高スループット、石灰化組織のマルチイメージCryohistology

要約

In this manuscript, we present a high-throughput, semi-automated cryohistology platform to produce aligned composite images of multiple response measures from several rounds of fluorescent imaging on frozen sections of mineralized tissues.

要約

There is an increasing need for efficient phenotyping and histopathology of a variety of tissues. This phenotyping need is evident with the ambitious projects to disrupt every gene in the mouse genome. The research community needs rapid and inexpensive means to phenotype tissues via histology. Histological analyses of skeletal tissues are often time consuming and semi-quantitative at best, regularly requiring subjective interpretation of slides from trained individuals. Here, we present a cryohistological paradigm for efficient and inexpensive phenotyping of mineralized tissues. First, we present a novel method of tape-stabilized cryosectioning that preserves the morphology of mineralized tissues. These sections are then adhered rigidly to glass slides and imaged repeatedly over several rounds of staining. The resultant images are then aligned either manually or via computer software to yield composite stacks of several layered images. The protocol allows for co-localization of numerous molecular signals to specific cells within a given section. In addition, these fluorescent signals can be quantified objectively via computer software. This protocol overcomes many of the shortcomings associated with histology of mineralized tissues and can serve as a platform for high-throughput, high-content phenotyping of musculoskeletal tissues moving forward.

概要

生物学的研究は、多くの場合、頻繁に組織学的分析^1-3のいくつかの並べ替えに関連付けられている効率的な表現型を、必要とします。この必要性は、マウスゲノム⁴における各遺伝子を破壊し、さらに明らかに野心的なプロジェクトです。これらの組織学的分析は、個々の細胞に特異的な遺伝子またはタンパク質のマッピング式に細胞形態および/または解剖学的特徴を評価するの範囲であり得ます。実際には、ゲノミクスのフィールドに組織学の基本的な貢献の一つは、特定の領域または細胞型に特異的な分子シグナルを関連付ける機能です。

特に筋骨格組織のための組織学の伝統的な方法、脱灰、修正するために数週間、時には必要、多くの場合、時間がかかり、面倒であり、セクション、汚れ、および画像標本は、その後、人間の解釈を経由して画像を解析。 その場 hybridizat に 、かどうかを免疫組織化学を介して、複数の分子シグナルの分析イオン、または特別な汚れは、適切に実行するために複数のセクション、さらには、複数の検体を必要とします。また、これらの複数の応答は、同じ細胞に同時局在することはできません、時には与えられた試料内の特定の領域に同時局在することはできません。ゲノミクス及びエピゲノミクス分野はデジタル時代に移動すると、組織学的フィールドはまた、効率的、高スループット、および単一の組織切片内の分子の各種信号の自動分析を提供するために、スーツに従わなければなりません。

確かに、与えられた試料内の特定のセルに複数の分子シグナルを関連付けることができる改良組織学的技術が求められています。最近、我々は鉱化組織^5-14から与えられたセクション内のいくつかの対応策を評価するための新しい高スループットcryohistological方法を公開しています。プロセスは、顕微鏡スライドに固定的にテープで留め部分を接着し、冷凍cryotapeとの凍結切片を安定化させることを含む、および各セクションの染色およびイメージングのいくつかのラウンドを行います。画像のこのラウンドは、手動または画像解析の前に、コンピュータの自動化（ 図1）を介して位置合わせされます。ここでは、このプロセスの詳細なプロトコルを提示し、これらの技術は、異なる生物学的プロセスの理解を改善している例を提供します。

プロトコル

コネチカット大学医学センターの制度的動物のケアと使用委員会は、すべての動物の手順を承認しました。

1.固定と埋め込み

1. CO ₂窒息または他の承認された方法を介して動物を安楽死させます。
2. 適切に固定されるまで、4℃で10％中性緩衝ホルマリン中で目的の組織（ 例えば、四肢、脊椎など）と場所を収穫。固定前に一貫性のある解剖学的な配置を維持するために特別な注意を払ってください。たとえば、一貫性の屈曲、内旋、および外旋^11を角度で関節を有する手足を固定してください。 3日 - 一般的に、1のためのマウス全体の手足を固定します。
   注意：ホルマリンは毒性があり、適切な個人用保護具を着用したままドラフト内で処理する必要があります。
   注：固定の時間枠は、標本の大きさに依存します。実験が許可されている場合、骨を切開する骨髄コンパートメントの固定を改善します。いくつかの標本は（骨髄内の例えば 、微弱な蛍光シグナル）の蛍光バックグラウンドを最小限にするために灌流固定^15が必要な場合があります。
3. 4℃で24時間 - 転送は、30％スクロース、1×PBS中で作製し、12インキュベートしホルマリンの標本。
   注：12インキュベーション後 - 24時間、試験片は、次いで、長期保存のために-80℃に配置することができます。ストレージのこの方法は、研究者が同じブロックに複数のサンプルを埋め込 ​​むしようとするが、同時にこれらのサンプルの全てを収穫いない可能性のある実験のために推奨されている（ 例えば 、複数の時点での実験）。
4. スクロースからの標本を取り出して、余分な組織を離れて解剖。
5. メディアを埋め込むクライオとの双方向の一部（金型の大きさは、試料のサイズに依存します）cryomoldを入力します。関心領域のための切断面は、金型の底部と平行になるように、金型内のサンプルを配置します。
   注：特定の組織の配置の一例と向きB -図2Aに見つけることができます。
6. クライオ包埋媒体フリーズの薄い層までドライアイスの作品へcryomoldを置き、その後、所定の位置に試料を固定します。ドライアイスペレットにcryomoldを維持しながら、クライオ媒体を埋め込んでcryomoldの残りの容量を入力します。
7. 2-メチルブタンドライアイスによって事前に冷やしを含む容器にcryomoldを置きます。試験片が完全に凍結したら、cryomoldsを除去し、過剰の2-メチルブタンを振り払います。ストレージのためのCの冷凍庫-20°Cにセロファン、所定の位置にcryomoldsをラップまたは-80。
   注：凍結包埋媒体に格納されているときサンプルは、特に-20℃で、時間をかけて乾燥させることができます。 （ステップ1.3参照）を-80℃で、または-80℃で30％スクロース培地を埋め込むクライオで2ヶ月 - 私たちは、より長い1のためのサンプルの保管をお勧めします。

2.テープ安定化組織セクショニング

1. 冷凍庫から試料ブロックを取り外し、cryostaに置きます-20℃と-25の間に設定した温度とトン。
2. cryomoldからブロックを削除し、かみそりの刃でメディアを埋め込む過剰クライオを切り落とします。
3. 試料ディスク上にいくつかの凍結包埋媒体を配置し、試料ディスクの表面は、それによって関心領域のための適切な切断面を確立するブロックの底面と平行になるようブロックを揃えます。
4. クライオスタットに試料ディスクを置き、凍結するメディアを埋め込むクライオを可能にします。
5. 試料ヘッド上に試料ディスクを置き、ブレードカットは試料ブロックの表面に平行になるようにヘッドを調整します。
6. 関心領域内のレベルにブロックをダウントリムとブロックの表面から任意の削りくずを払い落とします。
7. クライオスタットへの関心とプリ寒さの領域をカバーするのに十分な大きcryotapeの部分をカットします。
   注：複数のピースが一貫したサイズでカットし、cryost内に格納することができます切片中で。
8. ダウンブロックスティッキー側にテープを配置し、その後、鉗子を使用して、非粘着性の銀/金のタブでテープを掴んでcryotapeから非接着性バッキングを削除します。
9. ローラー（ 図2C）を使用してcryotapeに圧力を適用します。
10. 自動モータやクライオスタットの手動切断ホイールのいずれかを使用して - （8〜5μm程度）のセクションを作成します。
    注：セクションが（ 図2D）を切片中にステージから落ちないようにステージ上に来るようcryotapeのエッジを保持することをお勧めします。
11. クライオスタット内のプラスチック製顕微鏡スライド上のセクションの組織側を上に置きます。
12. クライオスタットからプラスチック製のスライドを削除し、クライオ包埋媒体は、セクションでは、スライドの表面に付着するように溶融することができます。
13. 連続切片または関心のある他の地域のために切片を繰り返します。
14. 完成したら、スライドボックスaでセクションを保存トン4、Cは、ストレージの長さ必要と下流の対応策に応じて、-20℃または-80。 4℃で保存した場合ヶ月以内に - 例えば、酵素活性のために染色されようとしているスライドを使用する（5.3 5.2を参照）。

顕微鏡スライドへのセクションの3接着

1. UV硬化型の接着方法。
   1. 顕微鏡スライドにラベルを付けます。
      注意：増加した自動化のために、試料スライドをバーコードで標識することができます。
   2. 2枚のスライドガラスにUV活性化光学接着剤のドロップを適用し、ガラススライドの表面全体に接着剤の薄い層を広げるためにプラスチック製のスライドの端を使用しています。
   3. 銀/金のタブを遮断し、最初のスライドの接​​着剤にテーピングセクション組織側のレイアップ。テープの下に閉じ込められた気泡の形成を最小化するために一方の端から他方のロール運動セクションを適用します。
      注：最初のスライドは、トンのプリウェット下面に使用されています第二の（永久）スライド（ステップ3.1.4）の上に配置する前に、彼のテープ。
   4. 最初のスライドからテーピング部分を削除し、第2のスライド（ 図3A）の接着剤層の上に置きます。この場合も、気泡の捕捉を避けるように注意してください。
      注：この手順は、マスターに練習が必要です。
   5. 所定の実験のためのセクションの適切な数は、各スライド上に配置されると、周囲から余分な接着剤を拭き取ってください。
   6. テープの下に気泡や繊維のために密接に各セクションを点検します。顕微鏡やルーペの下でこの検査を実行します。障害物がある場合は、個々のセクションを削除する障害物を削除してから、スライドガラスにそれを再適用します。
   7. 接着剤を架橋するために10分 - テーピングのセクションの下に障害物がないと判断されたら、5のためにUVブラックライトの下で顕微鏡スライドを配置します。
2. キトサン接着方法。
   1. 目を準備電子1％キトサン接着剤。 100mLのDI水中に濃酢酸0.25 mlで溶解することにより酢酸溶液を調製し（0.25％v / v）でした。酢酸溶液100mlにキトサン粉末1gを溶解し、溶液を攪拌O / Nまたはすべてのキトサン粉末が溶解するまで。
      注：溶液を、室温で安定です。
   2. スライド上に配置される各セクションのキトサン溶液の液滴を付着させます。
   3. テープの銀/金のタブを切断し、接着剤（ 図3A）上にアップし 、各テーピングセクション組織側に配置します。気泡の捕捉を避けるために、細心の注意を使用してください。
   4. 一旦、全てのセクションがスライド上に配置され、その長辺の一つのスライドアップを傾け、鉗子を使用して、下縁部に過大なキトサンをドラッグします。
   5. スライドボックス内のペーパータオルの上にこの向きにスライドを置きます。重力はその後、キトサンの平坦かつ均一な層を得、過剰キトサンはタオルの上に落下するようになります。
   6. プラCEその蓋をスライドボックスは、キトサンを乾燥させるために冷蔵庫のO / Nでオープン支え。
      注：2つの接着方法の比較については、 表1を参照してください。

スライドへの参照マーカーの4応用

1. 100μlの水に緑を50μlと赤のマイクロスフェア50μlのを溶解させることにより、基準​​マーカー溶液を調製します。 4℃の暗所でのソリューションを保管してください。
2. ミクロスフェア溶液に10μlあるいは20μlのピペットチップを置きます。関心のある領域（ 図3C）に隣接する各セクションへのマイクロスフェア液の小滴を追加します。関心領域内の微小球を取得しないように注意してください。
3. その日のスライドを処理する場合は30分間（光から保護）RTでスライドを乾燥させます。ない場合は、4℃でスライドボックスにスライドを配置します。
   注：マイクロスフェアのソリューションは、スライドを水和する前に乾燥する限り、マイルcrospheresは染色/イメージングの複数ラウンドの間、スライドに付着したままになります。

染色の5.複数のラウンド

注記：画像化、染色、および再イメージングステップの互換性のある配列を選択することにより、同一の組織切片上で多くの生体信号を検出し、共局在することが可能です。イメージング/染色/イメージ再作成の各ラウンドは、特定の組織学的質問のために開発されなければなりません。イメージング/染色/再イメージシーケンスは、典型的には、蛍光多重免疫染色および酵素活性の汚れの複数のラウンドに続いてイメージングの最初のラウンドでの内因性の蛍光シグナル（ 例えば 、携帯GFP、鉱化染料、in vivoイメージングプローブ）を取得することを含みます。最後に、セクションは、組織構造を強調するために発色色素（Oサフラニン例えば 、H＆E、トルイジンブルー、 等）を用いて染色することができます。このセクションで提示から適応したカスタムメソッドです市販されているプロトコル。

1. 蓄積された鉱物のためのカルセインブルー染色
   注：カルセインブルー染色は、暗視野や微分干渉コントラスト（DIC）画像とは異なり、自動画像解析に適している一貫性のある鉱物表面が得られます。カルセインブルー染色での問題は、 サンプルは、これらのミネラルラベル、画像カルセインブルーで染色する前にイメージングの最初のラウンドでのラベルが含まれている場合 、蛍光スペクトルは、そのため 。テトラサイクリンとデメクロサイクリンラベリングと重なっていることです。
   1. 組織内の内因性の信号は、この染色工程の前に撮像された場合はカバーガラスが離れてスライドから秋まで、を1×PBSで満たされたコプリンジャーの前のイメージングラウンドからスライドを沈めます。カバーガラスを取り外し、乾燥させます。
   2. 100ミリリットルのH ₂ Oで2グラムのNaHCO _3を溶解することによって作られた2％のNaHCO ₃でカルセインブルー溶液を30mg / mlのを（準備と調整）HClで7.4のpHにる。小分けして-20℃で溶液を保存します。
   3. すでに前のラウンドからの水和されていない場合は、セクションを水和する15分間、1×PBSを含むコプリンジャーにスライドを浸し。
   4. スライドを削除し、紙タオルで背中やエッジを乾燥させます。
   5. スライドあたりカルセインブルー溶液500μl、室温で湿度室で10分間インキュベートする - 100を適用します。
   6. 3変更で10分間、1×PBS中でスライドを洗浄します。
   7. 1×PBS中50％グリセロールの〜200μlを各スライドに適用し、カバースリップをマウントします。
   8. 過剰グリセロールを取り外し、スライドの底部を乾燥させます。
2. 酒石酸抵抗性酸性ホスファターゼ（TRAP）の酵素活性染色
   注：TRAPは、破骨細胞を含む造血系における複数の細胞型で表現されます。ここで提示TRAP染色は、黄色蛍光酸性ホスファターゼ基質を使用しています。 特定の蛍光信号がOVますテトラサイクリン/デメクロサイクリン鉱化ラベル、カルセインブルー染色、およびDAPIの対比など、カスタムイエローフィルターがセットされたerlap。
   1. カバースリップが離れてスライドから秋まで、1×PBSで満たされたコプリンジャーの前のイメージングラウンドからスライドを水没。カバーガラスを取り外し、乾燥させます。
   2. 無水酢酸ナトリウムと水で酒石酸ナトリウム二塩基二水和物の11.4グラムの9.2グラムを溶解し、千ミリリットルに最終的なボリュームをもたらすことによってバッファ1を準備します。 （ - 2ミリリットル〜1.5）濃氷酢酸で4.2にpHを調整します。 4で溶液を保存 最大12ヶ月間Cを°。
   3. 水に亜硝酸ナトリウムを40mgを溶解し、1ミリリットルに最終的なボリュームをもたらすことによってバッファ2を準備します。 1週間まで4℃で溶液を保管してください。
   4. 染色の日に、バッファ1の7.5ミリリットルとバッファ2の150μLを混合することにより、反応バッファーを準備します。
   5. スライドに基板ずに反応緩衝液を適用します低いpHで組織を平衡化するために15分 - 10秒。
      注：典型的な量は、〜200μlのですが、すべてのセクションをカバーするのに十分な大きさである必要があります。
   6. 1:50 1の間の黄色蛍光酸性ホスファターゼ基質を希釈：反応緩衝液中で100。
      注：希釈は、試料内のTRAP活性によって決定されます。
   7. スライドのオフ反応緩衝液を注ぎ、スライドに黄色蛍光基質と反応バッファーを適用します。
   8. 基板を活性化するために〜5分間のUVブラックライトの下でスライドを置きます。
      注：インキュベーション時間は、試料中のTRAP活性に依存して変化し得ます。
   9. 3変更で10分間、1×PBS中でスライドを洗浄します。
   10. 1×PBS中50％グリセロールの〜200μlを各スライドに適用し、カバースリップをマウントします。
   11. 過剰グリセロールを取り外し、スライドの底部を乾燥させます。
       注：酸性TRAPバッファは、セクションを脱灰します。 decalcificaの追加の利点ションは、特定の色が下流染色（ 例えば、石灰化ラベル）のために再度利用可能になることです。例えば、カルセインブルー染色は、TRAP染色の際に削除されます。したがって、DAPIの対比は、その後のラウンド中に、このチャンネルで撮像することができます。
3. アルカリホスファターゼ（AP）酵素活性染色
   注：骨芽細胞および鉱化軟骨細胞特急APを含む石灰化に関与する複数の細胞型。このプロトコルで使用されるフ​​ァストレッド基質は、蛍光赤と発色性赤色信号の両方を誘発します。このため、発色基質は、基質が沈殿領域に蛍光シグナルをクエンチします。したがって、AP基質によってクエンチすることができる蛍光シグナルを画像化した後、この染色を行うことをお勧めします。
   1. カバースリップが離れてスライドから秋まで、1×PBSで満たされたコプリンジャーの前のイメージングラウンドからスライドを水没。レモVEのとカバーガラスを乾燥させます。
   2. 100mlの水にトリスの12.1グラムを溶解することにより、1Mトリスを準備します。 1 M NaOHでpHを9.5に調整します。
   3. 100mlの脱イオン水でのMgCl ₂の20.33グラムを溶解することにより、1 MのMgCl ₂水和物を準備します。
   4. 100mlの脱イオン水に11.68グラムのNaClを溶解させることによって、2MのNaClを準備します。
   5. 脱イオン水50mlで1グラムの粉末を溶解することにより、ファストレッドTR塩の100倍（20 mg / mlで）のストック溶液を準備します。 -20℃で100μlのアリコートとストアを行います。
   6. N、N-ジメチルホルムアミド50mlに500mgの粉末を溶解することにより100×（10 mg / mlで）、ナフトールAS-MXリン酸ストック溶液を調製します。 -20℃で100μlのアリコートとストアを行います。
   7. 染色の当日に、2 MのNaCl、1MのMgCl ₂を0.5mlの1Mトリスを0.5mlを1ml添加することにより、APのバッファを用意し、脱イオン水（最終濃度を用いて10 mlに、最終体積を100 mMのトリス、50mMのMgCl ₂を、100mMのNaCl）。
   8. AP Bを配置各スライド上のufferし、室温で10分間加湿チャンバー内でインキュベートします。
   9. APのバッファに1XにファストレッドTR塩とナフトールAS-MXの100倍の株式を希釈することにより、AP基質緩衝液を準備します。
   10. スライドのオフAPのバッファを注ぎ、AP基質緩衝液と交換してください。室温で湿度室に10分 - 5のためのスライドをインキュベートします。
       注：インキュベーション時間は、試料のAP活性によって決定されるであろう。
   11. 洗浄は5分ごとに、1×PBSで3回スライドします。
   12. （：1×PBS中50％グリセロール中でDAPIの千希釈1）マウントカバーがDAPIの対比溶液でスリップ。
4. トルイジンブルーO（TB）、発色染色
   注：以前のすべてのステップは、50％グリセロール/ PBS溶液中で一時的水性取付下結像されるので、発色工程は、水性条件下で撮像されます。しかしながら、染色溶液は、経時的に浸出する傾向があります。したがって、それはできるだけ早く染色後の画像にトルイジンブルーを示唆されています。
   1. カバーガラスがスライドから離れて落下するまで脱イオン水で満たされたコプリンジャーの前のイメージングラウンドからスライドを水没。カバーガラスを取り外し、乾燥させます。
   2. カバースリップを除去した後、新鮮な水と交換し、PBSから塩が十分に組織から削除されるように、少なくとも10分間、スライドをインキュベートします。
   3. 脱イオン水中の0.025％のTB溶液を調製します。
   4. 5分 - 1のためのTB溶液中にスライドを置きます。
      注：インキュベーション時間は、ユーザーの好みに依存しているが、すべてのサンプル全体で一貫性が保たれるべきです。
   5. 場所は、脱イオン水でコプリンジャーにスライドすると、スライドを5分間ずつ3倍洗います。
   6. 脱イオン水に溶解し 、30％グリセロールでマウントカバースリップ（このよう1X NOT PBSは、汚れが組織から浸出する原因になります）。注：グリセロールマウンティング培地は、組織からの汚れの拡散を防ぐのに役立ちフルクトースシロップで置換することができます。にフルクトースシロップを調製し、溶解するまで60℃の脱イオン水と熱10mlに果糖を30g溶解します。

イメージングの6.複数回

1. 顕微鏡用トレイ（ 図3D）にスライドをロードします。
   注記：トレイがバネ仕掛けです。
2. スライド走査型顕微鏡（ 図3E）のトレイスタックにトレイを挿入します。
3. 各蛍光団のための適切な露出時間でスライドごとにプロファイルをロードするプロファイルリストをクリックします。手動で各スライドに名前を付けたり、ソフトウェアがスライドラベル上に設けられたバーコードを読み取る持つようにスライドの名前をクリックしてください。スライドのプレビュー画像を取るために開始プレビュースキャン]ボタンをクリックします。
4. 組織の検出ウィザードに関心領域を設定し、イメージングのその後のラウンドのためにそれらを保存します。各スライドが設定されたら、スタートスキャンボタンをクリックすることで、スキャンプロセスを開始します。
   注：システムが100 SLIまで保持できます当時のデス。
5. イメージングが終了したら、画像アセンブリおよび分析のための.tifや.jpgファイルとして各チャンネルと撮像ラウンドから画像をエクスポートします。

7.イメージアセンブリ

1. フォトショップ（または層状の画像を生成することができる類似画像編集ソフト）を用いて手動による方法。
   1. 各撮像ラウンドから各チャンネルの画像を開きます。
   2. 1合成画像内の層として個々の画像を組み立てます。これを行うには、一つの画像からレイヤーパレット内のレイヤーをクリックしてください。その後、別の画像にレイヤーをドラッグします。このドラッグ＆ドロップ操作は、画像に新しいレイヤーを作成します。他のすべての画像のためにこれを行います。また、画像スタック内の層として複数の画像ファイルをロードすることによって、このプロセスを自動化するために（...スタックにファイル>スクリプト>ロードファイル）スクリプトを使用します。
   3. 各画像は合成画像内の個々の層としてリストされたら、ダブルラの名前を変更するレイヤ名をクリックしてください異なるチャネルを識別するために必要に応じてyers。
   4. それぞれの層を通して見ると、本当に合成画像を作成し、レイヤーパレット内の「画面」を「ノーマル」から各レイヤーのブレンドモードを変更するために。
      注：この手順をスピードアップスクリーニングする単層を変更し、その後、層を右クリックし、「コピーレイヤースタイル」を選択し、他のすべてのレイヤをハイライト表示して、他に画面スタイルを適用するには、「ペースト層のスタイル "を選択するには層。
   5. 優れた発色性層を介して蛍光シグナルを可視化するために、発色層（ すなわち 、トルイジンブルー）の-希望の場合は、不透明度（40％〜10変更値）を減少させます。
      注：このプロトコルで使用されるタイル状の走査型顕微鏡によりイメージングの各ラウンド中のスライドに発生する可能性が回転量を最小限に抑え、3辺のスライドを保持しています。したがって、手動で派生画像を回転させることなく、画像を位置合わせするために、ユーザのためにはるかに容易になりますイメージングの異なるラウンドから。

結果

高スループット、マルチイメージCryohistologyのための一般的なワークフロー

図1は、この技術に使用される一般的なワークフローを示します。これは、イメージング、最終的には画像の位置合わせ/分析のいくつかのラウンドを経て固定からいくつかのステップを含みます。プロセスは、サンプル?...

ディスカッション

ここでは、共局在し、単一のセクションに染色/イメージングの複数回の画像を位置合わせすることによっていくつかの生物学的措置を定量化するための詳細なcryohistologyプロトコルを提示しています。それはセクションの組織（ 例えば 、石灰化した骨および軟骨）に難しいの形態を維持するようcryotapeを使用して概説した方法は、特に便利です。また、切片組織は、同じセクションの?...

資料

Name	Company	Catalog Number	Comments
10% neutral buffered formalin	Sigma Aldrich	HT501128-4L	Multiple suppliers available. Toxic. Can be substituted with 4% paraformaldehyde.
Sucrose	Sigma Aldrich	S9378	Multiple suppliers available.
PBS	Sigma Aldrich	P5368	Multiple suppliers available.
Cryomolds	Fisher Scientific	Fisherbrand #22-363-554	Different sizes can be used depending on tissue
Cryomatrix	Thermo Scientific	6769006	Can be substitituted with other cryomatrices. However, PVA/PEG-based resins have worked best in our hands.
2-methyl-butane	Sigma Aldrich	M32631	Multiple suppliers available.
Cryostat	Leica Biosystems	3050s	Can be substituted with other brands/models.
Specimen disc	Leica Biosystems	14037008587	Can be substituted with other brands/models.
Cryostat blades	Thermo Scientific	3051835	Can be substituted with other brands/models.
Cryotape	Section Lab	Cryofilm 2C
Roller	Electron Microscopy Sciences	62800-46	Can be substituted with other brands/models.
Plastic microscope slides	Electron Microscopy Sciences	71890-01	Can be substituted with other brands/models.
Glass microscope slides	Thermo Scientific	3051	Can be substituted with other brands/models.
Norland Optical Adhesive, 61	Norland Optical	Norland Optical Adhesive, 61
UV Black Light	General Electric	F15T8-BLB
Glacial acetic acid	Sigma Aldrich	ARK2183	Multiple suppliers available.
Chitosan	Sigma Aldrich	C3646	Multiple suppliers available.
InSpeck red microscopheres	ThermoFisher Scientific	I-14787
InSpeck green microspheres	ThermoFisher Scientific	I-14785
Calcein Blue	Sigma Aldrich	M1255	Multiple suppliers available.
Calcein	Sigma Aldrich	C0875	Multiple suppliers available.
Alizarin complexone	Sigma Aldrich	A3882	Multiple suppliers available.
Demeclocycline	Sigma Aldrich	D6140	Multiple suppliers available.
NaHCO3	Sigma Aldrich	S5761	Multiple suppliers available.
Glycerol	Sigma Aldrich	G5516	Multiple suppliers available.
ELF 97 yellow fluorescent acid phosphatase substrate	ThermoFisher Scientific	E-6588
DAPI	ThermoFisher Scientific	62247	Multiple suppliers available. Can be substituted with Hoechst 33342 or other nuclear dyes.
TO-PRO-3 (Cy5 nuclear counterstain)	ThermoFisher Scientific	T3605
Propidium Iodide	ThermoFisher Scientific	R37108	Multiple suppliers available.
Sodium acetate anhydrous	Sigma Aldrich	S2889	Multiple suppliers available.
sodium tartrate dibasic dihydrate	Sigma Aldrich	T6521	Multiple suppliers available.
Sodium nitrite	Sigma Aldrich	S2252	Multiple suppliers available.
Tris	Sigma Aldrich	15504	Multiple suppliers available.
MgCl2 hexahydrate	Sigma Aldrich	M9272	Multiple suppliers available.
NaCl	Sigma Aldrich	S7653	Multiple suppliers available.
Fast Red TR Salt	Sigma Aldrich	F8764	Multiple suppliers available. Can also be substituted with other substrate kits such as Vector Blue (Vector Laboratories, Cat# SK-5300)
Naphthol AS-MX	Sigma Aldrich	N4875	Multiple suppliers available.
N,N dimethylformamide	Sigma Aldrich	D158550	Multiple suppliers available.
Toluidine blue O	Sigma Aldrich	T3260	Multiple suppliers available.
Axio Scan.Z1	Carl Zeiss AG	Axio Scan.Z1	Other linear or tiled scanners may also be used.
DAPI Filter Set	Chroma Technology Corp.	49000
CFP Filter Set	Chroma Technology Corp.	49001
GFP Filter Set	Chroma Technology Corp.	49020
YFP Filter Set	Chroma Technology Corp.	49003
Custom yellow (ELF 97) Filter Set	Chroma Technology Corp.	custom; HQ409sp, HQ555/30m, 425dxcr
TRITC Filter Set	Chroma Technology Corp.	49004
Cy5 Filter Set	Chroma Technology Corp.	49009
CryoJane Tape Transfer System	Electron Microscopy Sciences	62800-10	Multiple suppliers available.
CryoJane Tape Windows	Electron Microscopy Sciences	62800-72	Multiple suppliers available.
CryoJane Adhesive Slides	Electron Microscopy Sciences	62800-4X	Multiple suppliers available.