Zellkernisolierung aus kardialen Vorläuferzellen der Maus für die Erstellung von Epigenom- und Genexpressionsprofilen mit Einzelzellauflösung

Das Hauptziel dieses Protokolls ist es, das Zusammenspiel von genetischen und umweltbedingten Faktoren im Zusammenhang mit der Herzentwicklung und deren Beitrag zu angeborenen Herzfehlern zu untersuchen. Einzelkern-Ansätze wie Einzelkern-RNA-seq und Einzelkern-Ataxie entwickeln sich zu Schlüsselmethoden zur Untersuchung der zellulären Heterogenität in Gesundheit und Krankheit während der Herzentwicklung. Ein limitierender Schritt dieser Experimente ist, dass alle Proben gleichzeitig durchlaufen werden müssen.

Bei der Arbeit mit allen Versuchsbedingungen kann es eine Herausforderung sein, frisches Material zu sammeln, das für alle Bedingungen gleichzeitig geeignet ist. Obwohl es in den letzten Jahren erhebliche Fortschritte auf dem Gebiet der Einzelzelle gegeben hat, besteht die Hauptschwierigkeit in der Verarbeitung freier Proben. Die Vermeidung dieser Schwierigkeit ist äußerst vorteilhaft, um den molekularen Mechanismus zu identifizieren, der angeborenen Herzfehlern zugrunde liegt.

Dieses Protokoll beschreibt die Schritte, die zu befolgen sind, um erfolgreich hochwertige Zellkerne aus gefrorenen Herzzellsuspensionen zu isolieren, die aus Mausembryonen gewonnen wurden. Und unser Protokoll ist kompatibel mit nachgeschalteten Einzelkernen, RNA-seq und Einzelkernen, die ataktisch sind. Wir hoffen, dass dieses Verfahren interessierten Forscherinnen und Forschern hilft und sie ermutigt, diese leistungsfähige Methode für ihre Forschung zu nutzen.