Yaşlı Hücre akıbet tarafından Maya Kronolojik Ömrü miktarının

Özet

Maya Kronolojik yaşlanma, sabit faz zaman ile ilişkili hücre canlılığı kaybı anlamına gelmektedir. Burada maya kronolojik ömrü kantitatif olarak belirlenmesi için yüksek verimli bir yöntem açıklanmaktadır.

Özet

Maya

Protokol

Bölüm 1: yaşlanma kültürlerin Hazırlık

1. YEPD agar plakları üzerine donmuş stokları (% 1 maya özü,% 2 bacto-pepton,% 2 agar,% 2 glukoz) faiz Streak suşları.
2. 30 ˚ C'de 48 saat veya tek koloniler görünene kadar hücrelerin inkübe edin.
3. 5 ml (% 1 maya özü,% 2 bacto-pepton,% 2 glukoz) test tüplerinde YEPD sıvı ortamın içine tek koloniler ve inokülasyon seçin.
4. Grow 30 geceleme kültürleri ˚ C çalkalayıcı veya rulo davul kullanarak sürekli ajitasyon korurken.
5. 50 mcL gecelik kültür sentetik tam (SC) orta (Tablo 1) 5 ml inoküle edin. Genellikle üç SC kültürler incelendiğinde her bir suş için üç nüsha ömrü analiz biyolojik çoğaltma sağlamak için her bir suş için hazırlanmıştır.
6. 30 kültürlerin koruyun ˚ C (genellikle 2 veya daha fazla hafta) tüm deney için silindir tambur üzerinde sabit ajitasyon.

Bölüm 2: bir canlılığı yaş noktası alarak

SC medya kültürünün iki gün sonra, hücreler sabit faz olmalı ve ilk yaş noktası alınacak hazırdır. Daha sonraki yaş-iki hafta en az 2-3 gün her gün alınmalıdır. Her yaş noktası için:

1. YEPD 145 mcL her kuyu doldurarak aşılama için Bioscreen 100-iyi Petek tabak hazırlayın. Sadece veri analizi için hiçbir hücre sonra YEPD ve en az bir sıra dolu bıraktığınızdan emin olun.
2. Inkübatör yaşlanma kültürler çıkarın.
3. Kısaca vorteks kültürünün herhangi bir dökmemeye dikkat ederek, Petek plaka inoküle ilk kültür.
4. Karışık kültür 5 mcL çıkarın ve Petek plaka ilk kuyuya pipetle. 5 mcL kısım çıkarmadan önce ve sonra her bir test tüpünde ağız Alev.
5. Her yaşlanma kültür her kültüre uygun iyi bir konuma dikkat emin olmak için bu yordamı tekrarlayın. Özdeş iyi pozisyonlar tüm deney boyunca nokta sonraki her yaş için kullanılmalıdır.
6. 30 ˚ C inkübatör içine kültürleri aşılar bittiğinde değiştirin.

Bölüm 3: Bioscreen C MBR makine yükleme

1. Inkübatör bölmesi kapağı kaldırarak teşhir etmek ve örnek tepsisi kapağı çıkarın.
2. Yeni inoküle Petek plaka örnek tepsi (tek bir plaka okuma, soldaki yuvanın) içine yerleştirin.
3. Örnek tepsi kapağını değiştirin ve inkübatör bölmesi kapağı düşük.
4. Isı transfer akışkanı minimum dolum seviyesi üzerinde olduğundan emin olmak için kontrol edin. Düşük, sağlanan ısı transferi sıvısı ile 1000 mcL pipet kullanarak daha fazla eklemek.
5. "EZExperiment" Bioscreen yazılım kullanarak, Saccharomyces cerevisiae için uygun büyüme eğrileri elde etmek için aşağıdaki parametreleri ayarlayın:
   • Numune sayısı: medya ya da 200 kuyu sayısını girin
   • Filtre: 420-580nm, Geniş Bant
   • Sıcaklık: 30 ˚ C
   • Deneme Uzunluğu: 1 Gün, 0 saat, 0 saniye
   • Ölçüm Aralığı: 30 dakika
   • Çalkalamalı, Sürekli sallayarak, Yüksek
6. Okuma başlamak için "Başlat" düğmesini tıklayın.

Bölüm 4: Veri Analizi

Genellikle iki hafta boyunca, altı yaş noktaları alınır. Gün 2, 4, 6, 9, 11 ve 13 yaş noktaları alınır. Deneysel tasarım ve test edilen suşların bağlı olarak, yaş puan daha fazla veya daha az sıklıkla veya 2 haftadan daha uzun süre almak için istenebilir. Bu veri analizi çok daha kolay hale getirecek her yaşlanma kültür, her yaş noktada aynı iyi konumuna karşılık geldiği gibi, her yaş noktası için aynı sırayla Petek plaka yüklemek için önemlidir.

1. Bioscreen C MBR makineden çıktı dosyalarını alın. "EZExperiment" yazılım, Microsoft Excel gibi diğer yazılımları ile uyumlu bir sekme ile sınırlandırılmış dosya olarak Bioscreen veri çıkışı. Ilk sütun gösterir OD ölçümü ne zaman Bioscreen Petek levhalar (Şekil 1) Her iyi temsil sonraki sütunlar, deney sırasında çekildi.
2. Her sütundaki ilk OD okuma silin. Bu okuma "gürültü".
3. Her sütunun tüm OD değerleri yalnız YEPD iyi OD değeri çıkarılarak veri Normale. Bu medya tarafından arka plan absorbans kaldırır.
4. Akıbet eğrileri çizilir. Eğrileri, yaş bir fonksiyonu (Şekil 2) olarak kayacak. Örneğin, altı kez puan üzerinden sütun 1 (Petek plaka 1) akıbet eğrilerinin çizilmesi, zamanla eğrilerin ayrı bir sağa kayma var.
5. Her gün 2 yaş noktası büyüme kinetiği dayalı katlama süresi (δ) hesaplayın. Denklemin iki katına zaman hesaplamak için kullanılan as:
   
   OD ₁ ve OD ₂ ardışık OD ölçümleri ve t ₁ ve t ₂ ölçümler arasındaki zaman temsil nerede. 0,5 OD değerleri arasında 0.2 kat, sadece iki katına hesaplayın. Bu değerlerin ortalaması çok iyi iki katına zaman. 0,5 OD değerleri arasında 0.2 kat, sadece iki katına hesaplayın. Bu değerlerin ortalaması çok iyi iki katına zaman. Çoğu yabani tip maya suşları iki katına çıkma süresi 85 ila 90 dakika arasında bir değer vermek gerekir.
6. Her yaş noktası için, yaş başlangıç ​​noktası (2 gün) göre akıbet virajlarda zaman kaydırma (¨ t) hesaplar. Bunu yapmanın kolay bir yolu, yaş noktası ilk ve sonraki her yaş noktası arasındaki 0.3 OD ulaşmak için her bir kuyu için aldı süresini farkı belirlemek için. Ln karşılık gelen lineer regresyon denklemini (OD) belirli bir sıra 0.3 OD ulaştığı zaman, iki zaman noktaları braketi OD = 0.3 arasındaki zamanın bir fonksiyonu olarak hesaplanabilir.
7. Sağkalım eğrisi Şekil 3. üretmek için her yaş noktası hayatta kesir hesapla. % 100 canlılığı ilk yaş noktası (2 gün) tanımlayın. Birbirini izleyen her yaş noktası için denklem kullanılarak yüzde hayatta kalma hesaplayın:
   
   s _n hayatta kalma yüzdesi, ¨ _t n zaman kaydırma ve _δ n katlama süresi .
8. Yaş bir fonksiyonu olarak canlı hücrelerin fraksiyonu (veya yüzde) planlamakla sağkalım eğrileri (Şekil 3B) olarak her iyi (veya çoğaltmak kuyu) için istenen oluşturun.
9. Her bir kuyu için hayatta kalma ayrılmaz (SI) hesaplayın. SI hayatta kalma eğrisi altında kalan alan olarak tanımlanır ve formül ile tahmin edilebilir:
   
   nerede yaş _n yaş noktası (örneğin 2, 4, 6, 9, 11, ve 13) ve s _n bu yaş noktada hayatta kalma değerdir .
10. SI ve sağkalım verileri çoğaltmak kuyuların istatistiksel parametreler belirleyin. Ortak ilgi istatistiksel parametreleri ortalama, medyan, ve her set biyolojik çoğaltır için varyans içerir. Bir t-testi ya da benzeri analiz SI farklı deney ve kontrol grupları için ikili karşılaştırma için kullanılabilir. Aynı zamanda biyolojik çoğaltır ortalama 4,8 olarak açıklanan sağkalım eğrileri oluşturmak için istenebilir.

Bölüm 5: Temsilci sonuçları

Deney bitiminde, birkaç farklı suşları veya koşullar için kronolojik yaşlanma potansiyelini belirlemek için yeterli sağkalım eğrisi ve yapılan veri analizi çizilen olacaktır. Eğer düzgün bir şekilde gerçekleştirilir, Bioscreen C MBR makine elde edilen büyüme eğrileri Şekil 2'de gösterildiği gibi benzer görünmelidir ve sağkalım eğrileri Şekil 3'te gösterildiği gibi olmalıdır. Genel olarak, burada açıklanan koşullar altında kültür yabani tip hücrelerin 7 gün sipariş üzerine medyan kronolojik ömrü olacak. Farklı suşları ve% 0.05 glukoz medya büyüme gibi bazı koşullar altında hayatta kalma arasında önemli farklılıklar görülmektedir, medyan sağkalım 30 gün aşabilir.

Bioscreen programı "EZExperiment" Şekil 1. Veri çıkışı. Sütun absorbans okuma alındığı zaman görüntüler. Ardışık sütunlar yaşlanma kültürleri alınan hücreleri ile inoküle Petek plaka kuyulardan temsil eder.

Şekil 2 bir deney boyunca tek bir biyolojik çoğaltıldıktan sonucudur eğrileri. Yaşlanma kültür hücreleri canlılığını kaybettiği zamanla eğrileri belirgin bir değişim vardır. Başlangıç ​​noktası (2 gün) ve ardışık bir zaman noktası arasındaki zaman uzunluğu, o belirli bir yaşta canlılığı belirler.

Şekil 3. A) Şekil 1 akıbet verileri kullanılarak oluşturulan bir sağkalım eğrisi. Gün 2 zaman noktası% 100 canlılığı noktası olarak ayarlanır. B) iki suşunun Nihai sağkalım eğrileri aynı deneyi test. Bu sağkalım eğrileri, biyolojik ve her bir suş için çoğaltır üç ortalama canlılığı temsil eder. Hata çubukları biyolojik çoğaltır içinde standart sapmasını temsil eder. Sağkalım eğrisi altında gölgeli alanda 1 suşu için hayatta kalma ayrılmaz (SI) temsil eder.

Tablo 1. Kronolojik Yaşlanma Araştırmaları kullanılır Sentetik Tanımlı Orta (suşu background BY4743)
Bileşen	Konsantrasyon (g / L)
D-glukoz	20
Maya azot taban (-AA/AS)	1,7
(NH 4) 2 SO 4	5,0
Adenin	0,04
L-Arginin	0,02
L-Aspartik asit	0,1
L-Glutamik asit	0,1
L-Histidin	0,1
L-Leucine	0,3
L-Lizin	0,03
L-Methionine	0,02
L-Fenilalanin	0,05
L-Serine	0,375
L-Threonine	0,2
L-Triptofan	0,04
L-Tyrosine	0,03
L-Valin	0,15
Urasil	0,1

Not: Bu tarif diploid BY4743 suşu auxotrophies için hesaplar. Amino asit auxotrophies sentetik tam orta 5X bir final konsantrasyon ekleyerek telafi edilmelidir.

Tartışmalar

Burada açıklanan yüksek verim kronolojik ömrü tahlil, yaşlanma, yüksek doğruluk ve hassasiyet ile suşlarının çok sayıda potansiyel ölçülmesi için etkili bir yöntemdir. Bu yöntemin birincil önceden koloni oluşturan birim (örneğin ³ görmek) sayarak hayatta kalma belirlenmesi için klasik yöntemleri üzerinde, yüksek çözünürlüklü büyüme eğrileri elde etmek için bu Bioscreen C MBR makine olarak bir çalkalayıcı / inkübatör / plaka okuma cihazı kullanımı Her yaş noktası...

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
Bacto Peptone	Reagent	BD Biosciences	211677
Bacto Yeast Extract	Reagent	BD Biosciences	288620
Difco Agar	Reagent	BD Biosciences	214530
Yeast Nitrogen Base w/o A.A. and A.S.	Reagent	MidSci	J630-500G
Amino Acids	Reagent	Sigma-Aldrich
Ammonium Sulfate	Reagent	Spectrum	AM185
Dextrose	Reagent	Fisher Scientific	D16-10
Bioscreen C MBR machine	Tool	Growth Curves USA	5101370
Bioscreen 100-well Honeycomb plate	Tool	Growth Curves USA	9502550