Method Article
TruTip простой технологии нуклеиновых кислот посредством чего извлечение пористой монолитной связывания матрицы вставляется в наконечник пипетки. Таким образом, формат подготовки образца совместим с большинством ликвидных инструментов обработки, и могут быть использованы для многих средней и высокой пропускной клинического применения и типов образцов.
TruTip простой технологии нуклеиновых кислот посредством чего извлечение пористой монолитной связывания матрицы вставляется в наконечник пипетки. Геометрия монолита могут быть адаптированы для конкретных наконечники начиная объемом от 1,0 до 5,0 мл. Большой пористостью монолита позволяет вязких или сложные образцы легко проходить через него с минимальными жидкостный противодавления. Двунаправленный поток максимизирует время пребывания между монолитом и образец, и обеспечивает большие объемы образцов, подлежащих обработке в пределах одной TruTip. Основные шаги, независимо от объема образца или TruTip геометрии, включают лизиса клеток, нуклеиновые кислоты связывания с внутренней поры TruTip монолит, смывая несвязанных компонентов образца и лизис буфера, и элюирование очищенного и концентрируют нуклеиновых кислот в соответствующем буфере. Атрибуты и адаптивность TruTip демонстрируются в трех автоматизированных клиническом образце обработки протоколов, использующих epMotion Эппендорф 5070, Гамильтон звезда и STARPLUS жидких роботов обработки, в том числе выделение РНК из носоглотки аспирации, изоляции геномной ДНК из цельной крови и выделения ДНК плода и обогащение из больших объемов материнской плазме (соответственно).
Очистка нуклеиновых кислот необходимо для большинства молекулярной диагностики, исследований использования, и научных приложений жизни. Различные подходы появились с момента фенол / хлороформом, многие из которых основаны на фундаментальном принципе нуклеиновой кислоты связывания с диоксидом кремния в присутствии хаотропные соли 1. Процесс экстракции был упрощен и автоматизирован за счет использования различных бисером и мембранные форматов, со спином фильтры, магнитные шарики и связанных с ними подходов доминирующей отрасли науки о жизни (см. примеры в 2-13). В то время как эффективные, частицы и мембраны известные ограничения при столкновении со сложными клиническими матриц. Например, мембраны и шарик на основе столбцы соответствуют, имеют небольшие размеры пор (таким образом, высокое давление назад), а также требуют некоторого типа поддержки для того, чтобы быть обработана с помощью системы центрифуги или вакуума. Физические характеристики мембран и шарик результате столбцовзначительного жидкостного сопротивление, которое ограничивает тип образцов, которые могут быть эффективно обработаны без засорения расходные, и / или общее (вход) объем образца, который может быть одно-направленно обрабатываются через пути потока. С другой стороны, магнитные частицы должны быть распределены по всему образцу при перемешивании. Необходимость гомогенно распределять магнитные частицы в растворе ограничивает объем входной выборки, которые могут быть обработаны с наиболее магнитный валик расходных материалов. Клинические признаки образца (такие как вязкость и сложности) может привести к неэффективному концентрации магнитных частиц на стороне трубки или стержня. Кроме того, мелкие частицы кремнезема может разорвать из бисера в процессе извлечения, теряя свою намагниченность и загрязнения конечного образца.
Технологии TruTip была разработана для преодоления некоторых из этих нуклеиновых кислот обработки образцов ограничений и ограничений 14. По вложения пористый монолит впипетки, жидкостный противодавление снижается, что позволяет управление потоком с помощью вакуума (т.е. стремление пипетки). Эта функция позволяет процесс добычи и Инструменты требующегося, чтобы очистить нуклеиновых кислот из сложных видов образцов значительно упростить (рис. 1). Геометрии и пористость монолита предназначена для минимизации засорения, а толщина монолита обеспечивает достаточную нуклеиновой кислоты связывающей способности для образца объемом от 1,0 до 5,0 мл. Двунаправленный поток во время аспирации и дозирования образца позволяет в течение длительного времени пребывания между экстрактом образца и связывания монолит для эффективного восстановления нуклеиновые кислоты и элюирования и обеспечивает относительно большие объемы образцов, подлежащих обработке, которые превышают объем емкости наконечник пипетки непосредственно. Ранее мы сообщили о разработке и применении процедуры ручной очистки TruTip гриппа РНК из носоглотки образцов с использованием одно-или многоканальные Райнин пипетки 15. Эквивалентная эффективность добычи были получены между автоматизированными QIAcube и методы руководства TruTip 10 6 копий генов гриппа на мл аспирата носоглотки. Целью данного исследования было продемонстрировать средней и высокой пропускной способностью, автоматизированные TruTip нуклеиновой кислоты процедур очистки носоглотки аспирация (НПД) и других клинически значимых типов образцов, с использованием жидких роботов обработки обычно встречаются в ссылки клинических лабораторий.
Три автоматизированные протоколы добычи TruTip описаны и продемонстрированы здесь: 1) средней пропускной РНК из NPA на Эппендорф epMotion 5070, 2) высокой пропускной геномной ДНК из низких объемов цельной крови на Гамильтон звезду и 3) селективного выделения и обогащение фрагментированной ДНК плода из больших объемов плазмы на материнской STARPLUS Гамильтон. Автоматизированные сценарии можно получить Akonni и только высокого уровня дескрипторов программы приведены здесь. Добычи и элюирование реагенты автоматически освобождается от объемной желоба реагента 96-луночных планшетах в автоматизированный сценарий (ов) до клинических образцов, будут обработаны.
1. Автоматизированное извлечение РНК из носоглотки Aspirate
Описанный выше метод ручной TruTip 15 теперь адаптированы для работы на Эппендорф epMotion 5070 обработки жидкого робота, используя большой матрицы TruTip пор встроенные в 1,0 мл Eppendorf трубыTTE советов, 2 мл артезианской пластины (США Scientific), Akonni реагентов TruTip экстракции и НПД в качестве образца типа. EpMotion 5070 жидкого робота обработки вмещает до 8 советов одновременно, так базовый автоматизированный протокол описан, 8 параллельных экстракции. Тем не менее, до 24 образцов могут быть обработаны в течение одной программы в одном глубоких скважин 96-луночных образец пластины. Отдельная программа epMotion доступен (и обязательно), чтобы обработать 16 или 24 образцах. Протокол общих чертах изложенный ниже для 8 образцов автоматизированный сценарий.
Установка
Реагент | Объем (мл) | Желоб позиция |
95% этанола | 3,5 | 2 |
Промывочного буфера D | 9,0 | 3 |
Промывочного буфера E | 9,0 | 4 |
Буфера для элюции A2 | 1,3 | 5 |
Лизиса и связывающего буфера D | 11,0 | 6 |
Автоматизированная программа
Программа для 16 общего количества образцов будет повторить шаги через 10,1 10,13 использованием колонки образца пластины 5-8. Для 24-пример программы, шаги через 10,1 10,13 повторяются 2x использованием образца пластины столбцы 5-8 и 9-12 соответственно.
2. 96-луночные геномной выделения ДНК из цельной крови
Гамильтона СТАР жидкого робота обработки используется для демонстрации автоматизированное извлечение из 96 образцов одновременно из цельной крови. Гамильтона СТАР отличается от epMotion системы в том, что факультативный обогревателя / шейкер Устройство доступно на палубе, что важно для ферментативного расщепления определенных клиническихкал матриц, например цельной крови. Поскольку система может быть оснащена 96-канальным головка пипетки, существует выделенный 96-луночный планшет для каждого из TruTip стадий и реагентов.
Установка
Реагент | Объем (мл) | Желоб позиция |
Лизиса и связывающего буфера F | 75 | 5 |
95% этанола | 100 | 6 |
Промывочного буфера J | 175 | 7 |
МытьБуфер K | 175 | 8 |
Буфера для элюции A2 | 12 | 9 |
Протеиназы К (20 мг мл-1) | 8 | 15 |
6. Разрешить образцы для уравновешивания до комнатной температуры.
7. Поместить пробирки в носитель образца стойки (палуба положении 4 на рисунке 3). Поместите образец 1 в задней части дальнем левом носителя и последовательно двигаться вниз каждого оператора Пример 96 окончание в переднее правое положение.
Автоматизированная программа
Когда программа закончится, удалите Элюированием Тарелка из прибора и передачи извлеченных образцов в соответствующие пробирки для хранения или последующих применений.
3. Выделения ДНК из образцов Большой объем плазмы
Прибор Hamilton STARPLUS используется для демонстрации автоматизированный протокол для извлечения свободно циркулирующей ДНК плода из 5 мл плазме матери. STARPLUS система может поддерживать два автоматизированных пипетки канала руки, одна с 8 х 5 мл каналов и один с 8 х 1 мл каналов. Это оружие могут работать параллельно для шахматных партий в обработку 8 образцов каждая. 5 мл TruTip используется для начального лArge объема добычи, и 1 мл TruTip используется для разделения размер и дальнейшей концентрации извлеченную нуклеиновую кислоту.
Настройка
Реагент | Объем (мл) | Желоб позиция |
CN-W1 | 17 | 5А |
CN-W2 | 17 | 5B |
CN-W4 | 21 | 5C |
Протеиназы К (20 мг мл-1) | 5 | 6А |
Самого высшего качества | 17 | 6B |
EBA2 | 5 | 6C |
CN-W3 | 5 | 6D |
CN-B2 | 5 | 6E |
CN-B3 | 5 | 6F |
CN-L1 | 52 | 7 |
CN-B1 | 175 | 8 |
Автоматизированная программа
Из-за большого объема образца ввод, лизис и гомогенизации шаги должны быть выполнены вне прибора Hamilton STARPLUS в ванну с водой. Шаги, требующие вмешательства пользователя в автоматизированный протокол обозначены звездочкой (*) в beginninг предложении, и жирным шрифтом.
Лизирующего реагента и образца распространения: образец инкубируют с протеиназы К и лизирующего буфера для гомогенизации образца и освободить ДНК.
Поскольку каналы 5 мл слишком широки, чтобы использовать соседние скважины для каждого образца, автоматизированная программа обходится реагентов в любой другой хорошо глубокого луночный планшет в деке положение 9. Механическую руку, используемых для каналов 1 мл также требует использования любого другого хорошо реагент пластины для изоляции и концентрация-йEPS протокола.
После дозирования реагентов, Программа обеспечит паузу.
Большой объем добычи: 5 мл TruTips используются для извлечения общей ДНК из лизированных образцов плазмы.
Исключение и Концентрация: ДНК с высоким молекулярным весом удаляется из извлеченного образца, а остальные ДНК выделяют и концентрируют.
ПЦР в реальном времени данных для гриппа РНК из NPA показаны на рисунке 5А. Оценка эффективности экстракции нуклеиновой кислоты аналогично результатам, полученным с ручным версии протокола 15. Линейный отклик в среднем C значений т наблюдается между 10 4 и 10 6 копий гена мл -1 поправки гриппа (R 2 = 0,99 и 0,98 гриппа А и В, соответственно), со стандартным отклонением в среднем C т значений менее 1 цикла. Отсутствие перекрестного загрязнения с epMotion системы показано на рисунке 5В, где 12 положительных образцов NPA, содержащий 10 6 копий гена мл -1 NPA чередовались с буфером из 12 заготовок. Средняя C T для положительного контроля был 30,16 ± 0,14, а все пробелы буфера были отрицательными. Общее время обработки образца 16, 28 и 40 мин в течение 8, 16 и 24 образцов соответственно.Потому что типичная клиническая носоглотки аспирата или тампон будет состоять из 10 7 копий гена мл -1 (при условии, 1000 вирионов в TCID 16 и 50> 10 4 TCID 50 мл -1 гриппа 17), автоматизированный протокол epMotion как ожидается, будет эффективным на большинстве клинических образцов NPA.
Учитывая диапазон молекулярных испытаний, выполненных на геномной ДНК человека, основной целью выделения нуклеиновых кислот из цельной крови является производство содержащем вредных веществ высокой молекулярной геномной ДНК веса. Автоматизированный протокол для 96 образцов завершается в течение 1 ч, что является улучшением по сравнению с другими автоматизированными системами (например, Promega MagneSil = 90 мин и Qiagen QIAamp ДНК крови BioRobot MDx система = 2,5 ч). Фиг.6А показан UV / Vis поглощение профили 45 положительных образцов крови обрабатываются одновременно с 45 реагента пустые графы в протоколе Гамильтона СТАР, в среднем 260/280 Отношение 1,96 и средней 260/230 отношением 1,93. 260/280 соотношение между 1,7-2,0 и 260/230 соотношение> 1,7, как правило, свидетельствует о очень чистой ДНК, свободный от остаточных солей, белков или растворители и приемлемо для большинства приложений молекулярной вниз. 1% агарозном геле на Фиг.6В показывает, что в результате гДНК является высокой молекулярной массы (> 24 кб), с минимальным сдвига. Средний выход нуклеиновых кислот из полного набора 45 положительных образцов 5,26 ± 0,46 мкг ДНК человека в 200 мкл цельной крови, основанный на Quantifiler Life Technologies человека Kit Количественное ДНК. Перекрестное загрязнение исследования, аналогичные показанным на фиг.5В проводили с отрицательным контролем буфер заготовки перемежаются с положительных образцов и экстрагируют параллельно, и все заготовки снова были отрицательными методом ПЦР (не показано). Очищенный гДНК также подходит для многих других ПЦР-анализа (не показан).
Результаты в реальном времени из восьми одинаковых образцов с пулом материнской образца плазмы обрабатывается с большим объемом TruTip процедуре, показано на рисунке 7. Полный протокол (в том числе автономно инкубации протеиназы К) завершена примерно 2,5 часа, похожие на Qiagen ручной Циркуляционный Нуклеиновые Кислоты Kit (не сопоставимы автоматизированные наборы извлечение пока недоступны). Среднее значение C T по всем повторяет являются 34,58 ± 0,66 и 29,76 ± 0,50 для мужчин плода (CHY) и общего (CH1) ДНК, соответственно, что демонстрирует отличную повторяемость автоматизированного метода экстракции. Концентрацию ДНК плода в общий пул ДНК (в геном эквивалентов), вычисляется на основе нужным сравнительный анализ указывает на стандартам, в результате средняя% плодной ДНК всех образцов на 2,8%. Фактический% фетальной ДНК для этого образца неизвестна, так как образцы объединяли перед проведением экстракции. Плод состав ДНКВ не-объединенных образцов плазмы экстрагировали с использованием TruTip метод, как правило, в 1,5 раза выше по сравнению с результатами с Qiagen Циркуляционный Нуклеиновые Кислоты Kit (не показан).
Рисунок 1. Процесс TruTip добычи и рабочего потока, независимо от жидкостной системы управления. Другие пробоподготовки или жидкого шагов обработки могут быть включены в автоматизированных процедур в зависимости от возможностей конкретного жидкость инструмент обработки и программное обеспечение.
Рисунок 2. (A) Эппендорф epMotion 5070 образца пластины макета. (B) Организация реагенты / ConsumaБлес на рабочем столе. образца пластины можно настроить до 24 образцов (столбцы 1, 5 и 9 соответственно), хотя epMotion будет обрабатывать не более 8 образцов одновременно. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .
Рисунок 3. Гамильтона СТАР палубе макета для очистки геномной ДНК из цельной крови (не в масштабе) Палуба Ступень 1 = Гамильтон 1 мл фильтруется советов;. 2 = Гамильтон 1 мл нефильтрованного советов; 3 = Akonni / Гамильтон 1 мл LPT 2 мм TruTips; 4 = вход крови носителей (сбора крови труб или труб микроцентрифужные); 5-9 = 290 мл реагента корыта для буфера для лизиса F, этанол, промывочного буфера J, K промывочного буфера и буфера для элюции A2 соответственно, 10 = 96 DЕЭП также Планшеты для связывания, 11 = 96 глубоких хорошо моются J, 12 = 96 глубоких хорошо моются К, 13 = 96 глубоких скважин элюирования пластину; 14 = Гамильтон HHS2 нагреватель / шейкер с Nunc 96 глубоких скважин пластины инкубации; 15 = 50 мл реагента корыта содержащего протеиназы К. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .
Рисунок 4. Hamilton STARPLUS палубе макета для очистки ДНК из большой объем образцов плазмы (не в масштабе). Система оснащена 8 × 5 мл каналов и 8 х 1 мл каналы (не показаны на палубе раскладки). Палуба Ступень 1 = Гамильтон 4 мл фильтруется советов, 2 = Akonni / Гамильтон 5 мл TruTips; 3 = образцов плазменного источника, 4 = 50 мл конические пробирки, 5 = 120 мл реагента желоба содержащие CN-W1, W2 CN-и CN-W4 reageНТС, 6 = низкого объема реагента желоба содержащего протеиназы К, CN-B2, CN-B3, EBA2, приливы и CN-W3 реагентов; 7 = 290 мл реагента корыта содержащие CN-L1 реагента, 8 = 290 мл реагента корыта содержащие CN Реагент-B1; 9 = 96 глубокими лунками для шага 1, 10 = 96 глубокими лунками на шаге 2, 11 = образца носителей для очищенных, конечный продукт; 12 = Гамильтон 1 мл нефильтрованного советы; 13 = Akonni / Гамильтон 1 мл LPT 4 мм TruTips. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .
Рисунок 5. (A). ПЦР в реальном времени результаты автоматизированное извлечение TruTip гриппа вирус, добавленный в носоглоточной аспирации (ННА). Входной NPA объем = 100 мкл, объем элюирования = 50 мкл. Результаты являются средними из 3 повторных электроннойxtractions из 5 различных фонов NPA (N = 15) за уровень разбавления и гриппа цель. кПЦР проводили на LightCycler 480 система с анализа условий, описанных ранее 15. (B) Нет перекрестного загрязнения не обнаружен, когда 12 положительных образцов NPA перемежаются с не шаблонные элементы управления и в соответствии с автоматизированной процедуры экстракции. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .
Рисунок 6. Результаты человеческой геномной экстракции ДНК из цельной крови.) УФ-видимый след от NanoDrop 1000 (ThermoFisher) из 10 случайно выбранных репликации. B) 1%-ном агарозном геле TruTip очищенный гДНК. M = 24 Кб Фишер Max DН.А. лестнице. Дорожки 1 - 4 = ~ 100 нг очищенного гДНК из четырех выбранных случайным образом повторяет. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .
Рисунок 7. ПЦР в реальном времени результатов из восьми повторных TruTip экстракции ДНК свободно циркулирует из плазмы. Образцы отмечены звездочкой (* или **) экстрагировали в отдельные дни. CHY количественно мужской ДНК плода и CH1 количественно общее данной ДНК (матери и плода). количественной ПЦР проводили на 480 системы LightCycler (Roche) с ранее опубликованными анализов ориентации CHY и CH1 18.
Простота концепции TruTip и рабочий процесс (рис. 1) сделать его легко адаптировать, автоматизировать, эффективной и действенной для ряда клинических образцов матриц, объемы входной выборки, и жидких систем обработки. Следует признать, однако, что каждый клинический образец является уникальным, и будет меняться одного к другому в вязкости, частиц, слизи, поверхностных загрязнений, микробного и / или человеческого генетического фона. Учитывая ожидаемые изменения в области клинической состав образца и предполагаемое использование автоматизированный протокол пробоподготовки TruTip, поэтому может возникнуть необходимость в изменении определенные шаги в TruTip процедуры для достижения желаемых результатов для определенного типа образца. Независимо от типа образца, однако, TruTip параметров, которые обычно имеют наибольшее влияние на чистоту нуклеиновых кислот и / или восстановления включают:
Поскольку геометрия, пипетки материала и способа крепления к роботизированных рук канала являются уникальными для каждого изготовителя прибора, различные конструкции TruTip требуется для каждой системы обработки жидкости. TruTip монолит размеры (диаметр, толщина и размер пор) коррелируют с нуклеиновой кислотой, связывающую способность (при элюировании эффективности), как ожидается для любого твердофазной экстракции техники. В то время как толстый (> 4 мм) матрицы могут быть встроены в 1 мл TruTip увеличить нуклеиновой кислоты связывающей способности для больших объемов образцов и / или выравнивания способность к связыванию через специальные форматы TruTip, существует компромисс между толщиной TruTip и скорости потока при начальные стадии связывания (в присутствии сырой лизатов). Таким образом, иногда выгодно, чтобы встроить большего диаметра монолитов в больших объемах наконечники на начальных этапах автоматизированного протокола, (например, </ EM> Гамильтон 5 мл / Akonni TruTips для больших объемов экстракции). С учетом конкретных конфигураций TruTip продиктовано производителей жидкость роботов обработки, однако, не обязательно ожидать TruTip нуклеиновые кислоты выход идентичными через жидкость платформы обработки различных производителей или разных размеров TruTip.
Клинических образцов (по определению) будет содержать значительное количество геномной ДНК человека, если они не получены из стерильных в норме сайтов (например, спинномозговой жидкости). Иногда геномной ДНК человека нужен (как показано на рисунке 6), тогда как в других приложениях ДНК человека представляет собой нежелательный фон геномной (как рисунок 5). Присутствии фонового ДНК, как правило, не является проблемой, пока общее количество нуклеиновой кислоты в образце, не превышает способность к связыванию монолита, а фон ДНК может служить в качестве носителя, если желаемый целевой нуклеиновойкислота присутствует в следовых количествах. Целью большого объема плазмы протокола экстракции (рис. 7), чтобы изолировать (фрагментированные) ДНК плода в присутствии 10-20 кратного избытка материнской ДНК, которая похожа на цель пробоподготовки инфекционных заболеваний Тесты исключением того, что последовательностей очень конгруэнтно и может быть отличаются высокой специфичностью молекулярного тестирования и / или размер дискриминации. В этом случае общий циркулирующей ДНК выделяли с использованием 5 мл TruTip и последующее высокомолекулярный и низкомолекулярный ДНК плода разделены посредством последующего связывания и элюирования 1 мл TruTip, изменяя условия связывания буфера. Селективное разделение размер и обогащение нуклеиновых кислот-мишеней на основе их связывание и элюирование свойства монолита, является существенно различным механизмом действия, чем достигается за счет мембраны или размер колонки исключение спина. Разделение Размер и обогащение микробной ДНК из геномной ДНК человека может бытьccomplished в будущих приложений через настройки связывания TruTip и элюирования буферов.
Автоматизированные протоколы продемонстрировали здесь подчеркнуть полезность TruTip монолит сам для обработки разнообразных клинических образцов, и как она может быть адаптирована для больших объемов и конкретных жидких роботов обращения. Обтекаемый методы обычно приводят к более быстрому добычи протоколов по сравнению с другими автоматизированными системами. Простота TruTip технологии, однако, также предоставляет некоторые преимущества в стоимости для тех, кто заинтересован в покупке нового, автоматизированная система очистки нуклеиновых кислот, так как основной аппаратных средств, необходимых для автоматизации процедур TruTip пипетки руку сам канал, а не магнитные стержни, вакуумные системы или бортовой центрифуги. Используя предварительно заполненные пластинами реагента может также уменьшить пространство и необходимые расходные материалы, и в два раза пропускную за один запуск. Минимизация палубе пространство с протоколами TruTip также предоставляет продвинутым пользователям возможность интегрировать выше или Downstream автоматизированных процессов с TruTip. Например easyBlood решение Гамильтона для фракционирования цельной крови могут быть включены с автоматизированным способом экстракции TruTip, что значительно упрощать био-банковских процессов. Постэкстракционный процессами, такими как нуклеиновые кислоты количественно, нормализация, ПЦР установка, или секвенирование ДНК также легко интегрируется с TruTip на больших платформах наливных.
Авторы являются сотрудниками Akonni Biosystems, Inc, которые производят материалы, используемые в этой статье.
Бесплатный доступ и производство этой статье проводится при финансовой поддержке Akonni Biosystems, Inc
Части этой работы были при поддержке Национального института здоровья (NIH) в рамках гранта R 44 AI072784. Мы благодарим доктора Кирстен Святого Георгия, Сара Б. Griesemer, Дэрил Lamson и Эми Дин лабораторией вирусных заболеваний, Уодсворта центр штата Нью-Йорк Министерство здравоохранения для количественно вирионы гриппа и доступ к клинически подтверждены гриппа в реальном времени ПЦР-анализ.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Reagent/Material | |||
TruTip Influenza Extraction Kit (EPM TruTips) | Akonni Biosystems, Inc. | 300-11120 | |
95% Ethanol | Acros Organics/ThermoFisher Scientific | AC615110040 | |
99% Acetone | Sigma-Aldrich | 270725-4L | |
DEPC-treated water | Life Technologies | AM9906 | |
Reagent Reservoir, 30 ml | Eppendorf | 960050100 | |
Deep well plate 96/2,000 μl | USA Scientific | 30502302 | |
epT.I.P.S. Motion Filtertips, 1,000 μl | Eppendorf | 960050100 | |
Equipment | |||
epMotion 5070 System | Eppendorf | 5070 000.000 | |
Dispensing tool TM1000-8 | 960001061 | ||
Reservoir rack | 960002148 | ||
Table 1. Reagents and equipment for automated RNA extraction from NPA. | |||
Reagent/Material | |||
TruTip gDNA Blood Extraction Kit (Hamilton TruTips) | Akonni Biosystems, Inc. | 300-20341 | |
95% ethanol | Acros Organics/ThermoFisher Scientific | AC615110040 | |
Proteinase K | AMRESCO LLC | E195 | |
1 ml Hamilton filtered CO-RE 96 tip rack | Hamilton Robotics, Inc. | 235905 | |
1 ml Hamilton non-filtered CO-RE 96 tip rack | Hamilton Robotics, Inc. | 235904 | |
50 ml Reagent Trough | Hamilton Robotics, Inc. | 187297 | |
Deep Well 2 ml plate | USA Scientific | 1896-2800 | |
Nunc 96 DWP-2 ml | Thermofisher | 27874 | |
Reagent Trough | Fisher | 14-222-412 | |
Equipment | |||
Hamilton STAR System | Hamilton Robotics, Inc. | 173027 | |
1 ml Independent Pipette Channels / Modular Arm | Hamilton Robotics, Inc. | 173081/173050 | |
1 ml 96-channel head | Hamilton Robotics, Inc. | 199090 | |
Tip Carriers | Hamilton Robotics, Inc. | 182085 | |
Sample Carriers/Inserts | Hamilton Robotics, Inc. | 173400/182238 | |
Plate Carriers | Hamilton Robotics, Inc. | 182090 | |
Multiflex Carrier | Hamilton Robotics, Inc. | 188039 | |
HHS2 Heater Shaker Unit | Hamilton Robotics, Inc. | 199033 | |
Rack Carrier | Hamilton Robotics, Inc. | 188047 | |
Table 2. Regents and equipment for 96-well genomic DNA extraction from whole blood. | |||
Reagent/Material | |||
TruTip R+D Circulating DNA Extraction Kit (Hamilton TruTips) | Akonni Biosystems, Inc. | Call to inquire | |
100% ethanol | Sigma-Aldrich | 459828-1L | |
Isopropanol | Acros Organics/ThermoFisher Scientific | AC327270010 | |
Proteinase K | AMRESCO LLC | E195 | |
Filtered 4 ml Tips | Hamilton Robotics, Inc. | 184022 | |
Unfiltered 1 ml Tips | Hamilton Robotics, Inc. | 235939 | |
96-Deep Well Plates | USA Scientific | 1896-2800 | |
50 ml Conical Tubes | Corning/ThermoFisher Scientific | 05-526B | |
50 ml Reagent Troughs | Hamilton Robotics, Inc. | 187297 | |
120 ml Reagent Troughs | Hamilton Robotics, Inc. | 182703 | |
Large Volume 96-Pos Reagent Troughs | ThermoFisher Scientific | 14-222-412 | |
Equipment | |||
STARplus Autoload Workstation Base / Deck Module | Hamilton Robotics, Inc. | 173025/190012 | |
1 ml Independent Pipette Channels / Arm | Hamilton Robotics, Inc. | 173081/173052 | |
5 ml Independent Channel / Modular Arm | Hamilton Robotics, Inc. | 184090/173050 | |
Plate Carriers | Hamilton Robotics, Inc. | 182090 | |
Multiflex Carrier | Hamilton Robotics, Inc. | 188039 | |
Rack Carrier for 50 ml Reagent Troughs | Hamilton Robotics, Inc. | 188047 | |
120 ml Reagent trough carrier | Hamilton Robotics, Inc. | 185290 | |
Tip Carriers | Hamilton Robotics, Inc. | 182085 | |
50 ml Tube Carriers | Hamilton Robotics, Inc. | 182245 | |
24 Position Sample Carriers | Hamilton Robotics, Inc. | 173400 | |
32 Position Sample Carrier | Hamilton Robotics, Inc. | 173410 | |
Table 3. Reagents and equipment for large volume DNA extraction from plasma. |
Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи
Запросить разрешениеThis article has been published
Video Coming Soon
Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены