Yazarlar Kendrea Focht, CSCD, CCC-SLP ve Voice Evelyn Tramell Enstitüsü kabul ve MBS bu metodolojiyi göstermek için kullanılan görüntüleme dosya paylaşımı için, Güney Carolina Tıp Üniversitesi yutuyor. (PI: Martin Harris) Translational Bilimler ilerlemek için ve Grant Numarası 1K24DC12801 tarafından Ulusal Merkezi&#39;nden: Bu MBS veriler Hibe sayısı TL1TR000061 (Focht PI) tarafından finanse edilen okul dışı destek yoluyla toplanmıştır Sağırlık On Ulusal Enstitüsü ve Diğer İletişim Bozuklukları, ve Mark ve Evelyn Tramell Trust intramural desteği. Sağırlık ve Diğer İletişim Bozuklukları On Ulusal Enstitüsü&#39;nden Grant sayısı F31DC011705 tarafından desteklenen ise bu yöntemler aslında asıl araştırmacı tarafından geliştirilmiştir. Içeriği sadece yazarların sorumluluğundadır ve mutlaka Sağırlık On Ulusal Enstitüsü ve Diğer İletişim Bozuklukları veya Ulusal Sağlık Enstitüleri resmi görüşlerini temsil etmemektedirSağlık.

1.. Bir bilgisayar yapılandırma <ol><li> ImageJ, MacX Video Converter Free Edition (Mac) ve QuickTime (malzeme / teçhizat tabloya bakınız): Macintosh için, aşağıdaki açık kaynak ya da ücretsiz yazılımı indirin. </li><li> ImageJ, MPEG Streamclip (PC) ve QuickTime (malzeme / teçhizat tabloya bakınız): Bir PC için, aşağıdaki açık kaynak ya da ücretsiz yazılımı indirin. </li></ol> 2.. Video klipleri hazırlanması <ol><li> Dosya dönüştürme. ImageJ veri toplama için. Mov içine ham video dosyalarını dönüştürebilirsiniz. Not: Kullanılabilir videolar mandibula, sert damak, C1-C4 vertebra, görüş alanında gırtlak ve yutak içermelidir. ImageJ işleme araçları görüntü kalitesi sorunları artırabilir. <ol><li> Bir PC ile, MPEG Streamclip, &gt;&gt; Dosya aracılığıyla Açık Dosyaları ham. Avi video dosyası yüklemek kullanmak ve istenen klibi seçilmesi. Dosya Seç &gt;&gt; QuickTime İhracat. </li><li> Mac, MacX Video Converter kullanmak ile, &quot;Dosya Ekle&quot; butonuna tıklayınız ve işbirliği için video (lar) seçinnSürüm. Çoklu video bir kez bu uygulamayı kullanarak da dönüştürülebilir. </li><li> Çıktı Ayarları bölümünde, Gözat düğmesini tıklayın ve dönüştürülmüş dosyayı kaydetmek istediğiniz konumu seçin. </li><li> &quot;MOV&quot; sekmesine tıklayın. &quot;Video Settings&quot; bölümünde Çıktı Biçimi MOV olduğundan emin olun. Başlat düğmesini tıklatın. </li></ol></li><li> Düzenleme klip uzunluğu. Bellek ImageJ ile sınırlıdır. Her yutmak, bir dosya yapılmış olması tavsiye edilir. <ol><li> Açık MOV. QuickTime (PC veya Mac) kullanarak adım 2.1 oluşturulan video dosyası. </li><li> Veri toplama sırasında kullanılan MBS protokolü tarafından belirtilen ses kuyruklar veya yutmak dizisi ile 5 ml ince sıvı ve puding yutar belirlemek. </li><li> Düzenle &gt;&gt; Trim seçin ve tüm 5 ml İnce Akışkan yutmak görüntülenmiştir böylece kırparak çubuğunu ayarlayın. Döşeme tıklayın. </li><li> Dosya &gt;&gt; ver&#39;i seçin ve coo için konunun verilerini (cinsiyet, yaş, etiyoloji, bolus tipi) bağlamak için kullanılacak bir dosya adı oluşturmakharitalama sonuçlarını rdinate. </li><li> Puding Kırlangıcın için (veya herhangi diğer ilgi bolus için) tekrarlayın. </li></ol></li></ol> 3.. Görüntüleri De-belirlenmesi <ol><li> Bir dosya herhangi bir kişisel sağlık bilgileri (PHI) içerir ve de-tespit edilmesi gerekiyorsa, Görüntü J kullanarak dosya upload (4,1-4,2 bakınız). </li><li> PHI dışlamak için yutma çalışma çerçeve dikdörtgen aracını kullanın. Resim &gt;&gt; Kırp seçeneğini belirleyin. Sonra Dosya &gt;&gt; Farklı Kaydet &gt;&gt; QuickTime Film. </li><li> Aşağıdaki gibi diyalog kutusunu yapılandırın: Sıkıştırma &gt;&gt; Sorenson 3; Kalite &gt;&gt; Maximum, uygun kare hızı (genellikle 30 fps) girin. </li></ol> 4.. Ölçmek için hazırlanıyor <ol><li> Açık ImageJ. Araç çubuğundaki &quot;&gt;&gt;&quot; simgesine tıklayın. &gt;&gt; Ok Etiketleme Araçlar&#39;ı seçin. </li><li> Görüntü aktarma. QuickTime simgesine tıklayın. Menüsünden açılan &quot;bir yığın olarak aç film&quot; seçeneğini seçin ve düzenlenmiş QuickTime klibi bulun. Image J nedeniyle hafıza limitleri tüm kırlangıç ​​çalışmayı açın (adım 2.2) olmaz. Bellek minimal &gt;&gt; Düzenle seçerek açılabilir Seçenekler &gt;&gt; Bellek ve konu. </li><li> Görüntü kalitesini artırmak için görüntü işleme. Seçin işlem &gt;&gt; Matematik &gt;&gt; ekleyin. Önizleme kutusunu işaretleyin ve istenilen görüntü kalitesine numaralarını ayarlamasını. Görüntülerin tüm yığınını işlemek için evet cevap. </li><li> Ölçümleri ayarlayın. &gt;&gt; ImageJ menüden Set Ölçümleri analiz seçin. Diyalog kutusu işareti &quot;Yığın Pozisyonu&quot; ve &quot;Invert Y koordinatları&quot; de. Başka kaldır şey. </li><li> Araç çubuğundan çoklu aracını seçin. Sırayla anatomik noktalara tıklayınız (5.0 bakınız) </li><li> Çoklu aracını kullanma. <ol><li> Menüsünden veya klavye komutuyla + M (PC&#39;ler için kontrol + M) dan analiz &gt;&gt; Tedbir seçerek tüm noktaları bir ölçüm almak. </li><li> Komutu ile tüm noktaları + A (kontrol + PC&#39;ler için A) sökün. </li><li> O gelerek noktaların tek tek kaldırbir noktaya ver, sonra komut seçeneği tuşlarını basılı tutun ve kaldırılacak noktaya tıklayın. </li><li> , Bir noktanın üzerine gelerek tıklayıp, sürükleyerek ve yeni bir konuma bir noktaya bırakarak tekil noktalarını taşıyın. </li><li> Ok tuşları ile birlikte tüm noktalarını taşıyın. </li></ol></li></ol> 5.. Haritalama Merkezi <ol><li> Öncesi sözlü aşamasında net bir çerçeveye ilk çerçeve ve önceden başlayın. Yutma öncesinde oral taşıma başlamasından dilin ön, üst kenar üzerinde bolus konumunu dikkate alınmalıdır. Ilk dokuz koordinatlarını belirlemek için bu çerçeve kullanın. </li><li> Aşağıdaki anatomik yerlerinden de ilk dokuz koordinatlarını haritaya ImageJ çoklu nokta aracını kullanın (Şekil 3a görmek ve 3b) </li><li> Komut + M tuşları (PC&#39;ler için kontrol + M) kullanılarak ilk dokuz koordinatlarını kaydetmek. </li><li> Hyoid kemik anterior ve superior yönde maksimum konuma ulaşmıştır kadar avans çerçeveleri. Ins çerçeveleri ilerleyen tarafından maksimum onaylayınhyoiddeki ve ure iniş aşağıdaki çerçeve başlar. </li><li> Yeni konumlarına 5 - Puanlar 1 taşınmaya. 10-14 koordinatları gibi bu yeni pozisyonlar kaydedilecektir. </li><li> Sırayla 18 koordinat olur Noktası 9, taşınmaya Not:. Çerçeveleri olasılıkla önümüzdeki iki adım için değişecektir. </li><li> Maksimum laringeal yükseklik gösteren bir kareyi bulmak. 16 ve 17 koordinatları olarak hizmet verecek noktaları 7 ve 8, ayarlayın. </li><li> UES&#39;in maksimum gezi, gelin 6 (15 koordinat) temsil çerçevesi (ler) bulun. Maksimum Hyoid çerçeveden, bolus hipofarenkste UES tarafından engellenmektedir kareyi bulmak. UES azami 18 koordine temsil etmek için minimum çerçeveden UES&#39;in için noktası koordinat ayarlayın. </li><li> Komut + M tuşları (PC&#39;ler için kontrol + M) kullanılarak ikinci dokuz koordinatlarını kaydetmek. </li><li> Koordinatları için 19 ve 20 radyoopak marker en uzun çapı temsil ekseninde skaler kenarlarını (a peni ya da 1.9 cm halkası) işaretleyin. </li><li> Tutanak skaler Komut + M tuşunu kullanarak koordinatlarıs (kontrol + PC&#39;ler için M). </li></ol> 6.. Makro kullanarak ilgi kinematik ölçümleri veri koordinat Transform (bu makro için talimatlar dosyasına dahil edilir) Excel dosyasını etkin Not: makrolar imbedded trigonometrik hesaplamalar kinematik ölçümleri (Şekil 4) hesaplamak. <ol><li> Vallahi makale sayfasında &quot;CoordinateMapping.xlsm&quot; indirin. </li><li> Dosyayı başlatmak için tablo üzerinde yönergeleri izleyin. Sonuçları, veri, ve giriş bilançosu: başlatma Makro üç dahil sayfaları yaratacak. Not: Macintosh kullanıcıları makroları çalıştırmak için Excel&#39;de geliştirici araçlarını etkinleştirmek gerekir. </li><li> Kopya ImageJ sonuçları penceresinden koordinatları ve &quot;giriş sayfasındaki&quot; olarak belirlenen hücre içine yapıştırın. &quot;Datacaptureline&quot; makro çalıştırın. </li><li> Sonuçlar &quot;sonuçları&quot; sayfasında görünecektir. Koordinat verilerinin Lines &quot;veri&quot; sayfasında görünecektir. </li></ol>

<ol>
	<li>Leonard, R. J., Kendall, K. A., McKenzie, S., Gon&#231;alves, M. I., Walker, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+Displacements+in+Normal+Swallowing:+A+Videofluoroscopic+Study.">Structural Displacements in Normal Swallowing: A Videofluoroscopic Study.</a> Dysphagia. 15, 146-152 (2000).</li><li>Molfenter, S. M., Steele, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physiological+Variability+in+the+Deglutition+Literature:+Hyoid+and+Laryngeal+Kinematics.">Physiological Variability in the Deglutition Literature: Hyoid and Laryngeal Kinematics.</a> Dysphagia. 26, 67-74 (2010).</li><li>Pearson, W. G., Hindson, D. F., Langmore, S. E., Zumwalt, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+Swallowing+Muscles+Essential+for+Hyolaryngeal+Elevation+by+Using+Muscle+Functional+Magnetic+Resonance+Imaging.">Evaluating Swallowing Muscles Essential for Hyolaryngeal Elevation by Using Muscle Functional Magnetic Resonance Imaging.</a> International Journal of Radiation Oncology* Biology* Physics. 85, 735-740 (2013).</li><li>Pearson, W. G., Langmore, S. E., Yu, L. B., Zumwalt, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+Analysis+of+Muscles+Elevating+the+Hyolaryngeal+Complex.">Structural Analysis of Muscles Elevating the Hyolaryngeal Complex.</a> Dysphagia. 27, 445-451 (2012).</li><li>Kim, Y., McCullough, G. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maximum+hyoid+displacement+in+normal+swallowing.">Maximum hyoid displacement in normal swallowing.</a> Dysphagia. 23, 274-279 (2008).</li><li>Steele, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+relationship+between+hyoid+and+laryngeal+displacement+and+swallowing+impairment.">The relationship between hyoid and laryngeal displacement and swallowing impairment.</a> Clin. Otolaryngol. 36, 30-36 (2011).</li><li>Logemann, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temporal+and+Biomechanical+Characteristics+of+Oropharyngeal+Swallow+in+Younger+and+Older+Men.">Temporal and Biomechanical Characteristics of Oropharyngeal Swallow in Younger and Older Men.</a> Journal of Speech, Language and Hearing Research. 43, 1264-1274 (2000).</li><li>Pearson, W., Langmore, S., Zumwalt, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+Structural+Properties+of+Suprahyoid+Muscles+and+their+Potential+for+Moving+the+Hyoid.">Evaluating the Structural Properties of Suprahyoid Muscles and their Potential for Moving the Hyoid.</a> Dysphagia. 26, 345-351 (2011).</li><li>Hopkins, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measures+of+reliability+in+sports+medicine+and+science.">Measures of reliability in sports medicine and science.</a> Sports Med. 30, 1-15 (2000).</li><li>Bingjie, L., Zhang, T., Sun, X., Xu, J., Jiang, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+videofluoroscopic+analysis+of+penetration-aspiration+in+post-stroke+patients.">Quantitative videofluoroscopic analysis of penetration-aspiration in post-stroke patients.</a> Neurol. India. 58, 42-47 (2010).</li><li>Webster, M., Sheets, H. D., Alroy, J., Hunt, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+practical+introduction+to+landmark-based+geometric+morphometrics.">A practical introduction to landmark-based geometric morphometrics.</a> Quantitative Methods in Paleobiology. Paleontological Society Papers. 16, 163-188 (2010).</li><li>Inamoto, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+swallowing+using+320-detector-row+multislice+CT.+Part+II:+Kinematic+analysis+of+laryngeal+closure+during+normal+swallowing.">Evaluation of swallowing using 320-detector-row multislice CT. Part II: Kinematic analysis of laryngeal closure during normal swallowing.</a> Dysphagia. 26, 209-217 (2011).</li></ol>

Yazarlar, hiçbir rakip mali çıkarlarını olmadığını beyan ederim.

Bu çalışma, yutma hyolaryngeal hareketin kinematik birden ölçümleri hesaplamak için anatomik yerler koordinat verilerini kullanan bir yöntemin yararını göstermektedir. Koordinatları ve hesaplanan değişkenler için iki acemi gözlemcinin, dahil olmak üzere altı gözlemcinin, Inter-arası güvenilirlik (ICC&gt; 0.90) güçlüydü. Sağlıklı disfajisiz yetişkin rastgele örneklem Temsilcisi sonuçları iki bolus türlerine karşılık çeşitli kinematik değişkenleri farklılıklar gösterdi. Biz de hy...

Yutma yutak faz hava yolunu korurken, yemek borusu içine, ağız boşluğu bir bolus aktarmak için yirmi kas ve birden fazla iskelet elemanları içeren karmaşık bir süreçtir. Yutak daralma, hyolaryngeal kompleksin elemanlarını (dil kemiği, gırtlak ve üst özofagus sfinkter de dahil olmak üzere ilişkili yapıları) önce gelen bir sindirim sistemi bir solunum kanalı dönüştürmek için yer değiştirir. Gırtlak öne uzaklıkta yaklaşan bolusun yörünge re-bulunur, ve üst özofagus sfinkter açık gerilir. (Ayrıca bir MBS olarak bilinen ya da baryum Swallow Çalışmaları Modifiye) Video floroskopi yutma çalışmalardan alınan kinematik ölçümler hyolaryngeal kompleksinin 1 birden hareketlerini ölçmek için birincil araştırma metodolojisi vardır. Sayısal bir video floroskopi ölçümleri yutma fonksiyonu, farklı referans ekseni ölçmek için yararlı olsa da,ve kinematik ölçümleri 2 farklı yöntemler arasında uyumsuz bulgular ölçüm sonucu skalerler. Manuel klinik kontrol altında hasta ve fluoroskop hareketi, aynı zamanda, bu karmaşık bir fizyolojik süreci ölçüm doğruluğunu karıştırmaktadır. Daha da önemlisi, kinematik ölçümleri mutlaka düzensiz yutma değerlendirilmesi için önemli bir yapı-fonksiyona ilişkileri yansıtmıyor. Özellikle Hyoid kinematiği omurları ile uyumlu bir anatomik düzlemine göre bir ön ya da üstün bir yönde hareketini takip etmek için tasarlanmıştır. Ancak, bu yapılandırma dil kemiği askıya kas aksiyon çizgisini temsil etmez. Yutma yutak aşamasında hyolaryngeal yükselmesinin bir, iki askı tertibatı (bkz. Şekil 1) 3.4 belirlenmiştir. Suprahyoid kas anterior kas sapan oluşturan ve uzun yutak kasları p içermektedirkas sapan osterior. Bu kaslar hyoiddeki, gırtlak ve üst özofagus sfinkter oluşturan yapılar dahil hyolaryngeal kompleksinin çeşitli unsurları yükseltmek. Hyolaryngeal mekaniğinin koordinat haritalama anterior ve posterior kas sapanlar (Şekil 2) hyolaryngeal karmaşık temsil bağlantı noktalarının üç iskelet kollarını ve özellikleri harita dokuz kolayca tanımlanabilir anatomik işaretleri kullanır. Yutma esnasında hyolaryngeal kompleksin her bir iskelet kolu ve özelliği, hareket eder. Koordinatları toplayarak, sistem herhangi bir zaman dilimi içinde yakalanabilir. Koordinatlar trigonometrik dönüşüm yutma esnasında hyolaryngeal hareketinin çok kinematik ölçümler oluşturmak için de kullanılabilir. Değişkenler literatürde bildirilen bulgularla karşılaştırma için hesaplanan ya da ilgi yapı-to-işlev ilişkileri temsil eden yeni ölçümler oluşturmak için de kullanılabilir. Bu çalışmanın temel amacı Modifiye Baryum Swallow (MBS) çalışmaları toplanan anatomik dönüm noktası koordinatları tek bir set hesaplanan birden kinematik ölçümleri üreten bir yöntem göstermektir. Biz bir uzman, deneyimi olan üç gözlemcinin, ve iki acemiler dahil olmak üzere 6 farklı araştırmacıların hakemlerarası güvenilirliğini belirlemek için içi korelasyon katsayıları kullanılarak bu yöntemin güvenilirliğini belgelemek. Kinematik sonuçlarından, bolus tutarlılık tarafından mekaniği yutma farklılıklar değerlendirilmiştir. Son olarak, hiyoid hareketinin ölçülmesi kullanılan referans ekseninin önemine ilişkin Molefenter ve Steele tarafından önerilen soru ele alınmaktadır. Biz vertebra referans ve hem bolus türleri için koordinat aynı kümesinden hesaplanan mandibula, referans Hyoid gezi ölçümlerinin karşılaştırılması Bu soru yaklaşım. Hyoid hareketinin ölçülmesi bu iki yöntem ilişkileri çalışması için aynı yapıyı temsil edersekalça, daha sonra sonuçları güçlü bir korelasyon olmalıdır. Bu çalışma için, 40 yan görünüm MBS çalışmalar rastgele Gürcistan Regents Üniversitesi Kurumsal Değerlendirme Kurulu ve Voice Evelyn Tramell Enstitüsü ile araştırma işbirliği tarafından onaylanan ve Tıp Üniversitesi Yutkunma bir araştırma protokolü kapsamında 139, normal çalışmaların koleksiyonundan seçildi Güney Carolina. Bu yöntemin kullanılmasını göstermek için, hyolaryngeal kinematik karakterize On değişkenler koordinat aynı veri kümesi (Tablo 1) hesaplandı. Bu hesaplanan ölçümlerin yedi de dahil olmak üzere, daha önce literatürde kullanılmıştır: anterior ve vertebra 5&#39;e referansla daha üstün hiyoid ölçümleri; anterior ve vertebra 6&#39;ya referans olarak C2-4 uzunluğunda bir oranı olarak üstün hiyoid yer değiştirme; Omurlar 7 referans gırtlak üstün hareketi; hyolaryngeal approximation 1; ve özellikle de omurlarda 1 referans olarak en fazla dil kemiği gezi. Buna ek olarak, üç roman ölçümleri hesaplandı: farenks kısalma suprahyoid kasların 4,8 ekleri yaklaşan palatopharyngeus kas ekleri, stylopharyngeus temsil eden bir eylem çizgisini takip laringeal yükseklik ve hiyoid gezi yaklaşıldığıdır. Bir uzman baş ve boyun anatomist (WP), sınırlı deneyim alarak ölçümleri (CJ, SR, TT), ve iki acemi araştırmacı (RS, JT) ile üç araştırmacılar aşağıda açıklanan protokolü kullanılarak harita verileri koordinat elde. Uzman (WP) tecrübesi ile üç derecelendiricilerin eğitilmiş ve bu sırayla iki acemi derecelendiricilerin eğitimli. Konuya göre koordinatları hesaplanmıştır koordinat veri ve sonuçların arası güvenilirlik içi korelasyon katsayıları 9 belirlendi. İki kuyruklu t-testi İstatistiksel belirlemek için her bir değişken üzerinde yapıldıbolus tiplerinde y önemli farklılıklar. Pearson korelasyon katsayısı ve kararlılık katsayısı 5 ml ince sıvı yutmak ve 5 ml için bir referans ekseni olarak mandibuladan Hyoid gezi karşı bir referans ekseni olarak omurları ile hesaplanan Hyoid gezi sonuçlar arasındaki anlaşmayı değerlendirmek için kullanıldı puding yutmak.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:864px;" width="865">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:288px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:71px;">Company</td>
			<td style="width:339px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ImageJ&#160;&#160;</td>
			<td style="width:71px;">NIH</td>
			<td style="width:339px;">http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html</td>
			<td>For Macintosh</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">MacX Video Converter Free Edition (Mac)</td>
			<td style="width:71px;">Digiarty</td>
			<td style="width:339px;">&#160;http://www.macxdvd.com/mac-video-converter-free/</td>
			<td>For Macintosh</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QuickTime&#160;</td>
			<td style="width:71px;">Apple</td>
			<td style="width:339px;">http://support.apple.com/downloads/#QuickTime</td>
			<td>For Macintosh</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ImageJ&#160;&#160;</td>
			<td style="width:71px;">NIH</td>
			<td style="width:339px;">http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html</td>
			<td>For a PC</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MPEG Streamclip (PC)&#160;</td>
			<td style="width:71px;">Squared 5</td>
			<td style="width:339px;">http://www.squared5.com</td>
			<td>For a PC</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QuickTime</td>
			<td style="width:71px;">Apple</td>
			<td style="width:339px;">http://support.apple.com/downloads/#QuickTime</td>
			<td>For a PC</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

coordinate mapping of hyolaryngeal mechanics in swallowing

Hyolaryngeal hareketini karakterize yutma güçlüğü araştırma önemlidir. Önceki yöntemler, ilgi birden fazla değişken hesaplamak için koordinatlarının bir set kullanır Modifiye Baryum kırlangıç ​​(MBS) kullanılarak hyolaryngeal mekaniğinin haritalama koordinatı ise bir kinematik ölçümü elde etmek için çoklu ölçümler gerektirir. Gösteri amaçlı, on kinematik ölçümleri iki farklı hap türlerini yutma farklılıkları belirlemek için koordinatları kümesi elde edilmiştir. Vertebra ve alt çenenin karşı hyoid gezi Hesaplamalar referans eksenlerinin önemini belirlemek için ilişkilidir. Haritalama yöntemi koordine göstermek için, 40 MBS çalışmalar rastgele bilinen hiçbir yutma bozukluğu olan sağlıklı normal bir veri kümesi seçildi. A 5 ml ince sıvı bolus ve 5 ml puding yutar her konu ölçüldü. Kafa tabanı, mandibula, omurlar ve Hyo unsurları haritalama Dokuz koordinatlar,laringeal karmaşık, minimum ve maksimum hyolaryngeal gezi kare olarak kaydedildi. Koordinatlar matematiksel hyolaryngeal mekaniği on değişkenlere dönüştürülmüştür. Görüşmeciler arası güvenirlik içi korelasyon katsayıları (ICC) tarafından değerlendirildi. İki kuyruklu t-testi bolus yoğunluğunun tarafından Kinematikte farklılıkları değerlendirmek için kullanıldı. Farklı referans eksenleri karşı Hiyoid gezi ölçümleri korelasyon. 0.97 - 18 koordinatları için altı değerlendirmeci arasında arası güvenilirlik ICC = 0.90 arasında değişmektedir. On kinematik ölçümler bir barut altı değerlendirmeci arasında konuya göre karşılaştırılmıştır. Bir Aykırı reddetti, ve kalan güvenilirlik puanlarının ortalaması ICC = 0.91, 0.84 oldu - 0.96,% 95 CI. On kinematik değişkenleri (5 ml ince sıvı vs 5 mi puding yutar) karşılaştıran Bonferroni düzeltmeleri ile iki yönlü t-testi Hyoid gezi, superior laringeal hareket, ve yutak shortenin istatistiksel olarak anlamlı farklılık gösterdig (p &lt;0.005). R = 0.62, R2 = 0.38 (ince sıvı);: referans iki farklı eksen ikinci dil kemiği gezi ölçümlerinin Pearson korelasyonlar r = 0.52, r 2 = 0.27, (puding). Dönüm noktası koordinatları elde disfaji araştırmalarda yararlı bir video floroskopi görüntüleri birden kinematik değişkenleri oluşturmak için güvenilir bir yöntemdir.

Içi korelasyon katsayıları bağımsız 80 Video floroskopi dosyalarını (40 denek iki hap deneme) analiz altı araştırmacılar tarafından toplanan koordinatların (ICC) arasında değişmekteydi ICC = 0,90-0,97. Aşağıdaki gibi grup tarafından ICC koordinatlarına arasında bir dökümünü: # 1 koordinatları - 5 (minimum hyolaryngeal gezi İskelet elemanları) ortalama = 0.93, 0,91-0,95,% 95 CI; , - 9 (minimum hyolaryngeal gezi de hyolaryngeal kompleks) ortalama = 0.94, 092 - 0.96,% 95 CI 6. koordinatları 1...

Watch this Scientific Journal Video about Coordinate Mapping of Hyolaryngeal Mechanics in Swallowing at JoVE.com

Coordinate Mapping of Hyolaryngeal Mechanics in Swallowing

Koordinat haritalama yutma faringeal aşamasında hyolaryngeal biyomekanik belirgin özellikleri belgeleyen bir yöntemdir. Bu metodoloji anatomik yerlerinden koordinatlarını kaydetmek için görüntü analiz yazılımı kullanır. Bu koordinatlar bir excel makro içine ithal ve yutma güçlüğü araştırma yararlı ilgi kinematik değişkenleri çevrilir.

Yutkunma içinde Hyolaryngeal Mekanik Koordinat Dönüşümü

Characterizing hyolaryngeal movement is important to dysphagia research. Prior methods require multiple measurements to obtain one kinematic measurement ...

coordinate-mapping-of-hyolaryngeal-mechanics-in-swallowing

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Medical-Surgical Nursing

Medicine

Unit 1

An Overview of the Gastrointestinal System: Anatomy, Physiology, and Assessment

SCIENTISTS IN ACTION

17.2K Görüntüleme.  Georgia Regents University.  Koordinat haritalama yutma faringeal aşamasında hyolaryngeal biyomekanik belirgin özellikleri belgeleyen bir yöntemdir. Bu metodoloji anatomik yerlerinden koordinatlarını kaydetmek için görüntü analiz yazılımı kullanır. Bu koordinatlar bir excel makro içine ithal ve yutma güçlüğü araştırma yararlı ilgi kinematik değişkenleri çevrilir. 

Video: Coordinate Mapping of Hyolaryngeal Mechanics in Swallowing

Guide Wire Assisted Catheterization and Colored Dye Injection for Vascular Mapping of Monochorionic Twin Placentas

Monochorionic (MC) twin pregnancies are associated with significantly higher morbidity and mortality rates than dichorionic twins. Approximately 50% of MC twin pregnancies develop complications arising from the shared placenta and associated vascular connections1. Severe twin-to-twin syndrome (TTTS) is reported to account for approximately 20% of these complications2,3. Inter-twin vascular connections occur in almost all MC placentas and are related to the prognosis and outcome of these high-risk twin pregnancies. The number, size and type of connections have been implicated in the development of TTTS and other MC twin conditions. Three types of inter-twin vascular connections occur: 1) artery to vein connections (AVs) in which a branch artery carrying deoxygenated blood from one twin courses along the fetal surface of the placenta and dives into a placental cotyledon. Blood flows via a deep intraparenchymal capillary network into a draining vein that emerges at the fetal surface of the placenta and brings oxygenated blood toward the other twin. There is unidirectional flow from the twin supplying the afferent artery toward the twin receiving the efferent vein; 2) artery to artery connections (AAs) in which a branch artery from each twin meets directly on the superficial placental surface resulting in a vessel with pulsatile bidirectional flow, and 3) vein to vein connections (VVs) in which a branch vein from each twin meets directly on the superficial placental surface allowing low pressure bidirectional flow. In utero obstetric sonography with targeted Doppler interrogation has been used to identify the presence of AV and AA connections4. Prenatally detected AAs that have been confirmed by postnatal placental injection studies have been shown to be associated with an improved prognosis for both twins5. Furthermore, fetoscopic laser ablation of inter-twin vascular connections on the fetal surface of the shared placenta is now the preferred treatment for early, severe TTTS. 
Postnatal placental injection studies provide a valuable method to confirm the accuracy of prenatal Doppler ultrasound findings and the efficacy of fetal laser therapy6. Using colored dyes separately hand-injected into the arterial and venous circulations of each twin, the technique highlights and delineates AVs, AAs, and VVs. This definitive demonstration of MC placental vascular anatomy may then be correlated with Doppler ultrasound findings and neonatal outcome to enhance our understanding of the pathophysiology of MC twinning and its sequelae. Here we demonstrate our placental injection technique.

Vascular mapping of monochorionic (MC) twin placentas after birth provides a means for detailed demonstration of vascular connections between the twins&#x2019; circulations. 
Imbalance of these connections is thought to play a pivotal role in the development of complications of MC twinning including twin-to-twin transfusion syndrome.

Monokoryonik ikiz plasenta Damar Haritalama Kılavuz Tel Destekli Kateterizasyon ve Renkli Boya Enjeksiyon

Monochorionic (MC) twin pregnancies are associated with significantly higher morbidity and mortality rates than dichorionic twins. Approximately 50% of MC ...

Tıp

High-Resolution Endocardial and Epicardial Optical Mapping in a Sheep Model of Stretch-Induced Atrial Fibrillation

Atrial fibrillation (AF) is a complex cardiac arrhythmia with high morbidity and mortality.1,2 It is the most common sustained cardiac rhythm disturbance seen in clinical practice and its prevalence is expected to increase in the coming years.3 Increased intra-atrial pressure and dilatation have been long recognized to lead to AF,1,4 which highlights the relevance of using animal models and stretch to study AF dynamics. Understanding the mechanisms underlying AF requires visualization of the cardiac electrical waves with high spatial and temporal resolution. While high-temporal resolution can be achieved by conventional electrical mapping traditionally used in human electrophysiological studies, the small number of intra-atrial electrodes that can be used simultaneously limits the spatial resolution and precludes any detailed tracking of the electrical waves during the arrhythmia. The introduction of optical mapping in the early 90's enabled wide-field characterization of fibrillatory activity together with sub-millimeter spatial resolution in animal models5,6 and led to the identification of rapidly spinning electrical wave patterns (rotors) as the sources of the fibrillatory activity that may occur in the ventricles or the atria.7-9 Using combined time- and frequency-domain analyses of optical mapping it is possible to demonstrate discrete sites of high frequency periodic activity during AF, along with frequency gradients between left and right atrium. The region with fastest rotors activates at the highest frequency and drives the overall arrhythmia.10,11 The waves emanating from such rotor interact with either functional or anatomic obstacles in their path, resulting in the phenomenon of fibrillatory conduction.12 Mapping the endocardial surface of the posterior left atrium (PLA) allows the tracking of AF wave dynamics in the region with the highest rotor frequency. Importantly, the PLA is the region where intracavitary catheter-based ablative procedures are most successful terminating AF in patients,13 which underscores the relevance of studying AF dynamics from the interior of the left atrium. Here we describe a sheep model of acute stretch-induced AF, which resembles some of the characteristics of human paroxysmal AF. Epicardial mapping on the left atrium is complemented with endocardial mapping of the PLA using a dual-channel rigid borescope c-mounted to a CCD camera, which represents the most direct approach to visualize the patterns of activation in the most relevant region for AF maintenance.

This report provides a detailed description of the methodology and results of simultaneous endocardial and epicardial optical mapping of electrical excitation in the intact left atrium of a Langendorff-perfused sheep heart during stretch-induced atrial fibrillation.

Stretch Bağlı Atriyal Fibrilasyon Koyun Modelinde Yüksek Çözünürlüklü Endokardial ve Epikardiyal Optik Haritalama

 Atrial fibrillation (AF) is a complex cardiac arrhythmia with high morbidity and mortality.1,2 It is the most common sustained cardiac rhythm disturbance ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of areas of distinct differentiation into recognized histological subtypes, or different pathological grade, often there are more subtle differences in phenotype which defy accurate classification (Figure 1). Ultimately, since morphology is dictated by the underlying molecular phenotype, areas with visible differences are likely to be accompanied by differences in the expression of proteins which orchestrate cellular function and behavior, and therefore, appearance. The significance of visible and invisible (molecular) heterogeneity for prognosis is unknown, but recent evidence suggests that, at least at the genetic level, heterogeneity exists in the primary tumor1,2, and some of these sub-clones give rise to metastatic (and therefore lethal) disease. 
Moreover, some proteins are measured as biomarkers because they are the targets of therapy (for instance ER and HER2 for tamoxifen and trastuzumab (Herceptin), respectively). If these proteins show variable expression within a tumor then therapeutic responses may also be variable. The widely used histopathologic scoring schemes for immunohistochemistry either ignore, or numerically homogenize the quantification of protein expression. Similarly, in destructive techniques, where the tumor samples are homogenized (such as gene expression profiling), quantitative information can be elucidated, but spatial information is lost. Genetic heterogeneity mapping approaches in pancreatic cancer have relied either on generation of a single cell suspension3, or on macrodissection4. A recent study has used quantum dots in order to map morphologic and molecular heterogeneity in prostate cancer tissue5, providing proof of principle that morphology and molecular mapping is feasible, but falling short of quantifying the heterogeneity. Since immunohistochemistry is, at best, only semi-quantitative and subject to intra- and inter-observer bias, more sensitive and quantitative methodologies are required in order to accurately map and quantify tissue heterogeneity in situ.
We have developed and applied an experimental and statistical methodology in order to systematically quantify the heterogeneity of protein expression in whole tissue sections of tumors, based on the Automated QUantitative Analysis (AQUA) system6. Tissue sections are labeled with specific antibodies directed against cytokeratins and targets of interest, coupled to fluorophore-labeled secondary antibodies. Slides are imaged using a whole-slide fluorescence scanner. Images are subdivided into hundreds to thousands of tiles, and each tile is then assigned an AQUA score which is a measure of protein concentration within the epithelial (tumor) component of the tissue. Heatmaps are generated to represent tissue expression of the proteins and a heterogeneity score assigned, using a statistical measure of heterogeneity originally used in ecology, based on the Simpson's biodiversity index7.
To date there have been no attempts to systematically map and quantify this variability in tandem with protein expression, in histological preparations. Here, we illustrate the first use of the method applied to ER and HER2 biomarker expression in ovarian cancer. Using this method paves the way for analyzing heterogeneity as an independent variable in studies of biomarker expression in translational studies, in order to establish the significance of heterogeneity in prognosis and prediction of responses to therapy.

Here we describe a method to quantify molecular heterogeneity in histological sections of tumor material using quantitative immunofluorescence, image analysis, and a statistical measure of heterogeneity. The method is intended for use in clinical biomarker development and analysis.

Kantitatif İmmünofloresan kullanarak Tümörler Protein İfade heterojenite Haritalama

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Label-free Isolation and Enrichment of Cells Through Contactless Dielectrophoresis

Dielectrophoresis (DEP) is the phenomenon by which polarized particles in a non-uniform electric field undergo translational motion, and can be used to direct the motion of microparticles in a surface marker-independent manner. Traditionally, DEP devices include planar metallic electrodes patterned in the sample channel. This approach can be expensive and requires a specialized cleanroom environment. Recently, a contact-free approach called contactless dielectrophoresis (cDEP) has been developed. This method utilizes the classic principle of DEP while avoiding direct contact between electrodes and sample by patterning fluidic electrodes and a sample channel from a single polydimethylsiloxane (PDMS) substrate, and has application as a rapid microfluidic strategy designed to sort and enrich microparticles. Unique to this method is that the electric field is generated via fluidic electrode channels containing a highly conductive fluid, which are separated from the sample channel by a thin insulating barrier. Because metal electrodes do not directly contact the sample, electrolysis, electrode delamination, and sample contamination are avoided. Additionally, this enables an inexpensive and simple fabrication process.
cDEP is thus well-suited for manipulating sensitive biological particles. The dielectrophoretic force acting upon the particles depends not only upon spatial gradients of the electric field generated by customizable design of the device geometry, but the intrinsic biophysical properties of the cell. As such, cDEP is a label-free technique that avoids depending upon surface-expressed molecular biomarkers that may be variably expressed within a population, while still allowing characterization, enrichment, and sorting of bioparticles.
Here, we demonstrate the basics of fabrication and experimentation using cDEP. We explain the simple preparation of a cDEP chip using soft lithography techniques. We discuss the experimental procedure for characterizing crossover frequency of a particle or cell, the frequency at which the dielectrophoretic force is zero. Finally, we demonstrate the use of this technique for sorting a mixture of ovarian cancer cells and fluorescing microspheres (beads).

Contactless dielectrophoresis (cDEP) achieves sorting and enrichment of particles via their intrinsic dielectric properties. Fluidic electrode channels replace metallic electrodes traditional to DEP, suiting cDEP to non-damaging sterile characterization and sorting of biological particles. We demonstrate how to prepare a cDEP microdevice and conduct cell characterization and sorting experiments.

Temassız dielektroforez sayesinde etiket ücretsiz İzolasyon ve Hücreler zenginleştirilmesi

Dielectrophoresis (DEP) is the phenomenon by which polarized particles in a non-uniform electric field undergo translational motion, and can be used to ...

MRI Mapping of Cerebrovascular Reactivity via Gas Inhalation Challenges

The brain is a spatially heterogeneous and temporally dynamic organ, with different regions requiring different amount of blood supply at different time. Therefore, the ability of the blood vessels to dilate or constrict, known as Cerebral-Vascular-Reactivity (CVR), represents an important domain of vascular function. An imaging marker representing this dynamic property will provide new information of cerebral vessels under normal and diseased conditions such as stroke, dementia, atherosclerosis, small vessel diseases, brain tumor, traumatic brain injury, and multiple sclerosis. In order to perform this type of measurement in humans, it is necessary to deliver a vasoactive stimulus such as CO2 and/or O2 gas mixture while quantitative brain magnetic resonance images (MRI) are being collected. In this work, we presented a MR compatible gas-delivery system and the associated protocol that allow the delivery of special gas mixtures (e.g., O2, CO2, N2, and their combinations) while the subject is lying inside the MRI scanner. This system is relatively simple, economical, and easy to use, and the experimental protocol allows accurate mapping of CVR in both healthy volunteers and patients with neurological disorders. This approach has the potential to be used in broad clinical applications and in better understanding of brain vascular pathophysiology. In the video, we demonstrate how to set up the system inside an MRI suite and how to perform a complete experiment on a human participant.

Non-invasive imaging of the brain vasculature&#8217;s ability to dilate or constrict may allow a better understanding of cerebrovascular pathophysiology in various neurological diseases. The present report describes a reproducible and patient-comfortable protocol to perform vascular reactivity imaging in humans using magnetic resonance imaging (MRI).

Gaz Soluma Zorluklar yoluyla Serebrovasküler Reaktivitesinin MRG Haritalama

The brain is a spatially heterogeneous and temporally dynamic organ, with different regions requiring different amount of blood supply at different time. ...

Surgical Models of Gastroesophageal Reflux with Mice

Multiple surgical procedures have been reported to induce gastroesophageal reflux in animals. Herein, we report three surgical models with mice aiming to induce reflux of gastric contents, duodenal contents or mixed contents. Surgical procedures and general principles have been described in detail. A researcher with surgical experience should be able to grasp the technique after a short period of practice. After surgery, most mice can survive and develop reflux esophagitis similar to that in humans. However, it should be noted that histological differences between mouse and human esophagus are the inherent limitations of these surgical models. If used for research on Barrett&#8217;s esophagus and adenocarcinoma, these procedures may need to be combined with genetic modifications.

This article demonstrates surgical procedures of gastroesophageal reflux with mice. These models are useful tools for research on mechanisms and treatment of gastroesophageal reflux disease and potentially Barrett&#8217;s esophagus and esophageal adenocarcinoma.

Fare ile Gastroözofageal Reflü Cerrahi Modelleri

Multiple surgical procedures have been reported to induce gastroesophageal reflux in animals. Herein, we report three surgical models with mice aiming to ...

Electrophysiological Assessment of Murine Atria with High-Resolution Optical Mapping

Recent genome-wide association studies targeting atrial fibrillation (AF) have indicated a strong association between the genotype and electrophysiological phenotype in the atria. That encourages us to utilize a genetically-engineered mouse model to elucidate the mechanism of AF. However, it is difficult to evaluate the electrophysiological properties in murine atria due to their small size. This protocol describes the electrophysiological evaluation of atria using an optical mapping system with a high temporal and spatial resolution in Langendorff perfused murine hearts. The optical mapping system is assembled with dual high-speed complementary metal oxide semiconductor cameras and high magnification objective lenses, to detect the fluorescence of a voltage-sensitive dye and Ca2+ indicator. To focus on the assessment of murine atria, optical mapping is performed with an area of 2 mm &#215; 2 mm or 10 mm x 10 mm, with a 100 &#215; 100 resolution (20 &#181;m/pixel or 100 &#181;m/pixel) and sampling rate of up to 10 kHz (0.1 ms) at maximum. A 1-French size quadripolar electrode pacing catheter is placed into the right atrium through the superior vena cava avoiding any mechanical damage to the atrium, and pacing stimulation is delivered through the catheter. An electrophysiological study is performed with programmed stimulation including constant pacing, burst pacing, and up to triple extrastimuli pacing. Under a spontaneous or pacing rhythm, the optical mapping recorded the action potential duration, activation map, conduction velocity, and Ca2+ transient individually in the right and left atria. In addition, the programmed stimulation also determines the inducibility of atrial tachyarrhythmias. Precise activation mapping is performed to identify the propagation of the excitation in the atrium during an induced atrial tachyarrhythmia. Optical mapping with a specialized setting enables a thorough electrophysiological evaluation of the atrium in murine pathological models.

This protocol describes the electrophysiological evaluation of murine atria utilizing an optical mapping system with a high temporal and spatial resolution, including dual recordings of the membrane voltage and Ca2+ transient under programmed stimulation through a specialized electrode catheter.

Yüksek çözünürlüklü optik eşleştirmenin fare Atria Elektrofizyolojik değerlendirme

Recent genome-wide association studies targeting atrial fibrillation (AF) have indicated a strong association between the genotype and ...

Quantitative Mapping of Specific Ventilation in the Human Lung using Proton Magnetic Resonance Imaging and Oxygen as a Contrast Agent

Specific ventilation imaging (SVI) is a functional magnetic resonance imaging technique capable of quantifying specific ventilation &#8213; the ratio of the fresh gas entering a lung region divided by the region&#8217;s end-expiratory volume &#8213; in the human lung, using only inhaled oxygen as a contrast agent. Regional quantification of specific ventilation has the potential to help identify areas of pathologic lung function. Oxygen in solution in tissue shortens the tissue&#8217;s longitudinal relaxation time (T1), and thus a change in tissue oxygenation can be detected as a change in T1-weighted signal with an inversion recovery acquired image. Following an abrupt change between two concentrations of inspired oxygen, the rate at which lung tissue within a voxel equilibrates to a new steady-state reflects the rate at which resident gas is being replaced by inhaled gas. This rate is determined by specific ventilation. To elicit this sudden change in oxygenation, subjects alternately breathe 20-breath blocks of air (21% oxygen) and 100% oxygen while in the MRI scanner. A stepwise change in inspired oxygen fraction is achieved through use of a custom three-dimensional (3D)-printed flow bypass system with a manual switch during a short end-expiratory breath hold. To detect the corresponding change in T1, a global inversion pulse followed by a single shot fast spin echo sequence was used to acquire two-dimensional T1-weighted images in a 1.5&#160;T MRI scanner, using an eight-element torso coil. Both single slice and multi-slice imaging are possible, with slightly different imaging parameters. Quantification of specific ventilation is achieved by correlating the time-course of signal intensity for each lung voxel with a library of simulated responses to the air/oxygen stimulus. SVI estimations of specific ventilation heterogeneity have been validated against multiple breath washout and proved to accurately determine the heterogeneity of the specific ventilation distribution.

Specific ventilation imaging is a functional magnetic resonance imaging technique that allows for quantification of regional specific ventilation in the human lung, using inhaled oxygen as a contrast agent. Here, we present a protocol to collect and analyze specific ventilation imaging data.

Proton manyetik rezonans görüntüleme ve oksijen kontrast ajan olarak kullanarak ınsan akciğerinde spesifik havalandırma niceliksel haritalama

Specific ventilation imaging (SVI) is a functional magnetic resonance imaging technique capable of quantifying specific ventilation &#8213; the ratio of ...

High-Throughput Analysis of Optical Mapping Data Using ElectroMap

Optical mapping is an established technique for high spatio-temporal resolution study of cardiac electrophysiology in multi-cellular preparations. Here we present, in a step-by-step guide, the use of ElectroMap for analysis, quantification, and mapping of high-resolution voltage and calcium datasets acquired by optical mapping. ElectroMap analysis options cover a wide variety of key electrophysiological parameters, and the graphical user interface allows straightforward modification of pre-processing and parameter definitions, making ElectroMap applicable to a wide range of experimental models. We show how built-in pacing frequency detection and signal segmentation allows high-throughput analysis of entire experimental recordings, acute responses, and single beat-to-beat variability. Additionally, ElectroMap incorporates automated multi-beat averaging to improve signal quality of noisy datasets, and here we demonstrate how this feature can help elucidate electrophysiological changes that might otherwise go undetected when using single beat analysis. Custom modules are included within the software for detailed investigation of conduction, single file analysis, and alternans, as demonstrated here. This software platform can be used to enable and accelerate the processing, analysis, and mapping of complex cardiac electrophysiology.

This protocol describes the setup and use of ElectroMap, a MATLAB-based open-source software platform for analysis of cardiac optical mapping data. ElectroMap provides a versatile high-throughput tool for analysis of optical mapping voltage and calcium datasets across a wide range of cardiac experimental models.

Elektromap kullanarak optik haritalama verilerinin yüksek verim Analizi

Optical mapping is an established technique for high spatio-temporal resolution study of cardiac electrophysiology in multi-cellular preparations. Here we ...

On-Site Sampling and Extraction of Brain Tumors for Metabolomics and Lipidomics Analysis

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still in need. In recent years, mass spectrometry has become a method of choice for untargeted profiling of discriminatory compound as potential biomarkers of a disease. Biofluids are generally considered as preferable matrices given their accessibility and easier sample processing while direct tissue profiling provides more selective information about a given cancer. Preparation of tissues for the analysis via traditional methods is much more complex and time-consuming, and, therefore, not suitable for fast on-site analysis. The current work presents a protocol combining sample preparation and extraction of small molecules on-site, immediately after tumor resection. The sampling device, which is of the size of an acupuncture needle, can be inserted directly into the tissue and then transported to the nearby laboratory for instrumental analysis. The results of metabolomics and lipidomics analyses demonstrate the capability of the approach for the establishment of phenotypes of tumors related to the histological origin of the tumor, malignancy, and genetic mutations, as well as for the selection of discriminating compounds or potential biomarkers. The non-destructive nature of the technique permits subsequent performance of routinely used tests e.g., histological tests, on the same samples used for SPME analysis, thus enabling attainment of more comprehensive information to support personalized diagnostics.

The manuscript presents on-site sampling of human brain tumors with solid phase microextraction followed by their biochemical profiling towards the discovery of biomarkers.

Metabolomik ve Lipidomik Analizler için Beyin Tümörlerinin Yerinde Örnekleme sivesi ve ekstraksiyonu

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still ...