in the range of 29%-46% for various sized PM. Almost all PM retained on leaves could be removed if UC was supplemented to WC+BC. 
In conclusion, if the UC was complemented after the conventional cleaning methods, more PM on leaf surfaces could be eluted and collected. The procedure developed in this study can be used for assessing the PM removal abilities of different tree species.

The ultrasonic cleaning method was applied to elute the particulate matter (PM) retained on leaf surfaces after PM was eluted by the conventional cleaning methods (water cleaning only or water cleaning plus brush cleaning). The methodology can help to improve the estimation accuracy for PM retention capacity of leaves.

단풍 나무의 미 립 자 물질 제거 능력 평가

Based on the conventional cleaning methods (water cleaning (WC) + brush cleaning (BC)), this study evaluated the influence of ultrasonic cleaning (UC) on ...

Identifying Per- and Polyfluorinated Chemical Species with a Combined Targeted and Non-Targeted-Screening High-Resolution Mass Spectrometry Workflow

Historical and emerging per- and polyfluoroalkyl substances (PFASs) have garnered significant interest from the public and government agencies from the local to federal levels. The continuing evolution of PFAS chemistries presents a challenge to the environmental monitoring, where ongoing development of targeted methods necessarily lags the discovery of new chemical compounds. There is a need, therefore, to have forward-looking methodologies that can detect emerging and unexpected compounds, monitor these species over time, and resolve details of their chemical structure to enable future work in human health. To this end, non-targeted analysis by high-resolution mass spectrometry offers a broad base detection approach that can be combined with almost any sample preparation scheme and provides significant capabilities for compound identification after detection. Herein, we describe a solid-phase extraction (SPE) based sample concentration method tuned for shorter chain and more hydrophilic PFAS chemistries, such as per fluorinated ether acids and sulfonates, and describe analysis of samples prepared in this fashion in both targeted and non-targeted modes. Targeted methods provide superior quantification when reference standards are available but are intrinsically limited to expected compounds when performing analysis. In contrast, a non-targeted approach can identify the presence of unexpected compounds and provide some information about their chemical structure. Information about chemical features can be used to correlate compounds across sample locations and track abundance and occurrence over time.

Here, we present a protocol for the sequential targeted quantification and non-targeted analysis of fluorinated compounds in water by mass spectrometry. This methodology provides quantitative levels of known fluorochemical compounds and identifies unknown chemicals in related samples with semi-quantitative estimates of their abundance.

당 식별-및 결합된 대상 및 비 대상 심사 고해상도 질량 분석 워크플로 Polyfluorinated 화학 종

Historical and emerging per- and polyfluoroalkyl substances (PFASs) have garnered significant interest from the public and government agencies from the ...

Investigation of Plant Interactions Across Common Mycorrhizal Networks Using Rotated Cores

Arbuscular mycorrhizal (AM) fungi influence plant mineral nutrient uptake and growth, hence, they have the potential to influence plant interactions. The power of their influence is in extraradical mycelia that spread beyond nutrient depletion zones found near roots to ultimately interconnect individuals within a common mycorrhizal network (CMN). Most experiments, however, have investigated the role of AM fungi in plant interactions by growing plants with versus without mycorrhizal fungi, a method that fails to explicitly address the role of CMNs. Here, we propose a method that manipulates CMNs to investigate their role in plant interactions. Our method uses modified containers with conical bottoms with a nylon mesh and/or hydrophobic material covering slotted openings, 15N fertilizer, and a nutrient-poor interstitial sand. CMNs are left either intact between interacting individuals, severed by rotation of containers, or prevented from forming by a solid barrier. Our findings suggest that rotating containers is sufficient to disrupt CMNs and prevent their effects on plant interactions across CMNs. Our approach is advantageous because it mimics aspects of nature, such as seedlings tapping into already established CMNs and the use of a suite of AM fungi that may provide diverse benefits. Although our experiment is limited to investigating plants at the seedling stage, plant interactions across CMNs can be detected using our approach which therefore can be applied to investigate biological questions about the functioning of CMNs in ecosystems.

Most plants within communities likely are interconnected by arbuscular mycorrhizal (AM) fungi, but mediation of plant interactions by them has been investigated primarily by growing plants with versus without mycorrhizas. We present a method to manipulate common mycorrhizal networks among mycorrhizal plants to investigate their consequences for plant interactions.

회전 된 코어를 사용 하 여 일반적인 Mycorrhizal 네트워크를 통해 상호 작용 식물의 조사

Arbuscular mycorrhizal (AM) fungi influence plant mineral nutrient uptake and growth, hence, they have the potential to influence plant interactions. The ...

Mass-Rearing and Molecular Studies in Tortricidae Pest Insects

Tortricidae (Lepidoptera), commonly known as tortrix or leafroller moths, comprises many agricultural and forestry pests, which cause serious agricultural losses. To understand the biology of such pest moths, fundamental techniques have been in high demand. Here, methods for mass-rearing, observations, and molecular studies are developed using two tea tortrix, Homona magnanima and Adoxophyes honmai (Lepidoptera: Tortricidae). Insects were mass-reared with sliced artificial diet and maintained by inbreeding for over 100 generations by considering their biological characteristics. Insects have various sex dimorphisms; hence it is difficult to distinguish the sex during the developing stages, which have prevented subsequent assays. The present work highlighted that the sex of tortricids larvae could be determined by observing testes or lactic-acetic orcein staining to visualize the female-specific W chromosome. Moreover, using the sex determination methods, the present study enabled nucleic acid extractions from sex determined embryos and application toward high throughput sequencing. These tips are applicable for other pest insects and will facilitate further morphological and genetic studies.

The present protocol describes the rearing method of tortricid pest insects in the laboratories. The procedures to distinguish insects' sex and extract nucleic acids for high throughput sequencing are established using two tortricid pests.

Tortricidae 해충 곤충의 대량 사육 및 분자 연구

Tortricidae (Lepidoptera), commonly known as tortrix or leafroller moths, comprises many agricultural and forestry pests, which cause serious agricultural ...