Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Representative Results
Discussion
Acknowledgements
Materials
References
Immunology and Infection
A macrofoam based sampling methodology was developed and evaluated for the detection and quantification of norovirus on environmental hard surfaces.
Menneskelige norovira er en førende årsag til epidemien og sporadisk gastroenteritis verdensplan. Fordi de fleste infektioner enten spredes direkte via den person-til-person rute eller indirekte via miljøet overflader eller mad, forurenede fomites og døde overflader er vigtige køretøjer til spredning af virus under norovirus udbrud.
Vi udviklede og evaluerede en protokol ved hjælp makroskum svaberprøver til påvisning og typning af menneskelige norovira fra hårde overflader. Sammenlignet med fiber-tippes podninger eller antistatiske klude, makroskum svaberprøver tillader virus recovery (interval 1,2-33,6%) fra toilet sæde overflader på op til 700 cm2. Protokollen omfatter trin til udvinding af virus fra podninger og yderligere koncentrering af det virale RNA ved anvendelse af spin-søjler. I alt 127 (58,5%) af 217 podninger prøver, der var blevet indsamlet fra overflader i krydstogtskibe og langtidspleje faciliteter, hvor norovirus gastroenteritis havde væretrapporteret testet positiv for GII norovirus ved RT-qPCR. Af disse 29 (22,8%) kunne med held genotype. Konklusionen er, påvisning af norovirus på miljømæssige overflader ved hjælp af den protokol, vi udviklede, kan hjælpe med at bestemme niveauet af miljøforurening under udbrud samt påvisning af virus, når kliniske prøver ikke er tilgængelige; Det kan også lette overvågningen af effektiviteten af oprydningsstrategierne.
Menneskelige norovira er en førende årsag til epidemien og sporadisk akut gastroenteritis verdensplan 1, 2, 3. Den virus er ekstremt smitsom og transmission sker gennem direkte person til person interaktion eller indirekte via kontakt med forurenet mad, vand eller miljømæssige overflader. Norovira kan kaste i længere perioder og langvarig overlevelse af virus på miljø overflader er dokumenteret 1, 2, 3. Under spidsbelastning udgydelse, milliarder af viruspartikler frigøres per....
1. Swab Prøveudtagning i Field
Figur 1 viser et flowchart af protokollen vatpind prøvetagning. Denne protokol består af fire hovedtrin; 1) prøvetagning, 2) Opbevaring og transport, 3) viral RNA oprensning og koncentration og 4) RT-qPCR assay og genotypebestemmelse.
Figur 1: Flowdiagram af den endelige protokol for overflade prøvetagning af norovirus miljømæ.......
Norovira har en menneskelig infektiøs dosis 50% mellem 18 og 10 3 viruspartikler 20. Derfor kan endda forurening af overflader på lavt niveau udgør en risiko for folkesundheden. Flere aspekter af protokollen svaber prøvetagning blev evalueret, herunder: 1) forskellige podninger materialer, 2) opbevaring tilstand svaberprøver under transport, 3) viral RNA-koncentrationen, og 4) colifag MS2 som intern udvinding kontrol.
Indtil for nylig havde kun udføre.......
Name | Company | Catalog Number | Comments | |
Generic name for kits | ||||
Macrofoam swab | Premoistened EnviroMax Swab kit | Puritan | 2588060PFUW | |
RNA Lysis buffer | CDC UNEX buffer | Microbiologics | Cat No MR0501 | |
RNA extraction spin column | Midi column | Omega Biotek | Cat No R6664-02 | |
RNA purification spin column | Zymol RNA Clean and Concentrator kit | Zymo Research | Cat No R1016 | |
Real time RT-PCR kit | AgPath kit One-Step RT-PCR Kit | Life Technologies | Cat No 4387391 | |
Conventional RT-PCR kit | Qiagen one step RT-PCR kit | Qiagen kit | Cat No 210212 | |
Gel extraction kit | Qiagen QIAquick gel extraction kit | Qiagen kit | Cat No 28704 or 28706 | |
Coliphage MS2 | ATCC | Cat No 15597-B1 | ||
RNA run-off transcripts | Bacteriophage MS2 (ATCC No. 15597-B1) can be cultivated using Escherichia coli (E.coli) Famp (ATCC No. 700891). | |||
Realtime PCR platform | Applied Biosystems | Model ABI 7500 | GI and GII RNA run off transcripts were quantified spectrophotometrically at A260, diluted in diethyl pyrocarbonate-treated water to 1 × 106 copies/ μl, and stored at −80°C with 1.0 U /μl RNasin (Promega, Madison, WI). | |
Optical 96-well reaction plate | Thermo Scientific | Cat No 4316813 | ||
MicroAmp Clear Adhesive Film | Thermo Scientific | Cat No 4306311 |
ABOUT JoVE
Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved