בידוד גרעינים מתאי אב לבביים של עכברים עבור אפיגנום ופרופיל ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד

המטרה העיקרית של פרוטוקול זה היא לחקור את האינטראקציה של גורמים גנטיים וסביבתיים בהקשר של התפתחות הלב ותרומתם למומי לב מולדים. גישות של גרעינים בודדים כגון RNA-seq של גרעינים בודדים וגרעינים בודדים אטקסיים מתגלות כשיטות מפתח לחקר הטרוגניות התאית בבריאות ובמחלות במהלך התפתחות הלב. צעד מגביל אחד של ניסויים אלה הוא שכל הדגימה צריכה להיות מופעלת בו זמנית.

תוך כדי עבודה עם כל תנאי הניסוי, איסוף חומר טרי מספיק עבור כל התנאים בו זמנית יכול להיות מאתגר. למרות שבשנים האחרונות חלה התקדמות משמעותית בתחום התא הבודד, הקושי העיקרי הוא עיבוד דגימות חופשיות. הימנעות מהקושי מועילה מאוד לזיהוי המנגנון המולקולרי העומד בבסיס מומים מולדים במחלות לב.

פרוטוקול זה מתאר את השלבים שיש לבצע לבידוד מוצלח של גרעינים באיכות גבוהה מתרחיף תאי לב קפואים המתקבלים מעוברי עכברים. והפרוטוקול שלנו תואם לגרעינים בודדים במורד הזרם, RNA-seq וגרעינים בודדים אטקסיים. אנו מקווים כי הליך זה יסייע לחוקרים המעוניינים בכך ויעודד אותם להשתמש בשיטה רבת עוצמה זו למחקרם.