Выделение ядер из клеток-предшественников сердца мышей для профилирования эпигенома и экспрессии генов при одноклеточном разрешении

Основной целью данного протокола является изучение взаимодействия генетических факторов и факторов окружающей среды в контексте развития сердца и их вклада в врожденные пороки сердца. Одноядерные подходы, такие как одноядерный РНК-секвенирование и одноядерный атаксический, становятся ключевыми методами изучения клеточной гетерогенности в здоровье и болезнях во время развития сердца. Одним из ограничивающих этапов этих экспериментов является то, что все образцы должны выполняться одновременно.

При работе со всеми экспериментальными условиями сбор достаточно свежего материала для всех условий одновременно может быть сложной задачей. Несмотря на то, что в последние годы был достигнут значительный прогресс в области одиночных клеток, основная трудность заключается в обработке свободных образцов. Избегание трудностей чрезвычайно полезно для выявления молекулярного механизма, лежащего в основе врожденных пороков сердца.

Этот протокол описывает шаги, которые необходимо выполнить для успешного выделения высококачественных ядер из замороженной суспензии сердечных клеток, полученной из эмбрионов мышей. И наш протокол совместим с нисходящими одноядерными РНК-секвенированием и одноядерными атаксическими. Мы надеемся, что эта процедура поможет заинтересованным исследователям и побудит их использовать этот мощный метод для своих исследований.