Os autores gostariam de agradecer o Dr. Jean-Michel Ané no Departamento de Agronomia da UW-Madison para fornecer amostras truncatula Medicago. Este trabalho foi financiado em parte pelo financiamento da National Science Foundation (NSF) concessão CHE-0.957.784, a Graduate School da Universidade de Wisconsin ea Fundação Alumni Research Wisconsin (WARF) e programa Romnes Faculdade Bolsa de Investigação (a LL). EG reconhece um NSF Graduate Research Fellowship (DGE-1256259).

1. Instrumentação <ol><li> MALDI-TOF/TOF MSI. Use um espectrômetro de massa equipados com uma fonte MALDI para análise de moléculas pequenas (ver Tabela de Materiais / Equipamentos). Realizar aquisições no modo íon positivo ou negativo, dependendo dos analitos de interesse. Especifique um intervalo de massa de interesse e recolher 500 tiros de laser / local em 50 mM intervalos em ambas as dimensões X e Y em toda a superfície da amostra para gerar imagens de íons. A largura de varredura eo número de disparos de laser pode ser ajustado para se obter maior resolução espacial e intensidade máxima do sinal, respectivamente. Use picos matriz DHB ou padrões internos aplicados ao slide ou directamente ao tecido a calibrar o espectro de massa. </li><li> Alta resolução LC-MS. (Ver Tabela de Materiais / Equipamentos) extractos da amostra correr com LC-MS usando fase reversa (RP) LC com uma coluna C-18, ou fase normal (NP) com uma coluna HILIC dependendo dos analitos de interesse. Use fases móveis egradientes como apropriadas para o tipo de amostra específica. Realizar aquisições em modos de iões positivos ou negativos, dependendo do tipo de amostra. </li></ol> 2. Preparação Tissue <ol><li> Apare o nódulo da raiz da planta, deixando 3-4 mm de raiz ligados ao nódulo. </li><li> Imediatamente após a dissecação, fórceps para posicionar o tecido em um copo de criostato e cobrir com gelatina (100 mg / ml em água desionizada). É essencial para o tecido a ser preso ao fundo do copo, sem bolhas de ar. </li><li> Flash congelar o tecido colocando-o copo num banho de gelo seco / etanol até que a gelatina endureça e torna-se opaco. Armazenar as amostras a -80 ° C até à sua utilização. </li><li> Retirar amostras do freezer -80 ° C, cortar o copo criostato plástico e corte o excesso de gelatina. Monte o tecido incorporado ao mandril criostato com uma quantidade do tamanho de dez centavos de temperatura de corte ideal (OCT) de mídia, apesar de não deixar a outubro tocar no tecido. Coloque em criostatocaixa até as solidifica outubro. </li><li> Permitir que o chuck e gelatina para equilibrar na caixa de criostato (set para -20 ou -25 ° C) por aproximadamente 15 min. </li><li> Utilizar o criostato (ver Tabela de Materiais / Equipment) para a secção de tecido de aproximadamente a espessura de uma célula (8-20 mM, dependendo do tipo de tecido) e descongelamento montar cada fatia sobre o vidro ITO revestido por aquecimento da parte de trás (não ITO revestido lado) de uma lâmina de vidro ITO revestido na parte de trás da sua mão. Coloque o lado ITO revestido do slide aquecido perto da fatia tecido congelado e permitir que a fatia de ficar para o slide. Colocar as seções juntos no slide irá proporcionar um melhor alinhamento durante MSI. </li></ol> 3. Aplicação Matrix <ol><li> Aplicação Airbrush de MALDI Matrix <ol><li> Todos os procedimentos airbrush deve ser realizada numa hote. </li><li> Limpe bem a solução do recipiente e bico aerógrafo (ver Tabela de Materiais / Equipamentos) com metanol eencher o recipiente com solução de solução de matriz DHB (150 mg / ml em 50% de TFA methanol/0.1% v / v). </li><li> Segurar o spray de cerca de 35 cm da amostra e aplicar 10-15 camadas de matriz sobre a superfície da lâmina com uma duração de 10 segundos de pulverização de 30 s e o tempo de secagem entre cada demão. </li><li> Limpe bem o aerógrafo novamente com metanol quando terminar para evitar o entupimento da solução matriz. </li></ol></li><li> Aplicação pulverizador automático de MALDI Matrix <ol><li> Siga as instruções de arranque fornecidos pelos fabricantes do sistema de pulverizador automático. </li><li> Para MSI de metabolitos em nódulos de raiz, usando 40 mg / ml (em 50% de TFA methanol/0.1% v / v) como a matriz de DHB, ajustar a temperatura de ~ 80 ° C, a velocidade a 1.250 mm / min, velocidade de fluxo de 50 il / min, e o número de passagens para 24. Para melhor cobertura, recomenda-se rodar o bocal 90 ° e / ou deslocamento do bocal 1,5 mm entre cada passagem. Comece método pulverizador. Como um side nota, o sistema pulverizador particular usado aqui aquece o bocal para a mais rápida evaporação do solvente. À medida que o solvente se evapora, a concentração da matriz aumenta rapidamente. A matriz aplicada à amostra com o aerógrafo e do pulverizador automático têm concentrações comparáveis. </li><li> Siga as instruções de desligamento fornecidos pelos fabricantes do sistema de pulverizador automático. </li></ol></li><li> Aplicação de sublimação de MALDI Matrix <ol><li> Pesar 300 mg DHB para o fundo da câmara de sublimação (ver Tabela de Materiais / Equipamento). </li><li> Furar a lâmina de vidro para o dedo frio (porção superior da câmara de sublimação) com as secções de tecido virada para baixo com uma fita de dupla face, condutora. Cubra toda a parte de trás da lâmina com a fita dupla face, mesmo para condutividade, produzindo até mesmo deposição de matriz. </li><li> Fixar as metades superior e inferior da câmara de sublimação juntamente com o grampo C. Ligar o vácuo e add gelo e água fria para a parte superior do reservatório. </li><li> Coloque câmara de sublimação em uma manta de aquecimento, que está à temperatura ambiente. </li><li> Ligue a bomba de vácuo. Espere 15 minutos e ligue a manta de aquecimento. A manta de aquecimento deve atingir cerca de 120 ° C ao longo de 10 min. </li><li> Após 10 min, desligue o fogo, perto da válvula de vácuo (para o interior da câmara permanece sob vácuo) e desligue a bomba de vácuo. </li><li> Permitir que a câmara de voltar à temperatura ambiente, abre a válvula de libertação da pressão de vácuo e remover a amostra. O tamanho da câmara de sublimação vai determinar a quantidade de matriz sublimado à lâmina de vidro. As câmaras de sublimação maiores (do tamanho de um copo de 400 ml) vai usar aproximadamente 300 mg de DHB, enquanto as câmaras mais pequenas (do tamanho de um copo de 150 ml) vai usar aproximadamente 100 mg de DHB e irá requerer o corte da lâmina de vidro, de modo que ele se encaixa na câmara. </li></ol></li></ol> 4. Aquisição de Imagem <ol> &lt;li&gt; Mark um padrão + em cada canto da amostra com uma caneta corretivo líquido WiteOut para ser usado como &quot;ensinam pontos&quot;. Coloque a lâmina de vidro na placa de adaptador de slides MALDI e ter uma imagem óptica da amostra, utilizando um scanner. </li><li> Configure um arquivo de aquisição de imagem, utilizando o software fornecido pela empresa de instrumentos com um tamanho de passo de varredura de 50 mm e um diâmetro de laser igual ou menor do que o tamanho do passo de varredura. Neste instrumento em particular, que a configuração mínima do laser dá um diâmetro de laser de cerca de 10 um e uma pequena configuração de laser tem um diâmetro de 40-50 ^ m. </li><li> Carregar a imagem óptica para dentro do software e alinhar a placa com a imagem óptica. </li><li> Calibrar o aparelho antes de iniciar a aquisição usando íons comuns matriz de fragmentação, normas internas, ou uma mistura de calibração. </li><li> Especificar as áreas de tecido a ser analisado com a MSI, incluindo um local de matriz pura sobre a lâmina a ser usado como um &quot;branco&quot;. </li><li> Comece acquisition. </li></ol> 5. Geração de Imagem <ol><li> Abra o arquivo de imagem no software disponível comercialmente fornecido pelo fornecedor e extrair as imagens de íons. Outros softwares de código aberto está disponível para processamento de dados MSI 19. </li></ol> 6. Metabolite Identificação <ol><li> Selecione um m / z de interesse específico do espectro de massa usando o software específico do fornecedor (ver Tabela de Materiais / Equipamentos). Um objecto de análise pode ser distinguido de um ião de matriz quando um pico de analito é seleccionado a partir do espectro de massa e de iões de imagens são geradas especificamente localizada em secção de tecido. </li><li> Gere uma lista de analitos de interesse e realizar experimentos MS / MS. Ver Tabela 1 e Tabela 2 em resultados representativos para listas de amostras de analitos. </li><li> Realizar análise de LC-MS alvejado em um espectrômetro de massa de alta resolução (ou alta resolução MALDI-MS, se disponível) para obter resultados precisosmedições de massa dos analitos de interesse e também realizar LC-MS/MS dos analitos-alvo para obter padrões de fragmentação característico. </li><li> Realize banco de dados em busca de determinar identificações putativos para os analitos alvo. Exemplos de bases de dados de metabólitos incluem: METLIN, ChemSpider, PubChem, KEGG e HMDB. </li><li> Para confirmar as identificações putativos de pesquisa de banco de dados de massa exata, coincidir com o MS / MS dos analitos direcionados para MS / MS espectros dos padrões, da literatura, e / ou software de previsão de fragmentação. </li></ol>

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	<li>Seeley, E. H., Schwamborn, K., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+of+Intact+Tissue+Sections:+Moving+beyond+the+Microscope.">Imaging of Intact Tissue Sections: Moving beyond the Microscope.</a> J. Biol. Chem. 286, 25459-25466 (2011).</li><li>van Hove, E. R. A., Smith, D. F., Heeren, R. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+concise+review+of+mass+spectrometry+imaging.">A concise review of mass spectrometry imaging.</a> J. Chromatogr. A. 1217, 3946-3954 (2010).</li><li>Lietz, C. B., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Qualitative+and+quantitative+mass+spectrometry+imaging+of+drugs+and+metabolites.">Qualitative and quantitative mass spectrometry imaging of drugs and metabolites.</a> Adv. Drug Deliv. Rev. 65, 1074-1085 (2013).</li><li>Ye, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+mass+spectrometry-assisted+molecular+imaging+of+metabolites+during+nitrogen+fixation+in+the+Medicago+truncatula-Sinorhizobium+meliloti+symbiosis.">MALDI mass spectrometry-assisted molecular imaging of metabolites during nitrogen fixation in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti symbiosis.</a> Plant J. 75, 130-145 (2013).</li><li>Ye, H., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+vision+for+better+health:+mass+spectrometry+imaging+for+clinical+diagnostics.">A vision for better health: mass spectrometry imaging for clinical diagnostics.</a> Clin. Chim. Acta. 420, 11-22 (2013).</li><li>Wei, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolomics+and+Its+Practical+Value+in+Pharmaceutical+Industry.">Metabolomics and Its Practical Value in Pharmaceutical Industry.</a> Curr. Drug Metab. 12, 345-358 (2011).</li><li>Kobayashi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Novel+Serum+Metabolomics-Based+Diagnostic+Approach+to+Pancreatic+Cancer.">A Novel Serum Metabolomics-Based Diagnostic Approach to Pancreatic Cancer.</a> Cancer Epidem. Biomar. 22, 571-579 (2013).</li><li>West, P. R., Weir, A. M., Smith, A. M., Donley, E. L. R., Cezar, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predicting+human+developmental+toxicity+of+pharmaceuticals+using+human+embryonic+stem+cells+and+metabolomics.">Predicting human developmental toxicity of pharmaceuticals using human embryonic stem cells and metabolomics.</a> Toxicol. Appl. Pharm. 247, 18-27 (2010).</li><li>Spegel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Time-resolved+metabolomics+analysis+of+beta-cells+implicates+the+pentose+phosphate+pathway+in+the+control+of+insulin+release.">Time-resolved metabolomics analysis of beta-cells implicates the pentose phosphate pathway in the control of insulin release.</a> Biochem. J. 450, 595-605 (2013).</li><li>Pendyala, G., Want, E. J., Webb, W., Siuzdak, G., Fox, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomarkers+for+neuroAIDS:+The+widening+scope+of+metabolomics.">Biomarkers for neuroAIDS: The widening scope of metabolomics.</a> J. Neuroimmune. Pharm. 2, 72-80 (2007).</li><li>Prell, J., Poole, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+changes+of+rhizobia+in+legume+nodules.">Metabolic changes of rhizobia in legume nodules.</a> Trends Microbiol. 14, 161-168 (2006).</li><li>Kutz, K. K., Schmidt, J. J., Li, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+tissue+analysis+of+neuropeptides+by+MALDI+FTMS+in-cell+accumulation.">In situ tissue analysis of neuropeptides by MALDI FTMS in-cell accumulation.</a> Anal. Chem. 76, 5630-5640 (1021).</li><li>Stemmler, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-mass-resolution+direct-tissue+MALDI-FTMS+reveals+broad+conservation+of+three+neuropeptides+(APSGFLGMRamide,+GYRKPPFNGSIFamide+and+pQDLDHVFLRFamide)+across+members+of+seven+decapod+crustaean+infraorders.">High-mass-resolution direct-tissue MALDI-FTMS reveals broad conservation of three neuropeptides (APSGFLGMRamide, GYRKPPFNGSIFamide and pQDLDHVFLRFamide) across members of seven decapod crustaean infraorders.</a> Peptides. 28, 2104-2115 (2007).</li><li>Rubakhin, S. S., Churchill, J. D., Greenough, W. T., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+signaling+peptides+in+single+mammalian+cells+using+mass+spectrometry.">Profiling signaling peptides in single mammalian cells using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 78, 7267-7272 (1021).</li><li>Neupert, S., Predel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+analysis+of+single+identified+neurons+of+an+insect.">Mass spectrometric analysis of single identified neurons of an insect.</a> Biochem. Bioph. Res. Co. 327, 640-645 (2005).</li><li>Caprioli, R. M., Farmer, T. B., Gile, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+imaging+of+biological+samples:+localization+of+peptides+and+proteins+using.">Molecular imaging of biological samples: localization of peptides and proteins using.</a> MALDI-TOF MS. Anal. Chem. 69, 4751-4760 (1997).</li><li>Baluya, D. L., Garrett, T. J., Yost, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+MALDI+matrix+deposition+method+with+inkjet+printing+for+imaging+mass+spectrometry.">Automated MALDI matrix deposition method with inkjet printing for imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 79, 6862-6867 (2007).</li><li>Hankin, J. A., Barkley, R. M., Murphy, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sublimation+as+a+method+of+matrix+application+for+mass+spectrometric+imaging.">Sublimation as a method of matrix application for mass spectrometric imaging.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 18, 1646-1652 (2007).</li><li>Robichaud, G., Garrard, K. P., Barry, J. A., Muddiman, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MSiReader:+an+open-source+interface+to+view+and+analyze+high+resolving+power+MS+imaging+files+on+Matlab+platform.">MSiReader: an open-source interface to view and analyze high resolving power MS imaging files on Matlab platform.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 718-721 (2013).</li><li>Northen, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clathrate+nanostructures+for+mass+spectrometry.">Clathrate nanostructures for mass spectrometry.</a> Nature. 449, (2007).</li><li>Shrivas, K., Hayasaka, T., Sugiura, Y., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+for+simultaneous+imaging+of+endogenous+low+molecular+weight+metabolites+in+mouse+brain+using+TiO2+nanoparticles+in+nanoparticle-assisted+laser+desorption/ionization-imaging+mass+spectrometry.">Method for simultaneous imaging of endogenous low molecular weight metabolites in mouse brain using TiO2 nanoparticles in nanoparticle-assisted laser desorption/ionization-imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 83, 7283-7289 (2011).</li><li>Thomas, A., Charbonneau, J. L., Fournaise, E., Chaurand, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sublimation+of+new+matrix+candidates+for+high+spatial+resolution+imaging+mass+spectrometry+of+lipids:+enhanced+information+in+both+positive+and+negative+polarities+after+1,5-diaminonapthalene+deposition.">Sublimation of new matrix candidates for high spatial resolution imaging mass spectrometry of lipids: enhanced information in both positive and negative polarities after 1,5-diaminonapthalene deposition.</a> Anal. Chem. 84, 2048-2054 (2012).</li><li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=2,3,4,5-Tetrakis(3',4'-dihydroxylphenyl)thiophene:+a+new+matrix+for+the+selective+analysis+of+low+molecular+weight+amines+and+direct+determination+of+creatinine+in+urine+by+MALDI-TOF+MS.">2,3,4,5-Tetrakis(3',4'-dihydroxylphenyl)thiophene: a new matrix for the selective analysis of low molecular weight amines and direct determination of creatinine in urine by MALDI-TOF MS.</a> Anal. Chem. 84, 10291-10297 (2012).</li><li>Shroff, R., Rulisek, L., Doubsky, J., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acid-base-driven+matrix-assisted+mass+spectrometry+for+targeted+metabolomics.">Acid-base-driven matrix-assisted mass spectrometry for targeted metabolomics.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106, 10092-10096 (2009).</li><li>Shroff, R., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proton+sponge:+a+novel+and+versatile+MALDI+matrix+for+the+analysis+of+metabolites+using+mass+spectrometry.">Proton sponge: a novel and versatile MALDI matrix for the analysis of metabolites using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 81, 7954-7959 (2009).</li><li>Shimma, S., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Microscopy+to+Reveal+Distinct+Localization+of+Heme+B+(m/z+616)+in+Colon+Cancer+Liver+Metastasis.">Mass Microscopy to Reveal Distinct Localization of Heme B (m/z 616) in Colon Cancer Liver Metastasis.</a> J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 55, 145-148 (2007).</li><li>Paschke, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mirion-A+Software+Package+for+Automatic+Processing+of+Mass+Spectrometric+Images.">Mirion-A Software Package for Automatic Processing of Mass Spectrometric Images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 1296-1306 (2013).</li><li>Parry, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=omniSpect:+an+open+MATLAB-based+tool+for+visualization+and+analysis+of+matrix-assisted+laser+desorption/ionization+and+desorption+electrospray+ionization+mass+spectrometry+images.">omniSpect: an open MATLAB-based tool for visualization and analysis of matrix-assisted laser desorption/ionization and desorption electrospray ionization mass spectrometry images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 646-649 (2013).</li></ol>

Os autores declaram que não têm interesses financeiros concorrentes.

Como discutido acima, a preparação da amostra é a etapa mais importante no fluxo de trabalho MSI. A incorporação do tecido de forma desigual causará o corte ser difícil ou não ser possível, em alguns casos. O tamanho da seção e tempo de equilíbrio adequado são fundamentais para a manutenção da integridade do tecido e evitando dobrar e lágrimas. Selecção da matriz e da técnica de aplicação vai desempenhar um papel importante na determinação dos tipos de analitos a serem detectados, a resolução es...

O crescente campo da metabolômica tem muitas aplicações biológicas importantes, incluindo a descoberta de biomarcadores, decifrando vias metabólicas em plantas e outros sistemas biológicos, e toxicologia profiling 4,6-10. Um grande desafio técnico ao estudar sistemas biológicos é estudar caminhos metabolômica, sem perturbar-los 11. MALDI-MSI permite a análise direta de tecidos intactos que permite a detecção sensível de analitos em órgãos individuais 12,13 e até células individuais 14,15. A preparação da amostra é um passo crucial na produção de imagens espectrais de massa reprodutíveis e confiáveis. A qualidade das imagens depende muito de fatores, tais como a incorporação de tecido médio, espessura de corte, matriz MALDI, e técnica de aplicação da matriz. Para aplicações de imagem, a espessura do corte ideal é a largura de uma célula (8-20 mM, dependendo do tipo de amostra). MALDI requer a deposição de um composto orgânico, a cristalinae composto de matriz, tipicamente um ácido fraco, por exemplo para auxiliar a ablação analito e ionização. 16 matrizes diferentes proporcionam diferentes intensidades de sinal, os iões interferentes, e eficiências de ionização de diferentes classes de compostos. A técnica de aplicação de matriz, também desempenha um papel na qualidade das imagens de espectro de massa e de diferentes técnicas são apropriadas para diferentes classes de analitos. Três métodos de aplicação da matriz são apresentadas neste protocolo: airbrush, pulverizador automático e sublimação. Aplicação matriz spray tem sido amplamente utilizado em imagiologia de MALDI. A vantagem da aplicação de spray matriz é de que é relativamente rápido e fácil. No entanto, a qualidade da aplicação matriz spray depende em grande medida da perícia do utilizador e tende a ser menos reprodutível e causar a difusão dos analitos, especialmente as pequenas moléculas de 17. Sistemas de pulverização automáticos tem mecânica semelhante ao aerógrafo aplicação da matriz, mas have foi desenvolvido para remover a variabilidade observada com aplicação manual de spray, fazendo a pulverização mais reprodutível. Este método pode às vezes ser mais demorado do que a aplicação da matriz aerógrafo tradicional. Ambos aerógrafo manual e sistemas de pulverização automáticos são métodos de aplicação de matriz à base de solvente. A sublimação é uma técnica de aplicação de matriz seca que está a tornar-se cada vez mais popular para a imagem do espectro de massa de metabolitos e pequenas moléculas, pois reduz a difusão do analito, no entanto, falta-lhe o solvente necessária para extrair e observar os compostos de massa mais elevados 18. Confiante identificação de metabólitos normalmente requer medições de massa precisas para obter identificações putativos seguidos de massa em tandem (MS / MS) experimentos para validação, com espectros MS / MS que estão sendo comparados com os padrões, a literatura, ou espectros teórico. Neste protocolo de alta resolução (massa potência de 60.000 a m ​​/ z de 400 a resolução), a cromatografia líquida (LC)-MS está acoplado a MALDI-MSI obter tanto informações espaciais e identificações confiantes de metabolitos endógenos, usando Medicago truncatula raízes e nódulos de raiz como o sistema biológico. Experimentos MS / MS pode ser realizada diretamente sobre o tecido com MALDI-MSI ou em extratos de tecidos com LC-MS e usado para a validação das identificações de metabólitos. Este protocolo fornece um método simples para mapear metabolitos endógenos em M. truncatula, que pode ser adaptado e aplicado a MSI de moléculas pequenas em vários tipos de tecidos e sistemas biológicos.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1270">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Gelatin</td>
			<td style="width:181px;">Difco</td>
			<td style="width:163px;"><a href="http://catalog.bd.com/bdCat/viewProduct.doCustomer?productNumber=214340">214340</a></td>
			<td style="width:611px;">heat to dissolve</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cryostat- HM 550</td>
			<td style="width:181px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:163px;">956564A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">indium tin oxide (ITO)-coated glass slides&#160;</td>
			<td>Delta Technologies</td>
			<td>CB-90IN-S107</td>
			<td>25-75-0.8 mm (width-length-thickness)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) matrix&#160;</td>
			<td>ICN Biomedicals</td>
			<td><a href="http://www.labsource.com/Catalog/Item.aspx?ItemID=1787195">PI90033</a></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Airbrush</td>
			<td>Paasche Airbrush Company</td>
			<td>TG-100D</td>
			<td>coupled with 75 ml steel container</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">Automatic matrix sprayer system- TM-Sprayer</td>
			<td>HTX Technologies, LLC</td>
			<td style="width:163px;">HTX.TMSP.H021-U</td>
			<td>Specific start-up and shut-down instructions will be given when the instrument is installed</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sublimation apparatus&#160;</td>
			<td>Chemglass Life Science</td>
			<td style="width:163px;"><a href="http://www.chemglass.com/product_view.asp?pnr=CG-3038">CG-3038-01</a></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">Vaccum pump- Alcatel 2008 A</td>
			<td>Ideal Vacuum Products</td>
			<td>P10976</td>
			<td>Ultimate Pressure = 1x10-4 Torr</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ultrafleXtreme MALDI-TOF/TOF</td>
			<td style="width:181px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:163px;">276601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">FlexImaging</td>
			<td style="width:181px;">Bruker Daltonics</td>
			<td>269841</td>
			<td>One example of &#34;vender specific software&#34;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">MALDI LTQ Orbitrap</td>
			<td style="width:181px;">Thermo Scientific</td>
			<td>IQLAAEGAAPFADBMASZ</td>
			<td>High resolution MALDI instrument for accurate mass measurements</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Q Exactive</td>
			<td style="width:181px;">Thermo Scientific</td>
			<td>IQLAAEGAAPFALGMAZR</td>
			<td>High resolution LC-MS instrument for accurate mass measurements</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

maldi-mass spectrometric imaging for the investigation of metabolites in medicago truncatula root nodules

A maioria das técnicas utilizadas para estudar moléculas pequenas, tais como fármacos ou metabolitos endógenos, empregam extractos de tecidos que requerem a homogeneização do tecido de interesse, que poderia, potencialmente, causar alterações nas vias metabólicas em estudo 1. Imagiologia por espectrometria de massa (MSI) é uma poderosa ferramenta analítica que pode fornecer informação espacial dos analitos dentro fatias intactas de amostras de tecidos biológicos 1-5. Esta técnica tem sido amplamente utilizado para o estudo de vários tipos de compostos, incluindo proteínas, péptidos, lípidos, e moléculas pequenas, tais como metabolitos endógenos. Com matriz assistida por laser de dessorção / ionização (MALDI)-MSI, distribuições espaciais de vários metabolitos podem ser detectados simultaneamente. Aqui, um método desenvolvido especificamente para a realização de experimentos de metabolômica MSI não segmentados em raízes leguminosas e nódulos radiculares é apresentado o que poderia revelar insights sobre os processos biológicos que ocorrem. Ométodo aqui apresentado mostra um fluxo de trabalho típico MSI, desde a preparação da amostra para aquisição de imagem, e centra-se na etapa de aplicação da matriz, o que demonstra várias técnicas de aplicação da matriz que são úteis para a detecção de pequenas moléculas. Uma vez que as imagens são geradas MS, a análise e identificação de metabolitos de interesse é discutido e demonstrado. O fluxo de trabalho padrão apresentado aqui pode ser facilmente modificada para diferentes tipos de tecidos, espécies moleculares e instrumentação.

Uma visão geral experimental da MSI é mostrado na Figura 1. No início da experiência, a preparação da amostra é um passo crítico. Nódulos são cortados a partir da raiz da planta e incorporado em gelatina. O tecido deve ser achatadas contra o copo criostato, sem bolhas, enquanto ele está sendo congelado, o que irá garantir o alinhamento mais fácil e adequada do tecido enquanto ele está sendo seccionado. Quando o tecido está a ser cortado, é importante para cortar o tecido com a espessura ...

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MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

Imagiologia por espectrometria de massa (MSI) é uma ferramenta poderosa que pode ser usada para descobrir e identificar várias espécies químicas em tecidos intactos, preservando os compostos em seus ambientes nativos, que pode fornecer novos insights sobre processos biológicos. Aqui um método MSI desenvolvido para a análise de moléculas pequenas é descrito.

MALDI por espectrometria de massa de imagens de Investigação de metabólitos em<em&gt; Medicago truncatula</em&gt; Os nódulos radiculares

Most techniques used to study small molecules, such as pharmaceutical drugs or endogenous metabolites, employ tissue extracts which require the ...

maldi-mass-spectrometric-imaging-for-investigation-metabolites

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

18.8K visualizações.  University of Wisconsin- Madison.  Imagiologia por espectrometria de massa (MSI) é uma ferramenta poderosa que pode ser usada para descobrir e identificar várias espécies químicas em tecidos intactos, preservando os compostos em seus ambientes nativos, que pode fornecer novos insights sobre processos biológicos. Aqui um método MSI desenvolvido para a análise de moléculas pequenas é descrito. 

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Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) plasmid. A. rhizogenes can cause hairy root formation on plant tissues and form composite plants after transformation. On these composite plants, some of the regenerated roots are transgenic, carrying the wild type T-DNA and the engineered binary vector; while the shoots are still non-transgenic, serving to provide energy and growth support. These hairy root composite plants will not produce transgenic seeds, but there are a number of important features that make these composite plants very useful in plant research. First, with a broad host range,A. rhizogenes can transform many plant species, especially dicots, allowing genetic engineering in a variety of species. Second, A. rhizogenes infect tissues and explants directly; no tissue cultures prior to transformation is necessary to obtain composite plants, making them ideal for transforming recalcitrant plant species. Moreover, transgenic root tissues can be generated in a matter of weeks. For Medicago truncatula, we can obtain transgenic roots in as short as three weeks, faster than normal floral dip Arabidopsis transformation. Overall, the hairy root composite plant technology is a versatile and useful tool to study gene functions and root related-phenotypes. Here we demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species M. truncatula.

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

We demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species Medicago truncatula.

Geração de plantas em Composite Medicago truncatula Utilizado para Ensaios Nodulação

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) ...

Biologia

The ex vivo Isolated Skeletal Microvessel Preparation for Investigation of Vascular Reactivity

The isolated microvessel preparation is an ex vivo preparation that allows for examination of the different contributions of factors that control vessel diameter, and thus, perfusion resistance1-5. This is a classic experimental preparation that was, in large measure, initially described by Uchida et al.15 several decades ago. This initial description provided the basis for the techniques that was extensively modified and enhanced, primarily in the laboratory of Dr. Brian Duling at the University of Virginia6-8, and we present a current approach in the following pages. This preparation will specifically refer to the gracilis arteriole in a rat as the microvessel of choice, but the basic preparation can readily be applied to vessels isolated from nearly any other tissue or organ across species9-13. Mechanical (i.e., dimensional) changes in the isolated microvessels can easily be evaluated in response to a broad array of physiological (e.g., hypoxia, intravascular pressure, or shear) or pharmacological challenges, and can provide insight into mechanistic elements comprising integrated responses in an intact, although ex vivo, tissue. The significance of this method is that it allows for facile manipulation of the influences on the integrated regulation of microvessel diameter, while also allowing for the control of many of the contributions from other sources, including intravascular pressure (myogenic), autonomic innervation, hemodynamic (e.g., shear stress), endothelial dependent or independent stimuli, hormonal, and parenchymal influences, to provide a partial list. Under appropriate experimental conditions and with appropriate goals, this can serve as an advantage over in vivo or in situ tissue/organ preparations, which do not readily allow for the facile control of broader systemic variables. 
The major limitation of this preparation is essentially the consequence of its strengths. By definition, the behavior of these vessels is being studied under conditions where many of the most significant contributors to the regulation of vascular resistance have been removed, including neural, humoral, metabolic, etc. As such, the investigator is cautioned to avoid over-interpretation and extrapolation of the data that are collected utilizing this preparation. The other significant area of concern with regard to this preparation is that it can be very easy to damage cellular components such as the endothelial lining or the vascular smooth muscle, such that variable source of error can be introduced. It is strongly recommended that the individual investigator utilize appropriate measurements to ensure the quality of the preparation, both at the initiation of the experiment and periodically throughout the course of a protocol.

The ex vivo Isolated Skeletal Microvessel Preparation for Investigation of Vascular Reactivity

An ex vivo preparation is described for isolation of the largest gracilis muscle resistance arterioles for interrogation of both vascular responses to vasoactive stimuli and the assessment of basic structural properties via passive wall mechanics.

O Ex vivo Preparação microvasos isolada esquelético de Investigação da reatividade vascular

The isolated  microvessel preparation is an ex vivo preparation that allows for examination of the different contributions of  factors that control vessel ...

Live Imaging of Apoptotic Cell Clearance during Drosophila Embryogenesis

The proper elimination of unwanted or aberrant cells through apoptosis and subsequent phagocytosis (apoptotic cell clearance) is crucial for normal development in all metazoan organisms. Apoptotic cell clearance is a highly dynamic process intimately associated with cell death; unengulfed apoptotic cells are barely seen in vivo under normal conditions. In order to understand the different steps of apoptotic cell clearance and to compare 'professional' phagocytes - macrophages and dendritic cells to 'non-professional' - tissue-resident neighboring cells, in vivo live imaging of the process is extremely valuable. Here we describe a protocol for studying apoptotic cell clearance in live Drosophila embryos. To follow the dynamics of different steps in phagocytosis we use specific markers for apoptotic cells and phagocytes. In addition, we can monitor two phagocyte systems in parallel: 'professional' macrophages and 'semi-professional' glia in the developing central nervous system (CNS). The method described here employs the Drosophila embryo as an excellent model for real time studies of apoptotic cell clearance.

Live Imaging of Apoptotic Cell Clearance during Drosophila Embryogenesis

Here we describe an effective method for studying dynamics of apoptotic cell clearance in vivo. This method employs live Drosophila embryos as a powerful model for monitoring phagocytosis of apoptotic cells using specific labeling of apoptotic cells and phagocytes.

Imagens ao vivo de Apuramento celular por apoptose durante<em&gt; Drosophila</em&gt; Embriogênese

The  proper elimination of unwanted or aberrant cells through apoptosis and  subsequent phagocytosis (apoptotic cell clearance) is crucial for normal  ...

Purification of Transcripts and Metabolites from Drosophila Heads

For the last decade, we have tried to understand the molecular and cellular mechanisms of neuronal degeneration using Drosophila as a model organism. Although fruit flies provide obvious experimental advantages, research on neurodegenerative diseases has mostly relied on traditional techniques, including genetic interaction, histology, immunofluorescence, and protein biochemistry. These techniques are effective for mechanistic, hypothesis-driven studies, which lead to a detailed understanding of the role of single genes in well-defined biological problems. However, neurodegenerative diseases are highly complex and affect multiple cellular organelles and processes over time. The advent of new technologies and the omics age provides a unique opportunity to understand the global cellular perturbations underlying complex diseases. Flexible model organisms such as Drosophila are ideal for adapting these new technologies because of their strong annotation and high tractability. One challenge with these small animals, though, is the purification of enough informational molecules (DNA, mRNA, protein, metabolites) from highly relevant tissues such as fly brains. Other challenges consist of collecting large numbers of flies for experimental replicates (critical for statistical robustness) and developing consistent procedures for the purification of high-quality biological material. Here, we describe the procedures for collecting thousands of fly heads and the extraction of transcripts and metabolites to understand how global changes in gene expression and metabolism contribute to neurodegenerative diseases. These procedures are easily scalable and can be applied to the study of proteomic and epigenomic contributions to disease.

Purification of Transcripts and Metabolites from Drosophila Heads

We describe here the procedures for the extraction and purification of mRNA and metabolites from Drosophila heads. We are applying these techniques to better understand the cellular perturbations underlying neuronal degeneration. These methodologies can be easily scaled and adapted for other "omic" projects.

Purificação de Transcrições e metabolitos de<em&gt; Drosophila</em&gt; Cabeças

For the last decade, we have tried to understand the molecular and cellular mechanisms of neuronal degeneration using Drosophila as a model organism. ...

In vitro Investigation of the MexAB Efflux Pump From Pseudomonas aeruginosa

There is an emerging scientific need for reliable tools for monitoring membrane protein transport. We present a methodology leading to the reconstitution of efflux pumps from the Gram-negative bacteria Pseudomonas aeruginosa in a biomimetic environment that allows for an accurate investigation of their activity of transport. Three prerequisites are fulfilled: compartmentation in a lipidic environment, use of a relevant index for transport, and generation of a proton gradient. The membrane protein transporter is reconstituted into liposomes together with bacteriorhodopsin, a light-activated proton pump that generates a proton gradient that is robust as well as reversible and tunable. The activity of the protein is deduced from the pH variations occurring within the liposome, using pyranin, a pH-dependent fluorescent probe. We describe a step-by-step procedure where membrane protein purification, liposome formation, protein reconstitution, and transport analysis are addressed. Although they were specifically designed for an RND transporter, the described methods could potentially be adapted for use with any other membrane protein transporter energized by a proton gradient.

In vitro Investigation of the MexAB Efflux Pump From Pseudomonas aeruginosa

We present a protocol for the in vitro investigation of efflux pumps from Pseudomonas aeruginosa. This protocol allows for the generation of a robust, reversible, and tunable proton gradient within the liposome membrane and hence should be adaptable to any membrane protein energized by the protomotive force.

In vitro Investigação do MexAB efluxo Bomba De Pseudomonas aeruginosa

There is an emerging scientific need for reliable tools for monitoring membrane protein transport. We present a methodology leading to the reconstitution ...

Synchronization of Caulobacter Crescentus for Investigation of the Bacterial Cell Cycle

The cell cycle is important for growth, genome replication, and development in all cells. In bacteria, studies of the cell cycle have focused largely on unsynchronized cells making it difficult to order the temporal events required for cell cycle progression, genome replication, and division. Caulobacter crescentus provides an excellent model system for the bacterial cell cycle whereby cells can be rapidly synchronized in a G0 state by density centrifugation. Cell cycle synchronization experiments have been used to establish the molecular events governing chromosome replication and segregation, to map a genetic regulatory network controlling cell cycle progression, and to identify the establishment of polar signaling complexes required for asymmetric cell division. Here we provide a detailed protocol for the rapid synchronization of Caulobacter NA1000 cells. Synchronization can be performed in a large-scale format for gene expression profiling and western blot assays, as well as a small-scale format for microscopy or FACS assays. The rapid synchronizability and high cell yields of Caulobacter make this organism a powerful model system for studies of the bacterial cell cycle.

Synchronization of Caulobacter Crescentus for Investigation of the Bacterial Cell Cycle

Synchronization of bacterial cells is essential for studies of the bacterial cell cycle and development. Caulobacter crescentus is synchronizable through density centrifugation allowing a rapid and powerful tool for studies of the bacterial cell cycle. Here we provide a detailed protocol for the synchronization of Caulobacter cells.

Sincronização de<em&gt; Caulobacter crescentus</em&gt; Para Investigação do Ciclo Celular Bacteriana

The cell cycle is important for growth, genome replication, and development in all cells.  In bacteria, studies of the cell cycle have focused largely on ...

Contractility Measurements on Isolated Papillary Muscles for the Investigation of Cardiac Inotropy in Mice

Papillary muscle isolated from adult mouse hearts can be used to study cardiac contractility during different physiological/pathological conditions. The contractile characteristics can be evaluated independently of external influences such as vascular tonus or neurohumoral status. It depicts a scientific approach between single cell measurements with isolated cardiac myocytes and in vivo studies like echocardiography. Thus, papillary muscle preparations serve as an excellent model to study cardiac physiology/pathophysiology and can be used for investigations like the modulation by pharmacological agents or the exploration of transgenic animal models. Here, we describe a method of isolating the murine left anterior papillary muscle to investigate cardiac contractility in an organ bath setup. In contrast to a muscle strip preparation isolated from the ventricular wall, the papillary muscle can be prepared in toto without damaging the muscle tissue severely. The organ bath setup consists of several temperature-controlled, gassed and electrode-equipped organ bath chambers. The isolated papillary muscle is fixed in the organ bath chamber and electrically stimulated. The evoked twitch force is recorded using a pressure transducer and parameters such as twitch force amplitude and twitch kinetics are analyzed. Different experimental protocols can be performed to investigate the calcium- and frequency-dependent contractility as well as dose-response curves of contractile agents such as catecholamines or other pharmaceuticals. Additionally, pathologic conditions like acute ischemia can be simulated.

Murine left ventricular papillary muscle can be used to investigate cardiac contractility in vitro. This article describes in detail the isolation and experimental protocols to study cardiac contractile characteristics.

Medidas de contratilidade no isolado músculos papilares de Investigação de Cardiac inotropia em Ratos

Papillary muscle isolated from adult mouse hearts can be used to study cardiac contractility during different physiological/pathological conditions. The ...

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

This protocol describes a signal-to-noise ratio (SNR) calibration and sample preparation method for solenoidal microcoils combined with biological samples, designed for high-resolution magnetic resonance imaging (MRI), also referred to as MR microscopy (MRM). It may be used at pre-clinical MRI spectrometers, demonstrated on Medicago truncatula root samples. Microcoils increase sensitivity by matching the size of the RF resonator to the size of the sample of interest, thereby enabling higher image resolutions in a given data acquisition time. Due to the relatively simple design, solenoidal microcoils are straightforward and cheap to construct and can be easily adapted to the sample requirements. Systematically, we explain how to calibrate new or home-built microcoils, using a reference solution. The calibration steps include: pulse power determination using a nutation curve; estimation of RF-field homogeneity; and calculating a volume-normalized signal-to-noise ratio (SNR) using standard pulse sequences. Important steps in sample preparation for small biological samples are discussed, as well as possible mitigating factors such as magnetic susceptibility differences. The applications of an optimized solenoid coil are demonstrated by high-resolution (13 x 13 x 13 &#956;m3, 2.2 pL) 3D imaging of a root sample.

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

A protocol to study biological tissue at high spatial resolution using ultra-high field magnetic resonance microscopy (MRM) using microcoils is presented. Step-by-step instructions are provided for characterizing the microcoils. Finally, optimization of imaging is demonstrated on plant roots.

Calibração e uso de desempenho da MRM Microcoil demonstrados em raízes de truncatula medicago a 22 T

This protocol describes a signal-to-noise ratio (SNR) calibration and sample preparation method for solenoidal microcoils combined with biological ...

Sample Preparation for Metabolic Profiling using MALDI Mass Spectrometry Imaging

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to investigate the biological activities during development and diseases. Metabolomics approaches&#160;are widely employed in the study of cancer, nutrition/diet, diabetes, and other physiological and pathological conditions involving metabolic processes. An advantageous tool that aids in metabolomic profiling advocated in this paper is matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging (MALDI MSI). Its ability to detect metabolites in situ without labeling, structural modifications, or other specialized reagents, such as those used in immunostaining, makes MALDI MSI a unique tool in advancing methodologies relevant in the field of metabolomics. An appropriate sample preparation process is critical to yield optimal results and will be the focus of this paper.

The goal of this protocol is to provide detailed guidance on the sample preparation when planning for experiments using MALDI MSI to maximize metabolic and molecular detection in biological samples.

Preparação de amostras para perfil metabólico usando imagem de espectrometria de massa MALDI

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, which can effectively explore the interaction relationship or co-occurrence model of different microbial species in different environments. The purpose of this manuscript is to provide details on how to use the weighted correlation network algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in microbial communities due to different ecological environments. All analysis of the experiment is performed in the WGCNA package. WGCNA is an R package for weighted correlation network analysis. The experimental data used to demonstrate these methods were microbial community data from the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database for three niches of the rice (Oryza sativa) root system. We used the weighted correlation network algorithm to construct co-abundance networks of microbial community in each of the three niches. Then, differential co-abundance networks among endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil were identified. In addition, the core genera in network were obtained by the "WGCNA" package, which plays an important regulated role in network functions. These methods enable researchers to analyze the response of microbial network to environmental disturbance and verify different microbial ecological response theories. The results of these methods show that the significant differential microbial networks identified in the endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil of rice.

Network analysis was applied to evaluate the association of various ecological microbial communities, such as soil, water and rhizosphere. Presented here is a protocol on how to use the WGCNA algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in the microbial communities due to different ecological environments.

Divergência de Microbiota Raiz em Diferentes Habitats baseados em Redes de Correlação Ponderada

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...