Выборка и удаление опухолей головного мозга для метаболомики и липидомического анализа

Этот протокол может быть использован для выполнения извлечения из опухолей головного мозга в или рядом с сервером на использовании твердых волокон микроэкстракции фазы. Этот метод позволяет экстракции малых молекул непосредственно из ресектных опухолей и предоставляет возможность для быстрой интраоперационной диагностики путем соединения экстракции устройств непосредственно с аналитическими приборами. Чтобы подготовить твердое устройство микроэкстракции фазы, обрезать кодирование каждого твердого микроэкстракционного устройства зонда со смешанным режимом или C18 покрытий соответствующей длины в зависимости от размера опухоли.

И замочите зонды и 50 50 метанол воды раствор, по крайней мере за один час до сбора проб. Этот протокол фокусируется на опухолях головного мозга, но стратегия может быть реализована для диагностики многих различных видов рака. Технология полностью портативная, поэтому нет необходимости в каких-либо дополнительных устройствах.

Как можно скорее после удаления опухоли погрузить зонд волокон с LCMS класса воды в течение пяти секунд, прежде чем вставить волокна, насколько это возможно в образец опухолевой ткани головного мозга, чтобы убедиться, что вся фаза экстракции находится внутри опухоли. Оставьте зонды в тканях ровно на 30 минут, чтобы устранить источники ошибок из-за присутствия артефактов из других источников, кроме образца опухоли, место условных волокон зонда на столе в течение того же периода времени. Во время извлечения, этикетка HPLC флаконы, которые будут использоваться для хранения зонда после извлечения.

В конце извлечения, погрузить волокна в lcMS класса воды в течение трех секунд, чтобы удалить кровь или клеточный мусор и вставить каждый зонд через дно септы одного HPLC флакон крышка для обездвиживания волокон. Затем крышка флаконы с обездвиженными волокнами и поместите флаконы в соответствующий транспортный контейнер. По прибытии в лабораторию немедленно поместил флаконы в морозильную камеру минус 30 или минус 80 градусов по Цельсию в течение не более трех или пяти лет соответственно.

После того, как все образцы из одного эксперимента были собраны, поместите флаконы, содержащие смешанные волокна режима при комнатной температуре. и этикетки два миллилитров флаконы для desorption место стеклянную вставку в каждый флакон и добавить 300 микролитров свежеприготовленных 80 20 ацетонитриль воды раствор для каждой вставки. Полностью погружен кодирование каждого зонда в отдельные флаконы растворителя desorption и агитировать флаконы в течение 120 минут при 1200 оборотов в минуту на вихре.

После того, как desorption завершена, удалить шапки из флаконов и выделить 10 микролитер aliquots из каждого файла, содержащего экстракт из опухоли, чтобы подготовить образец контроля качества. Затем закройте флаконы новыми колпачками и поместите флаконы в четырехградсовой автоматический пробоотборитель жидкого хроматографии высокого разрешения масс-спектрометра. Для подготовки образцов для Липидомического анализа поместите флаконы, содержащие волокна C 18 при комнатной температуре, и наклейте два миллилитровых флакона HPLC на место нарушения силанизированных стеклянных вставок во флаконы и добавьте 200 микролитров свежеприготовленного 50 50 раствора изопропанола метанола в каждую вставку.

Полностью погрузить каждый зонд покрытие в растворитель и агитировать образцов в течение 50 минут на 1200 оборотов в минуту на вихре. В конце времени, остановить desorption путем удаления шапки, а затем выделить 10 микролитер aliquots из каждого файла, содержащего экстракт из опухоли, чтобы подготовить образец контроля качества и закрыть флаконы с новыми крышками. Затем поместите флаконы в четырехградсовой автоматический сэмплер жидкой хроматографии высокого разрешения масс-спектрометра.

Было установлено, что воспроизводимость инструментального анализа весьма хороша на основе плотной кластеризации образцов контроля качества на основных участках анализа компонентов. Эти липидомные данные для образцов, собранных у пациентов с глиомами и менингиомами, подчеркивают способность образцов опухоли различаться в зависимости от их гистологического происхождения и злокачественности. Как показано на этих метаболомных данных, глиомы могут быть дополнительно разделены в зависимости от степени злокачественности и или в зависимости от наличия или отсутствия мутаций, представляющих интерес.

Статистический анализ также позволяет отвечать конкретные соединения в рамках изучаемых групп. Необходимо тщательно контролировать время извлечения и поддерживать воспроизводимые условия для всех образцов. Кроме того, образцы могут быть растворены из волокна непосредственно г-жа без хроматографического разделения позволяет целевой анализ конкретных маркеров и сокращение всей процедуры до нескольких минут.