Finansman NIH / NIAID hibe RO1-AI-63457 ve arra hibesine ek RO1-AI-63457 S1 tarafından sağlanmıştır. Biz laboratuvar grubu ve işbirlikçilerinin tüm mevcut ve geçmiş üyeleri katkıları kabul etmiş sayılırsınız.

<ol>
	<li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemotherapy+of+leprosy+for+control+programmes.">Chemotherapy of leprosy for control programmes.</a> Technical Report Series. 675, 18-22 (1982).</li><li>Cole, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Massive+gene+decay+in+the+leprosy+bacillus.">Massive gene decay in the leprosy bacillus.</a> Nature. 409, 1007-1011 (2001).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Leproma+Web+Server.">Leproma Web Server.</a> Leproma Web Server [Internet]. , (2004).</li><li>Groathouse, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+Polymorphic+Loci+for+Molecular+Typing+of+Strains+of+Mycobacterium+leprae.">Multiple Polymorphic Loci for Molecular Typing of Strains of Mycobacterium leprae.</a> J. of Clinical Microbiology. 42, 1666-1672 (2004).</li><li>Young, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+Short+Tandem+Repeat+Sequences+to+Study+Mycobacterium+leprae+in+Leprosy+Patients+in+Malawi+and+India.">Use of Short Tandem Repeat Sequences to Study Mycobacterium leprae in Leprosy Patients in Malawi and India.</a> Public Library of Science: Neglected Tropical Diseases. 2, E214-E214 (2008).</li><li>Monot, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Are+Variable-Number+Tandem+Repeats+Appropriate+for+Genotyping+Mycobacterium+leprae.">Are Variable-Number Tandem Repeats Appropriate for Genotyping Mycobacterium leprae.</a> J. of Clinical Microbiology. 46, 2291-2297 (2008).</li><li>Kimura, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Variable+Number+Tandem-Repeat+Genotyping+for+Mycobacterium+leprae+Clinical+Specimens.">Rapid Variable Number Tandem-Repeat Genotyping for Mycobacterium leprae Clinical Specimens.</a> J. of Clinical Microbiology. 47, 1757-1766 (2009).</li><li>Weng, X. i. a. o. m. a. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+Distribution+of+Mycobacterium+leprae+Genotypes+in+a+Region+of+High+Leprosy+Prevalence+in+China:+a+3-Year+Molecular+Epidemiological+Study.">Identification and Distribution of Mycobacterium leprae Genotypes in a Region of High Leprosy Prevalence in China: a 3-Year Molecular Epidemiological Study.</a> J. of Clinical Microbiology. 45, 1728-1734 (2007).</li><li>Weng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transmission+of+leprosy+in+Qiubei+County,+Yunnan,+China:+Insights+from+an+eight+year+molecular+epidemiology+investigation.">Transmission of leprosy in Qiubei County, Yunnan, China: Insights from an eight year molecular epidemiology investigation.</a> Infection, Genetics and Evolution. , (2010).</li><li>Sakamuri, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Population-Based+Molecular+Epidemiology+of+Leprosy+in+Cebu,+Philippines.">Population-Based Molecular Epidemiology of Leprosy in Cebu, Philippines.</a> J. of Clinical Microbiology. 47, 2844-2854 (2009).</li><li>Fontes, A. N. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+diversity+of+Mycobacterium+leprae+isolates+from+Brazilian+leprosy+patients.">Genetic diversity of Mycobacterium leprae isolates from Brazilian leprosy patients.</a> Leprosy Review. 80, 302-315 (2009).</li></ol>

Lepra hastalardan alınan deri örneklerinin toplanması cilt kliniklerinde çalışan yetenekli klinisyenler veya teknisyenler gerektirir. Bu örnekleri ele Laboratuar çalışanları, laboratuvar mont, eldiven ve koruyucu gözlük takın ve enfekte insan veya armadillo doku örnekleri ele alırken bir biyo-güvenlik kabini içinde çalışmak çok dikkat etmelidir. Dezenfeksiyon yüzeyler ve araçları da önemlidir. DNA örnekleri kirlenmesini önlemek için temiz, steril bir biyo-güvenli kabine çalışmak önemlidir. DNA ekstraksiyonu Qiagen gibi şirketlerden ekstraksiyon kitleri geliştirme sayesinde nispeten kolay hale gelmiştir. Yol dikkatle takip edilmelidir. Kullanılmadığı zaman Tüm numuneler soğuk tutulmalıdır. Örnekleri için tekrarlanan, aşırı sıcaklık değişimleri kaçının. Bu çalışmada kullanılan DNA primerleri Bu yazının sonunda literatür referansları listesinde atıf almıştır çeşitli şirketlerden sipariş edilebilir. Kontaminasyonu önlemek için primerler ile DNA özgür bir ortamda çalışması için önlemler alınmalıdır. Astarlar kuru toz olarak gelir ve TE ile karıştırılır ve bir 100μM konsantrasyona seyreltilmelidir, sonra da küçük miktarlarda (Şekil 2a) ayrılır . Astar Çalışma çözümleri 10μM konsantrasyonları daha seyreltilir. Yine, alanları / primerler kullanılır ve hazırlanan davlumbaz DNA örnekleri kullanmayın. PCR ürünleri kullanılmadığı zaman da soğuk muhafaza edilmelidir. % 3 agaroz jel hazırlanması daha iyi DNA bant ayrımı vermek, ama çalıştırmak için uzun sürer. Tamamen niteliksel amaçlar için,% 2 genellikle yeterlidir. Agaroz jel DNA boyama için kullanılan etidyum bromür çözüm son derece aktif genotoxin deri yoluyla emilir. Bu çözüm ve büyük bir özenle ve eldiven giymek için her zaman emin olmak boyanmış jeller taşıyınız. Herhangi bir DNA numune veya etidyum bromür malzemeleri dokunduktan sonra ellerinizi iyice yıkayın. Etidyum bromür boyama çözüm atın, kurumsal kurallarına göre yıkama ve jeller. Jeller rutin olarak gerekli değildir; FLA yöntemleri kurulduktan sonra bu adımı ortadan kaldırılabilir. Zaman ve reaktif alıcıdır. FLA için numune hazırlamada kullanılan formamid çözüm de son derece toksik ve dikkatle ele alınmalıdır. Kendi kullanımdan sonra ellerinizi yıkayınız. Kurumsal yönergeleri izleyerek atın. Tepe Tarayıcı yazılımı kullanarak FLA sonuçları okunması zor olabilir. Allel aramaları (tandem tekrarlar sayısı) bir temel set CSU (Tablo 4-7) geliştirilmiştir. (M. diğer suşları leprae çalışılmaktadır 4-7 Tablolar herşey dahil olmayabilir dikkat edilmelidir. Listelenen aralıkları dışında kopya sayıları ile allel olabilir.) Bir nevi meydan okumadır &#39;kekeme&#39; doruklarına içerir. Bu aileler, özellikle sadece böyle 10 (TA) 2-3 baz çifti tekrarlar içeren Şüpheli İşlem zirvelerinden. Bazen okumak için doğru tepe seçmek zordur (Şekil 7). Bu şekilde, 190 bp pozitif kontrol tepe ana zirve. 2 yüksekliği düşük Peaks, 4, hatta 6 baz çiftinden daha büyük veya daha küçük ana zirve &#39;kekeme doruklarına.&#39; Denir A-atık da karışıklığa neden olabilir. A-atık önceki metin ve Şekil 8&#39;de açıklanmıştır. Son olarak, PCR ürünlerinin örnekleri oldukça bol, zirveleri çift sivri görünebilir. Bu durumda, tepe formu merkezi okuyun. (Bkz: Şekil 6, Hasta 6 ) Veri yönetimi, bu tür çalışma için zorlu bir görev olabilir. Bir görev ya da işlem tarihinden, operatör, şerit / plaka haritalar, FLA siparişleri, PCR koşulları ve yemek tarifleri, jeller ve fotoğraflar tarihleri, depolama sıcaklıkları, DNA örneğinin dilüsyonları, FLA: tüm ilgili gibi tüm deneyler için bilgi kaydetmek için önemlidir. elektronik dosya depolama yerleri, vb İyi organizasyon ve veri yönetimi, gelecekte belirli bilgi parçaları için harcanan zaman saatlerce kaydedebilirsiniz. Burada açıklanan laboratuar çalışması, Colorado State Üniversitesi ve dünyadaki diğer yerlerde birkaç yıldır devam etmektedir. Toplanan verilerin her türlü vasıta ve ileride kullanmak nasıl olabilir ne büyük resim ortaya çıkmaya başlıyor. Şekiller 10A ve 10B bu DNA parmak izi farklı M. ayırt etmek için nasıl kullanılabileceğini göstermek ülkelerde (10A) ve hatta arasında aile (10B) leprae suşları arasında. Aile ve toplum bağlantılı durumlarda M. taşımak için gösterilmiştir. leprae benzer veya aynı VNTR zorlanma türleri. Umut iletim şebekeleri erken bir algılama sistemi, bu insanlar ecek için geliştirilmiş olabilir cüzam iletim modu (ler) böylece daha fazla fikir edinmek mümkün olabilir.t risk ve tedavi edici ilaç tedavisi, kalıcı nörolojik ve dermatolojik hasar yapılmadan önce başlayabilir.

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktifin Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th><th> Yorumlar </th></tr><tr><td> DNeasy Kan ve Doku Seti </td><td> Qiagen </td><td> 69504 </td><td></td></tr><tr><td> Multiplex PCR seti </td><td> Qiagen </td><td> 206143 </td><td></td></tr><tr><td> DNA Astarlar </td><td> Çeşitli </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Agaroz Jel </td><td> Çeşitli </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 5x veya 6x Jel Yükleniyor Tampon </td><td> New England Biolabs </td><td> B7021S </td><td> Kendi * yapmak için kullanılabilir Tarifler </td></tr><tr><td> Ethidium Bromür çözümü </td><td> Çeşitli </td><td></td><td> Con ile seyreltilir. </td></tr><tr><td> Hi-Di Formamide Çözüm </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4311320 </td><td></td></tr><tr><td> Gene Tarama -500 Liz </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4322682 </td><td></td></tr></tbody></table> <a href="http://biowww.net/buffer-reagent/6X-Gel-loading-buffer-bromophenol-blue-sucrose.html">* Http://biowww.net/buffer-reagent/6X-Gel-loading-buffer-bromophenol-blue-sucrose.html</a> <table border="1"><tbody><tr><th> Ekipman </th><th> Yorumlar </th></tr><tr><td> 2 Buzdolapları </td><td> 4 ° C: DNA örnekleri için 1, 1, astar ve Multiplex reaktifler </td></tr><tr><td> 1 adet mikrodalga fırın </td><td> Agaroz ve su jeller yapmak için ısıtma veya uygun bir şekilde </td></tr><tr><td> 1 otoklav </td><td> Malzemelerin sterilizasyon veya düdüklü tencere </td></tr><tr><td> PCR makinesi </td><td> PCR </td></tr><tr><td> 2 takım pipet </td><td> 0.5-10 ul, 10-100 ul, 20-200 ul, astarlar için 1000 ul 1 set, 1 set DNA </td></tr><tr><td> Denizaltı jel elektroforezi kutusu </td><td> Formlar hazırlanması jeller ve taraklar. </td></tr><tr><td> Elektroforez Güç kaynağı </td><td> Jel kutusu bağlantı kabloları ile </td></tr><tr><td> Isı blok </td><td> Eppendorf tüpleri için </td></tr><tr><td> Santrifüj </td><td> Eppendorf tüpleri / şeritler için </td></tr><tr><td> Kapiler elektroforez sistemi (genetik analizör) </td><td> Veya bu analiz, bir kurumun erişim </td></tr><tr><td> Plastik </td><td> Tek kullanımlık aerosol pipet uçları, Eppendorf tüpleri, 8-iyi şeritler, 96-iyi plakaları, optik kalitesi </td></tr><tr><td> İnternet bağlantısı olan bilgisayar </td><td></td></tr></tbody></table>

dna fingerprinting of mycobacterium leprae strains using variable number tandem repeat (vntr) - fragment length analysis (fla)

Cüzam iletim çalışma etkeni bu yana, Mycobacterium leprae, laboratuvar ortamında kültüre edemez özellikle zordur . Bakteriler tek kaynakları cüzzam hastaları ve deneysel olarak enfekte armadillos ve çıplak farelerin. Böylece, modern epidemiyolojisi kullanılan yöntemlerden birçok cüzam çalışma mevcut değildir. Lepra için DSÖ 1 tarafından uygulanan kapsamlı bir küresel uyuşturucu tedavi programına rağmen, cüzzam, yaklaşık 250.000 yeni vaka, her yıl pek çok ülkede endemik olarak kalır. 2 tüm M. leprae (mikro-ve minisatellites olarak da adlandırılır) genom 3,4 eşlenen olmuştur ve birçok lokusların 2 veya daha fazla baz çiftinden segmentleri tekrarlanan olduğu tespit edilmiştir. M. 5 Klinik suşları leprae bu lokuslar birçok tandem tekrarlanan segmentlerinin sayısı (kısa tandem tekrarlar, STR) değişebilir. 5,6,7 Değişken numarası tandem repeat (VNTR) 5 analizi, cüzzam basilinin farklı suşları ayırt etmek için kullanılır olmuştur . Lokusların bazıları diğerlerine göre daha istikrarlı, diğerleri aynı hasta, bazen daha hızlı bir şekilde değiştirmek gibi görünüyor ise, tekrar sayısı daha az varyasyon gösteren görünür. Belirli VNTRs değişkenliği gerginlik yazarak 7,8,9 için uygunluğuna ilişkin sorular getirdi, ortaya çıkan veriler, istikrar içinde farklı birden fazla lokusların, analiz etmek, değerli bir epidemiyolojik araç olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Birden fazla lokus VNTR analizi (MLVA) 10 Çin 11,12, Malavi 8, Filipinler 10,13, 14 ve Brezilya da dahil olmak üzere birçok ülkede cüzzam evrim ve iletim incelemek için kullanılır olmuştur. MLVA birden fazla adım içerir. İlk olarak, bakteriyel DNA klinik biyopsilerin veya yarık cilt smear (SSS) konak doku DNA ile birlikte ayıklanır 10 istenilen lokusların sonra çıkarılan DNA polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile güçlendirilir. 4-5 farklı lokusların için floresan etiketli primerler sonra istenen DNA segmentleri varlığını doğrulamak için 10 PCR ürünleri agaroz jel elektroforezi tabi olabilir. Dört reaksiyon toplam 18 lokusların amplifiye olan, reaksiyon başına kullanılan ve kapiller elektroforez kullanarak floresan parçası uzunluğu analizi (FLA) için sunulmuştur. Armadillo gelen DNA pozitif bir kontrol olarak kullanılan her bir lokus için tekrar kopya sayısı ile bilinen bir bakteri geçişli. FLA kromatogramlar sonra Tepe Tarayıcı yazılımı ve parça uzunluğu VNTR kopya (alleli) sayısı dönüştürülür kullanılarak incelenmektedir. Son olarak, VNTR haplotipleri kalıpları için analiz edilir ve hastanın klinik veriler ile bir araya geldiğinde gerginlik türlerinin dağılımını izlemek için kullanılabilir.

Watch this Scientific Journal Video about DNA Fingerprinting of Mycobacterium leprae Strains Using Variable Number Tandem Repeat VNTR - Fragment Length Analysis FLA at JoVE.com

DNA Fingerprinting of Mycobacterium leprae Strains Using Variable Number Tandem Repeat VNTR - Fragment Length Analysis FLA

Neden Lepra<emLeprae&gt; Mycobacterium</em&gt;, Birçok yerde hala endemiktir. Yayılması ve cüzam iletim modu hakkında bilgi edinmek için, bunu belirlemek için önemlidir suşu<em&gt; M. leprae</em&gt; Bir hasta enfekte. Değişken sayıda tandem tekrarlar (VNTR) yazarak, böyle bir yöntem.

DNA parmak izi<emLeprae> Mycobacterium</emFragment Lenght Analizi (FLA) - Değişken Numarası Tandem Repeat (VNTR)> Suşlarının

The study of the transmission of leprosy is particularly difficult since the causative agent, Mycobacterium leprae, cannot be cultured in the laboratory.  ...

dna-fingerprinting-mycobacterium-leprae-strains-using-variable-number

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

DNA Fingerprinting of Mycobacterium leprae Strains Using Variable Number Tandem Repeat (VNTR) - Fragment Length Analysis (FLA)

26.9K Görüntüleme.  Colorado State University. Neden Lepra Mycobacterium, Birçok yerde hala endemiktir. Yayılması ve cüzam iletim modu hakkında bilgi edinmek için, bunu belirlemek için önemlidir suşu M. leprae Bir hasta enfekte. Değişken sayıda tandem tekrarlar (VNTR) yazarak, böyle bir yöntem.

DNA parmak izi Mycobacterium Suşlarının