Çapraz deney karşılaştırmaları için hücre döngüsü senkron modelinin karakterizleştirici kaybı kullanılarak senkronize zaman serisi verilerinin hizalanması

Zaman serisi deneylerini analiz etmenin en büyük zorluğu, senkronizasyondan ve hücre döngüsü periyodundan iyileşme uzunluğunda genellikle farklılık göstermeleridir. Bu nedenle, farklı deneylerden elde edilen ölçümler, hizalama olmadan toplu olarak kolayca karşılaştırılamaz veya analiz edilemez. Saatlerin yaşam çizgisi hizalaması, deneyler arasında faza özgü ve biyolojik olarak ilgili karşılaştırmalar yapmak ve her ikisi de daha önce zor veya imkansız olan çoklu çoğaltma deneylerini toplamak için kullanılan bir yöntemdir.

Daha önce faza özgü ve biyolojik olarak ilgili karşılaştırmalar, dönüm noktası olaylarını izleyerek yapıldı. Bununla birlikte, bu geçici yöntemleri kullanarak, ince ama önemli farklılıklar tespit edilmeden kalır. Zaman serisi deneyleri arasındaki karşılaştırma, mutant popülasyonlarda veya senkronizasyon iyileşme süresini veya hücre döngüsü periyodunu etkileyen büyüme koşullarında olduğu gibi zamanlamada önemli farklılıklar gösteren deneyler arasında özellikle zordur.

Saatlerin yaşam çizgisi hizalaması, bu durumlarda faza özgü karşılaştırmaya izin verir. Zaman serisi transkriptomik ve proteomik verileri hizalamak için saatler kullandık, bu da mRNA'nın dinamikleri ile karşılık gelen protein arasında doğrudan karşılaştırmaya izin verdi. Ayrıca, zaman serisi deneylerini farklı türler arasında hizalayarak hücre döngüsü evrimsel değişikliklerine kritik bilgiler sağlıyoruz.