This work was supported through funding from the NIH/NIBIB R00 Award (4R00EB008738), Okawa Foundation Research Grant Award, NIH Director's New Innovator Award (1DP2OD007265), the NSF CAREER Award (1056008), and the Alfred P. Sloan Foundation Research Fellowship. J.H.L. would like to thank Karl Deisseroth for providing the DNA plasmids used for the optogenetic experiments. The authors would also like to thank Andrew Weitz and Mankin Choy for editing the manuscript and all the Lee Lab members for their assistance with the ofMRI experiments.

Etik Beyanı: Burada Stanford Üniversitesi Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi (IACUC) tarafından onaylanmıştır deneysel prosedürler. 1. hazırlanması Patch Kablolar ve Ferrule İmplantlar Not: patch kablolar ve yüksük implantları üreten, piyasada mevcut olmasına rağmen bu in-house özel tasarımlar sağlar ve daha az mal olacak. <ol><li> İlk istenilen uzunlukta fiber optik tutunmaya, beyinde implanta lazer ışığı dağıtmak için bir fiber patch kablo hazırlamak için. <ol><li> Fiber balta kullanarak, sonlandırma noktasına düz bir ucunu üretmek için optik fiber sonlandırma. Fiber bir ceket ile kaplı olması durumunda, daha önce bir elyaf soyma aleti ile ceketini şerit. </li><li> Kablo deliği içinde hayvana ışık kaynağından uzanacak şekilde yeterli uzunlukta olması sağlanır, kablo istenen uzunluğu elde etmek fiber optiğin diğer ucunu klivajtarayıcı. </li></ol></li><li> Epoksi tutkal karıştırıldıktan sonra kullanımı, 5 dakika için çok viskoz olduğunda, kısa bir süre bir sonraki aşamada önce, bir alüminyum folyo parçası üzerine: 1 oranında bir 1 epoksi yapıştırıcı bir miktar karıştırın. </li><li> küçük tahta bir çubuk kullanarak yavaşça seramik halka içbükey tarafı içine yerleştirilir ve daha sonra halkanın düz tarafı yüzeyi üzerine küçük bir damla uygulanır edilecek lif parçası epoksi yapıştırıcı uygulanır. halkalı içine yerleştirdikten sonra, lif (&lt;0.5 mm) küçük bir uzunluk seramik halka düz tarafı çıkıntı emin olun. epoksi tutkal en iyi sonuçlar için O / N sertleşmesini bekleyiniz. </li><li> lazer ışık kaynağına bağlanacak fiber optik patch kablo tarafında, hafifçe FC / PC bağlacının halkanın konkav içine alınacaktır lif kısmına epoksi yapıştırıcı uygulayın ve sonra küçük bir uygulayın halkanın düz tarafı yüzeyine bırakın. halkalı içine yerleştirdikten sonra, garantiBu lif (&lt;0.5 mm), küçük bir uzunlukta halkasının düz kısmı arasında uzanmaktadır. epoksi tutkal en iyi sonuçlar için O / N sertleşmesini bekleyiniz. </li><li> 3 mikron 1 mikron mikron kum 0,3 alüminyum oksit alıştırma sayfaları (üzerinde şekil-8 dönmeler yaparken yüksük nazik aşağı yönlü baskı uygulamak için cımbız kullanarak bir parlatma diski kullanarak kablonun her iki taraf için ferrüllerle düz ucunu parlatmak ). </li><li> 100X büyütmede bir mikroskop ile yüksük düz ucunu inceleyin. fiber optik yüzeyi kendisi de dahil olmak üzere yassı sonunda, yüzey, herhangi bir epoksi yapıştırıcı serbest olduğundan emin olun; epoksi tutkal yüzeyinde kalırsa parlatma devam edin. fiber optik yüzeyi kırık veya yontulmuş olmadığından emin olun. DİKKAT: emin olun personelin uygun lazer güvenlik eğitimi dersleri almak ve lazer işleme ekipmanı önce lazer güvenlik gözlük takın. </li><li> FC / PC bağlantısı aracılığıyla lazer ışık kaynağına fiber optik patch kablosunu bağlayın ve f hizalamaKuplörün odak noktasına iber ipucu. Yeterli ışık çıkışını sağlamak için bir güç metre ile fiber ışık iletim gücünü ölçün. Not: Aşağıdaki adımlar beyine kronik implantasyon için fiber optik ile seramik yüksükler hazırlamak içindir; seramik yüksük ortasındaki çukur ve beyin içinde ilgi (ROI) bir bölgeye bir yama kablosu ışık sunmak için fiber optik taşırlar. </li><li> Fiber balta kullanarak, sonlandırma noktasına düz bir ucunu üretmek için optik fiber sonlandırma. Fiber bir ceket ile kaplı olması durumunda, daha önce bir elyaf soyma aleti ile ceketini şerit. </li><li> beyin içine implantasyon için istenen uzunluğu elde etmek fiber optiğin diğer ucunu bölmektedir. beyin içinde ROI hedef stereotaksik atlas kullanarak lif uzunluğunu belirler. <ol><li> Örnek: bregma aşağıdaki 3,5 mm sıçan dorsal hipokampus hedef, lif uzunluğu ferrul çıkıntı sağlamake + 0,25 mm 3,5 mm, kafatası kalınlığı için muhasebe ve hata marjı sağlayan olduğunu. Bu nedenle, lif nihai uzunluğu + 0.25 mm + 10,5 mm 3,5 mm (ferrüle uzunluğu) = 14.25 mm olup olmadığını kontrol edin. </li></ol></li><li> 1 epoksi yapıştırıcı az miktarda karıştırmak: kısa bir süre sonraki aşamada önce, bir alüminyum folyo parçası üzerine 1 oranında (epoksi yapıştırıcı karıştırma sonrası kullanımı, 5 dakika için çok viskoz hale gelir). </li><li> küçük tahta bir çubuk kullanarak yavaşça seramik halka içbükey tarafı içine yerleştirilir ve daha sonra halkanın düz tarafı yüzeyi üzerine küçük bir damla uygulanır edilecek lif parçası epoksi yapıştırıcı uygulanır. halkalı içine yerleştirdikten sonra, lif (&lt;0.5 mm) küçük bir uzunluk seramik halka düz tarafı çıkıntı emin olun. epoksi tutkal en iyi sonuçlar için O / N sertleşmesini bekleyiniz. </li><li> Şekil-8 rotasyonu yaparken yüksük nazik aşağı yönlü baskı uygulamak için cımbız kullanarak parlatma diski kullanarak halkanın düz ucunu parlatmakAlüminyum oksit alıştırma sayfaları ile ilgili (3 um 1 mikron 0.3 mikron kum için). </li><li> 100X büyütmede bir mikroskop ile yüksük düz ucunu inceleyin. fiber optik yüzeyi kendisi de dahil olmak üzere yassı sonunda, yüzey, herhangi bir epoksi yapıştırıcı serbest olduğundan emin olun; epoksi tutkal yüzeyinde kalırsa parlatma devam edin. fiber optik yüzeyi kırık veya yontulmuş olmadığından emin olun. </li><li> Çift cilalı bir yüksük kol ile bir fiber optik patch kablo yüksük ve bir lazer ışık kaynağı yama kablosunu bağlayın. Yeterli verimliliği sağlamak için bir güç metre ile fiber ucundaki ışık iletim gücünü ölçün. </li><li> çıkışına her yüksük implant fiber optik (Bu protokol 2.5 mW) ucunda istenen güç seviyesi için yama kablosunun halkalı gerekli güç çıkışı bir günlük tutun. % 50&#39;nin üzerinde bir zayıflatma oranı ile ve dairesel olmayan çıkış desenli yüksükler atın. </li></ol> 2. Stereotaksik İthlantation Cerrahi ve Virüs enjeksiyonundan <ol><li> Hayvanların kullanımını içeren herhangi bir deneysel prosedürler yerel IACUC tarafından onaylanmış olduğundan emin olun. steril eldiven, steril maske, steril cerrahi örtüler ve sterilize cerrahi aletler kullanarak da dahil olmak üzere, aseptik prosedürleri izleyerek hayatta kalma ameliyatları sırasında aseptik koşullarda korumak. DİKKAT: cerrahlar işlemine başlamadan önce emniyet gözlükleri dahil olmak üzere uygun kişisel koruyucu donanım (KKD) giyiyor emin olun. sıçramasını önlemek için özen, adeno-ilişkili vektörü (AAV) ile çalışırken standart biyogüvenlik prosedürlerini izleyin. Bir biyolojik tehlikeli atık kabına AAV atık bertaraf edin. </li><li> Kullanmadan önce buz üzerinde şırınga tutarak, hayvana enjeksiyon için yeterli AAV ile bir mikrolitre şırınga yükleyin artı potansiyel hacim kayıpları (hayvan başına 4 ul total) hesaba ekstra. Bu protokol, 4x10 12 vg / ml bir titrede AAV5-CaMKIIa-hChR2 (H134R) -EYFP kullanılır. izofluran altında hayvan yerleştirinBir oksijen gazı kaynağı ile% 4 - 3 de hassas izofluran buharlaştırıcı setine bağlı bir indüksiyon odasına e anestezi,. </li><li> Bir elektrikli tıraş makinesi ile tıraş ve betadin ve% 70 etanol durulama kullanarak cilt üzerinde üçlü bir cerrahi fırçalayın gerçekleştirin. </li><li> Hayvan derin anestezi (ayak refleksini ve solunum hızını kontrol edin) geldikten sonra, içi işitsel konumlandırma Çıtçıt ve diş çubuğu ile bir stereotaksik aparat hayvanın kafatasını hareketsiz. Not: Tüm prosedür 1 alacak - anestezi indüksiyonu gelen kurtarma, 2 saat. </li><li> (- Buharlaştırıcı üzerinde% 3 izofluran 1) ve sürekli 40 nefes / dk ~ bir solunum hızını korumak için gerekli olarak anestezi ayarlayarak, hayvanın hayati işaretleri takip uygun bir seviyeye anestezi ayarlayın. anestezi altında iken kuruluğunu önlemek için hayvanın gözleri oftalmik merhem uygulayın. </li><li> Bir bir neşter ile 20 mm orta hat kafa derisi insizyon ve cerrahi hemostat kullanarak kafa derisi geri - 15 yapmakperiosta ttached. Referans lambda ve Bregma ROI için koordinatlar üzerinde matkap ucu konumlandırmak için. </li><li> beyin delinme vermemeye dikkat ederek, bir diş matkap ile ROI üzerinde - (3 mm 2), küçük bir kraniotomi delin. Yavaş yavaş beyindeki YG kraniyotomi ile mikrolitre şırınga bağlı iğne takın. </li><li> Bir mikroenjektör pompa kontrolörü ile, ROI içine vektör solüsyonu 2 ul enjekte edilir. Doku zarar görmesini önlemek için, 150 Nl / dak bir akış hızı kullanarak. Enjeksiyon işlemi tamamlandıktan sonra, 0.5 mm / dakika arasında bir oranda, bir şırınga içinden yavaşça çıkarmadan önce 10 dakika bekleyin. </li><li> enjeksiyonu takiben, kafatası yüzeyi kurulayın. yaklaşık 0.5 mm / dakika arasında bir oranda: Koordinatları ve sonra, (dorsal hipokamp için bregma 3.5 mm altına, örneğin) hedef derinliği yüksük implantı yerleştirmek için referans Lambda bregma. Diş çimento kullanarak kafatasına ferrule implant monte edin. Diş çimento katılaşmış sonra, dikişlerle kesi mühür (siDiş çimento kapağı etrafında sıçanlar için ze 5-0). </li><li> Ameliyattan sonra, tek başına anestezi kurtarma için bir ısıtıcı üstüne kafes yarısı ile yer olan kafeste hayvan yerleştirin. sternal yatma korumak için yeterli bilinci yerine kadar gözetimsiz bir hayvan bırakmayın. Tamamen iyileşene kadar diğer hayvanların şirkette hayvan koymayın. </li><li> ağrı, ameliyat sonrası yönetimi, 24 saat süre ile 0.05 mg / kg bir dozajda Yönetici buprenorfin deri altından her 12 saat için. 3 gün boyunca kesi sitesi üzerinden günlük antibiyotik tozu yönetme. </li><li> kabuklanma önlemek için yaklaşık iki hafta ameliyattan sonra sütür çıkarın. </li><li> deneyler gerçekleştirmeden önce Optogenetic genlerin yeterli ifadesi için virüsünün, enjeksiyondan sonra 6 hafta - 4 bekleyin. </li></ol> 3. optogenetic Fonksiyonel MRI DİKKAT: MRI tarayıcısı kalıcı manyetik alanın etrafında dikkatli olun. Güvenli equipmfonksiyon jeneratörü, ışık kaynağı, vantilatör, kapnograf ve gaz tankları da dahil olmak üzere ent, yeterince uzakta (en az 5 Gauss sınırın ötesine). <ol><li> Bir oksijen gazı kaynağı ile% 5 hassas izofluran buharlaştırıcı setine bağlı bir indüksiyon odasına, gaz anestezi altında hayvan yerleştirin. </li><li> Hayvan derin anestezi (çek ayak refleksi ve solunum hızında) geldikten sonra, Rivard ark ayrıntılı protokole göre hayvan entübe. (2006) kapnografi 26 karbon dioksit izlenmesine olanak verecek şekilde. Not: entübasyon görüntüleme sırasında ekspiratuar CO 2 uygun seviyelerde tutulması önemlidir. </li><li> Tarayıcı beşiği hayvan sabitleyin. Not: Bu protokol, beşik özel hazırlanır ancak bu beşik de ticari olarak mevcuttur. Sıçan beşik fonksiyonları anestezi, ısıtılmış havanın verilmesi için ve hareket kısıtlılığı için tarayıcının içindeki hayvanı olarak güvenceye alın. </li><li> izofluran karışımı (Rangin sununbeşik ile tüp aracılığıyla yaklaşık% 60 azot oksit ve% 40 oksijen)% 1.5 - 1.2 g den. Hayvanın kafası güvenli hareket eserler önlemek için sabit olduğundan emin olun. </li><li> beşikteki tüp aracılığıyla ısıtılmış havayı sağlamak ve vücut ısısını izlemek için yağ ile bir rektal termometre yerleştirin. anestezi altında iken kuruluğunu önlemek için hayvanın gözleri oftalmik merhem uygulayın. </li><li> Bir lazer ışık kaynağına fiber optik patch kablo bağlayın ve bir güç metre ile yama kablosunun halkanın ucunda çıkışını ölçün. </li><li> beynin içinde implante fiber optik ucunda istenen çıktı (bu protokolde 2.5 mW) üretmek için (adım 1.15 daha önce belirlenen) uygun güç seviyesine ayarlayın. Fiber optik aşırı güç çıkışı potansiyel beyninde doku hasarına neden ya da sinyal eserler üretecek doku ısıtma neden olabilir, çünkü önemli ölçüde lazer güç çıkışını artırmak değilamaçlanan çıktı ötesinde. </li><li> siyah elektrik bandı bir koni ile implanttan ışık sızıntısını önlemek ve hayvan gözleri kapsamaktadır. Çift yüksük kol ile hayvan yüksük implanta fiber optik kablo. </li><li> hayvanın başının üzerinde bobin yerleştirin. Tarayıcının deliğine hayvan kızağı yerleştirin. Not: Bu protokol, tek döngü bobin özel üretildi ve beyin dokusundan optimum radyo frekansı almak için ön-ayarlı iletim-alma. </li><li> % 4 strok frekansını ve ses seviyesini ayarlamak için ventilatör üzerinde düğmeleri çevirerek ve - bu süreç boyunca hızı ve vücut ısısı nefes sınırlar içinde fizyolojik değerleri tutmak için gerekli yapay vantilatör ve ısıtıcı ayar Monitör (temin etmesi ekspiratuar CO 2 3 olduğunu Eğer sıcaklık ayarı için oklar) tıklatarak 37 ° C dir. </li><li> Resme bir konumlandırma dizisi hayvan kafası konumu seçin. b iseyağmur hayvan kafasının yerini ayarlamak ve beyin iso-merkezde kadar konumlandırma taramasını tekrarlayın, iso-merkezde değil. doğrusal layneri dizisi seçin ve dizi seçim penceresinde yükü tıklayın. Sonra, manyetik alanın homojen olmayan düzensizlikleri azaltmak başlar tıklayın. Not: terazi ayarına doğrudan fMRI verilerin bütünlüğünü etkileyecek kritik bir adımdır. </li><li> Bir T2 ağırlıklı dizisini seçin ve dizi seçim penceresinde yükü tıklayın. Sonra, beynin genel bütünlüğünü kontrol etmek ve optik fiber implantın yerini onaylamak için önce fMRI için T2 ağırlıklı yüksek çözünürlüklü koronal anatomik görüntüler elde başlar tıklayın. Not: Bu görüntüler ofMRI tarama serisi için anatomi bindirmeleri olarak kullanılabilir. </li><li> lazer ışık kaynağı deneysel stimülasyon paradigmaya göre sürülür, böylece fonksiyon jeneratörü için MRI tarayıcısı tetikleme limanından BNC kablolarını bağlayın. Not: Bu protokol, uyarım pAradigm, altı dakika süre ile / 40 sn kapalı 20 saniye, ardından taban 30 sn&#39;dir. </li><li> gradyan eko (GRE) dizisi hatırladı çok dilim seçin ve dizi seçim penceresinde yükü tıklayın. Sonra, 0,5 mm x 0,5 mm x 0,5 mm uzaysal çözünürlüğü ile koronal dilim düzlem 35 mm x 35 mm (2B FOV) elde etmek için başlangıç ​​tıklatın. Not: Burada kullanılan GRE dizisi TR / TE tekrarı süresi (TR) ve eko zamanı (TE) sahiptir = msn 750/12 ve 30 ° çevirme açısı. </li><li> tarama bitiminde, tarayıcıdan hayvan çıkarın ve anestezi uyandırdı ve sternum yatma koruyabilirsiniz kadar izler. </li></ol> 4. ofMRI Veri Analizi Not: Aşağıdaki adımlar MATLAB gerçekleştirilir yüksek verimlilik üzerinde bir yayında ofMRI 27 anlatıldığı gibi. <ol><li> Ham tarama veri analizi için kullanılan bilgisayara transfer edildikten sonra, birlikte, görüntüyü her TR güncellemek için pencere yeniden sürgülü kullanınDört Interleave spiral okuma, 750 msn TR ve 12 msn eko zamanlı tarama seri başına 23 dilim elde etmek. Bunun yerine tüm asetat ara her dilim için satın alınan ancak daha sonra yeni FMRG&#39;de yeniden konvansiyonel rekonstrüksiyonu, sürgülü pencere yeniden yöntemi 27 Araya her kazanılmasından sonra görüntüleri yeniden yapılandırır. </li><li> Daha önce 27 açıklandığı gibi iki boyutlu gridding yeniden yapılanma, hareket düzeltme ve zaman serisi hesaplamak için ham verileri işlemek. </li><li> Daha önce 27 açıklandığı gibi önceki uyarıya toplanan taban döneme her voksel göreli BOLD sinyal yüzde modülasyonu hesaplanarak aktive vokseller belirlemek için bir eşik tutarlılık yöntemi kullanın. Fourier büyüklüğü tüm frekans bileşenlerinin 8 toplamı-of-kareler bölünmesiyle tekrarlanan stimülasyon döngülerinin frekansta dönüşümü tutarlılık değerleri hesaplayın. </li><li> Her v için zaman serisi verileri kullanılarakOxel, ortalama hareket düzeltilmiş görüntüler ilk aynı uyarım paradigmasının ardışık taramalar ait olduğu. Daha önce 27 açıklandığı gibi daha sonra içinde ve hayvanlar arasındaki karşılaştırma için bir altı derecelik serbestlik rijit gövde dönüşümü artı izotropik ölçekleme ile ortak koordinat çerçevesine ortalama 4D görüntüleri hizalamak. </li></ol>

<ol>
	<li>Lee, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+and+local+fMRI+signals+driven+by+neurons+defined+optogenetically+by+type+and+wiring.">Global and local fMRI signals driven by neurons defined optogenetically by type and wiring.</a> Nature. 465 (7299), 788-792 (2010).</li><li>Weitz, A. J., Lee, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progress+with+optogenetic+functional+MRI+and+its+translational+implications.">Progress with optogenetic functional MRI and its translational implications.</a> Future Neurol. 8 (6), 691-700 (2013).</li><li>Lee, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Informing+brain+connectivity+with+optogenetic+functional+magnetic+resonance+imaging.">Informing brain connectivity with optogenetic functional magnetic resonance imaging.</a> NeuroImage. 62 (4), 2244-2249 (2012).</li><li>Lee, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracing+Activity+Across+the+Whole+Brain+Neural+Network+with+Optogenetic+Functional+Magnetic+Resonance+Imaging.">Tracing Activity Across the Whole Brain Neural Network with Optogenetic Functional Magnetic Resonance Imaging.</a> Front. Neuroinform. 5 (October), 1-7 (2011).</li><li>Kahn, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+the+Functional+MRI+Response+Temporal+Linearity+via+Optical+Control+of+Neocortical+Pyramidal+Neurons.">Characterization of the Functional MRI Response Temporal Linearity via Optical Control of Neocortical Pyramidal Neurons.</a> J. Neurosci. 31 (42), 15086-15091 (2011).</li><li>Takata, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optogenetic+Activation+of+CA1+Pyramidal+Neurons+at+the+Dorsal+and+Ventral+Hippocampus+Evokes+Distinct+Brain-Wide+Responses+Revealed+by+Mouse+fMRI.">Optogenetic Activation of CA1 Pyramidal Neurons at the Dorsal and Ventral Hippocampus Evokes Distinct Brain-Wide Responses Revealed by Mouse fMRI.</a> PLoS ONE. 10 (3), e0121417 (2015).</li><li>Iordanova, B., Vazquez, A. L., Poplawsky, A. J., Fukuda, M., Kim, S. -. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neural+and+hemodynamic+responses+to+optogenetic+and+sensory+stimulation+in+the+rat+somatosensory+cortex.">Neural and hemodynamic responses to optogenetic and sensory stimulation in the rat somatosensory cortex.</a> J. Cereb. Blood Flow Metab. 35 (6), 922-932 (2015).</li><li>Weitz, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optogenetic+fMRI+reveals+distinct,+frequency-dependent+networks+recruited+by+dorsal+and+intermediate+hippocampus+stimulations.">Optogenetic fMRI reveals distinct, frequency-dependent networks recruited by dorsal and intermediate hippocampus stimulations.</a> NeuroImage. 107, 229-241 (2015).</li><li>Desai, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+brain+networks+in+awake+mice+using+combined+optical+neural+control+and+fMRI.">Mapping brain networks in awake mice using combined optical neural control and fMRI.</a> J. Neurophysiol. 105 (December 2010), 1393-1405 (2011).</li><li>Liang, Z., Watson, G. D. R., Alloway, K. D., Lee, G., Neuberger, T., Zhang, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+the+functional+network+of+medial+prefrontal+cortex+by+combining+optogenetics+and+fMRI+in+awake+rats.">Mapping the functional network of medial prefrontal cortex by combining optogenetics and fMRI in awake rats.</a> NeuroImage. 117, 114-123 (2015).</li><li>Byers, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+in+vivo+assessment+of+human+stem+cell+graft-host+neural+circuits.">Direct in vivo assessment of human stem cell graft-host neural circuits.</a> NeuroImage. 114, 328-337 (2015).</li><li>Boyden, E. S., Zhang, F., Bamberg, E., Nagel, G., Deisseroth, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Millisecond-timescale,+genetically+targeted+optical+control+of+neural+activity.">Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity.</a> Nat. Neurosci. 8 (9), 1263-1268 (2005).</li><li>Carter, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tuning+arousal+with+optogenetic+modulation+of+locus+coeruleus+neurons.">Tuning arousal with optogenetic modulation of locus coeruleus neurons.</a> Nat. Neurosci. 13 (12), 1526-1533 (2010).</li><li>Zhang, F., Wang, L. P., Boyden, E. S., Deisseroth, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Channelrhodopsin-2+and+optical+control+of+excitable+cells.">Channelrhodopsin-2 and optical control of excitable cells.</a> Nat. Methods. 3 (10), 785-792 (2006).</li><li>Zhao, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+type-specific+channelrhodopsin-2+transgenic+mice+for+optogenetic+dissection+of+neural+circuitry+function.">Cell type-specific channelrhodopsin-2 transgenic mice for optogenetic dissection of neural circuitry function.</a> Nat. Methods. 8 (9), 745-752 (2011).</li><li>Ogawa, S., Lee, T. M., Kay, A. R., Tank, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain+magnetic+resonance+imaging+with+contrast+dependent+on+blood+oxygenation.">Brain magnetic resonance imaging with contrast dependent on blood oxygenation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87 (24), 9868-9872 (1990).</li><li>Ogawa, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intrinsic+signal+changes+accompanying+sensory+stimulation:+functional+brain+mapping+with+magnetic+resonance+imaging.">Intrinsic signal changes accompanying sensory stimulation: functional brain mapping with magnetic resonance imaging.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 5951-5955 (1992).</li><li>Kwong, K. K., Belliveau, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+magnetic+resonance+imaging+of+human+brain+activity+during+primary+sensory+stimulation.">Dynamic magnetic resonance imaging of human brain activity during primary sensory stimulation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 5675-5679 (1992).</li><li>Canals, S., Beyerlein, M., Murayama, Y., Logothetis, N. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electric+stimulation+fMRI+of+the+perforant+pathway+to+the+rat+hippocampus.">Electric stimulation fMRI of the perforant pathway to the rat hippocampus.</a> Magn. Reson. Imaging. 26, 978-986 (2008).</li><li>Antal, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+artifacts+induced+by+electrical+stimulation+during+conventional+fMRI+of+the+brain.">Imaging artifacts induced by electrical stimulation during conventional fMRI of the brain.</a> NeuroImage. 85 (3), (2014).</li><li>Lin, J. Y., Knutsen, P. M., Muller, A., Kleinfeld, D., Tsien, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ReaChR:+a+red-shifted+variant+of+channelrhodopsin+enables+deep+transcranial+optogenetic+excitation.">ReaChR: a red-shifted variant of channelrhodopsin enables deep transcranial optogenetic excitation.</a> Nat. Neurosci. 16 (10), 1499-1508 (2013).</li><li>Christie, I. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FMRI+response+to+blue+light+delivery+in+the+na&#239;ve+brain:+Implications+for+combined+optogenetic+fMRI+studies.">FMRI response to blue light delivery in the na&#239;ve brain: Implications for combined optogenetic fMRI studies.</a> NeuroImage. 66, 634-641 (2013).</li><li>Aravanis, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optical+neural+interface:+in+vivo+control+of+rodent+motor+cortex+with+integrated+fiberoptic+and+optogenetic+technology.">An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology.</a> J. Neural Eng. 4, S143-S156 (2007).</li><li>Pashaie, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optogenetic+brain+interfaces.">Optogenetic brain interfaces.</a> IEEE Rev. Biomed. Eng. 7, 3-30 (2014).</li><li>Gradinaru, V., Mogri, M., Thompson, K. R., Henderson, J. M., Deisseroth, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+deconstruction+of+parkinsonian+neural+circuitry.">Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry.</a> Science. 324, 354-359 (2009).</li><li>Rivard, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rat+intubation+and+ventilation+for+surgical+research.">Rat intubation and ventilation for surgical research.</a> J. Invest. Surg. 19, 267-274 (2006).</li><li>Fang, Z., Lee, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+optogenetic+functional+magnetic+resonance+imaging+with+parallel+computations.">High-throughput optogenetic functional magnetic resonance imaging with parallel computations.</a> J. Neurosci. Meth. 218 (2), 184-195 (2013).</li><li>Da Silva, F. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EEG:+Origin+and+measurement.">EEG: Origin and measurement.</a> EEG - fMRI: Physiological Basis, Technique, and Applications. , 19-38 (2010).</li><li>Becker, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low+dose+isoflurane+exerts+opposing+effects+on+neuronal+network+excitability+in+neocortex+and+hippocampus.">Low dose isoflurane exerts opposing effects on neuronal network excitability in neocortex and hippocampus.</a> PLoS ONE. 7 (6), 3-9 (2012).</li><li>Nishikawa, K., Maciver, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agent-selective+Effects+of+Volatile+Anesthetics+on+GABA+A+Receptor+-+mediated+Synaptic+Inhibition+in+Hippocampal+Interneurons.">Agent-selective Effects of Volatile Anesthetics on GABA A Receptor - mediated Synaptic Inhibition in Hippocampal Interneurons.</a> Anesthesiology. 94 (2), 340-347 (2001).</li><li>Jackson, J. I., Meyer, C. H., Nishimura, D. G., Macovski, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selection+of+a+convolution+function+for+Fourier+inversion+using+gridding.">Selection of a convolution function for Fourier inversion using gridding.</a> IEEE Trans. Med. Imag. 10 (3), 473-478 (1991).</li><li>Glover, G. H., Lee, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Motion+artifacts+in+fMRI:+comparison+of+2DFT+with+PR+and+spiral+scan+methods.">Motion artifacts in fMRI: comparison of 2DFT with PR and spiral scan methods.</a> Magn. Reson. Med. 33 (20), 624-635 (1995).</li><li>Kim, D. H., Adalsteinsson, E., Spielman, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+analytic+variable+density+spiral+design.">Simple analytic variable density spiral design.</a> Magn. Reson. Med. 50, 214-219 (2003).</li><li>Friston, K. J., Harrison, L., Penny, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+causal+modeling.">Dynamic causal modeling.</a> Neuroimage. 19, 1273-1302 (2003).</li><li>Alkire, M. T., McReynolds, J. R., Hahn, E. L., Trivedi, A. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thalamic+microinjection+of+nicotine+reverses+sevoflurane-induced+loss+of+righting+reflex+in+the+rat.">Thalamic microinjection of nicotine reverses sevoflurane-induced loss of righting reflex in the rat.</a> Anesthesiology. 107 (2), 264-272 (2007).</li><li>Zincarelli, C., Soltys, S., Rengo, G., Rabinowitz, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+AAV+serotypes+1-9+mediated+gene+expression+and+tropism+in+mice+after+systemic+injection.">Analysis of AAV serotypes 1-9 mediated gene expression and tropism in mice after systemic injection.</a> Mol. Ther. 16 (6), 1073-1080 (2008).</li><li>Aschauer, D. F., Kreuz, S., Rumpel, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Transduction+Efficiency,+Tropism+and+Axonal+Transport+of+AAV+Serotypes+1,+2,+5,+6,+8+and+9+in+the+Mouse+Brain.">Analysis of Transduction Efficiency, Tropism and Axonal Transport of AAV Serotypes 1, 2, 5, 6, 8 and 9 in the Mouse Brain.</a> PLoS ONE. 8 (9), 1-16 (2013).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency-selective+control+of+cortical+and+subcortical+networks+by+central+thalamus.">Frequency-selective control of cortical and subcortical networks by central thalamus.</a> eLife. 4, e09215 (2015).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

görüntüleme sırasında konunun hareket veri bozulmasına yol açabilir dışlayıcı önemli bir kaynağıdır. Uygun şekilde uygun anestezi düzeylerini korumak olacak gibi eserler en aza indirebilirsiniz görüntüleme beşiği hayvan güvence. Burada, izofluran ancak medetomidin ya ketamin ve ksilazin gibi alternatif anestezikler, kullanılan da dikkate alınmalıdır. Bununla birlikte, anestezinin seviyeleri ve seçimi KALIN karşılık 28 de dahil olmak üzere, beyinde birçok parametre etkileyebilir. Izofluran nöronal eksitabilite 29 değişikliklere neden olabilir. Diğer anestezikler da GABA sinaptik inhibisyon 30 etkileyebilir. ofMRI nöronal aktivitenin etkileme kabiliyetini verilen gerçekleştirilmesi Böylece, anestezi seçimi önemlidir. anestezi olmadan ofMRI mümkündür hayvansal alışkanlık ise azaltılabilir hayvan, artan hareketi ile zor olabilir; Böyle uyanık ofMRI çalışmaları daha önceden yapılmıştır birnd beyinde 9,10 anestezi karıştırıcı etkisini önlemek olacaktır. Post-processing hareket düzeltme algoritmaları büyük ölçüde hareket etkilerini azaltmak için kullanılabilir. Bu yöntemlerin bazıları düzeltme altında kareler maliyet referans görüntü fonksiyonu ve görüntü toplamını minimize Bu protokol, istihdam ters Gauss-Newton algoritması dahil, mevcuttur. Bu işlem sürelerini 27 azaltmak için GPU paralel platformu tasarımı kullanılarak, hızlı ve sağlam hareket düzeltme sağlar çünkü algoritma yararlıdır. Bu protokolde veri yeniden inşası için, MATLAB ortamında özel yazılmış yazılım spiral örnekleri Gridlenmiş görüntülere 31-33 içine k-uzayda yeniden iki boyutlu gridding yeniden inşası için kullanılmıştır. Zaman serisi verileri stimülasyon öncesi toplanan bazal süre için her voksel nisbetle KALIN sinyalinin yüzdesi modülasyonu hesaplanmak suretiyle meydana çıkartılmıştır. kimin zaman serileri voksellerini syn edildiaktif vokseller olarak tanımlandı 0.35 ya da daha büyük bir tutarlılık değeri Optogenetic stimülasyon blok chronized; Bu tutarlılık değeri en az 10 -9 P değeri 8&#39;e karşılık gelir. Fourier büyüklüğü tüm frekans bileşenlerinin 8,27 toplamı-of-kareler bölünmesiyle tekrarlanan stimülasyon döngülerinin frekansta dönüşümü tutarlılık değerleri hesaplanmıştır. Familywise hatası çoklu karşılaştırmalar için Bonferroni düzeltmesi ile kontrol edilebilir. Analiz alternatif yöntemler, genel doğrusal modeller (GLMs) olarak parametrik istatistiksel testler de dahil olmak üzere, kullanılabilir. tutarlılık yöntemi, geleneksel genel doğrusal modele kıyasla İHÖ&#39;ye az ön bilgi gerektirir. ofMRI kullanarak veri araştırma, bu nedenle, avantajlıdır. Bununla birlikte, tutarlılık yöntemi yalnızca aralığı interstimulus sabit ve diğer etkinlik iliflkilerimiz ile ofMRI veri kullanılamaz olan olay ile ilgili tasarımları blok tasarımları veri için kullanılabilir veya seçilebilirted tasarımları veya karışık tasarımlar. Daha sonra, dinamik nedensel modelleme (DCM) ofMRI ile tespit beyin bölgeleri arasında etkileşimler analiz etmek için kullanılabilir. DCM fMRI 34 sırasında deneysel girişlere sistem yanıtları fonksiyonel bağlantı analizi için geliştirilmiş bir Bayes istatistiksel tekniktir. ofMRI için ek teknik kaygılar burada tartışılır. İmplantlar hasarlı veya çalışma etkilenen hayvan kaldırılmasına yol düşmek olabilir. Yeniden implantasyon ameliyatı nedeniyle hayvan refahı konularında özgün implantasyon cerrahisi gibi ve yine aynı ROI hedefleyen ek belirsizlik tavsiye edilmez. Çünkü her bir hayvan deneğe için harcanan zaman ve kaynak önemli miktarda malzemenin mukavemetinin dikkate ofMRI çalışmalarda kullanım için uygun bir diş çimento tercih önemli bir husustur. implantasyon cerrahisi implan uzun ömürlü maksimize kritik bir faktördürt ve hayvan konu. Örneğin, kafatası çalışma sırasında hayvanın potansiyel aylarca süren bir zaman çizelgesi üzerinde istikrarı sağlamak için seramik halka implantın etrafında çimento yeterli miktarda diş çimento uygulamadan ve yerleştirmeden önce kuru olması sağlanmış. Buna ek olarak, alternatif kafes tasarımları araştırdı ve sık sık kafes içine çıkıntı tel yiyecek tutan üstleri ve su ile kafesleri önlemek ve implant zarar hayvan için fırsatlar sağlamak için yerel hayvan bakım tesisi ile ele alınabilir. Önemlisi, diş çimento görüntüleme ve alternatif çimentolar hayvan deneylerinde kullanılmadan önce bir tarayıcı bir hayalet ve görüntüleme üzerine uygulama ile test edilebilir etkileyen eserler azaltmak için dikkatle seçilmelidir. çeşitli simanların ile deneme yanılma Bu protokolde kullanılan çimento görece az sayıda eserler verdiğini göstermiştir. ofMRI gerçekleştirmede başka teknik zorluk extr verilen, amaçlanan ROI fiber optik yerleştirme doğruluğubeyin 35 çekirdekleri arasında var olabilir Emely küçük mesafelerde. implantasyon ameliyatı tamamladıktan sonra, T2 ağırlıklı anatomik taramaları beyin atlası üzerine kaplayan doğru yerleştirme belirlemek için kullanılabilir. cerrah ve bu cerrahisine uygulama becerisi doğru yerleştirme oranlarını artırabilir. amaçlanan ROI özgünlüğü ve opsin ifadesi hayvan perfüze ve beyin sabitleme, immünhistokimya veya görselleştirme opsin etiketli bir muhabir-proteinin endojen floresan kullanarak çalışmanın sonuca doğrulanabilir. Bu haberci proteinleri de opsin istenen nöronal hücre tipleri 1,8,15,25 ifade sağlamak için başka proteinler ile birlikte lokalize edilebilir. Daha önce de belirtildiği gibi hafif teslim 22 nedeniyle doku ısıtma ofMRI yaparken, eserler ortaya çıkabilir. Doku ısıtma yanlış BOLD sinyal sonuçlanan gevşeme süreleri değişiklik neden olur. Bu ac sağlamak içinofMRI sırasında ışık uyarılmasından kaynaklanan tivation Bu yapıyı bağlı değildir, opsin-negatif kontroller (örneğin, AAV-CaMKIIa-EYFP gibi) kontrol florofor vektörleri ile enjekte salin enjekte edilmiş hayvanların veya hayvanlarda ofMRI tabi yapılmalıdır. Ayrıca, iyi bir ışık iletim verimliliği ile iyi yapılmış fiber optik implantlar yüksek lazer yetkileri kullanmak gerek kaldırmak için kullanılmalıdır. ofMRI çalışmaları nedeniyle doku ısıtma da yanlış aktivasyon gerçekleştirilmiştir bir sorun 1,6-8,10,11 olmamıştır. ekspresyon için nöronları gerekli Optogenetic genlerin sokulması için de vektörün seçimi ile ilgili olarak, AAVler insanlarda hastalığa neden olduğu bilinmektedir ve bu nedenle, uygun bir seçenek, bu maddeler (BSL-1) kullanmak için gerekli düşük biyo-güvenlik seviyesi verilmez. Buna ek olarak, vektör çekirdeklerinin çok sayıda stok ve çoklu serotipleri ile çeşitli optogenetic genler ile paketlenmiş AAVS taşırlar. AAV serotip B seçilmelidirOptimal ifade seviyelerini 36,37 sağlamak amacıyla hücre popülasyonu hedef ased. Lentiviruses da kullanılabilir, ancak daha yüksek bir biyogüvenlik düzeyi gerektirir edilebilir. Optogenetic genlerin yeterli ifadesi için gerekli olan zaman süresi, kullanılan özel AAV ve spesifik deneysel paradigmasında, kullanılan özel hayvan modeline bağlı olarak değişkendir. Bu protokol, 11 haftalıkken Sprague Dawley sıçanları kullanılmıştır ve optogenetic çalışmalar virüs enjeksiyonundan sonra dört ila altı hafta başlayacak. Transgenik fareler, Optogenetic çalışmalarda kullanılabilir. Opsins yeterli ekspresyonu için gerekli zaman miktarının saptanması pilot deneyleri için gereklidir. Stimülasyon paradigmaları kullanılan özel opsin bağlı olarak değişebilir. Bu protokolde, AAV5-CaMKIIa-hChR2 (H134R) -EYFP kullanılır ve stimülasyon paradigma / 40 sn kapalı 20 sn. SSFO AC için ışığın sadece kısa bir darbe gereklidir çünkü SSFO kullanılıyorsa, stimülasyon paradigma değişirgenelinde ekili ve daha sonra başka bir dalga boyunda ışık kısa bir darbe sona edilmesi. ofMRI hayvan anestezi bile, görsel uyarı kaynaklanan bir karıştırıcı beyin sinyali engellemek için optogenetic uyarılması sırasında fiber optik patch kablo ile yüksük implant arayüzü ışık sızıntısını engelleyen performans ek kritik endişe. siyah elektrik bandı Kozalaklar yüksükler gelen ışığı engellemek için hayvanın gözlerini kapsayacak şekilde kullanılabilir. Önemli olarak, konunun ekspiratuar CO2 ve vücut sıcaklığı dahil olmak üzere, fizyolojik değerleri düzgün görüntüleme süresince muhafaza edilmelidir. 37 ° C &#39;de% 4 ve vücut sıcaklığı - ekspiratuar CO2 3 arasında tutulmalıdır. Buna ek olarak, shimming dizileri önce ofMRI büyük tarar elde KALIN verilerin kalitesini belirleyen başlangıç ​​için manyetik alan içinde mümkün olduğu kadar homojen olmayan azaltır. Bu faktörlerin kontrolügüvenilir ofMRI veri üretiminde kritiktir. Bu protokol, DPSS lazerler Optogenetic uyarılması için ışık kaynağı olarak kullanılır. Lazer ışığı, tutarlı olduğu için, daha da fazla güç kolayca fiber optik ile temin edilebilir. Fiber optik bağlanmış LED ışık kaynakları ticari satıcılardan temin edilebilir, ancak ışık iletimi azalan güç dezavantajına sahiptir. lazer ışık kaynağı her bir fiber optik patch kablo uyum gerektirmez, ancak uygulama ile, hizalama dakika saniye içinde yapılabilir. ofMRI gelecekteki uygulamaları gibi görüntüleme sırasında non-invazif uyarımı sağlamak için kırmızı-kaymıştır opsins gibi yeni nesil opsins kullanımını içerir. Ayrıca, MR-uyumlu EEG veya fiber optik implant ile birlikte benzer kayıt elektrotları implantasyonu MRG yüksek uzaysal çözünürlüğü verilere ek olarak, yüksek zamansal çözünürlüklü veri edinimi için izin verebilir. ofMRI ile Electrophvsiological kayıt beynin fonksiyonel bağlantı hakkında geniş bilgi verebilir. Özet olarak, genetik ya da anatomik kimliği tarafından tanımlanmış belirli bir hücre popülasyonlarının uyarılmaya karşılık olarak, tüm beyin izlemek için ofMRI gücü ofMRI nörolojik hastalıklar çalışmada sağlıklı beyin connectomics kullanımı kritik bir araçtır.

Optogenetic fonksiyonel manyetik rezonans görüntüleme (ofMRI) genelinde hücre tipine özgü fonksiyonel nöral devrelerin haritalama ve onların dinamiklerini sağlayan optogenetic stimülasyon 1-11,38 hassasiyetle yüksek alan fMRI uzaysal çözünürlüğü birleştiren yeni bir tekniktir beyin. spesifik hücre tipleri ışık duyarlı membran ötesi iletkenliğini kanal adı verilen opsins sokulmasıyla uyarılması için hedef için optogenetics sağlar. Nöral devrelerin belirli unsurları genetik bozulmamış beyin 1-15 faaliyet milisaniye-zaman ölçeğini modülasyonu sağlayan, bu kanalları ifade etmek değiştirilir. fMRI nöronal aktivitenin dolaylı bir ölçüm sağlar, kan oksijen seviyesi bağımlı (BOLD) sinyal 16-18 ölçümü yoluyla belirli nöral devrelerin optogenetic uyarılması beynin küresel dinamik tepki belirlenmesi non-invaziv bir yöntem sağlar. nispeten yüksek uzaysal çözünürlükte tüm beynin bir görünüm sağlayabilir, çünkü bu iki tekniğin kombinasyonu, optogenetic fonksiyonel manyetik rezonans görüntüleme (ofMRI) olarak adlandırılan, örneğin elektrofizyoloji olarak uyarılması sırasında kayıt beyin aktivitesinin diğer yöntemlere göre avantajlıdır. Bu invaziv kayıt elektrotları 1-11 implantasyonu için gerek kalmadan uyarım bölgesinden uzak mesafelerde hedef uyarılmasına tepki olarak nöronal aktivitenin tespit edilmesini sağlar. ofMRI elektrotun yakın farklı hücre tiplerini işe ve böylece her nüfus 19 nedensel etkisi bulandırabilir fMRI sırasında elektrik stimülasyonu gerçekleştirme daha geleneksel yöntem üzerinde avantajlıdır. Buna ek olarak, elektrotlar elektrik stimülasyonu için kullanılan ve oluşturulan akım MR 20 sırasında eserler üretebilir. Nitekim, ofMRI belirli modulati küresel beyin aktivitesi üzerine etkisi gözlem sağlarBu tür transgenik hayvanlarda Cre-lox sistemi ya da promotörlerin kullanılması gibi gelişmiş bir genetik hedefleme teknikleri kullanılarak hücre tipleri çok çeşitli ilgili. tüm beyin izleme kombinatoryal optik kontrol özel hücre tipleri uyarmak için önleyen ve ChR2 hem NpHR kullanılarak ofMRI ile mümkündür. ofMRI kullanıma hazır Optogenetic araç takımı, aynı zamanda hızlı bir şekilde implante elyaf gerekliliğini ortadan olabilir stabilize basamak fonksiyonu opsins (SSFOs) veya kırmızı-kaydırılmış opsins arasında artan ışık hassasiyeti ya da geliştirilmiş kinetiği ile opsins tanıtımıyla zamanla gelişmektedir görüntüleme 21 sırasında non-invaziv stimülasyon sağlayan optik,. Bu olasılıklar elektrik stimülasyonu ile kullanılamaz. Bununla birlikte, beyin ışık teslimat doku ısıtmadan elde edilen sinyal eserler gevşeme sürelerine sıcaklığı kaynaklı modifikasyon pseu üretmek için gösterilmiştir 22, rapor edilmiştiraktivasyonu yapmak. ofMRI performans Araştırmacılar, bu nedenle bu potansiyel yıkmak farkında olmalıdır. Doğru kurulum ve kontroller ile, konu ele alınabilir. Buna ek olarak, fMRI&#39;da hemodinamik yanıtı ölçmek için, nispeten düşük zamansal çözünürlüğü bu tekniğin bazı uygulamalar için sınırlayıcı bir faktör olabilir. Bu protokol, ilk derin in vivo beyin içine ışığın belirli dalga boyuna sahip verilmesini sağlamak fiber optik implant yapımını da tarif eder. protokol daha sonra stereotaktik cerrahi ile kesin bir beyin bölgesine opsin kodlama viral vektör teslim tarif eder. protokolü Sonraki eşzamanlı ışık uyarılması sırasında tüm beyin fonksiyonel MRI işlemi anlatılmaktadır. Son olarak, protokol elde edilen verilerin temel veri analizini özetlemektedir. Unutmayın ki, burada açıklanan optogenetics ışık teslimat için kronik bir implant gerektirir. Ancak, fiber optik implantlar kararlı ve biyo vardıruyumlu bir uzunlamasına tarama ve ay 23,24 bir süre boyunca sinir devresi araştırılması için izin. Özet olarak, hassas uyarılması ve ofMRI bütün beyin izleme yeteneği beyin connectomics çalışma için güçlü bir araç ofMRI yapımında önemli faktörlerdir. Buna ek olarak, farklı hayvan modellerinde ile birleştiğinde nörolojik hastalıklar 25 mekanizmalarına yeni fikir verebilir. Nitekim, ofMRI nöbet 8 ile ilişkili farklı hipokampal alt bölgelerin ağ etkinliğini aydınlatmak için kullanılır olmuştur. Bu nedenle, sistem düzeyinde sinirbilim soruları yanıtlayan ilgilenen laboratuarlar önem bu tekniği bulacaksınız.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1117">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:392px;">7 Tesla scanner</td>
			<td style="width:195px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:205px;">Discovery MR901 System</td>
			<td style="width:325px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sprague Dawley rats</td>
			<td>Charles River</td>
			<td>Crl:SD</td>
			<td>11 weeks old</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">fiber cleaver</td>
			<td>Fujikura</td>
			<td>CT-05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">multimode optical fiber</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>AFS105/125Y</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">fiber stripper&#160;&#160;</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>T08S13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ceramic split sleeve</td>
			<td>Precision Fiber Products</td>
			<td>SM-CS1140S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">epoxy glue</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>G14250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">cotton-tipped applicators</td>
			<td>Stoelting Co.</td>
			<td align="right">50975</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">multimode ceramic zirconia ferrules</td>
			<td>Precision Fiber Products</td>
			<td>MM-FER2002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:392px;">FC/PC multimode connector</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>30128C3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">fiber optic polishing disk</td>
			<td>Precision Fiber Products</td>
			<td>M1-80754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">aluminum oxide lapping sheet, 0.3 &#181;m</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>LFG03P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">aluminum oxide lapping sheet, 1 &#181;m</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>LFG1P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">aluminum oxide lapping sheet, 3 &#181;m</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>LFG3P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">binocular biological microscope 40X-1000X</td>
			<td>Amscope</td>
			<td>B100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">laser safety glasses</td>
			<td>Kentek</td>
			<td>KXL-62W01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:392px;">473 nm DPSS laser</td>
			<td>Laserglow</td>
			<td>LRS-0473</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">594 nm DPSS laser</td>
			<td>Laserglow</td>
			<td>LRS-0594</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Allen hex wrench set</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>2.0 mm (5/64&#34;) for alignment of fiber tip to focal point of coupler in the laser</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">power meter, Si Sensor, 400-1100 nm</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td>PM121D&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Isoflurane (Isothesia)</td>
			<td>Henry Schein&#160;</td>
			<td align="right">50033</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">isoflurane vaporizer with induction chamber</td>
			<td>VetEquip</td>
			<td align="right">901806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NanoFil 100uL syringe</td>
			<td>World Precision Instruments</td>
			<td>NANOFIL-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">UltraMicroPump with SYS-Micro4 Controller</td>
			<td>World Precision Instruments</td>
			<td>UMP3-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">function generator</td>
			<td>A.M.P.I.&#160;</td>
			<td>Master-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">small animal stereotax</td>
			<td>David Kopf Instruments</td>
			<td>Model 940&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Model 683 small animal ventilator&#160;</td>
			<td>Harvard Apparatus</td>
			<td align="right">550000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Type 340 capnograph&#160;</td>
			<td>Harvard Apparatus</td>
			<td align="right">733809</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">dental drill (rotary micromotor kit)</td>
			<td>Foredom Electric Co.</td>
			<td style="width:205px;">K.1070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ophthalmic ointment (Artificial Tears)</td>
			<td>Rugby</td>
			<td>00536-6550-91</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">instrument sterilizer</td>
			<td>CellPoint Scientific</td>
			<td>Germinator 500</td>
			<td>glass bead sterilizer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">antibiotic powder</td>
			<td>Pfizer</td>
			<td>NEO-PREDEF</td>
			<td>neomycin sulfate, isoflupredone acetate and tetracaine hydrochloride</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">buprenorphine painkiller</td>
			<td>Hospira</td>
			<td>NDC:0409-2012</td>
			<td>schedule III controlled substance , 0.3 mg/mL stock</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optogenetic functional mri

The investigation of the functional connectivity of precise neural circuits across the entire intact brain can be achieved through optogenetic functional magnetic resonance imaging (ofMRI), which is a novel technique that combines the relatively high spatial resolution of high-field fMRI with the precision of optogenetic stimulation. Fiber optics that enable delivery of specific wavelengths of light deep into the brain in vivo are implanted into regions of interest in order to specifically stimulate targeted cell types that have been genetically induced to express light-sensitive trans-membrane conductance channels, called opsins. fMRI is used to provide a non-invasive method of determining the brain's global dynamic response to optogenetic stimulation of specific neural circuits through measurement of the blood-oxygen-level-dependent (BOLD) signal, which provides an indirect measurement of neuronal activity. This protocol describes the construction of fiber optic implants, the implantation surgeries, the imaging with photostimulation and the data analysis required to successfully perform ofMRI. In summary, the precise stimulation and whole-brain monitoring ability of ofMRI are crucial factors in making ofMRI a powerful tool for the study of the connectomics of the brain in both healthy and diseased states.

<html> Şekil 1 ve Şekil 2 20 Hz (15 msn darbe genişliği, 473 nm,% 30 görev döngüsü) motor korteksin optogenetic uyarılmasından kaynaklanan temsili verileri gösterir. Altı dakika kullanılmıştır için başlangıçtaki 30 saniyelik bir uyarım paradigması / 40 saniye 20 saniye ile kapalı izledi. Önceki çalışmalar bu paradigma optogenetic uyarım 1,8 dan sağlam BOLD sinyal üretir olduğunu göstermiştir. 1 aktive vokseller stimülasyon (motor korteks) yerel yerinde hem algılanan gösterileri ve talamus Şekil, uzun menzilli sinaptik bağlantıları sonucunda bu bölgeler arasında. Şekil 2 talamik cevap gecikmeli olarak zamansal bilgiler, HRFs panoda edilebildiğini göstermektedir (alt ilk eğim) optogenetic stimülasyon sonra motor korteks yanıta göre. p_upload / 53346 / 53346fig1.jpg &quot;/&gt; Motor Korteks Hücreleri CaMKIIa-ifade optogenetic Uyarım Bağlı BOLD Sinyal Şekil 1. Aktivasyon Haritası. Anlamlı tekrarlanan uyarılara senkronize olanlar olarak tanımlanan aktif vokseller, Uyumu değerleri, bir T2 ağırlıklı koronal anatomik dilim üzerine işlenmiş gösterilir. Veriler tek bir aktivasyon haritası yoğunlaşmış olan (473 nm ışık, 20 Hz, 15 msn darbe genişliği ile / 40 sn kapalı 20 sn ilk 30 sn bazal ve altı stimülasyon döngüleri) altı dakika, 30 saniye süre boyunca toplanan. Sıralı dilimler 0.5 mm arayla ve fiber optik implantın yeri üçgen ile gösterilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53346/53346fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/53346/53346fig2.jpg" /> <strong&gt; Şekil 2. Hemodinamik Yanıt Fonksiyonu. (Sol) bazal BOLD sinyal göreceli yüzde modülasyon motor korteks (/ 40 sn kapalı 20 sn altı stimülasyon döngüleri optogenetic uyarılması sırasında motor korteks ve talamus aktif vokseller için gösterilir 473 nm ışık, 20 Hz, 15 msn darbe genişliği) ile. Gölgeli gri hata çubukları ROI içinde aktif vokseller arasında standart hata belirtir. (Sağ) Zaman ortalama yanıtlar hemodinamik tepki fonksiyonları (İHK) tarafından verilmektedir. talamus İHK uyarılmış motor korteks gecikmiş bir yanıt akrabası gösterir. Mavi çubuklar 473 nm photostimulation dönemleri gösterir. Gölgeli gri hata çubukları altı döngü boyunca standart hata göstermek. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53346/53346fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Optogenetic Functional MRI at JoVE.com

Optogenetic Functional MRI

This protocol describes the steps and data analysis required to successfully perform optogenetic functional magnetic resonance imaging (ofMRI). ofMRI is a novel technique that combines high-field fMRI readout with optogenetic stimulation, allowing for cell type-specific mapping of functional neural circuits and their dynamics across the whole living brain.

Optogenetic Fonksiyonel MRI

The investigation of the functional connectivity of precise neural circuits across the entire intact brain can be achieved through optogenetic functional ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

14.7K Görüntüleme.  Stanford University. This protocol describes the steps and data analysis required to successfully perform optogenetic functional magnetic resonance imaging (ofMRI). ofMRI is a novel technique that combines high-field fMRI readout with optogenetic stimulation, allowing for cell type-specific mapping of functional neural circuits and their dynamics across the whole living brain.

Video: Optogenetic Functional MRI

Measuring the Subjective Value of Risky and Ambiguous Options using Experimental Economics and Functional MRI Methods

Most of the choices we make have uncertain consequences. In some cases the probabilities for different possible outcomes are precisely known, a condition termed "risky". In other cases when probabilities cannot be estimated, this is a condition described as "ambiguous". While most people are averse to both risk and ambiguity1,2, the degree of those aversions vary substantially across individuals, such that the subjective value of the same risky or ambiguous option can be very different for different individuals. We combine functional MRI (fMRI) with an experimental economics-based method3 to assess the neural representation of the subjective values of risky and ambiguous options4. This technique can be now used to study these neural representations in different populations, such as different age groups and different patient populations.
In our experiment, subjects make consequential choices between two alternatives while their neural activation is tracked using fMRI. On each trial subjects choose between lotteries that vary in their monetary amount and in either the probability of winning that amount or the ambiguity level associated with winning. Our parametric design allows us to use each individual's choice behavior to estimate their attitudes towards risk and ambiguity, and thus to estimate the subjective values that each option held for them. Another important feature of the design is that the outcome of the chosen lottery is not revealed during the experiment, so that no learning can take place, and thus the ambiguous options remain ambiguous and risk attitudes are stable. Instead, at the end of the scanning session one or few trials are randomly selected and played for real money. Since subjects do not know beforehand which trials will be selected, they must treat each and every trial as if it and it alone was the one trial on which they will be paid. This design ensures that we can estimate the true subjective value of each option to each subject. We then look for areas in the brain whose activation is correlated with the subjective value of risky options and for areas whose activation is correlated with the subjective value of ambiguous options.

Using functional MRI and behavioral methods to determine the neural representation of the subjective value of risky and ambiguous options in the human brain.

Deneysel İktisat ve Fonksiyonel MRI yöntemleri kullanarak Riskli ve belirsiz Seçenekleri Sübjektif Değer Ölçme

Most of the choices we make have uncertain consequences. In some cases the probabilities for different possible outcomes are precisely known, a condition ...

Nörobilim

Functional Neuroimaging Using Ultrasonic Blood-brain Barrier Disruption and Manganese-enhanced MRI

Although mice are the dominant model system for studying the genetic and molecular underpinnings of neuroscience, functional neuroimaging in mice remains technically challenging. One approach, Activation-Induced Manganese-enhanced MRI (AIM MRI), has been used successfully to map neuronal activity in rodents 1-5. In AIM MRI, Mn2+ acts a calcium analog and accumulates in depolarized neurons 6,7. Because Mn2+ shortens the T1 tissue property, regions of elevated neuronal activity will enhance in MRI. Furthermore, Mn2+ clears slowly from the activated regions; therefore, stimulation can be performed outside the magnet prior to imaging, enabling greater experimental flexibility. However, because Mn2+ does not readily cross the blood-brain barrier (BBB), the need to open the BBB has limited the use of AIM MRI, especially in mice.
One tool for opening the BBB is ultrasound. Though potentially damaging, if ultrasound is administered in combination with gas-filled microbubbles (i.e., ultrasound contrast agents), the acoustic pressure required for BBB opening is considerably lower. This combination of ultrasound and microbubbles can be used to reliably open the BBB without causing tissue damage 8-11.
Here, a method is presented for performing AIM MRI by using microbubbles and ultrasound to open the BBB. After an intravenous injection of perflutren microbubbles, an unfocused pulsed ultrasound beam is applied to the shaved mouse head for 3 minutes. For simplicity, we refer to this technique of BBB Opening with Microbubbles and UltraSound as BOMUS 12. Using BOMUS to open the BBB throughout both cerebral hemispheres, manganese is administered to the whole mouse brain. After experimental stimulation of the lightly sedated mice, AIM MRI is used to map the neuronal response.
To demonstrate this approach, herein BOMUS and AIM MRI are used to map unilateral mechanical stimulation of the vibrissae in lightly sedated mice 13. Because BOMUS can open the BBB throughout both hemispheres, the unstimulated side of the brain is used to control for nonspecific background stimulation. The resultant 3D activation map agrees well with published representations of the vibrissae regions of the barrel field cortex 14. The ultrasonic opening of the BBB is fast, noninvasive, and reversible; and thus this approach is suitable for high-throughput and/or longitudinal studies in awake mice.

A technique is described for broadly opening the blood-brain barrier in the mouse using microbubbles and ultrasound. Using this technique, manganese can be administered to the mouse brain. Because manganese is an MRI contrast agent that accumulates in depolarized neurons, this approach enables imaging of neuronal activity.

Ultrasonik Kan-beyin bariyeri bozulması ve Manganez kontrastlı MRG kullanma İşlevsel beyin görüntüleme

Although mice are the dominant model system for studying the genetic and molecular underpinnings of neuroscience, functional neuroimaging in mice remains ...

Optogenetic Stimulation of Escape Behavior in Drosophila melanogaster

A growing number of genetically encoded tools are becoming available that allow non-invasive manipulation of the neural activity of specific neurons in Drosophila melanogaster1. Chief among these are optogenetic tools, which enable the activation or silencing of specific neurons in the intact and freely moving animal using bright light. Channelrhodopsin (ChR2) is a light-activated cation channel that, when activated by blue light, causes depolarization of neurons that express it. ChR2 has been effective for identifying neurons critical for specific behaviors, such as CO2 avoidance, proboscis extension and giant-fiber mediated startle response2-4. However, as the intense light sources used to stimulate ChR2 also stimulate photoreceptors, these optogenetic techniques have not previously been used in the visual system. Here, we combine an optogenetic approach with a mutation that impairs phototransduction to demonstrate that activation of a cluster of loom-sensitive neurons in the fly's optic lobe, Foma-1 neurons, can drive an escape behavior used to avoid collision. We used a null allele of a critical component of the phototransduction cascade, phospholipase C-&beta;, encoded by the norpA gene, to render the flies blind and also use the Gal4-UAS transcriptional activator system to drive expression of ChR2 in the Foma-1 neurons. Individual flies are placed on a small platform surrounded by blue LEDs. When the LEDs are illuminated, the flies quickly take-off into flight, in a manner similar to visually driven loom-escape behavior. We believe that this technique can be easily adapted to examine other behaviors in freely moving flies.

Optogenetic Stimulation of Escape Behavior in Drosophila melanogaster

Genetically encoded optogenetic tools enable noninvasive manipulation of specific neurons in the Drosophila brain. Such tools can identify neurons whose activation is sufficient to elicit or suppress particular behaviors. Here we present a method for activating Channelrhodopsin2 that is expressed in targeted neurons in freely walking flies.

Yılında Escape Davranış Optogenetic Uyarım<em&gt; Drosophila melanogaster</em

A  growing number of genetically encoded tools are becoming available that allow non-invasive  manipulation of the neural activity of specific neurons in ...

In vivo Optogenetic Stimulation of the Rodent Central Nervous System

The ability to probe defined neural circuits in awake, freely-moving animals with cell-type specificity, spatial precision, and high temporal resolution has been a long sought tool for neuroscientists in the systems-level search for the neural circuitry governing complex behavioral states. Optogenetics is a cutting-edge tool that is revolutionizing the field of neuroscience and represents one of the first systematic approaches to enable causal testing regarding the relation between neural signaling events and behavior. By combining optical and genetic approaches, neural signaling can be bi-directionally controlled through expression of light-sensitive ion channels (opsins) in mammalian cells. The current protocol describes delivery of specific wavelengths of light to opsin-expressing cells in deep brain structures of awake, freely-moving rodents for neural circuit modulation. Theoretical principles of light transmission as an experimental consideration are discussed in the context of performing in vivo optogenetic stimulation. The protocol details the design and construction of both simple and complex laser configurations and describes tethering strategies to permit simultaneous stimulation of multiple animals for high-throughput behavioral testing.

In vivo Optogenetic Stimulation of the Rodent Central Nervous System

Optogenetics has become a powerful tool for use in behavioral neuroscience experiments. This protocol offers a step-by-step guide to the design and set-up of laser systems, and provides a full protocol for carrying out multiple and simultaneous in vivo optogenetic stimulations compatible with most rodent behavioral testing paradigms.

Kemirgen Santral Sinir Sistemi vivo optogenetic Stimülasyon içinde

The ability to probe defined neural circuits in awake, freely-moving animals with cell-type specificity, spatial precision, and high temporal resolution ...

Optogenetic Stimulation of the Auditory Nerve

Direct electrical stimulation of spiral ganglion neurons (SGNs) by cochlear implants (CIs) enables open speech comprehension in the majority of implanted deaf subjects1-6. Nonetheless, sound coding with current CIs has poor frequency and intensity resolution due to broad current spread from each electrode contact activating a large number of SGNs along the tonotopic axis of the cochlea7-9. Optical stimulation is proposed as an alternative to electrical stimulation that promises spatially more confined activation of SGNs and, hence, higher frequency resolution of coding. In recent years, direct infrared illumination of&#160;the cochlea has been used to evoke responses in the auditory nerve10. Nevertheless it requires higher energies than electrical stimulation10,11 and uncertainty remains as to the underlying mechanism12. Here we describe a method based on optogenetics to stimulate SGNs with low intensity blue light, using transgenic mice with neuronal expression of channelrhodopsin 2 (ChR2)13 or virus-mediated expression of the ChR2-variant CatCh14. We used micro-light emitting diodes (&#181;LEDs) and fiber-coupled lasers to stimulate ChR2-expressing SGNs through a small artificial opening (cochleostomy) or the round window. We assayed the responses by scalp recordings of light-evoked potentials (optogenetic auditory brainstem response: oABR) or by microelectrode recordings from the auditory pathway and compared them with acoustic and electrical stimulation.

Cochlear implants (CIs) enable hearing by direct electrical stimulation of the auditory nerve. However, poor frequency and intensity resolution limits the quality of hearing with CIs. Here we describe optogenetic stimulation of the auditory nerve in mice as an alternative strategy for auditory research and developing future CIs.

İşitsel Sinir optogenetic uyarılması

Direct electrical stimulation of spiral ganglion neurons (SGNs) by cochlear implants (CIs) enables open speech comprehension in the majority of implanted ...

High-resolution Structural Magnetic Resonance Imaging of the Human Subcortex In Vivo and Postmortem

The focus of this study was to test the resolution limits of structural MRI of a postmortem brain compared to living human brains. The resolution of structural MRI in vivo is ultimately limited by physiological noise, including pulsation, respiration and head movement. Although imaging hardware continues to improve, it is still difficult to resolve structures on the millimeter scale. For example, the primary visual sensory pathways synapse at the lateral geniculate nucleus (LGN), a visual relay and control nucleus in the thalamus that normally is organized into six interleaved monocular layers. Neuroimaging studies have not been able to reliably distinguish these layers due their small size that are less than 1 mm thick.
The resolving limit of structural MRI, in a postmortem brain was tested using multiple images averaged over a long duration (~24 h). The purpose was to test whether it was possible to resolve the individual layers of the LGN in the absence of physiological noise. A proton density (PD)1 weighted pulse sequence was used with varying resolution and other parameters to determine the minimum number of images necessary to be registered and averaged to reliably distinguish the LGN and other subcortical regions. The results were also compared to images acquired in living human brains. In vivo subjects were scanned in order to determine the additional effects of physiological noise on the minimum number of PD scans needed to differentiate subcortical structures, useful in clinical applications.

High-resolution Structural Magnetic Resonance Imaging of the Human Subcortex In Vivo and Postmortem

Here we present a protocol to determine the minimum number images that needed to be registered and averaged to resolve subcortical structures and test whether the individual layers of the LGN could be resolved in the absence of physiological noise.

İnsan Subcortex yüksek çözünürlüklü yapısal Manyetik Rezonans Görüntüleme<I&gt; İn Vivo</I&gt; Ve Postmortem

The focus of this study was to test the resolution limits of structural MRI of a postmortem brain compared to living human brains. The resolution of ...

Ex Vivo Optogenetic Dissection of Fear Circuits in Brain Slices

Optogenetic approaches are now widely used to study the function of neural populations and circuits by combining targeted expression of light-activated proteins and subsequent manipulation of neural activity by light. Channelrhodopsins (ChRs) are light-gated cation-channels and when fused to a fluorescent protein their expression allows for visualization and concurrent activation of specific cell types and their axonal projections in defined areas of the brain. Via stereotactic injection of viral vectors, ChR fusion proteins can be constitutively or conditionally expressed in specific cells of a defined brain region, and their axonal projections can subsequently be studied anatomically and functionally via ex vivo optogenetic activation in brain slices. This is of particular importance when aiming to understand synaptic properties of connections that could not be addressed with conventional electrical stimulation approaches, or in identifying novel afferent and efferent connectivity that was previously poorly understood. Here, a few examples illustrate how this technique can be applied to investigate these questions to elucidating fear-related circuits in the amygdala. The amygdala is a key region for acquisition and expression of fear, and storage of fear and emotional memories. Many lines of evidence suggest that the medial prefrontal cortex (mPFC) participates in different aspects of fear acquisition and extinction, but its precise connectivity with the amygdala is just starting to be understood. First, it is shown how ex vivo optogenetic activation can be used to study aspects of synaptic communication between mPFC afferents and target cells in the basolateral amygdala (BLA). Furthermore, it is illustrated how this ex vivo optogenetic approach can be applied to assess novel connectivity patterns using a group of GABAergic neurons in the amygdala, the paracapsular intercalated cell cluster (mpITC), as an example.

Ex Vivo Optogenetic Dissection of Fear Circuits in Brain Slices

Optogenetic approaches are widely used to manipulate neural activity and assess the consequences for brain function. Here, a technique is outlined that&#160;upon in vivo expression of the optical activator Channelrhodopsin, allows for ex vivo analysis of synaptic properties of specific long range and local neural connections in fear-related circuits.

Beyin Dilimleri Korku Devre Ex Vivo optogenetic Diseksiyon

Optogenetic approaches are now widely used to study the function of neural populations and circuits by combining targeted expression of light-activated ...

Optogenetic Entrainment of Hippocampal Theta Oscillations in Behaving Mice

Extensive data on relationships of neural network oscillations to behavior and organization of neuronal discharge across brain regions call for new tools to selectively manipulate brain rhythms. Here we describe an approach combining projection-specific optogenetics with extracellular electrophysiology for high-fidelity control of hippocampal theta oscillations (5-10 Hz) in behaving mice. The specificity of the optogenetic entrainment is achieved by targeting channelrhodopsin-2 (ChR2) to the GABAergic population of medial septal cells, crucially involved in the generation of hippocampal theta oscillations, and a local synchronized activation of a subset of inhibitory septal afferents in the hippocampus. The efficacy of the optogenetic rhythm control is verified by a simultaneous monitoring of the local field potential (LFP) across lamina of the CA1 area and/or of neuronal discharge. Using this readily implementable preparation we show efficacy of various optogenetic stimulation protocols for induction of theta oscillations and for the manipulation of their frequency and regularity. Finally, a combination of the theta rhythm control with projection-specific inhibition addresses the readout of particular aspects of the hippocampal synchronization by efferent regions.

We describe the use of optogenetics and electrophysiological recordings for selective manipulations of hippocampal theta oscillations (5-10 Hz) in behaving mice. The efficacy of the rhythm entrainment is monitored using local field potential. A combination of opto- and pharmacogenetic inhibition addresses the efferent readout of hippocampal synchronization.

Hipokampal teta salınımlarını fareler davranışlar içinde Optogenetic sürüklenme

Extensive data on relationships of neural network oscillations to behavior and organization of neuronal discharge across brain regions call for new tools ...

Automated Segmentation of Cortical Grey Matter from T1-Weighted MRI Images

Within neuroimaging research, a number of recent studies have discussed the impact of between-study differences in volumetric findings that are thought to result from the use of different segmentation tools to generate brain volumes. Here, processing pipelines for seven automated tools that can be used to segment grey matter within the brain are presented. The protocol provides an initial step for researchers aiming to find the most accurate method for generating grey matter volumes from T1-weighted MRI scans. Steps to undertake detailed visual quality control are also included in the manuscript. This protocol covers a range of potential segmentation tools and encourages users to compare the performance of these tools within a subset of their data before selecting one to apply to a full cohort. Furthermore, the protocol may be further generalized to the segmentation of other brain regions.

This protocol describes the process of applying seven different automated segmentation tools to structural T1-weighted MRI scans to delineate grey matter regions that can be used for the quantification of grey matter volume.

Kortikal gri cevherde T1 ağırlıklı MRG görüntülerden otomatik bölümleme

Within neuroimaging research, a number of recent studies have discussed the impact of between-study differences in volumetric findings that are thought to ...

In Vivo Targeted Expression of Optogenetic Proteins Using Silk/AAV Films

The quest to understand how neural circuits process information in order to drive behavioral output has been greatly aided by recently-developed optical methods for manipulating and monitoring the activity of neurons in vivo. These types of experiments rely on two main components: 1) implantable devices that provide optical access to the brain, and 2) light-sensitive proteins that change neuronal excitability or provide a readout of neuronal activity. There are a number of ways to express light-sensitive proteins, but stereotaxic injection of viral vectors is currently the most flexible approach because expression can be controlled with genetic, anatomical, and temporal precision. Despite the great utility of viral vectors, delivering the virus to the site of optical implants poses numerous challenges. Stereotaxic virus injections are demanding surgeries that increase surgical time, increase the cost of studies, and pose a risk to the animal's health. The surrounding tissue can be physically damaged by the injection syringe, and by immunogenic inflammation caused by the abrupt delivery of a bolus of high-titer virus. Aligning injections with optical implants is especially difficult when targeting small regions deep in the brain. To overcome these challenges, we describe a method for coating multiple types of optical implants with films composed of silk fibroin and Adeno-associated viral (AAV) vectors. Fibroin, a polymer derived from the cocoon of Bombyx mori, can encapsulate and protect biomolecules and can be processed into forms ranging from soluble films to ceramics. When implanted into the brain, silk/AAV coatings release virus at the interface between optical elements and the surrounding brain, driving expression precisely where it is needed. This method is easily implemented and promises to greatly facilitate in vivo studies of neural circuit function.

In Vivo Targeted Expression of Optogenetic Proteins Using Silk/AAV Films

Here, we present a method for delivering viral expression vectors into the brain using silk fibroin films. This method allows targeted delivery of expression vectors using silk/AAV coated optical fibers, tapered optical fibers, and cranial windows.

Vivo Optogenetic proteinlerin ipek/AAV filmleri kullanarak hedeflenen ifade

The quest to understand how neural circuits process information in order to drive behavioral output has been greatly aided by recently-developed optical ...