Kafa plakasını ve fişi implante ettikten sonra, hayvanı kafa plakası ile dönen bir koşu bandına sabitleyin. Koşu bandını iki fotonlu mikroskobun altına yerleştirin ve yüksekliği uygun bir konuma ayarlayın. Görsel stimülasyon için monitörden ışık kirlenmesini önlemek için objektif ile kafa plakası arasına siyah bir alüminyum koni yerleştirin.
İki fotonlu görüntüleme yapmak için, numune düzlemindeki lazer gücünü 20 ila 80 miliwatt arasında ayarlayın. Piksel başına 2,4 mikrometre uzamsal çözünürlük ve 350 mikrometre derinliğe kadar görüntü nöral aktivitesi ile 4,8 hertz'de 600 x 600 mikrometre görüş alanını tarayın. Döner kodlayıcı kullanarak, farenin koşu bandındaki hareketini kaydedin.
Göz bebeği boyutunu ve konumunu kaydetmek için 50 milimetre lensli bir kamera kullanın. Son olarak, stimülasyon bilgisayarı tarafından gönderilen tetikleyicileri kaydederek bu kayıtları ve görüntü alımlarını görsel stimülasyonla senkronize edin. Vahşi tip bir fareden alınan SC nöronlarının kalsiyum yanıtları ve görüntüler boyunca floresanın standart sapma izdüşümü sunulmaktadır.