O autor agradece o Dr. Matthias Mann pelo apoio contínuo e Sra. Katharina Zettl para demonstrar o método. Este trabalho foi apoiado pela Sociedade Max-Planck para o Avanço da Ciência.

1. Instrumentação Obrigatório <ol><li> Preparação de fatias de tecido para microdissecção e amostra de lise <ol><li> Termobloco definido como 99 ° C ou de um banho de água fervente. </li><li> Microdissector operacional Laser (por exemplo PALM, Zeiss, Göttingen, Alemanha). </li><li> Termostatizada centrífuga de bancada, a temperatura ajustada para 20 ° C. </li><li> Câmara úmida (caixa), com um rack para tubos Eppendorf eliminação do tipo. </li><li> Incubadora ajustado para 37 ° C. </li><li> Espectrofluorímetro permitindo medição de fluorescência animado perto de luz UV com cuvetes de quartzo micro-escala (0,1-0,2 ml). </li></ol></li></ol> 2. Soluções <ol><li> &#39;Tissue Tampão de Lise &quot;(TLB): de 0,1 M de Tris-HCl, pH 8,0, DTT 0,1 M, 0,5% (w / v) de polietileno glicol 20.000 e SDS a 4%. </li><li> Solução UA: 8 M de ureia em 0,1 M Tris-HCl pH 8,5. Prepare 1 ml por 1 amostra. Soluções UA e IAA tem que estar preparado na hora e usado dentro de um dia. </li><li> Solução IAA: 0.05 M iodoacetamide na UA. Prepare a 0,1 ml por 1 exemplo. </li><li> Endoproteinase Lys-C, solução estoque. </li><li> Tripsina, solução estoque. </li><li> &quot;Digestão tampão &#39;(DB): 0,05 M de Tris-HCl pH 8,5. Prepare a 0,25 ml por 1 exemplo. </li><li> &#39;Solução Padrão Triptofano&#39;: 0,1 mg triptofano em 1 ml de água deionizada. </li><li> &#39;Ensaio tampão B&#39; (OPA): 10 mM Tris-HCl, pH 7,6. </li><li> Solução de Britton e Robinson Universal Buffer (Brub). Prepara-se uma solução contendo 0,1 M de CH3COOH, 0,1 MH 3 PO 4, e 0,1 MH 3 BO 3 e ajustar-se com NaOH 1 M até a pH pretendido (2, 4, 5, 6, e 11). Antes da utilização diluída 5 vezes com água desionizada. </li><li> Tampão A: 1% (v / v) CH3COOH na água deionizada. </li><li> Tampão B: 60% (v / v), CH3CN, 1% (v / v) em água desionizada CH3COOH. </li></ol> 3. Ponteira e Colunas &#39;StageTip&#39; <ol><li> Prepare SAX ponta-coluna empilhando 6 camadas de membrana Empore-Anion em uma common 0,2 ml ponta da pipeta. Faça duas colunas SAX-ponta por amostra. </li><li> Prepare &#39;StageTip&#39; empilhando 3 camadas de Empore-C 18 em uma ponta de pipeta de 0,2 ml. Faça 6 dicas palco para cada amostra. </li></ol> 4. Preparação de fatias de tecido para Microdissecção e Amostra de Lise <ol><li> Cortar secções com um micrótomo (a espessura das fatias depende da amostra. Normalmente microdissecção funciona bem com fatias de 7-10 mm). </li><li> Irradiar lâminas de membrana (1.0 MembraneSlide PEN) com luz UV por 45 min. </li><li> Monte as seções sobre os slides de membrana Irradiado e seco a 37 ° C por 2 horas. </li><li> Retire a parafina das secções montadas por duas incubações sucessivas em xileno durante 2,5 min e 1,5 min. Reidratar as seções por incubações consecutivas em etanol absoluto, 70% de etanol e água, cada um por 1 min. </li><li> Mancha as seções com hematoxilina de Mayer por 20 s, lave com água por 1 minuto, e ar seco. </li><li> Recolha os populati celularesno interesse de usar o sistema de captura de microdissecção a laser. Ao utilizar o instrumento PALM (Zeiss) coletar as amostras nas tampas adesivas (Adhesive PAC 200). </li><li> Pipeta-se uma alíquota de TLB sobre o material de microdissecção na tampa. Fechar o tubo e recolher a suspensão, por um curto espaço de centrifugação. Lise do tecido microdissecção a 99 ° C num bloco de aquecimento com agitação (600 rpm) durante 1 hora. Use 3 mL de tampão para 10 nl do tecido microdissecção. </li><li> Clarificar o extracto em bruto por centrifugação a 16.000 x g a 18 ° C durante 10 min. O lisado pode ser armazenado congelado a -20 ° C. </li></ol> 5. Processamento de Amostra <ol><li> Misturar até 50 mL do lisado clarificado com 200 ul de ácido úrico nas unidades de ultrafiltração (30k forense) e centrifugar a 14.000 xg até menos de 10 ul da solução permanece no filtro. Normalmente, este passo requer 10-15 minutos de centrifugação. </li><li> Pipetar 200 l de UA para a unidade de ultrafiltraçãoe centrifuga-se como em 5.1. Esvazie o tubo de coleta. </li><li> Pipetar 50 ul de solução de IAA e misturar a 600 rpm num termo-misturador durante 1 min e centrifuga-se como em 5.1. </li><li> Pipetar 100 l de ácido úrico para a unidade de ultrafiltração e centrifugar como em 5.1. Repita esta etapa duas vezes </li><li> Pipetar 100 mL da DB para a unidade de ultrafiltração e centrifugar a em 5.1. Repita esta etapa duas vezes. </li><li> Transfira as unidades de filtração para novos tubos de coleta. Pipetar 40 ul de banco de dados com a endoproteinase Lys-C (proteinase a proporção de proteína total de 1:100) e misturar a 600 rpm, em termo-misturador durante 1 minuto. Incubar as unidades numa câmara húmida a 37 ° C durante 18 horas. </li><li> Centrifugar as unidades de filtragem a 14.000 xg, tal como em 5.1. </li><li> Pipetar 160 l de água desionizada e centrifugar as unidades de filtro como em 5.1. O flow-through em pool (5.7 e 5.8 passos) contém os peptídeos liberados por endoproteinase de Lys C. </li><li> Transferir a unidade de ultrafiltração para um novo tubo de recolha. Adicionar 40 mLDB com tripsina (razão enzima para proteína de 1:100) e misturar a 600 rpm, em termo-misturador durante 1 minuto. Incubar as unidades numa câmara húmida a 37 ° C durante 4 h. Repita os passos 5.7 e 5.8 para recolher os peptídeos trípticos. </li></ol> 6. A quantificação dos peptídeos <ol><li> A medição do teor de péptido nas digestões de proteínas pode ser realizada em tampão diluída, porque os resíduos de triptofano são bem acessíveis ao solvente. </li><li> Pipetar 0,2 ml da ABB na cuvete de quartzo e registrar o espectro de emissão para &#39;em branco&#39;. </li><li> Preparar curva de calibração usando 0,1 mg etapas, adicionando um mL alíquotas de SST para a cuvete e mix suave com a ABB. </li><li> Limpar a tina. </li><li> Pipetar a amostra e registrar o espectro (amostra). </li><li> Calcular a concentração de proteína e peptídeo Desde 0,1 ug de triptofano corresponde a cerca de 9 mg de proteína (com base na média de 1,1% do teor de triptofano em misturas de proteínas obtidas by lisar células humanas), o teor de proteína da amostra no conteúdo ou peptídeo na digest é igual: <img alt="Equação 1" fo:content-width="2.787in" fo:src="/files/ftp_upload/50589/50589eq1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50589/50589eq1.jpg" /> onde F (Padrão1) é a fluorescência do triptofano de 0,1 ug padrão. O teor de péptido permite o cálculo do rendimento do processo de digestão e fornece informações essenciais para o fraccionamento seguinte péptido e análise de espectrometria de massa. </li></ol> 7. Fracionamento dos Lys-C e trípticos Peptídeos <ol><li> Dilui-se as soluções de péptidos obtidos por digestão com Lis-C e tripsina com 0,2 ml de Brub pH 11 e pH 5, respectivamente. </li><li> Monte o SAX ponta-coluna na tampa adaptador tubo centrífuga. </li><li> Lavar e equilibrar a coluna de ponta-SAX, sucessivamente, com 0,1 ml de metanol, 0,1 ml de NaOH 1 M, e 3 vezes com 0,1 ml de Brub, pH 11 para a separação de Lys-C Peptides e com Brub, pH 5 para os peptídeos trípticos. O fluxo das soluções através da coluna de material é facilitada por centrifugação a 4.000 x g. </li><li> Lavar e equilibrar os C 18 - &#39;&#39; StageTips subsequentemente, com 0,05 ml de metanol, depois com 0,05 ml de tampão B e com 0,05 ml de tampão A. Prepara seis C 18 - &#39;StageTips&#39;, 4 para a separação da Lys- péptidos C e dois para a separação dos peptídeos trípticos. </li><li> Monte o Tip-coluna SAX no C 18 - &#39;StageTip&#39;. Coloque as soluções de amostra para os SAX Ponta-colunas equilibradas e centrifugar as colunas a 5.000 xg por 3 min. </li><li> Equilibrar as colunas &#39;pipeta de ponta de&#39; com 0,1 ml da Brub, pH 11 ou pH 5, respectivamente, para o Lyc-C e as amostras trípticos. Facilitar o fluxo através de centrifugação a 5000 x g. </li><li> Transfira a Tip-coluna SAX para o próximo C 18 - &#39;StageTip&#39;. </li><li> Continuar a eluição dos péptidos com Brub pH 6, 4 e 2 para a amostra Lys C e com BRUB pH 2 para a amostra com péptidos trípticos. Para cada etapa de eluição usar um C separado 18 - &#39;StageTip&#39;. </li><li> Lave os C 18 - &#39;StageTips&#39; com 0,05 ml de tampão A. </li><li> Eluir fracções com 0,05 ml de tampão B em frascos utilizados directamente para a injecção das amostras em sistema LC montados com um espectrómetro de massa. </li></ol>

<ol>
	<li>Nagaraj, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep+proteome+and+transcriptome+mapping+of+a+human+cancer+cell+line.">Deep proteome and transcriptome mapping of a human cancer cell line.</a> Molecular systems biology. 7, 548 (2011).</li><li>Beck, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+quantitative+proteome+of+a+human+cell+line.">The quantitative proteome of a human cell line.</a> Molecular systems biology. 7, 549 (2011).</li><li>Wisniewski, J. R., Dus, K., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+workflow+for+analysis+of+archival+formalin-fixed+and+paraffin-embedded+clinical+samples+to+a+depth+of+10+000+proteins.+Proteomics.">Proteomic workflow for analysis of archival formalin-fixed and paraffin-embedded clinical samples to a depth of 10 000 proteins. Proteomics.</a> Clin. Appl. 7 (3-4), 225-233 (2013).</li><li>Magdeldin, S., Yamamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+deciphering+proteomes+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+(FFPE)+tissues.">Toward deciphering proteomes of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues.</a> Proteomics. 12 (7), 1045-1058 (2012).</li><li>Ostasiewicz, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteome,+phosphoproteome,+and+N-glycoproteome+are+quantitatively+preserved+in+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+and+analyzable+by+high-resolution+mass+spectrometry.">Proteome, phosphoproteome, and N-glycoproteome are quantitatively preserved in formalin-fixed paraffin-embedded tissue and analyzable by high-resolution mass spectrometry.</a> J. Proteome Res. 9 (7), 3688-36700 (2010).</li><li>Wisniewski, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+sample+preparation+method+for+proteome+analysis.">Universal sample preparation method for proteome analysis.</a> Nature. 6 (5), 359-362 (2009).</li><li>Wisniewski, J. R., Ostasiewicz, P., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+recovery+FASP+applied+to+the+proteomic+analysis+of+microdissected+formalin+fixed+paraffin+embedded+cancer+tissues+retrieves+known+colon+cancer+markers.">High recovery FASP applied to the proteomic analysis of microdissected formalin fixed paraffin embedded cancer tissues retrieves known colon cancer markers.</a> Journal of proteome research. 10 (7), 3040-3049 (2011).</li><li>Wisniewski, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extensive+quantitative+remodeling+of+the+proteome+between+normal+colon+tissue+and+adenocarcinoma.">Extensive quantitative remodeling of the proteome between normal colon tissue and adenocarcinoma.</a> Mol. Syst. Biol. 8, 611 (2012).</li><li>Wisniewski, J. R., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Consecutive+proteolytic+digestion+in+an+enzyme+reactor+increases+depth+of+proteomic+and+phosphoproteomic+analysis.">Consecutive proteolytic digestion in an enzyme reactor increases depth of proteomic and phosphoproteomic analysis.</a> Anal. Chem. 84 (6), 2631-2637 (2012).</li><li>Wisniewski, J. R., Zougman, A., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combination+of+FASP+and+StageTip-based+fractionation+allows+in-depth+analysis+of+the+hippocampal+membrane+proteome.">Combination of FASP and StageTip-based fractionation allows in-depth analysis of the hippocampal membrane proteome.</a> J. Proteome Res. 8 (12), 5674-5678 (2009).</li><li>Rappsilber, J., Ishihama, Y., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stop+and+go+extraction+tips+for+matrix-assisted+laser+desorption/ionization,+nanoelectrospray,+and+LC/MS+sample+pretreatment+in+proteomics.">Stop and go extraction tips for matrix-assisted laser desorption/ionization, nanoelectrospray, and LC/MS sample pretreatment in proteomics.</a> Anal. Chem. 75 (3), 663-670 (2003).</li><li>Thompson, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+pre-analytical+factors+on+the+proteomic+analysis+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue.">Impact of pre-analytical factors on the proteomic analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tissue.</a> Proteomics Clin. Appl. , (2012).</li></ol>

O autor não tem nada a revelar.

A capacidade de estudar o material FFPE pela tecnologia proteômica a uma profundidade comparável com o sequenciamento de ácidos nucleicos e técnicas de microarray abre novas perspectivas em biomarcadores e droga descoberta alvo. O protocolo descrito permite a caracterização e quantificação de proteomas de populações de células microdissecadas a uma escala de 10.000 proteínas. Quando se utiliza menos do material de microdissecção um menor conjunto de dados pode ser gerada, mas, talvez, em muitos casos, estas podem também fornecer dados clínicos valiosos. Assim, qualquer uma das amostras pode ser analisada directamente após o processo de MED-FASP ou podem ser separados em fracções menos. Desde procedimento FASP é compatível com qualquer tipo de protease, outras enzimas ou sua combinação pode ser usado a partir de digestões de proteínas 6. A qualidade do material FFPE parece ser o problema mais crítico da análise. Temos experimentado que o tecido fixo da mesma origem mas vindo de diferentesClínica de ORL tinha propriedades distintas. Usando tecido de uma fonte que foram capazes de gerar peptídeos com alto rendimento, enquanto material similar de outra clínica era quase inútil. É provável que a fixação aplicado e procedimentos de incorporação, bem como condições de armazenagem são os principais factores que afectam as propriedades do material clínico 12. Por isso, é aconselhável testar as propriedades de algumas amostras antes de iniciar um projeto maior. Muitas publicações descreveram o uso do material de FFPE no passado. No entanto, o número de proteínas identificadas nestes estudos nunca excedeu mais do que 1.000-2.000 proteínas 4. Considerando o tamanho das proteomas específicos de células humanas compreendendo mais de 10.000 proteínas, esses estudos foram capazes apenas de proporcionar uma imagem muito superficial, quase se limitando a proteínas altamente abundantes envolvidas em funções de manutenção. Nosso protocolo permite isolamento eficiente do material clínico ou biológico from preservado tecido e é otimizado para lise, processamento de proteínas e peptídeos prefraccionamento. Como conseqüência nosso fluxo de trabalho de preparação da amostra, quando acoplado à espectrometria de massa de alta qualidade, permite insights sobre um proteomas quase completos. Notável, isso é possível em requisitos minutos quantidade de amostra. A principal vantagem de utilizar os tecidos preservados é a sua vasta disponibilidade relativa. Amostras FFPE arquivados há muitos anos e décadas, e, por vezes considerada como inútil, agora, graças à tecnologia proteômica, aparecem como material de grande valor para a investigação clínica. Considerando que muitas doenças podem ser estudados utilizando fresco ou congelado exploração do material do material de FFPE parece ser particularmente importante para o estudo de doenças raras 12, foram recolha de um conjunto representativo da amostra leva geralmente um longo período de tempo.

Fixação com paraformaldeído e inclusão em parafina (FFPE) é o método padrão para a preservação e investigação pathomorphologic de material tecido clínica. Microscopia do tecido preservado permite a identificação de doenças relacionadas com alterações morfológicas, e detecção e correção de ocorrência de antigénios da febre relacionada. Uma vez que tipicamente, apenas uma pequena porção da amostra FFPE é usado nestas análises, grandes quantidades de material clínico permanecem arquivados e podem ser exploradas em outros tipos de trabalhos. Durante a última década a pesquisa em ciências da vida tem sido fortalecida pela poderosa tecnologia proteômica. Esta tecnologia permite a identificação e quantificação de milhares de proteínas em misturas complexas de proteínas. Uma característica importante da tecnologia é que a quantidade de material só minutos são necessários para as análises de grande escala. Estudos recentes demonstraram que proteomic proteínas pode ser estudada numa escala de amostra quaselete proteomas 1, 2. Este tipo de sistema permite investigações de largura conhecimentos na composição das células e identificação de grupos de proteínas que ocorrem em níveis anómalos de doenças. Considerando que estes estudos necessários grandes capacidades de espectrometria de massa, o trabalho recente demonstrou que medida semelhante de identificação pode ser alcançado dentro de um único dia de medição 3. A exigência de valor relativamente baixo da amostra e da ampla disponibilidade das amostras clínicas preservadas nós e os outros tentados a desenvolver métodos que permitam a exploração proteômica do material FFPE (para uma revisão ver 4). Aproveitando a reversibilidade da fixação em formalina sob um tratamento térmico, temos desenvolvido um protocolo que permite a extracção quantitativa de proteínas a partir do tecido fixo 5. Nós mostramos que o procedimento de fixação não preserva apenas proteínas, mas também, pelo menos, algumas modificações pós-traducionais. Fosforylation e N-glicosilação pode ser estudado utilizando as amostras FFPE 5, porém um pré-requisito para isso é uma condições de coleta de tecido, de armazenamento e de fixação completamente controladas. Em seguida, temos aperfeiçoado o método para a captura de microdissecção a laser do tecido fixado e para a proteômica reator baseado processamento da amostra 6, 7. Um estudo em grande escala sobre o câncer colorretal permitiu a análise quantitativa de 7.500 proteínas da microdissectados de material clínico 8. Finalmente, temos melhorado a forma de exploração de material microdissecção aplicando consecutivo de dois protocolo digestão de proteínas passo 9. Em comparação com as estratégias de digestão comuns usando enzima única, este procedimento permite a geração de mais peptídeos seqüência única e, conseqüentemente, resulta em uma maior profundidade de identificação de proteínas. Análise de microdissecção adenoma do cólon humano permitiu análise proteômica a uma profundidade de 9.500 proteínas por amostra 3. Neste garanhãoy mapeamos 55.000 peptídeos por amostra, permitindo a identificação de 88-89% de proteínas com pelo menos 2 peptídeos. Aqui apresentamos um protocolo otimizado para preparação de amostras de material para análise FFPE LC-MS/MS. Este protocolo inclui a preparação de secções de tecido por microdissecção, a lise das células isoladas, e o processamento de amostras num formato de reactor (FASP) 6. Em seguida, descrevemos uma determinação espectrofluorométrico de rendimentos peptídeo, uma tarefa com grande importância para a identificação ideal peptídeo pela espectrometria de massa. Por fim, demonstramos uma forte permutador de aniões (SAX) à base de técnica de separação para peptídeo fracionamento. Neste método, tanto a separação de peptídeos e limpeza final, são realizadas utilizando microcolunas pipeta de ponta de 10, 11. Este passo é opcional, mas é recomendado em estudos em que mais do que alguns microgramas peptídeos podem ser obtidos a partir de uma única amostra. O SAX-fracionamento pode aumentar substancialmente o número ea gama dinâmica de identficações e estender a cobertura seqüência de proteína 3, 10.

<table border="1">
		<tbody>
		 <tr>
			<td>Name of the reagent</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalogue number</td>
			<td>Comments (optional)</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>MembraneSlide 1.0 PEN</td>
			<td>Carl-Zeiss Microscopy GmBH, Goettingen, Germany</td>
			<td>415190-9041-000</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Adhesive Cap 200 opaque</td>
			<td>Carl-Zeiss Microscopy GmBH, Goettingen, Germany</td>
			<td>415190-9181-000</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Mayer's hematoxylin solution </td>
			<td>Sigma-Aldrich St. Louis, MO</td>
			<td>MHS32</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Forensic 30k </td>
			<td>Merck Millipore Darmstadt, Germany</td>
			<td>MRCF0R030 </td>
			<td>(Previously sold as Microcon YM-30) </td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Empore Anion</td>
			<td>Bioanalytical technologies 3M Company ST. Paul, MN </td>
			<td>2252</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Empore C18</td>
			<td>Bioanalytical technologies 3M Company ST. Paul, MN</td>
			<td>2215</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Trypsin </td>
			<td>Promega </td>
			<td>2014-06-27</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Endoproteinase Lys-C</td>
			<td>Wako</td>
			<td>129-02541</td>
			<td></td>
		 </tr>
		</tbody>
 </table>

proteomic sample preparation from formalin fixed and paraffin embedded tissue

Material clínico preservada é uma fonte única para a investigação proteômica de distúrbios humanos. Aqui nós descrevemos um protocolo otimizado permitindo a análise quantitativa em larga escala de fixados em formalina e incluído em parafina (FFPE) do tecido. O processo compreende quatro etapas distintas. A primeira é a preparação de secções do material de FFPE microdissecção e de células de interesse. Na segunda etapa, as células isoladas são lisadas e processados ​​usando &#39;filtro auxiliado a preparação da amostra&#39; (FASP) técnica. Neste passo, as proteínas são esgotadas de reagentes utilizados para a lise da amostra e são digeridas em solução em duas etapas utilizando a endoproteinase LysC e tripsina. Após cada digestão, os péptidos são recolhidos em fracções separadas e o seu conteúdo é determinado usando uma medição de fluorescência altamente sensível. Finalmente, os peptídeos são fraccionados em microcolunas &#39;pipeta-tip&#39;. Os IysC-péptidos são separadas em quatro fracções ao passo que a pe trípticaptides são separados em duas frações. Desta maneira as amostras preparadas permitir a análise de proteomas de quantidades diminutas de material para uma profundidade de 10.000 proteínas. Assim, o fluxo de trabalho descrito é uma técnica poderosa para o estudo de doenças em todo o sistema, da forma, bem como para a identificação de potenciais biomarcadores e alvos de drogas.

Análise proteômica de material FFPE requer métodos robustos e reprodutíveis para a preparação da amostra. Nesta publicação, demonstram um protocolo que permite o isolamento eficaz de populações de células a partir do material fixo e a sua transformação química, resultando em fracções de péptidos de pureza elevada que pode ser utilizado directamente para análise LC-MS/MS. O processo consiste em quatro partes distintas: (1) preparação de secções das amostras FFPE e sua microdissecção, (2) a lise da amostra e processamento das proteínas utilizando abordagem MED FASP, e (3) quantificação e (4) fraccionamento da os péptidos (Figura 1). No primeiro passo do processo, as amostras de FFPE são seccionados com um micrótomo e montadas em lâminas cobertas de membrana. Para aumentar a adesão entre as secções de tecido e a superfície da membrana da corrediça é necessário irradiar a superfície da lâmina com luz UV. Para isso, use a luz de uma lâmpada UVintegrado no banco de cultura de células. Após esta etapa, as lâminas são submetidas a lavagens, permitindo a remoção de parafina e re-hidratação das amostras. O material é reidratado corados com hematoxilina por um tempo curto. Isto resulta numa fraca coloração da amostra, mas é suficiente para a visualização de áreas de amostra para microdissecação. O processo de coloração tem de ser interrompido rapidamente por lavagem das lâminas com um excesso de água. A coloração prolongada dos resultados da amostra em baixos rendimentos peptídicas. Na próxima etapa, as secções secas são submetidas a microdissecação. A selecção da área de tecido de células individuais depende do tipo de investigação e exige conhecimento específico em histologia ou Pathomorphology. O material lançado por laser é cobrado sobre superfícies adesivas dos tubos de coleta de amostra. Uma vez que a capacidade de ligação do material de adesivo é limitado, é necessário transferir o material de microdissecção da tampa para tele tubo após dissecção de cada 3-5 mm 2 da amostra. Isto pode ser facilmente feito por pipetagem de alguns microlitros de tampão de lise do tecido (LTB) para a tampa e um curto espaço de fiação de tubo em uma centrífuga. Depois a amostra é recolhida no fundo do tubo, a microdissecção e a recolha da amostra sobre a tampa pode ser continuado. Uma vez que toda a amostra é recolhida os tubos têm que ser adicionalmente tapado com parafilme e incubado num banho de água a cerca de 99 ° C com agitação contínua durante 1 hora. Uma vez que durante a incubação de água condensa-se sobre a tampa, a cada 15 minutos os tubos têm de ser pouco centrifugada para recolher a água de volta no cone de tubo. Para obter peptídeos os lisados ​​de tecido são processadas usando a abordagem MED-FASP. Neste método, as proteínas hidrolisadas são empobrecido do detergente e outras substâncias de baixo peso molecular, carboamidomethylated em resíduos de cisteinilo, e depois, consecutivamente digerido com duas enzimas difFering em suas especificidades de clivagem: endoproteinase LysC e tripsina. Depois de cada passo de digestão, os péptidos são recolhidos em fracções separadas. Nesta parte da preparação da amostra que é importante continuar a cada um dos passos de centrifugação, até mais do que 95% da solução inicialmente carregado para dentro da unidade de filtração da membrana passou. Analisando tecido do cólon e cancro da sua observou-se que este procedimento produz 3-6 pg de péptido por 100 nl (tecido 100 ug ou 10 mm 2 de uma secção de 10 mm) do material de microdissecção (Tabela 1). Uma vez que a proteína total extraída dos tecidos é de cerca de 10% do peso do tecido dos processos de extracção e de digestão em conjunto resulta em um rendimento de 30-60% no que diz respeito ao tecido original fresco. Estes valores reflectem as perdas de proteína durante a desidratação e de coloração, por microdissecção, e a retenção da parte da amostra não digerida nas unidades de ultrafiltração. Porque extração e processamento de nenhumtecido FFPE n-microdissecção resultou em rendimento de proteína e peptídeo-conversão de 75% 5, é provável que as perdas de amostra críticas ocorrem durante as etapas anteriores MED-FASP. Uma característica importante das misturas de péptidos obtidos por este processo é o seu elevado grau de pureza, que facilita ainda mais péptido processo de fraccionamento de fraccionamento e a identificação de espectrometria de massa. Isto foi recentemente demonstrado pela análise de amostras de adenoma colorrectal 3. Nesse estudo cerca de 40% dos eventos de MS / MS levou à identificação de peptídeos de tecido FFPE e resultou em mapeamento de até 17.000 péptidos por ensaio LC-MS/MS único. Taxas mais altas de identificação foram alcançados apenas na análise in vitro de células cultivadas congelados 3. Nas duas últimas partes de todo o processo, os peptídeos isolados são quantificados e fraccionado em microcolunas pipeta com ponta. Uma vez que as quantidades de péptido isolado, a partir do tecido são microdissecção serbaixo 10 ug eles não podem ser quantificados utilizando ensaios de proteína à base de corantes comummente utilizados. Também os A 280 medidas de UV-espectral a estas concentrações não são úteis devido ao efeito de espalhamento de luz. Em contraste, as medições de fluorescência dos resíduos de triptofano oferecer uma maneira de confiança para a determinação do teor de péptido. Recentemente, temos mostrado que até 5.000 proteínas de células em cultura podem ser identificados em um &#39;tiro&#39; 4 hr análise LC-MS/MS 7. No entanto, este tipo de análise aplicada aos tecidos nativos raramente permite a identificação de mais do que 3000 mil proteínas. Para aumentar a profundidade da análise dos péptidos gerados na MED FASP têm de ser pré-fraccionadas antes LC-MS/MS. A separação de micro-coluna SAX base é um método de fraccionamento simples e eficiente 10. Já foi aplicada em vários estudos proteomic incluindo aqueles analisando tecido fixo 5, 8, 9. O SAX-microcolu &#39;pipeta ponta&#39;mns, eo C 18 - colunas de dessalinização &quot;StageTip &#39;9 são fáceis de preparar. As colunas são montados por empilhamento de tampões, cortadas a partir do SAX ou C 18 membranas, numa ponta de pipeta de 200 ul 11. Exemplos de a análise das amostras de FFPE fraccionado-SAX são mostrados na Tabela 1. <img alt="Figura 1" src="/files/ftp_upload/50589/50589fig1.jpg" /> Figura 1. Introdução ao procedimento. O processo consiste em quatro partes distintas: (1) preparação de secções das amostras FFPE e sua microdissecção, (2) a lise da amostra e processamento das proteínas utilizando abordagem MED FASP, e (3) quantificação e (4) fraccionamento da os péptidos. <table border="1" class="jove_content_small" fo:keep-together.within-page="always"><tbody><tr><td fo:width="1.4in"> Amostra </td><td fo:width="1in"> Amostra pré-fracionamento / digestão </strong&gt; </td><td fo:width="1in"> Espectrômetro de massa utilizado </td><td fo:width="1.25in"> Ng rendimento péptido / amostra nL (± DP) </td><td fo:width="1.25in"> Identificações únicas proteína por amostra única </td><td fo:width=".75in"> Referência </td></tr><tr><td> • Adenonocarcinoma • mucosa do cólon normal </td><td> SAX / uma enzima </td><td> Orbitrap-Velos </td><td> 36 ± 11 (n = 8) 30 ± 8 (n = 8) </td><td> 5.985 ± 54 5.868 ± 110 </td><td> 8 </td></tr><tr><td> • Colonic Adenoma </td><td> SAX / duas enzimas </td><td> Q Exactive </td><td> 56 ± 6,1 (n = 3) </td><td> 9.501 ± 28 </td><td> 3 </td></tr></tbody></table> Tabela 1. Resultados representativos das análises proteomic do tecido microdissecção FFPE.

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Proteomic Sample Preparation from Formalin Fixed and Paraffin Embedded Tissue

Formalina de arquivo fixo e incluído em parafina (FFPE) amostras clínicas são material valioso para a investigação de doenças. Aqui demonstramos um fluxo de trabalho de preparação da amostra, permitindo uma análise em profundidade proteômica de tecido FFPE microdissecção.

Preparação de Amostras de proteômica fixados em formalina e embebidos em parafina Tissue

Preserved clinical material is a unique source for proteomic investigation of human disorders. Here we describe an optimized protocol allowing large scale ...

proteomic-sample-preparation-from-formalin-fixed-paraffin-embedded

Research

JoVE Journal

Biology

27.4K visualizações.  Max Planck Institute of Biochemistry.  Formalina de arquivo fixo e incluído em parafina (FFPE) amostras clínicas são material valioso para a investigação de doenças. Aqui demonstramos um fluxo de trabalho de preparação da amostra, permitindo uma análise em profundidade proteômica de tecido FFPE microdissecção. 

Vídeo: Proteomic Sample Preparation from Formalin Fixed and Paraffin Embedded Tissue

Immunohistochemistry: Paraffin Sections Using the Vectastain ABC Kit from Vector Labs

Immunohistochemistry (IHC) is a valuable technique utilized to localize/visualize protein expression in a mounted tissue section using specific antibodies. There are two methods: the direct and indirect method. In this experiment, we will only describe the use of indirect IHC staining. Indirect IHC staining utilizes highly specific primary and biotin-conjugated secondary antibodies. Primary antibodies are utilized to discretely identify proteins of interest by binding to a specific epitope, while secondary antibodies subtract for non-specific background staining and amplify signal by forming complexes to the primary antibody. Slides can either be generated from frozen sections, or paraffin embedded sections mounted on glass slides. In this protocol, we discuss the preparation of paraffin-embedded sections by dewaxing, hydration using an alcohol gradient, heat induced antigen retrieval, and blocking of endogenous peroxidase activity and non-specific binding sites. Some sections are then stained with antibodies specific for T cell marker CD8 and while others are stained for tyrosine hydroxylase. The slides are subsequently treated with appropriate secondary antibodies conjugated to biotin, then developed utilizing avidin-conjugated horseradish peroxidase (HRP) with Diaminiobenzidine (DAB) as substrate. Following development, the slides are counterstained for contrast, and mounted under coverslips with permount. After adequate drying, these slides are then ready for imaging.

Imuno-histoquímica: Seções de parafina Usando o Kit de Vectastain ABC Vector Labs

Immunohistochemistry (IHC) is a valuable technique utilized to localize/visualize protein expression in a mounted tissue section using specific ...

Biologia

Electrophoretic Separation of Proteins

Electrophoresis is used to separate complex mixtures of proteins (e.g., from cells, subcellular fractions, column fractions, or immunoprecipitates), to investigate subunit compositions, and to verify homogeneity of protein samples. It can also serve to purify proteins for use in further applications. In polyacrylamide gel electrophoresis, proteins migrate in response to an electrical field through pores in a polyacrylamide gel matrix; pore size decreases with increasing acrylamide concentration. The combination of pore size and protein charge, size, and shape determines the migration rate of the protein. In this unit, the standard Laemmli method is described for discontinuous gel electrophoresis under denaturing conditions, i.e., in the presence of sodium dodecyl sulfate (SDS). 

In this video, we demonstrate a method for electrophoretic separation of proteins using poly-acrylimide gel electrophoresis (PAGE).

Separação eletroforética de proteínas

Electrophoresis is used to separate complex mixtures of proteins (e.g., from cells, subcellular fractions, column fractions, or immunoprecipitates), to ...

Toxin Induction and Protein Extraction from Fusarium spp. Cultures for Proteomic Studies

Fusaria are filamentous fungi able to produce different toxins. Fusarium mycotoxins such as deoxynivalenol, nivalenol, T2, zearelenone, fusaric acid, moniliformin, etc... have adverse effects on both human and animal health and some are considered as pathogenicity factors. Proteomic studies showed to be effective for deciphering toxin production mechanisms (Taylor et al., 2008) as well as for identifying potential pathogenic factors (Paper et al., 2007, Houterman et al., 2007) in Fusaria. It becomes therefore fundamental to establish reliable methods for comparing between proteomic studies in order to rely on true differences found in protein expression among experiments, strains and laboratories. The procedure that will be described should contribute to an increased level of standardization of proteomic procedures by two ways. The filmed protocol is used to increase the level of details that can be described precisely. Moreover, the availability of standardized procedures to process biological replicates should guarantee a higher robustness of data, taking into account also the human factor within the technical reproducibility of the extraction procedure.
The protocol described requires 16 days for its completion: fourteen days for cultures and two days for protein extraction (figure 1). 
Briefly, Fusarium strains are grown on solid media for 4 days; they are then manually fragmented and transferred into a modified toxin inducing media (Jiao et al., 2008) for 10 days. Mycelium is collected by filtration through a Miracloth layer. Grinding is performed in a cold chamber. Different operators performed extraction replicates (n=3) in order to take into account the bias due to technical variations (figure 2). Extraction was based on a SDS/DTT buffer as described in Taylor et al. (2008) with slight modifications. Total protein extraction required a precipitation process of the proteins using Aceton/TCA/DTT buffer overnight and Acetone /DTT washing (figure 3a,3b). Proteins were finally resolubilized in the protein-labelling buffer and quantified. Results of the extraction were visualized on a 1D gel (Figure 4, SDS-PAGE), before proceeding to 2D gels (IEF/SDS-PAGE). The same procedure can be applied for proteomic analyses on other growing media and other filamentous fungi (Miles et al., 2007).

Toxin Induction and Protein Extraction from Fusarium spp. Cultures for Proteomic Studies

Protein extraction for proteomic analyses in fungal species requires high levels of standardization to be accomplished according with the minimum information about a proteomic experiment (MIAPE) guidelines. We present a video-protocol that includes a procedure for minimizing experimental bias during toxin induction and protein extraction from Fusarium spp.

Indução toxina e Extração de Proteínas de Fusarium Spp. Culturas de Estudos Proteômica

Fusaria are filamentous fungi able to produce different toxins. Fusarium mycotoxins such as deoxynivalenol, nivalenol, T2, zearelenone, fusaric acid, ...

Western Blotting: Sample Preparation to Detection

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract. It uses gel electrophoresis to separate native or denatured proteins by the length of the polypeptide (denaturing conditions) or by the 3-D structure of the protein (native/ non-denaturing conditions). The proteins are then transferred to a membrane (typically nitrocellulose or PVDF), where they are probed (detected) using antibodies specific to the target protein.

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract.

Western Blotting: Preparação de amostras para detecção

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract. It uses gel ...

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of muscle specification, formation and function in model systems has provided valuable insight into muscle physiology. Therefore, identifying and characterizing molecular mechanisms that underlie muscle damage is critical. The structure of adult Drosophila multi-fiber muscles resemble vertebrate striated muscles 1 and the genetic tractability of Drosophila has made it a great system to analyze dystrophic muscle morphology and characterize the processes affecting muscular function in ageing adult flies 2. Here we present the histological technique for preparing paraffin-embedded and frozen sections of Drosophila thoracic muscles. These preparations allow for the tissue to be stained with classical histological stains and labeled with protein detecting dyes, and specifically cryosections are ideal for immunohistochemical detection of proteins in intact muscles. This allows for analysis of muscle tissue structure, identification of morphological defects, and detection of the expression pattern for muscle/neuron-specific proteins in Drosophila adult muscles. These techniques can also be slightly modified for sectioning of other body parts.

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

Identification of mechanisms underlying muscle damage is crucial. Here we present the histological technique for preparing paraffin-embedded and frozen sections of Drosophila thoracic muscles. This allows analysis of muscle morphology and localization of protein and other muscle cell components.

Seções incluído em parafina e congelados de Drosophila Músculos Adulto

The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number gains and losses and DNA methylation. Advances in high-throughput, genome-wide profiling technologies, such as microarrays, have significantly improved our ability to identify and detect these specific alterations. However as technology continues to improve, a limiting factor remains sample quality and availability. Furthermore, follow-up clinical information and disease outcome are often collected years after the initial specimen collection. Specimens, typically formalin-fixed and paraffin embedded (FFPE), are stored in hospital archives for years to decades. DNA can be efficiently and effectively recovered from paraffin-embedded specimens if the appropriate method of extraction is applied. High quality DNA extracted from properly preserved and stored specimens can support quantitative assays for comparisons of normal and diseased tissues and generation of genetic and epigenetic signatures 1. To extract DNA from paraffin-embedded samples, tissue cores or microdissected tissue are subjected to xylene treatment, which dissolves the paraffin from the tissue, and then rehydrated using a series of ethanol washes. Proteins and harmful enzymes such as nucleases are subsequently digested by proteinase K. The addition of lysis buffer, which contains denaturing agents such as sodium dodecyl sulfate (SDS), facilitates digestion 2. Nucleic acids are purified from the tissue lysate using buffer-saturated phenol and high speed centrifugation which generates a biphasic solution. DNA and RNA remain in the upper aqueous phase, while proteins, lipids and polysaccharides are sequestered in the inter- and organic-phases respectively. Retention of the aqueous phase and repeated phenol extractions generates a clean sample. Following phenol extractions, RNase A is added to eliminate contaminating RNA. Additional phenol extractions following incubation with RNase A are used to remove any remaining enzyme. The addition of sodium acetate and isopropanol precipitates DNA, and high speed centrifugation is used to pellet the DNA and facilitate isopropanol removal. Excess salts carried over from precipitation can interfere with subsequent enzymatic assays, but can be removed from the DNA by washing with 70% ethanol, followed by centrifugation to re-pellet the DNA 3. DNA is re-suspended in distilled water or the buffer of choice, quantified and stored at -20&deg;C. Purified DNA can subsequently be used in downstream applications which include, but are not limited to, PCR, array comparative genomic hybridization 4 (array CGH), methylated DNA Immunoprecipitation (MeDIP) and sequencing, allowing for an integrative analysis of tissue/tumor samples.

This video demonstrates the protocol for DNA extraction from formalin-fixed paraffin-embedded material. This is a multi-day procedure in which tissue sections are deparaffinized with xylene, rehydrated with ethanol and treated with proteinase K to purify and isolate DNA for subsequent gene-specific or genome-wide analysis.

Extração de DNA de material parafinado Embedded para análises genéticas e epigenéticas

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA probes. This protocol, originally developed by Kloosterman and colleagues for broad use with Exiqon miRNA probes1, has been modified to overcome challenges inherent in miRNA analysis in kidney tissues. These include issues such as structure identification and hard to remove residual probe and antibody. Use of relatively thin, 5 mm thick, tissue sections allowed for clear visualization of kidney structures, while a strong probe signal was retained in cells. Additionally, probe concentration and incubation conditions were optimized to facilitate visualization of microRNA expression with low background and nonspecific signal. Here, the optimized protocol is described, covering the initial tissue collection and preparation through the mounting of slides at the end of the procedure. The basic components of this protocol can be altered for application to other tissues and cell culture models.

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

This article describes an in situ hybridization protocol optimized for colormetric detection of microRNA expression in formalin fixed kidney sections.

MicroRNA<em&gt; Em situ</em&gt; Hibridização de tecidos de rim fixadas em formalina

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

qPCR Is a Sensitive and Rapid Method for Detection of Cytomegaloviral DNA in Formalin-fixed, Paraffin-embedded Biopsy Tissue

It is crucial to identify cytomegalovirus (CMV) infection in the gastrointestinal (GI) tract of immunosuppressed patients, given their greater risk for developing severe infection. Many laboratory methods for the detection of CMV infection have been developed, including serology, viral culture, and molecular methods. Often, these methods reflect systemic involvement with CMV and do not specifically identify local tissue involvement. Therefore, detection of CMV infection in the GI tract is frequently done by traditional histology of biopsy tissue. Hematoxylin and eosin (H&#38;E) staining in conjunction with immunohistochemistry (IHC) have remained the mainstays of examining these biopsies. H&#38;E and IHC sometimes result in atypical (equivocal) staining patterns, making interpretation difficult. It was shown that quantitative polymerase chain reaction (qPCR) for CMV can successfully be performed on formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) biopsy tissue for very high sensitivity and specificity. The goal of this protocol is to demonstrate how to perform qPCR testing for the detection of CMV in FFPE biopsy tissue in a clinical laboratory setting. This method is likely to be of great benefit for patients in cases of equivocal staining for CMV in GI biopsies.

This protocol describes qPCR detection of cytomegalovirus in formalin-fixed, paraffin-embedded biopsy tissue, which is rapid, sensitive, specific, and useful for interpreting equivocal hematoxylin and eosin or immunohistochemical staining patterns.

qPCR é um método sensível e rápido para detecção de DNA por citomegalovírus em formalina-fixo, tecido da biópsia de parafina-embedded

It is crucial to identify cytomegalovirus (CMV) infection in the gastrointestinal (GI) tract of immunosuppressed patients, given their greater risk for ...

Employing Digital Droplet PCR to Detect BRAF V600E Mutations in Formalin-fixed Paraffin-embedded Reference Standard Cell Lines

ddPCR is a highly sensitive PCR method that utilizes a water-oil emulsion system. Using a droplet generator, an extracted nucleic acid sample is partitioned into ~20,000 nano-sized, water-in-oil droplets, and PCR amplification occurs in individual droplets. The ddPCR approach is in identifying sequence mutations, copy number alterations, and select structural rearrangements involving targeted genes. Here, we demonstrate the use of ddPCR as a powerful technique for precisely quantitating rare BRAF V600E mutations in FFPE reference standard cell lines, which is helpful in identifying individuals with cancer. In conclusion, ddPCR technique offers the potential to precisely profile the specific rare mutations in different genes in various types of FFPE samples.

The goal of this video is to demonstrate how to perform&#160;automated DNA extraction from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) reference standard cell lines and digital droplet PCR&#160;(ddPCR) analysis to detect rare mutations in a clinical setting. Detecting mutations in FFPE samples demonstrates the clinical utility of ddPCR in FFPE samples.

Empregando Digital Gota PCR para detectar mutações BRAF V600E em parafina-encaixados Linhas Celulares de Referência Padrão fixadas em formalina

ddPCR is a highly sensitive PCR method that utilizes a water-oil emulsion system. Using a droplet generator, an extracted nucleic acid sample is ...

Preparation of Formalin-fixed Paraffin-embedded Tissue Cores for both RNA and DNA Extraction

Formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPET) represents a valuable, well-annotated substrate for molecular investigations. The utility of FFPET in molecular analysis is complicated both by heterogeneous tissue composition and low yields when extracting nucleic acids. A literature search revealed a paucity of protocols addressing these issues, and none that showed a validated method for simultaneous extraction of RNA and DNA from regions of interest in FFPET. This method addresses both issues. Tissue specificity was achieved by mapping cancer areas of interest on microscope slides and transferring annotations onto FFPET blocks. Tissue cores were harvested from areas of interest using 0.6 mm microarray punches. Nucleic acid extraction was performed using a commercial FFPET extraction system, with modifications to homogenization, deparaffinization, and Proteinase K digestion steps to improve tissue digestion and increase nucleic acid yields. The modified protocol yields sufficient quantity and quality of nucleic acids for use in a number of downstream analyses, including a multi-analyte gene expression platform, as well as reverse transcriptase coupled real time PCR analysis of mRNA expression, and methylation-specific PCR (MSP) analysis of DNA methylation.

This modified extraction protocol improves RNA and DNA yields from more precisely targeted regions of interest in histopathologic tissue blocks.

Preparação de Núcleos de tecido parafina-encaixados formalina-fixados para RNA e DNA Extraction

Formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPET) represents a valuable, well-annotated substrate for molecular investigations. The utility of FFPET in ...