Мое исследование изучает потенциальные общие патогенетические механизмы, связывающие первичный синдром Шегрена и аденокарциному, с помощью биоинформатики и экспериментальной проверки. Я стремлюсь понять, как эти условия взаимодействуют друг с другом и какие факторы влияют на отношения. Мое исследование устраняет пробел в понимании связи между первичным синдромом Шегрена и аденокарциномой, подчеркивая их общие патогенетические механизмы.
Это понимание пришло из будущих диагностических и терапевтических стратегий для пациентов с этим заболеванием. В будущих исследованиях мы надеемся сотрудничать с торакальной хирургией для получения легочных хирургических образцов у пациентов с pSS, чтобы проиллюстрировать прогрессирование от инфильтрации лимфоцитов к неопластическим проксимальным участкам. Нажмите на результаты в базе данных GEO DataSets и выберите Homo sapiens в Top Organisms.
Выберите и загрузите интересующий вас набор данных вместе с соответствующей информацией о платформе. Затем откройте базу данных GeneCard и используйте первичный синдром Шегрена и аденокарциному легкого в качестве ключевых слов для получения генов, связанных с pSS и LUAD. Загрузите таблицы генов заболевания.
С помощью программного обеспечения R можно идентифицировать и визуализировать дифференциально экспрессируемые гены или ДЭГ со скорректированным значением P менее 0,05 и кратным изменением более 1,2 или менее 0,83. Сравнивайте и анализируйте экспрессию генов в этих наборах данных. Выберите гены с уровнем экспрессии, превышающим или равным 20, связанные с pSS и LUAD, из базы данных GeneCard.
Объедините DEG, связанные с pSS и LUAD, из базы данных GEO и базы данных GeneCard. После установки пакета диаграмм Венна в программное обеспечение R получите и визуализируйте DEG, связанные с pSS и LUAD. На веб-сайте Metascape нажмите «Выбрать файл» и загрузите файл формата xlsx для pSS-LUAD-DEGs.
Выберите Homo sapiens как Входные данные как вид и Анализ как вид. Нажмите «Пользовательский анализ», затем нажмите «Обогащение» и выберите путь KEGG. Снимите флажки с остальных опций.
Нажмите кнопку Анализ обогащения, а после завершения нажмите кнопку Страница отчета об анализе. Нажмите «Все в одном zip-файле», чтобы загрузить результаты. Получите доступ к _FINAL_GO.
csv в папке Enrichment_GO для просмотра результатов. Используя пакет ggplot2 в программном обеспечении R, выполните программу визуализации KEGG. Для анализа онтологии генов или обогащения GO импортируйте список pSS-LUAD-DEG в текстовом формате в R.Запустите пакеты Cluster Profiler и Enrich Plot для анализа обогащения GO и визуализации результатов.
Установите статистическую значимость в анализе при скорректированном значении P менее 0,05. Откройте базу данных STRING, нажмите кнопку "Обзор" и загрузите файл pSS-LUAD-DEGs. Выберите Homo sapiens в разделе «Организмы», затем нажмите «Поиск».
После нажатия кнопки «Продолжить», когда результаты будут доступны, нажмите «Настройки». В разделе «Основные настройки и минимальная требуемая оценка взаимодействия» выберите высокий уровень достоверности 0,7. Отметьте галочкой «Скрыть отключенные узлы в сети» в «Дополнительных настройках», затем нажмите «Обновить».
Нажмите на кнопку «Экспорт» в строке заголовка, чтобы загрузить текст о взаимодействии белка и белка или соотношении PPI в формате TSV. В программном обеспечении Cytoscape 3.7.1 нажмите «Файл», а затем «Импорт и сеть из файла», чтобы импортировать файл формата TSV для создания сети PPI. Используйте инструмент NetworkAnalyzer для анализа топологических параметров в сети и оптимизации размера и цвета узлов с помощью панели Style в панели управления.
В строке меню выберите «Сервис» и «Анализ сети». На панели таблицы нажмите «Градус», чтобы отсортировать компоненты по градусам в порядке убывания. Для идентификации и валидации генов-концентраторов импортируйте список генов-концентраторов в текстовом формате в R, загруженный пакетом PROC.
Построение графика рабочих характеристик приемника или ROC-кривых генов-хабов и расчет площади под значениями ROC-кривой. В общей сложности 233 общих DEG между pSS DEGs и LUAD DEG были визуализированы с помощью диаграммы Венна после анализа. Были определены 10 основных значимых путей KEGG для pSS LUAD DEG, которые в первую очередь связаны с метаболическими путями, включая PI3K-Akt, MAPK и цитокин-цитокиновые взаимодействия рецепторов.
Анализ обогащения pSS LUAD DEG показал важные биологические процессы, включая реакцию на вирус и врожденный иммунный ответ, категории клеточных компонентов и молекулярные функции, такие как связывание и активность цитокиновых рецепторов. Сеть PPI состояла из 99 узлов и 466 ребер, идентифицируя STAT3, STAT1 и TP53 как главные гены-хабы. Были визуализированы 20 генов с более высокими степенями в сети PPI, включая TNF, IL6 и EGFR.
Для начала проведите биоинформатический анализ для определения воспалительных путей при одновременном возникновении первичного синдрома Шегрена и аденокарциномы легкого. Чтобы разработать модель животного, поместите мышь под наркозом на удерживающее животное животное животом вверх, голову поднята, а хвост опущен под углом 45 градусов. С помощью тонкой нити обмотайте верхние резцы мыши, потянув их вверх, и закрепите резьбу на винте на держателе для животных, чтобы полностью обнажить ротовую полость мыши.
Включив лампу холодного света, с помощью щипцов аккуратно вытащите язык мыши и полностью обнажите голосовую щель. Введите венозную иглу 18-го калибра в трахею мыши и вытащите сердцевину иглы. Поместите хлопчатобумажную нить на внешний конец иглы и подтвердите успешное введение, когда нить движется вместе с движениями грудной клетки мыши.
С помощью одномиллилитрового шприца аспирируйте 0,2 миллилитра воздуха, затем 0,1 миллилитра суспензии PM 2,5 и, наконец, еще 0,2 миллилитра воздуха. Введите смесь в трахею через венозную иглу 18-го калибра. Вытащив индейскую иглу, закрепите держатель животного в вертикальном положении и поверните его по часовой стрелке и против часовой стрелки 30 раз, чтобы равномерно распределить суспензию PM 2,5 в легких.
Вытяните шею мыши прямо и положите ее на бок, чтобы предотвратить удушье, и дайте ей восстановиться. Через 29 дней поместите усыпленную мышь в лежачем положении на чистую доску для препарирования. С помощью ножниц и щипцов удалите кожу и мышцы, покрывающие вентральную, грудную и шейную области.
Сделайте надрезы по краям ребер с обеих сторон грудной полости, чтобы обнажить грудную полость. Разрежьте ключицу, чтобы создать достаточно широкое отверстие для осмотра долей легких. Иссекайте мышцы шеи, идущие от грудины и ребер до челюсти.
Вставьте ножницы ниже переднего края ребер и сделайте надрезы с обеих сторон, чтобы удалить костную часть, покрывающую трахею. Захватите трахею возле челюсти щипцами и сделайте полный поперечный разрез с помощью ножниц, размещенных над щипцами. Затем аккуратно подтягивают трахею щипцами, разрезая ножницами вентральные тканевые соединения до тех пор, пока вся ткань грудной клетки не будет удалена из организма.
Легкие положите на поверхность ровно и промойте поверхность солевым раствором. Промокнув его насухо, поместите ткань в криопробирки для хранения при температуре минус 80 градусов Цельсия для будущего биохимического использования.
