Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Tarla lokasyonlarında yakalanan vahşi hayvanların izole mitokondrilerindeki solunum hızlarını ölçmek için mobil bir laboratuvar tasarladık ve inşa ettik. Burada, mobil bir mitokondriyal laboratuvarın tasarımını ve donanımını ve ilgili laboratuvar protokollerini açıklıyoruz.
Mitokondriyal enerji, hayvan biyokimyası ve fizyolojisinde merkezi bir temadır ve araştırmacılar metabolik kapasiteyi araştırmak için mitokondriyal solunumu bir metrik olarak kullanırlar. Mitokondriyal solunum önlemlerini elde etmek için taze biyolojik numuneler kullanılmalı ve tüm laboratuvar prosedürü yaklaşık 2 saat içinde tamamlanmalıdır. Ayrıca, bu laboratuvar tahlillerini gerçekleştirmek için çok sayıda özel ekipman gereklidir. Bu, fizyoloji laboratuvarlarından uzakta yaşayan vahşi hayvanların dokularında mitokondriyal solunumun ölçülmesi için bir zorluk yaratır, çünkü canlı doku sahada toplandıktan sonra çok uzun süre korunamaz. Ayrıca, canlı hayvanların uzun mesafelerde taşınması, mitokondriyal enerjileri değiştirebilen strese neden olur.
Bu el yazması, sahaya götürülebilen ve vahşi hayvanlardan toplanan dokulardaki mitokondriyal metabolizmayı ölçmek için yerinde kullanılabilen mobil bir mitokondriyal fizyoloji laboratuvarı olan Auburn Üniversitesi (AU) MitoMobile'ı tanıtmaktadır. Mobil laboratuvarın temel özellikleri ve izole mitokondriyal solunum hızlarını ölçmek için adım adım yöntemler sunulmaktadır. Ek olarak, sunulan veriler, mobil mitokondriyal fizyoloji laboratuvarının donatılmasının ve mitokondriyal solunum ölçümlerinin yapılmasının başarısını doğrulamaktadır. Mobil laboratuvarın yeniliği, sahaya gitme ve sahada yakalanan hayvanların dokuları üzerinde mitokondriyal ölçümler yapma yeteneğinde yatmaktadır.
Bugüne kadar, mitokondriyal enerjileri ölçmek için tasarlanan çalışmalar, bilim adamlarının göç, dalış ve kış uykusu gibi faaliyetler sırasında hayvanlardan toplanan dokularda mitokondriyal biyoenerjetik çalışmalar yapmasını engelleyen laboratuvar hayvanları veya yerleşik fizyoloji laboratuvarlarının yakınında yakalanan hayvanlarla sınırlıydı 1,2,3,4,5,6 . Birçok araştırmacı yabani hayvanların bazal ve pik metabolizma hızlarını ve günlük enerji harcamalarını başarılı bir şekilde ölçmüşolsa da 7,8, araştırmacıların mitokondri performansını ölçme kapasitesi sınırlı kalmıştır (ancak bkz. 1,4,9). Bu kısmen, mitokondriyi izole etmek için taze dokuya ve taze dokuyu elde ettikten yaklaşık 2 saat sonra izolasyonları gerçekleştirmek için bir laboratuvar tesisine ihtiyaç duyulmasından kaynaklanmaktadır. Mitokondri izole edildikten sonra, mitokondriyal solunum ölçümleri de ~ 1 saat içinde tamamlanmalıdır.
İzole mitokondriyal solunum hızları genellikle bir Clark elektroduna bağlı kapalı bir kapta oksijen konsantrasyonunun ölçülmesiyle gerçekleştirilir. Bu yöntemin arkasındaki teori, oksidatif fosforilasyon sırasında oksijenin mitokondriyal solunumun son elektron alıcısı olduğu temel gözlemine dayanmaktadır. Bu nedenle, bir deney sırasında oksijen konsantrasyonu düştüğünde, adenozin trifosfat (ATP) üretiminin gerçekleştiği varsayılmaktadır10. Tüketilen oksijen, üretilen ATP için bir vekildir. Araştırmacılar, farklı substratlar kullanarak spesifik deneysel koşullar oluşturabilir ve odaya önceden belirlenmiş miktarlarda ADP ekleyerek adenozin difosfat (ADP) ile uyarılan solunumu (durum 3) başlatabilir. Eksojen ADP'nin ATP'ye fosforilasyonunu takiben, oksijen tüketim oranı azalır ve durum 4'e ulaşılır ve ölçülebilir. Ayrıca, spesifik inhibitörlerin eklenmesi, kaçak solunum ve bağlanmamış solunum ile ilgili bilgilerin elde edilmesini sağlar10. Durum 3'ün durum 4'e oranı, genel mitokondriyal eşleşmenin göstergesi olan solunum kontrol oranını (RCR)belirler 10,11. Daha düşük RCR değerleri genel mitokondriyal disfonksiyonu gösterirken, daha yüksek RCR değerleri daha büyük ölçüde mitokondriyal eşleşme10 olduğunu göstermektedir.
Daha önce belirtildiği gibi, biyolojik materyalin toplanması, mitokondriyal izolasyon ve solunum hızlarının ölçümü, doku elde edildikten sonraki 2 saat içinde tamamlanmalıdır. Hayvanları uzun mesafelerde kurulu laboratuvarlara taşımadan bu görevi yerine getirmek için, bu verilerin toplanabileceği saha konumlarına götürülmek üzere mobil bir mitokondriyal fizyoloji laboratuvarı inşa edildi. 2018 Jayco Redhawk eğlence aracı, mobil bir moleküler fizyoloji laboratuvarına dönüştürüldü ve Auburn Üniversitesi (AU) MitoMobile olarak adlandırıldı (Şekil 1A). Ankastre buzdolabı, derin dondurucu, su depolama tankı ve sıhhi tesisat, 12 voltluk pillerle çalışan elektrik, gaz jeneratörü, propan tankı ve otomatik tesviye sistemi nedeniyle bir eğlence aracı seçildi. Ayrıca, eğlence aracı, veri toplama için gece boyunca uzak sitelerde kalma yeteneği sağlar. Aracın ön kısmı değiştirilmemiştir ve sürüş ve uyku alanlarını sağlar (Şekil 1B). Aracın arkasına ve set üstü ocakta daha önce kurulmuş yatak odası olanakları (yatak, TV ve dolap) kaldırıldı.
Yatak odası malzemeleri ve set üstü ocak yerine özel yapım paslanmaz çelik raflar ve 80/20 alüminyum çerçeve ile desteklenen özel bir kuvars tezgah yerleştirildi (Şekil 1C). Laboratuvar tezgahları veri toplama için yeterli alan sağlar (Şekil 1D). Her bir ekipmanın (yani soğutmalı santrifüj, mitokondriyal solunum odaları, plaka okuyucular, bilgisayarlar, homojenizatörler, teraziler, taşınabilir ultra dondurucu ve diğer genel laboratuvar malzemeleri) güç tüketimi dikkate alınmıştır. Santrifüjün büyük voltaj ve akım taleplerini desteklemek için, elektrik sistemi uçak sınıfı ekipmanınkine yükseltildi. Aracın arkasındaki harici bir bölme, Amerika Birleşik Devletleri Ulaştırma Bakanlığı'nın sıvı nitrojen depolama ve taşıma yönergelerini karşılayan bir sıvı nitrojen depolama bölmesine dönüştürüldü. Bu depolama ünitesi paslanmaz çelikten yapılmıştır ve genişleyen nitrojen gazının aracın yolcu bölmesine sızmasını önlemek için uygun havalandırmaya sahiptir.
Mobil laboratuvarın mitokondriyal biyoenerjetik çalışmalarda kullanılabileceğini doğrulamak için mitokondri izole edildi ve yabani kaynaklı ev farelerinden (Mus musculus) arka bacak iskelet kasından mitokondriyal solunum hızları ölçüldü. Mus musculus model bir organizma olduğu için bu türün mitokondriyal solunum hızları iyi bilinmektedir12,13,14. Önceki çalışmalarda diferansiyel santrifüjleme yoluyla mitokondriyal izolasyonbelgelenmiş olsa da 15,16,17, mobil mitokondriyal fizyoloji laboratuvar yöntemlerinde kullanılan yöntemlere kısa bir genel bakış aşağıda açıklanmıştır.
Aşağıdaki bölümlerde mitokondriyal laboratuvar yöntemleri açıklanmaktadır. Tüm hayvan taşıma ve doku toplama prosedürleri Auburn Üniversitesi Kurumsal Hayvan Bakımı ve Kullanımı Komitesi (#2019-3582) tarafından onaylanmıştır.
1. Veri toplama için kullanılan tamponların açıklaması
NOT: Bu tamponlar sabit bir laboratuvarda hazırlanabilir ve saha gezisinden önce mobil laboratuvara taşınabilir (aşağıda aksi belirtilmedikçe).
2. Mitokondriyal izolasyonun gerçekleştirilmesi (Şekil 2)
NOT: Mitokondriyal izolasyon ve mitokondriyal solunum ölçümleri mobil laboratuvarın laboratuvar tezgah alanında yapılmakta olup, aksi belirtilmedikçe tüm solüsyonlar 4 °C'de tutulmalıdır.
3. Mitokondriyal solunum ölçümleri (Şekil 3)
Bu makale, gezici bir mitokondriyal fizyoloji laboratuvarında yabani kaynaklı Mus musculus'un (n = 7, erkek = 5, kadın = 2; yaş = 1.30 ± 0.2 yıl) mitokondriyal solunumunu araştırdı (Şekil 1). İskelet kası mitokondriyal solunumunu ölçmek için mitokondriyal izolasyon için tüm arka bacak, dolayısıyla aerobik ve anaerobik kas kullanıldı (Şekil 2). Ham mitokondriyal solunum verilerinin örnekleri Şekil 3'te
Mobil mitokondriyal fizyoloji laboratuvarı, araştırmacıların mitokondriyi izole etmelerini ve uzak saha sahalarında doku toplandıktan sonraki 2 saat içinde mitokondriyal solunum hızlarını ölçmelerini sağlar. Burada sunulan sonuçlar, AU MitoMobile'da yapılan mitokondriyal solunum ölçümlerinin bir üniversite araştırma laboratuvarında yapılan ölçümlerle karşılaştırılabilir olduğunu göstermektedir. Spesifik olarak, burada sunulan yabani kaynaklı Mus musculus için durum 3, durum 4 ...
Yazarların beyan edecek herhangi bir çıkar çatışması yoktur.
Yazarlar, Auburn Üniversitesi Samuel Ginn Mühendislik Fakültesi Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği bölümünden Mark Nelms ve John Tennant'a AU MitoMobile'ın yapısal ve elektrik donanımına yardımcı oldukları için teşekkür ediyor. Ek olarak, yazarlar AU MitoMobile'ı donatmak için fon sağladığını ve Auburn Üniversitesi Başkanlık Disiplinlerarası Araştırma Ödülleri (PAIR) hibesinden araştırma yaptığını kabul ediyor.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1.7 mL centrifuge tubes | VWR | 87003-294 | |
2.0 mL centrifuge tubes | VWR | 87003-298 | |
50 mL centrifuge tubes | VWR | 21009-681 | Nalgene Oak Ridge Centrifuge Tube |
ADP | VWR | 97061-104 | |
ATP | VWR | 700009-070 | |
Bradford | VWR | 7065-020 | |
Clear 96 well plate | VWR | 82050-760 | Greiner Bio-One |
Dounce homogenizer | VWR | 22877-284 | Corning |
EGTA | VWR | EM-4100 | |
Filter paper | Included with Hansatech OxyGraph | ||
Free-fatty acid BSA | VWR | 89423-672 | |
Glucose | VWR | BDH8005-500G | |
Glutamate | VWR | A12919 | |
Hamilton Syringes | VWR | 60373-985 | Gaslight 1700 Series Syringes |
Hansatech OxyGraph | Hansatech Instruments Ltd | No Catalog Number, but can be found under Products --> Electrode Control Units | |
KH2PO4 | VWR | 97062-350 | |
Malate | VWR | 97062-140 | |
Mannitol | VWR | 97061-052 | |
Membrane | Included with Hansatech OxyGraph | ||
MgCl2 | VWR | 97063-152 | |
MOPS | VWR | 80503-004 | |
Policeman | VWR | 470104-462 | |
Polytron | Thomas Scientific | 11090044 | |
Potassium chloride (KCl) | VWR | 97061-566 | |
Protease | VWR | 97062-366 | Trypsin is commonly used; however, other proteases can be used. |
Pyruvic acid | VWR | 97061-448 | |
Sodium Dithionite | VWR | AA33381-22 | |
Succinate | VWR | 89230-086 | |
Sucrose | VWR | BDH0308-500G | |
Tris-Base | VWR | 97061-794 | |
Tris-HCl | VWR | 97061-258 |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır